单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 200 篇文献，本页显示第 41 - 60 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
Cryptic developmental events determine medulloblastoma radiosensitivity and cellular heterogeneity without altering transcriptomic profile
2021-05-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-021-02099-w
PMID:34021242
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研究论文 | 研究通过转基因小鼠模型探讨了不同发育阶段触发的髓母细胞瘤的放射敏感性和细胞异质性，发现这些差异与转录组谱无关。 | 首次揭示了发育事件在转录组谱不明显的情况下，对髓母细胞瘤的组成和结果的隐秘决定作用。 | 研究仅限于转基因小鼠模型，尚未在人类髓母细胞瘤中验证这些发现。 | 探讨为何接受相似治疗的髓母细胞瘤患者会有不同的治疗结果。 | 髓母细胞瘤的放射敏感性和细胞异质性。 | NA | 髓母细胞瘤 | 单细胞转录组分析（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 转基因小鼠模型中的髓母细胞瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
MichiGAN: sampling from disentangled representations of single-cell data using generative adversarial networks
2021-05-20, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02373-4
PMID:34016135
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研究论文 | 本文评估了变分自编码器（VAEs）和生成对抗网络（GANs）在单细胞基因表达数据上的优缺点，并开发了一种新型神经网络MichiGAN，结合了VAEs和GANs的优势，用于从解耦表示中采样而不牺牲数据生成质量。 | 开发了MichiGAN，一种结合VAEs和GANs优势的新型神经网络，用于从解耦表示中采样。 | NA | 评估深度生成模型在单细胞基因表达数据上的性能，并开发新型神经网络MichiGAN。 | 单细胞基因表达数据 | 机器学习 | NA | 生成对抗网络（GANs） | 神经网络 | 基因表达数据 | 三个大型单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Interpretation of T cell states from single-cell transcriptomics data using reference atlases
2021-05-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23324-4
PMID:34017005
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研究论文 | 本文通过多研究整合生成癌症和病毒感染的参考T细胞图谱，并开发了ProjecTILs算法，用于参考图谱投影 | ProjecTILs算法不仅能够将新的scRNA-seq数据准确嵌入到参考图谱中而不改变其结构，还能识别出与参考图谱“偏离”的先前未知的细胞状态 | NA | 旨在通过单细胞转录组数据解释T细胞状态，并开发新的算法以更好地理解和分类细胞亚型和状态 | T细胞的亚型和状态 | 数字病理学 | 癌症 | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及多个队列的肿瘤浸润T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Single-cell characterization of macrophages in glioblastoma reveals MARCO as a mesenchymal pro-tumor marker
2021-05-19, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00906-x
PMID:34011400
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的巨噬细胞亚群，揭示了MARCO作为间质性促肿瘤标志物的作用 | 发现了在IDH1野生型胶质母细胞瘤中几乎独有的一种由骨髓来源的巨噬细胞亚群，该亚群通过清道夫受体MARCO促进肿瘤进展 | NA | 探究胶质瘤中巨噬细胞的不同亚群及其对肿瘤微环境的影响 | 胶质瘤中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 共分析了来自66个胶质瘤的98,015个单细胞，其中19,331个为巨噬细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
Novel cell types and developmental lineages revealed by single-cell RNA-seq analysis of the mouse crista ampullaris
2021-05-18, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.60108
PMID:34003106
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术对小鼠壶腹嵴的细胞进行了转录组学特征分析 | 揭示了壶腹嵴中的新型细胞类型和发展谱系 | NA | 研究壶腹嵴细胞的转录组特征及其在发育和疾病中的动态变化 | 小鼠壶腹嵴的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自E16、E18、P3和P7小鼠的壶腹嵴样本 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
Transcriptome-wide association analysis identifies DACH1 as a kidney disease risk gene that contributes to fibrosis
2021-05-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI141801
PMID:33998598
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研究论文 | 本文通过转录组范围的关联分析、孟德尔随机化及MetaXcan等方法，识别了DACH1作为肾脏疾病风险基因，并探讨了其在纤维化中的作用 | 首次通过综合GWAS、TWAS、单细胞表观基因组分析、基因编辑及功能验证，确认DACH1为肾脏疾病风险基因，并揭示了其在肾脏纤维化中的作用机制 | NA | 识别并验证肾脏疾病的风险基因及其在疾病机制中的作用 | DACH1基因在肾脏疾病中的作用及机制 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 单细胞开放染色质测序(snATAC-Seq)、CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 基因表达数据 | 涉及人类及小鼠的肾脏样本，具体数量未详述 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Cell-specific epigenetic changes in atherosclerosis
2021-05-14, Clinical science (London, England : 1979)
DOI:10.1042/CS20201066
PMID:33988232
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综述 | 本文综述了动脉粥样硬化中细胞特异性表观遗传变化的研究进展 | 应用单细胞RNA测序分析发现了疾病相关的细胞特异性转录组特征及新的细胞亚群 | NA | 探讨表观遗传学在动脉粥样硬化发展中的作用及潜在治疗靶点 | 动脉粥样硬化中的血管细胞 | 表观遗传学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
SSBER: removing batch effect for single-cell RNA sequencing data
2021-May-14, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04165-w
PMID:33990189
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研究论文 | 本文提出了一种名为SSBER的新方法，利用生物学先验知识指导校正，旨在解决细胞类型组成在批次间差异较大时批效应校正不佳的问题 | SSBER方法通过利用生物学先验知识，有效解决了细胞类型组成差异大时的批效应校正问题 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中由于细胞类型组成差异大导致的批效应校正不佳问题 | 单细胞RNA测序数据中的批效应 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
Cross-Predicting Essential Genes between Two Model Eukaryotic Species Using Machine Learning
2021-May-11, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22105056
PMID:34064595
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研究论文 | 本文利用机器学习方法研究了两种模式真核生物间关键基因的交叉预测 | 首次展示了利用特定特征集进行跨物种关键基因预测的可能性 | NA | 探索并验证两种模式真核生物中共有的关键基因特征，实现跨物种的关键基因预测 | 关键基因的特征及其在两种模式真核生物间的交叉预测 | 机器学习 | NA | 机器学习 | NA | 核酸/蛋白质序列、蛋白质直系同源性、亚细胞定位、单细胞RNA测序、组蛋白甲基化标记 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
Cryopreservation of human cancers conserves tumour heterogeneity for single-cell multi-omics analysis
2021-05-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00885-z
PMID:33971952
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研究论文 | 本文研究了人类癌症的低温保存技术如何保留肿瘤异质性，以便进行单细胞多组学分析。 | 首次在复杂的人体组织（如实体癌）和高通量单细胞RNA测序平台上探索组织保存方法的效果。 | 研究主要集中在乳腺癌、前列腺癌和皮肤黑色素瘤上，可能不适用于所有类型的癌症。 | 探讨低温保存技术对人类癌症单细胞多组学分析的影响。 | 乳腺癌、前列腺癌和皮肤黑色素瘤的单细胞RNA测序。 | 数字病理学 | 乳腺癌, 前列腺癌, 皮肤黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq）, CITE-Seq | NA | 细胞 | 约120,000个细胞，包括三个原发性乳腺癌、两个原发性前列腺癌和一个皮肤黑色素瘤。 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
Single-cell sequencing of the small and AT-skewed genome of malaria parasites
2021-05-04, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00889-9
PMID:33947449
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research paper | 本文介绍了一种针对具有小基因组和极端碱基含量的细胞内寄生虫——恶性疟原虫的单细胞测序流程 | 通过优化准线性扩增方法，本文能够针对寄生虫基因组而非污染物进行扩增，并生成允许检测次要遗传变异的覆盖水平 | NA | 旨在开发和优化针对具有挑战性基因组的单细胞扩增和变异分析方法 | 恶性疟原虫的单细胞基因组 | digital pathology | malaria | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing to study vascular diversity and function
2021-05-01, Current opinion in hematology
IF:3.1Q2
DOI:10.1097/MOH.0000000000000651
PMID:33714967
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究血管细胞多样性和功能中的应用 | scRNA-seq技术能够同时捕获复杂组织中数千个单个细胞的转录组信息，具有显著的分辨率 | scRNA-seq数据在实验策略、分析和解释方面仍需进一步讨论和审查 | 强调利用scRNA-seq技术研究血管细胞的策略和方法，并规避相关潜在问题 | 血管细胞的转录组信息 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 数千个单个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Performance assessment of sample-specific network control methods for bulk and single-cell biological data analysis
2021-05, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008962
PMID:33956788
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研究论文 | 本文评估了16种样本特异性网络控制方法的工作流程，通过结合4种样本特异性网络重建方法和4种代表性结构控制方法，对生物网络系统的样本特异性控制分析进行了全面评估。 | 首次对多种样本特异性网络控制方法进行了综合性能评估，并提供了推荐和基准工作流程。 | NA | 评估样本特异性网络控制方法在批量和单细胞生物数据分析中的性能。 | 样本特异性网络控制方法的性能评估。 | 生物信息学 | NA | 样本特异性网络重建方法和结构控制方法 | NA | 生物网络数据 | 多个癌症批量表达数据集和单细胞RNA-seq数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
RNA helicase DDX5 acts as a critical regulator for survival of neonatal mouse gonocytes
2021-May, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13000
PMID:33666296
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研究论文 | 研究探讨了RNA解旋酶DDX5在新生小鼠生殖细胞中的作用及其对生殖细胞分化的影响 | 揭示了DDX5在生殖细胞命运决定中的关键作用，为男性不育的病理机制提供了新的见解 | NA | 探索DDX5在调节生殖细胞分化中的功能 | 新生小鼠的生殖细胞 | NA | 男性不育 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 野生型和Ddx5敲除小鼠的睾丸样本 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Identifying the functions of two biomarkers in human oligodendrocyte progenitor cell development
2021-05-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-021-02857-8
PMID:33933125
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研究论文 | 研究了NG2和A2B5两种生物标志物在人少突胶质细胞前体细胞发育中的功能差异 | 首次深入研究了NG2和A2B5细胞群在人少突胶质细胞前体细胞发育中的功能差异 | 研究仅限于体外细胞增殖和迁移实验以及小鼠移植实验，未涉及临床应用 | 探讨NG2和A2B5细胞在人少突胶质细胞前体细胞发育中的差异 | 人少突胶质细胞前体细胞（hOPCs）及其生物标志物NG2和A2B5 | NA | 脱髓鞘疾病 | 细胞分选技术，单细胞测序，mRNA测序 | NA | 细胞 | 涉及NG2+/-, A2B5+/-细胞群及PDGFR-α+细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
Deconvolution of cell type-specific drug responses in human tumor tissue with single-cell RNA-seq
2021-05-11, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00894-y
PMID:33975634
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研究论文 | 本文通过结合急性切片培养中的多重药物扰动与单细胞RNA测序（scRNA-seq），研究了人类肿瘤组织中细胞类型特异性药物反应 | 首次使用scRNA-seq技术在单细胞水平上分析肿瘤组织中细胞类型特异性的药物敏感性 | 研究仅限于胶质母细胞瘤（GBM），可能需要进一步研究以验证其他类型肿瘤的适用性 | 旨在开发一种能够在患者肿瘤组织中直接快速筛选细胞类型特异性药物敏感性的平台 | 胶质母细胞瘤（GBM）患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 7个胶质母细胞瘤（GBM）切除样本 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
Tmem100- and Acta2-Lineage Cells Contribute to Implant Osseointegration in a Mouse Model
2021-05, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research
IF:5.1Q1
DOI:10.1002/jbmr.4264
PMID:33528844
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研究论文 | 本文研究了在小鼠模型中，Tmem100和Acta2谱系细胞如何促进金属植入物的骨整合 | 首次发现Pdgfra和Ly6a/Sca1表达的基质细胞（PαS细胞）在植入物周围骨形成中的作用 | NA | 确定参与金属植入物周围骨形成的特定骨髓基质细胞群 | Tmem100和Acta2谱系细胞在植入物骨整合中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠胫骨植入模型 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
SwarnSeq: An improved statistical approach for differential expression analysis of single-cell RNA-seq data
2021-05, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2021.02.014
PMID:33662531
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研究论文 | 本文介绍了一种名为SwarnSeq的改进统计方法，用于单细胞RNA测序数据的差异表达分析 | SwarnSeq方法在模型中考虑了单细胞RNA测序数据中的分子捕获过程，这是现有差异表达方法中较少考虑的 | NA | 开发一种改进的差异表达分析方法，以解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计模型 | 基因表达数据 | 10个不同的真实单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis defines heterogeneity of the murine pancreatic ductal tree
2021-05-19, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.67776
PMID:34009124
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了小鼠胰腺导管细胞、胰胆管细胞和胰内胆管细胞的异质性 | 研究描述了胰腺导管亚群中的上皮-间质过渡轴，并鉴定了骨桥蛋白作为这一命运决定和人类导管细胞去分化的调节因子。此外，研究还揭示了小连蛋白在慢性胰腺炎背景下DNA损伤积累中的作用 | NA | 研究胰腺导管细胞的异质性及其在疾病发展中的作用 | 小鼠胰腺导管细胞、胰胆管细胞和胰内胆管细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
Direct contribution of skeletal muscle mesenchymal progenitors to bone repair
2021-05-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22842-5
PMID:34001878
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研究论文 | 本文研究了骨骼肌中的间充质前体细胞在骨修复过程中的直接作用 | 首次揭示了骨骼肌间充质前体细胞在骨折后的纤维化和软骨形成中的作用，并提出使用抗纤维化药物伊马替尼可以改善骨愈合 | NA | 探讨骨骼肌在骨再生中的核心作用，并寻找改善骨愈合的方法 | 骨骼肌中的间充质前体细胞在骨修复中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |