单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 194 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer
2021-Jun-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
研究论文 | 本研究首次描述了胰腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化，并识别了潜在治疗靶点 | 首次利用空间转录组技术揭示胰腺癌缺氧微环境的空间异质性特征 | 研究基于小鼠移植瘤模型，临床相关性需进一步验证 | 探究胰腺癌缺氧微环境的空间转录组特征及其临床意义 | 人胰腺导管腺癌（PDAC）在小鼠缺血后肢中的移植瘤 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠移植瘤模型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 2 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome sequencing on the Nanopore platform with ScNapBar
2021-Jun-16, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.078154.120
PMID:33906975
|
研究论文 | 提出ScNapBar软件解决Nanopore平台单细胞转录组测序中细胞条形码分配准确性问题 | 开发了混合测序方法结合Nanopore和Illumina平台优势，通过UMI或朴素贝叶斯概率方法提高细胞条形码分配准确性 | 未明确说明样本规模和技术适用范围 | 解决单细胞全长RNA测序中细胞条形码分配的技术挑战 | 单细胞转录组 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序，混合测序 | 朴素贝叶斯 | 测序数据 | NA | Oxford Nanopore, Illumina, 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，长读长测序 | Nanopore平台，Illumina平台，10x Chromium | Nanopore长读长测序平台与10x Chromium单细胞测序平台整合 |
| 3 | 2025-10-06 |
Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development
2021-06, Nature structural & molecular biology
IF:12.5Q1
DOI:10.1038/s41594-021-00590-w
PMID:34045724
|
研究论文 | 本研究通过小分子筛选发现视黄酸信号通路是调控哺乳动物早期发育全能性的关键机制 | 首次发现视黄酸信号通路在胚胎全能性细胞调控中的核心作用，并利用单细胞RNA-seq揭示细胞重编程的转录动态 | 研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，尚未在人类系统中验证 | 探索调控哺乳动物早期发育全能性阶段的关键信号通路 | 小鼠胚胎干细胞和2细胞样细胞(2CLCs) | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，小分子筛选 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis
2021-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147984
PMID:34003795
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中通过调控巨噬细胞活化抑制血管炎症和动脉粥样硬化进展的新机制 | 首次发现SETDB2在动脉粥样硬化病变中表达上调，并证明其在造血细胞中缺失会促进血管炎症和加速动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究SETDB2在动脉粥样硬化发病机制中的作用 | 人类和小鼠动脉粥样硬化病变、造血细胞、巨噬细胞 | 表观遗传学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、骨髓移植、基因敲除 | Ldlr基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
Integration of spatial and single-cell transcriptomics localizes epithelial cell-immune cross-talk in kidney injury
2021-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147703
PMID:34003797
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞测序技术，揭示了肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞相互作用的时空分布特征 | 首次优化了空间转录组学与单核测序数据的协调分析，将30种主要细胞类型定位到人类肾切除标本中，并在两种小鼠AKI模型中发现了免疫细胞浸润的空间特异性机制 | 研究仅基于人类肾切除标本和两种小鼠AKI模型，需要进一步验证其在其他肾脏疾病中的普适性 | 探索急性肾损伤中细胞类型空间分布特征及免疫细胞浸润机制 | 人类肾切除标本、小鼠缺血/再灌注损伤模型、盲肠结扎穿刺模型 | 空间转录组学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学, 单核RNA测序, 单细胞测序, CODEX免疫荧光 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 免疫荧光图像 | 人类肾切除标本1例，两种小鼠AKI模型 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | NA |
| 6 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies macrophage transcriptional heterogeneities in granulomatous diseases
2021-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.03794-2020
PMID:33602861
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
Pooled CRISPR-activation screening coupled with single-cell RNA-seq in mouse embryonic stem cells
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100426
PMID:33899013
|
研究论文 | 介绍在小鼠胚胎干细胞中使用10x Genomics单细胞RNA测序进行汇集CRISPR激活筛选的实验方案 | 将汇集CRISPR激活筛选与单细胞RNA测序相结合，能够在细胞水平无偏倚地并行评估基因功能 | NA | 开发一种评估基因功能和调控的实验方法 | 小鼠胚胎干细胞 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 8 | 2025-10-06 |
Obtaining purified human intestinal epithelia for single-cell analysis and organoid culture
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100597
PMID:34169291
|
方法论文 | 介绍从人类胎儿和儿童肠道组织中制备高活性上皮单细胞悬液的实验方案 | 开发了适用于人类胎儿和儿童肠道组织的标准化上皮细胞分离方案，支持单细胞分析和类器官培养 | 仅针对肠道上皮细胞，未涉及其他肠道细胞类型；依赖特定组织来源 | 建立人类肠道上皮细胞的单细胞分离和类器官培养技术方案 | 人类胎儿和儿童肠道组织 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序，类器官培养 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胎儿和儿童肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
Advances and Opportunities in Single-Cell Transcriptomics for Plant Research
2021-06-17, Annual review of plant biology
IF:21.3Q1
|
综述 | 本文综述了植物单细胞转录组学的主要进展，并提供了从样本制备到数据分析的实用指南 | 全面总结了植物单细胞转录组学的最新技术进展，并展望了未来发展方向 | 作为综述文章，不包含原始研究数据和实验验证 | 促进植物单细胞转录组学技术的发展和推广应用 | 植物生物系统 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Analysis of single-cell RNA sequencing data based on autoencoders
2021-Jun-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04150-3
PMID:34103004
|
研究论文 | 开发了一个基于自编码器的单细胞RNA测序数据分析工具scAEspy | 整合了四种先进自编码器并开发了两种新型自编码器，提供多种损失函数选择，可与批次效应去除工具结合使用 | 工具仍需用户定义两个参数，且目前主要针对单细胞RNA测序数据 | 改进单细胞RNA测序数据的下游分析，特别是数据降维和数据集整合 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器(Autoencoders) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Ovarian tumors orchestrate distinct cellular compositions
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.014
PMID:34107269
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析卵巢癌微环境中不同细胞群的组成及相互作用 | 首次在单细胞水平系统描绘卵巢癌微环境中肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞间的相互作用网络 | NA | 探究肿瘤T细胞浸润的决定因素及卵巢癌微环境的细胞组成特征 | 卵巢癌微环境中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 单细胞组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery
2021-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147464
PMID:33974569
|
研究论文 | 本研究评估尿液EGF和MCP-1作为心脏手术后慢性肾病风险的预测标志物 | 首次将反映细胞完整性的EGF和炎症标志物MCP-1联合用于预测心脏手术后长期肾脏结局，并利用单细胞RNA测序验证其分子机制 | 研究仅纳入两个中心的患者，样本代表性可能有限 | 评估尿液生物标志物对心脏手术后慢性肾病风险的预测价值 | 865名接受心脏手术的成年患者 | 肾脏病学 | 慢性肾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 尿液样本、单细胞转录组数据 | 865名患者，其中266人发生CKD复合结局 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Multi-tissue single-cell analysis deconstructs the complex programs of mouse natural killer and type 1 innate lymphoid cells in tissues and circulation
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.03.024
PMID:33945787
|
研究论文 | 通过多组织单细胞分析解构小鼠自然杀伤细胞和1型先天淋巴样细胞在组织和循环系统中的复杂程序 | 首次通过多组织单细胞RNA测序系统比较不同组织中NK细胞和ILC1细胞的基因表达程序，并发现肿瘤环境中循环NK细胞程序的重塑 | 研究仅限于小鼠模型，人类样本验证不足 | 解析小鼠不同组织中自然杀伤细胞和1型先天淋巴样细胞的异质性和功能特征 | 小鼠NK1.1NKp46细胞（包括NK细胞和ILC1细胞） | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 来自血液、脾脏、多种组织和实体肿瘤的小鼠NK1.1NKp46细胞 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
A unique macrophage subpopulation signals directly to progenitor cells to promote regenerative neurogenesis in the zebrafish spinal cord
2021-06-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.031
PMID:34033756
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞特异性操作，揭示了斑马鱼脊髓损伤后特定巨噬细胞亚群直接信号传导至祖细胞促进再生性神经发生的新机制 | 首次发现促再生巨噬细胞通过TNFa-Tnfrsf1a信号轴直接激活祖细胞的AP-1活性，而非通过发育信号通路，这一机制在哺乳动物中不存在 | 研究仅基于斑马鱼模型，尚未在哺乳动物中验证其适用性 | 探究免疫细胞在脊髓再生性神经发生中的直接信号传导机制 | 斑马鱼脊髓损伤模型中的巨噬细胞和神经祖细胞 | 发育生物学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序，细胞类型特异性操作 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Naive stem cell blastocyst model captures human embryo lineage segregation
2021-06-03, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.04.031
PMID:33957081
|
研究论文 | 本研究开发了一种通过自我组织生成的人类胚胎模型（类囊胚），能够模拟人类囊胚的谱系分离过程 | 首次通过短暂诱导滋养外胚层，在3天内形成具有三个组织层的囊胚样结构，实现了高保真度的人类胚胎谱系分离 | NA | 建立可扩展的人类胚胎研究实验模型 | 人类幼稚多能细胞和由此生成的类囊胚结构 | 发育生物学 | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Pro-cachectic factors link experimental and human chronic kidney disease to skeletal muscle wasting programs
2021-06-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI135821
PMID:34060483
|
研究论文 | 本研究揭示了慢性肾脏病中肾脏与骨骼肌之间的信号交流机制，发现促恶病质因子在肌肉萎缩中的作用 | 首次通过单细胞测序技术识别了肾脏特定细胞群中activin A的表达，并验证了其在慢性肾脏病诱导肌肉萎缩中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究 | 探究慢性肾脏病与骨骼肌萎缩之间的分子机制 | 慢性肾脏病患者和实验小鼠模型 | 分子生物学 | 慢性肾脏病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多种实验性CKD小鼠模型 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Secreted inhibitors drive the loss of regeneration competence in Xenopus limbs
2021-06-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.199158
PMID:34105722
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析和体外再生肢体培养，揭示了非洲爪蟾肢体再生能力丧失的分子机制 | 发现再生能力缺失的蝌蚪中分泌抑制因子（如Noggin）富集是抑制顶端外胚层嵴细胞形成的关键因素 | 研究主要基于非洲爪蟾模型，在高等脊椎动物中的应用效果仍需验证 | 探究非洲爪蟾肢体再生能力丧失的分子机制和细胞调控因子 | 非洲爪蟾蝌蚪的肢体再生过程 | 发育生物学 | 组织再生障碍 | 单细胞转录组测序, 体外器官培养 | NA | 转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Ultra-high-throughput single-cell RNA sequencing and perturbation screening with combinatorial fluidic indexing
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01153-z
PMID:34059827
|
研究论文 | 开发了一种名为scifi-RNA-seq的超高通量单细胞RNA测序技术，通过组合流体索引实现百万级细胞的成本效益测序 | 结合细胞内组合预索引与微流控技术，可解析过载液滴中的单个转录组，实现数千样本的多重检测 | NA | 开发高通量单细胞测序技术以支持细胞图谱项目和扰动筛选 | 人类和小鼠细胞系、原代人类T细胞 | 单细胞测序技术 | NA | 单细胞RNA测序，CRISPR筛选 | NA | 单细胞转录组数据 | 数百万个单细胞 | NA | 单细胞RNA-seq，微流控技术 | scifi-RNA-seq | 组合流体索引单细胞RNA测序技术，结合细胞内预索引和微流控液滴系统 |
| 19 | 2025-10-06 |
Targeted single-cell RNA sequencing of transcription factors enhances the identification of cell types and trajectories
2021-06, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.273961.120
PMID:34011578
|
研究论文 | 开发了一种靶向转录因子的单细胞RNA测序方法，可增强细胞类型和发育轨迹的识别能力 | 提出了靶向约1000个转录因子的scCapture-seq方法，显著提高了低表达基因的检测灵敏度 | 仅针对转录因子进行靶向测序，可能忽略其他重要基因的表达信息 | 改进单细胞RNA测序技术，提高对细胞类型和发育轨迹的分辨能力 | iPSC来源的神经元培养物 | 单细胞测序技术 | NA | 靶向单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | scCapture-seq（靶向转录因子单细胞测序） |
| 20 | 2025-10-06 |
Clonally expanded EOMES+ Tr1-like cells in primary and metastatic tumors are associated with disease progression
2021-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-021-00930-4
PMID:34017124
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学发现EOMES+ Tr1样细胞在肿瘤中的克隆扩增与疾病进展相关 | 首次鉴定出EOMES+ Tr1样细胞亚群在原发性及转移性肿瘤中克隆扩增，并与疾病进展和免疫治疗反应相关 | 研究仅限于结直肠癌和非小细胞肺癌，未涉及其他肿瘤类型 | 探索肿瘤浸润T细胞的异质性及其在肿瘤免疫中的作用 | 原发性及转移性结直肠癌和非小细胞肺癌的CD4 T细胞 | 单细胞生物学 | 结直肠癌, 非小细胞肺癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |