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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 21 | 2024-08-10 |
Applications of brain organoids in neurodevelopment and neurological diseases
2021-Apr-22, Journal of biomedical science
IF:9.0Q1
DOI:10.1186/s12929-021-00728-4
PMID:33888112
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综述 | 本文综述了脑类器官在神经发育和神经系统疾病中的应用现状 | 介绍了脑类器官与免疫染色和单细胞测序技术的结合,以及其在模拟早期脑发育和建模人类脑部疾病中的应用 | 讨论了该技术的挑战和未来展望 | 介绍脑类器官分化策略的现状,总结其在医学领域的进展和应用 | 脑类器官及其在神经发育和神经系统疾病中的应用 | NA | 神经系统疾病 | 免疫染色技术,单细胞测序技术 | NA | 组织 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 22 | 2024-08-10 |
The long noncoding RNA lnc-HLX-2-7 is oncogenic in Group 3 medulloblastomas
2021-04-12, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noaa235
PMID:33844835
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研究论文 | 本文报道了一种新的长链非编码RNA lnc-HLX-2-7,作为第三组髓母细胞瘤的潜在分子标记和治疗靶点 | 首次发现lnc-HLX-2-7在第三组髓母细胞瘤中高度上调,并证实其作为治疗靶点的潜力 | NA | 研究lnc-HLX-2-7在髓母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的可能性 | lnc-HLX-2-7在第三组髓母细胞瘤中的表达和功能 | 数字病理学 | 儿童肿瘤 | RNA测序(RNA-seq) | CRISPR/Cas9 | RNA | 175名髓母细胞瘤患者 | NA | NA | NA | NA |
| 23 | 2024-08-10 |
Colorectal Cancer Stem Cell States Uncovered by Simultaneous Single-Cell Analysis of Transcriptome and Telomeres
2021-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202004320
PMID:33898197
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研究论文 | 本文通过同时分析单细胞转录组和端粒长度,揭示了结直肠癌干细胞的状态 | 首次实现同时测量单细胞中的端粒长度和转录组,系统评估了结直肠癌干细胞 | NA | 揭示结直肠癌干细胞的特征及其与肿瘤进展和药物抵抗的关系 | 结直肠癌干细胞及其在肿瘤中的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | SMART-seq2, 10 × Genomics | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 24 | 2024-08-09 |
Research Techniques Made Simple: Use of Imaging Mass Cytometry for Dermatological Research and Clinical Applications
2021-04, The Journal of investigative dermatology
IF:5.7Q1
DOI:10.1016/j.jid.2020.12.008
PMID:33752807
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研究论文 | 本文介绍了成像质谱流式细胞术(IMC)在皮肤病学研究和临床应用中的潜力 | IMC技术能够同时分析多达40种蛋白质标记物,生成高维图像,保留组织结构和细胞间空间关系 | NA | 强调IMC在皮肤病学研究和临床应用中的潜在用途 | 皮肤病学领域的组织和细胞 | 数字病理学 | NA | 成像质谱流式细胞术(IMC) | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 25 | 2024-08-07 |
CD11c+CD88+CD317+ myeloid cells are critical mediators of persistent CNS autoimmunity
2021-04-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2014492118
PMID:33785592
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研究论文 | 研究通过选择性删除CD11c细胞中的α4-整合素,探讨其在中枢神经系统(CNS)自身免疫中的作用 | 首次展示了CD11c+CD88+CD317+髓系细胞在持续性CNS自身免疫中的关键作用,并通过单细胞RNA测序进行了详细分析 | 研究主要在实验小鼠模型中进行,可能与人类疾病存在差异 | 探讨CD11c+CD88+CD317+髓系细胞在多发性硬化症(MS)中的作用及机制 | CD11c.Cre小鼠和野生型(WT)小鼠 | 免疫学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及CD11c.Cre小鼠和WT小鼠,以及人类脑脊液样本 | NA | NA | NA | NA |
| 26 | 2024-08-05 |
Cryopreservation of microglia enables single-cell RNA sequencing with minimal effects on disease-related gene expression patterns
2021-Apr-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102357
PMID:33870145
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研究论文 | 本文研究了冷冻保存小胶质细胞对单细胞RNA测序的影响 | 探索了冷冻保存小胶质细胞的使用,证明其在单细胞RNA测序中具有良好的适用性 | 未明确指出冷冻保存对其他细胞类型的影响 | 研究冷冻保存小胶质细胞对疾病相关基因表达模式的影响 | 冷冻保存的小胶质细胞 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 使用了配对的新鲜和冷冻保存的小胶质细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 27 | 2024-08-07 |
Single-cell analysis of angiotensin-converting enzyme II expression in human kidneys and bladders reveals a potential route of 2019 novel coronavirus infection
2021-Apr-20, Chinese medical journal
IF:7.5Q1
DOI:10.1097/CM9.0000000000001439
PMID:33879756
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人类肾脏和膀胱中血管紧张素转换酶II(ACE2)的表达,探讨了2019新型冠状病毒(2019-nCoV)感染泌尿系统的潜在途径 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了ACE2在肾脏和膀胱细胞中的表达分布,为理解2019-nCoV感染泌尿系统的机制提供了新的视角 | 研究仅限于健康肾脏和膀胱样本,未涉及疾病状态下的ACE2表达情况 | 探讨2019-nCoV感染泌尿系统的潜在途径及肾脏损伤的可能原因 | 人类肾脏和膀胱细胞中ACE2的表达 | 数字病理学 | 新型冠状病毒肺炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 三个已发表的肾脏细胞图谱数据集和两个自产的健康肾脏样本,以及三个膀胱样本 | NA | NA | NA | NA |
| 28 | 2024-08-07 |
Evaluation of Cell Type Annotation R Packages on Single-cell RNA-seq Data
2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.07.004
PMID:33359678
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研究论文 | 本研究评估了十种公开可用的细胞类型注释R包在单细胞RNA测序数据上的表现 | 首次系统比较了专门为单细胞研究开发的流行方法与从DNA甲基化数据转用的方法在单细胞RNA测序数据上的适应性和性能 | Seurat在预测稀有细胞群体和区分高度相似的细胞类型方面存在明显不足 | 评估不同细胞类型注释方法在单细胞RNA测序数据分析中的准确性、鲁棒性和对稀有及未知细胞类型的检测能力 | 十种细胞类型注释方法在单细胞RNA测序数据上的表现 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 多种公开的单细胞RNA测序数据集及模拟数据 | NA | NA | NA | NA |
| 29 | 2024-08-07 |
Applying high-dimensional single-cell technologies to the analysis of cancer immunotherapy
2021-04, Nature reviews. Clinical oncology
DOI:10.1038/s41571-020-00449-x
PMID:33277626
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研究论文 | 本文探讨了高维单细胞技术在癌症免疫治疗分析中的应用 | 利用高维单细胞技术对肿瘤及其微环境的基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组特征进行多方面分析 | NA | 研究高维单细胞技术在免疫肿瘤学中的应用,特别是在临床反应和免疫治疗抵抗方面的进展 | 恶性肿瘤的单细胞分析 | 数字病理学 | 癌症 | 单细胞转录组 | NA | 单细胞数据 | 数千至数百万个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 30 | 2024-08-07 |
Early satellite cell communication creates a permissive environment for long-term muscle growth
2021-Apr-23, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102372
PMID:33948557
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研究论文 | 本研究通过追踪肌肉干细胞(卫星细胞)特异性的细胞外囊泡(EV)、卫星细胞耗竭、细胞培养和单细胞RNA测序,展示了卫星细胞在骨骼肌机械超负荷期间与其他细胞的交流 | 首次揭示了卫星细胞通过早期EV交流为长期肌肉生长创造适宜环境,即使在未融合到肌纤维的情况下也能支持成年小鼠的持续肥大 | NA | 探究卫星细胞在骨骼肌机械超负荷期间的细胞间交流及其对肌肉适应的影响 | 肌肉干细胞(卫星细胞)及其在骨骼肌生长中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 成年小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 31 | 2024-08-07 |
PseudotimeDE: inference of differential gene expression along cell pseudotime with well-calibrated p-values from single-cell RNA sequencing data
2021-04-29, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02341-y
PMID:33926517
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研究论文 | 提出了一种名为PseudotimeDE的方法,用于从单细胞RNA测序数据中沿着细胞伪时间推断差异表达基因,并输出校准良好的p值 | PseudotimeDE方法适应多种伪时间推断方法,考虑了伪时间推断的不确定性,并输出校准良好的p值 | NA | 研究细胞状态变化背后的分子机制 | 差异表达基因 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 32 | 2024-08-07 |
Stabilized epithelial phenotype of cancer cells in primary tumors leads to increased colonization of liver metastasis in pancreatic cancer
2021-04-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.108990
PMID:33852841
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序和遗传小鼠模型,探讨了部分上皮间质转化(EMT)和上皮稳定化在胰腺导管腺癌(PDAC)生长和转移中的功能作用 | 首次揭示了上皮稳定化导致癌细胞集体迁移增强和免疫微环境调节,从而促进肝脏转移 | NA | 探讨胰腺癌转移的多样性机制及潜在治疗靶点 | 胰腺导管腺癌(PDAC)的生长和转移 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 约50个癌细胞集群 | NA | NA | NA | NA |
| 33 | 2024-08-07 |
Activated Regulatory T-Cells, Dysfunctional and Senescent T-Cells Hinder the Immunity in Pancreatic Cancer
2021-Apr-08, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13081776
PMID:33917832
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研究论文 | 本研究分析了32名胰腺癌患者的T细胞,通过多参数质谱细胞术和单细胞RNA测序,揭示了调节性T细胞和CD8 T细胞在胰腺癌中的免疫抑制状态 | 发现了调节性T细胞和CD8 T细胞在胰腺癌中的新免疫抑制状态,并确定了多个新的治疗靶点 | NA | 旨在更好地理解胰腺癌中的白细胞特征,以识别更好的治疗策略 | 胰腺癌患者的T细胞 | NA | 胰腺癌 | 多参数质谱细胞术,单细胞RNA测序,多重免疫组织化学成像和空间分析 | NA | 细胞,组织 | 32名胰腺癌患者 | NA | NA | NA | NA |
| 34 | 2024-08-07 |
Single-Cell RNA Sequencing in Parkinson's Disease
2021-Apr-01, Biomedicines
IF:3.9Q1
DOI:10.3390/biomedicines9040368
PMID:33916045
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综述 | 本文综述了单细胞和单核RNA测序技术在帕金森病分子发病机制研究中的应用 | 介绍了通过动物和体外人类模型以及测序技术,对帕金森病细胞组成和表型的无偏见全局视图的研究进展 | 主要限制包括死后脑组织稀缺和技术挑战,如RNA降解导致的质量问题 | 旨在深入理解帕金森病的分子发病机制 | 帕金森病的细胞类型及其特定疾病关联 | 数字病理学 | 帕金森病 | sc/snRNA-seq | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 35 | 2024-08-07 |
Gregarine single-cell transcriptomics reveals differential mitochondrial remodeling and adaptation in apicomplexans
2021-04-16, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-021-01007-2
PMID:33863338
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了五种从蟑螂中分离的格拉雷菌的转录组,结合其他顶复门生物的数据,进行了详细的系统基因组学分析,并描述了它们的线粒体代谢 | 首次广泛地探索了格拉雷菌的基因组规模,提供了该群体中差异性叶绿体保留的证据,并揭示了顶复门中线粒体代谢功能的可变重组 | 对于格拉雷菌线粒体的保留和代谢能力了解仍然有限 | 探讨顶复门生物中线粒体重塑和适应性的差异 | 从蟑螂中分离的五种格拉雷菌 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 五种格拉雷菌 | NA | NA | NA | NA |
| 36 | 2024-08-07 |
Single-Cell Study of Two Rat Models of Pulmonary Arterial Hypertension Reveals Connections to Human Pathobiology and Drug Repositioning
2021-04-15, American journal of respiratory and critical care medicine
IF:19.3Q1
DOI:10.1164/rccm.202006-2169OC
PMID:33021809
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术分析了两种肺动脉高压(PAH)大鼠模型的肺部细胞和分子特征,并探讨了其与人类PAH病理生物学的关联及药物再定位的可能性 | 首次在单细胞分辨率下揭示了两种常用PAH模型中基因和通路的独特及共享失调情况,并展示了其与人类PAH的相关性和药物再定位的实用性 | NA | 确定并优先考虑PAH大鼠模型肺部失调的基因、通路和细胞类型,评估其与人类PAH的相关性并识别药物再定位候选物 | 肺动脉高压(PAH)大鼠模型的肺部细胞和分子特征 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 包括单冠毒素(MCT)、Sugen-低氧(SuHx)和对照组大鼠的肺部样本 | NA | NA | NA | NA |
| 37 | 2024-08-07 |
Transcriptomic studies of systemic lupus erythematosus
2021-Apr-09, Inflammation and regeneration
IF:5.0Q1
DOI:10.1186/s41232-021-00161-y
PMID:33836832
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综述 | 本文综述了系统性红斑狼疮(SLE)的转录组学研究,探讨了相关生物标志物和治疗策略的发现及其局限性 | 介绍了单细胞RNA测序在SLE血液和组织中的应用,揭示了分子异质性和关键亚群 | 某些研究发现仍存在争议,需要进一步研究以确定新的治疗靶点和精确的患者分层 | 探讨SLE的转录组学研究成果及其局限性 | 系统性红斑狼疮(SLE)的生物标志物和治疗策略 | NA | 系统性红斑狼疮 | 微阵列、RNA测序、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 38 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome atlas and chromatin accessibility landscape reveal differentiation trajectories in the rice root
2021-04-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22352-4
PMID:33824350
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和染色质可及性调查,分析了水稻根尖细胞的转录组和染色质可及性,揭示了水稻根细胞的分化轨迹和调控网络 | 首次综合利用单细胞RNA测序和染色质可及性分析,揭示了水稻根细胞的分化轨迹和调控网络,并比较了单子叶和双子叶植物根发育路径的异同 | NA | 解析水稻根尖分生组织在细胞分化中的作用及其转录调控网络 | 水稻根尖细胞的分化轨迹和调控网络 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个水稻根尖细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 39 | 2024-08-07 |
Inhibition of Hedgehog Signaling Alters Fibroblast Composition in Pancreatic Cancer
2021-04-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-20-3715
PMID:33495315
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研究论文 | 本文研究了 Hedgehog 信号通路抑制对胰腺癌微环境中成纤维细胞组成的影响 | 发现 Hedgehog 信号通路在成纤维细胞中特异性激活,并且在肌成纤维细胞性 CAF(myCAF)中差异性升高 | NA | 探讨 Hedgehog 信号通路抑制如何重编程胰腺癌微环境 | 胰腺导管腺癌(PDAC)中的成纤维细胞组成和免疫浸润 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 时间飞行流式细胞术,单细胞 RNA 测序 | NA | 细胞 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 40 | 2024-08-07 |
CASB: a concanavalin A-based sample barcoding strategy for single-cell sequencing
2021-04, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202010060
PMID:33821571
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研究论文 | 本文介绍了一种基于伴刀豆球蛋白A的样本条形码策略(CASB),用于单细胞测序,该策略适用于单细胞mRNA和ATAC测序技术 | CASB策略具有高标记效率、高准确性在不同细胞类型和遗传背景下分配细胞/细胞核到样本,以及高灵敏度检测双细胞 | NA | 开发一种通用的、成本效益高的单细胞测序样本多路复用策略 | 单细胞mRNA和ATAC测序技术 | 基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |