单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 194 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-04-23 |
TRUST4: immune repertoire reconstruction from bulk and single-cell RNA-seq data
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01142-2
PMID:33986545
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研究论文 | 本文介绍了TRUST4开源算法，用于从RNA测序数据重建αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体库 | TRUST4支持FASTQ和BAM格式，速度更快、灵敏度更高，能组装更长甚至全长的受体库，并能从单细胞RNA测序数据中调用库序列而无需V(D)J富集 | NA | 开发一种算法以重建免疫受体库 | αβ/γδ T细胞和B细胞的免疫受体 | 自然语言处理 | NA | RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Genomics平台 | 5' 10x Genomics平台 |
| 2 | 2026-04-09 |
A yeast-optimized single-cell transcriptomics platform elucidates how mycophenolic acid and guanine alter global mRNA levels
2021-06-30, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02320-w
PMID:34193958
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研究论文 | 本文介绍了一种针对酵母优化的单细胞转录组学平台yeastDrop-Seq，用于量化单个酵母细胞中不同的mRNA分子数量，并研究了霉酚酸和鸟嘌呤对全局mRNA水平的影响 | 开发了yeastDrop-Seq平台，这是对Drop-Seq技术的优化，使其适用于酵母这种细胞大小和形态特征不同的生物体，从而实现了酵母单细胞转录组的量化分析 | 平台可能仅适用于酵母细胞，对于其他生物体的应用可能仍具挑战性，且未提及样本量或技术验证的详细限制 | 研究霉酚酸和鸟嘌呤对酵母细胞全局mRNA水平的转录组影响，并优化单细胞转录组学技术以应用于酵母 | 单个酵母细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | yeastDrop-Seq | 针对酵母优化的Drop-Seq平台，用于量化单个酵母细胞中不同的mRNA分子数量 |
| 3 | 2026-04-09 |
Cannabinoid Receptor Activation on Haematopoietic Cells and Enterocytes Protects against Colitis
2021-Jun-22, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaa253
PMID:33331878
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研究论文 | 本研究探讨了大麻素受体激活在造血细胞和肠上皮细胞中对结肠炎的保护作用 | 揭示了THC通过作用于免疫细胞和肠上皮细胞来预防结肠炎，并明确了其独立于微生物组的抗炎机制 | 研究仅使用雌性C57BL/6小鼠，且CBD在测试剂量下效果有限，可能不适用于所有情况 | 确定大麻素在结肠炎中的抗炎作用机制，包括微生物组、代谢组以及造血和非造血细胞的贡献 | 雌性C57BL/6小鼠在化学诱导结肠炎模型中的反应 | NA | 结肠炎 | 单细胞RNA测序, qRT-PCR, 流式细胞术, 结肠镜检查, 组织学分析 | NA | 基因表达数据, 细胞表型数据, 临床参数 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 4 | 2026-04-09 |
Urinary EGF and MCP-1 and risk of CKD after cardiac surgery
2021-06-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147464
PMID:33974569
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研究论文 | 本研究评估了尿液中EGF和MCP-1作为心脏手术后慢性肾病风险的预测标志物 | 首次将反映细胞完整性的EGF和炎症标志物MCP-1联合用于预测心脏手术后的长期肾脏结局，并利用单细胞RNA测序在组织层面验证了相关基因表达变化 | 研究人群主要来自加拿大和美国的两家中心，可能存在选择偏倚，且为观察性研究，无法确定因果关系 | 评估新型尿液生物标志物对心脏手术后慢性肾病风险的预测价值 | 865名接受心脏手术的成年患者 | 数字病理 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 尿液生物标志物数据、单细胞转录组数据 | 865名心脏手术患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 5 | 2026-04-08 |
Uphyloplot2: visualizing phylogenetic trees from single-cell RNA-seq data
2021-Jun-05, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07739-3
PMID:34090344
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研究论文 | 本文介绍了Uphyloplot2，一个用于从单细胞RNA-seq数据推断的CNV信息生成系统发育图的Python脚本工具 | 开发了一个自动化工具，直接从RNA-seq推断数据或Newick格式的树文件生成系统发育图，简化了肿瘤克隆性可视化的流程 | 工具依赖于外部CNV推断工具（如inferCNV、CaSpER、HoneyBADGER）的准确性，且未在多种肿瘤类型或大规模数据集上进行广泛验证 | 开发一个可视化工具，用于从单细胞RNA-seq数据中推断的染色体拷贝数变异（CNV）信息生成系统发育图，以展示肿瘤克隆性 | 单细胞RNA-seq数据推断的CNV信息或Newick格式的树文件 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞RNA-seq（scRNA-seq）、染色体拷贝数变异（CNV）推断 | NA | 基因表达数据、CNV推断数据、树文件 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-04-08 |
Genetic pathways regulating hematopoietic lineage speciation: Factorial latent variable model analysis of single cell transcriptome
2021-Jun, Data in brief
IF:1.0Q3
DOI:10.1016/j.dib.2021.107080
PMID:34026977
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研究论文 | 本研究应用因子单细胞潜变量模型分析小鼠造血干细胞和祖细胞的单细胞转录组数据，以解析造血谱系分化的遗传调控通路 | 首次采用因子单细胞潜变量模型分解单细胞转录组异质性为可解释的生物学因子，动态揭示细胞命运调控机制 | 研究仅基于12周龄雌性小鼠的造血干细胞和祖细胞数据，样本来源和年龄性别范围有限 | 解析稳态造血过程中调控细胞谱系分化的遗传通路 | 小鼠造血干细胞和祖细胞 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序 | 因子单细胞潜变量模型 | 单细胞转录组测序数据 | 1,920个造血干细胞和祖细胞，来自12周龄雌性小鼠 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-04-03 |
A Role for Protease Activated Receptor Type 3 (PAR3) in Nociception Demonstrated Through Development of a Novel Peptide Agonist
2021-06, The journal of pain
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jpain.2020.12.006
PMID:33429107
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研究论文 | 本研究通过开发一种新型肽激动剂C660，探讨了蛋白酶激活受体3（PAR3）在痛觉感知中的作用 | 开发了选择性激活PAR3的脂质锚定激动剂C660，并首次在体内证明了PAR3对机械超敏和痛觉可塑性的贡献 | 研究主要基于小鼠模型，PAR3在人类痛觉中的具体作用仍需进一步验证 | 探究PAR3在外周感觉神经系统中的功能及其在痛觉调节中的作用 | 小鼠背根神经节神经元和三叉神经神经元 | 神经科学 | 疼痛相关疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 小鼠背根神经节神经元 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 8 | 2026-03-10 |
Single-cell RNA sequencing in human lung cancer: Applications, challenges, and pathway towards personalized therapy
2021-06-01, Journal of the Chinese Medical Association : JCMA
IF:1.9Q2
DOI:10.1097/JCMA.0000000000000535
PMID:33883467
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序在人类肺癌研究中的应用、挑战及其在推动个性化治疗发展中的潜力 | 填补了现有综述的空白，全面总结了scRNA-seq在肺癌研究中的广泛应用，并探讨了其在个性化癌症治疗中的未来应用与挑战 | NA | 总结scRNA-seq在人类肺癌研究中的各种应用，并探讨其在促进未来个性化癌症治疗发展中的潜力与挑战 | 人类肺癌 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2026-03-02 |
Categorization of lung mesenchymal cells in development and fibrosis
2021-Jun-25, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102551
PMID:34151224
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，系统描绘了小鼠和人类在发育、衰老及纤维化过程中肺间充质细胞的异质性，并鉴定了一个新的细胞亚群 | 首次在胚胎、出生后、成年及衰老纤维化肺中，对小鼠和人类的间充质细胞进行跨物种、跨发育阶段的单细胞转录组比较分析，鉴定了一个新的细胞亚群，并揭示了各亚群在纤维化中均参与基质基因表达 | 未明确提及新细胞亚群的具体功能验证，且分析主要基于转录组数据，缺乏蛋白水平或功能实验的深入验证 | 阐明肺间充质细胞在发育和纤维化疾病中的异质性、亚群分类及其转录特征 | 小鼠和人类在胚胎期、出生后、成年期及衰老纤维化肺组织中的间充质细胞 | 单细胞组学 | 肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 涵盖小鼠和人类多个发育阶段（胚胎、出生后、成年、衰老）及纤维化状态的肺组织样本，具体样本数量未明确 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2025-10-05 |
Hypoxic microenvironment induced spatial transcriptome changes in pancreatic cancer
2021-Jun-04, Cancer biology & medicine
IF:5.6Q1
|
研究论文 | 本研究首次描述了胰腺癌中缺氧微环境诱导的空间转录组变化，并识别了潜在治疗靶点 | 首次利用空间转录组技术揭示胰腺癌缺氧微环境的空间异质性特征 | 研究基于小鼠移植瘤模型，临床相关性需进一步验证 | 探究胰腺癌缺氧微环境的空间转录组特征及其临床意义 | 人胰腺导管腺癌（PDAC）在小鼠缺血后肢中的移植瘤 | 空间转录组学 | 胰腺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | 小鼠移植瘤模型（具体数量未明确说明） | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptome sequencing on the Nanopore platform with ScNapBar
2021-Jun-16, RNA (New York, N.Y.)
DOI:10.1261/rna.078154.120
PMID:33906975
|
研究论文 | 提出ScNapBar软件解决Nanopore平台单细胞转录组测序中细胞条形码分配准确性问题 | 开发了混合测序方法结合Nanopore和Illumina平台优势，通过UMI或朴素贝叶斯概率方法提高细胞条形码分配准确性 | 未明确说明样本规模和技术适用范围 | 解决单细胞全长RNA测序中细胞条形码分配的技术挑战 | 单细胞转录组 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序，长读长测序，混合测序 | 朴素贝叶斯 | 测序数据 | NA | Oxford Nanopore, Illumina, 10x Genomics | 单细胞RNA-seq，长读长测序 | Nanopore平台，Illumina平台，10x Chromium | Nanopore长读长测序平台与10x Chromium单细胞测序平台整合 |
| 12 | 2025-10-06 |
Retinoic acid signaling is critical during the totipotency window in early mammalian development
2021-06, Nature structural & molecular biology
IF:12.5Q1
DOI:10.1038/s41594-021-00590-w
PMID:34045724
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研究论文 | 本研究通过小分子筛选发现视黄酸信号通路是调控哺乳动物早期发育全能性的关键机制 | 首次发现视黄酸信号通路在胚胎全能性细胞调控中的核心作用，并利用单细胞RNA-seq揭示细胞重编程的转录动态 | 研究主要基于小鼠胚胎干细胞模型，尚未在人类系统中验证 | 探索调控哺乳动物早期发育全能性阶段的关键信号通路 | 小鼠胚胎干细胞和2细胞样细胞(2CLCs) | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序，小分子筛选 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Deficiency of histone lysine methyltransferase SETDB2 in hematopoietic cells promotes vascular inflammation and accelerates atherosclerosis
2021-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147984
PMID:34003795
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研究论文 | 本研究揭示了组蛋白赖氨酸甲基转移酶SETDB2在造血细胞中通过调控巨噬细胞活化抑制血管炎症和动脉粥样硬化进展的新机制 | 首次发现SETDB2在动脉粥样硬化病变中表达上调，并证明其在造血细胞中缺失会促进血管炎症和加速动脉粥样硬化 | 研究主要基于小鼠模型，人类临床相关性需要进一步验证 | 探究SETDB2在动脉粥样硬化发病机制中的作用 | 人类和小鼠动脉粥样硬化病变、造血细胞、巨噬细胞 | 表观遗传学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序、骨髓移植、基因敲除 | Ldlr基因敲除小鼠模型 | 基因表达数据、单细胞转录组数据 | 未明确样本数量 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
Integration of spatial and single-cell transcriptomics localizes epithelial cell-immune cross-talk in kidney injury
2021-06-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.147703
PMID:34003797
|
研究论文 | 本研究通过整合空间转录组学和单细胞测序技术，揭示了肾脏损伤中上皮细胞与免疫细胞相互作用的时空分布特征 | 首次优化了空间转录组学与单核测序数据的协调分析，将30种主要细胞类型定位到人类肾切除标本中，并在两种小鼠AKI模型中发现了免疫细胞浸润的空间特异性机制 | 研究仅基于人类肾切除标本和两种小鼠AKI模型，需要进一步验证其在其他肾脏疾病中的普适性 | 探索急性肾损伤中细胞类型空间分布特征及免疫细胞浸润机制 | 人类肾切除标本、小鼠缺血/再灌注损伤模型、盲肠结扎穿刺模型 | 空间转录组学 | 急性肾损伤 | 空间转录组学, 单核RNA测序, 单细胞测序, CODEX免疫荧光 | NA | 空间转录组数据, 单细胞转录组数据, 免疫荧光图像 | 人类肾切除标本1例，两种小鼠AKI模型 | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 多重免疫荧光 | NA | NA |
| 15 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing identifies macrophage transcriptional heterogeneities in granulomatous diseases
2021-06, The European respiratory journal
DOI:10.1183/13993003.03794-2020
PMID:33602861
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
Pooled CRISPR-activation screening coupled with single-cell RNA-seq in mouse embryonic stem cells
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100426
PMID:33899013
|
研究论文 | 介绍在小鼠胚胎干细胞中使用10x Genomics单细胞RNA测序进行汇集CRISPR激活筛选的实验方案 | 将汇集CRISPR激活筛选与单细胞RNA测序相结合，能够在细胞水平无偏倚地并行评估基因功能 | NA | 开发一种评估基因功能和调控的实验方法 | 小鼠胚胎干细胞 | 基因组学 | NA | CRISPR/Cas9筛选, 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Genomics单细胞RNA测序平台 |
| 17 | 2025-10-06 |
Obtaining purified human intestinal epithelia for single-cell analysis and organoid culture
2021-06-18, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100597
PMID:34169291
|
方法论文 | 介绍从人类胎儿和儿童肠道组织中制备高活性上皮单细胞悬液的实验方案 | 开发了适用于人类胎儿和儿童肠道组织的标准化上皮细胞分离方案，支持单细胞分析和类器官培养 | 仅针对肠道上皮细胞，未涉及其他肠道细胞类型；依赖特定组织来源 | 建立人类肠道上皮细胞的单细胞分离和类器官培养技术方案 | 人类胎儿和儿童肠道组织 | 单细胞分析 | NA | 单细胞RNA测序，类器官培养 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胎儿和儿童肠道组织样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
Advances and Opportunities in Single-Cell Transcriptomics for Plant Research
2021-06-17, Annual review of plant biology
IF:21.3Q1
|
综述 | 本文综述了植物单细胞转录组学的主要进展，并提供了从样本制备到数据分析的实用指南 | 全面总结了植物单细胞转录组学的最新技术进展，并展望了未来发展方向 | 作为综述文章，不包含原始研究数据和实验验证 | 促进植物单细胞转录组学技术的发展和推广应用 | 植物生物系统 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
Analysis of single-cell RNA sequencing data based on autoencoders
2021-Jun-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04150-3
PMID:34103004
|
研究论文 | 开发了一个基于自编码器的单细胞RNA测序数据分析工具scAEspy | 整合了四种先进自编码器并开发了两种新型自编码器，提供多种损失函数选择，可与批次效应去除工具结合使用 | 工具仍需用户定义两个参数，且目前主要针对单细胞RNA测序数据 | 改进单细胞RNA测序数据的下游分析，特别是数据降维和数据集整合 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器(Autoencoders) | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Ovarian tumors orchestrate distinct cellular compositions
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.014
PMID:34107269
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析卵巢癌微环境中不同细胞群的组成及相互作用 | 首次在单细胞水平系统描绘卵巢癌微环境中肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞间的相互作用网络 | NA | 探究肿瘤T细胞浸润的决定因素及卵巢癌微环境的细胞组成特征 | 卵巢癌微环境中的肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞 | 单细胞组学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |