单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 171 篇文献，本页显示第 81 - 100 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics identifies gene expression networks driving differentiation and tumorigenesis in the human fallopian tube
2021-04-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.108978
PMID:33852846
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了12个正常输卵管样本中的约53,000个细胞，揭示了输卵管上皮的细胞组成和分化轨迹，并识别出高级别浆液性卵巢癌的可能前体细胞状态 | 首次详细描绘了人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化轨迹，并确定了高级别浆液性卵巢癌的一个潜在前体细胞状态 | NA | 揭示人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化过程，并探索高级别浆液性卵巢癌的细胞起源 | 人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化过程 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 约53,000个细胞来自12个正常输卵管样本 | NA | NA | NA | NA |
| 82 | 2024-08-09 |
Complement C5a promotes antigen cross-presentation by Peyer's patch monocyte-derived dendritic cells and drives a protective CD8+ T cell response
2021-04-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.108995
PMID:33852847
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研究论文 | 本研究探讨了补体片段C5a在Peyer's patch中通过单核细胞衍生的树突状细胞促进抗原交叉呈递，并驱动保护性CD8+ T细胞反应的机制 | 首次揭示了C5a通过C5aR LysoDCs增加活性氧水平，从而有效促进抗原交叉呈递和特异性CD8 T细胞反应 | NA | 探索C5a在黏膜适应性免疫诱导中的作用及其调控CD8 T细胞反应的机制 | Peyer's patch中的C5aR LysoDCs及其在CD8 T细胞免疫诱导中的作用 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | C5缺陷小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-08-09 |
Uncovering transcriptional dark matter via gene annotation independent single-cell RNA sequencing analysis
2021-04-12, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22496-3
PMID:33846360
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研究论文 | 本文介绍了一种新的单细胞RNA测序分析方法，该方法能够在缺乏高质量基因组注释的情况下，发现生物学上相关的转录活性区域 | 开发了一种新的单细胞RNA测序分析流程，能够识别并注释基因组注释范围之外的转录活性区域，从而揭示传统方法无法检测到的生物学信息 | NA | 克服基因组注释不完整的问题，发现新的转录活性区域 | 人类、小鼠、鸡、鼹鼠、狐猴和海胆的基因组 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及多种生物样本，包括人类、小鼠、鸡、鼹鼠、狐猴和海胆 | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-08-09 |
A flexible microfluidic system for single-cell transcriptome profiling elucidates phased transcriptional regulators of cell cycle
2021-04-12, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-86070-z
PMID:33846365
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研究论文 | 本文介绍了一种灵活、成本效益高且用户友好的基于液滴的微流控系统，名为Nadia Instrument，用于单细胞转录组分析，能够在一个运行中捕获约50,000个单细胞或单个细胞核的3' mRNA。 | 该系统展示了高度可重复的液滴大小、低双峰率和高的mRNA捕获效率，并且通过与Nadia Innovate结合，可以转变为一个适应性强的设置，使用不同的缓冲液和条形码珠配置，以促进多样化的应用。 | NA | 展示该系统在不同细胞周期阶段对人和小鼠细胞进行3' mRNA分析的能力，以区分不同的细胞群体并推断潜在的转录调控网络。 | 单细胞转录组分析 | 生物技术 | NA | 微流控技术 | NA | 转录组数据 | 约50,000个单细胞或单个细胞核 | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2024-08-09 |
Investigating Mechanisms of Response or Resistance to Immune Checkpoint Inhibitors by Analyzing Cell-Cell Communications in Tumors Before and After Programmed Cell Death-1 (PD-1) Targeted Therapy: An Integrative Analysis Using Single-cell RNA and Bulk-RNA Sequencing Data
2021-04-02, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2021.1908010
PMID:33868792
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研究论文 | 本研究通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探讨了程序性细胞死亡-1（PD-1）靶向治疗前后肿瘤细胞间通讯的差异，以揭示抗PD-1治疗的响应和耐药机制 | 研究揭示了抗PD-1治疗响应的机制，并提供了改善免疫治疗的潜在策略 | NA | 探讨抗PD-1治疗的响应和耐药机制 | 肿瘤细胞在抗PD-1治疗前后的细胞间通讯 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，批量RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 治疗前后的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-08-09 |
Vascular smooth muscle-derived Trpv1+ progenitors are a source of cold-induced thermogenic adipocytes
2021-04, Nature metabolism
IF:18.9Q1
DOI:10.1038/s42255-021-00373-z
PMID:33846638
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研究论文 | 本文识别了Trpv1血管平滑肌细胞作为先前未被发现的产热脂肪细胞前体细胞，并展示了其在冷暴露下增殖和分化为高度产热脂肪细胞的过程。 | 本文首次发现并证明了Trpv1血管平滑肌细胞作为产热脂肪细胞的新来源。 | NA | 研究冷诱导产热脂肪细胞的确切来源。 | 棕色脂肪组织（BAT）和米色脂肪中的Trpv1血管平滑肌细胞。 | NA | 肥胖和代谢紊乱 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-09 |
CytoTalk: De novo construction of signal transduction networks using single-cell transcriptomic data
2021-04, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abf1356
PMID:33853780
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研究论文 | 本文介绍了一种名为CytoTalk的方法，用于利用单细胞转录组数据从头构建细胞类型特异性的信号传导网络 | CytoTalk通过集成细胞内和细胞间基因网络，并使用奖赏收集Steiner森林算法识别候选路径，相比现有算法有显著改进 | NA | 旨在通过单细胞技术提高信号传导研究的分辨率，并探索信号网络在不同组织和发育阶段的可塑性 | 单细胞转录组数据，特别是巨噬细胞和内皮细胞在人类成体和胎儿组织中的信号传导网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 奖赏收集Steiner森林算法 | 转录组数据 | 涉及人类成体和胎儿组织的巨噬细胞和内皮细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2024-08-09 |
BABEL enables cross-modality translation between multiomic profiles at single-cell resolution
2021-04-13, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2023070118
PMID:33827925
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研究论文 | 本文介绍了一种名为BABEL的深度学习方法，能够在单细胞水平上实现转录组和染色质可及性数据之间的跨模态转换 | BABEL利用互操作神经网络模型，能够在只有一种模态实验数据可用时，计算合成配对的多组学测量数据 | NA | 开发一种方法，在单细胞水平上实现多组学数据之间的跨模态转换 | 单细胞转录组和染色质可及性数据 | 机器学习 | NA | 深度学习 | 神经网络 | 单细胞RNA测序数据和单细胞染色质可及性测序数据 | 涉及人类和小鼠的多个配对单细胞ATAC和基因表达数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-09 |
scConsensus: combining supervised and unsupervised clustering for cell type identification in single-cell RNA sequencing data
2021-Apr-12, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04028-4
PMID:33845760
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scConsensus的框架，结合监督和非监督聚类方法，用于单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | scConsensus通过整合非监督和监督聚类方法的结果，并利用差异表达基因来优化共识聚类，提高了细胞类型识别的准确性和精确性 | NA | 开发一种新的方法来提高单细胞RNA测序数据中细胞类型识别的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括多个现有的单细胞RNA测序数据集，例如分选的PBMC亚群数据 | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-09 |
Simultaneous trimodal single-cell measurement of transcripts, epitopes, and chromatin accessibility using TEA-seq
2021-04-09, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.63632
PMID:33835024
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TEA-seq的新型单细胞测序技术，能够同时测量转录组、表位和染色质可及性 | TEA-seq技术首次实现了在单细胞水平上同时测量转录组、表位和染色质可及性，填补了现有技术在表观遗传信息方面的空白 | NA | 开发一种能够同时测量单细胞转录组、表位和染色质可及性的新技术，以更好地理解细胞异质性和基因调控 | 人类外周血中的细胞 | 数字病理学 | NA | scATAC-seq, scRNA-seq | NA | 单细胞数据 | 数千个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals the mesangial identity and species diversity of glomerular cell transcriptomes
2021-04-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22331-9
PMID:33837218
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研究论文 | 使用单细胞RNA测序技术分析了人及小鼠肾脏的肾小球相关细胞的转录组 | 首次系统地比较了人及小鼠肾脏中四种肾小球细胞类型的基因表达程序，并发现了肾小球相关细胞的异质性 | NA | 揭示肾小球细胞的分子特征，促进对器官功能及生物医学研究转化方面的理解 | 人及小鼠肾脏中的肾小球相关细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4332个来自人活体供体肾活检及小鼠肾脏的肾小球相关细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-09 |
Single cell RNA sequencing identifies IGFBP5 and QKI as ciliated epithelial cell genes associated with severe COPD
2021-Apr-06, Respiratory research
IF:4.7Q1
DOI:10.1186/s12931-021-01675-2
PMID:33823868
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了严重慢性阻塞性肺病（COPD）患者和健康对照组的肺组织细胞，以确定细胞特异性的转录组变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术在细胞水平上识别与COPD严重程度相关的基因，特别是发现IGFBP5和QKI在纤毛上皮细胞中的表达变化 | 研究样本量较小，仅包括3名COPD患者和3名健康对照 | 旨在通过单细胞RNA测序技术识别与COPD严重程度相关的细胞特异性转录组变化 | 严重COPD患者的肺组织细胞和健康对照组的肺组织细胞 | 数字病理学 | 慢性阻塞性肺病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 29,961个细胞，包括3名COPD患者和3名健康对照 | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2024-08-09 |
Correction to: Single-cell transcriptome conservation in a comparative analysis of fresh and cryopreserved human skin tissue: pilot in localized scleroderma
2021-Apr-06, Arthritis research & therapy
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s13075-021-02490-2
PMID:33823906
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-08-09 |
Single-cell resolution of lineage trajectories in the Arabidopsis stomatal lineage and developing leaf
2021-04-05, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.03.014
PMID:33823130
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学和分子遗传学方法，揭示了拟南芥叶片组织中的细胞分化模型，并探讨了气孔系谱和叶片发育中的细胞命运协调问题。 | 通过单细胞分辨率解析了早期阶段的细胞异质性，并提供了保卫细胞分化的精细轮廓，同时发现了转录调控因子SPEECHLESS在强化细胞命运承诺中的扩展作用。 | NA | 探讨拟南芥叶片气孔系谱和发育过程中的细胞命运协调机制。 | 拟南芥叶片组织中的细胞分化和气孔系谱的细胞命运。 | 分子遗传学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq reveals dynamic change in tumor microenvironment during pancreatic ductal adenocarcinoma malignant progression
2021-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103315
PMID:33819739
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术揭示了胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境的动态变化 | 定义了几种新的Treg和耗竭T细胞标志基因，并发现了一种新的癌症相关成纤维细胞亚型（补体分泌型CAFs） | NA | 旨在描绘胰腺导管腺癌恶性进展过程中肿瘤微环境成分的动态变化 | 胰腺导管腺癌的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 11个样本（4个PDAC I期，4个PDAC II期，3个PDAC III期） | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-09 |
DNA methylation patterns expose variations in enhancer-chromatin modifications during embryonic stem cell differentiation
2021-04, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009498
PMID:33844685
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研究论文 | 研究通过顺序ChIP-bisulfite测序技术，分析了小鼠胚胎干细胞分化过程中H3K4me1和H3K27ac组蛋白标记的增强子DNA甲基化模式变化 | 首次揭示了在胚胎干细胞分化过程中，H3K4me1标记的核小体中CpG甲基化的全局增加，以及这种增加与增强子区域和转录起始位点甲基化的异质性相关 | NA | 探究胚胎干细胞分化过程中增强子-染色质修饰的DNA甲基化模式变化 | 小鼠胚胎干细胞分化过程中的增强子DNA甲基化 | 表观遗传学 | NA | ChIP-bisulfite测序 | NA | DNA甲基化数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2024-08-09 |
Independence of chromatin conformation and gene regulation during Drosophila dorsoventral patterning
2021-04, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00799-x
PMID:33795866
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研究论文 | 本文研究了果蝇胚胎背腹模式形成过程中染色质结构与基因调控的独立性 | 提供了染色质组织与背腹基因表达独立性的证据，并发现组织特异性染色质状态和基因表达下，染色质组织在组织间基本保持不变 | 未明确说明基因表达和染色质状态是否驱动染色质组织，或染色质组织变化是否促进细胞类型特异性基因表达激活 | 探究染色质组织与基因调控之间的关系 | 果蝇胚胎的背腹模式形成 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 未明确说明具体样本数量 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-09 |
New dog, old tricks: Developmental programs resurface in inflammation
2021-04-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.03.007
PMID:33798418
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术研究人类皮肤中的细胞状态和基因程序，揭示了皮肤病中可能促进炎症病理的胎儿程序 | 首次在人类皮肤中发现并定义了与皮肤病相关的胎儿基因程序 | NA | 研究人类皮肤中的细胞状态和基因程序，特别是在皮肤病中的表现 | 人类皮肤细胞及其在皮肤病中的基因表达 | 数字病理学 | 皮肤病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-09 |
A human ACTH-secreting corticotroph tumoroid model: Novel Human ACTH-Secreting Tumor Cell in vitro Model
2021-Apr, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103294
PMID:33773184
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研究论文 | 本文介绍了一种新型的人类ACTH分泌性皮质瘤细胞体外模型，用于研究库欣病。 | 开发了一种能够持续分泌ACTH的人类皮质瘤细胞体外模型，为库欣病的转化研究提供了新的工具。 | NA | 旨在开发一种有效的体外模型，用于研究库欣病及其治疗方法。 | 人类皮质瘤细胞及其在体外环境中的ACTH分泌特性。 | 数字病理学 | 库欣病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 4个手术切除的肿瘤样本 | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-09 |
User-friendly, scalable tools and workflows for single-cell RNA-seq analysis
2021-04, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01102-w
PMID:33782609
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |