单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
101	2024-08-09	DeepTCR is a deep learning framework for revealing sequence concepts within T-cell repertoires 2021-03-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21879-w PMID:33707415	research paper	本文介绍了一种名为DeepTCR的深度学习框架，用于揭示T细胞受体（TCR）序列中的概念	DeepTCR通过学习TCR的CDR3序列和V/D/J基因使用的联合表示，能够建模高度复杂的TCR测序数据	NA	利用深度学习算法提高模式识别任务的性能，并在免疫基因组学领域中应用	T细胞受体（TCR）序列数据	machine learning	NA	深度学习	深度神经网络	序列数据	涉及多个人类和鼠类数据集
102	2024-08-09	Atoh7-independent specification of retinal ganglion cell identity 2021-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe4983 PMID:33712461	research paper	研究探讨了Atoh7在视网膜神经节细胞（RGCs）身份指定中的作用，发现存在Atoh7依赖和非依赖的RGC指定机制	揭示了Atoh7在RGC生存中的关键作用，并证明了Atoh7依赖和非依赖的RGC指定机制	NA	探究Atoh7在视网膜神经节细胞身份指定中的作用	视网膜神经节细胞（RGCs）及其在视网膜神经发生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
103	2024-08-09	Input-output signal processing plasticity of vagal motor neurons in response to cardiac ischemic injury 2021-Mar-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102143 PMID:33665562	研究论文	研究了迷走神经运动神经元在心脏缺血损伤下的输入输出信号处理可塑性	开发了一种中尺度单细胞转录组学数据，揭示了迷走神经背侧运动核（DMV）神经元在稳态和生理扰动后的状态变化	NA	探索迷走神经背侧运动核（DMV）神经元的分子表型，以利用DMV的可塑性进行治疗干预	迷走神经背侧运动核（DMV）神经元	生物电子医学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	数百个DMV神经元
104	2024-08-09	Single cell transcriptomic analysis of murine lung development on hyperoxia-induced damage 2021-03-10, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21865-2 PMID:33692365	研究论文	本研究利用MULTI-seq技术对36只小鼠的66,000多个细胞进行单细胞RNA测序，分析了正常和因高氧导致的肺发育受损情况下的细胞动态变化	首次使用单细胞RNA测序技术详细分析了高氧环境下小鼠肺发育的细胞组成变化，并验证了部分结果在BPD患者肺中的应用	NA	探究高氧环境下小鼠肺发育的细胞动态变化及其与BPD的关系	小鼠肺细胞在高氧环境下的发育情况	数字病理学	支气管肺发育不良	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	66,000多个细胞来自36只小鼠
105	2024-08-09	Complexity and graded regulation of neuronal cell-type-specific alternative splicing revealed by single-cell RNA sequencing 2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2013056118 PMID:33674385	研究论文	本研究利用深度单细胞RNA测序数据，系统地研究了成年小鼠皮质中超过100种转录组定义的神经元类型的可变剪接（AS）调控	发现了谷氨酸能和GABA能神经元之间以及每个神经元类别内子类之间的独特剪接程序，并揭示了RNA结合蛋白（RBPs）在不同神经元类型中的特异性表达和活性	NA	探讨可变剪接在神经元细胞类型分子多样性中的贡献	成年小鼠皮质中的神经元类型	基因调控	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过100种转录组定义的神经元类型
106	2024-08-09	Single-cell transcriptome profiling reveals β cell maturation in stem cell-derived islets after transplantation 2021-Mar-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108850 PMID:33691098	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
107	2024-08-09	Multiple sclerosis risk gene Mertk is required for microglial activation and subsequent remyelination 2021-03-09, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108835 PMID:33691116	研究论文	本文研究了多发性硬化症风险基因Mertk在微胶质细胞激活及随后的髓鞘再生中的作用	首次证明了Mertk基因在髓鞘再生中的关键作用，并揭示了其在微胶质细胞激活、吞噬和迁移中的具体机制	NA	探讨Mertk基因在多发性硬化症髓鞘再生中的作用及其机制	Mertk基因敲除小鼠与野生型小鼠在髓鞘再生过程中的差异	神经科学	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	Mertk基因敲除小鼠与野生型小鼠
108	2024-08-09	Single-cell transcriptomic analysis of eutopic endometrium and ectopic lesions of adenomyosis 2021-Mar-08, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-021-00562-z PMID:33685511	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了异位子宫内膜和腺肌症异位病变的基因表达模式变化，并探讨了腺肌症潜在的新发病机制	本研究首次在单细胞水平上揭示了腺肌症异位病变与正常子宫内膜之间基因表达模式的差异，并发现了具有肿瘤样特征的高拷贝数变异细胞亚群	研究样本量较小，仅包括一个对照组和一个腺肌症患者样本，可能影响结果的普遍性和可靠性	揭示腺肌症的精确发病机制，并探索潜在的治疗策略	异位子宫内膜和腺肌症异位病变的细胞	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	1个对照组样本，1个腺肌症患者样本，3个平滑肌瘤样本，3个腺肌症样本
109	2024-08-09	Immune cell profiling of the cerebrospinal fluid enables the characterization of the brain metastasis microenvironment 2021-03-08, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21789-x PMID:33686071	研究论文	本文通过单细胞RNA测序结合T细胞受体基因分型，研究了脑转移瘤和匹配的脑脊液中的免疫细胞特征	首次通过分析脑脊液中的免疫细胞，提供了一种非侵入性的方法来预测免疫检查点抑制剂的反应，并识别脑转移瘤中的T细胞受体克隆型	NA	研究脑转移瘤微环境中的免疫细胞特征，并探索预测免疫检查点抑制剂反应的新方法	脑转移瘤和脑脊液中的免疫细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
110	2024-08-09	Dynamic blood single-cell immune responses in patients with COVID-19 2021-03-06, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00526-2 PMID:33677468	研究论文	研究通过单细胞分辨率下的5'基因表达、T细胞受体（TCR）和B细胞受体（BCR）V(D)J转录组分析，探讨了COVID-19患者在不同阶段血液免疫反应的动态变化。	本研究首次详细描述了COVID-19患者血液中免疫细胞的动态变化，并揭示了特定免疫反应对SARS-CoV-2抗原的作用。	研究样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证这些发现。	揭示SARS-CoV-2感染后人体血液免疫反应的动态变化，为治疗COVID-19提供潜在的治疗线索。	COVID-19患者的血液免疫反应。	数字病理学	COVID-19	单细胞mRNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	341,420个外周血单个核细胞（PBMCs），185,430个克隆型T细胞和28,802个克隆型B细胞，来自16名COVID-19患者的25个样本。
111	2024-08-09	Single cell eQTL analysis identifies cell type-specific genetic control of gene expression in fibroblasts and reprogrammed induced pluripotent stem cells 2021-03-05, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02293-3 PMID:33673841	研究论文	本文通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和群体遗传学，研究了遗传变异对不同细胞亚型基因表达的影响	首次在单细胞水平上评估了遗传变异对重编程细胞系基因表达的影响，并揭示了细胞类型特异性的表达数量性状位点（eQTLs）	NA	研究遗传变异如何影响不同细胞亚型的基因表达	纤维母细胞和重编程诱导的多能干细胞	群体遗传学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	64,018个纤维母细胞来自79个供体，19,967个重编程诱导的多能干细胞来自31个重编程供体线
112	2024-08-09	Deciphering the state of immune silence in fatal COVID-19 patients 2021-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21702-6 PMID:33674591	研究论文	研究通过整合单细胞RNA测序分析血液样本和支气管肺泡灌洗液与临床、免疫学和体外功能数据，揭示了与COVID-19严重程度相关的免疫特征	首次揭示了COVID-19患者中由髓系细胞驱动的免疫抑制现象，并强调了单核细胞中精氨酸酶-1表达的免疫调节特征	NA	解析致命性COVID-19患者中的免疫沉默状态	COVID-19患者的免疫特征和临床结果	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA	血液样本和支气管肺泡灌洗液
113	2024-08-09	Identifying transposable element expression dynamics and heterogeneity during development at the single-cell level with a processing pipeline scTE 2021-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21808-x PMID:33674594	research paper	本文开发了一种名为scTE的单细胞转座子处理流程，用于研究不同生物背景下单细胞中转座子的表达情况	首次开发了针对单细胞转座子表达分析的scTE处理流程，并展示了其在多种生物过程中的应用	NA	研究转座子在单细胞水平上的表达动态及其对细胞异质性的贡献	转座子在单细胞中的表达及其在细胞异质性和生物过程中的作用	NA	NA	single-cell sequencing	NA	single-cell ATAC-seq data	涉及多种生物背景下的单细胞样本
114	2024-08-09	Evaluation of Ranzoni et al.: Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis 2021-03-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.02.020 PMID:33667351	评论	本文展示了“人类发育性造血的综合单细胞RNA测序和ATAC测序分析”（Ranzoni等人，2021年）的同行评审过程示例	NA	NA	展示同行评审过程	人类发育性造血的综合单细胞RNA测序和ATAC测序分析	NA	NA	单细胞RNA测序和ATAC测序	NA	RNA-Seq和ATAC-Seq数据	NA
115	2024-08-09	An Outline of the Outset of Thrombopoiesis in Human Embryos At Last 2021-03-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2021.02.007 PMID:33667354	研究论文	通过单细胞转录组测序分析人卵黄囊和胎肝，追踪了巨核细胞分化的两条替代途径	揭示了巨核细胞具有止血和造血干细胞支持功能，并发现人胚胎干细胞衍生的血小板反应蛋白1阳性内皮细胞能在体外产生巨核细胞	NA	探究人类胚胎中血栓形成过程的起点	人卵黄囊和胎肝中的巨核细胞分化	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
116	2024-08-09	Single-cell RNA sequencing: one step closer to the clinic 2021-03, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-021-01276-y PMID:33664491	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
117	2024-08-09	A multiscale model via single-cell transcriptomics reveals robust patterning mechanisms during early mammalian embryo development 2021-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008571 PMID:33684098	研究论文	本文构建了一个多尺度的三维模型，用于重现从受精卵到晚期囊胚的哺乳动物胚胎发育过程，并探讨了形成Epi/PE层的两个关键过程	本文通过整合多个单细胞转录组数据集的时空信息，提出了一种选择性的细胞间粘附机制和细胞信号的时间衰减机制	NA	研究早期哺乳动物胚胎发育中形成Epi/PE层的稳健模式机制	哺乳动物胚胎的早期发育过程	生物信息学	NA	单细胞转录组学	三维模型	基因表达数据	多个单细胞转录组数据集
118	2024-08-09	Spatial profiling technologies and applications for brain cancers 2021-Mar, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1080/14737159.2021.1900735 PMID:33685321	综述	本文综述了空间转录组学技术及其在脑癌研究中的应用	介绍了下一代成像和多组学技术如何为精细表征脑肿瘤组织生物学提供工具	NA	旨在提高对脑肿瘤微环境细胞组成的理解，并探索有效的治疗策略	脑癌及其微环境	数字病理学	脑癌	空间转录组学	NA	蛋白质/mRNA	NA
119	2024-08-09	Transcriptional bursts explain autosomal random monoallelic expression and affect allelic imbalance 2021-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008772 PMID:33690599	研究论文	本文研究了转录爆发如何解释单细胞RNA测序数据中观察到的等位基因表达模式，包括常染色体单等位基因表达的频繁现象	本文首次通过转录爆发模型解释了单细胞中等位基因表达的模式，并揭示了爆发频率对单等位基因表达比例的影响	文章未提及具体的局限性	探究转录爆发对单细胞中等位基因表达模式的影响	单细胞RNA测序数据中的等位基因表达模式	NA	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	转录爆发模型	RNA	未具体说明样本数量
120	2024-08-09	Isolation of human ESC-derived cardiac derivatives and embryonic heart cells for population and single-cell RNA-seq analysis 2021-03-19, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.100339 PMID:33644774	研究论文	本文描述了从人胚胎干细胞（hESC）分化的心脏衍生物和胚胎心脏细胞中分离细胞，并进行群体和单细胞RNA测序分析的方法	结合群体和单细胞RNA测序分析，揭示人类胚胎发生中的器官特异性细胞和分子图谱	NA	阐明人类胚胎发生中的器官特异性细胞和分子图谱	人胚胎干细胞分化的心脏衍生物和胚胎心脏细胞	数字病理学	NA	RNA测序	NA	RNA	NA