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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 161 | 2024-08-09 |
Single-Cell Transcriptomics Reveal Treatment Effects in Prostate Cancer
2021-05, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-RW2021-035
PMID:33712490
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学揭示了恩扎卢胺治疗对前列腺癌和小细胞癌细胞转录组的影响 | 首次通过单细胞转录组学分析了恩扎卢胺治疗对前列腺癌和小细胞癌细胞的转录组差异 | NA | 研究恩扎卢胺治疗对前列腺癌和小细胞癌细胞转录组的影响 | 前列腺癌和小细胞癌细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 162 | 2024-08-09 |
Computational modeling of malignant ascites reveals CCL5-SDC4 interaction in the immune microenvironment of ovarian cancer
2021-05, Molecular carcinogenesis
IF:3.0Q2
DOI:10.1002/mc.23289
PMID:33721368
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了卵巢癌患者的腹水细胞,揭示了CCL5-SDC4相互作用在卵巢癌免疫微环境中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序和NicheNet分析预测了卵巢癌中免疫细胞与癌细胞之间的通信,并发现了CCL5-SDC4相互作用在卵巢癌细胞生存中的潜在作用 | 研究样本量较小,仅基于五个患者的腹水细胞进行分析 | 探究卵巢癌患者腹水中细胞类型及其相互作用,寻找潜在的预后标志物 | 卵巢癌患者的腹水细胞及其在免疫微环境中的相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NicheNet | 细胞 | 五个卵巢癌患者的腹水细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 163 | 2024-08-09 |
PieParty: visualizing cells from scRNA-seq data as pie charts
2021-05, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202000986
PMID:33674364
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PieParty的新方法,用于将scRNA-seq数据可视化为饼图,每个饼图代表一个细胞,每个切片对应单个基因的表达 | PieParty允许同时可视化多个基因和基因网络的表达,生成信息密集、空间高效且高度直观的图表 | NA | 开发一种新的方法来可视化scRNA-seq数据,以提高信息表达的直观性和效率 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 164 | 2024-08-09 |
Pathogenesis Study Based on High-Throughput Single-Cell Sequencing Analysis Reveals Novel Transcriptional Landscape and Heterogeneity of Retinal Cells in Type 2 Diabetic Mice
2021-05, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db20-0839
PMID:33674409
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研究论文 | 本研究通过高吞吐量的单细胞测序分析,揭示了2型糖尿病小鼠视网膜细胞的新转录景观和异质性 | 本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了2型糖尿病小鼠视网膜细胞的特定表达模式和细胞间通信变化,并探讨了视黄醛结合蛋白1(RLBP1)作为治疗糖尿病视网膜病变的潜在靶点 | NA | 旨在阐明介导糖尿病视网膜病变发病机制的因素 | 2型糖尿病小鼠的视网膜细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 包括leptin受体缺陷型和对照小鼠的视网膜样本 | NA | NA | NA | NA |
| 165 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals the sustained immune cell dysfunction in the pathogenesis of sepsis secondary to bacterial pneumonia
2021-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2021.01.026
PMID:33691144
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了健康对照组和细菌性肺炎继发脓毒症患者的外周血单个核细胞,探讨了免疫细胞在疾病过程中的数量和功能变化 | 首次详细描述了细菌性肺炎继发脓毒症患者免疫细胞在急性、稳定和恢复期的动态变化,并比较了不同病原体引起的脓毒症中免疫反应的差异 | 研究样本量较小,仅包括两名患者,可能影响结果的普遍性 | 揭示细菌性肺炎继发脓毒症中免疫细胞功能障碍的具体变化 | 健康对照组和细菌性肺炎继发脓毒症患者的外周血单个核细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 包括健康对照组和两名脓毒症患者 | NA | NA | NA | NA |
| 166 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing: An overview for the ophthalmologist
2021-May-19, Seminars in ophthalmology
IF:1.9Q2
DOI:10.1080/08820538.2021.1889615
PMID:33635751
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review | 本文综述了单细胞RNA测序(scRNAseq)技术在眼科领域的应用及其对疾病分子机制理解的重要性 | scRNAseq技术相较于传统的混合RNA分析,能够识别组织中细胞的组成和异质性,为新发现提供了新的机会 | NA | 探讨scRNAseq技术在眼科疾病研究中的应用及其对疾病病理生理机制理解的影响 | 眼科疾病相关的病理组织 | digital pathology | NA | scRNAseq | NA | RNA | 数千个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 167 | 2024-08-09 |
Targeted Therapy Given after Anti-PD-1 Leads to Prolonged Responses in Mouse Melanoma Models through Sustained Antitumor Immunity
2021-05, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-20-0905
PMID:33653716
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研究论文 | 研究探讨了免疫疗法(anti-PD-1)后给予靶向疗法(ceritinib-trametinib或dabrafenib-trametinib)在鼠黑色素瘤模型中通过持续抗肿瘤免疫延长反应的效果 | 首次研究了免疫疗法后靶向疗法的顺序对鼠黑色素瘤模型的抗肿瘤反应的影响,并发现这种顺序能调节免疫环境,增加T细胞、单核细胞、树突状细胞和自然杀伤细胞的浸润,减少肿瘤相关巨噬细胞、髓源性抑制细胞和调节性T细胞的数量 | 研究仅限于鼠模型,尚未在人类临床试验中验证 | 研究免疫疗法与靶向疗法组合在鼠黑色素瘤模型中的效果及机制 | 鼠黑色素瘤模型 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq),反向相位蛋白分析(RPPA) | NA | 单细胞RNA测序数据,蛋白分析数据 | 使用了携带突变(SW1)或突变(SM1)的鼠黑色素瘤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 168 | 2024-08-09 |
Novel risk factors for craniofacial microsomia and assessment of their utility in clinic diagnosis
2021-05-31, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddab055
PMID:33615373
|
研究论文 | 本文研究了颅面微小畸形(CFM)的新风险因素及其在临床诊断中的应用 | 本文首次在大规模CFM队列中识别了15个显著关联的基因组位点,并构建了一个基于多基因风险评分(PRS)的CFM风险预测模型,同时确定了父亲吸烟作为关键的环境风险因素 | NA | 研究CFM的遗传风险因素和环境威胁及其相互作用,以改善CFM的诊断和产前筛查 | CFM的遗传和环境风险因素 | 遗传学 | 颅面微小畸形 | 多组学数据分析,单细胞RNA测序 | 多基因风险评分(PRS)模型 | 基因组数据,单细胞RNA测序数据 | 6074个CFM样本 | NA | NA | NA | NA |
| 169 | 2024-08-09 |
Independent component analysis based gene co-expression network inference (ICAnet) to decipher functional modules for better single-cell clustering and batch integration
2021-05-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab089
PMID:33619563
|
研究论文 | 本文开发了一种基于独立成分分析的基因共表达网络推断方法(ICAnet),用于改进单细胞聚类和批次整合,并发现罕见细胞类型 | ICAnet能够分解单细胞RNA测序数据为一系列独立的基因表达成分,推断共表达模块,从而提高细胞聚类和罕见细胞类型的发现 | NA | 开发一种新的生物信息学方法,用于分析单细胞RNA测序数据,提高细胞类型预测的准确性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 独立成分分析 | 基因表达数据 | 多个细胞/组织/供体/文库类型的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 170 | 2024-08-09 |
Adaptive Natural Killer Cells Facilitate Effector Functions of Daratumumab in Multiple Myeloma
2021-05-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3418
PMID:33602683
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研究论文 | 研究了不同自然杀伤(NK)细胞亚群在多发性骨髓瘤中的不同作用,并识别支持达雷妥尤单抗通过抗体依赖性细胞毒性(ADCC)发挥强大抗骨髓瘤活性的NK细胞亚群 | 发现适应性NK细胞在多发性骨髓瘤中是ADCC的重要介质,并支持通过选择性利用适应性NK细胞来更好地预测和改善达雷妥尤单抗的治疗效果 | NA | 研究不同NK细胞亚群在多发性骨髓瘤中的作用,并识别支持达雷妥尤单抗抗骨髓瘤活性的NK细胞亚群 | 多发性骨髓瘤患者的NK细胞及其在达雷妥尤单抗治疗中的作用 | NA | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序,多色流式细胞术 | NA | 细胞 | 157名新诊断的多发性骨髓瘤(NDMM)患者 | NA | NA | NA | NA |
| 171 | 2024-08-09 |
scRNA-seq of ovarian follicle granulosa cells from different fertility goats reveals distinct expression patterns
2021-May, Reproduction in domestic animals = Zuchthygiene
DOI:10.1111/rda.13920
PMID:33624340
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术(scRNA-seq)分析了不同繁殖能力的济宁灰山羊卵巢卵泡颗粒细胞在不同发育阶段的基因表达模式 | 首次发现高繁殖力和低繁殖力山羊群体中卵巢卵泡颗粒细胞的基因表达模式 | NA | 揭示山羊卵巢卵泡颗粒细胞在不同发育阶段的基因表达差异及其与繁殖能力的关系 | 济宁灰山羊卵巢卵泡颗粒细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 两个群体的济宁灰山羊卵巢卵泡颗粒细胞,包括高繁殖力(HL)和低繁殖力(LL) | NA | NA | NA | NA |
| 172 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals species-specific time spans of cell cycle transitions in early oogenesis
2021-05-12, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddab048
PMID:33575778
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,比较了小鼠、猴子和人类雌性生殖细胞在卵子发生过程中的细胞周期转换时间跨度的物种特异性差异 | 首次揭示了不同物种间卵子发生过程中细胞周期转换时间跨度的差异,并提出了这种差异可能与雌性生殖细胞发育异时性有关 | NA | 探索不同物种间卵子发生过程中细胞周期转换时间跨度的差异 | 小鼠、猴子和人类的雌性生殖细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和猴子的雌性生殖细胞样本,以及人类雌性生殖细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 173 | 2024-08-09 |
Tracing production instability in a clonally derived CHO cell line using single-cell transcriptomics
2021-05, Biotechnology and bioengineering
IF:3.5Q2
DOI:10.1002/bit.27715
PMID:33586781
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序(scRNA-seq)分析了一个克隆衍生CHO细胞系的生产不稳定性,导致单克隆抗体(mAb)产量显著下降 | 通过scRNA-seq数据识别与mAb转基因变异相关的亚群,并重建细胞系演化轨迹,发现与重链和轻链基因表达减少相关 | NA | 研究CHO细胞系中单克隆抗体生产不稳定性的机制 | 克隆衍生CHO细胞系的生产不稳定性 | 生物技术 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 174 | 2024-08-09 |
Potential applications of deep learning in single-cell RNA sequencing analysis for cell therapy and regenerative medicine
2021-05, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.3336
PMID:33587792
|
综述 | 本文探讨了深度学习方法与单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据结合在细胞治疗和再生医学中的应用 | 通过结合深度学习与scRNA-seq技术,能够发现细胞的隐藏结构,更准确地预测其效果,并有效利用具有分化潜能的亚群进行干细胞治疗 | scRNA-seq技术对生物和技术噪声敏感,后续数据分析在去噪、降维、填补缺失值等方面计算难度大 | 探讨深度学习方法如何与scRNA-seq数据结合,以深入解释数据,改进干细胞的后续分析,识别潜在亚群,并推动细胞治疗和再生医学措施的实施 | 干细胞及其在细胞治疗和再生医学中的应用 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 深度学习 | 数据集 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 175 | 2024-08-09 |
Intratumoral Plasmid IL12 Expands CD8+ T Cells and Induces a CXCR3 Gene Signature in Triple-negative Breast Tumors that Sensitizes Patients to Anti-PD-1 Therapy
2021-05-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3944
PMID:33593880
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研究论文 | 研究通过在三阴性乳腺癌肿瘤中使用IL12质粒进行免疫激活,评估其对CD8+ T细胞扩增和CXCR3基因特征的影响,以及对PD-1疗法的敏感性 | 首次展示了IL12质粒治疗后CXCR3基因特征的增强,以及这种特征与CD8+ T细胞浸润和PD-1/PD-L1表达的关联 | 研究主要基于小鼠模型和有限的临床试验数据,需要更多临床验证 | 探索增强三阴性乳腺癌免疫原性和T细胞浸润的方法,以提高PD-1疗法的疗效 | 三阴性乳腺癌患者和肿瘤模型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括小鼠模型和少量三阴性乳腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 176 | 2024-08-09 |
SPOTlight: seeded NMF regression to deconvolute spatial transcriptomics spots with single-cell transcriptomes
2021-05-21, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab043
PMID:33544846
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研究论文 | 开发了一种名为SPOTlight的计算工具,用于整合空间转录组学(ST)和单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据,以推断复杂组织中细胞类型和状态的位置 | SPOTlight采用种子非负矩阵分解(NMF)回归方法,利用细胞类型标记基因和非负最小二乘(NNLS)来解卷积ST捕获位置(spots),即使在浅序列或小规模的scRNA-seq参考数据集上也能保持高预测准确性 | NA | 旨在通过整合ST和scRNA-seq数据,推断组织中细胞类型和状态的空间分布 | 空间转录组学数据和单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 非负矩阵分解(NMF)回归 | 非负矩阵分解(NMF) | 转录组数据 | 涉及小鼠大脑和人类胰腺癌的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 177 | 2024-08-09 |
RUNX-1 haploinsufficiency causes a marked deficiency of megakaryocyte-biased hematopoietic progenitor cells
2021-05-13, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020006389
PMID:33569577
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研究论文 | 研究了RUNX-1单倍体不足对造血祖细胞和随后的巨核细胞生成的影响 | 通过单细胞RNA测序和免疫印迹分析,揭示了RUNX-1单倍体不足导致的巨核细胞偏向的造血祖细胞亚群的减少和基因表达变化 | NA | 探讨RUNX-1单倍体不足对造血祖细胞和巨核细胞生成的影响,并寻找可能的治疗干预措施 | 从患者和野生型细胞系中衍生的诱导多能干细胞(iPSC)衍生的造血祖细胞(iHPCs)和巨核细胞(iMks) | NA | 血液疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括患者衍生的和野生型细胞系衍生的iHPCs和iMks | NA | NA | NA | NA |
| 178 | 2024-08-09 |
Space: the final frontier - achieving single-cell, spatially resolved transcriptomics in plants
2021-05-21, Emerging topics in life sciences
IF:3.4Q1
DOI:10.1042/ETLS20200274
PMID:33522561
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research paper | 本文综述了空间转录组学方法的发展,并强调了在实现植物组织单细胞分辨率3D空间转录组学方面的最新进展和当前挑战 | 本文提出了在植物中实现单细胞分辨率的空间转录组学的新方法和技术 | 当前方法通常需要细胞分选、转基因植物、原生质体化或其他耗时或破坏性的过程,且大多数技术在实施过程中会失去大部分或全部空间分辨率 | 实现植物组织中单细胞分辨率的3D空间转录组学 | 植物组织的空间转录组学 | 基因组学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 179 | 2024-08-09 |
PPARs in liver physiology
2021-05-01, Biochimica et biophysica acta. Molecular basis of disease
DOI:10.1016/j.bbadis.2021.166097
PMID:33524529
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综述 | 本文综述了过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARs)在肝脏生理中的最新研究进展,特别关注了PPAR调控中先前被忽视的方面 | 利用单细胞RNA测序等技术揭示了PPAR表达、活性和下游信号调控的复杂性 | NA | 探讨PPARs在肝脏生理中的作用及其调控机制 | 过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARs)及其在肝脏中的功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 180 | 2024-08-09 |
Development of an optimal protocol for molecular profiling of tumor cells in pleural effusions at single-cell level
2021-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.14821
PMID:33484069
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研究论文 | 本文旨在开发一种优化的实验室测试协议,用于对胸腔积液中的游离肿瘤细胞(FTCs)进行单细胞测序 | 开发了一种精确的单细胞突变检测器(ASMD),用于识别FTCs中的体细胞突变,并改进了全基因组扩增(WGA)协议以减少相关错误 | NA | 开发一种优化的单细胞测序协议,用于分析胸腔积液中的游离肿瘤细胞 | 胸腔积液中的游离肿瘤细胞(FTCs) | 数字病理学 | NA | 全基因组扩增(WGA),基因组测序 | NA | 基因组数据 | 案例1:19个细胞,案例2:20个细胞 | NA | NA | NA | NA |