单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 193 篇文献，本页显示第 101 - 120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-08 |
SDImpute: A statistical block imputation method based on cell-level and gene-level information for dropouts in single-cell RNA-seq data
2021-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009118
PMID:34138847
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研究论文 | 本文提出了一种名为SDImpute的统计方法，用于对单细胞RNA测序数据中的缺失值进行区块填补 | SDImpute方法能够基于基因表达水平和相似细胞及基因的表达变异自动识别缺失事件，并通过利用相似细胞中未受缺失影响的基因表达进行区块填补 | NA | 旨在解决单细胞RNA测序数据中大量缺失值对下游分析的阻碍问题 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计方法 | 基因表达数据 | 包括模拟数据集和真实数据集 |
| 102 | 2024-08-08 |
IL-6 contributes to metastatic switch via the differentiation of monocytic-dendritic progenitors into prometastatic immune cells
2021-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-002856
PMID:34140316
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研究论文 | 本研究探讨了肿瘤细胞通过IL-6介导的造血干细胞和祖细胞（HSPCs）向促转移性单核-树突状祖细胞（MDPs）的分化，从而促进肿瘤转移的机制。 | 首次揭示了肿瘤源性IL-6在劫持HSPC分化程序中的新作用，使其向促转移性MDPs分化，进而功能性地分化为免疫抑制性单核细胞，支持转移开关。 | NA | 研究肿瘤细胞如何通过IL-6影响HSPCs的分化，从而促进肿瘤转移。 | 使用具有低或高转移潜能的肿瘤细胞克隆模型，研究HSPCs的分化命运及其在肿瘤转移中的作用。 | 数字病理学 | 乳腺癌，肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 使用来自低和高转移潜能肿瘤的小鼠骨髓HSPCs，以及来自乳腺癌和肺癌患者的外周单核细胞。 |
| 103 | 2024-08-08 |
Next Generation Sequencing-Based Identification of T-Cell Receptors for Immunotherapy Against Hepatocellular Carcinoma
2021-Jun, Hepatology communications
IF:5.6Q1
DOI:10.1002/hep4.1697
PMID:34141993
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研究论文 | 本文介绍了一种基于下一代测序（NGS）的HBV特异性T细胞受体（TCR）识别方法，无需TCR单一化过程，通过两种配对策略有效识别多克隆T细胞中的TCR | 本文提出的NGS方法避免了传统T细胞克隆扩增和单细胞测序的繁琐步骤和成本，提高了TCR识别的效率和速度 | 该方法的有效性依赖于多克隆T细胞的纯化，且需要进一步的功能评估以验证其临床应用潜力 | 开发一种快速有效的HBV特异性TCR识别方法，用于HBV相关肝细胞癌的TCR-T细胞免疫治疗 | HBV特异性T细胞受体（TCR） | 数字病理学 | 肝细胞癌 | NGS | NA | 序列数据 | 未明确提及具体样本数量 |
| 104 | 2024-08-08 |
Novel non-terminal tumor sampling procedure using fine needle aspiration supports immuno-oncology biomarker discovery in preclinical mouse models
2021-06, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-002894
PMID:34145033
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研究论文 | 本文介绍了一种基于细针穿刺的新型非终末期肿瘤采样方法，用于在小鼠模型中进行肿瘤微环境（TME）的活检，并支持免疫肿瘤学生物标志物的发现。 | 开发了一种非终末期的肿瘤采样方法，通过细针穿刺技术，允许在小鼠模型中重复采样，并能够将肿瘤微环境生物标志物与治疗反应结果直接关联。 | NA | 旨在识别能够预测或丰富治疗反应的生物标志物，并改进肿瘤微环境的药效学分析。 | 小鼠模型中的肿瘤微环境（TME）和肿瘤浸润性免疫细胞。 | 数字病理学 | NA | 细针穿刺 | NA | 细胞 | NA |
| 105 | 2024-08-08 |
Single-cell analyses of renal cell cancers reveal insights into tumor microenvironment, cell of origin, and therapy response
2021-06-15, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2103240118
PMID:34099557
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析肾细胞癌，揭示了肿瘤微环境、细胞起源及治疗反应的相关信息 | 首次通过单细胞RNA测序构建了良性和恶性肾细胞图谱，并预测了多种肾细胞癌亚型的潜在细胞起源 | NA | 阐明不同肾细胞癌亚型的细胞起源及其在肿瘤微环境和治疗反应中的作用 | 肾细胞癌及其亚型 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林模型 | RNA | 超过10种肾细胞癌亚型 |
| 106 | 2024-08-08 |
Applications of single-cell sequencing in cancer research: progress and perspectives
2021-06-09, Journal of hematology & oncology
IF:29.5Q1
DOI:10.1186/s13045-021-01105-2
PMID:34108022
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在癌症研究中的应用进展和前景 | 单细胞测序技术能够解析单个细胞层面的细胞和分子景观，与提供平均数据的批量测序不同 | NA | 总结单细胞测序技术及其在癌症研究中的最新进展 | 恶性细胞、免疫细胞的景观、肿瘤异质性、循环肿瘤细胞及肿瘤生物行为的潜在机制 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和代谢组学数据 | NA |
| 107 | 2024-08-08 |
Clinical and molecular characteristics of COVID-19 patients with persistent SARS-CoV-2 infection
2021-06-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23621-y
PMID:34108465
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研究论文 | 本文比较了长期病毒脱落（LDs）和短期病毒脱落（SDs）的COVID-19患者的临床和分子特征，并发现LDs患者的某些细胞因子和趋化因子水平较低，单细胞RNA测序显示LDs中的自然杀伤细胞和CD14单核细胞减少，而调节性T细胞增加。 | 首次详细描述了COVID-19患者中持续SARS-CoV-2感染的临床和分子特征，并发现了与病毒持续感染相关的免疫抑制和低RP表达。 | NA | 研究COVID-19患者中持续SARS-CoV-2感染的临床和分子特征 | COVID-19患者中长期和短期病毒脱落的临床和分子特征 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 103名独立患者 |
| 108 | 2024-08-08 |
CSF1R inhibition rescues tau pathology and neurodegeneration in an A/T/N model with combined AD pathologies, while preserving plaque associated microglia
2021-06-08, Acta neuropathologica communications
IF:6.2Q1
DOI:10.1186/s40478-021-01204-8
PMID:34103079
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研究论文 | 本文报道了一种新的tau种子模型，其中淀粉样病变促进了双侧tau传播并导致脑萎缩，从而再现了强ATN病理 | 首次展示了CSF1R抑制剂在保留斑块相关小胶质细胞的同时，显著减轻tau病理和神经元萎缩的作用 | NA | 研究小胶质细胞在阿尔茨海默病中ATN病理组合存在下的作用及其对病理的影响 | 小胶质细胞在ATN病理组合中的激活状态及其对tau病理和神经元萎缩的影响 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 109 | 2024-08-08 |
Resolving the graft ischemia-reperfusion injury during liver transplantation at the single cell resolution
2021-06-08, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-021-03878-3
PMID:34103479
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，探讨了肝移植过程中缺血再灌注损伤（IRI）的细胞机制 | 首次提供了肝移植过程中肝内细胞群的动态转录组图谱 | NA | 揭示肝移植过程中缺血再灌注损伤的细胞机制 | 肝移植过程中的肝组织细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 14,313个细胞 |
| 110 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of human nail unit defines RSPO4 onychofibroblasts and SPINK6 nail epithelium
2021-06-07, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02223-w
PMID:34099859
|
研究论文 | 本研究利用多指症标本进行人类指甲单元的单细胞RNA测序，揭示了指甲特异性间充质和上皮细胞群，分别由RSPO4和SPINK6特征化 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了人类指甲单元中的特定细胞类型及其基因表达特征 | 研究样本来自多指症患者，可能限制了结果的普遍性 | 探索人类指甲组织的转录组特征及其在疾病中的作用 | 人类指甲单元的间充质和上皮细胞 | 数字病理学 | 先天性无甲症 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 11,541个细胞来自4个额外手指 |
| 111 | 2024-08-08 |
Cellular Tropism of SARS-CoV-2 across Human Tissues and Age-related Expression of ACE2 and TMPRSS2 in Immune-inflammatory Stromal Cells
2021-Jun, Aging and disease
IF:7.0Q1
DOI:10.14336/AD.2021.0429
PMID:34094637
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研究论文 | 本研究分析了SARS-CoV-2在不同人体组织中的细胞嗜性，并探讨了ACE2和TMPRSS2在免疫炎症间质细胞中的年龄相关表达变化 | 开发了一种新的分析框架，用于绘制SARS-CoV-2的细胞嗜性，并强调了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在系统解决病毒发病机制中的作用 | NA | 探讨SARS-CoV-2的细胞嗜性及其在不同细胞类型中的年龄相关表达变化，为临床治疗和病理研究提供指导 | SARS-CoV-2的细胞嗜性、ACE2和TMPRSS2的表达 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 不同人体组织和不同细胞类型的样本 |
| 112 | 2024-08-08 |
[Regulation of RNA Binding Protein Mbnl1 on Development of Mouse Embryonic Hematopoietic Stem Cells]
2021-Jun, Zhongguo shi yan xue ye xue za zhi
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研究论文 | 分析小鼠胚胎造血干细胞发育过程中单细胞RNA结合蛋白（RBPs）的动态分子表达特征，并研究Mbnl1在调节小鼠胚胎造血干细胞发育中的功能 | 通过生物信息学分析和CRISPR/Cas9技术构建Mbnl1敲除小鼠模型，研究Mbnl1在造血干细胞发育中的作用 | NA | 阐明Mbnl1在调节小鼠胚胎造血干细胞发育中的功能 | 小鼠胚胎造血干细胞（HSCs）及其发育过程中的单细胞RNA结合蛋白Mbnl1 | 生物信息学 | NA | CRISPR/Cas9技术 | NA | 单细胞转录组数据 | E11.5时期的Mbnl1+/+和Mbnl1-/-两种基因型胚胎的主动脉-性腺-中肾（AGM）和卵黄囊（YS）组织 |
| 113 | 2024-08-08 |
Secreted inhibitors drive the loss of regeneration competence in Xenopus limbs
2021-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199158
PMID:34105722
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研究论文 | 研究探讨了非洲爪蟾蝌蚪在发育过程中失去肢体再生能力的原因，并识别了关键的抑制因子。 | 通过单细胞转录组学和体外再生肢体培养，揭示了特殊伤口表皮的形成机制及其在发育过程中失去再生能力的原因。 | 研究主要集中在非洲爪蟾蝌蚪，可能不完全适用于其他物种或更高等脊椎动物。 | 研究非洲爪蟾蝌蚪特殊伤口表皮的分子和细胞调节机制及其在发育过程中失去再生能力的原因。 | 非洲爪蟾蝌蚪的肢体再生能力和特殊伤口表皮的形成。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 未具体说明样本数量 |
| 114 | 2024-08-08 |
Tracing the origin of hair follicle stem cells
2021-06, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03638-5
PMID:34108685
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研究论文 | 本文通过结合无标记的长期三维活体成像和单细胞转录组学，追踪了小鼠毛囊上皮细胞在发育过程中的动态谱系进展和转录组变化 | 本文首次描述了'望远镜模型'，这是一种用于外胚层器官发育的通用模型，其中胚胎中的二维同心区域扩展形成三维纵向排列的圆柱形隔室 | NA | 揭示毛囊干细胞的起源及其在发育过程中的诱导机制 | 小鼠毛囊上皮细胞的发育过程 | NA | NA | 三维活体成像、单细胞转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | 涉及小鼠毛囊上皮细胞的整个发育过程 |
| 115 | 2024-08-08 |
The effect of methanol fixation on single-cell RNA sequencing data
2021-Jun-05, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07744-6
PMID:34090348
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研究论文 | 本文研究了甲醇固定对单细胞RNA测序数据的影响 | 首次深入分析了甲醇固定对样本RNA完整性的影响，并阐明了在不同单细胞RNA测序实验设计中使用固定的潜在后果 | NA | 探讨甲醇固定对单细胞RNA测序数据的影响 | 甲醇固定的细胞与活细胞的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 116 | 2024-08-08 |
PIKE-R2P: Protein-protein interaction network-based knowledge embedding with graph neural network for single-cell RNA to protein prediction
2021-Jun-02, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04022-w
PMID:34078261
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研究论文 | 本文提出了一种基于蛋白质-蛋白质相互作用网络和图神经网络的知识嵌入方法PIKE-R2P，用于单细胞RNA到蛋白质的预测 | PIKE-R2P方法结合了蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）和先验知识嵌入到图神经网络中，显著提高了预测性能 | NA | 开发一种新的机器学习模型，用于从单细胞RNA测序数据预测蛋白质丰度 | 单细胞RNA到蛋白质的预测 | 机器学习 | NA | 图神经网络 | 图神经网络 | RNA测序数据 | NA |
| 117 | 2024-08-08 |
The immune modulatory effects of umbilical cord-derived mesenchymal stromal cells in severe COVID-19 pneumonia
2021-06-02, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-021-02376-9
PMID:34078447
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研究论文 | 研究脐带源性间充质基质细胞在严重COVID-19肺炎中的免疫调节作用 | 首次提供了脐带源性间充质基质细胞在严重COVID-19背景下可能相关的免疫学数据 | 研究仅基于单个患者的数据，可能缺乏广泛的代表性 | 探讨脐带源性间充质基质细胞在严重COVID-19肺炎中的免疫调节效果 | 严重COVID-19肺炎患者 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序、流式细胞术、ELISA和功能性检测 | NA | 血液和支气管肺泡灌洗液样本 | 单个患者 |
| 118 | 2024-08-08 |
Mammary cell gene expression atlas links epithelial cell remodeling events to breast carcinogenesis
2021-06-02, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02201-2
PMID:34079055
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术构建了50K小鼠和24K人类乳腺上皮细胞图谱，涵盖了大部分生命阶段，以表征乳腺上皮细胞在发育、妊娠和绝经期间的复杂重塑过程 | 首次整合了小鼠和人类乳腺上皮细胞的单细胞RNA测序数据，揭示了乳腺上皮细胞重塑与乳腺癌发展之间的关系 | NA | 研究乳腺上皮细胞在不同生命阶段的重塑过程及其与乳腺癌发展的关联 | 小鼠和人类的乳腺上皮细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 50K小鼠乳腺上皮细胞和24K人类乳腺上皮细胞 |
| 119 | 2024-08-08 |
Targeting of the CD80/86 proinflammatory axis as a therapeutic strategy to prevent severe COVID-19
2021-06-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-90797-0
PMID:34075090
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研究论文 | 本文探讨了通过阻断CD80/86促炎轴作为治疗策略来预防严重COVID-19的可能性 | 提出了使用abatacept药物阻断CD80/86共刺激信号作为治疗严重COVID-19的新策略 | 研究样本量较小，且仅限于特定患者群体 | 验证阻断CD80/86促炎轴作为治疗严重COVID-19的有效性 | COVID-19患者的免疫反应和治疗效果 | 免疫学 | COVID-19 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 共涉及86名患者，包括38名风湿病患者和48名COVID-19患者 |
| 120 | 2024-08-08 |
coupleCoC+: An information-theoretic co-clustering-based transfer learning framework for the integrative analysis of single-cell genomic data
2021-06, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1009064
PMID:34077420
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研究论文 | 本文提出了一种基于信息论的共聚类转移学习框架coupleCoC+，用于单细胞基因组数据的整合分析 | coupleCoC+利用源数据中的信息辅助目标数据的分析，通过链接特征实现有效知识转移，并匹配源数据和目标数据中的相似细胞类型 | NA | 提高多模态单细胞基因组数据的整体聚类性能 | 单细胞RNA测序数据、单细胞ATAC测序数据和单细胞甲基化数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq, scATAC-seq, sc-methylation | 共聚类框架 | 基因组数据 | 包括小鼠皮质scATAC-seq和scRNA-seq数据、小鼠和人类scRNA-seq数据、小鼠皮质sc-methylation和scRNA-seq数据，以及来自两个批次的人类血液树突细胞scRNA-seq数据 |