单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 200 篇文献，本页显示第 21 - 40 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2025-10-06 |
DNA glycosylase Neil3 regulates vascular smooth muscle cell biology during atherosclerosis development
2021-05, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究探讨DNA糖基化酶Neil3通过调控血管平滑肌细胞表型影响动脉粥样硬化发展的机制 | 首次揭示Neil3通过非经典DNA修复功能调控VSMC表型转化，并证实Akt信号通路在此过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明Neil3在动脉粥样硬化发展中对血管平滑肌细胞生物学行为的调控机制 | Apoe-/-动脉粥样硬化易感小鼠和人类原代主动脉血管平滑肌细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | qPCR, 免疫组化, 单细胞RNA测序, mRNA测序, 蛋白质组学, BrdU增殖实验, Western blot | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据 | Neil3缺陷的Apoe-/-小鼠模型和NEIL3敲除的人原代主动脉VSMCs | NA | 单细胞RNA测序, mRNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 22 | 2025-10-06 |
Transcriptional characterization of human megakaryocyte polyploidization and lineage commitment
2021-05, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH
IF:5.5Q1
DOI:10.1111/jth.15271
PMID:33587817
|
研究论文 | 首次使用单细胞RNA测序技术表征人类骨髓巨核细胞在不同倍体化水平下的转录组特征及其从造血干细胞的分化过程 | 首次对原代人类骨髓巨核细胞进行单细胞转录组研究，发现两个具有巨核细胞分化倾向的造血干细胞亚群，并揭示了应激性血小板生成中的特异性基因表达特征 | 研究样本量相对有限，且主要关注骨髓巨核细胞，未涉及其他组织来源的巨核细胞 | 研究人类骨髓巨核细胞的谱系承诺、成熟步骤和血小板生成过程 | 人类骨髓巨核细胞和造血干细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类骨髓样本，包括近期心肌梗死患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 23 | 2025-10-06 |
ILoReg: a tool for high-resolution cell population identification from single-cell RNA-seq data
2021-05-23, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa919
PMID:33151294
|
研究论文 | 介绍了一个用于从单细胞RNA-seq数据中高分辨率识别细胞群体的R工具包ILoReg | 提出了一种新的概率特征提取方法，通过迭代聚类投影(ICP)算法结合逻辑回归和聚类相似性比较，能够识别转录组差异细微的细胞亚群 | NA | 开发一种改进的单细胞RNA-seq数据分析方法，提高细胞群体识别的分辨率 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归, 聚类算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 24 | 2025-10-06 |
Ileal Transcriptomic Analysis in Paediatric Crohn's Disease Reveals IL17- and NOD-signalling Expression Signatures in Treatment-naïve Patients and Identifies Epithelial Cells Driving Differentially Expressed Genes
2021-May-04, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaa236
PMID:33232439
|
研究论文 | 通过回肠转录组分析揭示儿童克罗恩病初治患者的IL17和NOD信号通路表达特征，并识别驱动差异表达基因的上皮细胞 | 首次在儿童克罗恩病初治患者中发现31个基因特征，识别表达抗菌基因转录本的特殊上皮细胞亚群驱动IL17和NOD信号通路上调 | 样本量有限（共70例），部分相关性分析p值未达到显著水平（如复发时间相关性p=0.07） | 确定儿童克罗恩病中激活的信号通路和驱动细胞类型 | 儿童克罗恩病患者和对照组的回肠组织 | 数字病理学 | 克罗恩病 | RNA测序, 单细胞测序, 加权基因共表达网络分析 | WGCNA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 27例初治克罗恩病, 26例确诊克罗恩病, 17例对照 | NA | 单细胞RNA测序, 靶向自身免疫RNA测序 | NA | NA |
| 25 | 2025-10-06 |
Cellular heterogeneity and microenvironmental control of skin cancer
2021-05, Journal of internal medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1111/joim.13177
PMID:32976658
|
综述 | 探讨皮肤组织中细胞异质性及微环境对携带致癌突变细胞的调控机制 | 整合体内功能研究与单细胞转录组分析，揭示表皮干细胞及其微环境在癌症预防与促进中的双重作用 | NA | 阐明微环境如何调控携带突变细胞的恶性进展机制 | 皮肤组织中的表皮干细胞、成纤维细胞和免疫细胞亚群 | 单细胞生物学 | 皮肤癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 26 | 2025-10-07 |
A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa190
PMID:34020546
|
综述 | 本文系统回顾了15种利用单细胞RNA测序数据推断基因调控网络的计算方法 | 首次对单细胞RNA测序数据下的调控网络推断方法进行全面比较分析，包括模拟评估方法的性能、对dropout的敏感性和时间复杂性 | 仅涵盖15种方法，可能未包含该领域所有最新进展；基于模拟数据的评估可能与真实生物系统存在差异 | 帮助生命科学家选择适合其数据和分析目的的方法，并为计算科学家开发新方法提供参考 | 基因调控网络推断方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 27 | 2025-10-07 |
Single-cell profiling reveals the trajectories of natural killer cell differentiation in bone marrow and a stress signature induced by acute myeloid leukemia
2021-05, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-020-00574-8
PMID:33239726
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序揭示骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹及急性髓系白血病诱导的应激特征 | 首次在人类骨髓中发现NK0细胞作为NK1样和NK2样细胞的前体，并揭示AML对NK细胞异质性的深远影响 | 样本来源仅限于人类骨髓和脾脏，未涉及其他组织或更大规模验证 | 探究骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹及急性髓系白血病对其功能的影响 | 人类骨髓和脾脏中的自然杀伤细胞，包括健康个体和急性髓系白血病患者 | 单细胞生物学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 人类骨髓和脾脏NK细胞样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 28 | 2025-10-07 |
Monocyte and bone marrow macrophage transcriptional phenotypes in systemic juvenile idiopathic arthritis reveal TRIM8 as a mediator of IFN-γ hyper-responsiveness and risk for macrophage activation syndrome
2021-05, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2020-217470
PMID:33277241
|
研究论文 | 本研究通过转录组分析发现系统性幼年特发性关节炎中单核细胞和骨髓巨噬细胞的TRIM8过表达是IFN-γ超反应性的分子机制 | 首次发现TRIM8在SJIA单核细胞中上调并通过体外实验证实其增强巨噬细胞IFN-γ反应性 | 骨髓巨噬细胞样本量较小（仅1例患者），需要更大规模验证 | 探究系统性幼年特发性关节炎中单核细胞和巨噬细胞的极化表型及IFN反应分子特征 | 系统性幼年特发性关节炎患者的外周血单核细胞和骨髓巨噬细胞 | 单细胞转录组学 | 幼年特发性关节炎 | RNA-seq, scRNA-seq, 基因敲低 | NA | 转录组数据 | 26例SJIA患者外周血单核细胞，1例SJIA合并MAS患者骨髓巨噬细胞 | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 29 | 2025-10-07 |
Single-cell protein activity analysis identifies recurrence-associated renal tumor macrophages
2021-05-27, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.038
PMID:34019793
|
研究论文 | 通过单细胞蛋白活性分析鉴定与肾癌复发相关的肿瘤巨噬细胞亚群 | 首次应用VIPER算法量化单细胞蛋白活性，发现传统基因表达分析无法检测的TREM2/APOE/C1Q阳性巨噬细胞亚群与肾癌复发相关 | 研究基于治疗初期的肾癌切除样本，未涉及治疗后的肿瘤微环境变化 | 构建透明细胞肾癌肿瘤微环境图谱并鉴定预后相关细胞亚群 | 透明细胞肾癌患者的肿瘤和癌旁组织中的造血和非造血细胞亚群 | 单细胞生物学 | 肾癌 | 单细胞RNA测序, 流式细胞术, 空间分辨定量多光谱免疫荧光 | VIPER算法 | 单细胞转录组数据, 蛋白活性数据, 影像数据 | 治疗初期肾癌切除样本的肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 30 | 2024-12-12 |
Maternal respiratory SARS-CoV-2 infection in pregnancy is associated with a robust inflammatory response at the maternal-fetal interface
2021-05-14, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2021.04.016
PMID:33969332
|
研究论文 | 研究了孕妇在妊娠晚期感染SARS-CoV-2后，母胎界面发生的炎症反应 | 首次揭示了妊娠晚期SARS-CoV-2感染在母胎界面引起的免疫激活，即使在没有检测到局部病毒入侵的情况下 | 研究样本量较小，且仅限于妊娠晚期的孕妇 | 探讨孕妇感染SARS-CoV-2后母胎界面的病理生理机制及其对胎儿的潜在影响 | 妊娠晚期感染SARS-CoV-2的孕妇及其胎盘组织 | NA | COVID-19 | 免疫组织化学、单细胞转录组学 | NA | 组织、细胞 | 15例妊娠晚期孕妇的胎盘组织 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-12-06 |
Single-cell RNA sequencing of blood antigen-presenting cells in severe COVID-19 reveals multi-process defects in antiviral immunity
2021-05, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-021-00681-2
PMID:33972731
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了重症COVID-19患者血液抗原呈递细胞的免疫缺陷 | 揭示了重症COVID-19患者抗原呈递细胞中抗病毒免疫防御的多重缺陷机制 | 研究样本量较小，仅包括15名患者和4名健康对照 | 探讨重症COVID-19患者抗原呈递细胞的免疫缺陷机制 | 重症COVID-19患者的血液抗原呈递细胞 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 15名重症COVID-19患者和4名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-10-10 |
A single-cell atlas of Plasmodium falciparum transmission through the mosquito
2021-05-27, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23434-z
PMID:34045457
|
研究论文 | 本文利用单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况 | 首次通过单细胞转录组学揭示了恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的发育轨迹和转录特征，并识别了人类和啮齿动物寄生虫之间的保守和非保守基因使用 | NA | 揭示恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况，为寻找抗疟药物和疫苗靶点提供依据 | 恶性疟原虫在蚊子体内传播过程中的基因使用情况 | NA | 疟疾 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-09-30 |
Longitudinal proteomic analysis of severe COVID-19 reveals survival-associated signatures, tissue-specific cell death, and cell-cell interactions
2021-05-18, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100287
PMID:33969320
|
研究论文 | 本文通过纵向蛋白质组分析严重COVID-19患者，揭示了与生存相关的蛋白质特征、组织特异性细胞死亡和细胞间相互作用 | 本文首次通过大规模蛋白质组数据和单细胞RNA测序数据的联合分析，揭示了严重COVID-19患者的免疫和非免疫蛋白质特征，并提出了细胞间相互作用驱动组织损伤的模型 | 本文的样本量相对较小，且仅限于COVID-19患者和症状性对照组，可能限制了结果的普适性 | 揭示严重COVID-19疾病的潜在机制 | COVID-19患者的血浆蛋白质组和细胞间相互作用 | NA | COVID-19 | 蛋白质组学分析、单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质数据、单细胞RNA测序数据 | 306名COVID-19患者和78名症状性对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-09-25 |
The Dynamic Counterbalance of RAC1-YAP/OB-Cadherin Coordinates Tissue Spreading with Stem Cell Fate Patterning
2021-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202004000
PMID:34026448
|
研究论文 | 研究了RAC1-YAP与OB-cadherin之间的动态平衡在协调组织扩散与干细胞命运模式中的作用 | 揭示了RAC1-YAP与OB-cadherin之间的动态平衡在协调组织扩散与干细胞命运模式中的关键作用，并通过单细胞测序和体内伤口愈合实验验证了这一机制 | NA | 探讨分子信号如何在多细胞组织的扩散动态和细胞命运承诺中起作用 | 胚胎发育和再生医学中的组织扩散 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞迁移轨迹分析 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-29 |
Single-cell RNA sequencing of batch Chlamydomonas cultures reveals heterogeneity in their diurnal cycle phase
2021-05-31, The Plant cell
DOI:10.1093/plcell/koab025
PMID:33585940
|
研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了Chlamydomonas reinhardtii在不同环境和基因型下的细胞异质性，特别是在昼夜周期中的表现。 | 首次使用scRNA-seq技术揭示了Chlamydomonas细胞在铁或氮缺乏条件下的异质性，并展示了昼夜节律对细胞响应的影响。 | 研究仅限于实验室培养的Chlamydomonas reinhardtii，未涉及自然环境中的藻类群体。 | 探讨Chlamydomonas reinhardtii在不同环境条件下的转录组异质性。 | Chlamydomonas reinhardtii的单细胞转录组。 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 涉及两种基因型的Chlamydomonas细胞，在三种不同环境条件下进行测序。 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-11 |
Single-cell transcriptomics reveals the effect of PD-L1/TGF-β blockade on the tumor microenvironment
2021-05-25, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-021-01034-z
PMID:34030676
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组测序研究了PD-L1和/或TGF-β阻断对肿瘤微环境的影响 | 首次详细描述了PD-L1和/或TGF-β阻断在肿瘤微环境中的转录程序，并发现CCL5作为潜在的生物标志物 | 临床上PD-L1和TGF-β联合阻断的疗效尚未得到证实，且TGF-β抑制剂常引起毒性反应 | 探索增强T细胞浸润和PD-L1/PD-L1疗法疗效的策略 | 肿瘤微环境中的单细胞转录组 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 约30,000个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-11 |
Applications of Single-Cell Sequencing in Dermatology
2021-May-20, Medical science monitor : international medical journal of experimental and clinical research
IF:2.2Q3
DOI:10.12659/MSM.931862
PMID:34011922
|
综述 | 本文综述了单细胞测序技术在皮肤病学领域的应用进展 | 单细胞测序技术能够在单细胞水平上评估基因组学、转录组学、表观遗传学等多组学信息，揭示疾病的病理机制和药物抵抗性，并能识别新的细胞类型和分化轨迹 | NA | 总结单细胞测序技术在皮肤病学中的应用 | 单细胞测序技术在皮肤病学中的应用 | NA | 皮肤病 | 单细胞测序 | NA | 基因组学、转录组学、表观遗传学等多组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-11 |
Concurrent X chromosome inactivation and upregulation during non-human primate preimplantation development revealed by single-cell RNA-sequencing
2021-05-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-89175-7
PMID:33953270
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了非人类灵长类动物（绒猴）胚胎植入前发育阶段的X染色体失活和上调现象 | 首次在绒猴胚胎中观察到XIST的上调以及X染色体单等位基因表达的增加，表明X染色体失活的存在 | 研究仅限于绒猴胚胎，未涉及其他非人类灵长类动物或人类胚胎 | 阐明非人类灵长类动物X染色体剂量补偿机制 | 绒猴胚胎植入前发育阶段的X染色体 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 多个绒猴胚胎 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-05 |
In silico analysis suggests disruption of interactions between HAMP from hepatocytes and SLC40A1 from macrophages in hepatocellular carcinoma
2021-May-17, BMC medical genomics
IF:2.1Q3
DOI:10.1186/s12920-021-00977-0
PMID:34001107
|
研究论文 | 本研究通过分析HCC微环境中的细胞之间的相互作用，探讨肝癌的增殖机制 | 首次揭示了HAMP与SLC40A1之间的相互作用在肝细胞癌异常增殖中的重要性 | 尚需通过湿实验进行进一步验证 | 识别肝细胞癌及其旁癌组织中的增殖性肝细胞，并探讨其异常增殖的潜在作用 | 增殖性肝细胞及其在HCC和旁癌组织中的基因表达特征 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-Seq) | NA | 基因表达数据 | 使用了来自HCC及其旁癌组织的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-07 |
Generative modeling of single-cell time series with PRESCIENT enables prediction of cell trajectories with interventions
2021-05-28, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-23518-w
PMID:34050150
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为PRESCIENT的生成模型框架，用于从时间序列单细胞RNA测序数据中学习潜在的分化景观，并预测细胞轨迹在干预下的变化 | PRESCIENT模型能够模拟细胞在物理时间内的随机演化，并预测干预措施对细胞分化轨迹的影响 | NA | 开发一种新的计算方法，用于预测单细胞RNA测序数据中的细胞命运及其在干预下的变化 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 生成模型 | 时间序列数据 | 实验性谱系追踪数据集 | NA | NA | NA | NA |