单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 182 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-08 |
A Bayesian inference transcription factor activity model for the analysis of single-cell transcriptomes
2021-Jul, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.265595.120
PMID:34193535
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研究论文 | 本文开发了一种基于贝叶斯推理的转录因子活性模型（BITFAM），用于分析单细胞转录组数据，并整合了ChIP-seq转录因子结合信息。 | BITFAM模型能够从单细胞RNA测序数据中推断转录因子活性，并结合现有的转录因子结合位点生物数据，为理解细胞功能和命运调控提供新视角。 | NA | 开发一种新的方法来推断单细胞转录组数据中的转录因子活性，并揭示其调控机制。 | 单细胞RNA测序数据中的转录因子活性及其调控机制。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），ChIP-seq | 贝叶斯推理模型 | 转录组数据 | NA |
| 102 | 2024-08-08 |
Publisher Correction: The triumphs and limitations of computational methods for scRNA-seq
2021-Jul, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01223-2
PMID:34194051
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 103 | 2024-08-08 |
Dissecting the common and compartment-specific features of COVID-19 severity in the lung and periphery with single-cell resolution
2021-Jul-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102738
PMID:34179732
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研究论文 | 本研究利用96个公开的单细胞RNA测序数据集，分析了严重至危重COVID-19患者肺部和外周免疫细胞在转录表达、生物途径和配体-受体信号网络层面的共同特征和隔间特异性特征 | 本研究揭示了严重COVID-19中肺部和血液免疫细胞进入相似或不同病理状态的程度，并识别了隔间间的差异基因表达特征和共同调控的表面标记 | NA | 阐明严重至危重COVID-19患者肺部和外周免疫细胞的共同和隔间特异性特征 | 严重COVID-19患者肺部和外周的免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 96个公开的单细胞RNA测序数据集 |
| 104 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics of the early developing mouse cerebral cortex disentangle the spatial and temporal components of neuronal fate acquisition
2021-07-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.197962
PMID:34170322
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了早期发育的小鼠大脑皮层的神经元多样性，并探讨了神经元命运获取的空间和时间因素 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了神经元命运获取过程中空间信息和时间成熟的叠加作用 | NA | 探讨大脑皮层发育过程中神经元多样性的起源 | 小鼠早期发育的大脑皮层中的神经元和前体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个早期发育的大脑皮层样本 |
| 105 | 2024-08-08 |
scRNA sequencing uncovers a TCF4-dependent transcription factor network regulating commissure development in mouse
2021-07-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.196022
PMID:34184026
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据和生物信息学策略，揭示了TCF4依赖的转录因子网络在调控小鼠胼胝体发育中的作用 | 本研究首次发现TCF4与非bHLH转录因子相互作用，并调控其转录活性，为神经发育过程中的转录因子网络提供了新的见解 | NA | 旨在识别TCF4在控制大脑半球间连接形成中的转录因子伙伴 | TCF4及其在神经发育中的作用 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 106 | 2024-08-08 |
The triumphs and limitations of computational methods for scRNA-seq
2021-07, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01171-x
PMID:34155396
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综述 | 本文回顾了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中的关键计算步骤，并探讨了不同方法的假设、成功案例、存在的模糊性和局限性 | 随着实验技术的能力和准确性提高，新兴算法的发展揭示了生物学中越来越复杂的方面 | 快速增长迫使不断重新评估基础统计模型、实验目的和大量数据处理 | 审查scRNA-seq分析中的计算方法，并强调其成功和局限性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | NA |
| 107 | 2024-08-08 |
Molecular logic of cellular diversification in the mouse cerebral cortex
2021-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03670-5
PMID:34163074
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和单细胞转座酶可及染色质测序技术，生成小鼠大脑皮层发育的综合图谱，并结合空间转录组学时间序列数据，重建了大脑皮层细胞类别的发育轨迹，推断了它们的空间组织和伴随的基因调控程序。 | 首次全面揭示了小鼠大脑皮层细胞多样化的分子逻辑，为理解皮层发育异常提供了新的视角。 | NA | 揭示小鼠大脑皮层细胞多样化的分子机制及其在发育过程中的调控。 | 小鼠大脑皮层的细胞类型及其发育过程中的分子调控。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，单细胞转座酶可及染色质测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 108 | 2024-08-08 |
The Three Rs of Single-Cell RNA Sequencing: Reuse, Refine, and Resource
2021-07, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2021.01.002
PMID:34167721
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研究论文 | 本文通过结合和重新分析人类皮肤单细胞RNA测序数据集，揭示了成纤维细胞异质性的新见解 | 展示了基于Reuse、Refine和Resource原则，可以从已发表的数据中获得新的发现 | NA | 探索单细胞RNA测序在研究细胞异质性中的应用 | 人类皮肤中的成纤维细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 数据集 | 多个数据集 |
| 109 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-Seq reveals a highly coordinated transcriptional program in mouse germ cells during primordial follicle formation
2021-07, Aging cell
IF:8.0Q1
DOI:10.1111/acel.13424
PMID:34174788
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了在小鼠原始卵泡形成过程中，生殖细胞的高度协调转录程序 | 本研究首次通过单细胞RNA测序和Monocle分析构建了卵母细胞发育的统一轨迹，并识别了可能的候选转录因子，这些因子可能在卵泡形成过程中维持转录程序 | NA | 阐明小鼠原始卵泡形成过程中卵母细胞的发育轨迹和调控机制 | 小鼠新生卵巢中的单个生殖细胞 | 数字病理学 | 卵巢疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 新生小鼠（P0.5）卵巢中的单个生殖细胞 |
| 110 | 2024-08-08 |
Targeting the αv integrin/TGF-β axis improves natural killer cell function against glioblastoma stem cells
2021-07-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI142116
PMID:34138753
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研究论文 | 研究通过抑制αv整合素/TGF-β轴改善自然杀伤细胞对胶质母细胞瘤干细胞的功能 | 揭示了胶质母细胞瘤干细胞通过αv整合素介导的TGF-β激活逃避自然杀伤细胞的机制，并提出αv整合素/TGF-β轴作为治疗胶质母细胞瘤的新靶点 | NA | 探讨胶质母细胞瘤干细胞逃避自然杀伤细胞的机制及潜在治疗策略 | 胶质母细胞瘤干细胞、自然杀伤细胞及αv整合素/TGF-β轴 | NA | 脑癌 | 质谱流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及胶质母细胞瘤患者及健康捐赠者的外周血NK细胞及肿瘤样本 |
| 111 | 2024-08-08 |
Sequential regulation of hemogenic fate and hematopoietic stem and progenitor cell formation from arterial endothelium by Ezh1/2
2021-07-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.05.014
PMID:34143974
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研究论文 | 本文探讨了Ezh1/2在调节动脉内皮细胞向造血干细胞和祖细胞分化的过程中的机制 | 首次描述了Ezh1在脊椎动物造血干细胞生产中的机制作用，并通过单细胞RNA测序揭示了Ezh1基因型在动脉内皮细胞中的调控作用 | NA | 研究Ezh1/2在胚胎发育中调节动脉内皮细胞向造血干细胞和祖细胞分化的机制 | Ezh1/2在动脉内皮细胞向造血干细胞和祖细胞分化中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及Ezh1基因型的动脉内皮细胞 |
| 112 | 2024-08-08 |
Airway basal stem cells reutilize the embryonic proliferation regulator, Tgfβ-Id2 axis, for tissue regeneration
2021-07-12, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.05.016
PMID:34129836
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研究论文 | 本文通过时间序列单细胞转录组学和遗传验证实验，研究了TGF-β信号在发育和再生过程中调控气道基底干细胞增殖转换的分子机制。 | 发现TGF-β-Id2轴在发育和再生过程中共同调控基底细胞的增殖转换，并揭示了其在正常再生和避免基底细胞过度增生中的精细调节作用。 | NA | 探讨TGF-β信号在气道基底干细胞发育和再生中的作用及其分子机制。 | 气道基底干细胞及其在发育和再生过程中的增殖转换。 | NA | NA | 时间序列单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 113 | 2024-08-08 |
Tissue-resident macrophages provide a pro-tumorigenic niche to early NSCLC cells
2021-07, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03651-8
PMID:34135508
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序探索了人非小细胞肺癌（NSCLC）病变中肿瘤相关白细胞的巨噬细胞亚群，发现组织驻留巨噬细胞在肿瘤早期形成时促进上皮-间质转化和肿瘤细胞侵袭，并诱导强烈的调节T细胞反应，保护肿瘤细胞免受适应性免疫的影响。 | 本研究首次揭示了组织驻留巨噬细胞在早期肺癌中的作用，并提出它们可作为早期肺癌病变预防和治疗的目标。 | 研究主要集中在巨噬细胞在早期肺癌中的作用，对于其在肿瘤进展后期及不同阶段的具体作用机制仍需进一步研究。 | 探索巨噬细胞在人非小细胞肺癌病变中的多样性及其对肿瘤微环境的影响。 | 人非小细胞肺癌病变中的肿瘤相关白细胞。 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括人和小鼠的肺癌样本 |
| 114 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing identify SDCBP in ACE2-positive bronchial epithelial cells negatively correlates with COVID-19 severity
2021-07, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.16714
PMID:34137173
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，在COVID-19患者的ACE2阳性支气管上皮细胞中鉴定出SDCBP，并发现其与COVID-19严重程度呈负相关 | 首次在ACE2阳性支气管上皮细胞中发现SDCBP与COVID-19严重程度的相关性，并探讨了其在免疫浸润中的作用 | NA | 识别新的预后生物标志物和治疗靶点，以辅助COVID-19的诊断和治疗 | COVID-19患者的ACE2阳性支气管上皮细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本 |
| 115 | 2024-08-08 |
LncRNA PCBP1-AS1 correlated with the functional states of cancer cells and inhibited lung adenocarcinoma metastasis by suppressing the EMT progression
2021-07-16, Carcinogenesis
IF:3.3Q2
DOI:10.1093/carcin/bgab047
PMID:34107009
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术识别与肺腺癌功能状态相关的长非编码RNA，并探讨其在肺腺癌转移中的作用 | 首次发现长非编码RNA PCBP1-AS1通过抑制上皮-间质转化过程抑制肺腺癌转移 | NA | 探讨长非编码RNA在肺腺癌功能状态及转移中的作用 | 长非编码RNA PCBP1-AS1及其在肺腺癌中的功能 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 共识别出849个长非编码RNA，其中11个与肺腺癌预后显著相关 |
| 116 | 2024-08-08 |
Comprehensive aptamer-based screen of 1317 proteins uncovers improved stool protein markers of colorectal cancer
2021-07, Journal of gastroenterology
IF:6.9Q1
DOI:10.1007/s00535-021-01795-y
PMID:34117903
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研究论文 | 本文通过基于适配体的1317种蛋白质筛选，发现并验证了新的结直肠癌粪便蛋白质标志物。 | 首次使用基于适配体的蛋白质筛选方法，发现并验证了结直肠癌的新型粪便蛋白质标志物。 | 需要纵向研究来评估这些新型标志物在早期诊断结直肠癌中的临床效用。 | 筛选和验证结直肠癌的新型粪便蛋白质标志物。 | 结直肠癌患者的粪便蛋白质标志物。 | NA | 结直肠癌 | 基于适配体的蛋白质筛选，ELISA验证，单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质数据，单细胞RNA-seq数据 | 发现队列中包括结直肠癌患者和健康对照，验证队列包括76名结直肠癌患者，15名腺瘤患者和63名健康对照。 |
| 117 | 2024-08-08 |
Endogenous neural stem cells modulate microglia and protect against demyelination
2021-07-13, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.05.002
PMID:34087164
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研究论文 | 本文研究了内源性神经干细胞在脱髓鞘过程中的免疫调节作用 | 首次提出内源性神经干细胞通过调节小胶质细胞和免疫反应，促进髓鞘再生 | NA | 探讨内源性神经干细胞在脱髓鞘过程中的免疫调节作用 | 内源性神经干细胞和小胶质细胞在脱髓鞘过程中的相互作用 | 神经科学 | 脱髓鞘疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 118 | 2024-08-08 |
The molecular and epigenetic mechanisms of innate lymphoid cell (ILC) memory and its relevance for asthma
2021-07-05, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20201354
PMID:34076685
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研究论文 | 研究探讨了先天淋巴细胞（ILC）记忆的分子和表观遗传机制及其与哮喘的关系 | 首次揭示了ILC2s在记忆驱动哮喘中的关键作用，并通过ATAC-seq和scRNA-seq技术识别了记忆ILC2s的独特表观遗传景观和基因调控网络 | 研究主要基于Rag1-/-小鼠模型，可能需要进一步在其他模型或人类样本中验证结果 | 阐明ILC记忆的分子和表观遗传机制及其在哮喘中的作用 | 先天淋巴细胞（ILC）记忆及其在哮喘中的作用 | 数字病理学 | 哮喘 | ATAC-seq, scRNA-seq | NA | 基因组数据 | Rag1-/-小鼠 |
| 119 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals atlas of dairy goat testis cells
2021-Jul-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了奶山羊睾丸细胞的高分辨率图谱 | 首次在奶山羊中探索了精原干细胞自我更新的调控机制，并鉴定了多种体细胞和生精细胞亚型 | NA | 探究奶山羊精原干细胞自我更新的调控机制及睾丸体细胞的发育 | 奶山羊的睾丸细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 来自一只奶山羊的样本 |
| 120 | 2024-08-08 |
Single-Cell Characterization of the Immune Microenvironment of Melanoma Brain and Leptomeningeal Metastases
2021-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-1694
PMID:34035069
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了黑色素瘤脑转移（MBM）和软脑膜黑色素瘤转移（LMM）的免疫微环境 | 首次构建了两种不同部位的黑色素瘤中枢神经系统转移的免疫图谱，并定义了其免疫细胞景观 | NA | 旨在定义黑色素瘤中枢神经系统转移的免疫景观 | 黑色素瘤脑转移（MBM）和软脑膜黑色素瘤转移（LMM）的免疫微环境 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 43例患者样本，包括8例皮肤转移、14例MBM和19例连续LMM样本 |