单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
61	2024-08-09	Single-cell characterization of a model of poly I:C-stimulated peripheral blood mononuclear cells in severe asthma 2021-Apr-26, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-021-01709-9 PMID:33902571	研究论文	本研究使用两种单细胞方法（DropSeq和CyTOF）对严重哮喘患者的PBMCs进行单细胞RNA测序和质谱流式细胞术分析，探讨了Poly I:C刺激后的免疫反应。	本研究首次采用单细胞RNA测序和质谱流式细胞术对严重哮喘患者的PBMCs进行详细分析，揭示了Poly I:C刺激后的免疫反应和细胞亚群的变化。	研究样本量较小，仅包括五名严重哮喘患者和三名健康对照者，可能影响结果的普遍性。	研究严重哮喘患者PBMCs在Poly I:C刺激下的免疫反应和细胞亚群的变化。	严重哮喘患者的PBMCs及其对Poly I:C的免疫反应。	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和质谱流式细胞术（CyTOF）	NA	细胞	9414个PBMCs，包括6099个来自5名严重哮喘患者和3315个来自3名健康对照者
62	2024-08-09	In silico screening using bulk and single-cell RNA-seq data identifies RIMS2 as a prognostic marker in basal-like breast cancer: A retrospective study 2021-Apr-23, Medicine IF:1.3Q2 DOI:10.1097/MD.0000000000025414 PMID:33879671	研究论文	本研究利用批量和单细胞RNA测序数据，筛选出RIMS2作为基底样乳腺癌的预后标志物，并评估其与单细胞水平上细胞状态的相关性	首次通过单细胞RNA测序数据验证RIMS2在基底样乳腺癌中的表达，并发现其与DNA修复能力和上皮-间质转化呈负相关	研究为回顾性分析，样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	旨在筛选和验证基底样乳腺癌中的预后相关基因	基底样乳腺癌肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	Cox回归模型	RNA测序数据	20,530个基因，89个基底样细胞
63	2024-08-09	Barcoded viral tracing of single-cell interactions in central nervous system inflammation 2021-04-23, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.abf1230 PMID:33888612	研究论文	本文开发了一种名为RABID-seq的技术，结合条形码病毒追踪和单细胞RNA测序，用于研究中枢神经系统炎症中的星形胶质细胞相互作用	RABID-seq技术首次结合条形码病毒追踪和单细胞RNA测序，用于在体内研究星形胶质细胞相互作用	NA	研究星形胶质细胞在中枢神经系统炎症中的相互作用及其潜在的治疗靶点	星形胶质细胞和微胶质细胞的相互作用	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
64	2024-08-09	A fetal wave of human type 3 effector γδ cells with restricted TCR diversity persists into adulthood 2021-04-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abf0125 PMID:33893173	研究论文	本文通过高通量测序和单细胞RNA测序等技术，研究了人类胎儿和成人血液中γδ T细胞的多样性和功能特性	首次揭示了人类胎儿期和成人期存在具有半不变Vγ9Vδ2 TCR的功能性不同的先天样效应γδ T细胞波	NA	探究人类胎儿和成人血液中γδ T细胞的多样性和功能特性	γδ T细胞	免疫学	NA	高通量测序, 单细胞RNA测序, 多参数流式细胞术, TCR测序	NA	血液样本	新生儿和成人血液样本
65	2024-08-09	scSensitiveGeneDefine: sensitive gene detection in single-cell RNA sequencing data by Shannon entropy 2021-Apr-22, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04136-1 PMID:33888056	研究论文	本研究开发了一种基于变异系数排名和香农熵的方法，用于在单细胞RNA测序数据中识别敏感基因，并验证了该方法的有效性	首次提出使用变异系数排名和香农熵来识别敏感基因，这些基因对环境刺激有高度敏感性，可能对细胞类型注释产生重大影响	NA	揭示细胞中随机基因表达模式的普遍性，比较细胞标记基因、管家基因和敏感基因之间的差异，并改进无监督聚类的结果	单细胞RNA测序数据中的敏感基因	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	11个来自不同人体组织的单细胞数据集
66	2024-08-09	Two reactive behaviors of chondrocytes in an IL-1β-induced inflammatory environment revealed by the single-cell RNA sequencing 2021-04-20, Aging DOI:10.18632/aging.202857 PMID:33879632	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了在IL-1β诱导的炎症环境中体外扩增的软骨细胞的异质性反应	本研究首次揭示了在IL-1β诱导的炎症环境中，软骨细胞通过两种不同的路径转化为具有骨关节炎表型和促炎特性的终端细胞簇	研究仅限于体外实验，尚未在体内环境中验证这些发现	探究在IL-1β诱导的炎症环境中体外扩增的软骨细胞的异质性反应	人关节软骨细胞	数字病理学	骨关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	体外扩增的人关节软骨细胞，处理时间为0、24和48小时
67	2024-08-09	XYZeq: Spatially resolved single-cell RNA sequencing reveals expression heterogeneity in the tumor microenvironment 2021-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abg4755 PMID:33883145	研究论文	本文介绍了XYZeq工作流程，该流程将空间元数据编码到单细胞RNA测序库中，以揭示肿瘤微环境中细胞表达的异质性	XYZeq工作流程的创新之处在于它能够捕获空间条形码转录组，从而提供细胞在解剖空间中的功能信息	NA	研究目的是更好地理解个体细胞在解剖空间中的功能	研究对象包括小鼠肿瘤模型中的细胞类型和状态	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	数万个细胞
68	2024-08-09	Single-cell analyses reveal SARS-CoV-2 interference with intrinsic immune response in the human gut 2021-04, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202110232 PMID:33904651	研究论文	本文通过单细胞转录组学研究，揭示了SARS-CoV-2感染人肠道后对固有免疫反应的干扰	发现了SARS-CoV-2感染肠道细胞后抑制自分泌干扰素作用，限制了干扰素刺激基因的表达	NA	探究SARS-CoV-2感染人肠道后触发的抗病毒程序	SARS-CoV-2感染的肠道类器官	数字病理学	COVID-19	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
69	2024-08-09	Author Correction to: Single-cell RNA-seq reveals a concomitant delay in differentiation and cell cycle of aged hematopoietic stem cells 2021-Apr-16, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-01005-4 PMID:33863333	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
70	2024-08-09	Rituximab-resistant splenic memory B cells and newly engaged naive B cells fuel relapses in patients with immune thrombocytopenia 2021-04-14, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abc3961 PMID:33853929	研究论文	研究揭示了在免疫性血小板减少症患者中，利妥昔单抗治疗后复发的细胞基础，特别是涉及记忆B细胞和新生幼稚B细胞的作用。	通过单细胞RNA测序分析，识别出一种特殊的静息状态脾记忆B细胞，这些细胞具有独特的、可逆的利妥昔单抗耐药表型，为治疗提供了新的靶点。	NA	探究利妥昔单抗治疗后免疫性血小板减少症患者复发的细胞机制。	免疫性血小板减少症患者中的记忆B细胞和幼稚B细胞。	免疫学	免疫性血小板减少症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因组数据	具体样本数量未在摘要中提及
71	2024-08-09	Prediction of single-cell mechanisms for disease progression in hypertrophic remodelling by a trans-omics approach 2021-04-14, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-86821-y PMID:33854108	研究论文	本研究提出了一种跨组学方法，通过整合单细胞RNA测序、ChIP-seq和基因相互作用组数据，预测心力衰竭的分子病理机制并识别区分异质表型的标记基因	本研究首次采用跨组学方法，结合多种组学数据，揭示了心力衰竭中Nppa表达水平与线粒体电子传递系统相关基因的负相关性	NA	预测心力衰竭的分子病理机制并识别标记基因	心力衰竭的分子机制和标记基因	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序, ChIP-seq	NA	基因相互作用组数据	NA
72	2024-08-09	Mouse aging cell atlas analysis reveals global and cell type-specific aging signatures 2021-04-13, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.62293 PMID:33847263	研究论文	本研究利用Tabula Muris Senis单细胞RNA测序数据集，系统地描述了小鼠中多种细胞类型在衰老过程中的基因表达变化。	研究发现了衰老相关的基因在多个组织细胞类型中表达变化的一致性，表明了生物体水平的协调性衰老行为，并能够从转录组角度对比不同组织和细胞类型的衰老状态。	NA	系统地描述小鼠中多种细胞类型在衰老过程中的基因表达变化。	小鼠的76种组织细胞类型在衰老过程中的基因表达变化。	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	76种组织细胞类型来自23种组织
73	2024-08-09	Single-cell transcriptomics reveals involution mimicry during the specification of the basal breast cancer subtype 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108945 PMID:33852842	研究论文	本研究利用无偏倚的液滴单细胞RNA测序技术，揭示了在乳腺基底癌亚型分化过程中肿瘤进展的细胞基础	发现基底样癌细胞模仿怀孕后指定的乳腺小叶系，并包含异常的断奶后发育程序，触发肿瘤微环境重塑和转移扩散	NA	阐明乳腺基底癌亚型分化过程中的肿瘤进展机制	乳腺基底癌亚型的肿瘤进展	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	使用MMTV-PyMT乳腺肿瘤模型
74	2024-08-09	Single-cell transcriptomics identifies gene expression networks driving differentiation and tumorigenesis in the human fallopian tube 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108978 PMID:33852846	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析了12个正常输卵管样本中的约53,000个细胞，揭示了输卵管上皮的细胞组成和分化轨迹，并识别出高级别浆液性卵巢癌的可能前体细胞状态	首次详细描绘了人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化轨迹，并确定了高级别浆液性卵巢癌的一个潜在前体细胞状态	NA	揭示人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化过程，并探索高级别浆液性卵巢癌的细胞起源	人类输卵管的细胞组成和上皮细胞的分化过程	数字病理学	卵巢癌	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	约53,000个细胞来自12个正常输卵管样本
75	2024-08-09	Complement C5a promotes antigen cross-presentation by Peyer's patch monocyte-derived dendritic cells and drives a protective CD8+ T cell response 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108995 PMID:33852847	研究论文	本研究探讨了补体片段C5a在Peyer's patch中通过单核细胞衍生的树突状细胞促进抗原交叉呈递，并驱动保护性CD8+ T细胞反应的机制	首次揭示了C5a通过C5aR LysoDCs增加活性氧水平，从而有效促进抗原交叉呈递和特异性CD8 T细胞反应	NA	探索C5a在黏膜适应性免疫诱导中的作用及其调控CD8 T细胞反应的机制	Peyer's patch中的C5aR LysoDCs及其在CD8 T细胞免疫诱导中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	C5缺陷小鼠
76	2024-08-09	Uncovering transcriptional dark matter via gene annotation independent single-cell RNA sequencing analysis 2021-04-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22496-3 PMID:33846360	研究论文	本文介绍了一种新的单细胞RNA测序分析方法，该方法能够在缺乏高质量基因组注释的情况下，发现生物学上相关的转录活性区域	开发了一种新的单细胞RNA测序分析流程，能够识别并注释基因组注释范围之外的转录活性区域，从而揭示传统方法无法检测到的生物学信息	NA	克服基因组注释不完整的问题，发现新的转录活性区域	人类、小鼠、鸡、鼹鼠、狐猴和海胆的基因组	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及多种生物样本，包括人类、小鼠、鸡、鼹鼠、狐猴和海胆
77	2024-08-09	A flexible microfluidic system for single-cell transcriptome profiling elucidates phased transcriptional regulators of cell cycle 2021-04-12, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-86070-z PMID:33846365	研究论文	本文介绍了一种灵活、成本效益高且用户友好的基于液滴的微流控系统，名为Nadia Instrument，用于单细胞转录组分析，能够在一个运行中捕获约50,000个单细胞或单个细胞核的3' mRNA。	该系统展示了高度可重复的液滴大小、低双峰率和高的mRNA捕获效率，并且通过与Nadia Innovate结合，可以转变为一个适应性强的设置，使用不同的缓冲液和条形码珠配置，以促进多样化的应用。	NA	展示该系统在不同细胞周期阶段对人和小鼠细胞进行3' mRNA分析的能力，以区分不同的细胞群体并推断潜在的转录调控网络。	单细胞转录组分析	生物技术	NA	微流控技术	NA	转录组数据	约50,000个单细胞或单个细胞核
78	2024-08-09	Investigating Mechanisms of Response or Resistance to Immune Checkpoint Inhibitors by Analyzing Cell-Cell Communications in Tumors Before and After Programmed Cell Death-1 (PD-1) Targeted Therapy: An Integrative Analysis Using Single-cell RNA and Bulk-RNA Sequencing Data 2021-04-02, Oncoimmunology IF:6.5Q1 DOI:10.1080/2162402X.2021.1908010 PMID:33868792	研究论文	本研究通过分析单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，探讨了程序性细胞死亡-1（PD-1）靶向治疗前后肿瘤细胞间通讯的差异，以揭示抗PD-1治疗的响应和耐药机制	研究揭示了抗PD-1治疗响应的机制，并提供了改善免疫治疗的潜在策略	NA	探讨抗PD-1治疗的响应和耐药机制	肿瘤细胞在抗PD-1治疗前后的细胞间通讯	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	RNA测序数据	治疗前后的样本
79	2024-08-09	Vascular smooth muscle-derived Trpv1+ progenitors are a source of cold-induced thermogenic adipocytes 2021-04, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-021-00373-z PMID:33846638	研究论文	本文识别了Trpv1血管平滑肌细胞作为先前未被发现的产热脂肪细胞前体细胞，并展示了其在冷暴露下增殖和分化为高度产热脂肪细胞的过程。	本文首次发现并证明了Trpv1血管平滑肌细胞作为产热脂肪细胞的新来源。	NA	研究冷诱导产热脂肪细胞的确切来源。	棕色脂肪组织（BAT）和米色脂肪中的Trpv1血管平滑肌细胞。	NA	肥胖和代谢紊乱	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
80	2024-08-09	CytoTalk: De novo construction of signal transduction networks using single-cell transcriptomic data 2021-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abf1356 PMID:33853780	研究论文	本文介绍了一种名为CytoTalk的方法，用于利用单细胞转录组数据从头构建细胞类型特异性的信号传导网络	CytoTalk通过集成细胞内和细胞间基因网络，并使用奖赏收集Steiner森林算法识别候选路径，相比现有算法有显著改进	NA	旨在通过单细胞技术提高信号传导研究的分辨率，并探索信号网络在不同组织和发育阶段的可塑性	单细胞转录组数据，特别是巨噬细胞和内皮细胞在人类成体和胎儿组织中的信号传导网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	奖赏收集Steiner森林算法	转录组数据	涉及人类成体和胎儿组织的巨噬细胞和内皮细胞