单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-11	SARS-CoV-2 exacerbates proinflammatory responses in myeloid cells through C-type lectin receptors and Tweety family member 2 2021-06-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.006 PMID:34048708	研究论文	研究探讨了SARS-CoV-2通过C型凝集素受体和Tweety家族成员2在髓系细胞中加剧促炎反应的机制	首次识别出SARS-CoV-2刺突蛋白的多个C型凝集素受体和TTYH2作为糖依赖性结合伙伴，并发现这些受体在髓系细胞中的表达与COVID-19严重程度相关	研究主要集中在髓系细胞的受体上，未涵盖其他免疫细胞类型	探讨SARS-CoV-2如何通过特定受体在髓系细胞中引发促炎反应，并寻找潜在的治疗靶点	SARS-CoV-2刺突蛋白与髓系细胞受体的相互作用及其引发的炎症反应	免疫学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自COVID-19患者的肺部细胞
2	2024-10-13	Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery 2021-06-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.147464 PMID:33974569	研究论文	评估尿液中EGF和MCP-1在心脏手术后预测慢性肾病（CKD）风险的作用	首次评估了细胞完整性标志物EGF和炎症标志物MCP-1在心脏手术后长期肾功能结局中的预测作用，并结合单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析了相关基因的转录组变化	研究样本仅来自加拿大和美国的两个中心，可能存在地域偏倚；研究未探讨EGF和MCP-1在其他类型手术或非手术情况下的预测作用	评估心脏手术后尿液中EGF和MCP-1对慢性肾病风险的预测作用	心脏手术后的成年患者及其尿液样本	NA	慢性肾病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	尿液样本	865名成年患者
3	2024-09-30	Integration of Transformative Platforms for the Discovery of Causative Genes in Cardiovascular Diseases 2021-06, Cardiovascular drugs and therapy IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s10557-021-07175-1 PMID:33856594	综述	本文综述了利用基因组关联研究（GWAS）和其他多学科技术平台整合，以发现心血管疾病致病基因的最新进展	本文强调了通过多学科团队整合遗传发现与多种技术平台，展示了这种方法的变革潜力	NA	探讨心血管疾病致病基因的发现及其机制	心血管疾病及其相关基因和变异	基因组学	心血管疾病	基因组关联研究（GWAS）、RNA测序、代谢组学、表观基因组学	NA	基因数据、RNA数据、代谢数据	NA
4	2024-09-28	Discovering Cellular Mitochondrial Heteroplasmy Heterogeneity with Single Cell RNA and ATAC Sequencing 2021-Jun-05, Biology DOI:10.3390/biology10060503 PMID:34198745	综述	本文综述了利用单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术研究细胞线粒体异质性的方法	本文首次系统性地综述了单细胞测序技术在研究细胞线粒体异质性方面的应用	当前方法在研究线粒体异质性方面存在局限性，未来需要进一步解决	探讨单细胞测序技术在研究细胞线粒体异质性中的应用	细胞线粒体异质性	基因组学	NA	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	NA	基因组数据	数千个细胞
5	2024-09-06	OVOL1 Regulates Psoriasis-Like Skin Inflammation and Epidermal Hyperplasia 2021-06, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2020.10.025 PMID:33333123	研究论文	研究揭示了OVOL1在调节银屑病样皮肤炎症和表皮增生中的保护作用	首次发现OVOL1在银屑病样皮肤炎症中的保护作用，并通过RNA测序揭示了Ovol1缺失对表皮分化和炎症反应的影响	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在人类银屑病患者中验证	探讨OVOL1在银屑病样皮肤炎症和表皮增生中的分子机制	OVOL1在银屑病样皮肤炎症中的作用及其对表皮分化和免疫细胞的影响	NA	银屑病	RNA测序	NA	RNA	Ovol1缺失小鼠的皮肤样本
6	2024-08-25	Polar Gini Curve: A Technique to Discover Gene Expression Spatial Patterns from Single-cell RNA-seq Data 2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.09.006 PMID:34958962	研究论文	本文介绍了一种名为极性基尼曲线的方法，用于通过分析单细胞RNA测序数据来表征簇标记	极性基尼曲线结合基因表达和二维坐标信息，用于检测单细胞RNA测序数据中任何簇细胞的均匀性模式	NA	开发一种方法来表征单细胞RNA测序数据中的簇标记和空间基因表达模式	单细胞RNA测序数据中的簇细胞和基因表达模式	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	极性基尼曲线	基因表达数据	涉及多个模拟案例研究和实际的新生小鼠心脏细胞数据集
7	2024-08-25	Single-cell RNA Sequencing Reveals Thoracolumbar Vertebra Heterogeneity and Rib-genesis in Pigs 2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2021.09.008 PMID:34775075	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了猪胚胎27天龄的胸腰椎和肋骨原基细胞的转录组图谱	首次在全生物体层面分析了胸腰椎和肋骨原基相关基因的表达动态，并揭示了骨形成和血管生成在胸腰椎和肋骨发育中的耦合过程	NA	探究脊椎动物胸腰椎和肋骨原基发育中的胚胎骨形成和血管生成	猪胚胎的胸椎、腰椎和肋骨原基细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	一个27天龄的猪胚胎的胸椎、腰椎和肋骨原基细胞
8	2024-08-24	Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development 2021-06, Nature structural & molecular biology IF:12.5Q1 DOI:10.1038/s41594-021-00590-w PMID:34045724	研究论文	本研究利用2细胞样细胞（2CLCs）进行小分子筛选，以识别调控2细胞阶段程序的新途径，并发现视黄酸（RA）信号传导途径在胚胎中全能细胞调控电路中的关键作用	首次识别视黄酸作为2CLCs的强效诱导剂，并揭示了其在调控胚胎全能细胞中的关键作用	NA	开发模拟全能细胞特征的细胞模型，并探索调控早期胚胎发育的途径	2细胞样细胞（2CLCs）和视黄酸信号传导途径	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
9	2024-08-13	[Progress in Single-cell RNA Sequencing of Lung Adenocarcinoma] 2021-Jun-20, Zhongguo fei ai za zhi = Chinese journal of lung cancer DOI:10.3779/j.issn.1009-3419.2021.102.19 PMID:34024063	综述	本文综述了单细胞RNA测序在肺腺癌研究中的应用和进展	单细胞测序作为一种新型测序方法，能够在单细胞水平上对细胞群体进行特定分析，揭示每种细胞类型的独特变化，并提供对异质性基质细胞和癌细胞的准确评估	尽管单细胞测序技术有诸多优势，但其在临床应用中仍面临技术挑战和数据解读的复杂性	深入理解肺腺癌的发病机制、肿瘤微环境的异质性及药物耐药形成的机制，以发现新的治疗靶点	肺腺癌及其肿瘤微环境	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
10	2024-08-12	Boosting scRNA-seq data clustering by cluster-aware feature weighting 2021-Jun-02, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04033-7 PMID:34078287	研究论文	本文提出了一种名为CaFew的新方法，通过集群感知特征加权来选择基因，以提高单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据聚类的性能	CaFew方法通过优化聚类目标函数，获得特征权重矩阵，用于特征选择，从而提高聚类效果	NA	提高scRNA-seq数据聚类的性能	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	NA	基因表达数据	8个真实scRNA-seq数据集
11	2024-08-12	Neural G0: a quiescent-like state found in neuroepithelial-derived cells and glioma 2021-06, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209522 PMID:34101353	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了人类神经干细胞（hNSCs）的细胞周期状态，并构建了一个细胞周期分类器，识别出神经上皮来源细胞类型中的传统细胞周期阶段和一个类似静止状态（Neural G0），该状态在哺乳动物神经发生和胶质瘤中存在。	本研究首次识别出神经上皮来源细胞和胶质瘤中的类似静止状态（Neural G0），并发现该状态与较不具侵袭性的肿瘤和患者生存期延长相关。	NA	研究神经上皮来源细胞和胶质瘤中的细胞周期状态，特别是类似静止状态（Neural G0）。	人类神经干细胞（hNSCs）的细胞周期状态，以及神经上皮来源细胞和胶质瘤中的类似静止状态（Neural G0）。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
12	2024-08-12	EyeDiseases: an integrated resource for dedicating to genetic variants, gene expression and epigenetic factors of human eye diseases 2021-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab050 PMID:34085038	研究论文	开发了一个名为EyeDiseases的数据库，用于整合和解释人类眼病的多组学数据	首次开发了一个专门用于整合和解释人类眼病多组学数据的数据库	NA	加速发现和验证与各种眼病相关的候选位点和基因，以促进分子诊断和治疗	人类眼病的遗传变异、基因表达和表观遗传因子	数字病理学	眼病	多组学技术	NA	基因组数据	包含1344个与疾病相关的基因、1774个转录文件和105个表观基因组数据
13	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing identifies macrophage transcriptional heterogeneities in granulomatous diseases 2021-06, The European respiratory journal DOI:10.1183/13993003.03794-2020 PMID:33602861	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14	2024-08-05	Single-cell RNA Sequencing Reveals Sexually Dimorphic Transcriptome and Type 2 Diabetes Genes in Mouse Islet β Cells 2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2021.07.004 PMID:34571259	研究论文	本文探讨了小鼠胰腺β细胞中的性别差异转录组和2型糖尿病基因	首次揭示了小鼠β细胞中的性别差异转录组，并识别出与性别相关的2型糖尿病基因	研究局限于小鼠模型，结果可能无法直接应用于人类	探究性别在2型糖尿病发病机制中的作用	小鼠胰腺β细胞和与高脂饮食诱导的2型糖尿病相关的基因	数字病理学	2型糖尿病	单细胞RNA测序	NA	NA	使用高脂饮食诱导的2型糖尿病小鼠模型
15	2024-08-05	Phospholipids of APOE lipoproteins activate microglia in an isoform-specific manner in preclinical models of Alzheimer's disease 2021-06-07, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23762-0 PMID:34099706	研究论文	本研究探讨了APOE脂蛋白的磷脂如何以同种型特异性影响阿尔茨海默病中微胶质细胞的反应。	发现人类APOEε3和APOEε4在阿尔茨海默病大脑中存在特异性的磷脂特征，并揭示了APOE3脂蛋白与APOE4在微胶质细胞响应Aβ方面的显著差异	尚需进一步研究以明确APOE和TREM2在真实生物体中的复杂相互作用	阐明APOE同种型在阿尔茨海默病微胶质细胞反应中的作用	使用预临床阿尔茨海默病鼠模型研究APOE3和APOE4对微胶质细胞的影响	数字病理学	阿尔茨海默病	RNA-seq	NA	RNA数据	使用APOE3和APOE4小鼠的脂蛋白和微胶质细胞样本
16	2024-08-05	Mucosal-associated invariant T cell responses differ by sex in COVID-19 2021-06-11, Med (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.medj.2021.04.008 PMID:33870241	研究论文	该研究探讨了COVID-19中粘膜相关不变T细胞反应在性别上的差异	揭示了女性特有的保护性MAIT细胞特征，可能解释了女性在COVID-19中的低感染率	尚未完全了解导致免疫反应性别差异的机制	研究性别对COVID-19免疫反应的影响	医院和非医院COVID-19感染者的外周血单核细胞样本	数字病理学	COVID-19	36色流式细胞术和单细胞RNA测序	NA	血液样本	包括住院和未住院的COVID-19感染者、未感染的密切接触者和健康对照个体的样本
17	2024-08-05	Profiling B cell immunodominance after SARS-CoV-2 infection reveals antibody evolution to non-neutralizing viral targets 2021-06-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.001 PMID:34022127	研究论文	这篇文章解析了SARS-CoV-2感染后记忆B细胞的演变，揭示了抗体对非中和病毒靶点的进化	首次通过单细胞测序分析COVID-19患者的SARS-CoV-2反应性B细胞，并揭示了抗体对非中和内源性抗原的适应性	研究样本仅限于38名COVID-19患者，可能限制了结果的普适性	了解SARS-CoV-2感染后记忆B细胞的演变及其对二次暴露时抗体的重要性	研究对象为38名COVID-19患者的记忆B细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	细胞	38名COVID-19患者
18	2024-08-05	Cis P-tau underlies vascular contribution to cognitive impairment and dementia and can be effectively targeted by immunotherapy in mice 2021-06-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aaz7615 PMID:34078745	研究论文	该研究探讨了Cis P-tau在血管性认知障碍和痴呆中的作用及其免疫治疗潜力	本研究首次明确了Cis P-tau在血管性认知障碍和阿尔茨海默病中的关键作用，并提出了针对它的免疫治疗策略	本研究主要基于小鼠模型，尚需在临床人群中验证	研究Cis P-tau在血管性认知障碍和阿尔茨海默病中的作用及其治疗潜力	小鼠模型和血管性认知障碍及阿尔茨海默病患者	数字病理学	血管性认知障碍，阿尔茨海默病	单细胞RNA测序，免疫治疗	小鼠模型	文本，RNA测序数据	小鼠模型及患者样本
19	2024-08-05	Categorization of lung mesenchymal cells in development and fibrosis 2021-Jun-25, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102551 PMID:34151224	研究论文	该文章探讨了肺间充质细胞在发育和纤维化过程中的分类及其转录组特征	本研究识别并描绘了一种新的细胞群体，并描述了细胞亚型特异性转录因子	未明确提出该研究的具体局限性	研究肺间充质细胞的异质性及其在发育和纤维化中的作用	小鼠和人类的肺间充质细胞	数字病理学	肺纤维化	scRNA-seq	NA	转录组数据	涉及小鼠和人类的胚胎、出生后、成人及老年期的纤维化肺中间充质细胞
20	2024-08-05	The derepression of transposable elements in lung cells is associated with the inflammatory response and gene activation in idiopathic pulmonary fibrosis 2021-Jun-09, Mobile DNA IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s13100-021-00241-3 PMID:34108012	研究论文	本文探讨了转座元件在特发性肺纤维化中的去抑制与炎症反应和基因激活的关联	研究首次展示了转座元件在特发性肺纤维化患者肺细胞中的失调与基因表达和炎症反应的关联	研究中仅使用了24名样本，可能无法全面代表特发性肺纤维化患者的多样性	确定转座元件是否与特发性肺纤维化相关	健康供体与特发性肺纤维化患者的肺细胞转录组	数字病理学	特发性肺纤维化	RNA-seq	NA	基因表达数据	24名受试者（16名健康供体和8名特发性肺纤维化患者）