单细胞与空转测序相关文章
本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得，供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ，每日自动更新（使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤），已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理，可能存在错误或遗漏，请使用时务必注意核实！
如有建议或合作意向，欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布，欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错，还请不吝 给我打赏，你的支持是我继续创新的重要动力！
添加微信请说明来意
微信赞赏
除通过在线浏览外，为方便用户离线查阅，本站也提供 付费下载（定价19.9元）。之所以考虑收费，是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的，还请理解并多多支持。本站数据会持续更新，而仅需一次付费，未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
当前共找到 200 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2025-10-05 |
Single Molecule-Based fliFISH Validates Radial and Heterogeneous Gene Expression Patterns in Pancreatic Islet β-Cells
2021-05, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db20-0802
PMID:33685924
|
研究论文 | 本研究使用fliFISH技术验证了小鼠胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式 | 首次应用单分子水平的fliFISH技术在原位空间背景下量化胰岛β细胞的基因表达异质性 | 研究仅限于小鼠胰岛组织，未涉及其他物种或疾病模型 | 验证胰岛β细胞中基因表达的异质性模式和空间分布特征 | 小鼠胰腺胰岛β细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | fliFISH（基于波动定位成像的荧光原位杂交），scRNA-Seq | NA | 图像，基因表达数据 | 小鼠胰腺胰岛切片 | NA | 单分子荧光原位杂交，单细胞RNA测序 | NA | 波动定位成像基荧光原位杂交（fliFISH） |
| 2 | 2025-10-06 |
Systematic determination of the mitochondrial proportion in human and mice tissues for single-cell RNA-sequencing data quality control
2021-05-17, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa751
PMID:32840568
|
研究论文 | 系统分析人类和小鼠组织中线粒体比例，为单细胞RNA测序数据质量控制提供新参考值 | 首次系统评估跨物种、组织和细胞类型的线粒体比例阈值，提出针对不同组织的特异性参考值 | 分析基于公开数据库数据，未进行实验验证 | 改进单细胞RNA测序数据质量控制中线粒体比例阈值的准确性 | 人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5,530,106个细胞，来自1349个注释数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 3 | 2025-10-06 |
A stony coral cell atlas illuminates the molecular and cellular basis of coral symbiosis, calcification, and immunity
2021-05-27, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.005
PMID:33945788
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术构建了石珊瑚细胞图谱，揭示了珊瑚共生、钙化和免疫的分子细胞基础 | 首次系统性定义了石珊瑚生命周期中的40多种细胞类型，发现了特化免疫细胞，并同时测量了珊瑚细胞与其内共生藻类的转录组 | 研究主要聚焦于Stylophora pistillata物种，结果在其他珊瑚物种中的普适性需要进一步验证 | 阐明造礁石珊瑚生物学功能的分子和细胞机制 | 石珊瑚Stylophora pistillata及其生命周期中的各种细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 覆盖Stylophora pistillata整个生命周期的细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2025-10-06 |
Double-jeopardy: scRNA-seq doublet/multiplet detection using multi-omic profiling
2021-05-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100008
PMID:34278374
|
研究论文 | 提出一种利用多组学数据检测scRNA-seq中双联体/多联体的机器学习方法 | 首次结合VDJ-seq和CITE-seq等多组学信息，通过识别混合液滴的转录特征来检测异型和同型双联体/多联体 | 在炎症细胞为主的scRNA-seq样本中表现良好，但在其他类型样本中的适用性未验证 | 开发高灵敏度和特异性的scRNA-seq双联体/多联体检测方法 | 单细胞RNA测序数据中的双联体和多联体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, VDJ测序, CITE测序 | 机器学习 | 单细胞转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 5 | 2025-10-06 |
CDSeqR: fast complete deconvolution for gene expression data from bulk tissues
2021-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04186-5
PMID:34030626
|
研究论文 | 开发了CDSeqR——一个快速完整的基因表达数据反卷积R包，用于从批量组织中估计细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱 | 显著提高了计算效率和内存使用，新增了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释功能 | NA | 开发计算工具用于从批量RNA测序数据中反卷积细胞类型组成和基因表达谱 | 批量组织RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 反卷积算法 | 基因表达数据 | 使用合成数据、真实细胞混合物以及TCGA和GTEx项目的真实批量RNA-seq数据进行验证 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2025-10-06 |
Coordinated changes in cellular behavior ensure the lifelong maintenance of the hippocampal stem cell population
2021-05-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.01.003
PMID:33581058
|
研究论文 | 本研究揭示了海马体神经干细胞数量在成年期稳定的细胞行为协调机制 | 发现干细胞行为从快速分化向浅层静止状态转变的协调变化机制，以及ASCL1蛋白降解在其中的关键作用 | 主要基于小鼠模型研究，人类相关机制需要进一步验证 | 探究海马体神经干细胞数量终身维持的细胞机制 | 海马体神经干细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、建模分析、标记保留分析 | NA | 基因表达数据、细胞行为数据 | 小鼠海马体神经干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 7 | 2025-10-06 |
scRNA Transcription Profile of Adult Zebrafish Podocytes Using a Novel Reporter Strain
2021-May-05, Cellular physiology and biochemistry : international journal of experimental cellular physiology, biochemistry, and pharmacology
IF:2.5Q2
DOI:10.33594/000000366
PMID:33945241
|
研究论文 | 利用新型转基因斑马鱼报告品系进行成年斑马鱼足细胞的单细胞RNA测序分析 | 开发了表达podocin启动子驱动荧光报告基因的转基因斑马鱼，首次实现了斑马鱼足细胞的在体可视化和分离 | 研究仅限于正常状态下的斑马鱼足细胞，未涉及疾病或损伤模型 | 鉴定维持足细胞完整性的分子标记物，为肾脏发育和疾病研究提供基础 | 转基因斑马鱼的足细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序，光片显微镜技术 | NA | 单细胞转录组数据，荧光成像数据 | 转基因斑马鱼报告品系分离的足细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 8 | 2025-10-06 |
Acoel Single-Cell Transcriptomics: Cell Type Analysis of a Deep Branching Bilaterian
2021-05-04, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaa333
PMID:33355655
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析原始两侧对称动物Isodiametra pulchra的细胞类型 | 首次在原始两侧对称动物门类中系统鉴定细胞类型，并发现大量谱系特异性标记基因 | 仅研究单一物种，未进行跨物种比较验证 | 探索两侧对称动物细胞类型的演化起源 | 原始两侧对称动物Isodiametra pulchra | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 全生物体单细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 9 | 2025-10-06 |
A biomechanical switch regulates the transition towards homeostasis in oesophageal epithelium
2021-05, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-021-00679-w
PMID:33972733
|
研究论文 | 本研究揭示了小鼠食管上皮细胞通过机械应变调控向稳态过渡的机制 | 发现器官水平机械应变积累引导上皮稳态建立，并鉴定出KLF4阳性基底细胞群在YAP依赖方式下平衡细胞增殖 | 研究仅限于小鼠食管上皮模型，尚未验证其他组织或物种的普适性 | 探索上皮细胞行为适应组织需求的调控机制 | 小鼠食管上皮细胞 | 生物力学 | NA | 单细胞RNA测序, 全器官拉伸实验 | NA | 基因表达数据, 生物力学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 10 | 2025-10-06 |
Cell-type specific analysis of physiological action of estrogen in mouse oviducts
2021-05, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202002747R
PMID:33818810
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析雌激素在小鼠输卵管中对不同细胞类型的特异性调控作用 | 首次在单细胞水平揭示雌激素对输卵管不同细胞类型的特异性调控，并鉴定出IGF1作为关键靶基因 | 研究主要基于小鼠模型，人类输卵管研究数据有限 | 探究雌激素在输卵管环境调控中的细胞特异性作用机制 | 小鼠输卵管细胞 | 单细胞生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序,原位杂交,细胞类型特异性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据,基因表达数据 | 卵巢切除激素替代小鼠模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 11 | 2025-10-06 |
Single-cell transcriptomics of human embryos identifies multiple sympathoblast lineages with potential implications for neuroblastoma origin
2021-05, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00818-x
PMID:33833454
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析人类胚胎发育过程，识别出多种交感神经母细胞谱系及其与神经母细胞瘤起源的潜在关联 | 首次发现肾上腺内交感神经母细胞直接来源于神经相关施万细胞前体，而非迁移神经嵴，这一过程在人类发育中持续数周 | 研究仅涵盖受孕后6-14周的人类胚胎发育阶段，样本时间窗口有限 | 探究人类胚胎发育过程中细胞状态进展与儿科疾病起源的关系 | 人类胚胎神经嵴和中胚层来源的谱系，包括肾上腺、肾脏、内皮和造血组织 | 单细胞生物学 | 神经母细胞瘤 | 单细胞转录组学, 谱系追踪 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 人类胚胎发育第6-14周的样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2025-10-06 |
Ventricular, atrial, and outflow tract heart progenitors arise from spatially and molecularly distinct regions of the primitive streak
2021-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001200
PMID:33999917
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了小鼠胚胎中心脏祖细胞在原始条纹中的空间和分子预模式 | 发现心脏祖细胞在原始条纹中已按心室、心房和流出道预先分区，比既往认知更早 | 研究局限于小鼠胚胎模型，尚未在人类或其他物种中验证 | 探究哺乳动物心脏发育过程中祖细胞的起源和分化机制 | 小鼠胚胎的心脏祖细胞 | 发育生物学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 遗传谱系追踪, 活体成像 | NA | 单细胞转录组数据, 成像数据 | 小鼠胚胎样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Single-cell multi-omics analysis of the immune response in COVID-19
2021-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01329-2
PMID:33879890
|
研究论文 | 通过单细胞多组学分析揭示COVID-19免疫反应特征 | 首次在COVID-19中整合单细胞转录组、表面蛋白质组和抗原受体分析，发现非经典单核细胞扩增和造血干细胞向巨核细胞分化的倾向 | 横断面研究设计，无法追踪个体随时间变化的免疫反应 | 解析COVID-19发病机制中的协调免疫反应 | 130名不同严重程度COVID-19患者的外周血单个核细胞 | 单细胞多组学 | COVID-19 | 单细胞转录组测序, 表面蛋白质组分析, T/B细胞抗原受体分析 | NA | 单细胞多组学数据 | 78万个外周血单个核细胞，来自130名患者 | NA | 单细胞多组学 | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
Establishing and maintaining fertility: the importance of cell cycle arrest
2021-05-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.348151.120
PMID:33888561
|
综述 | 本文综述了Cip/Kip家族细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂在小鼠性腺发育中的作用，特别关注其对生育能力建立和维持的重要性 | 通过单细胞RNA测序研究揭示了细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂的异质性，发现了细胞周期抑制剂在控制和维持雌性生育能力中的新作用 | NA | 探讨细胞周期停滞在建立和维持生育能力中的重要性 | 小鼠性腺发育过程中的生殖细胞和体细胞 | 发育生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
SARS-CoV-2 infection of the oral cavity and saliva
2021-05, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-021-01296-8
PMID:33767405
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了口腔是SARS-CoV-2感染的重要部位，并证实唾液具有传播病毒的潜在风险 | 首次系统绘制人类口腔小唾液腺和牙龈的单细胞图谱，发现SARS-CoV-2病毒进入因子在口腔上皮细胞中广泛表达，并证实唾液细胞可携带活病毒 | 样本量相对有限（9个样本），主要聚焦于口腔局部感染机制，未深入探讨全身性影响 | 探究SARS-CoV-2在口腔 cavity的感染机制和传播途径 | 人类口腔小唾液腺和牙龈组织，以及感染者唾液样本 | 单细胞组学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据，蛋白质表达数据 | 9个组织样本（13,824个细胞） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
DNA glycosylase Neil3 regulates vascular smooth muscle cell biology during atherosclerosis development
2021-05, Atherosclerosis
IF:4.9Q1
|
研究论文 | 本研究探讨DNA糖基化酶Neil3通过调控血管平滑肌细胞表型影响动脉粥样硬化发展的机制 | 首次揭示Neil3通过非经典DNA修复功能调控VSMC表型转化，并证实Akt信号通路在此过程中的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型和体外细胞实验，人类临床相关性需要进一步验证 | 阐明Neil3在动脉粥样硬化发展中对血管平滑肌细胞生物学行为的调控机制 | Apoe-/-动脉粥样硬化易感小鼠和人类原代主动脉血管平滑肌细胞 | 分子生物学 | 心血管疾病 | qPCR, 免疫组化, 单细胞RNA测序, mRNA测序, 蛋白质组学, BrdU增殖实验, Western blot | NA | 基因表达数据, 蛋白质数据, 细胞表型数据 | Neil3缺陷的Apoe-/-小鼠模型和NEIL3敲除的人原代主动脉VSMCs | NA | 单细胞RNA测序, mRNA测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Transcriptional characterization of human megakaryocyte polyploidization and lineage commitment
2021-05, Journal of thrombosis and haemostasis : JTH
IF:5.5Q1
DOI:10.1111/jth.15271
PMID:33587817
|
研究论文 | 首次使用单细胞RNA测序技术表征人类骨髓巨核细胞在不同倍体化水平下的转录组特征及其从造血干细胞的分化过程 | 首次对原代人类骨髓巨核细胞进行单细胞转录组研究，发现两个具有巨核细胞分化倾向的造血干细胞亚群，并揭示了应激性血小板生成中的特异性基因表达特征 | 研究样本量相对有限，且主要关注骨髓巨核细胞，未涉及其他组织来源的巨核细胞 | 研究人类骨髓巨核细胞的谱系承诺、成熟步骤和血小板生成过程 | 人类骨髓巨核细胞和造血干细胞 | 单细胞组学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 人类骨髓样本，包括近期心肌梗死患者 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
ILoReg: a tool for high-resolution cell population identification from single-cell RNA-seq data
2021-05-23, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa919
PMID:33151294
|
研究论文 | 介绍了一个用于从单细胞RNA-seq数据中高分辨率识别细胞群体的R工具包ILoReg | 提出了一种新的概率特征提取方法，通过迭代聚类投影(ICP)算法结合逻辑回归和聚类相似性比较，能够识别转录组差异细微的细胞亚群 | NA | 开发一种改进的单细胞RNA-seq数据分析方法，提高细胞群体识别的分辨率 | 单细胞RNA-seq数据中的细胞群体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 逻辑回归, 聚类算法 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
Ileal Transcriptomic Analysis in Paediatric Crohn's Disease Reveals IL17- and NOD-signalling Expression Signatures in Treatment-naïve Patients and Identifies Epithelial Cells Driving Differentially Expressed Genes
2021-May-04, Journal of Crohn's & colitis
DOI:10.1093/ecco-jcc/jjaa236
PMID:33232439
|
研究论文 | 通过回肠转录组分析揭示儿童克罗恩病初治患者的IL17和NOD信号通路表达特征，并识别驱动差异表达基因的上皮细胞 | 首次在儿童克罗恩病初治患者中发现31个基因特征，识别表达抗菌基因转录本的特殊上皮细胞亚群驱动IL17和NOD信号通路上调 | 样本量有限（共70例），部分相关性分析p值未达到显著水平（如复发时间相关性p=0.07） | 确定儿童克罗恩病中激活的信号通路和驱动细胞类型 | 儿童克罗恩病患者和对照组的回肠组织 | 数字病理学 | 克罗恩病 | RNA测序, 单细胞测序, 加权基因共表达网络分析 | WGCNA | 基因表达数据, 单细胞数据 | 27例初治克罗恩病, 26例确诊克罗恩病, 17例对照 | NA | 单细胞RNA测序, 靶向自身免疫RNA测序 | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
Cellular heterogeneity and microenvironmental control of skin cancer
2021-05, Journal of internal medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.1111/joim.13177
PMID:32976658
|
综述 | 探讨皮肤组织中细胞异质性及微环境对携带致癌突变细胞的调控机制 | 整合体内功能研究与单细胞转录组分析，揭示表皮干细胞及其微环境在癌症预防与促进中的双重作用 | NA | 阐明微环境如何调控携带突变细胞的恶性进展机制 | 皮肤组织中的表皮干细胞、成纤维细胞和免疫细胞亚群 | 单细胞生物学 | 皮肤癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |