单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-11-17	The rise of single-cell proteomics 2021-Apr, Analytical science advances IF:3.0Q2 DOI:10.1002/ansa.202000152 PMID:38716457	研究论文	本文讨论了单细胞蛋白质组学的最新进展及其在生物学研究中的应用	本文介绍了单细胞蛋白质组学领域的最新技术进展，包括样品制备流程和质谱仪器的改进，能够从单个细胞中定量超过1000种蛋白质	目前单细胞蛋白质组学研究的数据通量和可靠性仍需进一步提高	旨在通过生成单个细胞的蛋白质表达谱，补充转录组和基因组数据，以更好地理解细胞功能和身份	单细胞蛋白质组学技术及其在生物学研究中的应用	蛋白质组学	NA	质谱(MS)	NA	蛋白质表达谱	数千个细胞
2	2024-11-11	Pan-Cancer Drivers Are Recurrent Transcriptional Regulatory Heterogeneities in Early-Stage Luminal Breast Cancer 2021-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-20-1034 PMID:33531373	研究论文	本文研究了早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	本文改进了随机波动分析方法，结合10细胞RNA测序技术，识别出早期腔内乳腺癌中的复发性基因异质性，并发现这些基因与跨癌症类型的驱动基因有关	本文方法在敏感性、噪声和样本处理方面存在局限性	研究早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控，并识别出跨癌症类型的复发性基因异质性	早期腔内乳腺癌中的异质性转录调控	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	转录组数据	晚期发病、早期腔内乳腺癌患者
3	2024-09-27	Embryonic Origin and Subclonal Evolution of Tumor-Associated Macrophages Imply Preventive Care for Cancer 2021-04-14, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10040903 PMID:33919979	研究论文	研究肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的起源和亚克隆进化，并探讨其在癌症预防中的潜在作用	提出了TAMs的胚胎起源和亚克隆进化模型，揭示了TAMs的功能异质性与微环境提示和代谢重塑的关系	NA	探讨TAMs的起源和功能异质性，以及其在癌症发展中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）及其在癌症中的作用	生物医学	癌症	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
4	2024-08-10	Transcriptional profiling of mouse peripheral nerves to the single-cell level to build a sciatic nerve ATlas (SNAT) 2021-04-23, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.58591 PMID:33890853	研究论文	本文通过单细胞水平的转录组分析，构建了小鼠坐骨神经的转录组图谱（SNAT）	首次结合了发育中的坐骨神经的批量RNA测序和Schwann细胞的批量及单细胞RNA测序，以及全坐骨神经的单细胞转录组分析	NA	促进对外周神经基本理解的研究	小鼠坐骨神经中的各种细胞类型	NA	NA	RNA测序	NA	转录组数据	包括发育中的坐骨神经和成年坐骨神经的多个样本
5	2024-08-10	A single-cell genomics pipeline for environmental microbial eukaryotes 2021-Apr-23, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102290 PMID:33870123	研究论文	本文描述了一种针对环境中低丰度未培养真核微生物的单细胞基因组学流程	该流程整合了先进的单细胞基因组学工具和优化协议，旨在提高低成本下基因组质量	NA	开发和评估一种针对环境中低丰度未培养真核微生物的单细胞基因组学流程	环境中低丰度未培养的真核微生物	基因组学	NA	单细胞测序	NA	基因组数据	环境样本和早期分化线菌及Chromista/SAR培养物
6	2024-08-10	Applications of brain organoids in neurodevelopment and neurological diseases 2021-Apr-22, Journal of biomedical science IF:9.0Q1 DOI:10.1186/s12929-021-00728-4 PMID:33888112	综述	本文综述了脑类器官在神经发育和神经系统疾病中的应用现状	介绍了脑类器官与免疫染色和单细胞测序技术的结合，以及其在模拟早期脑发育和建模人类脑部疾病中的应用	讨论了该技术的挑战和未来展望	介绍脑类器官分化策略的现状，总结其在医学领域的进展和应用	脑类器官及其在神经发育和神经系统疾病中的应用	NA	神经系统疾病	免疫染色技术，单细胞测序技术	NA	组织	NA
7	2024-08-10	The long noncoding RNA lnc-HLX-2-7 is oncogenic in Group 3 medulloblastomas 2021-04-12, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noaa235 PMID:33844835	研究论文	本文报道了一种新的长链非编码RNA lnc-HLX-2-7，作为第三组髓母细胞瘤的潜在分子标记和治疗靶点	首次发现lnc-HLX-2-7在第三组髓母细胞瘤中高度上调，并证实其作为治疗靶点的潜力	NA	研究lnc-HLX-2-7在髓母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的可能性	lnc-HLX-2-7在第三组髓母细胞瘤中的表达和功能	数字病理学	儿童肿瘤	RNA测序（RNA-seq）	CRISPR/Cas9	RNA	175名髓母细胞瘤患者
8	2024-08-10	Colorectal Cancer Stem Cell States Uncovered by Simultaneous Single-Cell Analysis of Transcriptome and Telomeres 2021-04, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202004320 PMID:33898197	研究论文	本文通过同时分析单细胞转录组和端粒长度，揭示了结直肠癌干细胞的状态	首次实现同时测量单细胞中的端粒长度和转录组，系统评估了结直肠癌干细胞	NA	揭示结直肠癌干细胞的特征及其与肿瘤进展和药物抵抗的关系	结直肠癌干细胞及其在肿瘤中的作用	数字病理学	结直肠癌	SMART-seq2, 10 × Genomics	NA	转录组数据	NA
9	2024-08-09	Research Techniques Made Simple: Use of Imaging Mass Cytometry for Dermatological Research and Clinical Applications 2021-04, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2020.12.008 PMID:33752807	研究论文	本文介绍了成像质谱流式细胞术（IMC）在皮肤病学研究和临床应用中的潜力	IMC技术能够同时分析多达40种蛋白质标记物，生成高维图像，保留组织结构和细胞间空间关系	NA	强调IMC在皮肤病学研究和临床应用中的潜在用途	皮肤病学领域的组织和细胞	数字病理学	NA	成像质谱流式细胞术（IMC）	NA	图像	NA
10	2024-08-07	CD11c+CD88+CD317+ myeloid cells are critical mediators of persistent CNS autoimmunity 2021-04-06, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2014492118 PMID:33785592	研究论文	研究通过选择性删除CD11c细胞中的α4-整合素，探讨其在中枢神经系统（CNS）自身免疫中的作用	首次展示了CD11c+CD88+CD317+髓系细胞在持续性CNS自身免疫中的关键作用，并通过单细胞RNA测序进行了详细分析	研究主要在实验小鼠模型中进行，可能与人类疾病存在差异	探讨CD11c+CD88+CD317+髓系细胞在多发性硬化症（MS）中的作用及机制	CD11c.Cre小鼠和野生型（WT）小鼠	免疫学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	细胞	涉及CD11c.Cre小鼠和WT小鼠，以及人类脑脊液样本
11	2024-08-05	Airspace Macrophages and Monocytes Exist in Transcriptionally Distinct Subsets in Healthy Adults 2021-04-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.202005-1989OC PMID:33079572	研究论文	本文揭示了健康成年人肺泡和小气道中存在的转录性不同的巨噬细胞亚群	首次描述了健康状态下肺间隙免疫细胞的保守异质性，并识别了两种新型巨噬细胞亚群	样本仅限于十名健康成年人，可能不具备广泛适用性	理解健康状态下肺间隙巨噬细胞的转录异质性	健康成年人气道灌洗液中获取的人类细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	十名健康成年人
12	2024-08-05	Cryopreservation of microglia enables single-cell RNA sequencing with minimal effects on disease-related gene expression patterns 2021-Apr-23, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102357 PMID:33870145	研究论文	本文研究了冷冻保存小胶质细胞对单细胞RNA测序的影响	探索了冷冻保存小胶质细胞的使用，证明其在单细胞RNA测序中具有良好的适用性	未明确指出冷冻保存对其他细胞类型的影响	研究冷冻保存小胶质细胞对疾病相关基因表达模式的影响	冷冻保存的小胶质细胞	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	使用了配对的新鲜和冷冻保存的小胶质细胞样本
13	2024-08-07	Single-cell analysis of angiotensin-converting enzyme II expression in human kidneys and bladders reveals a potential route of 2019 novel coronavirus infection 2021-Apr-20, Chinese medical journal IF:7.5Q1 DOI:10.1097/CM9.0000000000001439 PMID:33879756	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了人类肾脏和膀胱中血管紧张素转换酶II（ACE2）的表达，探讨了2019新型冠状病毒（2019-nCoV）感染泌尿系统的潜在途径	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了ACE2在肾脏和膀胱细胞中的表达分布，为理解2019-nCoV感染泌尿系统的机制提供了新的视角	研究仅限于健康肾脏和膀胱样本，未涉及疾病状态下的ACE2表达情况	探讨2019-nCoV感染泌尿系统的潜在途径及肾脏损伤的可能原因	人类肾脏和膀胱细胞中ACE2的表达	数字病理学	新型冠状病毒肺炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	三个已发表的肾脏细胞图谱数据集和两个自产的健康肾脏样本，以及三个膀胱样本
14	2024-08-07	Molecular mapping of interstitial lung disease reveals a phenotypically distinct senescent basal epithelial cell population 2021-04-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.143626 PMID:33705361	研究论文	研究探讨了间质性肺疾病中肺上皮细胞的衰老标记物p16的定位及其与基底上皮细胞标记物的关系	首次在单细胞RNA测序数据集中识别出特定于间质性肺疾病的衰老基底上皮细胞群体，并发现其基因表达与分层上皮中的终末分化细胞显著重叠	研究主要基于体外模型和单细胞RNA测序数据，未来需要进一步的功能性研究来验证这些发现	揭示间质性肺疾病中衰老细胞的起源和身份，并开发用于人类肺部特定环境下细胞衰老特征的工具	肺上皮细胞的衰老标记物及其在间质性肺疾病中的分布和作用	数字病理学	间质性肺疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	来自对照组、特发性肺纤维化（IPF）和系统性硬化症相关间质性肺疾病（SSc-ILD）的肺组织样本
15	2024-08-07	Evaluation of Cell Type Annotation R Packages on Single-cell RNA-seq Data 2021-04, Genomics, proteomics & bioinformatics DOI:10.1016/j.gpb.2020.07.004 PMID:33359678	研究论文	本研究评估了十种公开可用的细胞类型注释R包在单细胞RNA测序数据上的表现	首次系统比较了专门为单细胞研究开发的流行方法与从DNA甲基化数据转用的方法在单细胞RNA测序数据上的适应性和性能	Seurat在预测稀有细胞群体和区分高度相似的细胞类型方面存在明显不足	评估不同细胞类型注释方法在单细胞RNA测序数据分析中的准确性、鲁棒性和对稀有及未知细胞类型的检测能力	十种细胞类型注释方法在单细胞RNA测序数据上的表现	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多种公开的单细胞RNA测序数据集及模拟数据
16	2024-08-07	Applying high-dimensional single-cell technologies to the analysis of cancer immunotherapy 2021-04, Nature reviews. Clinical oncology DOI:10.1038/s41571-020-00449-x PMID:33277626	研究论文	本文探讨了高维单细胞技术在癌症免疫治疗分析中的应用	利用高维单细胞技术对肿瘤及其微环境的基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组特征进行多方面分析	NA	研究高维单细胞技术在免疫肿瘤学中的应用，特别是在临床反应和免疫治疗抵抗方面的进展	恶性肿瘤的单细胞分析	数字病理学	癌症	单细胞转录组	NA	单细胞数据	数千至数百万个单细胞
17	2024-08-07	The molecular landscape of neural differentiation in the developing Drosophila brain revealed by targeted scRNA-seq and multi-informatic analysis 2021-04-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109039 PMID:33909998	研究论文	本文通过靶向单细胞mRNA测序和多信息分析方法，揭示了发育中的果蝇大脑中神经分化过程的分子景观	本文结合先验知识、计算机分析和原位验证，描述了从单一发育快照中获得的分子景观，并提供了基因-基因相关性的注释表和用于交互分析scRNA-seq数据的网络工具	NA	研究果蝇大脑中神经分化过程的分子机制	果蝇第三龄幼虫大脑中的II型神经母细胞系	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个样本，包括至少12种神经亚型
18	2024-08-07	Early satellite cell communication creates a permissive environment for long-term muscle growth 2021-Apr-23, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102372 PMID:33948557	研究论文	本研究通过追踪肌肉干细胞（卫星细胞）特异性的细胞外囊泡（EV）、卫星细胞耗竭、细胞培养和单细胞RNA测序，展示了卫星细胞在骨骼肌机械超负荷期间与其他细胞的交流	首次揭示了卫星细胞通过早期EV交流为长期肌肉生长创造适宜环境，即使在未融合到肌纤维的情况下也能支持成年小鼠的持续肥大	NA	探究卫星细胞在骨骼肌机械超负荷期间的细胞间交流及其对肌肉适应的影响	肌肉干细胞（卫星细胞）及其在骨骼肌生长中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	成年小鼠
19	2024-08-07	PseudotimeDE: inference of differential gene expression along cell pseudotime with well-calibrated p-values from single-cell RNA sequencing data 2021-04-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02341-y PMID:33926517	研究论文	提出了一种名为PseudotimeDE的方法，用于从单细胞RNA测序数据中沿着细胞伪时间推断差异表达基因，并输出校准良好的p值	PseudotimeDE方法适应多种伪时间推断方法，考虑了伪时间推断的不确定性，并输出校准良好的p值	NA	研究细胞状态变化背后的分子机制	差异表达基因	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
20	2024-08-07	Stabilized epithelial phenotype of cancer cells in primary tumors leads to increased colonization of liver metastasis in pancreatic cancer 2021-04-13, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108990 PMID:33852841	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序和遗传小鼠模型，探讨了部分上皮间质转化（EMT）和上皮稳定化在胰腺导管腺癌（PDAC）生长和转移中的功能作用	首次揭示了上皮稳定化导致癌细胞集体迁移增强和免疫微环境调节，从而促进肝脏转移	NA	探讨胰腺癌转移的多样性机制及潜在治疗靶点	胰腺导管腺癌（PDAC）的生长和转移	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	约50个癌细胞集群