单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-09	G2S3: A gene graph-based imputation method for single-cell RNA sequencing data 2021-05, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009029 PMID:34003861	研究论文	本文提出了一种基于基因图的单细胞RNA测序数据插补方法G2S3	G2S3通过从稀疏基因图中借用相邻基因的信息来插补丢失数据，显示出在恢复基因表达、识别细胞亚型等方面的优越性能	NA	开发一种新的方法来解决单细胞RNA测序数据中的数据稀疏和噪声问题	单细胞RNA测序数据中的基因表达	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	基因图	基因表达数据	八个单细胞转录组数据集
102	2024-08-09	Mouse totipotent stem cells captured and maintained through spliceosomal repression 2021-05-27, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.04.020 PMID:33991488	研究论文	本研究通过剪接体抑制在鼠胚胎干细胞中实现了从多能态到全能态的状态转变，并成功维持了全能干细胞的体外培养。	首次通过剪接体抑制剂pladienolide B实现了鼠胚胎干细胞向全能态的转变，并成功维持了全能干细胞的稳定体外培养。	NA	探索并实现鼠胚胎干细胞向全能态的转变及其稳定体外培养。	鼠胚胎干细胞及其全能态。	干细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
103	2024-08-09	Imputing single-cell RNA-seq data by combining graph convolution and autoencoder neural networks 2021-May-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102393 PMID:33997678	研究论文	本文开发了一种名为GraphSCI的单细胞RNA测序数据插补方法，结合图卷积网络和自动编码器神经网络来处理数据中的缺失值问题	GraphSCI能够准确推断基因间关系，并在训练过程中动态地利用这些关系进行插补，这是与其他插补算法相比的关键进步	NA	开发一种稳健有效的插补方法来处理日益增长的单细胞RNA测序数据中的缺失值问题	单细胞RNA测序数据中的缺失值问题	机器学习	NA	单细胞RNA测序	图卷积网络	单细胞RNA测序数据	NA
104	2024-08-09	Absence of Batf3 reveals a new dimension of cell state heterogeneity within conventional dendritic cells 2021-May-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102402 PMID:33997687	研究论文	本文研究了Batf3缺失对常规树突状细胞（cDCs）状态异质性的影响	揭示了常规树突状细胞中多个细胞状态可以共表达重叠的谱系特征，显示了先前未被重视的cDC可塑性	NA	探讨Batf3缺失对常规树突状细胞状态异质性的影响	常规树突状细胞（cDCs）	免疫学	NA	单细胞RNA测序与整合细胞表面蛋白表达（CITE-seq）	NA	RNA	NA
105	2024-08-09	Induced lineage promiscuity undermines the efficiency of all-trans-retinoid-acid-induced differentiation of acute myeloid leukemia 2021-May-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102410 PMID:33997692	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，比较了两种急性髓系白血病（AML）细胞类型在全反式维甲酸（ATRA）治疗下的分化轨迹	首次揭示了ATRA在非APL型AML中诱导分化效率低下的机制，即治疗诱导的谱系混杂性	研究仅限于两种AML细胞类型，可能需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	探究全反式维甲酸在急性髓系白血病中的分化诱导效率及其机制	急性髓系白血病（AML）细胞类型在ATRA治疗下的分化过程	NA	急性髓系白血病	单细胞转录组分析	NA	转录组	两种AML细胞类型（NB4和HL60）
106	2024-08-09	Cell-type and fetal-sex-specific targets of prenatal alcohol exposure in developing mouse cerebral cortex 2021-May-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102439 PMID:33997709	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了孕期酒精暴露对发育中的小鼠大脑皮层的细胞类型和胎儿性别特异性影响	发现孕期酒精暴露会改变神经成熟和细胞周期，并破坏基因共表达网络，同时诱导胎儿血红蛋白的神经表达，这可能是一种表观遗传压力适应	NA	探讨孕期酒精暴露对发育中小鼠大脑皮层的细胞类型和性别特异性影响	小鼠胎儿大脑皮层细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	38种不同的神经亚群，来自6次定时妊娠
107	2024-08-09	Single-cell sequencing reveals suppressive transcriptional programs regulated by MIS/AMH in neonatal ovaries 2021-05-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2100920118 PMID:33980714	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了MIS/AMH在新生小鼠卵巢中抑制卵泡发育的转录调控机制	首次揭示了MIS处理后卵巢细胞类型的特异性转录特征，以及其在抑制卵泡发育中的具体作用	NA	探究MIS抑制卵泡发育的机制	新生小鼠卵巢中的卵泡发育	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	新生小鼠卵巢
108	2024-08-09	Single cell RNA sequencing for breast cancer: present and future 2021-May-14, Cell death discovery IF:6.1Q1 DOI:10.1038/s41420-021-00485-1 PMID:33990550	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在乳腺癌研究中的应用	单细胞RNA测序技术为深入理解乳腺癌的生物学行为提供了新的策略	NA	深入分析乳腺癌的发生发展机制，识别新的治疗靶点并开发新的治疗途径	乳腺癌细胞的异质性、转移、耐药性和预后	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
109	2024-08-09	A stem cell population at the anorectal junction maintains homeostasis and participates in tissue regeneration 2021-05-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23034-x PMID:33980830	研究论文	本文通过体内谱系追踪、单细胞转录组学、计算建模和三维类器官培养系统研究了肛门直肠交界处的过渡区细胞，发现了一群具有多能性的Krt17+基底细胞，这些细胞在正常稳态下维持鳞状上皮，并在组织损伤后参与腺上皮的修复	首次揭示了肛门直肠交界处过渡区细胞在组织再生中的作用	NA	研究过渡区细胞在正常和损伤状态下的组织再生作用	肛门直肠交界处的过渡区细胞	NA	NA	体内谱系追踪、单细胞转录组学、计算建模、三维类器官培养系统	NA	单细胞转录组数据	NA
110	2024-08-09	What are the applications of single-cell RNA sequencing in cancer research: a systematic review 2021-May-11, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-021-01955-1 PMID:33975628	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在癌症研究中的应用，详细介绍了其准备过程、测序平台以及数据分析的主要步骤和方法	scRNA-seq技术因其前所未有的高分辨率而被广泛应用于癌症研究，有助于更好地理解癌症细胞生物学和发病机制	NA	探讨scRNA-seq在癌症研究中的应用，特别是其在实体肿瘤研究中的发现和成就	单细胞RNA测序技术及其在癌症研究中的应用	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	NA
111	2024-08-09	Resident memory T cells in tumor-distant tissues fortify against metastasis formation 2021-05-11, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109118 PMID:33979626	研究论文	研究使用小鼠乳腺癌模型，探讨了肿瘤远处组织中驻留记忆T细胞（Ts）的形成及其在防止转移形成中的作用	首次揭示了肿瘤、对侧乳腺黏膜和前转移肺中Ts的发育过程，并通过单细胞RNA测序分析了Ts的两种表型状态	NA	探讨肿瘤远处组织中驻留记忆T细胞的形成及其在防止转移形成中的作用	驻留记忆T细胞（Ts）及其在肿瘤远处组织中的发育和功能	免疫学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠乳腺癌模型
112	2024-08-09	Pan-cancer analysis reveals tumor-associated macrophage communication in the tumor microenvironment 2021-May-10, Experimental hematology & oncology IF:9.4Q1 DOI:10.1186/s40164-021-00226-1 PMID:33971970	研究论文	本研究通过整合单细胞测序和转录组数据，探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在肿瘤微环境（TME）中的分子特征及其与肿瘤细胞的相互作用	首次揭示了TAM亚群间的异质性及其在肿瘤进展中的作用，特别是CD86+ TAMs的关键角色，并发现了六个枢纽基因（包括FLI1）在TAM与肿瘤细胞相互作用中的异常表达	NA	阐明肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的作用及其与其他微环境成分的通信模式	肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中的功能和相互作用	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	涉及不同肿瘤类型的数据
113	2024-08-09	Single-cell transcriptome profiling of buffelgrass (Cenchrus ciliaris) eggs unveils apomictic parthenogenesis signatures 2021-05-10, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-89170-y PMID:33972603	研究论文	本文通过激光捕获显微切割技术对刺毛草（Cenchrus ciliaris）的性成熟和孤雌生殖卵细胞进行RNA测序，揭示了孤雌生殖卵细胞的转录组特征	首次创建了刺毛草卵细胞的从头转录组，并识别了孤雌生殖卵细胞与性成熟卵细胞之间的转录差异	NA	旨在揭示孤雌生殖机制，为作物育种中双单倍体生产提供帮助	刺毛草的性成熟和孤雌生殖卵细胞	NA	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	性成熟和孤雌生殖卵细胞
114	2024-08-09	CCR2-dependent monocyte-derived cells restrict SARS-CoV-2 infection 2021-May-04, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2021.05.03.442538 PMID:33972938	研究论文	本文研究了CCR2依赖的单核细胞衍生的细胞在限制SARS-CoV-2感染中的作用	首次详细描述了CCR2依赖的单核细胞在SARS-CoV-2感染中的保护作用，并使用scRNA-seq分析和体内抗体标记技术进行了验证	研究主要基于小鼠模型，可能与人类免疫反应存在差异	探讨SARS-CoV-2感染中先天免疫机制的保护作用	SARS-CoV-2感染中的CCR2依赖的单核细胞	NA	呼吸系统疾病	scRNA-seq, 体内抗体标记	NA	细胞	小鼠模型
115	2024-08-09	Hotspot identifies informative gene modules across modalities of single-cell genomics 2021-05-19, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2021.04.005 PMID:33951459	研究论文	本文提出了一种名为“Hotspot”的方法，用于在单细胞基因组学的多模态数据中识别信息性基因模块	Hotspot方法能够直接在给定的细胞间相似性度量上操作，并可与任何识别细胞间转录变异主要轴的方法（线性或非线性）集成	NA	旨在解决单细胞RNA-seq数据分析中识别信息性基因变异及其模块化组织的问题	单细胞RNA-seq数据中的基因变异及其模块化组织	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
116	2024-08-09	scSNV: accurate dscRNA-seq SNV co-expression analysis using duplicate tag collapsing 2021-05-07, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02364-5 PMID:33962667	研究论文	本文介绍了scSNV，一种用于dscRNA-seq实验中通过分子重复标签折叠来准确识别单核苷酸变异及其共表达的新方法	scSNV通过折叠分子重复标签，提高了变异识别的准确性，并能同时检测遗传变异和A>G RNA编辑	NA	开发一种新的流程，以最大化dscRNA-seq实验中变异调用的准确性，并利用分子重复来优化变异共表达的检测	dscRNA-seq实验中的单核苷酸变异及其共表达	生物信息学	NA	dscRNA-seq	NA	RNA序列	二十二个样本
117	2024-08-09	scRNA Transcription Profile of Adult Zebrafish Podocytes Using a Novel Reporter Strain 2021-May-05, Cellular physiology and biochemistry : international journal of experimental cellular physiology, biochemistry, and pharmacology IF:2.5Q2 DOI:10.33594/000000366 PMID:33945241	研究论文	本文通过建立转基因斑马鱼模型，利用荧光报告基因标记足细胞并进行单细胞RNA测序，以识别和分离足细胞并构建scRNA-seq文库。	首次使用转基因斑马鱼模型进行足细胞的单细胞RNA测序，识别了多种足细胞转录本，并与人类和小鼠的成熟足细胞表达的蛋白质相关。	NA	识别维持足细胞完整性的分子标记，以更好地理解导致损伤的变化。	斑马鱼足细胞的分子标记和单细胞RNA测序数据。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	从转基因斑马鱼报告系中分离的足细胞
118	2024-08-09	Single-cell analysis reveals urothelial cell heterogeneity and regenerative cues following cyclophosphamide-induced bladder injury 2021-05-05, Cell death & disease IF:8.1Q1 DOI:10.1038/s41419-021-03740-6 PMID:33953164	研究论文	本研究使用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了在小鼠膀胱黏膜层在正常和受伤条件下的细胞类型，揭示了尿路上皮细胞的异质性及其在环磷酰胺诱导的膀胱损伤后的再生机制	首次详细描述了在环磷酰胺诱导的膀胱损伤中，不同膀胱细胞亚群如何协同作用以驱动修复和再生过程	NA	深入理解环磷酰胺诱导的膀胱损伤期间的细胞动态，并识别对受伤膀胱再生有重要贡献的微环境因子	小鼠膀胱黏膜层的细胞在正常和受伤条件下的类型和功能	数字病理学	膀胱疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
119	2024-08-09	Deep generative model embedding of single-cell RNA-Seq profiles on hyperspheres and hyperbolic spaces 2021-05-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22851-4 PMID:33953202	研究论文	本文介绍了一种名为scPhere的可扩展深度生成模型，用于将单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据嵌入到低维的超球面或双曲空间中，以准确表示scRNA-seq数据	scPhere模型解决了多层次的复杂批次因素，促进了大型数据集的交互式可视化，解决了细胞拥挤问题，并揭示了时间轨迹	NA	开发一种新的方法来处理和解释单细胞RNA测序数据中的维度降低问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度生成模型	文本	九个大型数据集，来自人类患者或动物发育的复杂组织
120	2024-08-09	Distinct identities of leaf phloem cells revealed by single cell transcriptomics 2021-05-05, The Plant cell DOI:10.1093/plcell/koaa060 PMID:33955487	研究论文	本文通过单细胞转录组学技术揭示了叶片韧皮部细胞的不同身份	首次通过单细胞转录组学技术详细分析了叶片韧皮部细胞的代谢途径和功能	NA	探究叶片韧皮部细胞的特性和功能	叶片韧皮部细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	至少19种细胞集群