单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 193 篇文献，本页显示第 141 - 160 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 141 | 2024-08-09 |
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01142-2
PMID:33986545
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research paper | 介绍了一种名为TRUST4的开源算法，用于从RNA测序数据中重建αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | TRUST4支持FASTQ和BAM格式，比竞争方法更快更敏感，能够组装更长甚至全长受体库，并能从未经V(D)J富集的单细胞RNA测序数据中调用受体序列 | NA | 开发一种新的算法用于免疫受体库的重建 | αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 142 | 2024-08-09 |
High-throughput full-length single-cell RNA-seq automation
2021-06, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00523-3
PMID:33990801
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研究论文 | 本文介绍了一种自动化的高通量全长单细胞RNA测序协议 | 提出了一个自动化协议，用于全长单细胞RNA测序，显著降低了成本并提高了实验的可扩展性 | NA | 优化全长单细胞RNA测序的自动化协议，以降低成本和提高实验效率 | 全长单细胞RNA测序的自动化协议及其成本和质量优化 | 基因组学 | NA | 全长单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 取决于批次处理的板数 |
| 143 | 2024-08-09 |
DSCAM/PAK1 pathway suppression reverses neurogenesis deficits in iPSC-derived cerebral organoids from patients with Down syndrome
2021-06-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI135763
PMID:33945512
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研究论文 | 本研究通过组织学检测和无偏倚的单细胞RNA测序分析，探讨了唐氏综合征患者诱导多能干细胞衍生的脑类器官中与早期大脑发育相关的细胞类型特异性异常，并发现抑制DSCAM/PAK1通路可以逆转神经发生缺陷。 | 首次展示了通过抑制DSCAM/PAK1通路可以逆转唐氏综合征患者脑类器官中的异常神经发生，为理解唐氏综合征的分子机制提供了新视角。 | 研究样本量较小，仅包括3名唐氏综合征患者的iPSCs和4个正常细胞系，可能影响结果的普遍性。 | 探讨唐氏综合征早期大脑发育中的细胞类型特异性异常及其分子机制。 | 唐氏综合征患者的诱导多能干细胞衍生的脑类器官。 | 数字病理学 | 唐氏综合征 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 细胞 | 4个正常细胞系和3名唐氏综合征患者的iPSCs |
| 144 | 2024-08-09 |
Multi-tissue single-cell analysis deconstructs the complex programs of mouse natural killer and type 1 innate lymphoid cells in tissues and circulation
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.03.024
PMID:33945787
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析了小鼠自然杀伤细胞和1型先天淋巴细胞在不同组织和循环系统中的基因表达程序 | 首次全面揭示了小鼠不同组织中自然杀伤细胞和1型先天淋巴细胞的基因表达程序，并发现肿瘤小鼠循环系统中自然杀伤细胞程序的重塑 | NA | 解析小鼠自然杀伤细胞和1型先天淋巴细胞在不同组织和循环系统中的复杂基因表达程序 | 小鼠自然杀伤细胞和1型先天淋巴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自血液、脾脏、多种组织和实体肿瘤的小鼠NK1.1NKp46细胞 |
| 145 | 2024-08-09 |
A regulatory role for CHD4 in maintenance of the spermatogonial stem cell pool
2021-06-08, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2021.04.003
PMID:33961790
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研究论文 | 本文研究了核小体重塑蛋白CHD4在维持精原干细胞（SSC）功能中的调控作用 | 首次揭示了CHD4在控制精原干细胞池命运决策中的先前未被重视的作用 | NA | 探讨CHD4在维持精原干细胞功能中的作用 | 精原干细胞（SSC） | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 小鼠测试样本 |
| 146 | 2024-08-09 |
The landscape of cell-cell communication through single-cell transcriptomics
2021-Jun, Current opinion in systems biology
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.coisb.2021.03.007
PMID:33969247
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综述 | 本文综述了通过单细胞转录组学研究细胞间通讯的最新方法和技术 | 利用单细胞转录组学技术，能够以前所未有的规模和深度研究单个细胞的遗传特征，从而更全面地描述细胞间通讯 | 非空间和空间单细胞转录组学技术各有优缺点，需要进一步发展以克服这些限制 | 探讨如何利用单细胞转录组学技术更全面地描述细胞间通讯 | 细胞间通讯 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 147 | 2024-08-09 |
Heterozygous ANKRD17 loss-of-function variants cause a syndrome with intellectual disability, speech delay, and dysmorphism
2021-06-03, American journal of human genetics
IF:8.1Q1
DOI:10.1016/j.ajhg.2021.04.007
PMID:33909992
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研究论文 | 本文描述了由杂合ANKRD17功能丧失变异引起的神经发育障碍综合征，表现为智力障碍、语言延迟和畸形 | 首次详细描述了ANKRD17变异引起的神经发育障碍，并提供了蛋白质模型和单细胞RNA测序数据支持其致病机制 | 研究样本仅限于34名个体，可能存在样本量不足的问题 | 阐明ANKRD17变异在神经发育障碍中的作用及其分子机制 | ANKRD17基因变异及其对神经发育的影响 | NA | 智力障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 34名个体 |
| 148 | 2024-08-09 |
Single-cell molecular and developmental perspectives of sexually dimorphic circuits underlying innate social behaviors
2021-06, Current opinion in neurobiology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.conb.2021.03.010
PMID:33915498
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综述 | 本文综述了在小鼠中，单细胞转录组学在揭示社会行为相关的神经回路中细胞类型的分子特征方面的应用 | 提出了使用多模态标准（包括基因表达、生理学和发育起源）来定义细胞类型，以深化对这些神经回路的理解 | NA | 探讨单细胞转录组学在理解神经回路及其在行为中的功能角色的应用 | 小鼠中与社会行为相关的神经回路中的细胞类型 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 149 | 2024-08-09 |
Evolutionary genetic algorithm identifies IL2RB as a potential predictive biomarker for immune-checkpoint therapy in colorectal cancer
2021-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab016
PMID:33928242
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研究论文 | 本文利用进化算法Atlas Correlation Explorer (ACE)分析TCGA数据，识别出IL2RB作为结直肠癌免疫检查点治疗潜在的预测性生物标志物。 | 首次采用ACE算法挖掘TCGA数据，发现IL2RB与免疫检查点基因在结直肠癌中的关联。 | NA | 旨在发现结直肠癌患者对免疫检查点治疗反应的预测性生物标志物。 | 结直肠癌患者的免疫检查点治疗反应。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学 | 进化遗传算法 | 基因表达数据 | 115个MSI-H结直肠癌组织微阵列样本 |
| 150 | 2024-08-09 |
Human Adult Fibroblast-like Synoviocytes and Articular Chondrocytes Exhibit Prominent Overlap in Their Transcriptomic Signatures
2021-Jun, ACR open rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/acr2.11255
PMID:33931959
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研究论文 | 本研究通过深度分析和比较人成体纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞的转录组特征，揭示了它们之间显著的转录组信号重叠 | 本研究首次揭示了人成体纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞之间显著的转录组信号重叠，并提供了数据资源以帮助进一步解析关节稳态和退化的机制 | NA | 测试纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞是否参与完全不同的分化程序以构建滑膜和关节软骨，并维持健康组织 | 人成体纤维样滑膜细胞和关节软骨细胞的转录组特征 | NA | NA | bulk RNA测序和单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 新鲜分离的人成体关节软骨细胞、滑膜、初级纤维样滑膜细胞和皮肤成纤维细胞 |
| 151 | 2024-08-09 |
Cell population analysis of the adult murine subependymal neurogenic lineage by flow cytometry
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100425
PMID:33899012
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研究论文 | 本研究提供了一种基于流式细胞术的方法，用于分类和分离成年啮齿动物室管膜下区（SEZ）神经发生谱系的所有细胞 | 该方法无需报告鼠，能够分离出具有与单细胞转录组学一致的分子特征的三种神经干细胞（NSC）亚群，并评估其细胞周期行为 | NA | 开发一种新的流式细胞术方法，用于分类和分离成年啮齿动物室管膜下区的神经发生谱系细胞 | 成年啮齿动物室管膜下区的神经干细胞及其亚群 | NA | NA | 流式细胞术 | NA | 细胞 | 成年啮齿动物室管膜下区的神经发生谱系细胞 |
| 152 | 2024-08-09 |
STARTRAC analyses of scRNAseq data from tumor models reveal T cell dynamics and therapeutic targets
2021-06-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20201329
PMID:33900375
|
研究论文 | 本文通过STARTRAC算法分析了来自多个小鼠肿瘤模型的单细胞RNA测序数据，揭示了T细胞的动态变化和治疗靶点 | 首次使用STARTRAC算法结合TCR追踪，分析了小鼠和人类肿瘤中T细胞亚群的对应关系，并发现了CCR8作为肿瘤相关T调节细胞的标记物 | NA | 研究肿瘤模型中的T细胞动态和治疗靶点 | 小鼠肿瘤模型中的T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA-based subclustering | RNA测序数据 | 多个小鼠肿瘤模型 |
| 153 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing in human lung cancer: Applications, challenges, and pathway towards personalized therapy
2021-06-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000000535
PMID:33883467
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类肺癌研究中的各种应用，并探讨了其面临的挑战及未来在个性化癌症治疗中的潜在应用 | 本文填补了关于scRNA-seq在肺癌研究中应用的全面综述的空白 | NA | 总结scRNA-seq在人类肺癌研究中的应用，并探讨其面临的挑战及未来在个性化癌症治疗中的潜在应用 | 人类肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 154 | 2024-08-09 |
Platypus: an open-access software for integrating lymphocyte single-cell immune repertoires with transcriptomes
2021-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab023
PMID:33884369
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研究论文 | 本文介绍了Platypus软件，该软件是一个开源平台，用于整合淋巴细胞单细胞免疫库与转录组数据，提供用户友好的界面进行分析 | Platypus填补了市场上缺乏专门用于单细胞免疫库分析软件的空白，同时整合了转录组信息 | NA | 开发一个开源软件平台，用于整合和分析单细胞免疫库与转录组数据 | B细胞和T细胞的单细胞免疫库与转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 单细胞免疫库与转录组数据 | 来自康复期COVID-19患者的B细胞和T细胞 |
| 155 | 2024-08-09 |
Mucosal immunity to severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 infection
2021-06-01, Current opinion in infectious diseases
IF:3.6Q2
DOI:10.1097/QCO.0000000000000724
PMID:33899752
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综述 | 本文综述了黏膜免疫在严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）感染清除中的作用及其潜在的黏膜保护机制 | 强调了黏膜免疫在呼吸道病毒感染中的关键作用，尤其是在病毒复制早期限制和清除中的作用 | 需要进一步研究以理解系统免疫终点如何在疫苗研究中转化为对SARS-CoV-2感染的黏膜保护 | 探讨黏膜免疫在SARS-CoV-2感染中的作用及其保护机制 | 严重急性呼吸综合征冠状病毒2（SARS-CoV-2）的黏膜免疫反应 | NA | 呼吸系统疾病 | RNA测序 | NA | 生物样本 | 涉及COVID-19患者的鼻咽拭子和支气管肺泡灌洗样本 |
| 156 | 2024-08-09 |
Spatial transcriptomics of the nematode Caenorhabditis elegans using RNA tomography
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100411
PMID:33870220
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研究论文 | 本文介绍了使用RNA断层扫描技术对线虫秀丽隐杆线虫进行空间转录组学分析的方法 | 结合mRNA测序和冷冻切片技术，实现了基因表达的空间解析 | NA | 开发适用于线虫的近细胞分辨率的前后基因表达图谱 | 线虫秀丽隐杆线虫的基因表达 | 数字病理学 | NA | RNA断层扫描（tomo-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 157 | 2024-08-09 |
Gene expression profiling of α-gustducin-expressing taste cells in mouse fungiform and circumvallate papillae
2021-06-11, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2021.04.022
PMID:33872990
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序结合荧光激活细胞分选技术，分析了在小鼠菌状乳头和轮廓乳头中表达α-gustducin的味觉细胞的基因表达谱 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了α-gustducin表达细胞在菌状乳头和轮廓乳头中的基因表达差异，特别是鉴定了galectin-3作为差异表达基因 | NA | 旨在理解类型II细胞的遗传异质性，并揭示菌状乳头和轮廓乳头味觉细胞的差异特征 | 小鼠菌状乳头和轮廓乳头中表达α-gustducin的味觉细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 158 | 2024-08-09 |
Human KIT+ myeloid cells facilitate visceral metastasis by melanoma
2021-06-07, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20182163
PMID:33857287
|
研究论文 | 本文研究了人类KIT+髓系细胞在黑色素瘤内脏转移中的作用 | 发现人类CD33+CD11b+CD117+髓系细胞是黑色素瘤内脏转移的关键因素，为新的生物标志物和治疗靶点 | NA | 探讨黑色素瘤内脏转移的机制并寻找潜在的治疗靶点 | 人类KIT+髓系细胞在黑色素瘤内脏转移中的作用 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及患者和hNSG-SGM3小鼠的样本 |
| 159 | 2024-08-09 |
Rescue of maternal immune activation-induced behavioral abnormalities in adult mouse offspring by pathogen-activated maternal Treg cells
2021-06, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00837-1
PMID:33859437
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研究论文 | 本研究探讨了母体免疫激活对成年小鼠后代行为异常的影响，并发现母体Treg细胞的转移可以有效逆转这些异常 | 首次使用Toxoplasma gondii的可溶性速殖子抗原诱导母体免疫激活，并展示了母体Treg细胞转移在治疗与免疫改变相关的神经精神障碍中的潜在疗效 | NA | 研究母体免疫激活对后代行为和免疫状态的影响，并探索Treg细胞转移的治疗潜力 | 小鼠后代的行为异常和免疫状态 | NA | 神经精神障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 160 | 2024-08-09 |
Systems Approach to Discovery of Therapeutic Targets for Vein Graft Disease: PPARα Pivotally Regulates Metabolism, Activation, and Heterogeneity of Macrophages and Lesion Development
2021-06-22, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究采用系统方法在老鼠实验中发现治疗静脉移植失败的治疗靶点，特别是PPARα在调节巨噬细胞代谢、活化和异质性以及病变发展中的关键作用 | 首次揭示PPARα在静脉移植病变发展和炎症中的作用，并提出pemafibrate作为新的治疗选择 | NA | 探索静脉移植炎症的潜在驱动因素并发现新的治疗靶点 | 静脉移植病变和巨噬细胞 | NA | NA | 蛋白质组学、高维聚类、代谢组学、定量聚合酶链反应、流式细胞术、代谢检测、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质、代谢物 | 涉及老鼠和人类巨噬细胞的多种样本 |