单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-05	Uphyloplot2: visualizing phylogenetic trees from single-cell RNA-seq data 2021-Jun-05, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07739-3 PMID:34090344	研究论文	Uphyloplot2是一种可视化单细胞RNA测序数据的系统。	该工具能够直接从推断的RNA-seq数据或Newick格式的树状图文件生成系统发育图，简化了以往繁琐的手动分析。	目前没有提及该工具的具体限制。	本研究旨在提供一种简单的工具，以从单细胞RNA-seq数据及其他来源生成系统发育图，以展示肿瘤的克隆性。	研究对象是通过单细胞RNA测序获得的肿瘤细胞数据。	数字病理学	肿瘤	RNA-seq	NA	RNA测序数据	NA
22	2024-08-05	Naive stem cell blastocyst model captures human embryo lineage segregation 2021-06-03, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.04.031 PMID:33957081	研究论文	本研究描述了一种通过自组织生成的人类胚胎模型（blastoids），模拟了自然的囊胚。	该文章创新地提出了一种灵活且可扩展的系统，为人类胚胎研究提供了稳定的实验模型。	NA	研究人类胚胎的发育过程及其细胞系分离机制。	人类天真多能细胞及其分化成囊胚的过程。	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	NA	NA
23	2024-08-05	Pro-cachectic factors link experimental and human chronic kidney disease to skeletal muscle wasting programs 2021-06-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI135821 PMID:34060483	研究论文	本文研究了慢性肾病与骨骼肌消耗之间的联系	研究揭示了激活素A在慢性肾病导致的肌肉消耗中的关键作用	未提及具体的临床试验数据或人类样本数量	探索慢性肾病与骨骼肌消耗之间的信号传递和相互作用	实验模型和人类慢性肾病患者的肌肉消耗机制	数字病理学	慢性肾病	单细胞测序	小鼠实验模型	生物样本	不同的小鼠模型
24	2024-08-05	Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450 PMID:33982010	研究论文	本文展示了一个基于开源工具的单细胞RNA测序数据分析流程	提供了一个模块化的全数据分析流程，增强了针对不同实验系统的灵活性	未提供关于分析管道在不同应用场景中的性能比较	开发一个灵活的单细胞RNA-seq数据分析流程	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	单细胞RNA测序数据	NA
25	2024-08-05	Pooled CRISPR-activation screening coupled with single-cell RNA-seq in mouse embryonic stem cells 2021-06-18, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100426 PMID:33899013	研究论文	本文提出了一种在小鼠胚胎干细胞中进行归并CRISPR激活筛选和单细胞RNA测序的协议	创新性地将归并CRISPR/Cas9筛选与单细胞RNA测序结合，实现了在细胞水平上无偏见地评估基因功能和调控	本文未提及具体的限制因素	研究目的在于识别生物过程中关键调控因子	研究对象为小鼠胚胎干细胞	数字病理学	NA	CRISPR/Cas9，单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
26	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing of mouse islets exposed to proinflammatory cytokines 2021-06, Life science alliance IF:3.3Q1 DOI:10.26508/lsa.202000949 PMID:33883217	研究论文	这篇文章探讨了小鼠胰岛在炎性细胞因子影响下的单细胞RNA测序结果	首次揭示了不同类型的胰岛内分泌细胞对炎性细胞因子的响应及其基因表达变化的异质性	主要只研究了IL-1β和IFN-γ的影响，未考虑其他可能的细胞因子	理解炎性细胞因子如何影响胰岛细胞的基因表达	小鼠胰岛的内分泌细胞	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠胰岛样本，具体样本数未提供
27	2024-08-07	Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer 2021-Jun-04, Cancer biology & medicine IF:5.6Q1 DOI:10.20892/j.issn.2095-3941.2021.0158 PMID:34086429	研究论文	本研究利用空间转录组学技术探讨了胰腺导管腺癌（PDAC）中缺氧微环境诱导的空间转录组变化	首次描述了胰腺导管腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化，并识别了潜在的治疗靶点	NA	探讨胰腺导管腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化及其临床相关性	胰腺导管腺癌中的缺氧微环境和空间转录组变化	数字病理学	胰腺癌	空间转录组学	NA	转录组数据	使用了移植到裸鼠后肢缺血区域的PDAC样本进行研究
28	2024-08-07	Cutting Edge: Distinct B Cell Repertoires Characterize Patients with Mild and Severe COVID-19 2021-06-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100135 PMID:34049971	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了轻度和重度COVID-19患者B细胞受体的特征，发现轻度患者在症状出现约30天后，其B细胞库中富含克隆多样性和体细胞高突变的记忆B细胞	首次揭示了轻度COVID-19患者与重度患者在B细胞反应上的差异，表明轻度患者的B细胞反应较少受到干扰	研究仅分析了B细胞的单细胞RNA测序数据，未涉及其他免疫细胞类型	探讨COVID-19患者B细胞反应的差异及其对免疫保护的影响	轻度和重度COVID-19患者的B细胞库	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未在摘要中提及
29	2024-08-07	Separating measurement and expression models clarifies confusion in single-cell RNA sequencing analysis 2021-06, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00873-4 PMID:34031584	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据中零值比例高导致的术语混淆问题，并提出了区分真实基因表达水平和测量误差的方法	提出了基于泊松测量模型的简单方法，并强调了区分真实表达水平和测量误差的重要性	NA	旨在澄清单细胞RNA测序分析中的术语混淆问题	单细胞RNA测序数据中的零值和测量误差	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	泊松测量模型	RNA测序数据	NA
30	2024-08-07	Optimizing expression quantitative trait locus mapping workflows for single-cell studies 2021-06-24, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02407-x PMID:34167583	研究论文	本文探讨了优化单细胞表达数量性状位点（sc-eQTL）映射工作流程的方法	提出了针对单细胞RNA测序数据的不同归一化和聚合策略、协变量调整技术以及多重检验校正方法的最佳实践指南	NA	优化单细胞eQTL研究，以提高eQTL发现的效率	单细胞RNA测序数据及其在eQTL映射中的应用	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	使用真实和模拟数据集进行评估
31	2024-08-07	Single-cell immunophenotyping of the skin lesion erythema migrans identifies IgM memory B cells 2021-06-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.148035 PMID:34061047	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序与B细胞受体（BCR）测序技术，对莱姆病早期皮肤病变红斑游走（EM）中的B细胞及其BCR库进行了免疫表型分析	首次揭示了莱姆病早期皮肤感染部位B细胞的表型，表明这些细胞具有局部抗原呈递和抗体产生的能力	NA	探讨B细胞在莱姆病早期皮肤免疫反应中的作用	红斑游走（EM）皮肤病变中的B细胞及其BCR库	数字病理学	莱姆病	单细胞RNA测序，B细胞受体（BCR）测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
32	2024-08-07	Interleukin-6 is an activator of pituitary stem cells upon local damage, a competence quenched in the aging gland 2021-06-22, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2100052118 PMID:34161279	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了垂体干细胞在局部损伤后的急性激活过程，并对比了衰老垂体的反应	首次揭示了白细胞介素-6（IL-6）在年轻垂体中损伤后激活干细胞的作用，并发现衰老垂体中这种能力被抑制	研究主要集中在实验小鼠模型上，未来需要进一步在人类样本中验证这些发现	探究垂体干细胞在损伤后的激活机制及其在衰老过程中的变化	垂体干细胞在损伤和衰老过程中的反应	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及年轻和中年小鼠的垂体组织
33	2024-08-07	Single-cell transcriptomics defines heterogeneity of epicardial cells and fibroblasts within the infarcted murine heart 2021-06-21, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.65921 PMID:34152268	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、RNA原位杂交和Wilms肿瘤蛋白1阳性细胞的谱系追踪，分析了心肌梗死小鼠心脏中心外膜基质细胞与激活的心肌成纤维细胞/基质细胞的细胞组成、位置和层次结构。	本研究首次识别了11种转录上不同的EpiSC群体，并发现其中两组表达心脏特异性标志物和肌节蛋白，提示具有心肌生成潜力。	NA	研究心外膜基质细胞在心肌梗死后的细胞异质性和其在心脏修复中的作用。	心外膜基质细胞和心肌成纤维细胞在心肌梗死小鼠心脏中的特性。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	心肌梗死小鼠心脏样本
34	2024-08-07	SARS-CoV-2-mediated dysregulation of metabolism and autophagy uncovers host-targeting antivirals 2021-06-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24007-w PMID:34155207	研究论文	本文研究了SARS-CoV-2如何通过调节细胞代谢和自噬过程来影响宿主，并探讨了通过诱导自噬来抑制病毒传播的可能性	首次展示了SARS-CoV-2通过调节细胞代谢和自噬来影响宿主，并验证了通过外源性给药诱导自噬可以有效抑制病毒传播	研究主要集中在体外实验和动物模型，需要进一步的人体临床试验来验证其治疗效果	探讨SARS-CoV-2如何影响宿主细胞的代谢和自噬，并寻找可能的抗病毒治疗策略	SARS-CoV-2感染的细胞、COVID-19患者的肺样本以及肺和黏膜样本	NA	COVID-19	单核和单细胞测序	NA	基因表达数据	包括COVID-19患者的肺样本和肺及黏膜样本
35	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing shows the immunosuppressive landscape and tumor heterogeneity of HBV-associated hepatocellular carcinoma 2021-06-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24010-1 PMID:34140495	研究论文	本文利用单细胞RNA测序分析了HBV相关肝细胞癌患者的免疫景观和肿瘤异质性	发现了肿瘤相关巨噬细胞抑制肿瘤T细胞浸润以及TIGIT-NECTIN2相互作用调控免疫抑制环境	NA	揭示HBV相关肝细胞癌中的免疫抑制景观和细胞间相互作用	HBV相关肝细胞癌患者的肿瘤细胞和免疫细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	一批HBV相关肝细胞癌患者
36	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals fibroblast heterogeneity and increased mesenchymal fibroblasts in human fibrotic skin diseases 2021-06-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-24110-y PMID:34140509	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了瘢痕疙瘩中的成纤维细胞异质性	首次详细描述了瘢痕疙瘩中成纤维细胞的四种亚群，并发现间充质成纤维细胞亚群在瘢痕疙瘩中的比例显著增加	研究仅限于瘢痕疙瘩和硬皮病两种纤维化皮肤病，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于其他纤维化皮肤病	探索纤维化皮肤病中成纤维细胞的异质性及其在疾病发展中的作用	瘢痕疙瘩和硬皮病中的成纤维细胞	数字病理学	皮肤病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
37	2024-08-07	Promotion of cholangiocarcinoma growth by diverse cancer-associated fibroblast subpopulations 2021-06-14, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2021.03.012 PMID:33930309	研究论文	研究探讨了癌症相关成纤维细胞（CAF）在肝内胆管癌（ICC）中的功能，发现肝星状细胞（HSC）是CAF的主要来源，并且HSC衍生的CAF在肿瘤细胞相互作用中占主导地位	首次揭示了HSC作为CAF的主要来源，并通过单细胞RNA测序和配体-受体分析，区分了CAF的亚型及其在ICC生长中的不同作用	研究主要集中在小鼠模型和患者样本的分析上，可能需要更多临床试验来验证这些发现	研究CAF在肝内胆管癌中的作用及其对肿瘤生长的影响	癌症相关成纤维细胞（CAF）及其在肝内胆管癌（ICC）中的功能	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及小鼠模型和患者样本
38	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the mechanism of sonodynamic therapy combined with a RAS inhibitor in the setting of hepatocellular carcinoma 2021-Jun-12, Journal of nanobiotechnology IF:10.6Q1 DOI:10.1186/s12951-021-00923-3 PMID:34118951	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术揭示了声动力疗法结合RAS抑制剂在肝细胞癌治疗中的机制	首次报道了IR820纳米胶囊增强的声动力疗法与RAS抑制剂farnesyl-thiosalicylic acid (FTS)的联合应用，并利用单细胞RNA测序分析了其对肝细胞癌的治疗效果	NA	探讨声动力疗法与RAS抑制剂联合治疗肝细胞癌的机制	肝细胞癌及其治疗效果	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	肝细胞癌异种移植模型
39	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of human femoral head in vivo 2021-06-10, Aging DOI:10.18632/aging.203124 PMID:34111027	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了人体股骨头组织细胞的细胞组成和细胞间相互作用	首次在单细胞水平上揭示了人体股骨头组织细胞的细胞类型及其在骨代谢中的相互作用	NA	探究骨组织中细胞的细胞组成及其在骨代谢中的相互作用	人体股骨头组织细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	RNA	26,574个主要人体股骨头组织细胞
40	2024-08-07	Challenges for Cryptosporidium Population Studies 2021-06-10, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12060894 PMID:34200631	综述	本文综述了隐孢子虫种群研究的现状、挑战及潜在解决方案	介绍了隐孢子虫基因组序列的增加及其对种群研究的影响	隐孢子虫缺乏理想的体外培养系统，难以克隆分离株，导致序列分析可能存在偏差	探讨隐孢子虫种群研究的挑战与解决方案	隐孢子虫及其在人类疾病中的作用	NA	NA	基因组测序	NA	基因组序列	多数序列来自隐孢子虫的种群研究