单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 194 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-28 |
Categorization of lung mesenchymal cells in development and fibrosis
2021-Jun-25, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102551
PMID:34151224
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析，对小鼠和人类肺发育及纤维化过程中的间充质细胞进行分类 | 首次系统鉴定并描绘了胚胎、出生后、成年及老化纤维化肺中间充质细胞的转录组特征，发现了一种表达特定基因的新细胞亚群，并描述了亚型选择性转录因子及发育过程中的分化路径 | 未明确说明局限性 | 阐明肺间充质细胞在发育和纤维化过程中的异质性 | 小鼠和人类肺间充质细胞 | 数字病理学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种发育阶段（胚胎、出生后、成年、老化）及纤维化状态的小鼠和人类肺组织样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-28 |
Obtaining purified human intestinal epithelia for single-cell analysis and organoid culture
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100597
PMID:34169291
|
研究论文 | 描述从人类胎儿和儿童肠道组织制备高活性上皮单细胞悬液并用于单细胞RNA测序和类器官培养的协议 | 提供了从人类胎儿和儿童肠道组织中高效分离纯化上皮细胞以进行单细胞分析和类器官培养的详细方案 | 未明确说明 | 开发从人类肠道组织获得纯化上皮单细胞用于单细胞分析和类器官培养的标准化协议 | 人类胎儿和儿童肠道组织及由该组织产生的肠道类器官 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序、类器官培养 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胎儿和儿童肠道组织样本（具体数量未提及） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 3 | 2026-05-28 |
Collection and preprocessing of fine needle aspirate patient samples for single cell profiling and data analysis
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100581
PMID:34151301
|
研究论文 | 本文描述了对皮肤细针穿刺样本进行采集、预处理以用于单细胞RNA测序和数据分析的协议 | 提出了一种从细针穿刺样本中获取高质量单细胞测序数据的系统方法，包括活细胞生物库建立和预处理流程 | 未提及具体的局限性 | 建立细针穿刺样本的单细胞分析方法，实现临床样本中细胞异质性的高通量检测 | 皮肤细针穿刺样本中的单细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-05-28 |
Charting human development using a multi-endodermal organ atlas and organoid models
2021-06-10, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.028
PMID:34019796
|
研究论文 | 通过构建多内胚层器官图谱和类器官模型，描绘人类发育过程中的细胞动态和分子机制 | 首次整合多器官单细胞转录组图谱与类器官模型，系统揭示呼吸和胃肠道内胚层器官发育的细胞状态、转录因子及间质-上皮互作，并利用图谱作为高维搜索空间评估类器官培养条件 | 未提及具体限制，可能包括样本数量有限、类器官模型无法完全模拟体内复杂环境等 | 利用单细胞图谱和类器官技术解析人类内胚层器官发育的细胞多样性和分子调控 | 内胚层器官的细胞状态、转录因子及器官特异性上皮干细胞和间充质相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 多个发育中的人体呼吸和胃肠道内胚层器官样本 | 10x Genomics | single-cell RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 5 | 2026-05-28 |
Naive stem cell blastocyst model captures human embryo lineage segregation
2021-06-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.031
PMID:33957081
|
研究论文 | 通过自我组织生成人类胚胎模型（囊胚样结构），模拟自然囊胚的谱系分离 | 首次通过短暂诱导滋养外胚层在3天内形成具有三种组织层的囊胚样结构，且单细胞转录组分析证实其高保真度模拟人类胚胎 | 未在摘要中提及模型在长期发育或植入后阶段的适用性及潜在局限性 | 建立可扩展的体外人类胚胎模型以研究早期谱系分离 | 人类原始多能细胞 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 未在摘要中明确样本数量，但涉及多批次囊胚样结构 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 6 | 2026-05-25 |
Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450
PMID:33982010
|
研究论文 | 演示使用开源软件构建模块化单细胞RNA测序数据分析流程 | 提供模块化、灵活的开源数据分析流程，克服商业平台的固定性限制 | 未提及通用解决方案区分信息性或非信息性包裹细胞材料，流程灵活性优先但无特定创新方法 | 构建并展示单细胞RNA测序数据的完整分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | RNA-seq | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2026-05-25 |
Cell population analysis of the adult murine subependymal neurogenic lineage by flow cytometry
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100425
PMID:33899012
|
protocol | 本文提供了一个基于流式细胞术的协议，用于成体小鼠室管膜下神经源性谱系的细胞群体分析 | 无需报告小鼠即可将成体啮齿类动物室膜下区神经源性谱系的所有细胞分类和分离为不同细胞群体，包括三个具有与单细胞转录组学一致的分子特征的神经干细胞组分 | NA | 提供一种基于流式细胞术的分类和分离方法，用于研究成体神经干细胞群体的循环异质性和静止-激活转换 | 成体小鼠室膜下区神经源性谱系细胞，包括三个神经干细胞组分 | machine learning | NA | 流式细胞术 | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 8 | 2026-05-25 |
Spatial transcriptomics of the nematode Caenorhabditis elegans using RNA tomography
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100411
PMID:33870220
|
protocol | 本文介绍了一种结合mRNA测序与冷冻切片技术的RNA断层扫描方法，用于在秀丽隐杆线虫中生成近乎细胞分辨率的前后轴基因表达图谱 | 将该技术适配到线虫模型，并提供了两种实验方案：一种最大化灵敏度，另一种适用于部分自动化以节省时间 | 未明确说明局限性信息 | 提供详细的RNA tomography实验协议，用于线虫空间转录组分析 | 秀丽隐杆线虫（Caenorhabditis elegans） | NA | NA | RNA tomography (tomo-seq), mRNA sequencing, cryo-sectioning | NA | gene expression data | NA | NA | spatial transcriptomics | NA | NA |
| 9 | 2026-05-25 |
Single-cell RNA sequencing of human liver reveals hepatic stellate cell heterogeneity
2021-Jun, JHEP reports : innovation in hepatology
IF:9.5Q1
DOI:10.1016/j.jhepr.2021.100278
PMID:34027339
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示人类肝脏中肝星状细胞的异质性 | 首次在人类肝脏中描绘出肝星状细胞存在两种具有独特基因表达特征和不同小叶内定位的亚群 | 未提及具体局限性 | 利用单细胞RNA测序揭示人类肝细胞尤其是肝细胞和肝星状细胞的异质性 | 新鲜分离的人类肝脏细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 约25,000个新鲜分离的人类肝脏细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用基于液滴的RNA测序技术 |
| 10 | 2026-05-25 |
TCF7 is not essential for glucose homeostasis in mice
2021-06, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2021.101213
PMID:33741532
|
研究论文 | 在小鼠中研究转录因子7在肝细胞和胰岛β细胞中对葡萄糖稳态的代谢重要性 | 通过条件性基因敲除和单细胞RNA-seq分析，首次明确TCF7主要在胰岛免疫细胞中表达，而非β细胞，且对葡萄糖稳态并非必需 | 主要基于小鼠模型，结论可能不完全适用于人类；未涉及TCF7在胰腺发育或其他代谢条件下的潜在作用 | 探讨TCF7在肝细胞和胰岛β细胞中对葡萄糖稳态的相对代谢重要性 | 成年小鼠 | 自然语言处理 | NA | 单细胞RNA-seq, 腺病毒Cre重组, 基因敲除 | NA | 基因表达数据, 组织学数据 | 包括野生型小鼠、Tcf7β细胞特异性敲除小鼠、全身Tcf7敲除小鼠和免疫缺陷Rag2-/-Il2rg-/-小鼠的数量未明确指定 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2026-04-23 |
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01142-2
PMID:33986545
|
研究论文 | 本文介绍了TRUST4开源算法，用于从RNA测序数据重建αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | TRUST4支持FASTQ和BAM格式，速度更快、灵敏度更高，能组装更长甚至全长的受体库，并能从单细胞RNA测序数据中调用库序列而无需V(D)J富集 | NA | 开发一种算法以重建免疫受体库 | αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体 | 自然语言处理 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台 | 5' 10x Genomics平台 |
| 12 | 2026-04-09 |
A yeast-optimized single-cell transcriptomics platform elucidates how mycophenolic acid and guanine alter global mRNA levels
2021-06-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02320-w
PMID:34193958
|
研究论文 | 本文介绍了一种针对酵母优化的单细胞转录组学平台yeastDrop-Seq，用于量化单个酵母细胞中不同的mRNA分子数量，并研究了霉酚酸和鸟嘌呤对全局mRNA水平的影响 | 开发了yeastDrop-Seq平台，这是对Drop-Seq技术的优化，使其适用于酵母这种细胞大小和形态特征不同的生物体，从而实现了酵母单细胞转录组的量化分析 | 平台可能仅适用于酵母细胞，对于其他生物体的应用可能仍具挑战性，且未提及样本量或技术验证的详细限制 | 研究霉酚酸和鸟嘌呤对酵母细胞全局mRNA水平的转录组影响，并优化单细胞转录组学技术以应用于酵母 | 单个酵母细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | yeastDrop-Seq | 针对酵母优化的Drop-Seq平台，用于量化单个酵母细胞中不同的mRNA分子数量 |
| 13 | 2026-04-09 |
Cannabinoid Receptor Activation on Haematopoietic Cells and Enterocytes Protects against Colitis
2021-Jun-22, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaa253
PMID:33331878
|
研究论文 | 本研究探讨了大麻素受体激活在造血细胞和肠上皮细胞中对结肠炎的保护作用 | 揭示了THC通过作用于免疫细胞和肠上皮细胞来预防结肠炎，并明确了其独立于微生物组的抗炎机制 | 研究仅使用雌性C57BL/6小鼠，且CBD在测试剂量下效果有限，可能不适用于所有情况 | 确定大麻素在结肠炎中的抗炎作用机制，包括微生物组、代谢组以及造血和非造血细胞的贡献 | 雌性C57BL/6小鼠在化学诱导结肠炎模型中的反应 | NA | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 流式细胞术, 结肠镜检查, 组织学分析 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据, 临床参数 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 14 | 2026-04-09 |
Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery
2021-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147464
PMID:33974569
|
研究论文 | 本研究评估了尿液中EGF和MCP-1作为心脏手术后慢性肾病风险的预测标志物 | 首次将反映细胞完整性的EGF和炎症标志物MCP-1联合用于预测心脏手术后的长期肾脏结局，并利用单细胞RNA测序在组织层面验证了相关基因表达变化 | 研究人群主要来自加拿大和美国的两家中心，可能存在选择偏倚，且为观察性研究，无法确定因果关系 | 评估新型尿液生物标志物对心脏手术后慢性肾病风险的预测价值 | 865名接受心脏手术的成年患者 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 尿液生物标志物数据、单细胞转录组数据 | 865名心脏手术患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2026-04-08 |
Uphyloplot2: visualizing phylogenetic trees from single-cell RNA-seq data
2021-Jun-05, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07739-3
PMID:34090344
|
研究论文 | 本文介绍了Uphyloplot2，一个用于从单细胞RNA-seq数据推断的CNV信息生成系统发育图的Python脚本工具 | 开发了一个自动化工具，直接从RNA-seq推断数据或Newick格式的树文件生成系统发育图，简化了肿瘤克隆性可视化的流程 | 工具依赖于外部CNV推断工具（如inferCNV、CaSpER、HoneyBADGER）的准确性，且未在多种肿瘤类型或大规模数据集上进行广泛验证 | 开发一个可视化工具，用于从单细胞RNA-seq数据中推断的染色体拷贝数变异（CNV）信息生成系统发育图，以展示肿瘤克隆性 | 单细胞RNA-seq数据推断的CNV信息或Newick格式的树文件 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA-seq（scRNA-seq）、染色体拷贝数变异（CNV）推断 | NA | 基因表达数据、CNV推断数据、树文件 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 16 | 2026-04-08 |
Genetic pathways regulating hematopoietic lineage speciation: Factorial latent variable model analysis of single cell transcriptome
2021-Jun, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2021.107080
PMID:34026977
|
研究论文 | 本研究应用因子单细胞潜变量模型分析小鼠造血干细胞和祖细胞的单细胞转录组数据，以解析造血谱系分化的遗传调控通路 | 首次采用因子单细胞潜变量模型分解单细胞转录组异质性为可解释的生物学因子，动态揭示细胞命运调控机制 | 研究仅基于12周龄雌性小鼠的造血干细胞和祖细胞数据，样本来源和年龄性别范围有限 | 解析稳态造血过程中调控细胞谱系分化的遗传通路 | 小鼠造血干细胞和祖细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子单细胞潜变量模型 | 单细胞转录组测序数据 | 1,920个造血干细胞和祖细胞，来自12周龄雌性小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2026-04-03 |
A Role for Protease Activated Receptor Type 3 (PAR3) in Nociception Demonstrated Through Development of a Novel Peptide Agonist
2021-06, The journal of pain
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jpain.2020.12.006
PMID:33429107
|
研究论文 | 本研究通过开发一种新型肽激动剂C660，探讨了蛋白酶激活受体3（PAR3）在痛觉感知中的作用 | 开发了选择性激活PAR3的脂质锚定激动剂C660，并首次在体内证明了PAR3对机械超敏和痛觉可塑性的贡献 | 研究主要基于小鼠模型，PAR3在人类痛觉中的具体作用仍需进一步验证 | 探究PAR3在外周感觉神经系统中的功能及其在痛觉调节中的作用 | 小鼠背根神经节神经元和三叉神经神经元 | 神经科学 | 疼痛相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2026-03-10 |
Single-cell RNA sequencing in human lung cancer: Applications, challenges, and pathway towards personalized therapy
2021-06-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000000535
PMID:33883467
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在人类肺癌研究中的应用、挑战及其在推动个性化治疗发展中的潜力 | 填补了现有综述的空白，全面总结了scRNA-seq在肺癌研究中的广泛应用，并探讨了其在个性化癌症治疗中的未来应用与挑战 | NA | 总结scRNA-seq在人类肺癌研究中的各种应用，并探讨其在促进未来个性化癌症治疗发展中的潜力与挑战 | 人类肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-10-05 |
Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer
2021-Jun-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
研究论文 | 本研究首次描述了胰腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化，并识别了潜在治疗靶点 | 首次利用空间转录组技术揭示胰腺癌缺氧微环境的空间异质性特征 | 研究基于小鼠移植瘤模型，临床相关性需进一步验证 | 探究胰腺癌缺氧微环境的空间转录组特征及其临床意义 | 人胰腺导管腺癌（PDAC）在小鼠缺血后肢中的移植瘤 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠移植瘤模型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome sequencing on the Nanopore platform with ScNapBar
2021-Jun-16, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.078154.120
PMID:33906975
|
研究论文 | 提出ScNapBar软件解决Nanopore平台单细胞转录组测序中细胞条形码分配准确性问题 | 开发了混合测序方法结合Nanopore和Illumina平台优势，通过UMI或朴素贝叶斯概率方法提高细胞条形码分配准确性 | 未明确说明样本规模和技术适用范围 | 解决单细胞全长RNA测序中细胞条形码分配的技术挑战 | 单细胞转录组 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序，混合测序 | 朴素贝叶斯 | 测序数据 | NA | Oxford Nanopore, Illumina, 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，长读长测序 | Nanopore平台，Illumina平台，10x Chromium | Nanopore长读长测序平台与10x Chromium单细胞测序平台整合 |