单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 193 篇文献，本页显示第 61 - 80 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 61 | 2024-08-07 |
Analysis of single-cell RNA sequencing data based on autoencoders
2021-Jun-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04150-3
PMID:34103004
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研究论文 | 本文介绍了scAEspy工具，该工具利用自动编码器（AEs）分析单细胞RNA测序数据，旨在提高数据整合和细胞类型识别的效率 | scAEspy工具集成了四种先进的AEs和两种新开发的AEs，以及不同的损失函数，能够有效整合来自不同平台的scRNA-Seq数据 | NA | 开发和评估一种新的工具，用于分析单细胞RNA测序数据，并提高数据整合和细胞类型识别的效率 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 自动编码器（AEs） | 基因交互数据 | NA |
| 62 | 2024-08-07 |
Ovarian tumors orchestrate distinct cellular compositions
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.014
PMID:34107269
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究卵巢癌微环境中的细胞组成及其对T细胞浸润的影响 | 首次详细描述了卵巢癌微环境中肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞的相互作用及其对T细胞浸润的影响 | NA | 探究肿瘤中T细胞浸润的决定因素 | 卵巢癌微环境中的细胞组成及其相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 63 | 2024-08-07 |
Smek1 deficiency exacerbates experimental autoimmune encephalomyelitis by activating proinflammatory microglia and suppressing the IDO1-AhR pathway
2021-Jun-28, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-021-02193-0
PMID:34183017
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研究论文 | 研究探讨了抑制MEK1的调节亚基SMEK1的部分功能丧失如何促进多发性硬化症（MS）和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）的发病机制 | 首次揭示了Smek1在维持免疫抑制功能中的作用，并通过调节吲哚胺2,3-双加氧酶（IDO1）-芳香烃受体（AhR）途径来保护自身免疫性脱髓鞘病理过程 | NA | 探究SMEK1基因缺陷如何影响MS和EAE的发病 | C57BL/6小鼠 | NA | 多发性硬化症 | 免疫组织化学染色、定量聚合酶链反应（qPCR）、蛋白质印迹分析、酶联免疫吸附试验（ELISA）、流式细胞术、单细胞测序 | NA | 组织样本 | C57BL/6小鼠接种髓鞘少突胶质细胞糖蛋白35-55（MOG35-55）后的EAE模型 |
| 64 | 2024-08-07 |
A COMPOSITIONAL MODEL TO ASSESS EXPRESSION CHANGES FROM SINGLE-CELL RNA-SEQ DATA
2021-Jun, The annals of applied statistics
DOI:10.1214/20-aoas1423
PMID:37332668
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research paper | 本文介绍了一种经验贝叶斯混合方法，用于评估单细胞RNA-seq数据中基因表达变化的分布 | 该方法利用细胞亚型结构，通过聚类分析增强基因水平上的表达变化信息，并引入了一种特殊的先验分布，以支持多亚型间的差异表达模式评分 | NA | 评估和改进在单细胞RNA-seq数据中检测基因表达分布变化的方法 | 单细胞RNA-seq数据中的基因表达变化 | natural language processing | NA | RNA-seq | empirical Bayesian mixture model | single-cell RNA-seq data | NA |
| 65 | 2024-08-08 |
scGET: Predicting Cell Fate Transition During Early Embryonic Development by Single-cell Graph Entropy
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.11.008
PMID:34954425
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研究论文 | 本研究提出了一种名为scGET的计算方法，通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据探索基因间的关联，用于预测早期胚胎发育中的细胞命运转变 | scGET方法通过将基因表达数据转换为局部网络熵，利用单细胞图熵（SGE）值定量描述细胞群体间基因调控网络的稳定性和关键性，从而在单细胞水平上检测细胞命运或谱系承诺的关键信号 | NA | 研究目的是开发一种新的计算方法来预测早期胚胎发育中的细胞命运转变 | 研究对象是早期胚胎发育过程中的细胞命运转变 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 五个scRNA-seq数据集 |
| 66 | 2024-08-08 |
GranatumX: A Community-engaging, Modularized, and Flexible Webtool for Single-cell Data Analysis
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.07.005
PMID:34973417
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研究论文 | 介绍了一种名为GranatumX的下一代软件环境，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析 | GranatumX允许生物学家在基于Web的图形环境中访问最新的scRNA-seq生物信息学方法，并为软件开发者提供了一个快速推广其工具的平台 | NA | 开发一个社区参与、模块化和灵活的Web工具，用于单细胞数据分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 数据分析 | NA |
| 67 | 2024-08-08 |
Mechanisms of Progression and Heterogeneity in Multiple Nodules of Lung Adenocarcinoma
2021-06, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202100082
PMID:34927899
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了五名多结节型肺腺癌患者的肿瘤和正常组织，深入探讨了肺腺癌亚型的异质性和演化机制 | 本研究首次在单细胞水平上对肺腺癌的异质性和演化进行了全面的基因表达分析，揭示了免疫微环境在肺腺癌发展过程中的变化 | NA | 探索肺腺癌亚型异质性和演化的相关因素 | 多结节型肺腺癌患者的肿瘤和正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 五名多结节型肺腺癌患者 |
| 68 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing Methodologies: From Transcriptome to Multi-Dimensional Measurement
2021-06, Small methods
IF:10.7Q1
DOI:10.1002/smtd.202100111
PMID:34927917
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综述 | 本文综述了单细胞转录组测序技术及其在多维度测量中的应用 | 介绍了单细胞转录组测序技术在多维度（基因组、表观基因组、转录组、空间和时间维度）的综合分析方法 | 目前仅在转录组水平或一维测量上存在局限性 | 深入理解细胞多样性、疾病过程和多细胞生物的组织结构 | 单细胞及其在生物系统中的分子特征和发展轨迹 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 69 | 2024-08-08 |
Single-cell Transcriptomes Reveal Characteristics of MicroRNAs in Gene Expression Noise Reduction
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.05.002
PMID:34606979
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序数据分析，揭示了微小RNA（miRNA）在减少小鼠细胞mRNA水平基因表达噪声中的作用 | 本研究首次通过单细胞RNA测序数据分析，证明了miRNA在减少基因表达噪声中的作用，并构建了后转录调控的物理模型，通过合成基因电路观察，展示了miRNA目标加速降解与转录激活对抵抗外部波动的贡献 | NA | 探究miRNA在减少基因表达噪声中的作用及其机制 | 小鼠细胞中的miRNA及其目标基因 | 基因表达调控 | NA | 单细胞RNA测序 | 物理模型 | RNA表达谱 | NA |
| 70 | 2024-08-08 |
A Single-cell Transcriptome Atlas of Cashmere Goat Hair Follicle Morphogenesis
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.07.003
PMID:34534715
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了绒山羊胎儿背部皮肤在不同发育阶段的细胞异质性和细胞命运决定 | 首次通过无监督聚类分析识别了16个细胞集群，并揭示了真皮和表皮细胞系发育路径的详细分子景观 | NA | 探究绒山羊毛发 follicle 发育过程中的转录组特征 | 绒山羊的次级毛发 follicle (SHFs) | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 19,705个单细胞 |
| 71 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq reveals distinct cancer-associated fibroblasts in head and neck squamous cell carcinoma
2021-Jun, Annals of translational medicine
DOI:10.21037/atm-21-2767
PMID:34277817
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了头颈鳞状细胞癌中不同类型的癌症相关成纤维细胞 | 首次详细描述了头颈鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其与临床预后的关联 | 研究仅限于TCGA数据库中的临床数据，可能需要更多临床样本验证结果 | 阐明头颈鳞状细胞癌中癌症相关成纤维细胞的异质性及其在疾病进展中的潜在作用 | 头颈鳞状细胞癌中的癌症相关成纤维细胞及其亚群 | 数字病理学 | 头颈鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | Seurat包 | 转录组数据 | 使用了来自TCGA的临床数据和转录组数据 |
| 72 | 2024-08-08 |
Single-cell Long Non-coding RNA Landscape of T Cells in Human Cancer Immunity
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.02.006
PMID:34284134
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研究论文 | 本研究通过分析超过20,000个T细胞的单细胞RNA测序数据，首次提供了人类T细胞中长非编码RNA（lncRNA）的全面目录及其功能谱 | 开发了自定义的从头转录组装配流程，获得了一个包含9433个基因的新lncRNA目录，增加了当前人类lncRNA目录的16%，并几乎翻倍了T细胞中表达的lncRNA数量 | NA | 深入理解癌症免疫疗法中新生物标志物或治疗靶点的开发 | 人类癌症免疫中的T细胞及其lncRNA | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | MetaCell算法 | RNA序列数据 | 超过20,000个T细胞样本 |
| 73 | 2024-08-08 |
Mapping Human Pluripotent Stem Cell-derived Erythroid Differentiation by Single-cell Transcriptome Analysis
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.03.009
PMID:34284135
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研究论文 | 本研究利用iPSC细胞系BC1建立红细胞再生系统，并通过10X Genomics单细胞转录组平台分析了第14天的细胞谱系和分化轨迹 | 首次在单细胞水平上完整描绘了iPSC来源的红细胞分化路径，并识别了不同阶段的红细胞类型及其特异性转录因子调控网络 | NA | 优化iPSC来源的红细胞分化系统，并模拟体内造血发育和分化 | iPSC来源的红细胞分化系统及其在红细胞再生中的应用 | 干细胞研究 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 使用iPSC细胞系BC1进行研究 |
| 74 | 2024-08-08 |
scLink: Inferring Sparse Gene Co-expression Networks from Single-cell Expression Data
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.11.006
PMID:34252628
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研究论文 | 提出了一种名为scLink的方法，用于从单细胞基因表达数据中推断稀疏的基因共表达网络 | scLink方法利用统计网络建模来理解基因间的共表达关系，并构建稀疏的基因共表达网络 | NA | 研究基因表达的调控和协调机制，以理解健康和疾病中生物过程的复杂性 | 单细胞基因表达数据中的基因共表达网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计网络模型 | 基因表达数据 | NA |
| 75 | 2024-08-08 |
Determination of the dynamic cellular transcriptional profiles during kidney development from birth to maturity in rats by single-cell RNA sequencing
2021-Jun-24, Cell death discovery
IF:6.1Q1
DOI:10.1038/s41420-021-00542-9
PMID:34226524
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了从出生到成年大鼠肾脏发育过程中的细胞转录组动态变化 | 首次提供了从出生到成年大鼠肾脏发育中期和晚期的全面基因表达图谱 | NA | 深入理解肾脏发育中期和晚期的分子基础和调控事件 | 大鼠肾脏发育过程中的细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 54,704个大鼠肾脏细胞 |
| 76 | 2024-08-08 |
A yeast-optimized single-cell transcriptomics platform elucidates how mycophenolic acid and guanine alter global mRNA levels
2021-06-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02320-w
PMID:34193958
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研究论文 | 本文介绍了一种优化用于酵母的单细胞转录组学平台yeastDrop-Seq，并使用该平台研究了霉酚酸和鸟嘌呤对酵母细胞全局mRNA水平的影响 | 开发了针对酵母细胞优化的yeastDrop-Seq平台，解决了Drop-Seq技术在不同细胞大小和形态特征生物体应用中的挑战 | NA | 研究霉酚酸和鸟嘌呤对酵母细胞转录组的影响 | 酵母细胞的转录组 | 生物技术 | NA | Drop-Seq | NA | 转录组数据 | 多个同源酵母细胞 |
| 77 | 2024-08-08 |
The amniotic fluid cell-free transcriptome in spontaneous preterm labor
2021-06-29, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-92439-x
PMID:34188072
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研究论文 | 研究分析了自发早产情况下羊水中的游离RNA转录组，并探讨其在预测自发早产中的价值 | 首次量化了羊水中游离RNA中的已知胎盘单细胞RNA-Seq特征，并应用随机森林模型预测羊水穿刺后的分娩时间 | NA | 探讨羊水中游离RNA在预测自发早产中的应用 | 自发早产情况下羊水中的游离RNA | NA | 早产 | RNA-Seq | 随机森林模型 | RNA | 共分析了38份羊水样本，其中10份来自24小时内分娩的妇女，28份来自24小时后分娩的妇女 |
| 78 | 2024-08-08 |
NF-Y Subunits Overexpression in HNSCC
2021-Jun-16, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13123019
PMID:34208636
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研究论文 | 研究报道了NF-Y亚单位在头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）中的过度表达情况 | 首次分析了TCGA和细胞系中的RNA-seq数据，并利用单细胞RNA-seq数据进行了肿瘤亚型的划分和生存曲线的推导 | NA | 探讨NF-Y亚单位在头颈部鳞状细胞癌中的表达及其对肿瘤生物学行为的影响 | NF-Y亚单位在头颈部鳞状细胞癌中的表达情况 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | RNA-seq | NA | RNA序列 | 使用了TCGA数据库和头颈部鳞状细胞癌的细胞系数据 |
| 79 | 2024-08-08 |
A Literature-Derived Knowledge Graph Augments the Interpretation of Single Cell RNA-seq Datasets
2021-06-10, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12060898
PMID:34200671
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研究论文 | 本文通过自然语言处理框架量化基因与细胞类型之间的关系，并开发了一种增强型注释算法来提高单细胞RNA测序数据集的注释和解释 | 首次展示了如何系统地应用文献衍生的知识图谱来加速和增强单细胞RNA测序数据的注释和解释 | NA | 开发一种新的方法来增强单细胞RNA测序数据集的注释和解释 | 人类蛋白质编码基因与细胞类型之间的关系，以及单细胞RNA测序数据集的细胞身份预测 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 文本 | 2600万篇生物医学文献，133个细胞集群 |
| 80 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Transcriptomic Heterogeneity and Post-Traumatic Osteoarthritis-Associated Early Molecular Changes in Mouse Articular Chondrocytes
2021-06-10, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10061462
PMID:34200880
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了健康和受伤小鼠膝关节软骨细胞的转录组异质性及其在创伤后骨关节炎早期分子变化 | 首次对关节软骨细胞进行单细胞分辨率的分子水平全面分析，并识别出九种具有不同分子特征的软骨细胞亚型 | 由于从密集的软骨细胞外基质中分离软骨细胞的技术难度，可能存在一定的技术限制 | 阐明不同软骨细胞亚型的分子和功能特征，以及这些亚型与其他关节细胞类型之间的相互作用，从而加深对关节生物学和骨关节炎病理学的理解 | 小鼠关节软骨细胞及其在创伤后的分子变化 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康和受伤的小鼠膝关节软骨细胞 |