单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-10-13	Influenza virus infection increases ACE2 expression and shedding in human small airway epithelial cells 2021-07, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.03988-2020 PMID:33419885	研究论文	研究流感病毒感染如何增加人类小气道上皮细胞中ACE2的表达和脱落，从而增加COVID-19的风险	首次揭示了流感病毒感染会增加ACE2的表达和脱落，从而增加SARS-CoV-2感染的风险	研究主要集中在体外实验，需要进一步的体内实验验证	探讨流感病毒感染如何增加COVID-19的风险	人类小气道上皮细胞和相关分子	NA	呼吸道疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自非疾病供体肺的初级小气道上皮细胞
2	2024-10-12	Modular, efficient and constant-memory single-cell RNA-seq preprocessing 2021-07, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-021-00870-2 PMID:33795888	研究论文	描述了一种平衡效率和准确性的单细胞RNA测序数据预处理工作流程	工作流程基于kallisto和bustools程序，具有接近最优的速度和恒定的内存需求，适用于任意大规模数据集	NA	开发一种高效的单细胞RNA测序数据预处理方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
3	2024-10-06	Assessing the replicability of spatial gene expression using atlas data from the adult mouse brain 2021-07, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3001341 PMID:34280183	研究论文	本文评估了成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性，特别是通过比较Allen脑图谱和空间转录组学数据集	首次使用可行的空间技术对Allen脑图谱的全脑、全转录组空间表达数据进行基准测试，并与第二个独立数据集进行比较	模型在不同数据集之间的双向分类性能无法重现，表明跨平台分类不够稳健	评估成年小鼠大脑中空间基因表达数据的重复性	成年小鼠大脑的空间基因表达数据	数字病理学	NA	空间转录组学	LASSO回归、线性回归和基于相关性的特征选择	基因表达数据	成年小鼠大脑的全脑、全转录组数据
4	2024-10-01	Single-cell classification using graph convolutional networks 2021-Jul-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04278-2 PMID:34238220	研究论文	本文提出了一种名为sigGCN的多模态端到端深度学习模型，用于细胞分类，结合了图卷积网络（GCN）和神经网络来利用基因相互作用网络	本文的创新点在于将基因相互作用网络与基因表达数据结合，通过图卷积网络方法提取有效特征，从而提高细胞分类的性能	NA	研究目的是通过结合基因相互作用网络和基因表达数据，提高细胞分类的准确性	研究对象是单细胞RNA测序（scRNAseq）数据中的细胞分类	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）	图卷积网络（GCN）	基因表达数据	NA
5	2024-09-25	Epithelial cell plasticity drives endoderm formation during gastrulation 2021-07, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-021-00694-x PMID:34168324	研究论文	本文研究了在原肠胚形成过程中，上皮细胞可塑性驱动内胚层形成的过程	本文首次揭示了内胚层的形成独立于经典的EMT过程，而是通过上皮细胞可塑性机制实现的，并发现Foxa2作为上皮门控因子抑制EMT	NA	揭示原肠胚形成过程中内胚层形成的分子机制	胚胎干细胞和鼠胚胎	NA	NA	高分辨率单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
6	2024-09-13	The co-chaperone Fkbp5 shapes the acute stress response in the paraventricular nucleus of the hypothalamus of male mice 2021-07, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-021-01044-x PMID:33649453	研究论文	研究探讨了FKBP5在雄性小鼠下丘脑室旁核中对急性应激反应的调节作用	首次揭示了Fkbp5在下丘脑室旁核中对HPA轴活性的细胞类型特异性影响	研究仅限于雄性小鼠，未探讨雌性小鼠的情况	阐明Fkbp5在下丘脑室旁核中对HPA轴和急性应激反应的调节机制	雄性小鼠的下丘脑室旁核中的Fkbp5表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	雄性小鼠样本
7	2024-08-28	Embryo-scale, single-cell spatial transcriptomics 2021-07-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abb9536 PMID:34210887	研究论文	本文介绍了sci-Space技术，该技术能够在保留单细胞分辨率的同时，解析更大尺度上的空间异质性	sci-Space技术能够在不平均局部环境的情况下，同时解析大尺度的空间异质性	NA	研究基因表达的空间模式，并利用空间信息注释细胞亚型	发育中的小鼠胚胎	单细胞测序	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	约120,000个细胞核
8	2024-08-25	Role of Tim4 in the regulation of ABCA1+ adipose tissue macrophages and post-prandial cholesterol levels 2021-07-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24684-7 PMID:34290249	研究论文	研究探讨了Tim4在调节ABCA1+脂肪组织巨噬细胞和餐后胆固醇水平中的作用	首次揭示了Tim4作为餐后胆固醇运输和脂肪组织巨噬细胞功能的关键调节因子	NA	理解巨噬细胞脂质代谢的机制，以开发新的治疗方法	脂肪组织巨噬细胞和餐后胆固醇水平	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	特定表达Lyve1、Tim4和ABCA1的脂肪组织巨噬细胞群体
9	2024-08-14	Single-cell RNA sequencing reveals ex vivo signatures of SARS-CoV-2-reactive T cells through 'reverse phenotyping' 2021-07-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24730-4 PMID:34312385	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，通过'反向表型'方法识别并分析了COVID-19患者中SARS-CoV-2反应性T细胞的特征	首次采用'反向表型'方法，利用T细胞受体序列作为条形码，识别SARS-CoV-2反应性T细胞，并揭示了抗原特异性刺激引入的表型效应	NA	揭示SARS-CoV-2抗原反应性T细胞在体内的表型特征	COVID-19患者的SARS-CoV-2反应性T细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	独立队列中的严重疾病患者呼吸道的T细胞
10	2024-08-14	Single-cell transcriptomics reveals immune response of intestinal cell types to viral infection 2021-07, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209833 PMID:34309190	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和高度多重RNA荧光原位杂交技术，研究了人肠道类器官在人星状病毒感染下的免疫反应	开发了一种新框架，结合单细胞RNA测序和高度多重RNA荧光原位杂交技术，揭示了不同肠道上皮细胞系在病毒感染下的独特免疫反应	NA	探索人肠道上皮细胞在病毒感染下的个体免疫反应	人肠道类器官在人星状病毒感染下的免疫反应	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，高度多重RNA荧光原位杂交	NA	RNA	NA
11	2024-08-13	GapClust is a light-weight approach distinguishing rare cells from voluminous single cell expression profiles 2021-07-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24489-8 PMID:34234139	研究论文	本文介绍了一种名为GapClust的轻量级算法，用于从超大规模的单细胞RNA测序数据集中检测稀有细胞类型	GapClust算法在速度和内存效率上达到了最先进的水平，并且在多样本实验数据集上展示了优于其他近期方法的性能	NA	开发一种高效的算法来识别超大规模单细胞RNA测序数据集中的稀有细胞类型	稀有细胞类型	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	表达谱	包括肠和68k PBMC数据集
12	2024-08-13	Compensatory hepatic adaptation accompanies permanent absence of intrahepatic biliary network due to YAP1 loss in liver progenitors 2021-07-06, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109310 PMID:34233187	研究论文	研究探讨了Yes相关蛋白1（YAP1）在肝脏发育中的作用及其对肝细胞适应性的影响	首次揭示了YAP1在肝脏发育中的关键作用，并展示了肝细胞在没有胆管网络情况下的深刻适应能力	NA	探究YAP1在肝脏发育中的作用及肝细胞的适应性	YAP1在肝脏发育中的作用及肝细胞的适应性	NA	NA	单细胞RNA测序分析	NA	RNA序列	NA
13	2024-08-05	Multifunctional barcoding with ClonMapper enables high-resolution study of clonal dynamics during tumor evolution and treatment 2021-07, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-021-00222-8 PMID:34939038	研究论文	本文开发了一个功能化的谱系追踪系统ClonMapper，可以综合表征异质性人群中的数千个克隆。	ClonMapper整合了DNA条形码与单细胞RNA测序及克隆分离，实现了高分辨率的克隆动态研究。	NA	研究肿瘤进展和治疗反应中的复杂克隆动态。	慢性淋巴细胞白血病细胞系及其克隆亚群体。	数字病理学	淋巴癌	单细胞RNA测序、DNA条形码技术	NA	细胞、RNA	数千个克隆
14	2024-08-05	A Spatial Quantitative Systems Pharmacology Platform spQSP-IO for Simulations of Tumor-Immune Interactions and Effects of Checkpoint Inhibitor Immunotherapy 2021-Jul-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13153751 PMID:34359653	研究论文	本文开发了一个混合计算模型平台 spQSP-IO，用于研究肿瘤-免疫相互作用及检查点抑制免疫疗法的效果	本研究创新性地结合了空间解析的基于代理的模型与QSP模型，增强了其预测能力	目前尚未明确提及具体的限制	研究肿瘤微环境与癌症-免疫细胞相互作用对肿瘤发展的影响	非小细胞肺癌模型的虚拟患者	数字病理学	肺癌	成像技术，空间转录组学	基于代理的模型（ABM）	空间数据	虚拟患者的模拟模型
15	2024-08-07	Author Correction: A yeast-optimized single-cell transcriptomics platform elucidates how mycophenolic acid and guanine alter global mRNA levels 2021-Jul-13, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02420-7 PMID:34257405	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
16	2024-08-05	C5aR1-positive neutrophils promote breast cancer glycolysis through WTAP-dependent m6A methylation of ENO1 2021-07-26, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-04028-5 PMID:34312368	研究论文	本文探讨了C5aR1阳性中性粒细胞如何通过WTAP依赖性m6A甲基化促进乳腺癌的糖酵解。	识别出一种新类型的C5aR1阳性中性粒细胞，与乳腺癌进展和不良预后相关。	当前对中性粒细胞在乳腺癌进展中的作用尚不明确，仍需进一步研究。	研究C5aR1阳性中性粒细胞在乳腺癌进展中的作用及其机制。	C5aR1阳性中性粒细胞及其在乳腺癌中的作用。	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	临床乳腺癌样本及单细胞数据
17	2024-08-05	Inhibition of lung tumorigenesis by a small molecule CA170 targeting the immune checkpoint protein VISTA 2021-07-23, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02381-x PMID:34302042	研究论文	CA170是一种小分子拮抗剂，能够通过靶向免疫检查点蛋白VISTA抑制鼠肺肿瘤发生	开发了小分子CA170，通过拮抗VISTA显著增强了抗肿瘤免疫反应并提高了KRAS疫苗的疗效	本研究的结果主要基于小鼠模型，临床转化的有效性尚需进一步验证	探索小分子CA170在抑制肺肿瘤发生中的作用及其免疫调节机制	小鼠肿瘤模型，研究其对肺肿瘤发生的抑制作用	肿瘤免疫治疗	肺癌	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 流式细胞术	NA	生物样本	鼠模型
18	2024-08-05	Human oral mucosa cell atlas reveals a stromal-neutrophil axis regulating tissue immunity 2021-07-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.05.013 PMID:34129837	研究论文	本文编制了健康个体和牙周病患者的人类口腔黏膜单细胞转录组图谱	揭示了调节组织免疫的基质-中性粒细胞轴	未提及具体的样本多样性或长期观察的结果	帮助理解组织特异性的病理生理	人类口腔黏膜的细胞类型和特性	数字病理学	牙周病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	健康个体和牙周病患者的样本
19	2024-08-05	Genome-wide CRISPRi/a screens in human neurons link lysosomal failure to ferroptosis 2021-07, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00862-0 PMID:34031600	研究论文	本文展示了在人类神经元中进行的首个全基因组CRISPR干扰和激活筛选。	揭示了溶酶体蛋白prosaposin的下调如何选择性地增强神经元对氧化压力的敏感性，从而引发铁死亡的机制。	研究主要集中在神经元类型，其他细胞类型的反应未全面阐述。	系统理解不同人类细胞类型的基因功能。	人类神经元及其对慢性氧化压力的响应机制。	功能基因组学	神经退行性疾病	CRISPR干扰和激活	NA	转录组数据	NA
20	2024-08-05	Single-cell damagenome profiling unveils vulnerable genes and functional pathways in human genome toward DNA damage 2021-07, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abf3329 PMID:34215579	研究论文	本研究报告了一种新型的单细胞全基因组扩增方法，可以有效捕获单细胞中的自发DNA损伤	首次引入了损伤相关的单核苷酸变异（damSNVs）及其整个基因组分布概念	未在其他细胞类型中验证该方法的广泛应用性	探讨DNA损伤在人体基因组中的脆弱基因和功能通路	单个人类神经元以及与阿尔茨海默病和自闭症谱系障碍相关的基因	数字病理学	阿尔茨海默病，自闭症谱系障碍	单细胞全基因组扩增（LCS-WGA）	NA	基因组数据	单个人类神经元