单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	SwarnSeq: An improved statistical approach for differential expression analysis of single-cell RNA-seq data 2021-05, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2021.02.014 PMID:33662531	研究论文	本文介绍了一种名为SwarnSeq的改进统计方法，用于单细胞RNA测序数据的差异表达分析	SwarnSeq方法在模型中考虑了单细胞RNA测序数据中的分子捕获过程，这是现有差异表达方法中较少考虑的	NA	开发一种改进的差异表达分析方法，以解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	基因表达数据	10个不同的真实单细胞RNA测序数据集
42	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis defines heterogeneity of the murine pancreatic ductal tree 2021-05-19, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.67776 PMID:34009124	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠胰腺导管细胞、胰胆管细胞和胰内胆管细胞的异质性	研究描述了胰腺导管亚群中的上皮-间质过渡轴，并鉴定了骨桥蛋白作为这一命运决定和人类导管细胞去分化的调节因子。此外，研究还揭示了小连蛋白在慢性胰腺炎背景下DNA损伤积累中的作用	NA	研究胰腺导管细胞的异质性及其在疾病发展中的作用	小鼠胰腺导管细胞、胰胆管细胞和胰内胆管细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
43	2024-08-07	Direct contribution of skeletal muscle mesenchymal progenitors to bone repair 2021-05-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22842-5 PMID:34001878	研究论文	本文研究了骨骼肌中的间充质前体细胞在骨修复过程中的直接作用	首次揭示了骨骼肌间充质前体细胞在骨折后的纤维化和软骨形成中的作用，并提出使用抗纤维化药物伊马替尼可以改善骨愈合	NA	探讨骨骼肌在骨再生中的核心作用，并寻找改善骨愈合的方法	骨骼肌中的间充质前体细胞在骨修复中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	具体样本数量未提及
44	2024-08-07	The neutrotime transcriptional signature defines a single continuum of neutrophils across biological compartments 2021-05-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22973-9 PMID:34001893	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常和炎症状态下小鼠组织中中性粒细胞的转录特征，揭示了中性粒细胞发育的单一连续谱。	本文首次提出了中性粒细胞发育的单一连续谱概念，称为中性时间（neutrotime），并验证了其在人和小鼠中的普遍性。	NA	探讨中性粒细胞在不同生物隔室中的功能多样性是否需要离散的中性粒细胞亚群。	正常和炎症状态下小鼠组织中的中性粒细胞。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
45	2024-08-07	Quantifying the effect of experimental perturbations at single-cell resolution 2021-05, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-00803-5 PMID:33558698	研究论文	本文通过连续测量转录组空间中扰动效应，量化了单细胞水平上实验扰动的影响	开发了一种使用图信号处理估计每个细胞在各实验条件下相对似然性的方法，并提出了顶点频率聚类来提取受扰动影响的细胞群	NA	量化单细胞水平上实验扰动的影响	单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	图信号处理	转录组数据	未具体说明
46	2024-08-07	Immune dysregulation and autoreactivity correlate with disease severity in SARS-CoV-2-associated multisystem inflammatory syndrome in children 2021-05-11, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2021.04.003 PMID:33891889	研究论文	研究使用单细胞RNA测序、流式细胞术、抗原受体谱分析和无偏倚血清蛋白质组学方法，分析了儿童多系统炎症综合征（MIS-C）、成人COVID-19和健康儿童及成人的免疫特征，发现MIS-C患者的疾病严重程度与免疫失调和自身反应性相关。	研究定义了MIS-C患者的警报素、细胞毒性、TCR谱和浆细胞样前体细胞的特征，这些特征可能用于临床诊断和早期预测疾病严重程度。	NA	探讨儿童多系统炎症综合征（MIS-C）的免疫特征及其与疾病严重程度的关系。	MIS-C患者、成人COVID-19患者和健康儿童及成人。	免疫学	儿童多系统炎症综合征	单细胞RNA测序、流式细胞术、抗原受体谱分析、血清蛋白质组学	NA	RNA、细胞、蛋白质	MIS-C患者、成人COVID-19患者和健康儿童及成人的样本
47	2024-08-07	Control of neurogenic competence in mammalian hypothalamic tanycytes 2021-05, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abg3777 PMID:34049878	研究论文	本研究展示了特定破坏NFI转录因子家族可以显著刺激视丘下部tanycyte的增殖和神经发生	首次揭示了NFI因子在tanycyte中抑制Sonic hedgehog和Wnt信号通路的作用，以及这些通路的调控对tanycyte衍生神经发生的影响	NA	探索控制哺乳动物视丘下部tanycyte神经发生能力的分子机制	视丘下部tanycyte及其衍生神经元的身份和分子调控机制	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	单细胞数据	NA
48	2024-08-07	Dynamics of B cell repertoires and emergence of cross-reactive responses in patients with different severities of COVID-19 2021-05-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109173 PMID:33991510	研究论文	研究分析了不同严重程度的COVID-19患者B细胞受体（BCR）库的动态变化及交叉反应性反应的出现	首次详细描述了COVID-19患者BCR库的特征，并识别出与疾病严重程度相关的差异性BCR特征	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性	探究COVID-19患者BCR库的特征及其与疾病严重程度的关系	COVID-19患者的B细胞受体库	NA	COVID-19	高通量测序	NA	序列数据	19名COVID-19患者
49	2024-08-07	Divergent and self-reactive immune responses in the CNS of COVID-19 patients with neurological symptoms 2021-05-18, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100288 PMID:33969321	研究论文	研究通过单细胞RNA测序和细胞因子分析，探讨了COVID-19患者中枢神经系统中神经症状的免疫反应机制	发现了COVID-19患者中枢神经系统中特定区域的T细胞和B细胞活化，以及与自体免疫相关的抗体反应	NA	揭示COVID-19患者中枢神经系统中神经症状的生物学基础	COVID-19患者的脑脊液和血液	NA	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	7名患者
50	2024-08-07	Suppressive neutrophils require PIM1 for metabolic fitness and survival during chronic viral infection 2021-05-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109160 PMID:34038722	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了在急性和慢性淋巴细胞性脉络丛脑膜炎病毒（LCMV）感染中髓样细胞的作用，发现抑制性中性粒细胞在慢性感染中富集，并高度表达PIM1基因，该基因编码的激酶促进线粒体适应性和细胞存活。	首次揭示了抑制性中性粒细胞在慢性病毒感染中的作用及其依赖PIM1的代谢适应性和生存机制。	NA	探讨髓样细胞在慢性病毒感染中的作用及机制。	抑制性中性粒细胞和髓样来源的抑制细胞（M-MDSCs）。	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
51	2024-08-07	Sarcomere function activates a p53-dependent DNA damage response that promotes polyploidization and limits in vivo cell engraftment 2021-05-04, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109088 PMID:33951429	研究论文	研究通过构建人心脏肌细胞模型，利用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程，揭示了肌节功能通过激活p53依赖的DNA损伤反应促进多倍化和限制体内细胞植入的机制。	首次揭示肌节功能通过p53依赖的DNA损伤反应促进心脏肌细胞多倍化，并发现通过抑制肌节功能或清除活性氧可以抑制细胞周期停滞和多倍化，从而增强心脏肌细胞在受损心脏中的植入。	研究主要在体外模型中进行，需要进一步的体内实验验证其发现的有效性和安全性。	探讨心脏肌细胞复制和多倍化的机制，以及如何通过干预这些机制来改善心脏肌细胞的替换策略。	人心脏肌细胞的复制和多倍化过程。	数字病理学	心血管疾病	CRISPR	NA	图像	使用荧光标记的细胞周期蛋白B1和心脏肌钙蛋白T追踪复制和多倍化过程，具体样本数量未详细说明。
52	2024-08-07	The relationship between the gut microbiome and host gene expression: a review 2021-May, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-020-02237-0 PMID:33221945	综述	本文综述了肠道微生物组与宿主基因表达之间关系的最新研究	介绍了新兴技术如单细胞RNA测序和类器官生成在深化这一关系理解中的潜力	NA	探讨肠道微生物组如何影响宿主基因表达及其对宿主生理过程的重要性	肠道微生物组与宿主基因表达的关系	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
53	2024-08-07	Differential RA responsiveness among subsets of mouse late progenitor spermatogonia 2021-05-05, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-21-0031 PMID:33835049	研究论文	本文研究了小鼠晚期生殖干细胞在不同子集对视黄酸（RA）的反应差异	首次功能性地测试了表达视黄酸受体γ（RARG）的生殖干细胞对RA的反应，并发现RARG单独不足以在小鼠睾丸中启动生殖干细胞对RA的反应	NA	探究小鼠晚期生殖干细胞在不同子集对视黄酸的反应差异	小鼠晚期生殖干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个小鼠睾丸样本
54	2024-08-08	Double-jeopardy: scRNA-seq doublet/multiplet detection using multi-omic profiling 2021-05-24, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100008 PMID:34278374	研究论文	本文介绍了一种利用VDJ-seq和/或CITE-seq数据进行双峰/多峰检测的机器学习方法，以提高单细胞RNA测序数据的质量	该方法能够敏感地识别异型和同型双峰/多峰，并利用多组学单细胞信息生成高质量数据集	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据的质量	单细胞RNA测序数据中的双峰/多峰检测	机器学习	NA	scRNA-seq, VDJ-seq, CITE-seq	机器学习模型	转录组数据	NA
55	2024-08-08	Single-cell RNA-seq reveals transcriptional landscape and intratumor heterogenicity in gallbladder cancer liver metastasis microenvironment 2021-May, Annals of translational medicine DOI:10.21037/atm-21-2227 PMID:34164523	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了胆囊癌肝转移微环境的转录组特征和肿瘤内异质性	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了胆囊癌肝转移微环境中多种细胞类型的特征和相互作用	研究结果初步，需要进一步验证和深入研究	探索胆囊癌肝转移的分子机制	胆囊癌肝转移组织中的细胞类型及其特征	数字病理学	胆囊癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	7,788个细胞，包括T细胞、B细胞、恶性细胞、成纤维细胞、内皮细胞、巨噬细胞、树突状细胞和肥大细胞
56	2024-08-08	A high-resolution cell atlas of the domestic pig lung and an online platform for exploring lung single-cell data 2021-05-20, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao DOI:10.1016/j.jgg.2021.03.012 PMID:34144929	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术研究了3个月龄猪肺的细胞异质性，生成了包含16种主要细胞类型的单细胞图谱，并构建了一个在线平台ScdbLung用于探索猪肺单细胞数据	首次生成了猪肺的高分辨率单细胞图谱，并构建了一个综合的在线平台，用于指导猪肺研究和临床应用	NA	研究猪肺细胞异质性，比较猪肺与人类肺部在细胞交流和呼吸病毒受体表达模式上的相似性与差异性	3个月龄猪肺的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞数据	13,580个细胞
57	2024-08-08	FACS Enrichment of Total Interstitial Cells and Fibroblasts from Adult Mouse Ventricles 2021-May-20, Bio-protocol IF:1.0Q3 DOI:10.21769/BioProtoc.4028 PMID:34150935	研究论文	本文描述了一种基于荧光激活细胞分选（FACS）的方法，用于从成年小鼠心室中分离出两种心脏细胞组分：总间质细胞群（TIP；非心肌细胞）和富集的（-GFP）心脏成纤维细胞。	本文提供了一种新的FACS方法，用于分离和富集成年小鼠心室中的总间质细胞和心脏成纤维细胞。	NA	研究心脏间质细胞的异质性和在健康及心肌梗死心脏中的动态变化。	成年小鼠心室中的总间质细胞和心脏成纤维细胞。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	成年小鼠心室细胞
58	2024-08-08	Multimodal analysis for human ex vivo studies shows extensive molecular changes from delays in blood processing 2021-May-21, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102404 PMID:34113805	研究论文	本文研究了血液处理延迟对人类外周血单个核细胞（PBMC）数量、状态及血浆蛋白质组的影响	发现血液处理延迟6小时即可导致单细胞转录组和血浆蛋白质组发生显著变化	研究仅限于血液处理延迟的影响，未涉及其他可能影响因素	探讨血液处理延迟对多组学平台在临床和转化研究中应用的影响	人类外周血单个核细胞（PBMC）及其血浆蛋白质组	NA	NA	多组学分析	NA	单细胞转录组、血浆蛋白质组	NA
59	2024-08-08	Stromal Heterogeneity in the Human Proliferative Endometrium-A Single-Cell RNA Sequencing Study 2021-May-22, Journal of personalized medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jpm11060448 PMID:34067358	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探讨人类增殖期子宫内膜中的基质细胞异质性	通过单细胞RNA测序技术发现了多种基质细胞群体，这些群体可能具有控制炎症和细胞外基质组成的能力	NA	旨在理解健康再生过程中的细胞相互作用，并为良性妇科疾病的治疗开发新疗法	人类增殖期子宫内膜的基质细胞	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	来自健康生育期女性的增殖期子宫内膜活检样本
60	2024-08-08	Dysregulation of Pulmonary Responses in Severe COVID-19 2021-05-21, Viruses DOI:10.3390/v13060957 PMID:34064104	研究论文	本研究重新分析了已发表的单细胞RNA测序数据，探讨了严重COVID-19患者与轻症患者在支气管肺泡灌洗液中细胞类型的差异及其对肺部病理的影响。	发现了严重COVID-19患者中TH17型细胞减少、IFNA1表达细胞减少且TLR7和TLR8表达降低，以及IgA表达B细胞和超活化上皮细胞（或巨噬细胞）增加等现象，并提出IFN-I和PAI-1作为预测严重COVID-19的潜在生物标志物。	NA	探讨严重COVID-19患者的肺部反应失调机制，并寻找潜在的生物标志物。	严重COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液中的细胞类型及其表达特征。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA