单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
181	2024-08-09	Secretory Cells Dominate Airway CFTR Expression and Function in Human Airway Superficial Epithelia 2021-05-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202008-3198OC PMID:33321047	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了正常人肺部气道上皮细胞中CFTR表达的细胞类型特异性	首次全面描述了正常人肺部气道上皮细胞中CFTR表达的细胞类型特异性，并验证了其在囊性纤维化治疗中的应用	NA	确定表达CFTR的特定细胞类型，为囊性纤维化的精准医疗治疗提供依据	正常人肺部气道上皮细胞中CFTR的表达和功能	数字病理学	囊性纤维化	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA数据	新鲜分离的人类大和小气道上皮细胞
182	2024-08-09	Treatment of granuloma annulare and suppression of proinflammatory cytokine activity with tofacitinib 2021-05, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.10.012 PMID:33317858	研究论文	研究使用单细胞RNA测序和临床试验评估托法替尼治疗环状肉芽肿的效果	首次使用单细胞RNA测序研究环状肉芽肿的免疫发病机制，并评估托法替尼的治疗效果	研究样本量较小，仅涉及5名患者	深入理解环状肉芽肿的发病机制并评估分子靶向治疗的有效性	环状肉芽肿及其治疗	NA	环状肉芽肿	单细胞RNA测序	NA	RNA	5名患有严重、长期环状肉芽肿的患者
183	2024-08-09	Monocyte and bone marrow macrophage transcriptional phenotypes in systemic juvenile idiopathic arthritis reveal TRIM8 as a mediator of IFN-γ hyper-responsiveness and risk for macrophage activation syndrome 2021-05, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1136/annrheumdis-2020-217470 PMID:33277241	研究论文	本研究探讨了系统性幼年特发性关节炎（SJIA）中循环单核细胞和骨髓巨噬细胞的转录表型，并揭示了TRIM8作为IFN-γ过度反应的中介和巨噬细胞激活综合征（MAS）的风险因素。	本研究首次识别了SJIA中单核细胞和骨髓巨噬细胞的转录表型，并发现TRIM8在IFN-γ信号传导中的重要作用，为理解SJIA中的MAS提供了新的分子机制和潜在治疗靶点。	研究仅使用了26名SJIA患者的单核细胞和1名患者的骨髓巨噬细胞进行分析，样本量较小，可能影响结果的普遍性。	识别SJIA中循环单核细胞和骨髓巨噬细胞的极化表型，并探索IFN-γ反应的分子特征。	系统性幼年特发性关节炎（SJIA）患者的单核细胞和骨髓巨噬细胞。	数字病理学	幼年特发性关节炎	RNA测序	NA	RNA	26名SJIA患者的单核细胞和1名患者的骨髓巨噬细胞
184	2024-08-09	Single-cell profiling reveals the trajectories of natural killer cell differentiation in bone marrow and a stress signature induced by acute myeloid leukemia 2021-05, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00574-8 PMID:33239726	研究论文	通过单细胞RNA测序技术，研究了人类骨髓中自然杀伤细胞的分化轨迹及其在急性髓系白血病中的应激反应	首次通过单细胞RNA测序技术识别了人类骨髓中的三种自然杀伤细胞亚群，并揭示了急性髓系白血病对自然杀伤细胞异质性的深刻影响	NA	探究自然杀伤细胞在骨髓中的分化轨迹及其在急性髓系白血病中的应激反应	人类骨髓中的自然杀伤细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	来自急性髓系白血病患者的骨髓NK细胞样本
185	2024-08-09	Single-cell RNA-seq reveals developmental plasticity with coexisting oncogenic states and immune evasion programs in ETP-ALL 2021-05-06, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood.2019004547 PMID:33227818	研究论文	本研究通过全长单细胞RNA测序技术，探讨了早期T细胞前体急性淋巴细胞白血病（ETP-ALL）中的治疗抵抗机制，揭示了细胞发育可塑性与共存致癌状态及免疫逃避程序的关系	研究发现两种高度不同的干细胞样状态，这些状态在细胞周期和致癌信号传导方面存在关键差异，并且能够分化为具有显著免疫调节功能的更成熟白血病状态	NA	探讨ETP-ALL中的治疗抵抗机制及其与细胞发育可塑性和免疫逃避程序的关系	ETP-ALL中的恶性细胞和微环境细胞	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
186	2024-08-09	Ileal Transcriptomic Analysis in Paediatric Crohn's Disease Reveals IL17- and NOD-signalling Expression Signatures in Treatment-naïve Patients and Identifies Epithelial Cells Driving Differentially Expressed Genes 2021-May-04, Journal of Crohn's & colitis DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaa236 PMID:33232439	研究论文	本研究通过靶向自身免疫RNA测序和单细胞测序技术，分析了未经治疗的儿科克罗恩病患者的回肠组织，揭示了IL17和NOD信号通路的表达特征，并识别了驱动差异表达基因的特定上皮细胞。	本研究首次在未经治疗的儿科克罗恩病患者中发现了IL17、NOD和Oncostatin-M信号通路的显著上调，并确定了驱动这些信号通路的特定上皮细胞。	研究样本量相对较小，且仅限于未经治疗的儿科克罗恩病患者，可能限制了结果的普遍性。	旨在确定儿科克罗恩病中激活的信号通路和驱动细胞类型。	儿科克罗恩病患者的回肠组织及其与对照组的比较。	数字病理学	克罗恩病	靶向自身免疫RNA测序、单细胞测序	加权基因共表达网络分析（WGCNA）	RNA序列数据	27名未经治疗的克罗恩病患者、26名已确诊的克罗恩病患者和17名对照组
187	2024-08-09	Looking at the developing lung in single-cell resolution 2021-05-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology DOI:10.1152/ajplung.00385.2020 PMID:33205990	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在胎儿和新生儿肺发育研究中的主要发现，并探讨了其面临的挑战和未来发展方向	单细胞RNA测序技术为研究肺发育过程中的复杂细胞动态提供了无偏见且强有力的评估方法	目前关于健康或异常发育肺的单细胞转录组研究仍较少	探讨单细胞RNA测序技术在肺发育疾病研究中的应用	肺发育过程中的细胞类型及其基因表达变化	分子生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
188	2024-08-09	Elucidating memory in the brain via single-cell transcriptomics 2021-05, Journal of neurochemistry IF:4.2Q2 DOI:10.1111/jnc.15250 PMID:33230878	研究论文	本文讨论了单细胞转录组学方法在揭示大脑记忆神经机制中的应用	利用单细胞转录组学技术，以空前的分辨率和通量深入理解记忆机制	NA	阐明大脑中记忆的神经机制	海马体和杏仁核区域的记忆机制	神经科学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
189	2024-08-09	ILoReg: a tool for high-resolution cell population identification from single-cell RNA-seq data 2021-05-23, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa919 PMID:33151294	研究论文	介绍了一种名为ILoReg的R包，用于通过单细胞RNA测序数据进行高分辨率的细胞群体识别	ILoReg通过概率特征提取步骤和迭代聚类投影（ICP）算法，提高了对具有细微差异的细胞群体的识别能力	NA	开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞群体的识别分辨率	单细胞RNA测序数据中的细胞群体	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	迭代聚类投影（ICP）	转录组数据	NA
190	2024-08-09	The Whey Acidic Protein WFDC12 Is Specifically Expressed in Terminally Differentiated Keratinocytes and Regulates Epidermal Serine Protease Activity 2021-05, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2020.09.025 PMID:33157095	研究论文	本研究探讨了WFDC12蛋白在表皮角质形成细胞终末分化中的表达及其对表皮丝氨酸蛋白酶活性的调控作用	首次发现WFDC12在表皮角质形成细胞终末分化阶段的特异性表达，并揭示了其在调控角质层蛋白酶活性中的作用	NA	研究WFDC蛋白家族成员在表皮稳态中的作用	WFDC12蛋白在人类表皮中的表达及其功能	NA	皮肤病	单细胞RNA测序，免疫金-电子显微镜	NA	RNA	涉及银屑病、特应性皮炎、Darier病和Netherton综合征患者的皮肤样本
191	2024-08-09	Single-cell RNA-seq data semi-supervised clustering and annotation via structural regularized domain adaptation 2021-05-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa908 PMID:33098418	研究论文	本文提出了一种基于结构正则化域适应的单细胞RNA测序数据半监督聚类和注释框架scSemiCluster	首次在单细胞领域同时使用深度判别聚类和深度生成聚类技术，无需显式域对齐和批次效应校正	NA	旨在解决大规模单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的劳动和资源成本问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	深度判别聚类和深度生成聚类	单细胞RNA测序数据	NA
192	2024-08-09	Single-cell transcriptomics: a novel precision medicine technique in nephrology 2021-05, The Korean journal of internal medicine DOI:10.3904/kjim.2020.415 PMID:33076636	综述	本文综述了单细胞分析技术及其在肾脏学领域中的单细胞转录组学研究，并讨论了基于单细胞分析的精准医学在肾脏学中的未来展望	单细胞分析技术能够克服传统批量水平转录组学方法的局限，区分疾病发展的主要自主反应和次要非自主细胞反应	NA	探讨单细胞分析技术在肾脏学中的应用及其在精准医学中的未来前景	肾脏疾病的机制及相关的生物标志物和通路	NA	肾脏疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
193	2024-08-09	Single-Cell RNA-seq of Human Myeloid-Derived Suppressor Cells in Late Sepsis Reveals Multiple Subsets With Unique Transcriptional Responses: A Pilot Study 2021-05-01, Shock (Augusta, Ga.) DOI:10.1097/SHK.0000000000001671 PMID:33021571	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了晚期脓毒症患者中的髓源抑制细胞（MDSCs）的转录组特征	首次揭示了晚期脓毒症中MDSCs的多个亚群及其独特的转录反应	研究样本量较小，仅为两名晚期脓毒症患者和两名对照受试者	探究晚期脓毒症中髓源抑制细胞的转录组特征及其在免疫抑制中的作用	晚期脓毒症患者的髓源抑制细胞	数字病理学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	两名晚期脓毒症患者和两名对照受试者的血液样本
194	2024-08-09	Ensemble learning models that predict surface protein abundance from single-cell multimodal omics data 2021-05, Methods (San Diego, Calif.) DOI:10.1016/j.ymeth.2020.10.001 PMID:33039573	研究论文	本文比较了几种基于树的集成学习方法与神经网络模型，发现集成学习通常优于神经网络，特别是随机森林（RF）表现最佳	首次系统比较了集成学习方法与神经网络在预测单细胞多模态组学数据中表面蛋白丰度的效果，并发现集成学习方法更为有效	文章未明确提及具体的局限性	探索并改进从单细胞多模态组学数据中预测蛋白质丰度的机器学习模型性能	单细胞多模态组学数据中的RNA和蛋白质丰度	机器学习	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	集成学习模型，随机森林（RF）	单细胞多模态组学数据	未具体说明样本数量
195	2024-08-09	Genes influenced by MEF2C contribute to neurodevelopmental disease via gene expression changes that affect multiple types of cortical excitatory neurons 2021-05-31, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddaa213 PMID:32975584	研究论文	研究探讨了MEF2C基因在神经发育过程中的作用及其对神经发育疾病的影响	首次揭示了MEF2C影响的基因在特定类型的皮层兴奋性神经元中的表达变化，以及这些变化与神经发育疾病之间的关联	研究主要基于小鼠模型和基因组关联研究数据，可能需要进一步的人类临床研究来验证结果	探究MEF2C基因在神经发育中的作用及其对神经发育疾病的影响机制	MEF2C基因及其影响的基因在神经发育中的作用	神经科学	神经发育疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1055个基因在小鼠大脑中的差异表达
196	2024-08-09	Cellular heterogeneity and microenvironmental control of skin cancer 2021-05, Journal of internal medicine IF:9.0Q1 DOI:10.1111/joim.13177 PMID:32976658	综述	本文综述了皮肤组织中突变细胞与其微环境之间的相互作用，探讨了维持组织稳态的关键机制以及可能导致肿瘤形成的因素	揭示了表皮（干细胞）及其微环境中的巨大细胞异质性和可塑性，以及这些细胞在预防癌症形成和恶性进展中的关键作用	NA	探讨皮肤组织中突变细胞与微环境的关系，以及如何影响肿瘤形成	皮肤组织中的突变细胞及其微环境	数字病理学	皮肤癌	单细胞转录组分析	NA	转录组	NA
197	2024-08-09	Systematic determination of the mitochondrial proportion in human and mice tissues for single-cell RNA-sequencing data quality control 2021-05-17, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa751 PMID:32840568	研究论文	本文系统分析了1,349个注释数据集中的人和鼠组织单细胞RNA测序数据，以确定线粒体比例作为质量控制指标的适用性	提出了针对人和鼠不同组织的新线粒体比例参考值，并建议重新考虑人类组织中线粒体比例5%的阈值	未充分评估统一阈值在不同物种、单细胞技术、组织和细胞类型中的有效性	评估线粒体比例作为单细胞RNA测序数据质量控制指标的适用性	人和鼠的组织单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	5,530,106个细胞，来自1,349个注释数据集
198	2024-08-09	STACAS: Sub-Type Anchor Correction for Alignment in Seurat to integrate single-cell RNA-seq data 2021-05-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa755 PMID:32845323	研究论文	STACAS是一种计算方法，用于在Seurat环境中识别整合锚点，优化了仅共享部分细胞类型的单细胞RNA-seq数据集的整合	通过纠正批次效应同时保留跨数据集的相关生物变异性、使用定量距离度量过滤异常整合锚点以及构建最优引导树进行整合，STACAS能够准确对齐仅部分重叠细胞群体的scRNA-seq数据集	NA	开发一种新的计算方法，用于优化单细胞RNA-seq数据集的整合	单细胞RNA-seq数据集的整合锚点识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
199	2024-08-09	LncAS2Cancer: a comprehensive database for alternative splicing of lncRNAs across human cancers 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa179 PMID:32820322	研究论文	本文开发了一个名为LncAS2Cancer的综合数据库，收集了大量RNA测序和单细胞RNA测序样本，涵盖超过30种癌症类型，用于研究长链非编码RNA（lncRNA）在癌症中的选择性剪接模式。	LncAS2Cancer数据库首次专注于癌症相关lncRNA的选择性剪接，提供了丰富的剪接模式和注释信息，有助于识别新的癌症相关lncRNA异构体。	NA	开发一个全面的数据库，以研究lncRNA在人类癌症中的选择性剪接模式及其功能影响。	lncRNA的选择性剪接模式及其在人类癌症中的功能角色。	NA	癌症	RNA测序	NA	RNA序列数据	5335个大量RNA测序样本和1826个单细胞RNA测序样本
200	2024-08-09	SMNN: batch effect correction for single-cell RNA-seq data via supervised mutual nearest neighbor detection 2021-05-20, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa097 PMID:32591778	研究论文	本文提出了一种名为SMNN的方法，用于通过监督互最近邻检测来校正单细胞RNA测序数据的批次效应	SMNN方法利用单细胞聚类标签信息，提高了批次效应校正的有效性，特别是在生物差异与批次效应不正交的现实场景中	NA	解决在整合来自多个批次的单细胞RNA测序数据时批次效应校正的问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	SMNN	基因表达数据	NA