单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 182 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
Cellular basis of omentum activation and expansion revealed by single-cell RNA sequencing using a parabiosis model
2021-07-06, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-93330-5
PMID:34230565
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研究论文 | 本研究通过使用共生模型对小鼠网膜进行单细胞RNA测序，揭示了网膜激活和扩张的细胞基础 | 发现了一种新的细胞群，该细胞群在激活的网膜中同时表达巨噬细胞和成纤维细胞标记，表明其可能源自循环巨噬细胞衍生的成纤维细胞样细胞 | 文章未明确提及研究的具体局限性 | 探究网膜在激活过程中的细胞类型变化及其来源 | 小鼠网膜细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 未明确提及具体样本数量 |
| 42 | 2024-08-07 |
Coupled analysis of transcriptome and BCR mutations reveals role of OXPHOS in affinity maturation
2021-07, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-021-00936-y
PMID:34031613
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和主题建模分析了氧化磷酸化(OXPHOS)模块在生发中心(GC)B细胞中的表达，并结合免疫球蛋白重链(Igh)可变基因区域的体细胞超突变分析，揭示了OXPHOS在亲和力成熟中的作用。 | 首次揭示了氧化磷酸化(OXPHOS)在生发中心B细胞亲和力成熟中的作用，并通过实验验证了OXPHOS活性对B细胞克隆扩增和正选择的促进作用。 | NA | 阐明氧化磷酸化在生发中心B细胞亲和力成熟过程中的作用机制。 | 生发中心B细胞及其在亲和力成熟过程中的基因表达和突变。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，主题建模 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis of human oocyte ageing
2021-Jul, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.16594
PMID:34037315
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人类卵母细胞老化过程中的关键基因和生物信号通路 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了人类卵母细胞老化过程中的差异表达基因及其富集的生物过程 | 研究样本量较小，且仅包括老年和年轻患者，可能影响结果的普遍性 | 探究人类卵母细胞老化过程中的关键基因和相关生物信号通路 | 人类卵母细胞 | 基因组学 | 生殖健康 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 9个RNA-seq数据集，包括6名老年患者和3名年轻患者 |
| 44 | 2024-08-07 |
Rapid microfluidic isolation of virally infected primary bronchial epithelial cells for single-cell RNA sequencing
2021-Jul-16, BioTechniques
IF:2.2Q4
DOI:10.2144/btn-2021-0020
PMID:34269076
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研究论文 | 本文介绍了一种利用商用微流控设备快速分离病毒感染的初级支气管上皮细胞进行单细胞RNA测序的优化方法 | 提出了一种新的微流控设备用于快速分离病毒感染的初级支气管上皮细胞，适用于单细胞RNA测序 | NA | 研究支气管上皮细胞的亚型及其对病毒感染的反应 | 病毒感染的初级支气管上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 单个细胞 |
| 45 | 2024-08-07 |
A review of computational strategies for denoising and imputation of single-cell transcriptomic data
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa222
PMID:33003202
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综述 | 本文综述了用于单细胞转录组数据去噪和插补的计算策略 | 本文首次提出了对这些方法进行定量基准评估的需求 | 目前尚未有定量基准来评估这些方法 | 分析和比较当前最先进的单细胞转录组数据去噪和插补的计算方法 | 19种去噪和插补方法在模拟和真实数据集上的性能 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 涉及不同规模的样本和不同水平的生物变异性和技术噪声 |
| 46 | 2024-08-07 |
Modeling gene regulatory networks using neural network architectures
2021-Jul, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-021-00099-8
PMID:38217125
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研究论文 | 本文提出了一种名为DeepSEM的深度生成模型，用于联合推断基因调控网络（GRN）和单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的生物学意义表示 | 开发了一种神经网络版本的结构方程模型（SEM），明确模拟基因间的调控关系 | NA | 研究目的是开发一种新方法来分析单细胞RNA测序数据并推断基因调控网络 | 基因调控网络和单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 神经网络 | RNA测序数据 | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Extrathymic Aire-expressing cells support maternal-fetal tolerance
2021-07-16, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abf1968
PMID:34272228
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研究论文 | 研究探讨了AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用，发现母体中AIRE表达细胞的缺失会导致小鼠早期妊娠中的宫内生长受限 | 报道了一种维持母体-胎儿免疫稳态的新机制，并证明外胸腺AIRE表达细胞（eTACs）保护胚胎免受免疫介导的宫内生长受限 | NA | 研究AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用 | AIRE表达细胞在母体-胎儿耐受中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠妊娠模型 |
| 48 | 2024-08-08 |
Single Cell Technologies: Beyond Microfluidics
2021-07-29, Kidney360
IF:3.2Q1
DOI:10.34067/KID.0001822021
PMID:35368355
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research paper | 本文探讨了不依赖微流控技术的单细胞RNA测序（scRNA-seq）新方法 | 介绍了不依赖微流控技术的新型scRNA-seq方法，这些方法成本低、高度可定制，适用于具备分子生物学知识的实验室 | 目前广泛采用的10× Genomics解决方案存在高成本、中等通量和固定试剂盒组件导致的不可定制性 | 研究不依赖微流控技术的单细胞RNA测序新方法 | 单细胞RNA测序技术 | digital pathology | NA | scRNA-seq | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Approaches for Tracing T Cell Development
2021-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100408
PMID:34644259
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在追踪T细胞发育中的应用 | 单细胞RNA测序技术提供了前所未有的分辨率，以分析细胞身份及其基因表达程序 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术如何提供对T细胞发育的深入见解 | T细胞发育过程中的细胞身份和基因表达程序 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 50 | 2024-08-08 |
Development of metastasis-associated seven gene signature for predicting lung adenocarcinoma prognosis using single-cell RNA sequencing data
2021-07-01, Mathematical biosciences and engineering : MBE
DOI:10.3934/mbe.2021298
PMID:34517518
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，开发了一种与转移相关的七个基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后 | 首次基于单细胞RNA测序数据开发了与转移相关的七个基因特征，用于预测肺腺癌患者的总体生存率，并揭示了其潜在的分子机制 | NA | 开发一种新的基因特征，用于预测肺腺癌患者的预后 | 肺腺癌患者的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | Cox比例风险回归模型和LASSO回归分析 | RNA测序数据 | 训练组236例，测试组232例，整个TCGA-LUAD队列468例 |
| 51 | 2024-08-08 |
Regulation of CTLA-4 and PD-L1 Expression in Relapsing-Remitting Multiple Sclerosis Patients after Treatment with Fingolimod, IFNβ-1α, Glatiramer Acetate, and Dimethyl Fumarate Drugs
2021-Jul-27, Journal of personalized medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jpm11080721
PMID:34442365
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研究论文 | 研究评估了多发性硬化症患者在接受不同药物治疗后，外周血单个核细胞中CTLA-4和PD-L1基因表达的变化 | 使用单细胞RNA测序数据评估多发性硬化症患者不同细胞类型中CTLA-4和PD-L1的基因表达 | NA | 研究CTLA-4和PD-L1表达在多发性硬化症治疗中的变化及其对疾病发展的影响 | 多发性硬化症患者的外周血单个核细胞 | NA | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 52 | 2024-08-08 |
[Clinical importance of screening differential gene set of monocytes based on single-cell sequencing and digital polymerase chain reaction technology for early diagnosis of sepsis]
2021-Jul, Zhonghua wei zhong bing ji jiu yi xue
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研究论文 | 本研究旨在验证脓毒症中特定分化的单核细胞亚群，并通过单细胞测序和数字聚合酶链反应技术筛选和构建用于早期诊断脓毒症的单核细胞差异基因集 | 通过单细胞测序和数字PCR技术筛选出具有可靠诊断价值的单核细胞差异基因集，为早期诊断脓毒症提供新思路 | NA | 验证脓毒症中单核细胞的特定分化亚群，并筛选构建用于早期诊断的差异基因集 | 脓毒症患者的单核细胞及其差异基因集 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞测序技术，数字聚合酶链反应（PCR）技术 | NA | 基因表达数据 | 从2020年6月至2021年3月，广东省人民医院收治的脓毒症患者中提取外周血单个核细胞（PBMC） |
| 53 | 2024-08-08 |
Keratin Profiling by Single-Cell RNA-Sequencing Identifies Human Prostate Stem Cell Lineage Hierarchy and Cancer Stem-Like Cells
2021-Jul-28, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22158109
PMID:34360875
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了前列腺球中的上皮细胞谱系层次结构，并通过角蛋白分析识别了人类前列腺干细胞谱系层次和癌症干细胞样细胞 | 首次通过单细胞RNA测序技术对前列腺干细胞及其后代祖细胞进行角蛋白分析，揭示了干细胞和癌症相关通路的富集 | NA | 阐明人类前列腺干细胞谱系层次和癌症干细胞样细胞的角蛋白特征，以促进前列腺癌症干细胞样细胞的鉴定和治疗靶向 | 人类前列腺干细胞及其后代祖细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多个前列腺干细胞和祖细胞集群 |
| 54 | 2024-08-08 |
Single-Cell Transcriptome Profiling Simulation Reveals the Impact of Sequencing Parameters and Algorithms on Clustering
2021-Jul-19, Life (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/life11070716
PMID:34357088
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序数据模拟，评估了测序参数和算法对细胞聚类的影响 | 开发了一种模拟程序SSCRNA，用于生成原始数据，并评估了不同算法和测序深度对聚类准确性的影响 | NA | 研究单细胞RNA测序中的参数和算法对细胞聚类的影响 | 单细胞转录组测序数据及其分析算法 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | K-means, Louvain | 转录组数据 | NA |
| 55 | 2024-08-08 |
Multimodal single-cell omics analysis identifies epithelium-immune cell interactions and immune vulnerability associated with sex differences in COVID-19
2021-07-30, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-021-00709-x
PMID:34330889
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研究论文 | 本文通过多模态单细胞组学分析，揭示了COVID-19中与性别差异相关的上皮细胞-免疫细胞相互作用和免疫脆弱性 | 首次通过单细胞RNA测序和细胞间相互作用网络分析，揭示了COVID-19中性别差异的分子机制 | 研究主要集中在鼻腔、支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞，可能未涵盖所有相关组织和细胞类型 | 探讨COVID-19中性别差异的生物学机制 | COVID-19患者的鼻腔、支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个COVID-19患者的鼻腔、支气管肺泡灌洗液和外周血单个核细胞样本 |
| 56 | 2024-08-08 |
CRISPR/Cas9-based genetic screen of SCNT-reprogramming resistant genes identifies critical genes for male germ cell development in mice
2021-07-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-94851-9
PMID:34326397
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研究论文 | 本研究利用CRISPR/Cas9技术对未被充分研究的SCNT重编程抗性基因进行遗传筛选，以识别对小鼠雄性生殖细胞发育至关重要的基因。 | 首次通过CRISPR-based遗传筛选方法，针对未被充分研究的SCNT重编程抗性基因，揭示了这些基因在小鼠雄性生殖细胞发育中的关键作用。 | 研究主要集中在小鼠模型上，未来研究需要验证这些发现是否适用于人类生殖医学。 | 识别对小鼠雄性生殖细胞发育至关重要的基因，并探索其在人类生殖医学中的潜在应用。 | 小鼠雄性生殖细胞发育相关的SCNT重编程抗性基因。 | NA | NA | CRISPR/Cas9 | NA | RNA-seq | 使用了C57BL/6N小鼠进行遗传筛选，并分析了成年小鼠组织的RT-qPCR数据以及成年小鼠睾丸的单细胞RNA-seq数据。 |
| 57 | 2024-08-08 |
Single-cell analysis of mosquito hemocytes identifies signatures of immune cell subtypes and cell differentiation
2021-07-28, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66192
PMID:34318744
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了蚊子的免疫细胞，揭示了免疫细胞亚型的复杂性及其分化过程 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细描述了蚊子免疫细胞的亚型及其分化，并定义了区分这些亚型的标记 | NA | 深入了解蚊子免疫细胞的生物学特性，并为比较无脊椎动物免疫学提供资源 | 蚊子的免疫细胞，特别是血细胞及其亚型和分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 58 | 2024-08-08 |
ScRNA-seq revealed the kinetic of nasopharyngeal immune responses in asymptomatic COVID-19 carriers
2021-Jul-27, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00294-x
PMID:34315869
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-08 |
Dimensionality reduction by UMAP reinforces sample heterogeneity analysis in bulk transcriptomic data
2021-07-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109442
PMID:34320340
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研究论文 | 本文比较了四种主要降维方法（PCA、MDS、t-SNE和UMAP）在分析71个大型bulk转录组数据集中的应用，发现UMAP在区分批次效应、识别预定义生物组和揭示二维空间中的深入聚类方面优于其他方法 | 首次将UMAP应用于bulk转录组数据分析，并展示了其在增强样本异质性分析方面的优势 | NA | 比较不同降维方法在bulk转录组数据分析中的效果 | bulk转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 转录组分析 | UMAP | 转录组数据 | 71个大型bulk转录组数据集 |
| 60 | 2024-08-08 |
[Gene expression profiles of myopic mouse scleral fibroblasts: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing]
2021-Jul-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了近视后小鼠巩膜成纤维细胞基因表达谱的变化及其功能机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析近视小鼠巩膜成纤维细胞的基因表达变化，并深入探讨了炎症、缺氧、蛋白质调控及内质网应激相关基因表达和通路调控的复杂机制 | NA | 研究近视后小鼠巩膜成纤维细胞基因表达谱的变化，并探索其功能障碍的机制 | 小鼠巩膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 近视 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 6只C57BL/6J小鼠分为对照组和近视模型组，每组6只 |