单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-09	Chemotherapy Induces Senescence-Like Resilient Cells Capable of Initiating AML Recurrence 2021-06, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1375 PMID:33500244	研究论文	本文研究了急性髓系白血病（AML）患者化疗后复发的原因，发现化疗诱导AML细胞进入一种衰老样表型，这种表型具有再增殖和植入潜力，与AML复发有关。	本文首次揭示了化疗诱导的衰老样表型在AML复发中的作用，并发现ATR抑制剂可以有效抑制这种表型的持久性。	NA	探讨急性髓系白血病化疗后复发机制，并寻找针对性的治疗策略。	急性髓系白血病细胞及其化疗后的生物学行为。	NA	白血病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
182	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals intratumoral heterogeneity in primary uveal melanomas and identifies HES6 as a driver of the metastatic disease 2021-06, Cell death and differentiation IF:13.7Q1 DOI:10.1038/s41418-020-00730-7 PMID:33462406	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了六个不同原发性葡萄膜黑色素瘤样本，揭示了肿瘤内异质性，并识别出HES6作为转移性疾病的驱动因子	首次在葡萄膜黑色素瘤中揭示了肿瘤内异质性，并识别出HES6作为转移性疾病的驱动因子，为治疗提供了新的靶点	NA	研究葡萄膜黑色素瘤的肿瘤内异质性，并识别出与转移相关的关键基因	原发性葡萄膜黑色素瘤及其转移机制	数字病理学	葡萄膜黑色素瘤	单细胞RNA测序	NA	基因组和转录组数据	六个不同原发性葡萄膜黑色素瘤样本
183	2024-08-09	Assessing single-cell transcriptomic variability through density-preserving data visualization 2021-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-00801-7 PMID:33462509	研究论文	本文介绍了den-SNE和densMAP两种密度保持的数据可视化工具，基于t-SNE和UMAP，用于准确地将转录组变异性信息纳入单细胞RNA测序数据的可视化解释中	提出了den-SNE和densMAP两种新的密度保持可视化工具，能够更准确地反映单细胞转录组数据的局部密度	NA	开发和验证密度保持的数据可视化工具，以更好地理解和解释单细胞RNA测序数据	单细胞RNA测序数据在不同生物过程中的转录组变异性	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	t-SNE, UMAP	转录组数据	应用到近期发表的数据集，涉及多种生物过程
184	2024-08-09	Sequential fate-switches in stem-like cells drive the tumorigenic trajectory from human neural stem cells to malignant glioma 2021-06, Cell research IF:28.1Q1 DOI:10.1038/s41422-020-00451-z PMID:33390587	研究论文	本文建立了两个高渗透性的人神经干细胞衍生恶性胶质瘤模型，并通过时间序列分析揭示了从人神经干细胞到恶性胶质瘤的肿瘤发生轨迹	首次重建了从人神经干细胞到恶性胶质瘤的肿瘤发生轨迹，并揭示了NSC样细胞中的多步转录重编程和命运转换是肿瘤进展的主要驱动力	由于早期阶段采样和临床前模型的技术困难，对从人神经干细胞到恶性胶质瘤的肿瘤发生路径了解仍然有限	揭示从人神经干细胞到恶性胶质瘤的肿瘤发生过程中的分子动力学和命运选择	人神经干细胞（hNSCs）和恶性胶质瘤	数字病理学	脑瘤	全外显子测序、bulk和单细胞RNA-seq	NA	基因组数据、转录组数据	两个高渗透性的人神经干细胞衍生恶性胶质瘤模型
185	2024-08-09	FOXP1 negatively regulates intrinsic excitability in D2 striatal projection neurons by promoting inwardly rectifying and leak potassium currents 2021-06, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-020-00995-x PMID:33402705	研究论文	本文研究了转录因子FOXP1通过促进内向整流和泄漏钾电流，负向调节D2纹状体投射神经元的内在兴奋性	本文揭示了FOXP1通过转录激活相应转录本，负向调节D2纹状体投射神经元的兴奋性，为转录因子如何调控多个基因以影响依赖于多种电流类型整合的神经电生理功能提供了新例证	NA	探究FOXP1在D2纹状体投射神经元中调节内在兴奋性的机制	D2纹状体投射神经元及其在FOXP1缺失下的电生理变化	神经科学	自闭症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	FOXP1缺失的D2纹状体投射神经元
186	2024-08-09	Hypertension delays viral clearance and exacerbates airway hyperinflammation in patients with COVID-19 2021-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-00796-1 PMID:33361824	研究论文	研究探讨了高血压对COVID-19患者病毒清除和气道过度炎症的影响，以及ACEI和ARB治疗的效果	首次结合临床数据和单细胞测序数据，探讨高血压患者在COVID-19中的免疫细胞炎症倾向及其与治疗药物的关系	研究样本量有限，无法确定临床疗效	探究高血压对COVID-19患者病情进展的影响及抗高血压药物的治疗效果	COVID-19患者中的高血压患者及其免疫细胞	NA	高血压	单细胞测序	NA	临床数据	144名临床数据样本和48个气道样本
187	2024-08-09	Cannabinoid Receptor Activation on Haematopoietic Cells and Enterocytes Protects against Colitis 2021-Jun-22, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaa253 PMID:33331878	研究论文	研究了大麻素受体激活在造血细胞和肠上皮细胞中对结肠炎的保护作用	首次探讨了大麻素受体激活对结肠炎的保护作用中微生物组、代谢组以及造血和非造血细胞各自贡献的角色	研究主要集中在实验模型和动物实验上，尚未在人类群体中进行验证	探讨大麻素受体激活在减轻炎症性肠病中的作用及其机制	C57BL/6雌性小鼠在化学诱导的结肠炎模型中的反应	NA	炎症性肠病	单细胞RNA测序和qRT-PCR	NA	RNA	C57BL/6雌性小鼠
188	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of psoriatic skin identifies pathogenic Tc17 cell subsets and reveals distinctions between CD8+ T cells in autoimmunity and cancer 2021-06, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.11.028 PMID:33309739	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，全面分析了银屑病皮肤病变中CD8+ T细胞的表型变异	发现了11种转录上多样化的CD8+ T细胞亚群，其中包括两种与疾病严重程度相关的非耗竭性Tc17细胞亚群	NA	旨在全面表征银屑病病变中CD8+ T细胞的表型变异	银屑病和健康皮肤的CD8+ T细胞	数字病理学	银屑病	单细胞RNA测序	支持向量机分类器	转录组	银屑病和健康皮肤的多个样本
189	2024-08-09	Deep feature extraction of single-cell transcriptomes by generative adversarial network 2021-06-16, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa976 PMID:33226074	研究论文	本文介绍了一种单细胞生成对抗网络（scGAN），用于从原始数据中同时获取模式并最小化由技术伪影或其他数据固有因素引起的混杂效应	scGAN通过将每个细胞投影到潜在嵌入来建模数据似然性，并尝试最小化潜在嵌入与批次标签之间的相关性	NA	解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）中的批次效应问题	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	生成对抗网络（GAN）	基因表达数据	三个公共scRNA-seq数据集
190	2024-08-09	A data-driven dimensionality-reduction algorithm for the exploration of patterns in biomedical data 2021-06, Nature biomedical engineering IF:26.8Q1 DOI:10.1038/s41551-020-00635-3 PMID:33139824	研究论文	本文介绍了一种名为'特征增强嵌入机'（FEM）的数据驱动降维算法，用于探索生物医学数据中的模式	该算法能够学习数据结构和数据组件的固有特征，对数据进行去噪和组件分离，然后将数据投影到较低维度	NA	开发一种准确且广泛适用的数据驱动降维算法	生物医学数据中的模式探索	机器学习	NA	特征增强嵌入机（FEM）	NA	蛋白质表达数据、单细胞RNA测序数据、计算机断层扫描数据、脑电图数据和可穿戴生理传感器数据	NA
191	2024-08-09	Deconvolution of monocyte responses in inflammatory bowel disease reveals an IL-1 cytokine network that regulates IL-23 in genetic and acquired IL-10 resistance 2021-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2020-321731 PMID:33037057	研究论文	研究炎症性肠病中IL-23表达的调控机制，并探讨其在个性化治疗中的应用	识别了IL-10和IL-1作为单核细胞IL-23产生的关键调节因子，并区分了稳态和超炎症相关的IL-23产生	NA	探讨IL-23在炎症性肠病中的调控机制，为个性化治疗提供依据	人类单核细胞和外周血单核细胞中的IL-23表达	NA	炎症性肠病	转录组分析，单细胞RNA测序	NA	转录组数据	健康个体和炎症性肠病患者的单核细胞样本
192	2024-08-09	BP4RNAseq: a babysitter package for retrospective and newly generated RNA-seq data analyses using both alignment-based and alignment-free quantification method 2021-06-09, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa832 PMID:32976573	研究论文	本文开发了一个名为BP4RNAseq的R包，用于回顾性和新产生的RNA-seq数据分析，结合了基于比对和无比对量化的先进工具	BP4RNAseq包通过优化流程提高了RNA-seq分析的敏感性和准确性，仅需两个非技术参数即可输出六种格式的基因表达量化结果	NA	开发一个高度自动化的工具，简化RNA-seq数据分析流程	RNA-seq数据分析	生物信息学	NA	RNA-seq	NA	文本	NA
193	2024-08-09	Neuronal activity increases translocator protein (TSPO) levels 2021-06, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-020-0745-1 PMID:32398717	研究论文	本研究探讨了神经活动对成年中枢神经系统中转运蛋白（TSPO）水平的影响	本研究挑战了TSPO表达或结合变化必然反映正在进行神经炎症的普遍假设，强调在某些生理或病理情况下需要考虑非炎症性解释	NA	研究神经活动是否能改变成年中枢神经系统中的TSPO水平	成年C57BL6/N小鼠的海马体中的TSPO基因和蛋白水平	神经科学	NA	单细胞RNA测序，共聚焦激光扫描显微镜	NA	基因表达数据，蛋白质表达数据	12周龄的C57BL6/N小鼠