单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	BUTTERFLY: addressing the pooled amplification paradox with unique molecular identifiers in single-cell RNA-seq 2021-06-08, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02386-z PMID:34103073	研究论文	本文探讨了在单细胞RNA测序中使用唯一分子标识符（UMIs）时遇到的“池化扩增悖论”问题，并提出了一种改进的定量方法BUTTERFLY来解决这一问题	提出了基于未见物种模型的改进定量方法BUTTERFLY，使用零截断负二项估计器，并在kallisto bustools工作流程中实现	NA	解决单细胞RNA测序中由于池化扩增悖论导致的重复去除偏差问题	单细胞RNA测序中的UMIs处理方法	测序技术	NA	单细胞RNA测序	零截断负二项估计器	RNA序列	跨细胞类型和基因的多个样本
42	2024-08-07	Spatio-temporal mRNA tracking in the early zebrafish embryo 2021-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23834-1 PMID:34099733	研究论文	本研究结合空间解析转录组学和单细胞RNA标记技术，对斑马鱼早期发育阶段的转录组进行了时空分析	首次实现了对斑马鱼早期胚胎中mRNA分子的空间定位测量，并建立了一种高通量的单细胞RNA标记方法	NA	探究早期胚胎发育过程中母源mRNA的亚细胞定位和运输	斑马鱼早期胚胎中的mRNA分子	数字病理学	NA	空间解析转录组学，单细胞RNA标记	NA	转录组数据	涉及斑马鱼和两种非洲爪蟾的早期胚胎
43	2024-08-07	Single-cell transcriptomics reveals the landscape of intra-tumoral heterogeneity and transcriptional activities of ECs in CC 2021-Jun-04, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2021.03.017 PMID:33996252	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术分析了宫颈癌及其邻近正常组织的细胞，揭示了肿瘤内异质性和内皮细胞的转录活性。	首次对宫颈癌细胞及其微环境进行单细胞转录组分析，识别了肿瘤细胞的亚群及其特定的生物学功能和预后差异。	研究仅限于宫颈癌组织和邻近正常组织的细胞，未涉及更广泛的样本范围。	揭示宫颈癌的肿瘤内异质性和内皮细胞的发展过程，为宫颈癌治疗提供新的思路。	宫颈癌细胞及其微环境中的内皮细胞。	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	20,938个细胞
44	2024-08-07	Fusion of single-cell transcriptome and DNA-binding data, for genomic network inference in cortical development 2021-Jun-04, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04201-9 PMID:34088262	研究论文	本文提出了一种新的动态基因组网络模型，结合单细胞转录组数据和DNA结合数据，用于推断皮质发育中的基因调控模式	该模型融合了实验特定的基因表达数据和公开可用的DNA结合数据，能够高效地应用于包含数万个转录本的基因组数据	NA	推断动态过程中的基因组调控影响模式，如发育过程	人类胎儿皮质发育中的基因组调控模式	计算生物学	NA	基因组网络模型	动态基因组网络模型	转录组数据，DNA结合数据	数万个转录本
45	2024-08-07	HGF/c-Met Inhibition as Adjuvant Therapy Improves Outcomes in an Orthotopic Mouse Model of Pancreatic Cancer 2021-Jun-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13112763 PMID:34199452	研究论文	本研究探讨了HGF/c-Met抑制剂作为辅助疗法在胰腺癌小鼠模型中的效果，并首次证实了循环胰腺星状细胞（cPSCs）的存在。	首次证明辅助性HGF/c-Met抑制剂对胰腺癌的有效性，并首次证实循环胰腺星状细胞（cPSCs）的存在。	NA	研究HGF/c-Met抑制剂在预防胰腺癌切除后进展中的作用，并探索循环胰腺星状细胞（cPSCs）作为转移性胰腺癌的介质。	胰腺癌小鼠模型，包括植入荧光素酶标记的人胰腺癌细胞和人类胰腺星状细胞。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	62只小鼠
46	2024-08-07	Pancreatic cancer is marked by complement-high blood monocytes and tumor-associated macrophages 2021-06, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000935 PMID:33782087	研究论文	本研究通过在免疫活性肿瘤携带和对照小鼠中植入生物材料支架，识别出一种独特的肿瘤特异性基因表达特征，并通过单细胞RNA测序技术映射到两种不同的巨噬细胞群体，揭示了胰腺导管腺癌患者系统性免疫变化的两个独特肿瘤相关巨噬细胞和单核细胞群体。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术识别出胰腺导管腺癌中两种独特的肿瘤相关巨噬细胞和单核细胞群体，揭示了肿瘤微环境在远端部位的变化。	研究主要集中在小鼠模型和患者样本的单细胞RNA测序分析，未涉及更广泛的临床验证和功能性实验。	揭示胰腺导管腺癌中肿瘤相关巨噬细胞和单核细胞的基因表达特征及其在系统性免疫变化中的作用。	胰腺导管腺癌中的巨噬细胞和单核细胞。	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括肿瘤携带和对照小鼠以及胰腺导管腺癌患者样本
47	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Analysis Uncovers Intratumoral Heterogeneity and Underlying Mechanisms for Drug Resistance in Hepatobiliary Tumor Organoids 2021-06, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202003897 PMID:34105295	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了七种肝胆肿瘤类器官，揭示了肿瘤内异质性和药物抗性的分子机制	首次通过单细胞RNA测序技术揭示肝胆肿瘤类器官的肿瘤内异质性和药物抗性的分子机制	研究仅限于七种肝胆肿瘤类器官，可能无法完全代表所有肝胆肿瘤的情况	探索肝胆肿瘤类器官的异质性和药物抗性的分子机制	肝胆肿瘤类器官	数字病理学	肝胆肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	七种肝胆肿瘤类器官
48	2024-08-07	Computational systems-biology approaches for modeling gene networks driving epithelial-mesenchymal transitions 2021-Jun, Computational and systems oncology DOI:10.1002/cso2.1021 PMID:34164628	review	本文综述了利用计算和数学方法推断和建模驱动上皮-间质转化（EMT）的基因调控网络（GRNs）的三种主要类型	利用单细胞RNA测序等最新基因组技术，探讨了EMT动态控制的改进理解	NA	识别调控EMT决策的基因调控网络并开发基于这些网络的预测模型	上皮-间质转化（EMT）过程中的基因调控网络	computational biology	NA	single-cell RNA sequencing	NA	genome-wide sequencing data	NA
49	2024-08-07	Diversity and intratumoral heterogeneity in human gallbladder cancer progression revealed by single-cell RNA sequencing 2021-06, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.462 PMID:34185421	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了人类胆囊癌进展中的多样性和肿瘤内异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细解析了胆囊癌的转录组图谱和细胞间通信网络，揭示了肿瘤微环境中的细胞异质性和相互作用	研究样本仅限于五名患者，可能限制了结果的普遍性	确定胆囊癌的肿瘤内异质性和微环境，以提供新的治疗策略	胆囊癌的原发和淋巴结转移肿瘤以及邻近正常组织	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	24,887个单细胞样本
50	2024-08-07	Extracellular matrix gene expression signatures as cell type and cell state identifiers 2021-Jun, Matrix biology plus DOI:10.1016/j.mbplus.2021.100069 PMID:34195598	研究论文	本文研究了细胞外基质基因表达特征在胚胎单细胞RNA测序数据中区分不同细胞类型和状态的能力	首次探讨了核心基质基因在区分细胞类型方面的表现，并发现其在更分化的细胞中信息含量增加，且在跨物种分析中显示出进化保守性	主要集中在胚胎发育早期的鸡和鼠肢体细胞类型预测，未涉及其他物种或发育阶段	探讨细胞外基质基因在区分细胞类型和状态中的作用	胚胎单细胞RNA测序数据中的细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA表达数据	胚胎肢体细胞
51	2024-08-07	CellMixS: quantifying and visualizing batch effects in single-cell RNA-seq data 2021-06, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202001004 PMID:33758076	research paper	本文开发了一种细胞特异性混合得分（cms）来量化和可视化单细胞RNA测序数据中的批次效应	提出了一种新的细胞特异性混合得分（cms），能够检测局部批次偏差并区分不平衡批次和同类型细胞间的系统性差异	文章未明确提及	系统探索单细胞RNA测序数据中的批次效应，并开发新的方法来量化和可视化这些效应	单细胞RNA测序数据中的批次效应	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	使用了真实和合成数据集进行比较
52	2024-08-07	A Role for Protease Activated Receptor Type 3 (PAR3) in Nociception Demonstrated Through Development of a Novel Peptide Agonist 2021-06, The journal of pain IF:4.0Q2 DOI:10.1016/j.jpain.2020.12.006 PMID:33429107	研究论文	研究通过开发一种新的肽激动剂，探讨了蛋白酶活化受体3（PAR3）在痛觉中的作用	开发了一种脂质连接的PAR3激动剂C660，该激动剂能特异性地激活PAR3并引起DRG和三叉神经元中的钙反应	NA	更好地理解PAR3在外周感觉神经系统中的潜在功能	PAR3在痛觉中的作用及其与其他PARs的相互作用	NA	NA	单细胞RNA测序	G蛋白偶联受体（GPCRs）	RNA序列数据	使用了野生型和PAR3敲除的小鼠模型
53	2024-08-07	Post-myocardial infarction heart failure dysregulates the bone vascular niche 2021-06-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24045-4 PMID:34172720	研究论文	本文探讨了心肌梗死后心力衰竭对骨血管细胞组成的影响	首次描述了心肌梗死和心力衰竭后骨血管内皮细胞类型的变化，并利用单细胞RNA测序揭示了人类骨髓内皮细胞的转录异质性	NA	研究心肌梗死和心力衰竭对骨血管细胞组成的影响	心肌梗死和心力衰竭后的骨血管细胞组成	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类样本
54	2024-08-07	Tumor vessel co-option probed by single-cell analysis 2021-06-15, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109253 PMID:34133923	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了抗血管生成治疗抵抗的肺肿瘤模型中的肿瘤血管共选择现象	首次在单细胞水平上研究了共选择的内皮细胞和周细胞的异质性，并发现了可能参与血管共选择的细胞类型	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类肿瘤中验证	探究肿瘤血管共选择现象及其对抗血管生成治疗的抵抗机制	肿瘤内共选择的内皮细胞、周细胞、癌细胞和骨髓细胞	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	31,964个细胞
55	2024-08-07	Interactions between cancer cells and immune cells drive transitions to mesenchymal-like states in glioblastoma 2021-06-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2021.05.002 PMID:34087162	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析人类肿瘤和模型系统，结合功能实验，探讨了胶质母细胞瘤与微环境之间的相互作用	首次证明巨噬细胞通过分泌oncostatin M诱导胶质母细胞瘤细胞向间质样状态转变，并揭示了这一过程的分子机制	NA	研究胶质母细胞瘤细胞与免疫细胞之间的相互作用及其对肿瘤细胞状态的影响	胶质母细胞瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类肿瘤样本
56	2024-08-07	Tumor restriction by type I collagen opposes tumor-promoting effects of cancer-associated fibroblasts 2021-06-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI146987 PMID:33905375	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在肿瘤促进和抑制中的双重作用及其机制	发现了由肌成纤维细胞型CAF分泌的I型胶原蛋白通过机械限制抑制肿瘤扩散，抵消了CAF的肿瘤促进作用	研究主要集中在肝转移的肿瘤类型，可能不完全适用于其他器官的肿瘤	理解CAF亚型、其介质、纤维化反应与肿瘤生长之间的功能关系	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在肿瘤生长中的作用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，CellPhoneDB配体-受体分析	NA	RNA	包括小鼠和患者的多种肿瘤类型
57	2024-08-07	Joint cell segmentation and cell type annotation for spatial transcriptomics 2021-06, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202010108 PMID:34057817	研究论文	本文开发了一种名为JSTA的计算框架，用于联合细胞分割和细胞类型注释，利用细胞类型特异性基因表达的先验知识，提高了空间转录组学中RNA分配的准确性	JSTA框架通过利用现有的细胞类型分类，提高了RNA分配的准确性，并能够对细胞进行高度精细的分类	NA	提高空间转录组学中RNA分配的准确性，并揭示细胞类型的空间组织	小鼠海马区的细胞及其基因表达模式	空间转录组学	NA	RNA杂交	JSTA框架	图像	分析了80个候选基因，识别了63个具有统计学意义的空间差异基因表达的基因，涉及61个细胞亚型
58	2024-08-07	Single-cell molecular profiling provides a high-resolution map of basophil and mast cell development 2021-06, Allergy IF:12.6Q1 DOI:10.1111/all.14633 PMID:33078414	研究论文	本文通过单细胞分子 profiling 技术，提供了 basophil 和 mast cell 发育的高分辨率图谱	首次在单细胞水平上详细描绘了从造血祖细胞到 basophil 和 mast cell 的分化轨迹	NA	研究 basophil 和 mast cell 的分化过程	basophil 和 mast cell 的发育	数字病理学	过敏反应	多色流式细胞术，高覆盖单细胞 RNA 测序分析	NA	RNA 序列	小鼠样本
59	2024-08-07	Lung Epithelial Cell Transcriptional Regulation as a Factor in COVID-19-associated Coagulopathies 2021-06, American journal of respiratory cell and molecular biology IF:5.9Q1 DOI:10.1165/rcmb.2020-0453OC PMID:33740387	研究论文	本研究旨在通过转录组分析，探讨SARS-CoV-2感染如何驱动与COVID-19相关的凝血功能障碍	首次揭示了SARS-CoV-2感染诱导的肺上皮细胞转录调控变化，及其对凝血功能的影响	研究主要基于已发表的RNA测序数据，未涉及临床试验	识别SARS-CoV-2感染驱动凝血功能障碍的转录调控网络	感染SARS-CoV-2的肺上皮细胞、支气管肺泡灌洗细胞及循环免疫细胞	数字病理学	COVID-19	RNA测序	NA	转录组数据	包括正常人支气管上皮细胞和患者来源的支气管肺泡灌洗样本
60	2024-08-07	Sample processing and single cell RNA-sequencing of peripheral blood immune cells from COVID-19 patients 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100582 PMID:34002169	研究论文	本文描述了从COVID-19患者的外周血单核细胞（PBMCs）中进行单细胞RNA测序（scRNA-seq）的样本处理和分析协议	提出了针对COVID-19患者PBMCs样本的采集、处理和分析的新方法	血液样本可能含有传染性病毒，免疫细胞亚型的识别可能困难，分析结果的生物学解释复杂	深入评估COVID-19患者免疫细胞的转录变化	COVID-19患者的外周血免疫细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA