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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
The alx3 gene shapes the zebrafish neurocranium by regulating frontonasal neural crest cell differentiation timing
2021-04-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.197483
PMID:33741714
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,揭示了alx3基因在调控前鼻神经嵴细胞分化时间和细胞形态中的作用 | 首次通过单细胞RNA测序技术,详细定义了颅神经嵴细胞的不同群体,并发现Alx转录因子基因家族在前鼻神经嵴细胞中的富集 | NA | 深入理解控制发育时序的基因如何塑造颅面骨骼元素 | alx3基因在前鼻神经嵴细胞分化中的作用 | 发育生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the cellular heterogeneity of aneurysmal infrarenal abdominal aorta
2021-04-23, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvaa214
PMID:32678909
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了腹主动脉瘤(AAA)进展中腹主动脉下段(IAA)的细胞异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了腹主动脉瘤进展中血管细胞的异质性和细胞反应 | NA | 揭示腹主动脉瘤进展中血管细胞的转录特征和细胞反应 | 腹主动脉下段的血管细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 超过4500个腹主动脉细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
TNFAIP8 Regulates Intestinal Epithelial Cell Differentiation and May Alter Terminal Differentiation of Secretory Progenitors
2021-04-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells10040871
PMID:33921306
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research paper | 本文研究了TNFAIP8(TIPE0)在肠道上皮细胞分化中的作用,特别是对分泌前体细胞终末分化的影响 | 发现了三种可能的新型终末细胞命运决定因子:Nupr1、Kdm4a和Gatad1,并提出TIPE0可能在调节终末分化中起作用 | NA | 探究TNFAIP8在肠道上皮细胞分化中的作用及其对分泌前体细胞终末分化的影响 | 肠道上皮细胞分化及分泌前体细胞的终末分化 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小肠的单细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Interrupting reactivation of immunologic memory diverts the allergic response and prevents anaphylaxis
2021-04, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.11.042
PMID:33338539
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研究论文 | 本文探讨了在花生过敏中IgE回忆反应的关键需求,并展示了IL-4/IL-13信号通路的阻断如何中止IgE产生并改变细胞因子反应。 | 首次展示了IL-4/IL-13信号通路的阻断可以中止IgE产生,并保护小鼠免受过敏反应的影响。 | NA | 研究IgE回忆反应在花生过敏中的关键需求。 | 人类外周血单核细胞(PBMCs)和小鼠模型。 | 免疫学 | 过敏反应 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
Hepatic Stellate Cells in Hepatocellular Carcinoma Promote Tumor Growth Via Growth Differentiation Factor 15 Production
2021-04, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.12.015
PMID:33346004
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研究论文 | 研究探讨了肝星状细胞(HSCs)在肝细胞癌(HCC)微环境中通过生长分化因子15(GDF15)促进肿瘤生长的作用 | 首次揭示了HSCs通过GDF15在自噬依赖性方式下促进HCC肿瘤进展的机制 | 研究主要基于动物模型和细胞实验,需要在人体中进一步验证 | 探究HSCs在HCC微环境中的作用及其对肿瘤生长的影响 | 肝星状细胞(HSCs)和肝细胞癌细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | RNA测序 | NA | RNA | 使用GFAP-Atg7敲除(KO)和GFAP-GDF15KO小鼠模型,以及LX-2细胞和人类肝癌细胞的混合培养 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
High-resolution single-cell transcriptomics reveals heterogeneity of self-renewing hair follicle stem cells
2021-04, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14262
PMID:33319418
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研究论文 | 本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术,揭示了自我更新阶段的毛囊干细胞的分子异质性 | 首次通过高分辨率单细胞RNA测序技术,详细分析了毛囊干细胞在自我更新阶段的转录组特征,揭示了不同亚群的分子标记和潜在功能 | 研究仅限于小鼠皮肤样本,未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性 | 揭示毛囊干细胞在自我更新阶段的分子异质性 | 毛囊干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 从小鼠皮肤中分离的CD34 /K14-H2BGFP标记的毛囊干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Systems biological assessment of human immunity to BNT162b2 mRNA vaccination
2021-Apr-22, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-438662/v1
PMID:34013244
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研究论文 | 本研究采用系统生物学方法,全面分析了56名健康志愿者接种辉瑞-BioNTech mRNA疫苗后的先天和适应性免疫反应 | 首次详细描述了mRNA疫苗接种后免疫系统的反应,包括中和抗体的产生和免疫细胞的激活 | 研究样本仅限于56名健康志愿者,可能无法完全代表所有人群的免疫反应 | 探讨mRNA疫苗如何刺激免疫系统产生保护性免疫反应 | 56名接种了辉瑞-BioNTech mRNA疫苗的健康志愿者的免疫反应 | 疫苗学 | COVID-19 | 系统生物学方法 | NA | 免疫细胞转录组数据 | 56名健康志愿者 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
Multi-cohort analysis of host immune response identifies conserved protective and detrimental modules associated with severity across viruses
2021-04-13, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.03.002
PMID:33765435
|
研究论文 | 本研究通过分析多个队列中宿主免疫反应,识别出与病毒感染严重程度相关的保守保护性和有害模块 | 本研究首次整合了大量血液转录组和单细胞RNA测序数据,揭示了不同病毒感染下宿主反应的共性和差异 | 研究主要集中在血液样本,可能无法全面反映所有组织中的宿主反应 | 探索不同病毒感染下宿主免疫反应与疾病严重程度的关系 | 16种病毒感染的患者血液转录组和免疫细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4,780个血液转录组样本和702,970个免疫细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
Dynamics of B-cell repertoires and emergence of cross-reactive responses in COVID-19 patients with different disease severity
2021-Apr-05, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.07.13.20153114
PMID:32699862
|
研究论文 | 本文通过高通量测序技术研究了COVID-19患者在感染期间B细胞受体(BCR)库的动态变化及其与疾病严重程度的关系 | 首次详细描述了COVID-19患者中B细胞反应的特征,并发现了对SARS-CoV-1和SARS-CoV-2具有交叉反应性的BCR | 研究样本量较小,仅涉及19名患者 | 探究COVID-19患者B细胞库的动态变化及其与疾病严重程度的关联 | COVID-19患者的B细胞库及其对SARS-CoV-2的反应 | NA | COVID-19 | 高通量测序 | NA | 序列数据 | 19名COVID-19患者 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-08 |
Accumulation of cytotoxic T cells in the aged CNS leads to axon degeneration and contributes to cognitive and motor decline
2021-04, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-021-00049-z
PMID:37117598
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研究论文 | 研究揭示了在衰老的中央神经系统(CNS)中,细胞毒性CD8 T淋巴细胞的积累导致轴突退化,并促进认知和运动功能的下降 | 首次详细探讨了CD8 T细胞在衰老CNS中的作用,并通过单细胞转录组学分析了其群体异质性 | 研究主要基于小鼠模型,可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨衰老CNS中细胞毒性CD8 T细胞的作用及其对神经结构和功能的影响 | 衰老的中央神经系统中的CD8 T细胞及其对轴突和认知功能的影响 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 成年和老年小鼠脑组织,以及老年人类白质尸检材料 | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-08 |
SIEVE: identifying robust single cell variable genes for single-cell RNA sequencing data
2021-Apr, Blood science (Baltimore, Md.)
DOI:10.1097/BS9.0000000000000072
PMID:35402832
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research paper | 本文比较了九种常用方法在筛选单细胞RNA测序数据中可变基因的性能,并提出了一种新的策略SIEVE,通过多轮随机抽样来识别一组稳健的可变基因 | SIEVE策略通过多轮随机抽样,最小化随机噪声,并能恢复低表达的可变基因,显著提高了单细胞分类的准确性 | 现有的可变基因筛选方法在可重复性和准确性上存在不足,且偏好选择高表达基因 | 评估现有可变基因筛选方法的性能,并提出一种新的筛选策略 | 单细胞RNA测序数据中的可变基因筛选方法 | digital pathology | NA | single-cell RNA sequencing | NA | text | 使用了来自造血干细胞/祖细胞和成熟血液细胞的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-08 |
A single-cell transcriptome atlas of the aging human and macaque retina
2021-Apr, National science review
IF:16.3Q1
DOI:10.1093/nsr/nwaa179
PMID:34691611
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研究论文 | 本文提供了一个基于119,520个单细胞的人和猕猴视网膜的综合转录组图谱,涵盖不同年龄段,揭示了视网膜细胞的分子特征和老化过程 | 首次提供了人和猕猴视网膜的单细胞转录组图谱,揭示了视网膜细胞在不同区域和物种间的特异性,以及人类视网膜老化的区域和细胞类型特异性 | NA | 探究老化灵长类视网膜的分子和细胞过程 | 人类和猕猴的视网膜细胞 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 119,520个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-08 |
Landscape of cell heterogeneity and evolutionary trajectory in ulcerative colitis-associated colon cancer revealed by single-cell RNA sequencing
2021-Apr-30, Chinese journal of cancer research = Chung-kuo yen cheng yen chiu
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了溃疡性结肠炎相关结直肠癌中的细胞异质性和潜在的进化轨迹 | 首次在单细胞水平上揭示了从溃疡性结肠炎到结肠炎相关癌症的细胞组成和发展轨迹 | 研究样本仅来自一名患者,可能限制了结果的普遍性 | 探索结肠炎相关癌症中的肿瘤内异质性,并揭示从溃疡性结肠炎到结肠炎相关癌症的潜在进化轨迹 | 结肠炎相关癌症患者的肿瘤组织和邻近的溃疡性结肠炎组织 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 4,777个单细胞转录组,其中2,250个来自肿瘤组织,2,527个来自邻近的溃疡性结肠炎组织 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-09 |
Impaired immune signaling and changes in the lung microbiome precede secondary bacterial pneumonia in COVID-19
2021-Apr-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-380803/v1
PMID:34013247
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研究论文 | 本研究通过气管抽吸物批量和单细胞RNA测序(scRNA-seq)评估了28名COVID-19患者和8名重症未感染对照组的低呼吸道免疫反应和微生物组动态变化,其中15名COVID-19患者发展为呼吸机相关肺炎(VAP) | 首次揭示了COVID-19患者在VAP发生前两周免疫信号传导的显著损害,并通过纵向元转录组分析揭示了VAP患者肺微生物组群落组成的破坏 | 样本量相对较小,可能需要更大规模的研究来验证这些发现 | 探讨COVID-19患者中次级细菌性肺炎前的免疫信号障碍和肺微生物组变化 | COVID-19患者和重症未感染对照组的低呼吸道免疫反应和微生物组动态 | NA | COVID-19 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 28名COVID-19患者和8名重症未感染对照组 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-09 |
Synthetic single cell RNA sequencing data from small pilot studies using deep generative models
2021-04-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-88875-4
PMID:33931726
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研究论文 | 本文探讨了使用深度生成模型(如变分自编码器VAEs和深度玻尔兹曼机DBMs)从小型试点研究中生成合成单细胞RNA测序数据的可行性 | 本文提出了两种深度生成模型方法:单细胞变分推理scVI和单细胞深度玻尔兹曼机scDBMs,并探讨了它们在不同样本大小下的表现 | 所有方法在处理不同丰度的细胞类型时,存在过度表示高丰度细胞类型和遗漏低丰度细胞类型的问题,并且在处理双峰性问题时遇到困难 | 研究深度生成模型在单细胞转录组学中的应用,以支持scRNA-seq实验的设计 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | scRNA-seq | VAEs, DBMs | 数据 | 小型试点研究数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-09 |
miRNA activity inferred from single cell mRNA expression
2021-04-28, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-88480-5
PMID:33911110
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研究论文 | 本文通过利用miRNA结合已定义的序列基序并通常下调目标基因的特性,展示了从单细胞RNA测序数据中通过基序富集分析推导miRNA活性的方法 | 本文创新地反向利用基序富集分析,从miRNA种子站点推导单细胞中miRNA的活性测量 | NA | 展示如何从单细胞RNA测序数据中推导miRNA活性 | miRNA活性在单细胞水平上的估计 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | NA | 基因表达数据 | 9679个TCGA癌症样本,以及人类和小鼠的单细胞RNA测序数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-09 |
Differentiation reveals latent features of aging and an energy barrier in murine myogenesis
2021-04-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109046
PMID:33910007
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析年轻和老年小鼠肌肉单核细胞的肌肉干细胞(MuSCs)和纤维脂肪前体细胞(FAPs)在分化过程中的变化 | 研究发现分化过程揭示了衰老的潜在特征,并发现老年MuSCs在分化过程中接近命运决定时停滞 | NA | 探究年龄相关变化在分化轨迹中的表现 | 肌肉干细胞(MuSCs)和纤维脂肪前体细胞(FAPs) | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(RNA-seq) | NA | RNA | 年轻和老年小鼠的肌肉单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-09 |
Investigating Cellular Trajectories in the Severity of COVID-19 and Their Transcriptional Programs Using Machine Learning Approaches
2021-04-24, Genes
IF:2.8Q2
DOI:10.3390/genes12050635
PMID:33923155
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本,通过机器学习算法推断细胞变化轨迹并识别其转录程序 | 本研究首次应用深度学习算法DrivAER识别COVID-19发病机制中的潜在驱动通路和转录因子,并发现巨噬细胞相关的功能与疾病严重程度的相关性更高 | NA | 探究COVID-19发病机制在单细胞层面的转录驱动因素及其动态变化 | COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本中的细胞变化轨迹及其转录程序 | 机器学习 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 深度学习算法DrivAER | 基因表达数据 | COVID-19患者的支气管肺泡灌洗液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-09 |
Retinal glial remodeling by FGF21 preserves retinal function during photoreceptor degeneration
2021-Apr-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102376
PMID:33937726
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研究论文 | 本研究探讨了纤维母细胞生长因子21(FGF21)在视网膜色素变性(RP)模型小鼠中对视网膜功能的保护作用 | 首次发现FGF21能通过调节Müller胶质细胞的形态和功能,保护视网膜在光感受器退化过程中的功能 | NA | 探索FGF21在视网膜退化疾病中的治疗潜力 | 视网膜色素变性(RP)模型小鼠 | 数字病理学 | 视网膜疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | P23H小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-09 |
Connectivity Map Analysis of a Single-Cell RNA-Sequencing -Derived Transcriptional Signature of mTOR Signaling
2021-Apr-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22094371
PMID:33922083
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据构建疾病转录组特征,并应用于连接图(CMaP)分析,以识别mTOR信号通路的抑制剂 | 开发了使用scRNA-seq数据进行疾病转录组特征构建和CMaP分析的新方法 | 传统的CMaP分析使用来自大量疾病组织的特征,缺乏分辨率以有效识别有效的治疗药物 | 开发和应用新的方法,利用scRNA-seq数据进行疾病转录组特征构建和CMaP分析,以识别有效的治疗药物 | 淋巴管平滑肌瘤病(LAM)患者的肺组织scRNA-seq数据 | 数字病理学 | 淋巴管平滑肌瘤病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 来自未经治疗和西罗莫司治疗的LAM患者的肺组织样本 | NA | NA | NA | NA |