单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-08	Mammary cell gene expression atlas links epithelial cell remodeling events to breast carcinogenesis 2021-06-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02201-2 PMID:34079055	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术构建了50K小鼠和24K人类乳腺上皮细胞图谱，涵盖了大部分生命阶段，以表征乳腺上皮细胞在发育、妊娠和绝经期间的复杂重塑过程	首次整合了小鼠和人类乳腺上皮细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了乳腺上皮细胞重塑与乳腺癌发展之间的关系	NA	研究乳腺上皮细胞在不同生命阶段的重塑过程及其与乳腺癌发展的关联	小鼠和人类的乳腺上皮细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	50K小鼠乳腺上皮细胞和24K人类乳腺上皮细胞
122	2024-08-08	Targeting of the CD80/86 proinflammatory axis as a therapeutic strategy to prevent severe COVID-19 2021-06-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-90797-0 PMID:34075090	研究论文	本文探讨了通过阻断CD80/86促炎轴作为治疗策略来预防严重COVID-19的可能性	提出了使用abatacept药物阻断CD80/86共刺激信号作为治疗严重COVID-19的新策略	研究样本量较小，且仅限于特定患者群体	验证阻断CD80/86促炎轴作为治疗严重COVID-19的有效性	COVID-19患者的免疫反应和治疗效果	免疫学	COVID-19	RNA测序	NA	RNA序列数据	共涉及86名患者，包括38名风湿病患者和48名COVID-19患者
123	2024-08-08	coupleCoC+: An information-theoretic co-clustering-based transfer learning framework for the integrative analysis of single-cell genomic data 2021-06, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009064 PMID:34077420	研究论文	本文提出了一种基于信息论的共聚类转移学习框架coupleCoC+，用于单细胞基因组数据的整合分析	coupleCoC+利用源数据中的信息辅助目标数据的分析，通过链接特征实现有效知识转移，并匹配源数据和目标数据中的相似细胞类型	NA	提高多模态单细胞基因组数据的整体聚类性能	单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和单细胞甲基化数据	机器学习	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, sc-methylation	共聚类框架	基因组数据	包括小鼠皮质scATAC-seq和scRNA-seq数据、小鼠和人类scRNA-seq数据、小鼠皮质sc-methylation和scRNA-seq数据，以及来自两个批次的人类血液树突细胞scRNA-seq数据
124	2024-08-08	Direct and indirect immune effects of CMP-001, a virus-like particle containing a TLR9 agonist 2021-06, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-002484 PMID:34083419	研究论文	本文探讨了含有TLR9激动剂的病毒样颗粒CMP-001对树突状细胞和单核细胞的免疫刺激作用及其对肿瘤T细胞反应的影响	研究揭示了CMP-001通过抗Qβ抗体反应激活树突状细胞和单核细胞，进而增强肿瘤T细胞反应的复杂机制	NA	探索CMP-001对树突状细胞和单核细胞的初始效应如何激活其他细胞，从而促进肿瘤T细胞反应的发展	CMP-001对不同外周血单个核细胞（PBMC）群体的摄取及其对肿瘤T细胞反应的影响	免疫学	NA	流式细胞术，单细胞RNA测序	NA	细胞	多种外周血单个核细胞（PBMC）群体
125	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing identifies molecular targets associated with poor in vitro maturation performance of oocytes collected from ovarian stimulation 2021-06-18, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deab100 PMID:34052851	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了从卵巢刺激中收集的卵母细胞体外成熟（rIVM）性能不佳的分子靶点，并探讨了如何通过恢复GATA-1/CREB1/WNT信号轴来提高其可用性。	首次揭示了GATA-1/CREB1/WNT信号轴在rIVM卵母细胞中的抑制状态，并发现通过添加没食子酸可以提高卵母细胞的成熟率。	在高质量和低质量rIVM卵母细胞的比较中，样本数量有限；无法预测卵母细胞纺锤体的存在，仅能通过极体排出作为指标。	探讨与rIVM卵母细胞性能不佳相关的转录组特征，并寻找恢复其性能的方法。	从卵巢刺激中收集的人类卵母细胞和从年轻小鼠中收集的未成熟卵母细胞。	数字病理学	不孕症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	人类卵母细胞：10个来自7名捐赠者（体内卵母细胞），10个来自10名捐赠者（rIVM卵母细胞）；小鼠卵母细胞：84个（含没食子酸），85个（不含没食子酸）
126	2024-08-08	A unique macrophage subpopulation signals directly to progenitor cells to promote regenerative neurogenesis in the zebrafish spinal cord 2021-06-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.031 PMID:34033756	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和细胞类型特异性操作，揭示了斑马鱼脊髓中特定损伤激活的巨噬细胞直接向脊髓祖细胞发送信号，促进再生性神经发生的机制	首次证明了巨噬细胞可以直接通过非发育信号与脊髓祖细胞通信，促进再生性神经发生	NA	探讨中枢神经系统损伤后，巨噬细胞是否通过直接信号机制促进再生性神经发生	斑马鱼脊髓中的巨噬细胞和脊髓祖细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
127	2024-08-08	A spatial vascular transcriptomic, proteomic, and phosphoproteomic atlas unveils an angiocrine Tie-Wnt signaling axis in the liver 2021-06-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.05.001 PMID:34038707	研究论文	本文通过结合空间细胞分选与转录组学和定量蛋白质组学/磷蛋白质组学，建立了肝脏内皮细胞的空间解析蛋白质组图谱，深入揭示了区域化的血管信号机制	本文首次揭示了肝脏中血管Wnt活性的Tie受体信号作为选择性和特定调节器的机制，以及其在肝脏再生中调控肝细胞功能的血管内分泌信号作用	NA	深入理解肝脏内皮细胞信号的空间组织	肝脏内皮细胞的蛋白质组和磷蛋白质组	数字病理学	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq），定量蛋白质组学，磷蛋白质组学	NA	转录组，蛋白质组，磷蛋白质组	NA
128	2024-08-09	Ultra-high-throughput single-cell RNA sequencing and perturbation screening with combinatorial fluidic indexing 2021-06, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-021-01153-z PMID:34059827	研究论文	本文介绍了一种名为'单细胞组合流体索引'（scifi）的新技术，用于实现成本效益高的单细胞RNA测序和扰动筛选	scifi-RNA-seq方法通过结合一步法组合预索引和微流控单细胞RNA测序，显著提高了基于液滴的单细胞RNA测序的通量，并简化了多轮组合索引的工作流程	NA	开发一种成本效益高且通量大的单细胞RNA测序技术，以满足大规模细胞图谱项目和高通量扰动筛选的需求	人类和鼠类细胞系，以及人类T细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种人类和鼠类细胞系，以及人类T细胞
129	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in cancer: Applications, advances, and emerging challenges 2021-Jun-25, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2021.04.001 PMID:34027052	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在肿瘤研究领域的应用、进展及新兴挑战	scRNA-seq作为一种有效的方法，能够在单细胞分辨率下解析人类肿瘤组织，为解释肿瘤生物学提供了新的视角	NA	进一步阐明癌症机制，开发更好的检测和治疗策略	肿瘤循环细胞、肿瘤干细胞、肿瘤耐药性、肿瘤微环境等	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
130	2024-08-09	CloneSeq: A highly sensitive analysis platform for the characterization of 3D-cultured single-cell-derived clones 2021-06-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.026 PMID:34010629	研究论文	本文开发了CloneSeq平台，结合3D水凝胶球内的克隆扩增和基于液滴的RNA测序，用于揭示细胞异质性。	CloneSeq提高了检测细胞变异的敏感性，并能揭示特定亚群，如癌症干细胞样细胞和胚胎干细胞的早期分化决策。	NA	克服单细胞测序的敏感性限制，揭示生物系统中的细胞异质性。	肺癌细胞和胚胎干细胞。	数字病理学	肺癌	RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及。
131	2024-08-09	Use of scREAD to explore and analyze single-cell and single-nucleus RNA-seq data for Alzheimer's disease 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100513 PMID:34013209	研究论文	本文介绍了使用scREAD数据库对阿尔茨海默病的单细胞和单核RNA测序数据进行探索和分析的方法	开发了scREAD数据库，提供了对现有AD scRNA-seq和snRNA-seq数据的全面分析	NA	探索和分析阿尔茨海默病的单细胞和单核RNA测序数据	阿尔茨海默病的单细胞和单核基因表达谱	生物信息学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单核RNA测序（snRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
132	2024-08-09	Spatial multi-omics sequencing for fixed tissue via DBiT-seq 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100532 PMID:34027489	研究论文	本文介绍了一种通过DBiT-seq平台对固定冷冻组织样本进行空间多组学测序的方法	该技术采用基于微流体的方法，将组合DNA寡核苷酸条形码直接引入固定在玻璃载玻片上的组织切片中的细胞	该技术不能直接解析单个细胞，但可以实现空间转录组学和目标蛋白质组面板空间分析的近单细胞分辨率	构建固定冷冻组织样本的多组学图谱	固定冷冻组织样本	组学技术	NA	DBiT-seq	NA	组织样本	NA
133	2024-08-09	Isolation of human bone marrow stromal cells from bone marrow biopsies for single-cell RNA sequencing 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100538 PMID:34027494	研究论文	本文描述了一种结合机械和酶法从人骨髓活检中分离骨髓间质细胞，并通过FACS分选分离间质亚群进行单细胞RNA测序的方法	提出了一种新的结合机械和酶法的分离方法，以及使用FACS分选技术进行单细胞RNA测序	NA	研究骨髓间质细胞在调节干细胞静止和稳态中的作用，以及它们在各种血液恶性肿瘤中的关键贡献	人骨髓间质细胞及其亚群	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
134	2024-08-09	Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models 2021-06-10, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028 PMID:34019796	研究论文	本文通过构建多个发育中的内胚层器官的单细胞转录组图谱，研究了人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用	首次结合细胞图谱和类器官技术，揭示了人类器官发育的分子机制	NA	探究人类发育过程中器官的细胞多样性和相互作用	内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用	数字病理学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个发育中的内胚层器官样本
135	2024-08-09	VEGF receptor 2 (KDR) protects airways from mucus metaplasia through a Sox9-dependent pathway 2021-06-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.027 PMID:34010630	研究论文	本文探讨了VEGF受体2（KDR）通过Sox9依赖途径保护气道免受黏液化生的机制	揭示了VEGFa和其受体KDR在促进黏液化生中的新途径，并发现Sox9在Kdr抑制后的杯状细胞分化中的作用	NA	研究VEGFa/KDR信号通路在防御黏液化生中的作用	VEGFa、KDR、MEK/ERK激酶以及Sox9在杯状细胞分化中的作用	NA	哮喘，囊性纤维化	单细胞RNA测序分析，遗传小鼠模型	NA	RNA	小鼠和人类气道细胞
136	2024-08-09	Detection of differentially abundant cell subpopulations in scRNA-seq data 2021-06-01, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2100293118 PMID:34001664	研究论文	本文介绍了一种名为DA-seq的新方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别不同丰度的细胞亚群	DA-seq是一种多尺度方法，能够量化每个细胞的局部差异丰度，并识别连续的显著差异丰度亚群，不受限于聚类结构	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中差异丰度细胞亚群的检测方法	COVID-19患者、接受免疫检查点治疗的黑色素瘤患者、胚胎发育和年轻与老化脑组织中的细胞亚群	单细胞RNA测序	COVID-19, 黑色素瘤	scRNA-seq	NA	转录组数据	多个scRNA-seq数据集
137	2024-08-09	Targeted single-cell RNA sequencing of transcription factors enhances the identification of cell types and trajectories 2021-06, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.273961.120 PMID:34011578	研究论文	本文通过靶向单细胞RNA测序技术（scCapture-seq）对转录因子进行测序，提高了细胞类型和发育轨迹的识别能力	提出了一种新的靶向单细胞RNA测序方法（scCapture-seq），能够更有效地检测和量化低表达基因，特别是转录因子的表达	传统的单细胞RNA测序技术在检测和量化低表达基因方面存在局限性	提高单细胞RNA测序技术在识别细胞类型和发育轨迹方面的分辨率	从诱导多能干细胞（iPSC）衍生的神经元培养物中靶向测序约1000个转录因子	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	从两个不同实验室使用相同分化协议生成的神经元群体
138	2024-08-09	Clonally expanded EOMES+ Tr1-like cells in primary and metastatic tumors are associated with disease progression 2021-06, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-021-00930-4 PMID:34017124	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，发现浸润在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的CD4 T细胞高度富集两种大小和抑制功能相当的亚群，包括叉头框蛋白P3 T细胞和表达颗粒酶K及几丁质酶-3-样蛋白2的EOMES同源型1调节T（Tr1）样细胞。	本研究首次发现EOMES Tr1样细胞在原发性和转移性肿瘤中的克隆扩增与疾病进展相关，并可能与程序性细胞死亡蛋白1靶向免疫治疗的反应相关。	NA	探讨T细胞在原发性和转移性肿瘤中的异质性，并识别新的癌症免疫治疗靶点。	CD4 T细胞在原发性和转移性结直肠癌及非小细胞肺癌中的分布和功能。	数字病理学	结直肠癌, 非小细胞肺癌	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
139	2024-08-09	Genetic pathways regulating hematopoietic lineage speciation: Factorial latent variable model analysis of single cell transcriptome 2021-Jun, Data in brief IF:1.0Q3 DOI:10.1016/j.dib.2021.107080 PMID:34026977	研究论文	本文应用因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）分析单细胞转录组数据，以揭示稳态造血过程中调控细胞分化的遗传途径	首次使用f-scLVM模型分解单细胞转录组异质性，识别调控细胞命运的生物学因子	NA	阐明调控造血细胞分化关键阶段的遗传途径	来自12周龄雌性小鼠的1920个造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的单细胞转录组数据	基因组学	NA	单细胞RNA测序	因子单细胞潜在变量模型（f-scLVM）	转录组数据	1920个造血干细胞和祖细胞
140	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity 2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology IF:9.5Q1 DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278 PMID:34027339	research paper	本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性	首次描述了人类肝脏中肝星状细胞的两个亚群，并揭示了它们在细胞外基质生成和组织中的特定作用	NA	阐明人类肝脏中肝细胞和肝星状细胞的异质性	人类肝脏中的肝细胞和肝星状细胞	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞