单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 194 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-09-09 |
Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer
2021-Jun-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
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研究论文 | 本研究利用空间转录组技术揭示胰腺癌缺氧微环境诱导的空间转录组变化及潜在治疗靶点 | 首次描述胰腺癌缺氧微环境导致的空间转录组变化，并发现侵袭性亚群在缺氧下的特异性靶点 | 研究基于小鼠模型，临床相关性需进一步验证 | 探究胰腺导管腺癌中缺氧相关异质性的空间分布及其治疗意义 | 人源胰腺导管腺癌移植瘤模型 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学(STs), 差异表达基因聚类, CMAP分析 | NA | 空间转录组数据 | 裸鼠缺血后肢移植瘤模型（缺氧组与对照组） |
| 2 | 2025-09-05 |
Single-cell transcriptome sequencing on the Nanopore platform with ScNapBar
2021-Jun-16, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.078154.120
PMID:33906975
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研究论文 | 提出基于纳米孔和Illumina平台的混合测序方法及ScNapBar软件，解决单细胞全长RNA测序中细胞条形码分配准确性问题 | 开发了ScNapBar软件，采用UMI或朴素贝叶斯概率方法进行条形码分配，显著提高低测序饱和度下的准确率 | NA | 解决纳米孔平台单细胞测序中因高错误率导致的细胞条形码分配难题 | 单细胞转录组 | 生物信息学 | NA | Nanopore测序, Illumina测序, 单细胞RNA-seq | Naïve Bayes | 测序数据 | 模拟和真实纳米孔数据集，以及具有活跃/沉默无义介导RNA降解通路的细胞池 |
| 3 | 2025-09-05 |
Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development
2021-06, Nature structural & molecular biology
IF:12.5Q1
DOI:10.1038/s41594-021-00590-w
PMID:34045724
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研究论文 | 本研究通过小分子筛选发现视黄酸信号通路在哺乳动物早期发育全能性窗口期中的关键作用 | 首次利用2CLC模型筛选出视黄酸作为全能性细胞强效诱导剂，并揭示其在胚胎中调控全能性细胞的关键作用 | 研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，人类临床应用潜力仍需进一步验证 | 探索调控哺乳动物早期发育全能性程序的信号通路 | 小鼠胚胎干细胞（ES细胞）和2细胞样细胞（2CLCs） | 发育生物学 | NA | 小分子筛选、单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 小鼠胚胎干细胞培养体系中的自发2CLCs群体 |
| 4 | 2025-07-23 |
Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis
2021-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147984
PMID:34003795
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research paper | 该研究探讨了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中的缺失如何促进血管炎症并加速动脉粥样硬化 | 首次发现SETDB2在动脉粥样硬化病变中表达上调，并揭示其在调控巨噬细胞活化和炎症反应中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限 | 探究SETDB2在动脉粥样硬化发展中的分子机制 | 人类和小鼠的动脉粥样硬化病变及造血细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | Ldlr敲除小鼠模型 | 基因表达数据 | 小鼠模型及人类动脉粥样硬化病变样本 |
| 5 | 2025-07-22 |
Integration of spatial and single-cell transcriptomics localizes epithelial cell-immune cross-talk in kidney injury
2021-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147703
PMID:34003797
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研究论文 | 该研究通过整合空间转录组学和单细胞转录组学技术，定位了肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞的相互作用 | 首次优化了空间转录组学和单核测序数据集的协调，将30种主要细胞类型映射到人类肾切除样本中，并揭示了AKI模型中免疫细胞浸润的空间分布机制 | 研究仅基于两种小鼠AKI模型，人类样本仅来自肾切除患者，可能无法完全代表所有AKI情况 | 探索急性肾损伤(AKI)中细胞类型空间分布特征及免疫-上皮细胞相互作用机制 | 人类肾切除样本和两种小鼠AKI模型(缺血/再灌注损伤和盲肠结扎穿刺) | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 空间转录组学, 单核测序, CODEX免疫荧光 | NA | 转录组数据, 图像数据 | 人类肾切除样本1例，两种小鼠AKI模型(具体数量未明确说明) |
| 6 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies macrophage transcriptional heterogeneities in granulomatous diseases
2021-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.03794-2020
PMID:33602861
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2025-02-26 |
Processing single-cell RNA-seq data for dimension reduction-based analyses using open-source tools
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100450
PMID:33982010
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研究论文 | 本文展示了一个基于开源软件构建的单细胞RNA测序数据分析流程 | 使用模块化构建的开源软件进行数据分析，提供了更高的灵活性和定制化分析能力 | 未提及具体的数据集或实验结果，可能缺乏实际应用验证 | 开发一个灵活且可定制的单细胞RNA测序数据分析流程 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 8 | 2024-12-11 |
SARS-CoV-2 exacerbates proinflammatory responses in myeloid cells through C-type lectin receptors and Tweety family member 2
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.006
PMID:34048708
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研究论文 | 研究探讨了SARS-CoV-2通过C型凝集素受体和Tweety家族成员2在髓系细胞中加剧促炎反应的机制 | 首次识别出SARS-CoV-2刺突蛋白的多个C型凝集素受体和TTYH2作为糖依赖性结合伙伴，并发现这些受体在髓系细胞中的表达与COVID-19严重程度相关 | 研究主要集中在髓系细胞的受体上，未涵盖其他免疫细胞类型 | 探讨SARS-CoV-2如何通过特定受体在髓系细胞中引发促炎反应，并寻找潜在的治疗靶点 | SARS-CoV-2刺突蛋白与髓系细胞受体的相互作用及其引发的炎症反应 | 免疫学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自COVID-19患者的肺部细胞 |
| 9 | 2024-10-13 |
Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery
2021-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147464
PMID:33974569
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研究论文 | 评估尿液中EGF和MCP-1在心脏手术后预测慢性肾病（CKD）风险的作用 | 首次评估了细胞完整性标志物EGF和炎症标志物MCP-1在心脏手术后长期肾功能结局中的预测作用，并结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了相关基因的转录组变化 | 研究样本仅来自加拿大和美国的两个中心，可能存在地域偏倚；研究未探讨EGF和MCP-1在其他类型手术或非手术情况下的预测作用 | 评估心脏手术后尿液中EGF和MCP-1对慢性肾病风险的预测作用 | 心脏手术后的成年患者及其尿液样本 | NA | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 尿液样本 | 865名成年患者 |
| 10 | 2024-09-30 |
Integration of Transformative Platforms for the Discovery of Causative Genes in Cardiovascular Diseases
2021-06, Cardiovascular drugs and therapy
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s10557-021-07175-1
PMID:33856594
|
综述 | 本文综述了利用基因组关联研究（GWAS）和其他多学科技术平台整合，以发现心血管疾病致病基因的最新进展 | 本文强调了通过多学科团队整合遗传发现与多种技术平台，展示了这种方法的变革潜力 | NA | 探讨心血管疾病致病基因的发现及其机制 | 心血管疾病及其相关基因和变异 | 基因组学 | 心血管疾病 | 基因组关联研究（GWAS）、RNA测序、代谢组学、表观基因组学 | NA | 基因数据、RNA数据、代谢数据 | NA |
| 11 | 2024-09-28 |
Discovering Cellular Mitochondrial Heteroplasmy Heterogeneity with Single Cell RNA and ATAC Sequencing
2021-Jun-05, Biology
DOI:10.3390/biology10060503
PMID:34198745
|
综述 | 本文综述了利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术研究细胞线粒体异质性的方法 | 本文首次系统性地综述了单细胞测序技术在研究细胞线粒体异质性方面的应用 | 当前方法在研究线粒体异质性方面存在局限性，未来需要进一步解决 | 探讨单细胞测序技术在研究细胞线粒体异质性中的应用 | 细胞线粒体异质性 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序 | NA | 基因组数据 | 数千个细胞 |
| 12 | 2024-09-06 |
OVOL1 Regulates Psoriasis-Like Skin Inflammation and Epidermal Hyperplasia
2021-06, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2020.10.025
PMID:33333123
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研究论文 | 研究揭示了OVOL1在调节银屑病样皮肤炎症和表皮增生中的保护作用 | 首次发现OVOL1在银屑病样皮肤炎症中的保护作用，并通过RNA测序揭示了Ovol1缺失对表皮分化和炎症反应的影响 | 研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类银屑病患者中验证 | 探讨OVOL1在银屑病样皮肤炎症和表皮增生中的分子机制 | OVOL1在银屑病样皮肤炎症中的作用及其对表皮分化和免疫细胞的影响 | NA | 银屑病 | RNA测序 | NA | RNA | Ovol1缺失小鼠的皮肤样本 |
| 13 | 2024-08-25 |
Polar Gini Curve: A Technique to Discover Gene Expression Spatial Patterns from Single-cell RNA-seq Data
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.09.006
PMID:34958962
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研究论文 | 本文介绍了一种名为极性基尼曲线的方法，用于通过分析单细胞RNA测序数据来表征簇标记 | 极性基尼曲线结合基因表达和二维坐标信息，用于检测单细胞RNA测序数据中任何簇细胞的均匀性模式 | NA | 开发一种方法来表征单细胞RNA测序数据中的簇标记和空间基因表达模式 | 单细胞RNA测序数据中的簇细胞和基因表达模式 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 极性基尼曲线 | 基因表达数据 | 涉及多个模拟案例研究和实际的新生小鼠心脏细胞数据集 |
| 14 | 2024-08-25 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals Thoracolumbar Vertebra Heterogeneity and Rib-genesis in Pigs
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.09.008
PMID:34775075
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了猪胚胎27天龄的胸腰椎和肋骨原基细胞的转录组图谱 | 首次在全生物体层面分析了胸腰椎和肋骨原基相关基因的表达动态，并揭示了骨形成和血管生成在胸腰椎和肋骨发育中的耦合过程 | NA | 探究脊椎动物胸腰椎和肋骨原基发育中的胚胎骨形成和血管生成 | 猪胚胎的胸椎、腰椎和肋骨原基细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 一个27天龄的猪胚胎的胸椎、腰椎和肋骨原基细胞 |
| 15 | 2024-08-13 |
[Progress in Single-cell RNA Sequencing of Lung Adenocarcinoma]
2021-Jun-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在肺腺癌研究中的应用和进展 | 单细胞测序作为一种新型测序方法，能够在单细胞水平上对细胞群体进行特定分析，揭示每种细胞类型的独特变化，并提供对异质性基质细胞和癌细胞的准确评估 | 尽管单细胞测序技术有诸多优势，但其在临床应用中仍面临技术挑战和数据解读的复杂性 | 深入理解肺腺癌的发病机制、肿瘤微环境的异质性及药物耐药形成的机制，以发现新的治疗靶点 | 肺腺癌及其肿瘤微环境 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 16 | 2024-08-12 |
Boosting scRNA-seq data clustering by cluster-aware feature weighting
2021-Jun-02, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04033-7
PMID:34078287
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研究论文 | 本文提出了一种名为CaFew的新方法，通过集群感知特征加权来选择基因，以提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类的性能 | CaFew方法通过优化聚类目标函数，获得特征权重矩阵，用于特征选择，从而提高聚类效果 | NA | 提高scRNA-seq数据聚类的性能 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 8个真实scRNA-seq数据集 |
| 17 | 2024-08-12 |
Neural G0: a quiescent-like state found in neuroepithelial-derived cells and glioma
2021-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.20209522
PMID:34101353
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人类神经干细胞（hNSCs）的细胞周期状态，并构建了一个细胞周期分类器，识别出神经上皮来源细胞类型中的传统细胞周期阶段和一个类似静止状态（Neural G0），该状态在哺乳动物神经发生和胶质瘤中存在。 | 本研究首次识别出神经上皮来源细胞和胶质瘤中的类似静止状态（Neural G0），并发现该状态与较不具侵袭性的肿瘤和患者生存期延长相关。 | NA | 研究神经上皮来源细胞和胶质瘤中的细胞周期状态，特别是类似静止状态（Neural G0）。 | 人类神经干细胞（hNSCs）的细胞周期状态，以及神经上皮来源细胞和胶质瘤中的类似静止状态（Neural G0）。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 18 | 2024-08-12 |
EyeDiseases: an integrated resource for dedicating to genetic variants, gene expression and epigenetic factors of human eye diseases
2021-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab050
PMID:34085038
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研究论文 | 开发了一个名为EyeDiseases的数据库，用于整合和解释人类眼病的多组学数据 | 首次开发了一个专门用于整合和解释人类眼病多组学数据的数据库 | NA | 加速发现和验证与各种眼病相关的候选位点和基因，以促进分子诊断和治疗 | 人类眼病的遗传变异、基因表达和表观遗传因子 | 数字病理学 | 眼病 | 多组学技术 | NA | 基因组数据 | 包含1344个与疾病相关的基因、1774个转录文件和105个表观基因组数据 |
| 19 | 2024-08-05 |
Single-cell RNA Sequencing Reveals Sexually Dimorphic Transcriptome and Type 2 Diabetes Genes in Mouse Islet β Cells
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2021.07.004
PMID:34571259
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研究论文 | 本文探讨了小鼠胰腺β细胞中的性别差异转录组和2型糖尿病基因 | 首次揭示了小鼠β细胞中的性别差异转录组，并识别出与性别相关的2型糖尿病基因 | 研究局限于小鼠模型，结果可能无法直接应用于人类 | 探究性别在2型糖尿病发病机制中的作用 | 小鼠胰腺β细胞和与高脂饮食诱导的2型糖尿病相关的基因 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 使用高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型 |
| 20 | 2024-08-05 |
Phospholipids of APOE lipoproteins activate microglia in an isoform-specific manner in preclinical models of Alzheimer's disease
2021-06-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23762-0
PMID:34099706
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研究论文 | 本研究探讨了APOE脂蛋白的磷脂如何以同种型特异性影响阿尔茨海默病中微胶质细胞的反应。 | 发现人类APOEε3和APOEε4在阿尔茨海默病大脑中存在特异性的磷脂特征，并揭示了APOE3脂蛋白与APOE4在微胶质细胞响应Aβ方面的显著差异 | 尚需进一步研究以明确APOE和TREM2在真实生物体中的复杂相互作用 | 阐明APOE同种型在阿尔茨海默病微胶质细胞反应中的作用 | 使用预临床阿尔茨海默病鼠模型研究APOE3和APOE4对微胶质细胞的影响 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | RNA-seq | NA | RNA数据 | 使用APOE3和APOE4小鼠的脂蛋白和微胶质细胞样本 |