单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 200 篇文献，本页显示第 181 - 200 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 181 | 2024-08-09 |
Delineating copy number and clonal substructure in human tumors from single-cell transcriptomes
2021-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00795-2
PMID:33462507
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研究论文 | 本文开发了一种名为CopyKAT的集成贝叶斯分割方法，用于从单细胞RNA测序数据中估计基因组拷贝数剖面，并应用于多种人类肿瘤中区分癌细胞与正常细胞类型 | CopyKAT方法能够准确区分肿瘤微环境中的正常细胞类型和恶性细胞，并解析肿瘤内的克隆亚结构 | NA | 解决单细胞转录组分析中区分肿瘤微环境中的正常细胞类型和恶性细胞以及解析肿瘤内克隆亚结构的挑战 | 21种肿瘤中的46,501个单细胞，包括三阴性乳腺癌、胰腺导管腺癌、间变性甲状腺癌、浸润性导管癌和胶质母细胞瘤 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 贝叶斯分割模型 | 转录组数据 | 46,501个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 182 | 2024-08-09 |
Supervised Adversarial Alignment of Single-Cell RNA-seq Data
2021-05, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2020.0439
PMID:33470876
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研究论文 | 本文开发了一种领域对抗神经网络模型，用于学习单细胞RNA测序数据的降维表示，以克服批次效应 | 提出了一种监督对抗神经网络模型，该模型同时优化细胞类型分配的准确性和无法区分批次（领域），从而有效克服批次效应 | NA | 克服单细胞RNA测序数据分析中的批次效应 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 领域对抗神经网络 | 基因表达数据 | 多个不同数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 183 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic profiling of satellite glial cells in stellate ganglia reveals developmental and functional axial dynamics
2021-05, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.23965
PMID:33432730
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，分析了小鼠星状神经节的卫星胶质细胞（SGCs）的转录组多样性及其在神经发育和功能中的作用 | 首次揭示了成年小鼠星状神经节中卫星胶质细胞的转录组异质性及其在神经发育和功能中的动态变化 | 研究仅限于小鼠模型，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性 | 探讨卫星胶质细胞在星状神经节中的转录组多样性及其对神经功能的影响 | 小鼠星状神经节的卫星胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 8只小鼠的星状神经节，共11,595个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 184 | 2024-08-09 |
Exploring the Genetic Association of the ABAT Gene with Alzheimer's Disease
2021-May, Molecular neurobiology
IF:4.6Q1
DOI:10.1007/s12035-020-02271-z
PMID:33404980
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研究论文 | 本研究通过遗传和表达水平上的综合分析，探讨了ABAT基因与阿尔茨海默病之间的潜在遗传关联 | 首次在阿尔茨海默病中识别出ABAT基因3'-UTR区域的遗传变异，并发现这些变异与ABAT mRNA表达降低相关 | NA | 研究ABAT基因与阿尔茨海默病的遗传关联 | ABAT基因及其在阿尔茨海默病中的作用 | 遗传学 | 阿尔茨海默病 | 全基因组关联研究(GWAS) | NA | 遗传变异数据、mRNA表达数据 | 使用目前最大的阿尔茨海默病全基因组关联研究(GWAS)的元分析数据 | NA | NA | NA | NA |
| 185 | 2024-08-09 |
Molecular determinants and heterogeneity underlying host response to EV-A71 infection at single-cell resolution
2021-05, RNA biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/15476286.2021.1872976
PMID:33406999
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了EV-A71感染后的分化肠上皮细胞（C2BBe1）的转录组变化 | 首次在单细胞水平上揭示了EV-A71感染引起的细胞间变异和转录组差异，并发现了与病毒RNA表达密切相关的ANXA2蛋白以及lncRNA CYTOR在促进EV-A71复制中的功能 | 研究仅限于细胞培养模型，未涉及体内环境 | 探讨EV-A71感染后宿主反应的分子决定因素和异质性 | EV-A71感染的分化肠上皮细胞（C2BBe1） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 感染EV-A71的分化肠上皮细胞（C2BBe1） | NA | NA | NA | NA |
| 186 | 2024-08-09 |
CRISPR Screening of CAR T Cells and Cancer Stem Cells Reveals Critical Dependencies for Cell-Based Therapies
2021-05, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1243
PMID:33328215
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研究论文 | 本文通过全基因组CRISPR筛选技术，研究了CAR T细胞和胶质母细胞瘤干细胞（GSC）中影响CAR介导的肿瘤杀伤的关键分子决定因素 | 通过相互CRISPR筛选，识别了CAR T细胞和肿瘤细胞中调控CAR T细胞细胞毒性的基因，为增强CAR T细胞的抗肿瘤疗效提供了分子靶向策略 | NA | 探索增强CAR T细胞疗法对胶质母细胞瘤疗效的方法 | CAR T细胞和胶质母细胞瘤干细胞（GSC） | 免疫疗法 | 胶质母细胞瘤 | CRISPR筛选 | NA | 基因组数据 | 患者来源的GSCs和编辑的CAR T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 187 | 2024-08-09 |
Secretory Cells Dominate Airway CFTR Expression and Function in Human Airway Superficial Epithelia
2021-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202008-3198OC
PMID:33321047
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常人肺部气道上皮细胞中CFTR表达的细胞类型特异性 | 首次全面描述了正常人肺部气道上皮细胞中CFTR表达的细胞类型特异性，并验证了其在囊性纤维化治疗中的应用 | NA | 确定表达CFTR的特定细胞类型，为囊性纤维化的精准医疗治疗提供依据 | 正常人肺部气道上皮细胞中CFTR的表达和功能 | 数字病理学 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA数据 | 新鲜分离的人类大和小气道上皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 188 | 2024-08-09 |
Treatment of granuloma annulare and suppression of proinflammatory cytokine activity with tofacitinib
2021-05, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.10.012
PMID:33317858
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研究论文 | 研究使用单细胞RNA测序和临床试验评估托法替尼治疗环状肉芽肿的效果 | 首次使用单细胞RNA测序研究环状肉芽肿的免疫发病机制，并评估托法替尼的治疗效果 | 研究样本量较小，仅涉及5名患者 | 深入理解环状肉芽肿的发病机制并评估分子靶向治疗的有效性 | 环状肉芽肿及其治疗 | NA | 环状肉芽肿 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 5名患有严重、长期环状肉芽肿的患者 | NA | NA | NA | NA |
| 189 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals developmental plasticity with coexisting oncogenic states and immune evasion programs in ETP-ALL
2021-05-06, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2019004547
PMID:33227818
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研究论文 | 本研究通过全长单细胞RNA测序技术，探讨了早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（ETP-ALL）中的治疗抵抗机制，揭示了细胞发育可塑性与共存致癌状态及免疫逃避程序的关系 | 研究发现两种高度不同的干细胞样状态，这些状态在细胞周期和致癌信号传导方面存在关键差异，并且能够分化为具有显著免疫调节功能的更成熟白血病状态 | NA | 探讨ETP-ALL中的治疗抵抗机制及其与细胞发育可塑性和免疫逃避程序的关系 | ETP-ALL中的恶性细胞和微环境细胞 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 190 | 2024-08-09 |
Looking at the developing lung in single-cell resolution
2021-05-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00385.2020
PMID:33205990
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在胎儿和新生儿肺发育研究中的主要发现，并探讨了其面临的挑战和未来发展方向 | 单细胞RNA测序技术为研究肺发育过程中的复杂细胞动态提供了无偏见且强有力的评估方法 | 目前关于健康或异常发育肺的单细胞转录组研究仍较少 | 探讨单细胞RNA测序技术在肺发育疾病研究中的应用 | 肺发育过程中的细胞类型及其基因表达变化 | 分子生物学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 191 | 2024-08-09 |
Elucidating memory in the brain via single-cell transcriptomics
2021-05, Journal of neurochemistry
IF:4.2Q2
DOI:10.1111/jnc.15250
PMID:33230878
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研究论文 | 本文讨论了单细胞转录组学方法在揭示大脑记忆神经机制中的应用 | 利用单细胞转录组学技术，以空前的分辨率和通量深入理解记忆机制 | NA | 阐明大脑中记忆的神经机制 | 海马体和杏仁核区域的记忆机制 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 192 | 2024-08-09 |
The Whey Acidic Protein WFDC12 Is Specifically Expressed in Terminally Differentiated Keratinocytes and Regulates Epidermal Serine Protease Activity
2021-05, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2020.09.025
PMID:33157095
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研究论文 | 本研究探讨了WFDC12蛋白在表皮角质形成细胞终末分化中的表达及其对表皮丝氨酸蛋白酶活性的调控作用 | 首次发现WFDC12在表皮角质形成细胞终末分化阶段的特异性表达，并揭示了其在调控角质层蛋白酶活性中的作用 | NA | 研究WFDC蛋白家族成员在表皮稳态中的作用 | WFDC12蛋白在人类表皮中的表达及其功能 | NA | 皮肤病 | 单细胞RNA测序，免疫金-电子显微镜 | NA | RNA | 涉及银屑病、特应性皮炎、Darier病和Netherton综合征患者的皮肤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 193 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq data semi-supervised clustering and annotation via structural regularized domain adaptation
2021-05-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa908
PMID:33098418
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研究论文 | 本文提出了一种基于结构正则化域适应的单细胞RNA测序数据半监督聚类和注释框架scSemiCluster | 首次在单细胞领域同时使用深度判别聚类和深度生成聚类技术，无需显式域对齐和批次效应校正 | NA | 旨在解决大规模单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的劳动和资源成本问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 深度判别聚类和深度生成聚类 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 194 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics: a novel precision medicine technique in nephrology
2021-05, The Korean journal of internal medicine
DOI:10.3904/kjim.2020.415
PMID:33076636
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综述 | 本文综述了单细胞分析技术及其在肾脏学领域中的单细胞转录组学研究，并讨论了基于单细胞分析的精准医学在肾脏学中的未来展望 | 单细胞分析技术能够克服传统批量水平转录组学方法的局限，区分疾病发展的主要自主反应和次要非自主细胞反应 | NA | 探讨单细胞分析技术在肾脏学中的应用及其在精准医学中的未来前景 | 肾脏疾病的机制及相关的生物标志物和通路 | NA | 肾脏疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 195 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA-seq of Human Myeloid-Derived Suppressor Cells in Late Sepsis Reveals Multiple Subsets With Unique Transcriptional Responses: A Pilot Study
2021-05-01, Shock (Augusta, Ga.)
DOI:10.1097/SHK.0000000000001671
PMID:33021571
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了晚期脓毒症患者中的髓源抑制细胞（MDSCs）的转录组特征 | 首次揭示了晚期脓毒症中MDSCs的多个亚群及其独特的转录反应 | 研究样本量较小，仅为两名晚期脓毒症患者和两名对照受试者 | 探究晚期脓毒症中髓源抑制细胞的转录组特征及其在免疫抑制中的作用 | 晚期脓毒症患者的髓源抑制细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 两名晚期脓毒症患者和两名对照受试者的血液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 196 | 2024-08-09 |
Ensemble learning models that predict surface protein abundance from single-cell multimodal omics data
2021-05, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2020.10.001
PMID:33039573
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研究论文 | 本文比较了几种基于树的集成学习方法与神经网络模型，发现集成学习通常优于神经网络，特别是随机森林（RF）表现最佳 | 首次系统比较了集成学习方法与神经网络在预测单细胞多模态组学数据中表面蛋白丰度的效果，并发现集成学习方法更为有效 | 文章未明确提及具体的局限性 | 探索并改进从单细胞多模态组学数据中预测蛋白质丰度的机器学习模型性能 | 单细胞多模态组学数据中的RNA和蛋白质丰度 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 集成学习模型，随机森林（RF） | 单细胞多模态组学数据 | 未具体说明样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 197 | 2024-08-09 |
Genes influenced by MEF2C contribute to neurodevelopmental disease via gene expression changes that affect multiple types of cortical excitatory neurons
2021-05-31, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaa213
PMID:32975584
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研究论文 | 研究探讨了MEF2C基因在神经发育过程中的作用及其对神经发育疾病的影响 | 首次揭示了MEF2C影响的基因在特定类型的皮层兴奋性神经元中的表达变化，以及这些变化与神经发育疾病之间的关联 | 研究主要基于小鼠模型和基因组关联研究数据，可能需要进一步的人类临床研究来验证结果 | 探究MEF2C基因在神经发育中的作用及其对神经发育疾病的影响机制 | MEF2C基因及其影响的基因在神经发育中的作用 | 神经科学 | 神经发育疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1055个基因在小鼠大脑中的差异表达 | NA | NA | NA | NA |
| 198 | 2024-08-09 |
STACAS: Sub-Type Anchor Correction for Alignment in Seurat to integrate single-cell RNA-seq data
2021-05-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa755
PMID:32845323
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研究论文 | STACAS是一种计算方法，用于在Seurat环境中识别整合锚点，优化了仅共享部分细胞类型的单细胞RNA-seq数据集的整合 | 通过纠正批次效应同时保留跨数据集的相关生物变异性、使用定量距离度量过滤异常整合锚点以及构建最优引导树进行整合，STACAS能够准确对齐仅部分重叠细胞群体的scRNA-seq数据集 | NA | 开发一种新的计算方法，用于优化单细胞RNA-seq数据集的整合 | 单细胞RNA-seq数据集的整合锚点识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 199 | 2024-08-09 |
LncAS2Cancer: a comprehensive database for alternative splicing of lncRNAs across human cancers
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa179
PMID:32820322
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研究论文 | 本文开发了一个名为LncAS2Cancer的综合数据库，收集了大量RNA测序和单细胞RNA测序样本，涵盖超过30种癌症类型，用于研究长链非编码RNA（lncRNA）在癌症中的选择性剪接模式。 | LncAS2Cancer数据库首次专注于癌症相关lncRNA的选择性剪接，提供了丰富的剪接模式和注释信息，有助于识别新的癌症相关lncRNA异构体。 | NA | 开发一个全面的数据库，以研究lncRNA在人类癌症中的选择性剪接模式及其功能影响。 | lncRNA的选择性剪接模式及其在人类癌症中的功能角色。 | NA | 癌症 | RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 5335个大量RNA测序样本和1826个单细胞RNA测序样本 | NA | NA | NA | NA |
| 200 | 2024-08-09 |
SMNN: batch effect correction for single-cell RNA-seq data via supervised mutual nearest neighbor detection
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa097
PMID:32591778
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研究论文 | 本文提出了一种名为SMNN的方法，用于通过监督互最近邻检测来校正单细胞RNA测序数据的批次效应 | SMNN方法利用单细胞聚类标签信息，提高了批次效应校正的有效性，特别是在生物差异与批次效应不正交的现实场景中 | NA | 解决在整合来自多个批次的单细胞RNA测序数据时批次效应校正的问题 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | SMNN | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |