单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 182 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-07 |
Dhaka: variational autoencoder for unmasking tumor heterogeneity from single cell genomic data
2021-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz095
PMID:30768159
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研究论文 | 本文介绍了一种名为'Dhaka'的变分自编码器方法，用于从单细胞基因组数据中揭示肿瘤异质性 | 提出了一种新的变分自编码器方法，能够将单细胞基因组数据转换为更有效的降维特征空间，以区分隐藏的肿瘤亚群 | NA | 旨在通过单细胞测序数据揭示肿瘤内部的异质性 | 单细胞基因组数据中的肿瘤细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序（scDNA-Seq和scRNA-Seq） | 变分自编码器（VAE） | 基因组数据 | 测试数据集包括合成数据和六个单细胞癌症数据集，每个样本的细胞数量从250到6000不等 |
| 22 | 2024-08-07 |
Generation and Characterization of a Cell Type-Specific, Inducible Cre-Driver Line to Study Olfactory Processing
2021-07-28, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.3076-20.2021
PMID:34099512
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研究论文 | 本文通过分析单细胞RNA测序数据，识别并验证了在小鼠嗅球中的两种细胞类型——主细胞和簇状细胞中差异表达的基因，并利用CRISPR/Cas9技术生成了一个可诱导的Cre驱动鼠系，用于特定标记主细胞，以研究嗅觉处理 | 首次生成了能够区分主细胞和簇状细胞的Cre驱动鼠系，利用公开的单细胞RNA测序数据加速了科学研究 | NA | 生成一个细胞类型特异性的、可诱导的Cre驱动鼠系，以研究嗅觉处理中的细胞类型特异性贡献 | 小鼠嗅球中的主细胞和簇状细胞 | 神经科学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大量样本 |
| 23 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome of bronchoalveolar lavage fluid reveals sequential change of macrophages during SARS-CoV-2 infection in ferrets
2021-07-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24807-0
PMID:34315893
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，纵向分析了SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液中的细胞，揭示了感染后肺部免疫微环境的动态变化 | 首次使用纵向方法描述SARS-CoV-2感染的免疫反应，并通过单细胞RNA测序技术详细分析了巨噬细胞亚群的转录组变化 | NA | 探究SARS-CoV-2感染后肺部免疫反应的动态变化 | SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 从SARS-CoV-2感染的雪貂中获取的支气管肺泡灌洗液细胞 |
| 24 | 2024-08-07 |
AMPK activation reverts mouse epiblast stem cells to naive state
2021-Jul-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102783
PMID:34308289
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研究论文 | 本文研究了AMPK激活剂如何诱导小鼠外胚层干细胞从激活态逆转回原始态 | 首次展示了AMPK激活剂能够诱导激活态的小鼠外胚层干细胞逆转回原始多能态，并通过单细胞RNA测序揭示了这一过程中的中间态 | NA | 探究调控干细胞多能态类型的细胞信号机制 | 小鼠外胚层干细胞的多能态转变 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
Computing the Riemannian curvature of image patch and single-cell RNA sequencing data manifolds using extrinsic differential geometry
2021-07-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2100473118
PMID:34272279
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研究论文 | 本文研究了两种微分几何方法在估计低维流形上黎曼曲率的可行性，并应用于图像块和单细胞RNA测序数据。 | 本文采用了外微分几何方法，能够处理更复杂的模型，并成功应用于实际数据集。 | 内微分几何方法在估计二维常曲率流形的曲率时失败。 | 研究如何准确估计高维数据集中的低维流形的黎曼曲率。 | 图像块和单细胞RNA测序数据流形。 | 计算机视觉 | NA | 微分几何 | NA | 图像，RNA测序数据 | 小样本量 |
| 26 | 2024-08-07 |
Review of multi-omics data resources and integrative analysis for human brain disorders
2021-07-17, Briefings in functional genomics
IF:2.5Q3
DOI:10.1093/bfgp/elab024
PMID:33969380
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综述 | 本文综述了用于人类大脑研究的多组学数据资源和综合分析方法，涵盖健康对照组和多种神经精神疾病 | 介绍了单细胞组学在脑研究中的最新进展，如单核RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学 | 讨论了多组学研究在人类大脑疾病中的局限性和未来方向 | 总结和更新人类大脑研究中的多组学数据资源和综合分析方法 | 人类大脑，包括健康对照组和神经精神疾病患者 | NA | 神经精神疾病 | 单核RNA测序、单细胞ATAC测序、空间转录组学 | NA | 多组学数据 | NA |
| 27 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq reveals cellular heterogeneity of mouse carotid artery under disturbed flow
2021-Jul-16, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-021-00567-0
PMID:34282126
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了在小鼠颈动脉中受到扰流影响的细胞异质性 | 首次构建了小鼠颈动脉在扰流条件下的单细胞基因表达图谱，并识别了先前未被识别的细胞亚群及其基因表达特征 | NA | 探究扰流条件下血管细胞群体的异质性及其在动脉粥样硬化中的作用 | 小鼠颈动脉中的细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10,262个细胞来自实验组，14,580个细胞来自对照组 |
| 28 | 2024-08-07 |
Refining the Molecular Framework for Pancreatic Cancer with Single-cell and Spatial Technologies
2021-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4712
PMID:33653818
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研究论文 | 本文利用单细胞和空间技术细化胰腺癌的分子框架，以指导治疗策略 | 采用单细胞转录组学和空间解析技术，揭示了肿瘤内异质性、恶性间质相互作用及先前在整体水平上被掩盖的细微转录程序 | 传统的整体转录组学研究难以区分肿瘤细胞与微环境中其他细胞类型的贡献 | 通过单细胞和空间技术细化胰腺癌的分子框架，以提高精准肿瘤学的效果 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其治疗策略 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | RNA | NA |
| 29 | 2024-08-07 |
Myeloid cell interferon responses correlate with clearance of SARS-CoV-2
2021-Jul-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-664507/v1
PMID:34282414
|
研究论文 | 本研究通过纵向单细胞RNA测序分析了感染SARS-CoV-2的成年猕猴的支气管肺泡灌洗细胞，以阐明早期免疫细胞变化的动力学。 | 本研究首次在猕猴模型中观察到特定巨噬细胞和T淋巴细胞在SARS-CoV-2感染后表达强烈的干扰素驱动的炎症基因特征，并发现这些反应与病毒血症的下降和恢复相关。 | 本研究主要在猕猴模型中进行，可能与人类免疫反应存在差异。 | 旨在更好地理解SARS-CoV-2感染的早期病毒动力学、宿主反应和免疫病理。 | 感染SARS-CoV-2的成年猕猴的支气管肺泡灌洗细胞。 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6只成年猕猴 |
| 30 | 2024-08-07 |
Coordinated changes in gene expression kinetics underlie both mouse and human erythroid maturation
2021-07-05, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02414-y
PMID:34225769
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究了小鼠和人类红细胞成熟过程中的基因表达动力学变化 | 揭示了红细胞成熟过程中基因表达动力学的协调性步进变化，挑战了现有RNA速度分析框架的假设 | 现有的RNA速度分析框架未能考虑表达动力学随时间变化的情况 | 探讨红细胞成熟过程中的基因表达动力学变化及其对其他分化过程的可能影响 | 小鼠和人类的红细胞成熟过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包含小鼠胚胎和人类胎儿肝脏的数据集 |
| 31 | 2024-08-07 |
Deciphering transcriptional and functional heterogeneity in hematopoiesis with single-cell genomics
2021-07-01, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000657
PMID:33901135
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研究论文 | 本文探讨了单细胞基因组学在解析造血过程中的转录和功能异质性中的应用 | 本文提出了使用单细胞系追踪和功能验证研究来揭示转录上不同的造血干细胞和祖细胞亚群中的细胞命运偏倚，并提出了新的标记物来前瞻性地分离功能上不同的亚群 | 标准单细胞转录组学存在高采样噪声，特别是对于低表达基因如转录因子，这可能阻碍识别定义细胞身份和细胞命运偏倚的稀有转录本 | 理解单细胞基因组学方法及其后续功能 assay 的局限性，以区分技术噪声和生物学贡献，识别稀有基因表达状态，并揭示造血过程中功能上不同的亚群 | 造血过程中的转录和功能异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞基因组学 | NA | 基因表达数据 | 多个造血干细胞和祖细胞亚群 |
| 32 | 2024-08-07 |
Discrete limbal epithelial stem cell populations mediate corneal homeostasis and wound healing
2021-07-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.003
PMID:33984282
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和高级定量谱系追踪技术，深入分析了小鼠角膜缘上皮细胞，揭示了两种位于不同亚区的角膜缘上皮干细胞（LSCs）群体的存在及其在角膜稳态和伤口愈合中的作用 | 本文首次揭示了角膜缘上皮干细胞存在两种不同的群体，分别位于外缘和内缘，各自在伤口愈合和角膜上皮稳态维持中发挥作用 | NA | 研究角膜缘上皮干细胞在角膜稳态和伤口愈合中的作用机制 | 小鼠角膜缘上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序，定量谱系追踪 | NA | RNA | 小鼠角膜缘上皮细胞 |
| 33 | 2024-08-07 |
Dissecting the single-cell transcriptome network underlying esophagus non-malignant tissues and esophageal squamous cell carcinoma
2021-Jul, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103459
PMID:34192657
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了食管非恶性组织和食管鳞状细胞癌的转录组网络，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和相互作用。 | 研究首次识别了食管鳞状细胞癌的四个恶性特征，并构建了细胞间通信图谱，为食管鳞状细胞癌的治疗提供了新的潜在标记和靶点。 | 研究仅使用了五个肿瘤样本和五个非恶性样本，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性。 | 探究食管鳞状细胞癌的肿瘤微环境及其异质性，为临床管理提供新的治疗靶点。 | 食管非恶性组织和食管鳞状细胞癌的单细胞转录组。 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 128,688个细胞 |
| 34 | 2024-08-07 |
Single-cell spatial transcriptomic analysis reveals common and divergent features of developing postnatal granule cerebellar cells and medulloblastoma
2021-07-01, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-021-01071-8
PMID:34210306
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研究论文 | 本研究通过单细胞空间转录组学分析，揭示了发育中的小脑颗粒细胞与髓母细胞瘤之间的共同特征和差异 | 首次通过单细胞RNA测序和空间转录组学技术，详细分析了小脑颗粒细胞的发育状态及其与髓母细胞瘤的关系 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探究小脑颗粒细胞发育过程中的转录调控及其与髓母细胞瘤的关系 | 小脑颗粒细胞和髓母细胞瘤细胞 | 数字病理学 | 髓母细胞瘤 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 24,919个小鼠小脑细胞和18,372个Patched+/-突变小鼠细胞 |
| 35 | 2024-08-07 |
Mammalian tracheal development and reconstruction: insights from in vivo and in vitro studies
2021-07-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198192
PMID:34228796
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综述 | 本文综述了哺乳动物气管发育及从多能干细胞生成气管组织的最新进展 | 采用单细胞测序技术和定量分析方法，从细胞到组织层面解析了气管形态发生的细胞基础 | NA | 探讨气管发育异常的原因及开发从干细胞重建三维气管的技术 | 哺乳动物的气管发育和重建 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞和组织数据 | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
Fxr signaling and microbial metabolism of bile salts in the zebrafish intestine
2021-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abg1371
PMID:34301599
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研究论文 | 研究了斑马鱼肠道中胆盐的微生物代谢及其对法尼醇X受体（Fxr）信号传导的影响 | 首次展示了斑马鱼中肝脏胆盐合成和回肠运输途径的关键成分的保守性，并揭示了胆盐微生物修饰对Fxr活性的增强作用 | NA | 探讨非哺乳脊椎动物中胆盐代谢和Fxr信号传导的机制 | 斑马鱼肠道中的胆盐合成、分泌、吸收及其对Fxr信号的影响 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 37 | 2024-08-07 |
Integrated single-cell RNA sequencing analyses suggest developmental paths of cancer-associated fibroblasts with gene expression dynamics
2021-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.487
PMID:34323427
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-07 |
A safe and effective mucosal RSV vaccine in mice consisting of RSV phosphoprotein and flagellin variant
2021-07-20, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109401
PMID:34289371
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研究论文 | 本文构建了一种重组蛋白P-KFD1，由RSV磷蛋白和E. coli K12株衍生的鞭毛蛋白变体KFD1组成，通过鼻内免疫在小鼠中抑制RSV复制并保护其免受肺部疾病的影响。 | 首次报道了使用P-KFD1重组蛋白作为鼻内疫苗，有效抑制RSV复制并保护小鼠免受肺部疾病的影响，且无疫苗增强疾病（VED）。 | 研究仅在 mice 模型中进行，尚未在人类中验证其安全性和有效性。 | 开发一种安全有效的黏膜RSV疫苗。 | RSV病毒和小鼠模型。 | 疫苗学 | 呼吸道感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 小鼠 |
| 39 | 2024-08-07 |
Regional specialization and fate specification of bone stromal cells in skeletal development
2021-07-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109352
PMID:34260921
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研究论文 | 本文通过小鼠遗传学、体外细胞分化实验和转录组分析，研究了骨髓间充质干细胞（BMSCs）在骨骼发育中的区域特异性和命运指定 | 首次揭示了来自骨干（dpMSCs）和骨骺（mpMSCs）的BMSCs之间的根本差异，并阐明了BMSC命运受PDGFRβ信号和转录因子Jun-B调控的机制 | NA | 深入理解BMSC在骨骼发育中的发展、谱系关系和分化 | 骨髓间充质干细胞（BMSCs）及其在骨骼发育中的作用 | NA | NA | 小鼠遗传学、体外细胞分化实验、转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据、单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型 |
| 40 | 2024-08-07 |
Single-nucleus RNA-seq2 reveals functional crosstalk between liver zonation and ploidy
2021-07-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24543-5
PMID:34253736
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研究论文 | 本文开发了一种针对冷冻组织核转录组全面分析的单核RNA-seq2方法，用于揭示肝细胞不同倍性水平下的转录组特征及其与代谢潜能和空间分布的关系 | 开发了适用于冷冻组织核转录组分析的单核RNA-seq2方法，揭示了肝细胞倍性与代谢潜能及空间分布之间的相互作用 | NA | 探索细胞异质性，特别是肝细胞中倍性状态与代谢潜能及空间分布的关系 | 肝细胞的转录组特征及其与倍性状态的关系 | 数字病理学 | NA | 单核RNA-seq | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |