单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 200 篇文献，本页显示第 1 - 20 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1 | 2026-05-29 |
The relationship between the gut microbiome and host gene expression: a review
2021-May, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-020-02237-0
PMID:33221945
|
综述 | 探讨肠道微生物组与宿主基因表达之间的相互影响关系 | 系统总结肠道微生物如何通过重塑染色质、差异剪接、表观遗传改变和信号级联干扰来调节宿主基因表达 | 未提及具体局限性 | 理解肠道微生物与宿主基因表达的交互机制及其对疾病和健康的重要性 | 模式生物、人体活检样本和细胞培养物 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 2 | 2026-05-28 |
Dissecting the microenvironment around biosynthetic scaffolds in murine skin wound healing
2021-05, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abf0787
PMID:34039601
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序解析生物合成支架周围微环境在小鼠皮肤伤口愈合中的作用 | 首次利用单细胞RNA测序全面解析不同表面形貌的静电纺丝支架周围的免疫细胞异质性，并发现定向支架促进适应性免疫主导阶段、揭示T细胞调节毛囊再生的新机制 | 仅在小鼠和大鼠模型中验证，缺乏临床人体数据验证 | 研究生物材料表面形貌对伤口愈合和免疫调节特性的影响 | 小鼠和大鼠的背部皮肤全层伤口 | 数字病理学 | 皮肤创伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 小鼠和大鼠模型样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA-seq | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞测序系统 |
| 3 | 2026-05-25 |
Induced lineage promiscuity undermines the efficiency of all-trans-retinoid-acid-induced differentiation of acute myeloid leukemia
2021-May-21, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102410
PMID:33997692
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析，比较急性髓系白血病两种细胞类型在ATRA处理下的分化轨迹，揭示谱系混杂机制 | 首次利用单细胞转录组揭示非APL型AML对ATRA分化的耐药机制——分化不完整且伴随淋巴和髓系基因程序共诱导的谱系混杂 | 仅比对NB4和HL60两种细胞系，未涵盖更多AML亚型，缺乏体内模型验证 | 阐明非APL型AML对全反式维甲酸分化诱导耐受的细胞类型特异性机制 | NB4细胞（APL/AML-M3）和HL60细胞（AML-M2） | 机器学习 | 急性髓系白血病 | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | 两种人白血病细胞系（NB4和HL60） | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 4 | 2026-05-25 |
Development of an optimal protocol for molecular profiling of tumor cells in pleural effusions at single-cell level
2021-May, Cancer science
IF:4.5Q1
DOI:10.1111/cas.14821
PMID:33484069
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研究论文 | 开发一种用于胸水内肿瘤细胞单细胞水平分子谱分析的最优方案 | 通过阴性选择与微流体介电泳阵列富集浮游肿瘤细胞，并结合全基因组扩增与精确单细胞突变检测器消除扩增错误，实现了高精度体细胞突变检测 | 未明确提到局限性，但可能涉及样本量小或WGA相关错误的完全消除仍有挑战 | 开发优化方案实现胸水内浮游肿瘤细胞的单细胞测序，作为临床实验室检测方法 | 从胸水样本中分离的浮游肿瘤细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞测序、全基因组扩增、下一代测序 | NA | 单细胞基因组数据 | 两个病例（Case 1和Case 2），涉及19个和20个单细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 使用磁性活化细胞分选系统进行负选，微流体介电泳阵列进行正选 |
| 5 | 2026-05-24 |
Transcriptome-wide association analysis identifies DACH1 as a kidney disease risk gene that contributes to fibrosis
2021-05-17, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI141801
PMID:33998598
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研究论文 | 通过转录组全关联分析鉴定DACH1为肾脏疾病风险基因，该基因促进纤维化 | 整合GWAS、TWAS、单细胞表观基因组、表达分析、基因编辑及小鼠模型功能验证，首次鉴定DACH1为肾脏疾病风险基因并阐明其在纤维化中的机制 | 主要基于小鼠模型和体外实验，人类验证有限；未能完全阐明DACH1在所有肾细胞类型中的具体作用 | 鉴定肾脏功能相关GWAS位点中调控基因表达的因果基因及其在疾病中的机制 | 人类和小鼠肾脏组织样本、肾小管细胞、巨噬细胞 | 自然语言处理 | 肾脏疾病 | GWAS, TWAS, 孟德尔随机化, MetaXcan, CRISPR-Cas9, 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq, 染色质免疫沉淀 | NA | 基因表达数据, 单细胞表观基因组数据, 单细胞转录组数据 | 未明确说明具体样本数量，涉及人类GWAS数据、小鼠模型（叶酸和糖尿病肾损伤模型） | NA | 单细胞ATAC-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 6 | 2026-05-23 |
Cell-level metadata are indispensable for documenting single-cell sequencing datasets
2021-05, PLoS biology
IF:7.8Q1
DOI:10.1371/journal.pbio.3001077
PMID:33945522
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评论 | 文章指出单细胞RNA测序数据集中细胞层面元数据的缺失现象，并呼吁提高记录标准 | 首次系统评估单细胞测序数据集中细胞级元数据的缺失程度，并量化其普遍性 | 仅基于估计数据，未提供实际统计验证；未深入探讨元数据缺失对具体研究的影响案例 | 强调细胞级元数据对单细胞测序数据集可重复性和知识传递的重要性 | 已发表单细胞RNA测序研究的数据集 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 元数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 7 | 2026-04-24 |
Intratumoral Plasmid IL12 Expands CD8+ T Cells and Induces a CXCR3 Gene Signature in Triple-negative Breast Tumors that Sensitizes Patients to Anti-PD-1 Therapy
2021-05-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3944
PMID:33593880
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研究论文 | 该论文研究了瘤内注射IL12质粒通过电穿孔（Tavo）在三阴性乳腺癌中扩增CD8+ T细胞并诱导CXCR3基因特征，从而增强患者对抗PD-1治疗的敏感性 | 首次在TNBC患者中证明瘤内IL12质粒治疗可诱导与CD8+ T细胞浸润和PD-1/PD-L1表达相关的CXCR3基因特征，并可能使对抗PD-L1治疗无反应的患者转化为对抗PD-1治疗有反应 | 仅涉及单臂临床试验，样本量有限，且结论主要基于小鼠模型和少数患者数据 | 探索瘤内IL12质粒治疗在三阴性乳腺癌中增强免疫原性和T细胞浸润的能力，并评估其对抗PD-1治疗效果的预测价值 | 三阴性乳腺癌小鼠模型、治疗难治性晚期TNBC患者（OMS-I140试验）、以及公开的乳腺癌和黑色素瘤数据集 | 机器学习 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、电穿孔基因递送 | NA | 单细胞RNA测序数据、公开数据集 | 小鼠模型多个样本；OMS-I140临床试验为单臂、前瞻性设计，具体样本量未在摘要中提及；公开数据集包括乳腺癌和黑色素瘤数据 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞RNA测序用于分析小鼠肿瘤 |
| 8 | 2026-04-09 |
The Rhesus Macaque Serves As a Model for Human Lateral Branch Nephrogenesis
2021-05-03, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020101459
PMID:33789950
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研究论文 | 本研究利用恒河猴作为模型，探索人类晚期妊娠肾脏侧支肾单位发生的分子机制 | 首次将恒河猴确立为真实侧支肾单位发生的模型，支持了衰老肾单位祖细胞具有独特分子特征的假说 | 研究样本量有限，仅基于四个胎儿恒河猴肾脏，且依赖于人类存档组织进行验证 | 理解晚期妊娠人类胎儿肾脏发育的分子机制，特别是侧支肾单位发生 | 恒河猴胎儿肾脏及人类存档组织 | 数字病理学 | 肾脏疾病 | 免疫染色、3D渲染、单细胞RNA测序、单核RNA测序、RNAScope验证 | NA | 图像、RNA测序数据 | 四个妊娠129-131天的胎儿恒河猴肾脏皮质富集样本，以及人类存档组织 | NA | 单细胞RNA测序, 单核RNA测序 | NA | NA |
| 9 | 2026-04-08 |
Single cell RNA-seq analysis of the flexor digitorum brevis mouse myofibers
2021-05-17, Skeletal muscle
IF:5.3Q2
DOI:10.1186/s13395-021-00269-2
PMID:34001262
|
研究论文 | 本研究开发并验证了一种通过流式分选分离完整骨骼肌肌纤维进行单细胞RNA测序的方法，以分析小鼠快肌纤维的基因表达模式 | 首次应用全细胞流式分选方法对单一肌肉类型（小鼠快肌屈趾短肌）进行单细胞RNA测序，而非基于单核RNA，扩展了纤维类型特异性基因的已知库 | 在763个肌纤维中，仅有171个细胞达到质量控制最优标准，样本利用率较低，可能影响统计效力 | 探索全细胞流式分选方法在单一肌肉类型单细胞RNA测序中的应用，以生成深度表达谱并识别纤维类型特异性基因 | 小鼠快肌屈趾短肌的完整和碎片化骨骼肌肌纤维 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式分选 | NA | RNA测序数据 | 763个完整和碎片化肌纤维，其中171个通过质量控制 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 10 | 2026-03-06 |
Testicular germ cell tumors arise in the absence of sex-specific differentiation
2021-05-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.197111
PMID:33912935
|
研究论文 | 本研究探讨了睾丸生殖细胞肿瘤的起源机制，发现NANOS2缺失导致生殖细胞无法进行性别特异性分化，从而驱动肿瘤发生 | 揭示了NANOS2作为关键内在因子，在连接遗传风险因素与肿瘤易感性中的核心作用，并首次通过单细胞RNA测序和谱系追踪证明胚胎癌细胞仅来源于NANOS2缺失的生殖细胞 | 研究基于小鼠模型（129.MOLF-Chr19），可能不完全反映人类睾丸生殖细胞肿瘤的复杂性 | 探究睾丸生殖细胞肿瘤的起始机制，特别是性别特异性分化失败在肿瘤发生中的作用 | 小鼠睾丸生殖细胞，包括NANOS2缺失的生殖细胞和胚胎癌细胞 | 生殖生物学与肿瘤学 | 睾丸生殖细胞肿瘤 | 单细胞RNA测序，谱系追踪实验 | NA | RNA测序数据 | 使用129.MOLF-Chr19小鼠模型和NANOS2报告等位基因 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 11 | 2026-03-02 |
Identification of EMT signaling cross-talk and gene regulatory networks by single-cell RNA sequencing
2021-05-11, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2102050118
PMID:33941680
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了TGF-β1诱导的MCF10A细胞上皮-间质转化过程，揭示了EMT信号通路的交叉调控和基因调控网络 | 利用单细胞RNA测序和伪时间聚类重建，首次在单细胞水平上揭示了EMT过程中信号通路的顺序和并行激活模式，并识别了关键的NOTCH信号通路作为TGF-β诱导EMT的主要驱动因素 | 研究仅基于MCF10A细胞系模型，未在体内或更多细胞类型中验证，且单细胞测序技术本身存在技术噪音和批次效应等局限性 | 探究上皮-间质转化过程中的信号通路交叉调控机制和基因调控网络 | MCF10A细胞系在TGF-β1刺激下经历EMT的过程 | 单细胞组学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | 伪时间聚类分析、随机电路扰动方法 | 单细胞转录组数据 | 未明确指定样本数量，但基于MCF10A细胞系进行单细胞测序 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 12 | 2026-03-02 |
Single Molecule-Based fliFISH Validates Radial and Heterogeneous Gene Expression Patterns in Pancreatic Islet β-Cells
2021-05, Diabetes
IF:6.2Q1
DOI:10.2337/db20-0802
PMID:33685924
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研究论文 | 本研究利用fliFISH技术在单个细胞水平上量化小鼠胰岛切片中的转录本，验证了胰岛β细胞中基因表达的径向和异质性模式 | 采用fliFISH技术克服了scRNA-Seq在检测低丰度转录本和空间组织信息方面的局限性，首次在完整胰岛的空间背景下评估转录异质性 | 研究仅聚焦于小鼠胰岛，未涉及人类样本或其他物种；分析的基因数量有限，可能未全面覆盖胰岛β细胞的异质性 | 验证胰岛β细胞中基因表达的异质性模式，并探索其空间组织与细胞成熟状态的关系 | 小鼠胰岛β细胞 | 数字病理学 | NA | fliFISH（基于波动定位成像的荧光原位杂交） | NA | 图像 | 未明确指定样本数量，但涉及单个胰岛的多个细胞 | NA | 单细胞RNA测序（作为比较技术提及），但主要使用fliFISH | NA | NA |
| 13 | 2025-10-06 |
Systematic determination of the mitochondrial proportion in human and mice tissues for single-cell RNA-sequencing data quality control
2021-05-17, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btaa751
PMID:32840568
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研究论文 | 系统分析人类和小鼠组织中线粒体比例，为单细胞RNA测序数据质量控制提供新参考值 | 首次系统评估跨物种、组织和细胞类型的线粒体比例阈值，提出针对不同组织的特异性参考值 | 分析基于公开数据库数据，未进行实验验证 | 改进单细胞RNA测序数据质量控制中线粒体比例阈值的准确性 | 人类和小鼠组织中的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 5,530,106个细胞，来自1349个注释数据集 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 14 | 2025-10-06 |
A stony coral cell atlas illuminates the molecular and cellular basis of coral symbiosis, calcification, and immunity
2021-05-27, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.04.005
PMID:33945788
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术构建了石珊瑚细胞图谱，揭示了珊瑚共生、钙化和免疫的分子细胞基础 | 首次系统性定义了石珊瑚生命周期中的40多种细胞类型，发现了特化免疫细胞，并同时测量了珊瑚细胞与其内共生藻类的转录组 | 研究主要聚焦于Stylophora pistillata物种，结果在其他珊瑚物种中的普适性需要进一步验证 | 阐明造礁石珊瑚生物学功能的分子和细胞机制 | 石珊瑚Stylophora pistillata及其生命周期中的各种细胞类型 | 单细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 覆盖Stylophora pistillata整个生命周期的细胞样本 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 15 | 2025-10-06 |
Double-jeopardy: scRNA-seq doublet/multiplet detection using multi-omic profiling
2021-05-24, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2021.100008
PMID:34278374
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研究论文 | 提出一种利用多组学数据检测scRNA-seq中双联体/多联体的机器学习方法 | 首次结合VDJ-seq和CITE-seq等多组学信息，通过识别混合液滴的转录特征来检测异型和同型双联体/多联体 | 在炎症细胞为主的scRNA-seq样本中表现良好，但在其他类型样本中的适用性未验证 | 开发高灵敏度和特异性的scRNA-seq双联体/多联体检测方法 | 单细胞RNA测序数据中的双联体和多联体 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序, VDJ测序, CITE测序 | 机器学习 | 单细胞转录组数据, 多组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 单细胞多组学 | NA | NA |
| 16 | 2025-10-06 |
CDSeqR: fast complete deconvolution for gene expression data from bulk tissues
2021-May-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04186-5
PMID:34030626
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研究论文 | 开发了CDSeqR——一个快速完整的基因表达数据反卷积R包，用于从批量组织中估计细胞类型比例和细胞类型特异性基因表达谱 | 显著提高了计算效率和内存使用，新增了基于单细胞RNA测序数据的细胞类型注释功能 | NA | 开发计算工具用于从批量RNA测序数据中反卷积细胞类型组成和基因表达谱 | 批量组织RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | RNA测序 | 反卷积算法 | 基因表达数据 | 使用合成数据、真实细胞混合物以及TCGA和GTEx项目的真实批量RNA-seq数据进行验证 | NA | bulk RNA-seq, single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 17 | 2025-10-06 |
Coordinated changes in cellular behavior ensure the lifelong maintenance of the hippocampal stem cell population
2021-05-06, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.01.003
PMID:33581058
|
研究论文 | 本研究揭示了海马体神经干细胞数量在成年期稳定的细胞行为协调机制 | 发现干细胞行为从快速分化向浅层静止状态转变的协调变化机制，以及ASCL1蛋白降解在其中的关键作用 | 主要基于小鼠模型研究，人类相关机制需要进一步验证 | 探究海马体神经干细胞数量终身维持的细胞机制 | 海马体神经干细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学、建模分析、标记保留分析 | NA | 基因表达数据、细胞行为数据 | 小鼠海马体神经干细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 18 | 2025-10-06 |
scRNA Transcription Profile of Adult Zebrafish Podocytes Using a Novel Reporter Strain
2021-May-05, Cellular physiology and biochemistry : international journal of experimental cellular physiology, biochemistry, and pharmacology
IF:2.5Q2
DOI:10.33594/000000366
PMID:33945241
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研究论文 | 利用新型转基因斑马鱼报告品系进行成年斑马鱼足细胞的单细胞RNA测序分析 | 开发了表达podocin启动子驱动荧光报告基因的转基因斑马鱼，首次实现了斑马鱼足细胞的在体可视化和分离 | 研究仅限于正常状态下的斑马鱼足细胞，未涉及疾病或损伤模型 | 鉴定维持足细胞完整性的分子标记物，为肾脏发育和疾病研究提供基础 | 转基因斑马鱼的足细胞 | 单细胞组学 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序，光片显微镜技术 | NA | 单细胞转录组数据，荧光成像数据 | 转基因斑马鱼报告品系分离的足细胞 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 19 | 2025-10-06 |
Acoel Single-Cell Transcriptomics: Cell Type Analysis of a Deep Branching Bilaterian
2021-05-04, Molecular biology and evolution
IF:11.0Q1
DOI:10.1093/molbev/msaa333
PMID:33355655
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析原始两侧对称动物Isodiametra pulchra的细胞类型 | 首次在原始两侧对称动物门类中系统鉴定细胞类型，并发现大量谱系特异性标记基因 | 仅研究单一物种，未进行跨物种比较验证 | 探索两侧对称动物细胞类型的演化起源 | 原始两侧对称动物Isodiametra pulchra | 单细胞生物学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 全生物体单细胞 | NA | single-cell RNA-seq | NA | NA |
| 20 | 2025-10-06 |
A biomechanical switch regulates the transition towards homeostasis in oesophageal epithelium
2021-05, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-021-00679-w
PMID:33972733
|
研究论文 | 本研究揭示了小鼠食管上皮细胞通过机械应变调控向稳态过渡的机制 | 发现器官水平机械应变积累引导上皮稳态建立，并鉴定出KLF4阳性基底细胞群在YAP依赖方式下平衡细胞增殖 | 研究仅限于小鼠食管上皮模型，尚未验证其他组织或物种的普适性 | 探索上皮细胞行为适应组织需求的调控机制 | 小鼠食管上皮细胞 | 生物力学 | NA | 单细胞RNA测序, 全器官拉伸实验 | NA | 基因表达数据, 生物力学数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |