单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 200 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-29 |
Single-cell RNA sequencing of batch Chlamydomonas cultures reveals heterogeneity in their diurnal cycle phase
2021-05-31, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koab025
PMID:33585940
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了Chlamydomonas reinhardtii在不同环境和基因型下的细胞异质性，特别是在昼夜周期中的表现。 | 首次使用scRNA-seq技术揭示了Chlamydomonas细胞在铁或氮缺乏条件下的异质性，并展示了昼夜节律对细胞响应的影响。 | 研究仅限于实验室培养的Chlamydomonas reinhardtii，未涉及自然环境中的藻类群体。 | 探讨Chlamydomonas reinhardtii在不同环境条件下的转录组异质性。 | Chlamydomonas reinhardtii的单细胞转录组。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及两种基因型的Chlamydomonas细胞，在三种不同环境条件下进行测序。 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-11 |
Single-cell transcriptomics reveals the effect of PD-L1/TGF-β blockade on the tumor microenvironment
2021-05-25, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-021-01034-z
PMID:34030676
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序研究了PD-L1和/或TGF-β阻断对肿瘤微环境的影响 | 首次详细描述了PD-L1和/或TGF-β阻断在肿瘤微环境中的转录程序，并发现CCL5作为潜在的生物标志物 | 临床上PD-L1和TGF-β联合阻断的疗效尚未得到证实，且TGF-β抑制剂常引起毒性反应 | 探索增强T细胞浸润和PD-L1/PD-L1疗法疗效的策略 | 肿瘤微环境中的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 约30,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-11 |
Applications of Single-Cell Sequencing in Dermatology
2021-May-20, Medical science monitor : international medical journal of experimental and clinical research
IF:2.2Q3
DOI:10.12659/MSM.931862
PMID:34011922
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综述 | 本文综述了单细胞测序技术在皮肤病学领域的应用进展 | 单细胞测序技术能够在单细胞水平上评估基因组学、转录组学、表观遗传学等多组学信息，揭示疾病的病理机制和药物抵抗性，并能识别新的细胞类型和分化轨迹 | NA | 总结单细胞测序技术在皮肤病学中的应用 | 单细胞测序技术在皮肤病学中的应用 | NA | 皮肤病 | 单细胞测序 | NA | 基因组学、转录组学、表观遗传学等多组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-11 |
Concurrent X chromosome inactivation and upregulation during non-human primate preimplantation development revealed by single-cell RNA-sequencing
2021-05-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-89175-7
PMID:33953270
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了非人类灵长类动物（绒猴）胚胎植入前发育阶段的X染色体失活和上调现象 | 首次在绒猴胚胎中观察到XIST的上调以及X染色体单等位基因表达的增加，表明X染色体失活的存在 | 研究仅限于绒猴胚胎，未涉及其他非人类灵长类动物或人类胚胎 | 阐明非人类灵长类动物X染色体剂量补偿机制 | 绒猴胚胎植入前发育阶段的X染色体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 多个绒猴胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-05 |
In silico analysis suggests disruption of interactions between HAMP from hepatocytes and SLC40A1 from macrophages in hepatocellular carcinoma
2021-May-17, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-021-00977-0
PMID:34001107
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研究论文 | 本研究通过分析HCC微环境中的细胞之间的相互作用，探讨肝癌的增殖机制 | 首次揭示了HAMP与SLC40A1之间的相互作用在肝细胞癌异常增殖中的重要性 | 尚需通过湿实验进行进一步验证 | 识别肝细胞癌及其旁癌组织中的增殖性肝细胞，并探讨其异常增殖的潜在作用 | 增殖性肝细胞及其在HCC和旁癌组织中的基因表达特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 使用了来自HCC及其旁癌组织的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
Generative modeling of single-cell time series with PRESCIENT enables prediction of cell trajectories with interventions
2021-05-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23518-w
PMID:34050150
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PRESCIENT的生成模型框架，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中学习潜在的分化景观，并预测细胞轨迹在干预下的变化 | PRESCIENT模型能够模拟细胞在物理时间内的随机演化，并预测干预措施对细胞分化轨迹的影响 | NA | 开发一种新的计算方法，用于预测单细胞RNA测序数据中的细胞命运及其在干预下的变化 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成模型 | 时间序列数据 | 实验性谱系追踪数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Treatment scheduling effects on the evolution of drug resistance in heterogeneous cancer cell populations
2021-May-26, NPJ breast cancer
IF:6.5Q1
DOI:10.1038/s41523-021-00270-4
PMID:34040000
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研究论文 | 本研究探讨了靶向治疗组合的排程对三阴性乳腺癌（TNBC）药物抗性的影响 | 本研究首次评估了克唑替尼（ALK/MET抑制剂）和纳维妥昔布（ABT-263；Bcl-2/Bcl-xL抑制剂）组合在696种两周期顺序和同时治疗方案中的抗性模式，并使用DNA集成条形码和单细胞RNA测序追踪克隆动态和抗性机制 | 本研究主要在体外进行，需要进一步的体内和临床研究以验证结果 | 研究靶向治疗组合的排程对三阴性乳腺癌药物抗性的影响 | 三阴性乳腺癌细胞 | NA | 乳腺癌 | DNA集成条形码和单细胞RNA测序 | NA | NA | 696种治疗方案，26天周期，MDA-MB-231 TNBC细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
Co-development of central and peripheral neurons with trunk mesendoderm in human elongating multi-lineage organized gastruloids
2021-05-21, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23294-7
PMID:34021144
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研究论文 | 本研究利用多谱系组织化的延长型胚胎样体（EMLO）模型，探讨了中枢和周围神经系统的共同发育及其与躯干中胚层的关联 | 首次在EMLO胚胎样体模型中实现了中枢和周围神经系统的共同发育与躯干中胚层的研究 | NA | 探索早期人类神经发育及神经病理学的基本见解 | 中枢和周围神经系统的共同发育及其与躯干中胚层的关系 | 发育生物学 | NA | 免疫荧光技术，单细胞RNA测序 | EMLO胚胎样体模型 | 细胞 | 四十天的EMLO样品，包括第16天的单细胞RNA-Seq数据 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
Cryptic developmental events determine medulloblastoma radiosensitivity and cellular heterogeneity without altering transcriptomic profile
2021-05-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02099-w
PMID:34021242
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研究论文 | 研究通过转基因小鼠模型探讨了不同发育阶段触发的髓母细胞瘤的放射敏感性和细胞异质性，发现这些差异与转录组谱无关。 | 首次揭示了发育事件在转录组谱不明显的情况下，对髓母细胞瘤的组成和结果的隐秘决定作用。 | 研究仅限于转基因小鼠模型，尚未在人类髓母细胞瘤中验证这些发现。 | 探讨为何接受相似治疗的髓母细胞瘤患者会有不同的治疗结果。 | 髓母细胞瘤的放射敏感性和细胞异质性。 | NA | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组分析（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 转基因小鼠模型中的髓母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
MichiGAN: sampling from disentangled representations of single-cell data using generative adversarial networks
2021-05-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02373-4
PMID:34016135
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研究论文 | 本文评估了变分自编码器（VAEs）和生成对抗网络（GANs）在单细胞基因表达数据上的优缺点，并开发了一种新型神经网络MichiGAN，结合了VAEs和GANs的优势，用于从解耦表示中采样而不牺牲数据生成质量。 | 开发了MichiGAN，一种结合VAEs和GANs优势的新型神经网络，用于从解耦表示中采样。 | NA | 评估深度生成模型在单细胞基因表达数据上的性能，并开发新型神经网络MichiGAN。 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | NA | 生成对抗网络（GANs） | 神经网络 | 基因表达数据 | 三个大型单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
Interpretation of T cell states from single-cell transcriptomics data using reference atlases
2021-05-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23324-4
PMID:34017005
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研究论文 | 本文通过多研究整合生成癌症和病毒感染的参考T细胞图谱，并开发了ProjecTILs算法，用于参考图谱投影 | ProjecTILs算法不仅能够将新的scRNA-seq数据准确嵌入到参考图谱中而不改变其结构，还能识别出与参考图谱“偏离”的先前未知的细胞状态 | NA | 旨在通过单细胞转录组数据解释T细胞状态，并开发新的算法以更好地理解和分类细胞亚型和状态 | T细胞的亚型和状态 | 数字病理学 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及多个队列的肿瘤浸润T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
Single-cell characterization of macrophages in glioblastoma reveals MARCO as a mesenchymal pro-tumor marker
2021-05-19, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00906-x
PMID:34011400
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的巨噬细胞亚群，揭示了MARCO作为间质性促肿瘤标志物的作用 | 发现了在IDH1野生型胶质母细胞瘤中几乎独有的一种由骨髓来源的巨噬细胞亚群，该亚群通过清道夫受体MARCO促进肿瘤进展 | NA | 探究胶质瘤中巨噬细胞的不同亚群及其对肿瘤微环境的影响 | 胶质瘤中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 共分析了来自66个胶质瘤的98,015个单细胞，其中19,331个为巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Novel cell types and developmental lineages revealed by single-cell RNA-seq analysis of the mouse crista ampullaris
2021-05-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.60108
PMID:34003106
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术对小鼠壶腹嵴的细胞进行了转录组学特征分析 | 揭示了壶腹嵴中的新型细胞类型和发展谱系 | NA | 研究壶腹嵴细胞的转录组特征及其在发育和疾病中的动态变化 | 小鼠壶腹嵴的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自E16、E18、P3和P7小鼠的壶腹嵴样本 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
Cell-specific epigenetic changes in atherosclerosis
2021-05-14, Clinical science (London, England : 1979)
DOI:10.1042/CS20201066
PMID:33988232
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综述 | 本文综述了动脉粥样硬化中细胞特异性表观遗传变化的研究进展 | 应用单细胞RNA测序分析发现了疾病相关的细胞特异性转录组特征及新的细胞亚群 | NA | 探讨表观遗传学在动脉粥样硬化发展中的作用及潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化中的血管细胞 | 表观遗传学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
SSBER: removing batch effect for single-cell RNA sequencing data
2021-May-14, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04165-w
PMID:33990189
|
研究论文 | 本文提出了一种名为SSBER的新方法，利用生物学先验知识指导校正，旨在解决细胞类型组成在批次间差异较大时批效应校正不佳的问题 | SSBER方法通过利用生物学先验知识，有效解决了细胞类型组成差异大时的批效应校正问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中由于细胞类型组成差异大导致的批效应校正不佳问题 | 单细胞RNA测序数据中的批效应 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
Cross-Predicting Essential Genes between Two Model Eukaryotic Species Using Machine Learning
2021-May-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22105056
PMID:34064595
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研究论文 | 本文利用机器学习方法研究了两种模式真核生物间关键基因的交叉预测 | 首次展示了利用特定特征集进行跨物种关键基因预测的可能性 | NA | 探索并验证两种模式真核生物中共有的关键基因特征，实现跨物种的关键基因预测 | 关键基因的特征及其在两种模式真核生物间的交叉预测 | 机器学习 | NA | 机器学习 | NA | 核酸/蛋白质序列、蛋白质直系同源性、亚细胞定位、单细胞RNA测序、组蛋白甲基化标记 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
Cryopreservation of human cancers conserves tumour heterogeneity for single-cell multi-omics analysis
2021-05-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00885-z
PMID:33971952
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研究论文 | 本文研究了人类癌症的低温保存技术如何保留肿瘤异质性，以便进行单细胞多组学分析。 | 首次在复杂的人体组织（如实体癌）和高通量单细胞RNA测序平台上探索组织保存方法的效果。 | 研究主要集中在乳腺癌、前列腺癌和皮肤黑色素瘤上，可能不适用于所有类型的癌症。 | 探讨低温保存技术对人类癌症单细胞多组学分析的影响。 | 乳腺癌、前列腺癌和皮肤黑色素瘤的单细胞RNA测序。 | 数字病理学 | 乳腺癌, 前列腺癌, 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）, CITE-Seq | NA | 细胞 | 约120,000个细胞，包括三个原发性乳腺癌、两个原发性前列腺癌和一个皮肤黑色素瘤。 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing of the small and AT-skewed genome of malaria parasites
2021-05-04, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00889-9
PMID:33947449
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research paper | 本文介绍了一种针对具有小基因组和极端碱基含量的细胞内寄生虫——恶性疟原虫的单细胞测序流程 | 通过优化准线性扩增方法，本文能够针对寄生虫基因组而非污染物进行扩增，并生成允许检测次要遗传变异的覆盖水平 | NA | 旨在开发和优化针对具有挑战性基因组的单细胞扩增和变异分析方法 | 恶性疟原虫的单细胞基因组 | digital pathology | malaria | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing to study vascular diversity and function
2021-05-01, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000651
PMID:33714967
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究血管细胞多样性和功能中的应用 | scRNA-seq技术能够同时捕获复杂组织中数千个单个细胞的转录组信息，具有显著的分辨率 | scRNA-seq数据在实验策略、分析和解释方面仍需进一步讨论和审查 | 强调利用scRNA-seq技术研究血管细胞的策略和方法，并规避相关潜在问题 | 血管细胞的转录组信息 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数千个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
Performance assessment of sample-specific network control methods for bulk and single-cell biological data analysis
2021-05, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008962
PMID:33956788
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研究论文 | 本文评估了16种样本特异性网络控制方法的工作流程，通过结合4种样本特异性网络重建方法和4种代表性结构控制方法，对生物网络系统的样本特异性控制分析进行了全面评估。 | 首次对多种样本特异性网络控制方法进行了综合性能评估，并提供了推荐和基准工作流程。 | NA | 评估样本特异性网络控制方法在批量和单细胞生物数据分析中的性能。 | 样本特异性网络控制方法的性能评估。 | 生物信息学 | NA | 样本特异性网络重建方法和结构控制方法 | NA | 生物网络数据 | 多个癌症批量表达数据集和单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |