单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 182 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-08 |
YTHDF2 alleviates cardiac hypertrophy via regulating Myh7 mRNA decoy
2021-Jul-15, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-021-00649-7
PMID:34266473
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研究论文 | 本研究探讨了m6A阅读蛋白YTHDF2在心脏肥大中的潜在作用及其机制 | 首次揭示了YTHDF2通过m6A依赖的方式调节Myh7 mRNA来抑制心脏肥大的新机制 | NA | 研究YTHDF2在心脏肥大中的作用及其分子机制 | YTHDF2蛋白在心脏肥大中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 免疫沉淀, 质谱分析, 基因本体论分析, KEGG通路分析 | NA | mRNA, 蛋白质 | 使用横跨主动脉缩窄手术构建的心脏肥大小鼠模型, 以及通过异丙肾上腺素或苯肾上腺素刺激分离的心肌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 82 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of freshly isolated bovine milk cells and cultured primary mammary epithelial cells
2021-07-15, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-021-00972-1
PMID:34267220
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了新鲜分离的牛乳细胞和培养的初级乳腺上皮细胞的基因表达谱 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了牛乳细胞和初级乳腺上皮细胞的基因表达多样性 | 研究仅限于单次样本分析，可能需要更多样本以验证结果的普遍性 | 探究牛乳中单核细胞组成及其基因表达谱的多样性 | 新鲜分离的牛乳细胞和培养的初级乳腺上皮细胞 | 数字病理学 | NA | Drop-seq技术 | NA | RNA数据 | 7,119个牛乳细胞和10,549个初级乳腺上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-08-08 |
Spatiotemporal dynamics of inner ear sensory and non-sensory cells revealed by single-cell transcriptomics
2021-07-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109358
PMID:34260939
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析揭示了内耳感觉和非感觉细胞的时空动态变化 | 首次通过计算分析单细胞转录组数据，分类并解析了14种个体感觉和非感觉亚型细胞，并揭示了过渡上皮细胞在新生小鼠椭圆囊扩张过程中的动态增殖和分化过程 | NA | 揭示非感觉上皮细胞如何参与新生小鼠感觉上皮生长的顺序和协调过程 | 内耳感觉和非感觉细胞的类型多样性和细胞添加机制 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-08-08 |
scPNMF: sparse gene encoding of single cells to facilitate gene selection for targeted gene profiling
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab273
PMID:34252925
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研究论文 | 本文开发了一种名为scPNMF的单细胞投影非负矩阵分解方法，用于从scRNA-seq数据中无监督地选择信息基因 | scPNMF方法通过改进初始化和增加基选择步骤，能够更好地区分细胞类型，并支持新目标基因分析数据与参考数据在低维空间中的对齐 | NA | 开发一种新的方法来从scRNA-seq数据中选择信息基因，以促进目标基因分析 | 单细胞RNA测序数据中的信息基因选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 非负矩阵分解(PNMF) | 基因表达数据 | 多种scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2024-08-08 |
CALLR: a semi-supervised cell-type annotation method for single-cell RNA sequencing data
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab286
PMID:34252936
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研究论文 | 本文提出了一种名为CALLR的半监督细胞类型注释方法，用于单细胞RNA测序数据 | CALLR方法结合了基于图拉普拉斯矩阵的无监督学习和使用稀疏逻辑回归的监督学习，通过交替更新细胞聚类和注释标签，实现了高注释准确性 | NA | 提出一种新的半监督学习方法，用于提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏逻辑回归 | RNA测序数据 | 10个真实数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-08-08 |
stPlus: a reference-based method for the accurate enhancement of spatial transcriptomics
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab298
PMID:34252941
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研究论文 | 本文提出了一种基于参考的方法stPlus，利用单细胞RNA测序数据增强空间转录组学 | stPlus通过精心设计的自编码器和加权k近邻方法，提高了基因表达预测的准确性和细胞群识别能力 | NA | 旨在提高空间转录组学中基因表达预测的准确性和细胞群识别能力 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 适用于不同基因检测灵敏度水平、样本大小和空间测量基因数量的数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-08 |
Bayesian information sharing enhances detection of regulatory associations in rare cell types
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab269
PMID:34252956
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ShareNet的贝叶斯框架，通过跨相关细胞类型的信息共享结构，提高细胞类型特异性基因调控网络的准确性 | ShareNet框架通过自适应优化的信息共享结构，增强了罕见细胞类型中基因调控关联的检测能力 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性基因调控网络的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯框架 | 基因调控网络 | 涉及三个基准单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2024-08-08 |
doubletD: detecting doublets in single-cell DNA sequencing data
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab266
PMID:34252961
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研究论文 | 本文介绍了一种名为doubletD的新方法，用于检测单细胞DNA测序数据中的双细胞现象 | doubletD是首个专门用于检测scDNA-seq数据中双细胞的独立方法，采用简单的最大似然法和封闭形式的解决方案 | NA | 开发一种高效的方法来检测和移除单细胞DNA测序数据中的双细胞现象 | 单细胞DNA测序数据中的双细胞现象 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA测序 (scDNA-seq) | 最大似然法 | DNA测序数据 | 使用模拟数据和真实数据集进行验证 | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-08 |
SAILER: scalable and accurate invariant representation learning for single-cell ATAC-seq processing and integration
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab303
PMID:34252968
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研究论文 | 本文提出了一种名为SAILER的新深度生成模型框架，用于分析单细胞ATAC-seq数据，旨在学习每个细胞的低维非线性潜在表示，该表示定义了其内在染色质状态，不受外部混杂因素影响 | SAILER通过采用传统的编码器-解码器框架并施加额外约束，确保学习的表示不受混杂因素影响，从而在模拟和真实数据集上显示出比其他方法更好的细胞表示 | NA | 开发一种新的计算模型，用于处理和整合单细胞ATAC-seq数据，以解析表观基因组异质性和阐明转录调控机制 | 单细胞ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度生成模型 | 单细胞ATAC-seq数据 | 数百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-08 |
PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13 cell subset drives B cells into tertiary lymphoid structures of nasopharyngeal carcinoma
2021-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-002101
PMID:34253636
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研究论文 | 本研究探讨了PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13细胞亚群在鼻咽癌三级淋巴结构中的作用及其机制 | 首次揭示了PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13细胞亚群在鼻咽癌三级淋巴结构中的形成和功能，及其与生存率的关联 | NA | 探索鼻咽癌三级淋巴结构在适应性免疫反应中的作用机制 | PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13细胞亚群及其在鼻咽癌三级淋巴结构中的作用 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct cellular factors for response to immunotherapy targeting CD73 and PD-1 in colorectal cancer
2021-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-002503
PMID:34253638
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了针对CD73和PD-1的免疫治疗在结直肠癌中的不同细胞因子响应机制 | 首次探讨了CD73抑制剂AB680与PD-1抑制剂在结直肠癌免疫治疗中的不同作用机制，并展示了其潜在的协同效应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在临床试验中验证这些发现 | 评估CD73抑制剂AB680作为结直肠癌新型免疫治疗药物的价值 | 结直肠癌中的肿瘤浸润淋巴细胞及其对CD73和PD-1抑制剂的响应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未处理对照组和AB680及PD-1阻断治疗的小鼠结直肠癌模型各3例 | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-08 |
Cellular and Behavioral Characterization of Pcdh19 Mutant Mice: subtle Molecular Changes, Increased Exploratory Behavior and an Impact of Social Environment
2021 Jul-Aug, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0510-20.2021
PMID:34272258
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研究论文 | 本文通过结合RNA杂交、免疫组织化学和单细胞RNA测序数据分析，研究了Pcdh19突变小鼠的细胞和行为特征 | 首次揭示了PCDH19在皮质中间神经元中的表达，并描述了小鼠和人脑皮质中表达PCDH19的神经元亚型 | NA | 探究PCDH19突变引起的分子机制和功能 | Pcdh19突变小鼠的细胞和行为特征 | NA | NA | RNA杂交、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类皮质样本 | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2024-08-08 |
High-grade serous tubo-ovarian cancer refined with single-cell RNA sequencing: specific cell subtypes influence survival and determine molecular subtype classification
2021-07-09, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00922-x
PMID:34238352
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术对高级别浆液性输卵管卵巢癌进行细化分析，探讨特定细胞亚型对生存率和分子亚型分类的影响。 | 通过单细胞RNA测序技术提高了分子亚型的转录组分辨率，揭示了细胞亚型与生存率的相关性。 | 目前缺乏与这些亚型强相关的预后或预测相关性，阻碍了其在临床上的应用。 | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示高级别浆液性输卵管卵巢癌中细胞亚型与生存率和分子亚型分类的关系。 | 高级别浆液性输卵管卵巢癌的细胞亚型及其对生存率和分子亚型分类的影响。 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 18,403个细胞来自7个未经治疗的高级别浆液性输卵管卵巢癌肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-08-08 |
NF-κB-dependent IRF1 activation programs cDC1 dendritic cells to drive antitumor immunity
2021-07-09, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abg3570
PMID:34244313
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研究论文 | 本研究探讨了核因子κB（NF-κB）和干扰素（IFN）信号通路在调节肿瘤内常规类型1树突状细胞（cDC1s）成熟过程中的作用，以及这些通路如何影响抗肿瘤免疫反应 | 首次揭示了NF-κB依赖的IRF1激活在cDC1s中的作用，以及这一机制如何影响抗肿瘤免疫反应 | 研究主要集中在单个细胞转录组学分析和特定基因网络的激活，可能需要进一步的体内实验验证 | 探究NF-κB和IFN信号通路在cDC1s抗肿瘤免疫功能中的作用 | 肿瘤内常规类型1树突状细胞（cDC1s）及其在抗肿瘤免疫中的作用 | 免疫学 | 黑色素瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-08 |
Transcriptional profiling of mESC-derived tendon and fibrocartilage cell fate switch
2021-07-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24535-5
PMID:34244516
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研究论文 | 本研究通过激活TGFβ和hedgehog通路，利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和发育线索的迭代方法，成功从鼠胚胎干细胞（mESCs）中诱导生成肌腱和纤维软骨细胞，并展示了其在三维工程组织中的应用。 | 首次通过激活特定信号通路，高效生成肌腱和纤维软骨细胞，并成功应用于三维工程组织的构建。 | NA | 探究肌腱及相关纤维软骨组织（如半月板和纤维环）的转录调控因子，并开发高效生成这些细胞和组织的方法。 | 鼠胚胎干细胞（mESCs）衍生的肌腱和纤维软骨细胞。 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 90%诱导效率的mESC衍生的肌腱和纤维软骨细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis reveals cell communication triggered by macrophages associated with the reduction and exhaustion of CD8+ T cells in COVID-19
2021-07-08, Cell communication and signaling : CCS
IF:8.2Q1
DOI:10.1186/s12964-021-00754-7
PMID:34238338
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研究论文 | 本研究通过单细胞分析揭示了与COVID-19中CD8+ T细胞减少和耗竭相关的巨噬细胞触发的细胞间通信 | 本研究首次描述了COVID-19严重程度中涉及巨噬细胞和T细胞亚群的配体-受体相互作用 | 本研究为回顾性观察研究，未进行临床试验注册 | 旨在理解由多种细胞类型组成的呼吸免疫微环境及其基于配体-受体相互作用的细胞通信，以开发疫苗、探究COVID-19发病机制并改进大流行控制措施 | COVID-19患者的临床信息、常规实验室检测和流式细胞术分析数据 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 102名确诊COVID-19的住院患者 | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis of endometriosis provides insights into fibroblast fates and immune cell heterogeneity
2021-Jul-07, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-021-00637-x
PMID:34233737
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了子宫内膜异位症中成纤维细胞的命运和免疫细胞的异质性 | 首次构建了子宫内膜异位症的单细胞转录组图谱，并揭示了与疾病发展相关的成纤维细胞亚群和免疫细胞变化 | NA | 深入理解子宫内膜异位症的病因和病理机制 | 子宫内膜异位症患者的异位子宫内膜、子宫内膜异位症患者的正常子宫内膜以及健康女性的正常子宫内膜 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 约55,000个单细胞样本，来自三组不同来源 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-08 |
Dynamics of primitive streak regression controls the fate of neuromesodermal progenitors in the chicken embryo
2021-07-06, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.64819
PMID:34227938
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研究论文 | 本文通过追溯克隆分析和单细胞RNA测序技术，研究了鸡胚胎中原始条纹回缩过程中神经中胚层前体细胞（NMPs）的命运 | 首次在单细胞水平上直接证明了NMPs在鸡胚胎中的双潜能性，并揭示了NMPs在轴向延长过程中保持其转录组特征的同时失去上皮特性的现象 | NA | 探讨原始条纹和尾芽通过NMPs对羊膜胚胎身体形成的贡献 | 鸡胚胎中的神经中胚层前体细胞（NMPs）及其在身体形成中的作用 | 发育生物学 | NA | 追溯克隆分析，单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 鸡胚胎样本 | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-08 |
Coordination of endothelial cell positioning and fate specification by the epicardium
2021-07-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24414-z
PMID:34230480
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了心外膜细胞（EPDCs）在心脏发育过程中对内皮细胞（ECs）定位和命运指定的调控作用 | 首次识别出Slit2+ EPDCs作为血管导向细胞，并揭示了心外膜细胞通过旁分泌信号调控内皮细胞定位和命运指定的机制 | NA | 探讨心外膜细胞如何通过空间信息控制内皮细胞的身份和行为，以及其在心脏发育中的作用 | 内皮细胞（ECs）和心外膜细胞（EPDCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-08 |
The predicting roles of carcinoembryonic antigen and its underlying mechanism in the progression of coronavirus disease 2019
2021-07-03, Critical care (London, England)
DOI:10.1186/s13054-021-03661-y
PMID:34217339
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研究论文 | 本研究旨在识别COVID-19的候选预测因子并探讨其潜在机制 | 首次揭示了癌胚抗原（CEA）在COVID-19进展中的预测作用及其通过调节细胞间通讯的潜在机制 | NA | 识别COVID-19的预测生物标志物及其潜在机制 | COVID-19患者的癌胚抗原（CEA）及其在疾病进展中的作用 | NA | COVID-19 | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 304名住院的成年COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |