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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 101 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of the Drosophila wing disc reveals instructive epithelium-to-myoblast interactions
2021-03-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.61276
PMID:33749594
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研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术,研究了果蝇翅盘发育过程中的上皮细胞与肌细胞前体之间的相互作用。 | 本文首次生成了翅盘的时序细胞图谱,并识别了介导上皮细胞与成年肌肉前体细胞信号传导的配体-受体对。 | NA | 探讨上皮细胞与肌细胞前体在果蝇翅盘发育中的相互作用。 | 果蝇翅盘的上皮细胞与肌细胞前体。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 两个发育时间点的翅盘样本 | NA | NA | NA | NA |
| 102 | 2024-08-09 |
Hedgehog-induced PD-L1 on tumor-associated macrophages is critical for suppression of tumor-infiltrating CD8+ T cell function
2021-03-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.146707
PMID:33749663
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研究论文 | 本研究使用髓系特异性Pdl1敲除小鼠模型,证明了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)上PD-L1的表达对抑制肿瘤内CD8+ T细胞功能至关重要 | 首次报道了Sonic hedgehog(Shh)通过信号转导子和转录激活子3依赖的途径上调TAMs中PD-L1的表达,从而抑制肿瘤浸润CD8+ T细胞功能 | NA | 探讨肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞上PD-L1表达在抑制抗肿瘤免疫中的精确作用 | 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和肿瘤内CD8+ T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类肝细胞癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 103 | 2024-08-09 |
The migratory pathways of the cells that form the endocardium, dorsal aortae, and head vasculature in the mouse embryo
2021-03-22, BMC developmental biology
DOI:10.1186/s12861-021-00239-3
PMID:33752600
|
研究论文 | 本文研究了小鼠胚胎中形成心内膜、背主动脉和头部血管的细胞的迁移路径 | 利用新开发的成像技术和Tal1及Flk1报告小鼠系,直接观察并可视化了细胞的三维迁移轨迹 | NA | 探究小鼠胚胎中主要胚胎血管形成的细胞来源及其迁移路径 | 小鼠胚胎中的心内膜、背主动脉和头部血管的细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学和成像技术 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 104 | 2024-08-09 |
WASP: a versatile, web-accessible single cell RNA-Seq processing platform
2021-Mar-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07469-6
PMID:33736596
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为WASP的软件平台,用于处理基于Drop-Seq的单细胞RNA测序(scRNA-Seq)数据 | WASP是目前唯一一个免费且结合了ddSEQ和10x数据预处理和后处理的软件包 | NA | 开发一个直观且易于使用的工具来处理和探索scRNA-seq数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达矩阵 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 105 | 2024-08-09 |
Noise regularization removes correlation artifacts in single-cell RNA-seq data preprocessing
2021-Mar-12, Patterns (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.patter.2021.100211
PMID:33748795
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研究论文 | 本研究评估了五种代表性的单细胞RNA测序(scRNA-seq)数据标准化/插补方法对人类细胞图谱骨髓数据中基因-基因关联推断的影响,并提出了一种模型无关的噪声正则化方法来消除相关性伪影 | 提出了一种模型无关的噪声正则化方法,有效消除了数据预处理步骤中引入的虚假相关性 | NA | 评估scRNA-seq数据预处理方法对基因-基因关联推断的影响,并提出改进方法 | scRNA-seq数据预处理方法及其对基因-基因关联的影响 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 模型无关 | 基因表达数据 | 人类细胞图谱骨髓数据 | NA | NA | NA | NA |
| 106 | 2024-08-09 |
[Advances in research on the development of female germ cells]
2021-Mar-10, Zhonghua yi xue yi chuan xue za zhi = Zhonghua yixue yichuanxue zazhi = Chinese journal of medical genetics
|
研究论文 | 本文主要研究女性生殖细胞发育的两个阶段:胎儿期生殖细胞和青春期后的卵泡发生中的卵母细胞,以及关键阶段如有丝分裂-减数分裂转换、减数分裂停滞和重新激活的分子事件。 | 近年来,单细胞转录组研究揭示了卵子发生和卵泡发生过程中基因表达、信号通路和表观遗传修饰的阶段特异性模式。 | NA | 探讨女性生殖细胞发育的关键阶段及其分子机制,为生殖遗传学研究的临床应用提供重要见解。 | 女性生殖细胞的发育过程及其分子事件。 | 生殖生物学 | 生殖细胞相关疾病 | 单细胞转录组 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 107 | 2024-08-09 |
JSOM: Jointly-evolving self-organizing maps for alignment of biological datasets and identification of related clusters
2021-03, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008804
PMID:33724985
|
研究论文 | 本文提出了一种名为JSOM的算法,用于对齐生物数据集并识别相关集群 | JSOM算法是自组织映射的一种变体,通过构建两个低维离散化表示的数据集映射,使它们根据两个数据集共同演化,从而实现数据集的对齐 | NA | 开发一种计算方法,用于对齐不同的单细胞数据集,以便进行数据集成和解释 | 单细胞数据集,包括流式细胞术、质谱细胞术和单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 自组织映射 | 自组织映射 | 单细胞数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 108 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA-seq analysis reveals compartment-specific heterogeneity and plasticity of microglia
2021-Mar-19, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102186
PMID:33718838
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了大脑皮层和脊髓中微胶质细胞的亚型及其异质性和可塑性 | 首次揭示了大脑皮层和脊髓中微胶质细胞在不同区域的异质性和可塑性差异 | NA | 探究微胶质细胞在不同中枢神经系统区域的异质性和可塑性 | 大脑皮层和脊髓中的微胶质细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | C57/BL和HIV gp120转基因小鼠的样本,年龄分别为两个月、四个月和八个月 | NA | NA | NA | NA |
| 109 | 2024-08-09 |
Age-related changes in polycomb gene regulation disrupt lineage fidelity in intestinal stem cells
2021-03-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.62250
PMID:33724181
|
研究论文 | 本文通过全基因组染色质可及性和转录组分析以及单细胞RNA测序,探讨了衰老肠道中干细胞内在变化对谱系决策的影响。 | 首次揭示了衰老过程中肠道干细胞中Polycomb(Pc)基因调控的变化,及其对肠内分泌(EE)细胞分化和谱系特异性的影响。 | 研究主要集中在果蝇模型上,可能需要进一步在哺乳动物模型中验证这些发现。 | 探究衰老过程中肠道干细胞谱系忠诚度的变化及其机制。 | 衰老肠道中的干细胞及其谱系特异性。 | NA | NA | 全基因组染色质可及性分析、转录组分析、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |
| 110 | 2024-08-09 |
Mapping the immune microenvironment for mandibular alveolar bone homeostasis at single-cell resolution
2021-Mar-15, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-021-00141-5
PMID:33723232
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠下颌牙槽骨的单细胞图谱,揭示了牙槽骨中更为活跃的免疫微环境 | 首次系统性地解释了牙槽骨在单细胞水平上的免疫微环境,发现牙槽骨中成熟的免疫细胞比例高于长骨,并且单核/巨噬细胞亚群与间充质干细胞亚群之间的相互作用更为活跃 | NA | 揭示牙槽骨独特的免疫微环境,为口腔疾病的免疫调节治疗提供精确靶点 | 小鼠下颌牙槽骨的免疫微环境 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞RNA测序数据 | 小鼠下颌牙槽骨样本 | NA | NA | NA | NA |
| 111 | 2024-08-09 |
Targeting Erbin in B cells for therapy of lung metastasis of colorectal cancer
2021-03-12, Signal transduction and targeted therapy
IF:40.8Q1
DOI:10.1038/s41392-021-00501-x
PMID:33707428
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和临床样本分析,揭示了Erbin在B细胞中的作用及其在结直肠癌肺转移中的机制 | 首次发现Erbin在B细胞中的表达与结直肠癌肺转移有关,并证实通过靶向Erbin可以抑制肿瘤的肺转移 | 研究主要在动物模型中进行,需要进一步的临床试验验证其治疗效果 | 探究结直肠癌肺转移的机制及潜在治疗策略 | 结直肠癌肺转移中的B细胞和Erbin的作用 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自结直肠癌肺转移患者的临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 112 | 2024-08-09 |
Understanding Heart Field Progenitor Cells for Modeling Congenital Heart Diseases
2021-03-11, Current cardiology reports
IF:3.1Q2
DOI:10.1007/s11886-021-01468-5
PMID:33694131
|
综述 | 本文综述了心脏发育过程中涉及的两个不同心脏前体细胞群体(第一和第二心脏场)的信号通路和转录因子,以及它们与先天性心脏病的关联 | 单细胞转录组学、谱系追踪小鼠模型和基于干细胞的心脏发生体外模型显著改善了心脏前体细胞的时空特征化。此外,新的功能基因组学研究已经将更多的遗传变异与先天性心脏病联系起来 | NA | 旨在描述连接心脏场发育和先天性心脏病的信号通路和转录因子 | 心脏前体细胞及其在心脏发育中的作用 | NA | 先天性心脏病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 113 | 2024-08-09 |
DeepTCR is a deep learning framework for revealing sequence concepts within T-cell repertoires
2021-03-11, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21879-w
PMID:33707415
|
research paper | 本文介绍了一种名为DeepTCR的深度学习框架,用于揭示T细胞受体(TCR)序列中的概念 | DeepTCR通过学习TCR的CDR3序列和V/D/J基因使用的联合表示,能够建模高度复杂的TCR测序数据 | NA | 利用深度学习算法提高模式识别任务的性能,并在免疫基因组学领域中应用 | T细胞受体(TCR)序列数据 | machine learning | NA | 深度学习 | 深度神经网络 | 序列数据 | 涉及多个人类和鼠类数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 114 | 2024-08-09 |
Atoh7-independent specification of retinal ganglion cell identity
2021-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abe4983
PMID:33712461
|
research paper | 研究探讨了Atoh7在视网膜神经节细胞(RGCs)身份指定中的作用,发现存在Atoh7依赖和非依赖的RGC指定机制 | 揭示了Atoh7在RGC生存中的关键作用,并证明了Atoh7依赖和非依赖的RGC指定机制 | NA | 探究Atoh7在视网膜神经节细胞身份指定中的作用 | 视网膜神经节细胞(RGCs)及其在视网膜神经发生中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 115 | 2024-08-09 |
Single cell transcriptomic analysis of murine lung development on hyperoxia-induced damage
2021-03-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21865-2
PMID:33692365
|
研究论文 | 本研究利用MULTI-seq技术对36只小鼠的66,000多个细胞进行单细胞RNA测序,分析了正常和因高氧导致的肺发育受损情况下的细胞动态变化 | 首次使用单细胞RNA测序技术详细分析了高氧环境下小鼠肺发育的细胞组成变化,并验证了部分结果在BPD患者肺中的应用 | NA | 探究高氧环境下小鼠肺发育的细胞动态变化及其与BPD的关系 | 小鼠肺细胞在高氧环境下的发育情况 | 数字病理学 | 支气管肺发育不良 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 66,000多个细胞来自36只小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 116 | 2024-08-09 |
Complexity and graded regulation of neuronal cell-type-specific alternative splicing revealed by single-cell RNA sequencing
2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2013056118
PMID:33674385
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研究论文 | 本研究利用深度单细胞RNA测序数据,系统地研究了成年小鼠皮质中超过100种转录组定义的神经元类型的可变剪接(AS)调控 | 发现了谷氨酸能和GABA能神经元之间以及每个神经元类别内子类之间的独特剪接程序,并揭示了RNA结合蛋白(RBPs)在不同神经元类型中的特异性表达和活性 | NA | 探讨可变剪接在神经元细胞类型分子多样性中的贡献 | 成年小鼠皮质中的神经元类型 | 基因调控 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过100种转录组定义的神经元类型 | NA | NA | NA | NA |
| 117 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptome profiling reveals β cell maturation in stem cell-derived islets after transplantation
2021-Mar-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.108850
PMID:33691098
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 118 | 2024-08-09 |
Multiple sclerosis risk gene Mertk is required for microglial activation and subsequent remyelination
2021-03-09, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.108835
PMID:33691116
|
研究论文 | 本文研究了多发性硬化症风险基因Mertk在微胶质细胞激活及随后的髓鞘再生中的作用 | 首次证明了Mertk基因在髓鞘再生中的关键作用,并揭示了其在微胶质细胞激活、吞噬和迁移中的具体机制 | NA | 探讨Mertk基因在多发性硬化症髓鞘再生中的作用及其机制 | Mertk基因敲除小鼠与野生型小鼠在髓鞘再生过程中的差异 | 神经科学 | 多发性硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | Mertk基因敲除小鼠与野生型小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 119 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomic analysis of eutopic endometrium and ectopic lesions of adenomyosis
2021-Mar-08, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-021-00562-z
PMID:33685511
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了异位子宫内膜和腺肌症异位病变的基因表达模式变化,并探讨了腺肌症潜在的新发病机制 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了腺肌症异位病变与正常子宫内膜之间基因表达模式的差异,并发现了具有肿瘤样特征的高拷贝数变异细胞亚群 | 研究样本量较小,仅包括一个对照组和一个腺肌症患者样本,可能影响结果的普遍性和可靠性 | 揭示腺肌症的精确发病机制,并探索潜在的治疗策略 | 异位子宫内膜和腺肌症异位病变的细胞 | 数字病理学 | 妇科疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 1个对照组样本,1个腺肌症患者样本,3个平滑肌瘤样本,3个腺肌症样本 | NA | NA | NA | NA |
| 120 | 2024-08-09 |
Immune cell profiling of the cerebrospinal fluid enables the characterization of the brain metastasis microenvironment
2021-03-08, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21789-x
PMID:33686071
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序结合T细胞受体基因分型,研究了脑转移瘤和匹配的脑脊液中的免疫细胞特征 | 首次通过分析脑脊液中的免疫细胞,提供了一种非侵入性的方法来预测免疫检查点抑制剂的反应,并识别脑转移瘤中的T细胞受体克隆型 | NA | 研究脑转移瘤微环境中的免疫细胞特征,并探索预测免疫检查点抑制剂反应的新方法 | 脑转移瘤和脑脊液中的免疫细胞 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |