单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 194 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-07 |
Extracellular matrix gene expression signatures as cell type and cell state identifiers
2021-Jun, Matrix biology plus
DOI:10.1016/j.mbplus.2021.100069
PMID:34195598
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研究论文 | 本文研究了细胞外基质基因表达特征在胚胎单细胞RNA测序数据中区分不同细胞类型和状态的能力 | 首次探讨了核心基质基因在区分细胞类型方面的表现，并发现其在更分化的细胞中信息含量增加，且在跨物种分析中显示出进化保守性 | 主要集中在胚胎发育早期的鸡和鼠肢体细胞类型预测，未涉及其他物种或发育阶段 | 探讨细胞外基质基因在区分细胞类型和状态中的作用 | 胚胎单细胞RNA测序数据中的细胞类型和状态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 胚胎肢体细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 82 | 2024-08-07 |
CellMixS: quantifying and visualizing batch effects in single-cell RNA-seq data
2021-06, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202001004
PMID:33758076
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research paper | 本文开发了一种细胞特异性混合得分（cms）来量化和可视化单细胞RNA测序数据中的批次效应 | 提出了一种新的细胞特异性混合得分（cms），能够检测局部批次偏差并区分不平衡批次和同类型细胞间的系统性差异 | 文章未明确提及 | 系统探索单细胞RNA测序数据中的批次效应，并开发新的方法来量化和可视化这些效应 | 单细胞RNA测序数据中的批次效应 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 数据 | 使用了真实和合成数据集进行比较 | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-08-07 |
Post-myocardial infarction heart failure dysregulates the bone vascular niche
2021-06-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24045-4
PMID:34172720
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研究论文 | 本文探讨了心肌梗死后心力衰竭对骨血管细胞组成的影响 | 首次描述了心肌梗死和心力衰竭后骨血管内皮细胞类型的变化，并利用单细胞RNA测序揭示了人类骨髓内皮细胞的转录异质性 | NA | 研究心肌梗死和心力衰竭对骨血管细胞组成的影响 | 心肌梗死和心力衰竭后的骨血管细胞组成 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类样本 | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-08-07 |
Tumor vessel co-option probed by single-cell analysis
2021-06-15, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109253
PMID:34133923
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了抗血管生成治疗抵抗的肺肿瘤模型中的肿瘤血管共选择现象 | 首次在单细胞水平上研究了共选择的内皮细胞和周细胞的异质性，并发现了可能参与血管共选择的细胞类型 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中验证 | 探究肿瘤血管共选择现象及其对抗血管生成治疗的抵抗机制 | 肿瘤内共选择的内皮细胞、周细胞、癌细胞和骨髓细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 31,964个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2024-08-07 |
Tumor restriction by type I collagen opposes tumor-promoting effects of cancer-associated fibroblasts
2021-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI146987
PMID:33905375
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研究论文 | 研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在肿瘤促进和抑制中的双重作用及其机制 | 发现了由肌成纤维细胞型CAF分泌的I型胶原蛋白通过机械限制抑制肿瘤扩散，抵消了CAF的肿瘤促进作用 | 研究主要集中在肝转移的肿瘤类型，可能不完全适用于其他器官的肿瘤 | 理解CAF亚型、其介质、纤维化反应与肿瘤生长之间的功能关系 | 癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在肿瘤生长中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，CellPhoneDB配体-受体分析 | NA | RNA | 包括小鼠和患者的多种肿瘤类型 | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-08-07 |
Joint cell segmentation and cell type annotation for spatial transcriptomics
2021-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202010108
PMID:34057817
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研究论文 | 本文开发了一种名为JSTA的计算框架，用于联合细胞分割和细胞类型注释，利用细胞类型特异性基因表达的先验知识，提高了空间转录组学中RNA分配的准确性 | JSTA框架通过利用现有的细胞类型分类，提高了RNA分配的准确性，并能够对细胞进行高度精细的分类 | NA | 提高空间转录组学中RNA分配的准确性，并揭示细胞类型的空间组织 | 小鼠海马区的细胞及其基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | RNA杂交 | JSTA框架 | 图像 | 分析了80个候选基因，识别了63个具有统计学意义的空间差异基因表达的基因，涉及61个细胞亚型 | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-07 |
Lung Epithelial Cell Transcriptional Regulation as a Factor in COVID-19-associated Coagulopathies
2021-06, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2020-0453OC
PMID:33740387
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研究论文 | 本研究旨在通过转录组分析，探讨SARS-CoV-2感染如何驱动与COVID-19相关的凝血功能障碍 | 首次揭示了SARS-CoV-2感染诱导的肺上皮细胞转录调控变化，及其对凝血功能的影响 | 研究主要基于已发表的RNA测序数据，未涉及临床试验 | 识别SARS-CoV-2感染驱动凝血功能障碍的转录调控网络 | 感染SARS-CoV-2的肺上皮细胞、支气管肺泡灌洗细胞及循环免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 包括正常人支气管上皮细胞和患者来源的支气管肺泡灌洗样本 | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2024-08-07 |
Sample processing and single cell RNA-sequencing of peripheral blood immune cells from COVID-19 patients
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100582
PMID:34002169
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研究论文 | 本文描述了从COVID-19患者的外周血单核细胞（PBMCs）中进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）的样本处理和分析协议 | 提出了针对COVID-19患者PBMCs样本的采集、处理和分析的新方法 | 血液样本可能含有传染性病毒，免疫细胞亚型的识别可能困难，分析结果的生物学解释复杂 | 深入评估COVID-19患者免疫细胞的转录变化 | COVID-19患者的外周血免疫细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-07 |
Smek1 deficiency exacerbates experimental autoimmune encephalomyelitis by activating proinflammatory microglia and suppressing the IDO1-AhR pathway
2021-Jun-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-021-02193-0
PMID:34183017
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研究论文 | 研究探讨了抑制MEK1的调节亚基SMEK1的部分功能丧失如何促进多发性硬化症（MS）和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发病机制 | 首次揭示了Smek1在维持免疫抑制功能中的作用，并通过调节吲哚胺2,3-双加氧酶（IDO1）-芳香烃受体（AhR）途径来保护自身免疫性脱髓鞘病理过程 | NA | 探究SMEK1基因缺陷如何影响MS和EAE的发病 | C57BL/6小鼠 | NA | 多发性硬化症 | 免疫组织化学染色、定量聚合酶链反应（qPCR）、蛋白质印迹分析、酶联免疫吸附试验（ELISA）、流式细胞术、单细胞测序 | NA | 组织样本 | C57BL/6小鼠接种髓鞘少突胶质细胞糖蛋白35-55（MOG35-55）后的EAE模型 | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-07 |
A COMPOSITIONAL MODEL TO ASSESS EXPRESSION CHANGES FROM SINGLE-CELL RNA-SEQ DATA
2021-Jun, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/20-aoas1423
PMID:37332668
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research paper | 本文介绍了一种经验贝叶斯混合方法，用于评估单细胞RNA-seq数据中基因表达变化的分布 | 该方法利用细胞亚型结构，通过聚类分析增强基因水平上的表达变化信息，并引入了一种特殊的先验分布，以支持多亚型间的差异表达模式评分 | NA | 评估和改进在单细胞RNA-seq数据中检测基因表达分布变化的方法 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达变化 | natural language processing | NA | RNA-seq | empirical Bayesian mixture model | single-cell RNA-seq data | NA | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-08 |
scGET: Predicting Cell Fate Transition During Early Embryonic Development by Single-cell Graph Entropy
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.11.008
PMID:34954425
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研究论文 | 本研究提出了一种名为scGET的计算方法，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据探索基因间的关联，用于预测早期胚胎发育中的细胞命运转变 | scGET方法通过将基因表达数据转换为局部网络熵，利用单细胞图熵（SGE）值定量描述细胞群体间基因调控网络的稳定性和关键性，从而在单细胞水平上检测细胞命运或谱系承诺的关键信号 | NA | 研究目的是开发一种新的计算方法来预测早期胚胎发育中的细胞命运转变 | 研究对象是早期胚胎发育过程中的细胞命运转变 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 五个scRNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-08 |
GranatumX: A Community-engaging, Modularized, and Flexible Webtool for Single-cell Data Analysis
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.07.005
PMID:34973417
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研究论文 | 介绍了一种名为GranatumX的下一代软件环境，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析 | GranatumX允许生物学家在基于Web的图形环境中访问最新的scRNA-seq生物信息学方法，并为软件开发者提供了一个快速推广其工具的平台 | NA | 开发一个社区参与、模块化和灵活的Web工具，用于单细胞数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据分析 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2024-08-08 |
Mechanisms of Progression and Heterogeneity in Multiple Nodules of Lung Adenocarcinoma
2021-06, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202100082
PMID:34927899
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了五名多结节型肺腺癌患者的肿瘤和正常组织，深入探讨了肺腺癌亚型的异质性和演化机制 | 本研究首次在单细胞水平上对肺腺癌的异质性和演化进行了全面的基因表达分析，揭示了免疫微环境在肺腺癌发展过程中的变化 | NA | 探索肺腺癌亚型异质性和演化的相关因素 | 多结节型肺腺癌患者的肿瘤和正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五名多结节型肺腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing Methodologies: From Transcriptome to Multi-Dimensional Measurement
2021-06, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202100111
PMID:34927917
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综述 | 本文综述了单细胞转录组测序技术及其在多维度测量中的应用 | 介绍了单细胞转录组测序技术在多维度（基因组、表观基因组、转录组、空间和时间维度）的综合分析方法 | 目前仅在转录组水平或一维测量上存在局限性 | 深入理解细胞多样性、疾病过程和多细胞生物的组织结构 | 单细胞及其在生物系统中的分子特征和发展轨迹 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-08 |
Single-cell Transcriptomes Reveal Characteristics of MicroRNAs in Gene Expression Noise Reduction
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.05.002
PMID:34606979
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了微小RNA（miRNA）在减少小鼠细胞mRNA水平基因表达噪声中的作用 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析，证明了miRNA在减少基因表达噪声中的作用，并构建了后转录调控的物理模型，通过合成基因电路观察，展示了miRNA目标加速降解与转录激活对抵抗外部波动的贡献 | NA | 探究miRNA在减少基因表达噪声中的作用及其机制 | 小鼠细胞中的miRNA及其目标基因 | 基因表达调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 物理模型 | RNA表达谱 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-08 |
A Single-cell Transcriptome Atlas of Cashmere Goat Hair Follicle Morphogenesis
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.07.003
PMID:34534715
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了绒山羊胎儿背部皮肤在不同发育阶段的细胞异质性和细胞命运决定 | 首次通过无监督聚类分析识别了16个细胞集群，并揭示了真皮和表皮细胞系发育路径的详细分子景观 | NA | 探究绒山羊毛发 follicle 发育过程中的转录组特征 | 绒山羊的次级毛发 follicle (SHFs) | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 19,705个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals distinct cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinoma
2021-Jun, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-21-2767
PMID:34277817
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈鳞状细胞癌中不同类型的癌症相关成纤维细胞 | 首次详细描述了头颈鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其与临床预后的关联 | 研究仅限于TCGA数据库中的临床数据，可能需要更多临床样本验证结果 | 阐明头颈鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在疾病进展中的潜在作用 | 头颈鳞状细胞癌中的癌症相关成纤维细胞及其亚群 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Seurat包 | 转录组数据 | 使用了来自TCGA的临床数据和转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-08 |
Single-cell Long Non-coding RNA Landscape of T Cells in Human Cancer Immunity
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.02.006
PMID:34284134
|
研究论文 | 本研究通过分析超过20,000个T细胞的单细胞RNA测序数据，首次提供了人类T细胞中长非编码RNA（lncRNA）的全面目录及其功能谱 | 开发了自定义的从头转录组装配流程，获得了一个包含9433个基因的新lncRNA目录，增加了当前人类lncRNA目录的16%，并几乎翻倍了T细胞中表达的lncRNA数量 | NA | 深入理解癌症免疫疗法中新生物标志物或治疗靶点的开发 | 人类癌症免疫中的T细胞及其lncRNA | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | MetaCell算法 | RNA序列数据 | 超过20,000个T细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-08 |
Mapping Human Pluripotent Stem Cell-derived Erythroid Differentiation by Single-cell Transcriptome Analysis
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.03.009
PMID:34284135
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研究论文 | 本研究利用iPSC细胞系BC1建立红细胞再生系统，并通过10X Genomics单细胞转录组平台分析了第14天的细胞谱系和分化轨迹 | 首次在单细胞水平上完整描绘了iPSC来源的红细胞分化路径，并识别了不同阶段的红细胞类型及其特异性转录因子调控网络 | NA | 优化iPSC来源的红细胞分化系统，并模拟体内造血发育和分化 | iPSC来源的红细胞分化系统及其在红细胞再生中的应用 | 干细胞研究 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用iPSC细胞系BC1进行研究 | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-08 |
scLink: Inferring Sparse Gene Co-expression Networks from Single-cell Expression Data
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.11.006
PMID:34252628
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研究论文 | 提出了一种名为scLink的方法，用于从单细胞基因表达数据中推断稀疏的基因共表达网络 | scLink方法利用统计网络建模来理解基因间的共表达关系，并构建稀疏的基因共表达网络 | NA | 研究基因表达的调控和协调机制，以理解健康和疾病中生物过程的复杂性 | 单细胞基因表达数据中的基因共表达网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计网络模型 | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |