单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-09	SSRE: Cell Type Detection Based on Sparse Subspace Representation and Similarity Enhancement 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.09.004 PMID:33647482	研究论文	本文提出了一种基于稀疏子空间表示和相似性增强的单细胞聚类框架SSRE，用于提高细胞类型识别的准确性	SSRE通过子空间假设建模细胞间关系，并生成细胞间相似性的稀疏表示，同时结合基因选择和增强策略提高相似性度量的有效性	NA	提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	稀疏子空间表示	基因表达数据	测试了十个真实单细胞RNA测序数据集和五个模拟数据集
122	2024-08-09	Cellular plasticity balances the metabolic and proliferation dynamics of a regenerating liver 2021-04, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.267013.120 PMID:33649154	研究论文	本文通过部分肝切除术（PHx）结合单细胞转录组学，追踪了小鼠肝脏再生过程中约22,000个肝细胞的细胞转变和异质性	研究发现，在PHx后，一部分肝细胞暂时重新激活早期新生儿样的基因表达程序以增殖，而另一部分代谢高度活跃的细胞似乎补偿了肝脏功能的任何暂时性缺陷	NA	探讨成年肝脏在再生过程中如何维持其特化功能	小鼠肝脏再生过程中的细胞转变和异质性	NA	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	约22,000个肝细胞
123	2024-08-09	COVID-19 immune features revealed by a large-scale single-cell transcriptome atlas 2021-04-01, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.01.053 PMID:33657410	research paper	本文通过大规模单细胞转录组图谱揭示了COVID-19患者的免疫特征	首次应用单细胞RNA测序技术分析了大量COVID-19患者样本，构建了详细的免疫景观图谱	NA	深入理解COVID-19的病理机制并开发有效的治疗策略	COVID-19患者的免疫细胞及其转录组变化	digital pathology	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	284个样本，来自196名COVID-19患者和对照组
124	2024-08-09	Direct Comparative Analyses of 10X Genomics Chromium and Smart-seq2 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.02.005 PMID:33662621	研究论文	本文通过比较10X Genomics Chromium和Smart-seq2两种单细胞RNA测序平台在相同CD45细胞样本上的数据，系统评估了它们的特点	首次系统比较了10X Genomics Chromium和Smart-seq2两种单细胞RNA测序平台的优势和局限性	研究仅限于CD45细胞样本，可能无法完全代表所有细胞类型的表现	旨在深入理解10X Genomics Chromium和Smart-seq2两种单细胞RNA测序平台的特点，并为选择合适的平台提供依据	10X Genomics Chromium和Smart-seq2两种单细胞RNA测序平台	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	相同CD45细胞样本
125	2024-08-09	Bardet-Biedl syndrome proteins regulate intracellular signaling and neuronal function in patient-specific iPSC-derived neurons 2021-04-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI146287 PMID:33630762	研究论文	研究使用患者特异性诱导多能干细胞衍生的神经元模型，探讨Bardet-Biedl综合征蛋白在细胞内信号传导和神经功能中的作用	通过单细胞RNA测序和CRISPR基因编辑技术，揭示了BBS1和BBS10突变对胰岛素信号传导和瘦素信号的影响，并展示了通过基因校正恢复信号传导的可能性	研究主要集中在BBS1和BBS10突变的影响，其他BBS基因突变的影响未被探讨	探究Bardet-Biedl综合征在人类中的分子基础及其对肥胖的影响	Bardet-Biedl综合征患者的诱导多能干细胞衍生的下丘脑弓状核样神经元	细胞生物学	遗传性疾病	单细胞RNA测序, CRISPR基因编辑	NA	RNA	涉及BBS1M390R和BBS10C91fsX95突变的神经元样本
126	2024-08-09	White matter aging drives microglial diversity 2021-04-07, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2021.01.027 PMID:33606969	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了衰老过程中白质和灰质的微胶质细胞反应	首次鉴定了与白质相关的微胶质细胞（WAMs），这些细胞具有疾病相关微胶质细胞（DAM）基因特征的一部分，并涉及吞噬活性和脂质代谢相关基因的激活	NA	探究衰老过程中白质和灰质的微胶质细胞特定反应	白质和灰质的微胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
127	2024-08-09	Oxidized phosphatidylcholines found in multiple sclerosis lesions mediate neurodegeneration and are neutralized by microglia 2021-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-021-00801-z PMID:33603230	研究论文	本文报道了多发性硬化症（MS）病变中的氧化磷脂酰胆碱（OxPCs）作为神经退行性的强力驱动因素，并指出微胶质细胞通过TREM2受体介导的清除作用可以中和OxPCs，从而防止神经退行性。	首次发现OxPCs在MS病变中作为神经退行性的强力驱动因素，并提出通过增强微胶质细胞介导的OxPC清除作用来预防神经退行性。	NA	识别并中和多发性硬化症中促进神经退行性的机制。	多发性硬化症病变中的氧化磷脂酰胆碱（OxPCs）及其对神经退行性的影响。	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及培养的神经元和少突胶质细胞，以及小鼠脊髓病变组织。
128	2024-08-09	Decoding Cortical Glial Cell Development 2021-Apr, Neuroscience bulletin IF:5.9Q1 DOI:10.1007/s12264-021-00640-9 PMID:33606177	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序和交叉谱系分析，揭示了小鼠皮质放射状胶质细胞（RGCs）在胚胎晚期发育过程中生成皮质少突胶质细胞、星形胶质细胞和嗅球GABA能中间神经元的过程	首次展示了在E16.5左右，新皮质RGCs开始生成ASCL1EGFR顶端多能中间前体细胞（MIPCs），这些细胞随后分化为表达ASCL1、EGFR、OLIG2和MKI67的基底MIPCs，这些基底MIPCs通过多次分裂生成大部分皮质少突胶质细胞和星形胶质细胞以及嗅球中间神经元的一个亚群	NA	揭示皮质放射状胶质细胞谱系进展的过程以及皮质星形胶质细胞和少突胶质细胞的发育起源	小鼠皮质放射状胶质细胞（RGCs）及其生成的细胞亚型	神经科学	NA	单细胞RNA测序，单细胞ATAC测序	NA	基因表达数据	多个单细胞样本
129	2024-08-09	redPATH: Reconstructing the Pseudo Development Time of Cell Lineages in Single-cell RNA-seq Data and Applications in Cancer 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.06.014 PMID:33607293	研究论文	本研究开发了一种名为redPATH的计算方法，用于通过共识非对称哈密顿路径算法重建单细胞RNA测序数据中的细胞谱系伪发育时间，并应用于癌症研究	redPATH方法通过共识非对称哈密顿路径算法重建细胞谱系的伪发育时间，并开发了一种新的可视化方法来展示轨迹发展，为生物学提供了新的见解	NA	开发和验证一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的细胞谱系伪发育时间	单细胞RNA测序数据中的细胞谱系及其在癌症中的应用	生物信息学	脑瘤	单细胞RNA测序	共识非对称哈密顿路径算法	单细胞转录组数据	多个神经干细胞和癌症数据集以及其他单细胞转录组数据
130	2024-08-09	Progress toward improved understanding of antibody maturation 2021-04, Current opinion in structural biology IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.sbi.2020.11.008 PMID:33610066	综述	本文综述了抗体成熟研究的四个领域的最新进展	利用下一代和单细胞测序技术，结合计算方法和机器学习工具，对抗体库进行分析；通过X射线结构、热力学和动力学数据以及分子动力学模拟，深入了解提高亲和力的生物物理机制；研究了亲和力无关的多样性和自我/非自我识别机制；体内成熟结果有助于开发体外成熟方法，以改善治疗性抗体特性	NA	旨在深入理解抗体成熟过程及其在免疫系统中的功能	抗体成熟过程中的生物物理机制和免疫系统功能	生物信息学	NA	下一代测序、单细胞测序、X射线晶体学、分子动力学模拟	机器学习工具	序列数据、结构数据、动力学数据	NA
131	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing of preadipocytes reveals the cell fate heterogeneity induced by melatonin 2021-Apr, Journal of pineal research IF:8.3Q1 DOI:10.1111/jpi.12725 PMID:33621367	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了正常和褪黑素处理的前脂肪细胞的转录组，揭示了褪黑素诱导的细胞命运异质性	首次探讨了褪黑素对前脂肪细胞异质性的影响，并通过单细胞RNA测序技术揭示了细胞亚群的分子特征和分化轨迹	研究主要集中在体外和动物模型上，需要进一步的人体试验验证褪黑素的效应	探讨褪黑素对前脂肪细胞异质性的影响及其在肥胖治疗中的潜在作用	正常和褪黑素处理的前脂肪细胞	数字病理学	肥胖症	单细胞RNA测序	tSNE分析	转录组	25,071个前脂肪细胞的转录组
132	2024-08-09	Linear-time cluster ensembles of large-scale single-cell RNA-seq and multimodal data 2021-04, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.267906.120 PMID:33627473	研究论文	本文提出了一种名为Specter的方法，用于大规模单细胞RNA测序和多模态数据的线性时间聚类集成	Specter方法采用并扩展了最近在（快速）谱聚类中的算法进展，通过使用地标点创建完整数据的稀疏表示，从而在计算谱嵌入时实现线性时间复杂度	NA	旨在解决单细胞RNA测序数据分析中，由于数据量大而导致的算法可扩展性和数据量之间的矛盾	单细胞RNA测序数据和多模态数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	谱聚类	基因表达数据	数百万个细胞
133	2024-08-09	Single-Cell RNA Sequencing of the Adult Mammalian Heart-State-of-the-Art and Future Perspectives 2021-04, Current heart failure reports IF:3.8Q1 DOI:10.1007/s11897-021-00504-3 PMID:33629280	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在成年哺乳动物心脏研究中的应用现状及未来展望	scRNA-seq技术的发展为研究健康与疾病心脏的转录异质性提供了新工具，有助于揭示心力衰竭（HF）的发病和进展的分子机制	NA	探讨scRNA-seq在心血管疾病研究中的应用，以期开发新的改进疗法	成年哺乳动物心脏的单细胞RNA测序	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及小鼠和人类心脏样本
134	2024-08-09	Targeting PIM1-Mediated Metabolism in Myeloid Suppressor Cells to Treat Cancer 2021-04, Cancer immunology research IF:8.1Q1 DOI:10.1158/2326-6066.CIR-20-0433 PMID:33579728	研究论文	本文通过单细胞RNA测序分析双侧肿瘤模型，发现免疫抑制性髓系细胞在免疫检查点阻断（ICB）耐药个体中占主导地位，并揭示了PIM1激酶通过PPARγ介导的活性调节脂质氧化代谢的新作用。	本文首次揭示了PIM1激酶在调节髓源抑制细胞（MDSC）脂质氧化代谢中的作用，并证明了PIM1抑制剂AZD1208在临床前癌症模型中增强PD-L1阻断的效果。	NA	研究PIM1激酶在髓源抑制细胞中的代谢调节作用及其在免疫检查点阻断耐药中的治疗潜力。	髓源抑制细胞（MDSC）、PIM1激酶、免疫检查点阻断（ICB）耐药机制。	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	双侧肿瘤模型中的免疫细胞
135	2024-08-09	High expression of SARS-CoV-2 entry factors in human conjunctival goblet cells 2021-04, Experimental eye research IF:3.0Q1 DOI:10.1016/j.exer.2021.108501 PMID:33600811	研究论文	本文通过单细胞测序技术研究了人结膜中SARS-CoV-2进入因子的高表达情况，特别是在杯状细胞中的ACE2和TMPRSS2的共表达	首次揭示了人结膜杯状细胞中ACE2和TMPRSS2的高共表达，以及这些细胞在免疫过程中的基因表达	NA	探讨SARS-CoV-2感染建立过程中结膜细胞类型的识别	人结膜中的ACE2和TMPRSS2表达	NA	COVID-19	单细胞测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
136	2024-08-09	Integrative analyses of scRNA-seq and scATAC-seq reveal CXCL14 as a key regulator of lymph node metastasis in breast cancer 2021-04-27, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddab042 PMID:33564857	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和单细胞ATAC测序技术，分析了乳腺癌原发肿瘤、阴性淋巴结和阳性淋巴结的转录组和染色质可及性，揭示了CXCL14在乳腺癌淋巴结转移中的关键作用	首次发现CXCL14在乳腺癌阳性淋巴结中异常高表达，并验证了其在淋巴结转移中的重要作用	样本量较小，需要进一步的大规模研究验证	揭示乳腺癌淋巴结转移的细胞和分子机制	乳腺癌原发肿瘤、阴性淋巴结和阳性淋巴结的单细胞转录组和染色质可及性	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序	NA	转录组数据、染色质可及性数据	55名乳腺癌患者
137	2024-08-09	MicroRNA-21-Dependent Macrophage-to-Fibroblast Signaling Determines the Cardiac Response to Pressure Overload 2021-04-13, Circulation IF:35.5Q1 DOI:10.1161/CIRCULATIONAHA.120.050682 PMID:33550817	研究论文	本研究探讨了微小RNA-21（miR-21）在心脏巨噬细胞中的作用及其对心脏重塑的影响	首次揭示了miR-21在心脏巨噬细胞中的高表达及其在心脏重塑中的关键作用	NA	确定心脏巨噬细胞中miR-21在心肌稳态和疾病相关重塑中的功能	心脏巨噬细胞和心脏纤维母细胞	NA	心血管疾病	小RNA测序	NA	单细胞测序数据	使用Cx3cr1-Cre驱动的miR-21特异性敲除小鼠进行研究
138	2024-08-09	Analysis of classical neutrophils and polymorphonuclear myeloid-derived suppressor cells in cancer patients and tumor-bearing mice 2021-04-05, The Journal of experimental medicine IF:12.6Q1 DOI:10.1084/jem.20201803 PMID:33566112	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序、细胞质谱、流式细胞术和功能分析，研究了癌症中多形核中性粒细胞（PMNs）的异质性，并描述了肿瘤携带小鼠中的三种PMN群体：经典PMNs、多形核髓源性抑制细胞（PMN-MDSCs）和具有强大免疫抑制活性的活化PMN-MDSCs。	首次详细描述了肿瘤携带小鼠中PMN-MDSCs的动态变化及其在癌症患者中的基因特征，并提供了PMN-MDSCs作为独特PMN群体的证据。	NA	研究癌症中多形核中性粒细胞的异质性及其在肿瘤进展中的作用。	肿瘤携带小鼠和癌症患者中的多形核中性粒细胞。	数字病理学	癌症	单细胞RNA测序、细胞质谱、流式细胞术	NA	细胞	肿瘤携带小鼠和癌症患者的外周血样本
139	2024-08-09	Single Cell Omics for Musculoskeletal Research 2021-04, Current osteoporosis reports IF:4.2Q1 DOI:10.1007/s11914-021-00662-2 PMID:33559841	综述	本文综述了单细胞组学技术在肌肉骨骼组织发育和疾病研究中的应用	介绍了单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)和飞行时间流式细胞术(CyTOF)等新兴技术	数据收集相对容易，但如何获取和解读数据对许多科学家来说仍是一个挑战	教育肌肉骨骼研究社区如何利用单细胞技术解答研究问题并推动转化研究	肌肉骨骼组织的发育和疾病	NA	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)、转座酶可及染色质测序(ATAC-seq)、飞行时间流式细胞术(CyTOF)	NA	转录组、表观基因组和蛋白质组	NA
140	2024-08-09	Endothelium-derived stromal cells contribute to hematopoietic bone marrow niche formation 2021-04-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.01.006 PMID:33561425	研究论文	本文揭示了来源于内皮细胞的骨髓基质细胞在骨髓微环境形成中的作用	首次鉴定出在人类胎儿和再生骨髓中表达内皮和基质标记物的稀有LNGFR细胞，并证明这些细胞通过内皮间质转化（EndoMT）产生多能基质细胞，这些细胞在移植后能够重建骨髓微环境	NA	探讨骨髓基质细胞的起源及其在骨髓微环境形成中的作用	人类胎儿和再生骨髓中的LNGFR细胞	NA	NA	单细胞转录组学和谱系追踪	NA	转录组数据	NA