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当前共找到 182 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-10-12 |
Modular, efficient and constant-memory single-cell RNA-seq preprocessing
2021-07, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-00870-2
PMID:33795888
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研究论文 | 描述了一种平衡效率和准确性的单细胞RNA测序数据预处理工作流程 | 工作流程基于kallisto和bustools程序，具有接近最优的速度和恒定的内存需求，适用于任意大规模数据集 | NA | 开发一种高效的单细胞RNA测序数据预处理方法 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-10-06 |
Assessing the replicability of spatial gene expression using atlas data from the adult mouse brain
2021-07, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001341
PMID:34280183
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研究论文 | 本文评估了成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性，特别是通过比较Allen脑图谱和空间转录组学数据集 | 首次使用可行的空间技术对Allen脑图谱的全脑、全转录组空间表达数据进行基准测试，并与第二个独立数据集进行比较 | 模型在不同数据集之间的双向分类性能无法重现，表明跨平台分类不够稳健 | 评估成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性 | 成年小鼠大脑的空间基因表达数据 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | LASSO回归、线性回归和基于相关性的特征选择 | 基因表达数据 | 成年小鼠大脑的全脑、全转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-10-01 |
Single-cell classification using graph convolutional networks
2021-Jul-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04278-2
PMID:34238220
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研究论文 | 本文提出了一种名为sigGCN的多模态端到端深度学习模型，用于细胞分类，结合了图卷积网络（GCN）和神经网络来利用基因相互作用网络 | 本文的创新点在于将基因相互作用网络与基因表达数据结合，通过图卷积网络方法提取有效特征，从而提高细胞分类的性能 | NA | 研究目的是通过结合基因相互作用网络和基因表达数据，提高细胞分类的准确性 | 研究对象是单细胞RNA测序（scRNAseq）数据中的细胞分类 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNAseq） | 图卷积网络（GCN） | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-09-25 |
Epithelial cell plasticity drives endoderm formation during gastrulation
2021-07, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-021-00694-x
PMID:34168324
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研究论文 | 本文研究了在原肠胚形成过程中，上皮细胞可塑性驱动内胚层形成的过程 | 本文首次揭示了内胚层的形成独立于经典的EMT过程，而是通过上皮细胞可塑性机制实现的，并发现Foxa2作为上皮门控因子抑制EMT | NA | 揭示原肠胚形成过程中内胚层形成的分子机制 | 胚胎干细胞和鼠胚胎 | NA | NA | 高分辨率单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-28 |
Embryo-scale, single-cell spatial transcriptomics
2021-07-02, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abb9536
PMID:34210887
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研究论文 | 本文介绍了sci-Space技术，该技术能够在保留单细胞分辨率的同时，解析更大尺度上的空间异质性 | sci-Space技术能够在不平均局部环境的情况下，同时解析大尺度的空间异质性 | NA | 研究基因表达的空间模式，并利用空间信息注释细胞亚型 | 发育中的小鼠胚胎 | 单细胞测序 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 约120,000个细胞核 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-14 |
Single-cell RNA sequencing reveals ex vivo signatures of SARS-CoV-2-reactive T cells through 'reverse phenotyping'
2021-07-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24730-4
PMID:34312385
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，通过'反向表型'方法识别并分析了COVID-19患者中SARS-CoV-2反应性T细胞的特征 | 首次采用'反向表型'方法，利用T细胞受体序列作为条形码，识别SARS-CoV-2反应性T细胞，并揭示了抗原特异性刺激引入的表型效应 | NA | 揭示SARS-CoV-2抗原反应性T细胞在体内的表型特征 | COVID-19患者的SARS-CoV-2反应性T细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 独立队列中的严重疾病患者呼吸道的T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-14 |
Single-cell transcriptomics reveals immune response of intestinal cell types to viral infection
2021-07, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209833
PMID:34309190
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研究论文 | 本文通过结合单细胞RNA测序和高度多重RNA荧光原位杂交技术，研究了人肠道类器官在人星状病毒感染下的免疫反应 | 开发了一种新框架，结合单细胞RNA测序和高度多重RNA荧光原位杂交技术，揭示了不同肠道上皮细胞系在病毒感染下的独特免疫反应 | NA | 探索人肠道上皮细胞在病毒感染下的个体免疫反应 | 人肠道类器官在人星状病毒感染下的免疫反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，高度多重RNA荧光原位杂交 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-13 |
GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles
2021-07-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24489-8
PMID:34234139
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为GapClust的轻量级算法，用于从超大规模的单细胞RNA测序数据集中检测稀有细胞类型 | GapClust算法在速度和内存效率上达到了最先进的水平，并且在多样本实验数据集上展示了优于其他近期方法的性能 | NA | 开发一种高效的算法来识别超大规模单细胞RNA测序数据集中的稀有细胞类型 | 稀有细胞类型 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 表达谱 | 包括肠和68k PBMC数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-13 |
Compensatory hepatic adaptation accompanies permanent absence of intrahepatic biliary network due to YAP1 loss in liver progenitors
2021-07-06, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109310
PMID:34233187
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研究论文 | 研究探讨了Yes相关蛋白1（YAP1）在肝脏发育中的作用及其对肝细胞适应性的影响 | 首次揭示了YAP1在肝脏发育中的关键作用，并展示了肝细胞在没有胆管网络情况下的深刻适应能力 | NA | 探究YAP1在肝脏发育中的作用及肝细胞的适应性 | YAP1在肝脏发育中的作用及肝细胞的适应性 | NA | NA | 单细胞RNA测序分析 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
Author Correction: A yeast-optimized single-cell transcriptomics platform elucidates how mycophenolic acid and guanine alter global mRNA levels
2021-Jul-13, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02420-7
PMID:34257405
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-05 |
C5aR1-positive neutrophils promote breast cancer glycolysis through WTAP-dependent m6A methylation of ENO1
2021-07-26, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-021-04028-5
PMID:34312368
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研究论文 | 本文探讨了C5aR1阳性中性粒细胞如何通过WTAP依赖性m6A甲基化促进乳腺癌的糖酵解。 | 识别出一种新类型的C5aR1阳性中性粒细胞，与乳腺癌进展和不良预后相关。 | 当前对中性粒细胞在乳腺癌进展中的作用尚不明确，仍需进一步研究。 | 研究C5aR1阳性中性粒细胞在乳腺癌进展中的作用及其机制。 | C5aR1阳性中性粒细胞及其在乳腺癌中的作用。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 临床乳腺癌样本及单细胞数据 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-05 |
Single-cell damagenome profiling unveils vulnerable genes and functional pathways in human genome toward DNA damage
2021-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abf3329
PMID:34215579
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研究论文 | 本研究报告了一种新型的单细胞全基因组扩增方法，可以有效捕获单细胞中的自发DNA损伤 | 首次引入了损伤相关的单核苷酸变异（damSNVs）及其整个基因组分布概念 | 未在其他细胞类型中验证该方法的广泛应用性 | 探讨DNA损伤在人体基因组中的脆弱基因和功能通路 | 单个人类神经元以及与阿尔茨海默病和自闭症谱系障碍相关的基因 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病，自闭症谱系障碍 | 单细胞全基因组扩增（LCS-WGA） | NA | 基因组数据 | 单个人类神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-07 |
Dhaka: variational autoencoder for unmasking tumor heterogeneity from single cell genomic data
2021-Jul-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz095
PMID:30768159
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研究论文 | 本文介绍了一种名为'Dhaka'的变分自编码器方法，用于从单细胞基因组数据中揭示肿瘤异质性 | 提出了一种新的变分自编码器方法，能够将单细胞基因组数据转换为更有效的降维特征空间，以区分隐藏的肿瘤亚群 | NA | 旨在通过单细胞测序数据揭示肿瘤内部的异质性 | 单细胞基因组数据中的肿瘤细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞测序（scDNA-Seq和scRNA-Seq） | 变分自编码器（VAE） | 基因组数据 | 测试数据集包括合成数据和六个单细胞癌症数据集，每个样本的细胞数量从250到6000不等 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-07 |
Generation and Characterization of a Cell Type-Specific, Inducible Cre-Driver Line to Study Olfactory Processing
2021-07-28, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.3076-20.2021
PMID:34099512
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研究论文 | 本文通过分析单细胞RNA测序数据，识别并验证了在小鼠嗅球中的两种细胞类型——主细胞和簇状细胞中差异表达的基因，并利用CRISPR/Cas9技术生成了一个可诱导的Cre驱动鼠系，用于特定标记主细胞，以研究嗅觉处理 | 首次生成了能够区分主细胞和簇状细胞的Cre驱动鼠系，利用公开的单细胞RNA测序数据加速了科学研究 | NA | 生成一个细胞类型特异性的、可诱导的Cre驱动鼠系，以研究嗅觉处理中的细胞类型特异性贡献 | 小鼠嗅球中的主细胞和簇状细胞 | 神经科学 | NA | CRISPR/Cas9基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 大量样本 | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome of bronchoalveolar lavage fluid reveals sequential change of macrophages during SARS-CoV-2 infection in ferrets
2021-07-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24807-0
PMID:34315893
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，纵向分析了SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液中的细胞，揭示了感染后肺部免疫微环境的动态变化 | 首次使用纵向方法描述SARS-CoV-2感染的免疫反应，并通过单细胞RNA测序技术详细分析了巨噬细胞亚群的转录组变化 | NA | 探究SARS-CoV-2感染后肺部免疫反应的动态变化 | SARS-CoV-2感染的雪貂支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 从SARS-CoV-2感染的雪貂中获取的支气管肺泡灌洗液细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
AMPK activation reverts mouse epiblast stem cells to naive state
2021-Jul-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102783
PMID:34308289
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研究论文 | 本文研究了AMPK激活剂如何诱导小鼠外胚层干细胞从激活态逆转回原始态 | 首次展示了AMPK激活剂能够诱导激活态的小鼠外胚层干细胞逆转回原始多能态，并通过单细胞RNA测序揭示了这一过程中的中间态 | NA | 探究调控干细胞多能态类型的细胞信号机制 | 小鼠外胚层干细胞的多能态转变 | 干细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-07 |
Computing the Riemannian curvature of image patch and single-cell RNA sequencing data manifolds using extrinsic differential geometry
2021-07-20, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2100473118
PMID:34272279
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研究论文 | 本文研究了两种微分几何方法在估计低维流形上黎曼曲率的可行性，并应用于图像块和单细胞RNA测序数据。 | 本文采用了外微分几何方法，能够处理更复杂的模型，并成功应用于实际数据集。 | 内微分几何方法在估计二维常曲率流形的曲率时失败。 | 研究如何准确估计高维数据集中的低维流形的黎曼曲率。 | 图像块和单细胞RNA测序数据流形。 | 计算机视觉 | NA | 微分几何 | NA | 图像，RNA测序数据 | 小样本量 | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA-seq reveals cellular heterogeneity of mouse carotid artery under disturbed flow
2021-Jul-16, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-021-00567-0
PMID:34282126
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了在小鼠颈动脉中受到扰流影响的细胞异质性 | 首次构建了小鼠颈动脉在扰流条件下的单细胞基因表达图谱，并识别了先前未被识别的细胞亚群及其基因表达特征 | NA | 探究扰流条件下血管细胞群体的异质性及其在动脉粥样硬化中的作用 | 小鼠颈动脉中的细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10,262个细胞来自实验组，14,580个细胞来自对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-07 |
Refining the Molecular Framework for Pancreatic Cancer with Single-cell and Spatial Technologies
2021-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-4712
PMID:33653818
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研究论文 | 本文利用单细胞和空间技术细化胰腺癌的分子框架，以指导治疗策略 | 采用单细胞转录组学和空间解析技术，揭示了肿瘤内异质性、恶性间质相互作用及先前在整体水平上被掩盖的细微转录程序 | 传统的整体转录组学研究难以区分肿瘤细胞与微环境中其他细胞类型的贡献 | 通过单细胞和空间技术细化胰腺癌的分子框架，以提高精准肿瘤学的效果 | 胰腺导管腺癌（PDAC）及其治疗策略 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-07 |
Myeloid cell interferon responses correlate with clearance of SARS-CoV-2
2021-Jul-15, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-664507/v1
PMID:34282414
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研究论文 | 本研究通过纵向单细胞RNA测序分析了感染SARS-CoV-2的成年猕猴的支气管肺泡灌洗细胞，以阐明早期免疫细胞变化的动力学。 | 本研究首次在猕猴模型中观察到特定巨噬细胞和T淋巴细胞在SARS-CoV-2感染后表达强烈的干扰素驱动的炎症基因特征，并发现这些反应与病毒血症的下降和恢复相关。 | 本研究主要在猕猴模型中进行，可能与人类免疫反应存在差异。 | 旨在更好地理解SARS-CoV-2感染的早期病毒动力学、宿主反应和免疫病理。 | 感染SARS-CoV-2的成年猕猴的支气管肺泡灌洗细胞。 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 6只成年猕猴 | NA | NA | NA | NA |