单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 171 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-09 |
BABEL enables cross-modality translation between multiomic profiles at single-cell resolution
2021-04-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2023070118
PMID:33827925
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BABEL的深度学习方法，能够在单细胞水平上实现转录组和染色质可及性数据之间的跨模态转换 | BABEL利用互操作神经网络模型，能够在只有一种模态实验数据可用时，计算合成配对的多组学测量数据 | NA | 开发一种方法，在单细胞水平上实现多组学数据之间的跨模态转换 | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据和单细胞染色质可及性测序数据 | 涉及人类和小鼠的多个配对单细胞ATAC和基因表达数据集 |
| 82 | 2024-08-09 |
scConsensus: combining supervised and unsupervised clustering for cell type identification in single-cell RNA sequencing data
2021-Apr-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04028-4
PMID:33845760
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scConsensus的框架，结合监督和非监督聚类方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | scConsensus通过整合非监督和监督聚类方法的结果，并利用差异表达基因来优化共识聚类，提高了细胞类型识别的准确性和精确性 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括多个现有的单细胞RNA测序数据集，例如分选的PBMC亚群数据 |
| 83 | 2024-08-09 |
Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq
2021-04-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.63632
PMID:33835024
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TEA-seq的新型单细胞测序技术，能够同时测量转录组、表位和染色质可及性 | TEA-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时测量转录组、表位和染色质可及性，填补了现有技术在表观遗传信息方面的空白 | NA | 开发一种能够同时测量单细胞转录组、表位和染色质可及性的新技术，以更好地理解细胞异质性和基因调控 | 人类外周血中的细胞 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 数千个单细胞 |
| 84 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals the mesangial identity and species diversity of glomerular cell transcriptomes
2021-04-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22331-9
PMID:33837218
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序技术分析了人及小鼠肾脏的肾小球相关细胞的转录组 | 首次系统地比较了人及小鼠肾脏中四种肾小球细胞类型的基因表达程序，并发现了肾小球相关细胞的异质性 | NA | 揭示肾小球细胞的分子特征，促进对器官功能及生物医学研究转化方面的理解 | 人及小鼠肾脏中的肾小球相关细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4332个来自人活体供体肾活检及小鼠肾脏的肾小球相关细胞 |
| 85 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing identifies IGFBP5 and QKI as ciliated epithelial cell genes associated with severe COPD
2021-Apr-06, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-021-01675-2
PMID:33823868
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了严重慢性阻塞性肺病（COPD）患者和健康对照组的肺组织细胞，以确定细胞特异性的转录组变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术在细胞水平上识别与COPD严重程度相关的基因，特别是发现IGFBP5和QKI在纤毛上皮细胞中的表达变化 | 研究样本量较小，仅包括3名COPD患者和3名健康对照 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别与COPD严重程度相关的细胞特异性转录组变化 | 严重COPD患者的肺组织细胞和健康对照组的肺组织细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 29,961个细胞，包括3名COPD患者和3名健康对照 |
| 86 | 2024-08-09 |
Correction to: Single-cell transcriptome conservation in a comparative analysis of fresh and cryopreserved human skin tissue: pilot in localized scleroderma
2021-Apr-06, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-021-02490-2
PMID:33823906
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-09 |
Single-cell resolution of lineage trajectories in the Arabidopsis stomatal lineage and developing leaf
2021-04-05, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.03.014
PMID:33823130
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学和分子遗传学方法，揭示了拟南芥叶片组织中的细胞分化模型，并探讨了气孔系谱和叶片发育中的细胞命运协调问题。 | 通过单细胞分辨率解析了早期阶段的细胞异质性，并提供了保卫细胞分化的精细轮廓，同时发现了转录调控因子SPEECHLESS在强化细胞命运承诺中的扩展作用。 | NA | 探讨拟南芥叶片气孔系谱和发育过程中的细胞命运协调机制。 | 拟南芥叶片组织中的细胞分化和气孔系谱的细胞命运。 | 分子遗传学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 |
| 88 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals dynamic change in tumor microenvironment during pancreatic ductal adenocarcinoma malignant progression
2021-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103315
PMID:33819739
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术揭示了胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境的动态变化 | 定义了几种新的Treg和耗竭T细胞标志基因，并发现了一种新的癌症相关成纤维细胞亚型（补体分泌型CAFs） | NA | 旨在描绘胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境成分的动态变化 | 胰腺导管腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11个样本（4个PDAC I期，4个PDAC II期，3个PDAC III期） |
| 89 | 2024-08-09 |
Immune cells lacking Y chromosome show dysregulation of autosomal gene expression
2021-Apr, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-021-03822-w
PMID:33837451
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研究论文 | 研究探讨了白细胞中Y染色体缺失（LOY）对常染色体基因表达的调控影响 | 发现了LOY相关的转录效应（LATE），涉及约500个常染色体基因在LOY白细胞中的失调，挑战了Y染色体作为“遗传荒地”的观点 | NA | 探究LOY对常染色体基因表达的影响及其与疾病风险的关联 | 白细胞中的DNA和RNA | NA | 阿尔茨海默病，前列腺癌 | RNA测序 | NA | DNA，RNA | 多个个体和不同类型的细胞 |
| 90 | 2024-08-09 |
DNA methylation patterns expose variations in enhancer-chromatin modifications during embryonic stem cell differentiation
2021-04, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009498
PMID:33844685
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研究论文 | 研究通过顺序ChIP-bisulfite测序技术，分析了小鼠胚胎干细胞分化过程中H3K4me1和H3K27ac组蛋白标记的增强子DNA甲基化模式变化 | 首次揭示了在胚胎干细胞分化过程中，H3K4me1标记的核小体中CpG甲基化的全局增加，以及这种增加与增强子区域和转录起始位点甲基化的异质性相关 | NA | 探究胚胎干细胞分化过程中增强子-染色质修饰的DNA甲基化模式变化 | 小鼠胚胎干细胞分化过程中的增强子DNA甲基化 | 表观遗传学 | NA | ChIP-bisulfite测序 | NA | DNA甲基化数据 | NA |
| 91 | 2024-08-09 |
Independence of chromatin conformation and gene regulation during Drosophila dorsoventral patterning
2021-04, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00799-x
PMID:33795866
|
研究论文 | 本文研究了果蝇胚胎背腹模式形成过程中染色质结构与基因调控的独立性 | 提供了染色质组织与背腹基因表达独立性的证据，并发现组织特异性染色质状态和基因表达下，染色质组织在组织间基本保持不变 | 未明确说明基因表达和染色质状态是否驱动染色质组织，或染色质组织变化是否促进细胞类型特异性基因表达激活 | 探究染色质组织与基因调控之间的关系 | 果蝇胚胎的背腹模式形成 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 未明确说明具体样本数量 |
| 92 | 2024-08-09 |
New dog, old tricks: Developmental programs resurface in inflammation
2021-04-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.03.007
PMID:33798418
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术研究人类皮肤中的细胞状态和基因程序，揭示了皮肤病中可能促进炎症病理的胎儿程序 | 首次在人类皮肤中发现并定义了与皮肤病相关的胎儿基因程序 | NA | 研究人类皮肤中的细胞状态和基因程序，特别是在皮肤病中的表现 | 人类皮肤细胞及其在皮肤病中的基因表达 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 93 | 2024-08-09 |
Targeted Single-Cell RNA-seq Identifies Minority Cell Types of Kidney Distal Nephron
2021-Apr, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020101407
PMID:33769948
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研究论文 | 本文通过结合FACS富集协议与单细胞RNA测序技术，分析了小鼠肾小管远端区域的9099个细胞的转录组，揭示了远端肾小管细胞的多样性 | 首次通过单细胞转录组学揭示了小鼠远端肾小管细胞的意外多样性，并识别了DCT1和DCT2细胞及其亚群 | NA | 研究小鼠肾小管远端区域的细胞类型及其功能 | 小鼠肾小管远端区域的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 9099个细胞 |
| 94 | 2024-08-09 |
A human ACTH-secreting corticotroph tumoroid model: Novel Human ACTH-Secreting Tumor Cell in vitro Model
2021-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103294
PMID:33773184
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的人类ACTH分泌性皮质瘤细胞体外模型，用于研究库欣病。 | 开发了一种能够持续分泌ACTH的人类皮质瘤细胞体外模型，为库欣病的转化研究提供了新的工具。 | NA | 旨在开发一种有效的体外模型，用于研究库欣病及其治疗方法。 | 人类皮质瘤细胞及其在体外环境中的ACTH分泌特性。 | 数字病理学 | 库欣病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 4个手术切除的肿瘤样本 |
| 95 | 2024-08-09 |
User-friendly, scalable tools and workflows for single-cell RNA-seq analysis
2021-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01102-w
PMID:33782609
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-09 |
Single-cell profiling of myeloid cells in glioblastoma across species and disease stage reveals macrophage competition and specialization
2021-04, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-020-00789-y
PMID:33782623
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序和CITE-seq技术，研究了胶质母细胞瘤中髓系细胞的多样性和动态变化，特别是在不同物种和疾病阶段中的巨噬细胞竞争和特化现象 | 首次揭示了胶质母细胞瘤中髓系细胞的复杂景观，包括树突状细胞和巨噬细胞的跨物种和疾病阶段的动态变化 | NA | 探究胶质母细胞瘤中髓系细胞的动态变化及其在疾病进展中的作用 | 胶质母细胞瘤中的髓系细胞 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序, CITE-seq | NA | RNA | 包括小鼠肿瘤和初诊或复发的患者样本 |
| 97 | 2024-08-09 |
Correction for New perspectives of the cardiac cellular landscape: mapping cellular mediators of cardiac fibrosis using single-cell transcriptomics
2021-04-30, Biochemical Society transactions
IF:3.8Q2
DOI:10.1042/BST-2019-1255C_COR
PMID:33729456
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-09 |
Obesity results in adipose tissue T cell exhaustion
2021-04-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.139793
PMID:33724954
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研究论文 | 研究探讨了肥胖如何影响脂肪组织T细胞的功能，发现肥胖的脂肪组织T细胞表现出炎症特性受损和T细胞耗竭的特征。 | 首次揭示了肥胖脂肪组织T细胞的功能特异性，以及肥胖通过环境因素和细胞内在因素导致T细胞功能障碍的机制。 | 研究主要集中在小鼠和人类样本上，可能需要进一步的临床研究来验证这些发现。 | 旨在理解肥胖如何影响适应性免疫系统，特别是脂肪组织T细胞的功能。 | 研究对象包括小鼠和人类的脂肪组织T细胞及其在肥胖状态下的功能变化。 | NA | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括小鼠和人类的脂肪组织样本 |
| 99 | 2024-08-09 |
A single-cell analysis of the Arabidopsis vegetative shoot apex
2021-04-05, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.02.021
PMID:33725481
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，对拟南芥营养茎顶端进行了转录组水平的细胞分类学分析 | 本文首次在单细胞分辨率下定义了拟南芥营养茎顶端的细胞分类学，并揭示了表皮细胞、维管组织和叶肉细胞的细胞周期连续性和发育轨迹 | NA | 研究植物细胞分裂和分化的基本原理 | 拟南芥营养茎顶端的细胞 | 植物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个广泛细胞群体和23个转录上不同的细胞集群 |
| 100 | 2024-08-09 |
The AIM2 inflammasome exacerbates atherosclerosis in clonal haematopoiesis
2021-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03341-5
PMID:33731931
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研究论文 | 本文研究了AIM2炎症小体在克隆性造血引起的动脉粥样硬化中的作用 | 首次揭示了AIM2炎症小体在JAK2突变导致的动脉粥样硬化中的作用，并提出针对特定炎症小体和白细胞介素-1β的治疗策略 | NA | 探讨AIM2炎症小体在克隆性造血相关动脉粥样硬化中的作用及其机制 | 小鼠模型中的动脉粥样硬化病变 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |