单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
81	2024-08-09	scGNN is a novel graph neural network framework for single-cell RNA-Seq analyses 2021-03-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22197-x PMID:33767197	研究论文	本文介绍了一种名为scGNN的图神经网络框架，用于单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析	scGNN框架通过图神经网络形式化和聚合细胞间关系，并使用左截断混合高斯模型模拟异质基因表达模式，集成了三种迭代多模态自编码器	NA	提供一个无假设的深度学习框架，用于scRNA-Seq分析	单细胞RNA测序数据，特别是基因表达的稀疏性和复杂差异模式	机器学习	阿尔茨海默病	scRNA-Seq	图神经网络	基因表达数据	13,214个来自尸检脑组织中的单核细胞
82	2024-08-09	ModularBoost: an efficient network inference algorithm based on module decomposition 2021-Mar-24, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04074-y PMID:33761871	研究论文	本研究提出了一种基于模块分解的高效基因调控网络（GRN）推断算法ModularBoost	该方法通过数据驱动的模块检测，引入拓扑约束，提高了推断网络的生物物理意义	NA	提高基因调控网络推断的准确性和效率	基因调控网络的推断	生物信息学	NA	ICA-decomposition	ModularBoost	转录组数据	涉及时间序列表达数据、精选数据和单细胞RNA测序数据
83	2024-08-09	Cell-type identity of the avian cochlea 2021-03-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108900 PMID:33761346	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对鸟类耳蜗的细胞类型进行了鉴定和描述	发现了鸟类耳蜗中一种先前未知的感音毛细胞亚群，称为superior tall hair cells，并鉴定了与之相关的支持细胞的标记物	NA	研究鸟类耳蜗的细胞类型，为内耳再生研究提供基础	鸟类耳蜗的感音毛细胞和支持细胞	神经生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
84	2024-08-09	Transcriptomic characterization of dying hair cells in the avian cochlea 2021-03-23, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.108902 PMID:33761357	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和轨迹分析，研究了鸟类耳蜗中因氨基糖苷类抗生素处理而死亡的毛细胞的转录组特征	首次揭示了鸟类耳蜗中高毛细胞和矮毛细胞在死亡过程中基因表达的差异，特别是钾离子通道相关基因的显著上调	NA	研究鸟类耳蜗中毛细胞的死亡和再生机制，为哺乳动物毛细胞保护和再生提供资源	鸟类耳蜗中的毛细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过15,000个基因在鸟类耳蜗毛细胞中的表达
85	2024-08-09	A single-cell atlas of the healthy breast tissues reveals clinically relevant clusters of breast epithelial cells 2021-03-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100219 PMID:33763657	研究论文	本文通过快速组织收集/处理协议对健康女性乳腺活检样本进行单细胞RNA测序，识别了23个乳腺上皮细胞簇，并分析了这些细胞簇在乳腺癌中的表达模式	开发了一种快速组织收集/处理协议，用于对健康女性乳腺组织进行单细胞RNA测序，并首次在健康乳腺组织中识别出23个上皮细胞簇	NA	揭示成人器官的细胞结构，并分析这些细胞簇在乳腺癌中的表达模式	健康女性乳腺组织和乳腺癌样本	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	约3,000个乳腺癌样本和超过550个ER+乳腺癌样本
86	2024-08-09	Fabrication of 3D Cardiac Microtissue Arrays using Human iPSC-Derived Cardiomyocytes, Cardiac Fibroblasts, and Endothelial Cells 2021-03-14, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/61879 PMID:33779590	研究论文	本文介绍了一种使用人类诱导多能干细胞（iPSCs）衍生的心肌细胞、心脏成纤维细胞和内皮细胞制造3D心脏微组织阵列的技术	该技术采用简便的复制成型技术，允许在标准的多孔细胞培养板中培养心脏微组织数周，且能在3天内自组装形成可观察的心脏微组织收缩	该系统在制造过程中需要微制造专业知识，且目前缺乏血管细胞和心脏成纤维细胞	旨在研究不同心血管细胞类型之间的复杂相互作用，推动药物发现和疾病模型的验证研究	研究对象包括心肌细胞、心脏成纤维细胞和内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	涉及多种细胞类型，具体数量未详述
87	2024-08-09	Integrative genomic analysis of early neurogenesis reveals a temporal genetic program for differentiation and specification of preplate and Cajal-Retzius neurons 2021-03, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009355 PMID:33760820	研究论文	本研究利用Ebf2-EGFP转基因小鼠，揭示了早期神经发生和Cajal-Retzius细胞分化的动态转录组特征	发现了早期神经分化过程中涉及的新编码基因和长非编码RNA，并通过体外和体内功能实验进行了验证	单细胞测序分析未发现具有不同区域起源的细胞明显聚类	揭示早期神经发生和Cajal-Retzius细胞分化的分子机制	早期神经发生和Cajal-Retzius细胞的分化过程	神经科学	NA	RNA-seq, ChIP-seq, 单细胞测序	NA	基因表达数据	多个早期神经发生阶段的小鼠样本
88	2024-08-09	PPARγ marks splenic precursors of multiple nonlymphoid-tissue Treg compartments 2021-03-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2025197118 PMID:33753509	研究论文	本文探讨了表达低水平转录因子PPARγ的脾脏Treg细胞作为多个非淋巴组织Treg细胞前体的发现及其功能	发现脾脏中表达低水平PPARγ的Treg细胞群是多个非淋巴组织Treg细胞的前体，这一发现为实验或治疗调控非淋巴组织Treg细胞的产生提供了可能	NA	研究脾脏Treg细胞在非淋巴组织中的前体作用及其转录异质性	脾脏Treg细胞及其在非淋巴组织中的前体作用	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
89	2024-08-09	Single-cell transcriptomics of the Drosophila wing disc reveals instructive epithelium-to-myoblast interactions 2021-03-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.61276 PMID:33749594	研究论文	本文利用单细胞转录组学技术，研究了果蝇翅盘发育过程中的上皮细胞与肌细胞前体之间的相互作用。	本文首次生成了翅盘的时序细胞图谱，并识别了介导上皮细胞与成年肌肉前体细胞信号传导的配体-受体对。	NA	探讨上皮细胞与肌细胞前体在果蝇翅盘发育中的相互作用。	果蝇翅盘的上皮细胞与肌细胞前体。	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	两个发育时间点的翅盘样本
90	2024-08-09	Hedgehog-induced PD-L1 on tumor-associated macrophages is critical for suppression of tumor-infiltrating CD8+ T cell function 2021-03-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.146707 PMID:33749663	研究论文	本研究使用髓系特异性Pdl1敲除小鼠模型，证明了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）上PD-L1的表达对抑制肿瘤内CD8+ T细胞功能至关重要	首次报道了Sonic hedgehog（Shh）通过信号转导子和转录激活子3依赖的途径上调TAMs中PD-L1的表达，从而抑制肿瘤浸润CD8+ T细胞功能	NA	探讨肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞上PD-L1表达在抑制抗肿瘤免疫中的精确作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和肿瘤内CD8+ T细胞	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	人类肝细胞癌样本
91	2024-08-09	The migratory pathways of the cells that form the endocardium, dorsal aortae, and head vasculature in the mouse embryo 2021-03-22, BMC developmental biology DOI:10.1186/s12861-021-00239-3 PMID:33752600	研究论文	本文研究了小鼠胚胎中形成心内膜、背主动脉和头部血管的细胞的迁移路径	利用新开发的成像技术和Tal1及Flk1报告小鼠系，直接观察并可视化了细胞的三维迁移轨迹	NA	探究小鼠胚胎中主要胚胎血管形成的细胞来源及其迁移路径	小鼠胚胎中的心内膜、背主动脉和头部血管的细胞	NA	NA	单细胞转录组学和成像技术	NA	图像	NA
92	2024-08-09	WASP: a versatile, web-accessible single cell RNA-Seq processing platform 2021-Mar-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-021-07469-6 PMID:33736596	研究论文	本文介绍了一种名为WASP的软件平台，用于处理基于Drop-Seq的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据	WASP是目前唯一一个免费且结合了ddSEQ和10x数据预处理和后处理的软件包	NA	开发一个直观且易于使用的工具来处理和探索scRNA-seq数据	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达矩阵	NA
93	2024-08-09	Noise regularization removes correlation artifacts in single-cell RNA-seq data preprocessing 2021-Mar-12, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2021.100211 PMID:33748795	研究论文	本研究评估了五种代表性的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据标准化/插补方法对人类细胞图谱骨髓数据中基因-基因关联推断的影响，并提出了一种模型无关的噪声正则化方法来消除相关性伪影	提出了一种模型无关的噪声正则化方法，有效消除了数据预处理步骤中引入的虚假相关性	NA	评估scRNA-seq数据预处理方法对基因-基因关联推断的影响，并提出改进方法	scRNA-seq数据预处理方法及其对基因-基因关联的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	模型无关	基因表达数据	人类细胞图谱骨髓数据
94	2024-08-09	[Advances in research on the development of female germ cells] 2021-Mar-10, Zhonghua yi xue yi chuan xue za zhi = Zhonghua yixue yichuanxue zazhi = Chinese journal of medical genetics DOI:10.3760/cma.j.cn511374-20200226-00102 PMID:33751544	研究论文	本文主要研究女性生殖细胞发育的两个阶段：胎儿期生殖细胞和青春期后的卵泡发生中的卵母细胞，以及关键阶段如有丝分裂-减数分裂转换、减数分裂停滞和重新激活的分子事件。	近年来，单细胞转录组研究揭示了卵子发生和卵泡发生过程中基因表达、信号通路和表观遗传修饰的阶段特异性模式。	NA	探讨女性生殖细胞发育的关键阶段及其分子机制，为生殖遗传学研究的临床应用提供重要见解。	女性生殖细胞的发育过程及其分子事件。	生殖生物学	生殖细胞相关疾病	单细胞转录组	NA	基因表达数据	NA
95	2024-08-09	JSOM: Jointly-evolving self-organizing maps for alignment of biological datasets and identification of related clusters 2021-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008804 PMID:33724985	研究论文	本文提出了一种名为JSOM的算法，用于对齐生物数据集并识别相关集群	JSOM算法是自组织映射的一种变体，通过构建两个低维离散化表示的数据集映射，使它们根据两个数据集共同演化，从而实现数据集的对齐	NA	开发一种计算方法，用于对齐不同的单细胞数据集，以便进行数据集成和解释	单细胞数据集，包括流式细胞术、质谱细胞术和单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	自组织映射	自组织映射	单细胞数据	NA
96	2024-08-09	Single-cell RNA-seq analysis reveals compartment-specific heterogeneity and plasticity of microglia 2021-Mar-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102186 PMID:33718838	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了大脑皮层和脊髓中微胶质细胞的亚型及其异质性和可塑性	首次揭示了大脑皮层和脊髓中微胶质细胞在不同区域的异质性和可塑性差异	NA	探究微胶质细胞在不同中枢神经系统区域的异质性和可塑性	大脑皮层和脊髓中的微胶质细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	C57/BL和HIV gp120转基因小鼠的样本，年龄分别为两个月、四个月和八个月
97	2024-08-09	Age-related changes in polycomb gene regulation disrupt lineage fidelity in intestinal stem cells 2021-03-16, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.62250 PMID:33724181	研究论文	本文通过全基因组染色质可及性和转录组分析以及单细胞RNA测序，探讨了衰老肠道中干细胞内在变化对谱系决策的影响。	首次揭示了衰老过程中肠道干细胞中Polycomb（Pc）基因调控的变化，及其对肠内分泌（EE）细胞分化和谱系特异性的影响。	研究主要集中在果蝇模型上，可能需要进一步在哺乳动物模型中验证这些发现。	探究衰老过程中肠道干细胞谱系忠诚度的变化及其机制。	衰老肠道中的干细胞及其谱系特异性。	NA	NA	全基因组染色质可及性分析、转录组分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中提及
98	2024-08-09	Mapping the immune microenvironment for mandibular alveolar bone homeostasis at single-cell resolution 2021-Mar-15, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-021-00141-5 PMID:33723232	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序构建了小鼠下颌牙槽骨的单细胞图谱，揭示了牙槽骨中更为活跃的免疫微环境	首次系统性地解释了牙槽骨在单细胞水平上的免疫微环境，发现牙槽骨中成熟的免疫细胞比例高于长骨，并且单核/巨噬细胞亚群与间充质干细胞亚群之间的相互作用更为活跃	NA	揭示牙槽骨独特的免疫微环境，为口腔疾病的免疫调节治疗提供精确靶点	小鼠下颌牙槽骨的免疫微环境	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞RNA测序数据	小鼠下颌牙槽骨样本
99	2024-08-09	Targeting Erbin in B cells for therapy of lung metastasis of colorectal cancer 2021-03-12, Signal transduction and targeted therapy IF:40.8Q1 DOI:10.1038/s41392-021-00501-x PMID:33707428	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和临床样本分析，揭示了Erbin在B细胞中的作用及其在结直肠癌肺转移中的机制	首次发现Erbin在B细胞中的表达与结直肠癌肺转移有关，并证实通过靶向Erbin可以抑制肿瘤的肺转移	研究主要在动物模型中进行，需要进一步的临床试验验证其治疗效果	探究结直肠癌肺转移的机制及潜在治疗策略	结直肠癌肺转移中的B细胞和Erbin的作用	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自结直肠癌肺转移患者的临床样本
100	2024-08-09	Understanding Heart Field Progenitor Cells for Modeling Congenital Heart Diseases 2021-03-11, Current cardiology reports IF:3.1Q2 DOI:10.1007/s11886-021-01468-5 PMID:33694131	综述	本文综述了心脏发育过程中涉及的两个不同心脏前体细胞群体（第一和第二心脏场）的信号通路和转录因子，以及它们与先天性心脏病的关联	单细胞转录组学、谱系追踪小鼠模型和基于干细胞的心脏发生体外模型显著改善了心脏前体细胞的时空特征化。此外，新的功能基因组学研究已经将更多的遗传变异与先天性心脏病联系起来	NA	旨在描述连接心脏场发育和先天性心脏病的信号通路和转录因子	心脏前体细胞及其在心脏发育中的作用	NA	先天性心脏病	单细胞转录组学	NA	基因组数据	NA