单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
121	2024-08-09	Progenitor cell diversity in the developing mouse neocortex 2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2018866118 PMID:33649223	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了发育中的小鼠新皮质中的神经前体细胞，揭示了神经前体细胞的多样性及其与神经元类型指定相关的基因表达模式。	本研究首次通过单细胞RNA测序技术揭示了神经前体细胞在不同发育阶段的基因表达动态变化，以及这些变化与神经元身份基因表达的关系。	NA	确定神经前体细胞中的时间基因表达是否与神经元类型指定相关。	发育中的小鼠新皮质中的神经前体细胞。	神经科学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	多个神经前体细胞样本
122	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing reveals that targeting HSP90 suppresses PDAC progression by restraining mitochondrial bioenergetics 2021-Mar-03, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-021-00311-4 PMID:33658487	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了通过靶向HSP90抑制胰腺导管腺癌（PDAC）进展的机制	首次揭示了HSP90抑制通过破坏HSP90与OPA1的相互作用，减少线粒体嵴数量和能量产生，从而抑制PDAC进展	NA	开发针对胰腺导管腺癌的新治疗策略	胰腺导管腺癌（PDAC）及其细胞亚群	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	KPC小鼠的PDAC肿瘤样本
123	2024-08-09	Proteogenomics of glioblastoma associates molecular patterns with survival 2021-03-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108787 PMID:33657365	研究论文	本文通过整合高分辨率质谱蛋白质组学和RNA测序数据，分析了87名胶质母细胞瘤患者的蛋白质表达、RNA表达及临床信息，以探索与生存相关的分子模式。	研究揭示了蛋白质组特征与生存之间的更强关联，并发现了与已建立的基于RNA的分类不同的独特蛋白质分类。	NA	旨在通过蛋白质组学分析，揭示胶质母细胞瘤的分子模式与患者生存之间的关系。	胶质母细胞瘤患者的蛋白质组和转录组数据。	数字病理学	脑瘤	质谱蛋白质组学，RNA测序	NA	蛋白质组数据，转录组数据	87名胶质母细胞瘤患者
124	2024-08-09	Heterogeneity of glial progenitor cells during the neurogenesis-to-gliogenesis switch in the developing human cerebral cortex 2021-03-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108788 PMID:33657375	研究论文	本文研究了发育中的人类大脑皮层中神经发生向胶质发生转变期间胶质前体细胞的异质性和分子特征	通过单细胞RNA测序技术，成功富集并表征了多种胶质和神经元谱系的前体细胞，并验证了其在固定切片中的表型	NA	探究发育中的人类大脑皮层中胶质前体细胞的异质性和分子特征	胶质前体细胞及其在神经发生向胶质发生转变过程中的变化	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	EGFR细胞
125	2024-08-09	Tracing cell-type evolution by cross-species comparison of cell atlases 2021-03-02, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108803 PMID:33657376	research paper	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据，构建了跨物种的细胞类型进化层次结构，揭示了动物细胞类型的保守性和差异性。	首次全面研究了细胞类型的进化，并构建了跨物种的细胞类型进化层次结构。	NA	探索细胞类型的进化过程及其在不同物种间的保守性和差异性。	七种动物物种的细胞类型。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	七种动物物种的细胞
126	2024-08-09	ArchR is a scalable software package for integrative single-cell chromatin accessibility analysis 2021-03, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00790-6 PMID:33633365	研究论文	本文介绍了一个名为ArchR的软件包，用于单细胞染色质可及性数据的快速和全面分析	ArchR提供了一个直观的用户界面，支持复杂单细胞分析，如双细胞去除、单细胞聚类和细胞类型识别等，并能与单细胞RNA测序数据进行多组学整合	NA	加速单细胞水平上基因调控的理解	单细胞染色质可及性数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞染色质可及性数据	超过120万个单细胞
127	2024-08-09	Estrogen receptor alpha in the brain mediates tamoxifen-induced changes in physiology in mice 2021-03-01, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63333 PMID:33647234	研究论文	本文研究了雌激素受体α在大脑中对tamoxifen引起的生理变化的作用	首次揭示了tamoxifen治疗引起的基因表达变化依赖于雌激素受体α，并通过单细胞RNA测序证实了这一点	研究仅限于小鼠模型，可能不完全适用于人类	探究tamoxifen治疗对小鼠生理变化的影响及其机制	小鼠在接受tamoxifen治疗后的温度、骨密度和运动变化	NA	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	雌激素受体α缺陷小鼠和接受tamoxifen治疗的小鼠
128	2024-08-09	Blinatumomab-induced T cell activation at single cell transcriptome resolution 2021-Mar-01, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07435-2 PMID:33648458	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序分析，揭示了Blinatumomab诱导的T细胞激活及其在单细胞层面的转录变化。	首次在单细胞层面详细分析了Blinatumomab诱导的T细胞激活及其转录变化，并发现了TNFSF4可能作为Blinatumomab治疗抵抗的机制及潜在的联合治疗靶点。	研究主要集中在细胞系模型和患者来源模型，未来需要更多的临床数据来验证这些发现。	揭示Blinatumomab诱导的T细胞激活机制及其在治疗B细胞淋巴母细胞白血病中的应用。	Blinatumomab诱导的T细胞激活及其转录变化。	癌症免疫治疗	B细胞淋巴母细胞白血病	单细胞测序	NA	转录组数据	共分析了来自细胞系模型的17,920个单细胞T细胞和来自患者样本的2,271个单细胞T细胞。
129	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing in cancer research 2021-Mar-01, Journal of experimental & clinical cancer research : CR IF:11.4Q1 DOI:10.1186/s13046-021-01874-1 PMID:33648534	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在肿瘤研究中的应用	scRNA-seq技术能够揭示肿瘤细胞的异质性，监测肿瘤发展进程，并分析免疫细胞的免疫逃逸和药物抵抗机制	NA	探讨scRNA-seq技术在肿瘤异质性、发病机制及治疗中的应用	肿瘤细胞和肿瘤组织中的免疫细胞	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
130	2024-08-09	Single-cell map of diverse immune phenotypes in the acute myeloid leukemia microenvironment 2021-Mar-01, Biomarker research IF:9.5Q1 DOI:10.1186/s40364-021-00265-0 PMID:33648605	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了急性髓系白血病（AML）患者骨髓样本中的免疫细胞表型、功能和发展轨迹	首次详细描述了AML患者骨髓中多种免疫细胞类型的多样性，包括树突状细胞和巨噬细胞的差异，以及识别出几种独特的免疫细胞类型	研究仅限于AML患者的骨髓样本，未包括AML原始细胞	旨在理解AML微环境中免疫细胞表型、功能和发展轨迹，以揭示逃避免疫监视和免疫治疗反应的机制	急性髓系白血病患者的骨髓免疫细胞	数字病理学	血液肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	16名AML患者和4名健康捐赠者的骨髓样本
131	2024-08-09	Single-cell mapper (scMappR): using scRNA-seq to infer the cell-type specificities of differentially expressed genes 2021-Mar, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqab011 PMID:33655208	研究论文	本文介绍了一种名为single cell Mapper（scMappR）的方法，该方法利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和现有的反卷积方法，为从bulk RNA-seq获得的差异表达基因（DEGs）分配细胞类型特异性评分	scMappR方法解决了bulk RNA-seq无法确定差异表达发生的细胞类型的问题，通过利用scRNA-seq数据和反卷积方法，为DEGs分配细胞类型特异性评分	scMappR依赖于用户提供的scRNA-seq数据或预先整理的scRNA-seq表达矩阵，可能限制其在某些情况下的应用	开发一种方法，通过利用scRNA-seq数据和反卷积方法，为bulk RNA-seq获得的DEGs分配细胞类型特异性评分	评估scMappR方法在模拟RNA-seq数据和已排序血液细胞RNA-seq数据上的表现，并探究其在肾脏再生过程中细胞类型特异性变化的揭示能力	基因表达分析	NA	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA-seq数据	约100种人类和鼠类组织
132	2024-08-09	Detecting cell-type-specific allelic expression imbalance by integrative analysis of bulk and single-cell RNA sequencing data 2021-03, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009080 PMID:33661921	研究论文	本文开发了BSCET方法，通过整合批量和单细胞RNA测序数据，实现对细胞类型特异性等位表达不平衡（AEI）的检测	BSCET方法能够利用现有的批量组织RNA-seq数据，通过整合少量scRNA-seq样本的细胞类型组成信息，实现细胞类型特异性AEI的特征化	单细胞RNA测序需要大量个体的全长转录本序列，成本较高	研究细胞类型特异性的等位表达不平衡，并探索其在人类疾病中的作用	细胞类型特异性的等位表达不平衡（AEI）	基因组学	糖尿病	RNA测序	BSCET	RNA-seq数据	涉及两个胰腺胰岛批量RNA-seq数据集
133	2024-08-09	ELF3 activated by a superenhancer and an autoregulatory feedback loop is required for high-level HLA-C expression on extravillous trophoblasts 2021-03-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2025512118 PMID:33622787	研究论文	本文研究了转录因子ELF3在滋养外胚层细胞中高表达HLA-C的调控机制	首次揭示了ELF3通过超级增强子和自调节反馈环路调控HLA-C表达的机制	NA	探讨HLA-C在滋养外胚层细胞中的表达调控及其与妊娠生物学和妊娠异常的关系	滋养外胚层细胞中的HLA-C表达	NA	NA	ChIP-PCR, 单细胞RNA测序, ATAC-seq	NA	RNA	第一孕期的原代滋养外胚层细胞及JEG3细胞系
134	2024-08-09	Identification of resistance pathways and therapeutic targets in relapsed multiple myeloma patients through single-cell sequencing 2021-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01232-w PMID:33619369	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了复发性多发性骨髓瘤患者的耐药机制，并识别了新的治疗靶点。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了多发性骨髓瘤的耐药分子途径，并发现了新的治疗靶点PPIA。	研究样本量相对较小，且仅限于特定的治疗组合，结果的普遍性需要进一步验证。	研究多发性骨髓瘤的耐药机制，并寻找新的治疗靶点。	复发性多发性骨髓瘤患者及其耐药机制。	数字病理学	多发性骨髓瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	41名复发性多发性骨髓瘤患者，11名健康对照和15名新诊断的多发性骨髓瘤患者
135	2024-08-09	Single-cell RNA-sequencing analyses identify heterogeneity of CD8+ T cell subpopulations and novel therapy targets in melanoma 2021-Mar-26, Molecular therapy oncolytics IF:5.3Q1 DOI:10.1016/j.omto.2020.12.003 PMID:33575475	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了黑色素瘤中CD8+ T细胞亚群的异质性，并识别了新的治疗靶点	发现了7种主要的CD8 T细胞亚群，并揭示了它们在黑色素瘤中的不同作用和预后影响	研究基于已发表的单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏倚	探索黑色素瘤中CD8 T细胞亚群的异质性及其在治疗中的潜在靶点	CD8 T细胞亚群及其在黑色素瘤中的作用	数字病理学	黑色素瘤	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	未明确提及具体样本数量
136	2024-08-09	APOBEC3B is preferentially expressed at the G2/M phase of cell cycle 2021-03-26, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2021.02.008 PMID:33592502	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析了1276个原发性骨髓瘤细胞，发现APOBEC3B在G2/M期优先表达，并验证了其在骨髓瘤细胞和正常骨髓单个核细胞中的表达模式。	首次揭示了APOBEC3B在G2/M期优先表达的特性，并探讨了其在正常血液细胞中的表达模式及其在防御病毒中的潜在作用。	NA	探究APOBEC3B在癌细胞和正常细胞中的表达调控机制及其在癌症发生和异质性中的作用。	APOBEC3B在骨髓瘤细胞和正常骨髓单个核细胞中的表达模式。	数字病理学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	1276个原发性骨髓瘤细胞和86,493个正常骨髓单个核细胞
137	2024-08-09	Chromosome 8 gain is associated with high-grade transformation in MPNST 2021-03-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.146351 PMID:33591953	研究论文	本研究通过开发NF1-MPNST患者来源的异种移植模型（PDX），分析了MPNST的基因组异质性，并发现染色体8的增益与MPNST的高级别转化和不良预后相关	首次在MPNST中发现染色体8增益的复发性基因组事件，并通过多种技术手段验证了其存在	NA	进一步理解MPNST的基因组异质性，并为临床前研究提供平台	恶性周围神经鞘瘤（MPNST）	数字病理学	神经纤维瘤病	拷贝数分析，全外显子测序，RNA测序，荧光原位杂交（FISH），单细胞测序	NA	基因组数据	NF1-MPNST患者来源的异种移植模型（PDX）及原始肿瘤样本
138	2024-08-09	TAMEP are brain tumor parenchymal cells controlling neoplastic angiogenesis and progression 2021-03-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2021.01.002 PMID:33592194	研究论文	研究探讨了胶质母细胞瘤微环境中的一种新型肿瘤相关细胞群TAMEP，及其对肿瘤血管生成和进展的影响	首次鉴定并描述了TAMEP这一新型肿瘤相关细胞群，它们由CNS-resident、SOX2阳性前体细胞产生，而非来自小胶质细胞或外周单核细胞	NA	研究胶质母细胞瘤微环境中的肿瘤相关细胞群及其对疾病进展的影响	胶质母细胞瘤微环境中的TAMEP细胞群	NA	脑肿瘤	转基因谱系追踪模型、活体成像、单细胞转录组学、免疫荧光分析以及组织病理学	NA	图像	涉及小鼠和人类样本
139	2024-08-09	The power to "di-sc-seq-t" 2021-03-08, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2021.02.001 PMID:33577786	research paper	本文研究了T-VEC在皮肤B细胞淋巴瘤中的活性，并使用scRNA-seq技术证明了病毒复制不仅发生在肿瘤细胞中	首次展示了T-VEC在皮肤B细胞淋巴瘤中的活性，并揭示了病毒复制在非肿瘤细胞中的发生	NA	研究T-VEC在皮肤B细胞淋巴瘤中的作用机制	T-VEC在皮肤B细胞淋巴瘤中的活性及病毒复制机制	NA	皮肤B细胞淋巴瘤	scRNA-seq	NA	RNA	NA
140	2024-08-09	Single-cell RNA-seq dissects the intratumoral heterogeneity of triple-negative breast cancer based on gene regulatory networks 2021-Mar-05, Molecular therapy. Nucleic acids DOI:10.1016/j.omtn.2020.12.018 PMID:33575114	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了三阴性乳腺癌的基因调控网络，以解析其肿瘤内异质性	首次通过单细胞RNA测序数据构建基因调控网络，揭示了三阴性乳腺癌的关键调控基因及其在不同亚型中的不同作用	NA	解析三阴性乳腺癌的肿瘤内异质性并识别关键基因	三阴性乳腺癌的基因调控网络及其关键基因	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	基因调控网络	基因表达数据	545个恶性细胞