单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	Treatment scheduling effects on the evolution of drug resistance in heterogeneous cancer cell populations 2021-May-26, NPJ breast cancer IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s41523-021-00270-4 PMID:34040000	研究论文	本研究探讨了靶向治疗组合的排程对三阴性乳腺癌（TNBC）药物抗性的影响	本研究首次评估了克唑替尼（ALK/MET抑制剂）和纳维妥昔布（ABT-263；Bcl-2/Bcl-xL抑制剂）组合在696种两周期顺序和同时治疗方案中的抗性模式，并使用DNA集成条形码和单细胞RNA测序追踪克隆动态和抗性机制	本研究主要在体外进行，需要进一步的体内和临床研究以验证结果	研究靶向治疗组合的排程对三阴性乳腺癌药物抗性的影响	三阴性乳腺癌细胞	NA	乳腺癌	DNA集成条形码和单细胞RNA测序	NA	NA	696种治疗方案，26天周期，MDA-MB-231 TNBC细胞
22	2024-08-07	Co-development of central and peripheral neurons with trunk mesendoderm in human elongating multi-lineage organized gastruloids 2021-05-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23294-7 PMID:34021144	研究论文	本研究利用多谱系组织化的延长型胚胎样体（EMLO）模型，探讨了中枢和周围神经系统的共同发育及其与躯干中胚层的关联	首次在EMLO胚胎样体模型中实现了中枢和周围神经系统的共同发育与躯干中胚层的研究	NA	探索早期人类神经发育及神经病理学的基本见解	中枢和周围神经系统的共同发育及其与躯干中胚层的关系	发育生物学	NA	免疫荧光技术，单细胞RNA测序	EMLO胚胎样体模型	细胞	四十天的EMLO样品，包括第16天的单细胞RNA-Seq数据
23	2024-08-07	Cryptic developmental events determine medulloblastoma radiosensitivity and cellular heterogeneity without altering transcriptomic profile 2021-05-21, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-021-02099-w PMID:34021242	研究论文	研究通过转基因小鼠模型探讨了不同发育阶段触发的髓母细胞瘤的放射敏感性和细胞异质性，发现这些差异与转录组谱无关。	首次揭示了发育事件在转录组谱不明显的情况下，对髓母细胞瘤的组成和结果的隐秘决定作用。	研究仅限于转基因小鼠模型，尚未在人类髓母细胞瘤中验证这些发现。	探讨为何接受相似治疗的髓母细胞瘤患者会有不同的治疗结果。	髓母细胞瘤的放射敏感性和细胞异质性。	NA	髓母细胞瘤	单细胞转录组分析（scRNA-seq）	NA	转录组数据	转基因小鼠模型中的髓母细胞瘤样本
24	2024-08-07	MichiGAN: sampling from disentangled representations of single-cell data using generative adversarial networks 2021-05-20, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02373-4 PMID:34016135	研究论文	本文评估了变分自编码器（VAEs）和生成对抗网络（GANs）在单细胞基因表达数据上的优缺点，并开发了一种新型神经网络MichiGAN，结合了VAEs和GANs的优势，用于从解耦表示中采样而不牺牲数据生成质量。	开发了MichiGAN，一种结合VAEs和GANs优势的新型神经网络，用于从解耦表示中采样。	NA	评估深度生成模型在单细胞基因表达数据上的性能，并开发新型神经网络MichiGAN。	单细胞基因表达数据	机器学习	NA	生成对抗网络（GANs）	神经网络	基因表达数据	三个大型单细胞RNA-seq数据集
25	2024-08-07	Interpretation of T cell states from single-cell transcriptomics data using reference atlases 2021-05-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-23324-4 PMID:34017005	研究论文	本文通过多研究整合生成癌症和病毒感染的参考T细胞图谱，并开发了ProjecTILs算法，用于参考图谱投影	ProjecTILs算法不仅能够将新的scRNA-seq数据准确嵌入到参考图谱中而不改变其结构，还能识别出与参考图谱“偏离”的先前未知的细胞状态	NA	旨在通过单细胞转录组数据解释T细胞状态，并开发新的算法以更好地理解和分类细胞亚型和状态	T细胞的亚型和状态	数字病理学	癌症	scRNA-seq	NA	转录组数据	涉及多个队列的肿瘤浸润T细胞
26	2024-08-07	A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa190 PMID:34020546	综述	本文综述了15种利用单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的计算方法	利用单细胞测序技术的新进展，提供了单细胞分辨率下的数据，为调控网络研究开辟了新领域	需要进一步解决领域内的突出挑战，如方法的性能、对数据丢失的敏感性和时间复杂性	帮助生命科学家选择适合其数据和分析目的的方法，并指导计算科学家开发新方法	单细胞RNA测序数据中的基因调控网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
27	2024-08-07	Single-cell characterization of macrophages in glioblastoma reveals MARCO as a mesenchymal pro-tumor marker 2021-05-19, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00906-x PMID:34011400	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了胶质母细胞瘤中的巨噬细胞亚群，揭示了MARCO作为间质性促肿瘤标志物的作用	发现了在IDH1野生型胶质母细胞瘤中几乎独有的一种由骨髓来源的巨噬细胞亚群，该亚群通过清道夫受体MARCO促进肿瘤进展	NA	探究胶质瘤中巨噬细胞的不同亚群及其对肿瘤微环境的影响	胶质瘤中的巨噬细胞	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	共分析了来自66个胶质瘤的98,015个单细胞，其中19,331个为巨噬细胞
28	2024-08-07	Novel cell types and developmental lineages revealed by single-cell RNA-seq analysis of the mouse crista ampullaris 2021-05-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.60108 PMID:34003106	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术对小鼠壶腹嵴的细胞进行了转录组学特征分析	揭示了壶腹嵴中的新型细胞类型和发展谱系	NA	研究壶腹嵴细胞的转录组特征及其在发育和疾病中的动态变化	小鼠壶腹嵴的细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自E16、E18、P3和P7小鼠的壶腹嵴样本
29	2024-08-07	Transcriptome-wide association analysis identifies DACH1 as a kidney disease risk gene that contributes to fibrosis 2021-05-17, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI141801 PMID:33998598	研究论文	本文通过转录组范围的关联分析、孟德尔随机化及MetaXcan等方法，识别了DACH1作为肾脏疾病风险基因，并探讨了其在纤维化中的作用	首次通过综合GWAS、TWAS、单细胞表观基因组分析、基因编辑及功能验证，确认DACH1为肾脏疾病风险基因，并揭示了其在肾脏纤维化中的作用机制	NA	识别并验证肾脏疾病的风险基因及其在疾病机制中的作用	DACH1基因在肾脏疾病中的作用及机制	数字病理学	肾脏疾病	单细胞开放染色质测序(snATAC-Seq)、CRISPR-Cas9基因编辑	NA	基因表达数据	涉及人类及小鼠的肾脏样本，具体数量未详述
30	2024-08-07	Cell-specific epigenetic changes in atherosclerosis 2021-05-14, Clinical science (London, England : 1979) DOI:10.1042/CS20201066 PMID:33988232	综述	本文综述了动脉粥样硬化中细胞特异性表观遗传变化的研究进展	应用单细胞RNA测序分析发现了疾病相关的细胞特异性转录组特征及新的细胞亚群	NA	探讨表观遗传学在动脉粥样硬化发展中的作用及潜在治疗靶点	动脉粥样硬化中的血管细胞	表观遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	转录组	NA
31	2024-08-07	SSBER: removing batch effect for single-cell RNA sequencing data 2021-May-14, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04165-w PMID:33990189	研究论文	本文提出了一种名为SSBER的新方法，利用生物学先验知识指导校正，旨在解决细胞类型组成在批次间差异较大时批效应校正不佳的问题	SSBER方法通过利用生物学先验知识，有效解决了细胞类型组成差异大时的批效应校正问题	NA	解决单细胞RNA测序数据中由于细胞类型组成差异大导致的批效应校正不佳问题	单细胞RNA测序数据中的批效应	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
32	2024-08-07	Cross-Predicting Essential Genes between Two Model Eukaryotic Species Using Machine Learning 2021-May-11, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms22105056 PMID:34064595	研究论文	本文利用机器学习方法研究了两种模式真核生物间关键基因的交叉预测	首次展示了利用特定特征集进行跨物种关键基因预测的可能性	NA	探索并验证两种模式真核生物中共有的关键基因特征，实现跨物种的关键基因预测	关键基因的特征及其在两种模式真核生物间的交叉预测	机器学习	NA	机器学习	NA	核酸/蛋白质序列、蛋白质直系同源性、亚细胞定位、单细胞RNA测序、组蛋白甲基化标记	NA
33	2024-08-07	Cryopreservation of human cancers conserves tumour heterogeneity for single-cell multi-omics analysis 2021-05-10, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00885-z PMID:33971952	研究论文	本文研究了人类癌症的低温保存技术如何保留肿瘤异质性，以便进行单细胞多组学分析。	首次在复杂的人体组织（如实体癌）和高通量单细胞RNA测序平台上探索组织保存方法的效果。	研究主要集中在乳腺癌、前列腺癌和皮肤黑色素瘤上，可能不适用于所有类型的癌症。	探讨低温保存技术对人类癌症单细胞多组学分析的影响。	乳腺癌、前列腺癌和皮肤黑色素瘤的单细胞RNA测序。	数字病理学	乳腺癌, 前列腺癌, 皮肤黑色素瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）, CITE-Seq	NA	细胞	约120,000个细胞，包括三个原发性乳腺癌、两个原发性前列腺癌和一个皮肤黑色素瘤。
34	2024-08-07	Single-cell sequencing of the small and AT-skewed genome of malaria parasites 2021-05-04, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00889-9 PMID:33947449	research paper	本文介绍了一种针对具有小基因组和极端碱基含量的细胞内寄生虫——恶性疟原虫的单细胞测序流程	通过优化准线性扩增方法，本文能够针对寄生虫基因组而非污染物进行扩增，并生成允许检测次要遗传变异的覆盖水平	NA	旨在开发和优化针对具有挑战性基因组的单细胞扩增和变异分析方法	恶性疟原虫的单细胞基因组	digital pathology	malaria	单细胞测序	NA	基因组数据	NA
35	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing to study vascular diversity and function 2021-05-01, Current opinion in hematology IF:3.1Q2 DOI:10.1097/MOH.0000000000000651 PMID:33714967	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在研究血管细胞多样性和功能中的应用	scRNA-seq技术能够同时捕获复杂组织中数千个单个细胞的转录组信息，具有显著的分辨率	scRNA-seq数据在实验策略、分析和解释方面仍需进一步讨论和审查	强调利用scRNA-seq技术研究血管细胞的策略和方法，并规避相关潜在问题	血管细胞的转录组信息	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	数千个单个细胞
36	2024-08-07	Performance assessment of sample-specific network control methods for bulk and single-cell biological data analysis 2021-05, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008962 PMID:33956788	研究论文	本文评估了16种样本特异性网络控制方法的工作流程，通过结合4种样本特异性网络重建方法和4种代表性结构控制方法，对生物网络系统的样本特异性控制分析进行了全面评估。	首次对多种样本特异性网络控制方法进行了综合性能评估，并提供了推荐和基准工作流程。	NA	评估样本特异性网络控制方法在批量和单细胞生物数据分析中的性能。	样本特异性网络控制方法的性能评估。	生物信息学	NA	样本特异性网络重建方法和结构控制方法	NA	生物网络数据	多个癌症批量表达数据集和单细胞RNA-seq数据集
37	2024-08-07	RNA helicase DDX5 acts as a critical regulator for survival of neonatal mouse gonocytes 2021-May, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13000 PMID:33666296	研究论文	研究探讨了RNA解旋酶DDX5在新生小鼠生殖细胞中的作用及其对生殖细胞分化的影响	揭示了DDX5在生殖细胞命运决定中的关键作用，为男性不育的病理机制提供了新的见解	NA	探索DDX5在调节生殖细胞分化中的功能	新生小鼠的生殖细胞	NA	男性不育	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	野生型和Ddx5敲除小鼠的睾丸样本
38	2024-08-07	Identifying the functions of two biomarkers in human oligodendrocyte progenitor cell development 2021-05-01, Journal of translational medicine IF:6.1Q1 DOI:10.1186/s12967-021-02857-8 PMID:33933125	研究论文	研究了NG2和A2B5两种生物标志物在人少突胶质细胞前体细胞发育中的功能差异	首次深入研究了NG2和A2B5细胞群在人少突胶质细胞前体细胞发育中的功能差异	研究仅限于体外细胞增殖和迁移实验以及小鼠移植实验，未涉及临床应用	探讨NG2和A2B5细胞在人少突胶质细胞前体细胞发育中的差异	人少突胶质细胞前体细胞（hOPCs）及其生物标志物NG2和A2B5	NA	脱髓鞘疾病	细胞分选技术，单细胞测序，mRNA测序	NA	细胞	涉及NG2+/-, A2B5+/-细胞群及PDGFR-α+细胞
39	2024-08-07	Deconvolution of cell type-specific drug responses in human tumor tissue with single-cell RNA-seq 2021-05-11, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00894-y PMID:33975634	研究论文	本文通过结合急性切片培养中的多重药物扰动与单细胞RNA测序（scRNA-seq），研究了人类肿瘤组织中细胞类型特异性药物反应	首次使用scRNA-seq技术在单细胞水平上分析肿瘤组织中细胞类型特异性的药物敏感性	研究仅限于胶质母细胞瘤（GBM），可能需要进一步研究以验证其他类型肿瘤的适用性	旨在开发一种能够在患者肿瘤组织中直接快速筛选细胞类型特异性药物敏感性的平台	胶质母细胞瘤（GBM）患者的肿瘤组织	数字病理学	脑癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	7个胶质母细胞瘤（GBM）切除样本
40	2024-08-07	Tmem100- and Acta2-Lineage Cells Contribute to Implant Osseointegration in a Mouse Model 2021-05, Journal of bone and mineral research : the official journal of the American Society for Bone and Mineral Research IF:5.1Q1 DOI:10.1002/jbmr.4264 PMID:33528844	研究论文	本文研究了在小鼠模型中，Tmem100和Acta2谱系细胞如何促进金属植入物的骨整合	首次发现Pdgfra和Ly6a/Sca1表达的基质细胞（PαS细胞）在植入物周围骨形成中的作用	NA	确定参与金属植入物周围骨形成的特定骨髓基质细胞群	Tmem100和Acta2谱系细胞在植入物骨整合中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠胫骨植入模型