单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 194 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-09 |
Isolation of human bone marrow stromal cells from bone marrow biopsies for single-cell RNA sequencing
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100538
PMID:34027494
|
研究论文 | 本文描述了一种结合机械和酶法从人骨髓活检中分离骨髓间质细胞，并通过FACS分选分离间质亚群进行单细胞RNA测序的方法 | 提出了一种新的结合机械和酶法的分离方法，以及使用FACS分选技术进行单细胞RNA测序 | NA | 研究骨髓间质细胞在调节干细胞静止和稳态中的作用，以及它们在各种血液恶性肿瘤中的关键贡献 | 人骨髓间质细胞及其亚群 | 数字病理学 | 血液恶性肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 142 | 2024-08-09 |
Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models
2021-06-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028
PMID:34019796
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研究论文 | 本文通过构建多个发育中的内胚层器官的单细胞转录组图谱，研究了人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用 | 首次结合细胞图谱和类器官技术，揭示了人类器官发育的分子机制 | NA | 探究人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用 | 内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 多个发育中的内胚层器官样本 | NA | NA | NA | NA |
| 143 | 2024-08-09 |
VEGF receptor 2 (KDR) protects airways from mucus metaplasia through a Sox9-dependent pathway
2021-06-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.027
PMID:34010630
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研究论文 | 本文探讨了VEGF受体2（KDR）通过Sox9依赖途径保护气道免受黏液化生的机制 | 揭示了VEGFa和其受体KDR在促进黏液化生中的新途径，并发现Sox9在Kdr抑制后的杯状细胞分化中的作用 | NA | 研究VEGFa/KDR信号通路在防御黏液化生中的作用 | VEGFa、KDR、MEK/ERK激酶以及Sox9在杯状细胞分化中的作用 | NA | 哮喘，囊性纤维化 | 单细胞RNA测序分析，遗传小鼠模型 | NA | RNA | 小鼠和人类气道细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 144 | 2024-08-09 |
Detection of differentially abundant cell subpopulations in scRNA-seq data
2021-06-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2100293118
PMID:34001664
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研究论文 | 本文介绍了一种名为DA-seq的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别不同丰度的细胞亚群 | DA-seq是一种多尺度方法，能够量化每个细胞的局部差异丰度，并识别连续的显著差异丰度亚群，不受限于聚类结构 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中差异丰度细胞亚群的检测方法 | COVID-19患者、接受免疫检查点治疗的黑色素瘤患者、胚胎发育和年轻与老化脑组织中的细胞亚群 | 单细胞RNA测序 | COVID-19, 黑色素瘤 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 多个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 145 | 2024-08-09 |
Genetic pathways regulating hematopoietic lineage speciation: Factorial latent variable model analysis of single cell transcriptome
2021-Jun, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2021.107080
PMID:34026977
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研究论文 | 本文应用因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）分析单细胞转录组数据，以揭示稳态造血过程中调控细胞分化的遗传途径 | 首次使用f-scLVM模型分解单细胞转录组异质性，识别调控细胞命运的生物学因子 | NA | 阐明调控造血细胞分化关键阶段的遗传途径 | 来自12周龄雌性小鼠的1920个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组数据 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM） | 转录组数据 | 1920个造血干细胞和祖细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 146 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity
2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278
PMID:34027339
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research paper | 本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性 | 首次描述了人类肝脏中肝星状细胞的两个亚群，并揭示了它们在细胞外基质生成和组织中的特定作用 | NA | 阐明人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性 | 人类肝脏中的肝细胞和肝星状细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 147 | 2024-08-09 |
Tutorial: guidelines for annotating single-cell transcriptomic maps using automated and manual methods
2021-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00534-0
PMID:34031612
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教程 | 本教程介绍了如何使用自动和手动方法注释单细胞转录组图谱 | 提出了一个三步工作流程，包括自动细胞注释、手动细胞注释和验证 | 需要基本的计算机软件熟悉度和编程知识 | 创建细胞的注释图谱 | 单细胞转录组数据中的细胞类型、状态和其他生物学相关模式 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 148 | 2024-08-09 |
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01142-2
PMID:33986545
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research paper | 介绍了一种名为TRUST4的开源算法，用于从RNA测序数据中重建αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | TRUST4支持FASTQ和BAM格式，比竞争方法更快更敏感，能够组装更长甚至全长受体库，并能从未经V(D)J富集的单细胞RNA测序数据中调用受体序列 | NA | 开发一种新的算法用于免疫受体库的重建 | αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 149 | 2024-08-09 |
High-throughput full-length single-cell RNA-seq automation
2021-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00523-3
PMID:33990801
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研究论文 | 本文介绍了一种自动化的高通量全长单细胞RNA测序协议 | 提出了一个自动化协议，用于全长单细胞RNA测序，显著降低了成本并提高了实验的可扩展性 | NA | 优化全长单细胞RNA测序的自动化协议，以降低成本和提高实验效率 | 全长单细胞RNA测序的自动化协议及其成本和质量优化 | 基因组学 | NA | 全长单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 取决于批次处理的板数 | NA | NA | NA | NA |
| 150 | 2024-08-09 |
DSCAM/PAK1 pathway suppression reverses neurogenesis deficits in iPSC-derived cerebral organoids from patients with Down syndrome
2021-06-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI135763
PMID:33945512
|
研究论文 | 本研究通过组织学检测和无偏倚的单细胞RNA测序分析，探讨了唐氏综合征患者诱导多能干细胞衍生的脑类器官中与早期大脑发育相关的细胞类型特异性异常，并发现抑制DSCAM/PAK1通路可以逆转神经发生缺陷。 | 首次展示了通过抑制DSCAM/PAK1通路可以逆转唐氏综合征患者脑类器官中的异常神经发生，为理解唐氏综合征的分子机制提供了新视角。 | 研究样本量较小，仅包括3名唐氏综合征患者的iPSCs和4个正常细胞系，可能影响结果的普遍性。 | 探讨唐氏综合征早期大脑发育中的细胞类型特异性异常及其分子机制。 | 唐氏综合征患者的诱导多能干细胞衍生的脑类器官。 | 数字病理学 | 唐氏综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 细胞 | 4个正常细胞系和3名唐氏综合征患者的iPSCs | NA | NA | NA | NA |
| 151 | 2024-08-09 |
A regulatory role for CHD4 in maintenance of the spermatogonial stem cell pool
2021-06-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.04.003
PMID:33961790
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研究论文 | 本文研究了核小体重塑蛋白CHD4在维持精原干细胞（SSC）功能中的调控作用 | 首次揭示了CHD4在控制精原干细胞池命运决策中的先前未被重视的作用 | NA | 探讨CHD4在维持精原干细胞功能中的作用 | 精原干细胞（SSC） | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠测试样本 | NA | NA | NA | NA |
| 152 | 2024-08-09 |
The landscape of cell-cell communication through single-cell transcriptomics
2021-Jun, Current opinion in systems biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.coisb.2021.03.007
PMID:33969247
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综述 | 本文综述了通过单细胞转录组学研究细胞间通讯的最新方法和技术 | 利用单细胞转录组学技术，能够以前所未有的规模和深度研究单个细胞的遗传特征，从而更全面地描述细胞间通讯 | 非空间和空间单细胞转录组学技术各有优缺点，需要进一步发展以克服这些限制 | 探讨如何利用单细胞转录组学技术更全面地描述细胞间通讯 | 细胞间通讯 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 153 | 2024-08-09 |
Heterozygous ANKRD17 loss-of-function variants cause a syndrome with intellectual disability, speech delay, and dysmorphism
2021-06-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2021.04.007
PMID:33909992
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研究论文 | 本文描述了由杂合ANKRD17功能丧失变异引起的神经发育障碍综合征，表现为智力障碍、语言延迟和畸形 | 首次详细描述了ANKRD17变异引起的神经发育障碍，并提供了蛋白质模型和单细胞RNA测序数据支持其致病机制 | 研究样本仅限于34名个体，可能存在样本量不足的问题 | 阐明ANKRD17变异在神经发育障碍中的作用及其分子机制 | ANKRD17基因变异及其对神经发育的影响 | NA | 智力障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 34名个体 | NA | NA | NA | NA |
| 154 | 2024-08-09 |
Single-cell molecular and developmental perspectives of sexually dimorphic circuits underlying innate social behaviors
2021-06, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2021.03.010
PMID:33915498
|
综述 | 本文综述了在小鼠中，单细胞转录组学在揭示社会行为相关的神经回路中细胞类型的分子特征方面的应用 | 提出了使用多模态标准（包括基因表达、生理学和发育起源）来定义细胞类型，以深化对这些神经回路的理解 | NA | 探讨单细胞转录组学在理解神经回路及其在行为中的功能角色的应用 | 小鼠中与社会行为相关的神经回路中的细胞类型 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 155 | 2024-08-09 |
Human Adult Fibroblast-like Synoviocytes and Articular Chondrocytes Exhibit Prominent Overlap in Their Transcriptomic Signatures
2021-Jun, ACR open rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/acr2.11255
PMID:33931959
|
研究论文 | 本研究通过深度分析和比较人成体纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞的转录组特征，揭示了它们之间显著的转录组信号重叠 | 本研究首次揭示了人成体纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞之间显著的转录组信号重叠，并提供了数据资源以帮助进一步解析关节稳态和退化的机制 | NA | 测试纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞是否参与完全不同的分化程序以构建滑膜和关节软骨，并维持健康组织 | 人成体纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞的转录组特征 | NA | NA | bulk RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新鲜分离的人成体关节软骨细胞、滑膜、初级纤维样滑膜细胞和皮肤成纤维细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 156 | 2024-08-09 |
Cell population analysis of the adult murine subependymal neurogenic lineage by flow cytometry
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100425
PMID:33899012
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研究论文 | 本研究提供了一种基于流式细胞术的方法，用于分类和分离成年啮齿动物室管膜下区（SEZ）神经发生谱系的所有细胞 | 该方法无需报告鼠，能够分离出具有与单细胞转录组学一致的分子特征的三种神经干细胞（NSC）亚群，并评估其细胞周期行为 | NA | 开发一种新的流式细胞术方法，用于分类和分离成年啮齿动物室管膜下区的神经发生谱系细胞 | 成年啮齿动物室管膜下区的神经干细胞及其亚群 | NA | NA | 流式细胞术 | NA | 细胞 | 成年啮齿动物室管膜下区的神经发生谱系细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 157 | 2024-08-09 |
STARTRAC analyses of scRNAseq data from tumor models reveal T cell dynamics and therapeutic targets
2021-06-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20201329
PMID:33900375
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研究论文 | 本文通过STARTRAC算法分析了来自多个小鼠肿瘤模型的单细胞RNA测序数据，揭示了T细胞的动态变化和治疗靶点 | 首次使用STARTRAC算法结合TCR追踪，分析了小鼠和人类肿瘤中T细胞亚群的对应关系，并发现了CCR8作为肿瘤相关T调节细胞的标记物 | NA | 研究肿瘤模型中的T细胞动态和治疗靶点 | 小鼠肿瘤模型中的T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA-based subclustering | RNA测序数据 | 多个小鼠肿瘤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 158 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing in human lung cancer: Applications, challenges, and pathway towards personalized therapy
2021-06-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000000535
PMID:33883467
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类肺癌研究中的各种应用，并探讨了其面临的挑战及未来在个性化癌症治疗中的潜在应用 | 本文填补了关于scRNA-seq在肺癌研究中应用的全面综述的空白 | NA | 总结scRNA-seq在人类肺癌研究中的应用，并探讨其面临的挑战及未来在个性化癌症治疗中的潜在应用 | 人类肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 159 | 2024-08-09 |
Platypus: an open-access software for integrating lymphocyte single-cell immune repertoires with transcriptomes
2021-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab023
PMID:33884369
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研究论文 | 本文介绍了Platypus软件，该软件是一个开源平台，用于整合淋巴细胞单细胞免疫库与转录组数据，提供用户友好的界面进行分析 | Platypus填补了市场上缺乏专门用于单细胞免疫库分析软件的空白，同时整合了转录组信息 | NA | 开发一个开源软件平台，用于整合和分析单细胞免疫库与转录组数据 | B细胞和T细胞的单细胞免疫库与转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞免疫库与转录组数据 | 来自康复期COVID-19患者的B细胞和T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 160 | 2024-08-09 |
Mucosal immunity to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 infection
2021-06-01, Current opinion in infectious diseases
IF:3.6Q2
DOI:10.1097/QCO.0000000000000724
PMID:33899752
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综述 | 本文综述了黏膜免疫在严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染清除中的作用及其潜在的黏膜保护机制 | 强调了黏膜免疫在呼吸道病毒感染中的关键作用，尤其是在病毒复制早期限制和清除中的作用 | 需要进一步研究以理解系统免疫终点如何在疫苗研究中转化为对SARS-CoV-2感染的黏膜保护 | 探讨黏膜免疫在SARS-CoV-2感染中的作用及其保护机制 | 严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的黏膜免疫反应 | NA | 呼吸系统疾病 | RNA测序 | NA | 生物样本 | 涉及COVID-19患者的鼻咽拭子和支气管肺泡灌洗样本 | NA | NA | NA | NA |