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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 81 | 2024-08-09 |
Spinal Inhibitory Interneurons: Gatekeepers of Sensorimotor Pathways
2021-Mar-06, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms22052667
PMID:33800863
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综述 | 本文综述了脊髓抑制性中间神经元在感觉运动通路中的作用及其在脊髓微环路中的组织和功能 | 通过转基因操作、神经化学分析和单细胞转录组学等方法,识别出表达一系列遗传和/或神经化学标记的抑制性中间神经元群体,构成功能性微环路 | NA | 探讨抑制性中间神经元在脊髓中的组织方式及其在感觉运动通路中的调控作用,为治疗与抑制功能缺陷相关的病理状况提供潜在的治疗靶点 | 脊髓抑制性中间神经元及其在感觉运动通路中的作用 | 神经科学 | 感觉和运动障碍 | 转基因操作、神经化学分析、单细胞转录组学 | NA | 基因和神经化学标记 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 82 | 2024-08-09 |
The transcriptional landscape of Venezuelan equine encephalitis virus (TC-83) infection
2021-03, PLoS neglected tropical diseases
IF:3.4Q1
DOI:10.1371/journal.pntd.0009306
PMID:33788849
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,分析了委内瑞拉马脑炎病毒(TC-83株)感染人星形胶质细胞后的宿主转录组和病毒RNA | 首次在单细胞水平上同时分析宿主转录组和病毒RNA,揭示了病毒感染过程中的细胞间异质性,并识别了抗病毒治疗的潜在靶点 | NA | 研究委内瑞拉马脑炎病毒与宿主细胞的相互作用,寻找抗病毒治疗的潜在靶点 | 委内瑞拉马脑炎病毒(TC-83株)感染的人星形胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 数千个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 83 | 2024-08-09 |
The Role of Diagnostic Biomarkers, Omics Strategies, and Single-Cell Sequencing for Nonalcoholic Fatty Liver Disease in Severely Obese Patients
2021-Mar-01, Journal of clinical medicine
IF:3.0Q1
DOI:10.3390/jcm10050930
PMID:33804302
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研究论文 | 本文探讨了诊断生物标志物、组学策略和单细胞测序在严重肥胖患者非酒精性脂肪肝病中的作用 | 文章介绍了组学技术和单细胞测序在发现生物标志物和增加对非酒精性肝病及脂肪性肝炎病理生理学理解方面的最新进展 | 当前诊断工具如弹性成像在设备和测量质量方面存在局限,尤其是在腹部周长大和皮下脂肪多的患者中 | 旨在发现新的生物标志物,并加深对健康和受损肝脏中个体细胞类型生物学功能的理解 | 严重肥胖患者的非酒精性脂肪肝病 | NA | 非酒精性脂肪肝病 | 单细胞测序 | NA | 基因组学、转录组学和蛋白质组学数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 84 | 2024-08-09 |
A RIPK1-regulated inflammatory microglial state in amyotrophic lateral sclerosis
2021-03-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2025102118
PMID:33766915
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,在肌萎缩侧索硬化症(ALS)的小鼠模型中鉴定了一种新型的小胶质细胞亚类,称为RIPK1调控的炎症性小胶质细胞(RRIMs),并探讨了其在ALS中的作用机制 | 首次鉴定并描述了RIPK1调控的炎症性小胶质细胞(RRIMs),并揭示了其在ALS中的具体作用和调控机制 | NA | 阐明RIPK1激酶抑制在ALS小鼠模型中提供治疗益处的机制,并可能为正在进行的使用RIPK1抑制剂的ALS临床试验提供额外的生物标志物 | RIPK1调控的炎症性小胶质细胞(RRIMs)及其在ALS中的作用 | 神经退行性疾病 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型中的小胶质细胞样本 | NA | NA | NA | NA |
| 85 | 2024-08-09 |
A zero-inflated non-negative matrix factorization for the deconvolution of mixed signals of biological data
2021-03-30, The international journal of biostatistics
DOI:10.1515/ijb-2020-0039
PMID:33783171
|
研究论文 | 本文提出了一种零膨胀非负矩阵分解方法,用于解卷积生物数据中的混合信号 | 本文引入了一种零膨胀非负矩阵分解方法,并推导出有效的乘法参数更新规则,以改善在存在过多零值情况下的估计准确性 | NA | 提高生物数据中混合信号解卷积的准确性 | 脑基因表达数据和粪便微生物组数据 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解 | 零膨胀非负矩阵分解 | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 86 | 2024-08-09 |
A cross-talk between CAR T cell subsets and the tumor microenvironment is essential for sustained cytotoxic activity
2021-03-26, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abd4344
PMID:33771887
|
研究论文 | 本文报道了在免疫活性小鼠B细胞淋巴瘤模型中,CAR T细胞亚群与肿瘤微环境之间的相互作用对肿瘤控制至关重要 | 揭示了CAR T细胞通过产生IFN-γ与肿瘤微环境相互作用,增强内源性T细胞和自然杀伤细胞活性,并维持CAR T细胞的细胞毒性 | 文章未明确提及局限性 | 研究CAR T细胞与肿瘤微环境之间的相互作用及其对肿瘤治疗的影响 | CAR T细胞亚群与肿瘤微环境 | 免疫学 | 淋巴瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 免疫活性小鼠B细胞淋巴瘤模型 | NA | NA | NA | NA |
| 87 | 2024-08-09 |
Pten is a key intrinsic factor regulating raphe 5-HT neuronal plasticity and depressive behaviors in mice
2021-03-26, Translational psychiatry
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41398-021-01303-z
PMID:33771970
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研究论文 | 本文探讨了PTEN作为调节脑内5-HT神经元活性和抑郁行为的关键内在因子,并展示了其在小鼠中的作用机制 | 提出了PTEN作为调节5-HT神经元活性和抑郁行为的新治疗策略 | NA | 研究PTEN在调节5-HT神经元活性和抑郁行为中的作用 | 小鼠的5-HT神经元和抑郁行为 | 神经科学 | 抑郁 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 88 | 2024-08-09 |
The Burkholderia pseudomallei intracellular 'TRANSITome'
2021-03-26, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22169-1
PMID:33772012
|
研究论文 | 本文开发了一种'TRANSITomic'方法,用于在特定阶段分析单个Burkholderia pseudomallei细胞在宿主细胞感染过程中的转录组,从而获得病理生理学见解 | 首次提出'TRANSITome'概念,用于研究单个细菌细胞在宿主细胞内的时空特异性过程 | NA | 深入理解宿主-病原体相互作用 | Burkholderia pseudomallei细菌在宿主细胞感染过程中的转录组 | NA | NA | 转录组分析 | NA | 转录组数据 | 单个Burkholderia pseudomallei细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 89 | 2024-08-09 |
scGNN is a novel graph neural network framework for single-cell RNA-Seq analyses
2021-03-25, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-22197-x
PMID:33767197
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scGNN的图神经网络框架,用于单细胞RNA测序(scRNA-Seq)分析 | scGNN框架通过图神经网络形式化和聚合细胞间关系,并使用左截断混合高斯模型模拟异质基因表达模式,集成了三种迭代多模态自编码器 | NA | 提供一个无假设的深度学习框架,用于scRNA-Seq分析 | 单细胞RNA测序数据,特别是基因表达的稀疏性和复杂差异模式 | 机器学习 | 阿尔茨海默病 | scRNA-Seq | 图神经网络 | 基因表达数据 | 13,214个来自尸检脑组织中的单核细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 90 | 2024-08-09 |
ModularBoost: an efficient network inference algorithm based on module decomposition
2021-Mar-24, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04074-y
PMID:33761871
|
研究论文 | 本研究提出了一种基于模块分解的高效基因调控网络(GRN)推断算法ModularBoost | 该方法通过数据驱动的模块检测,引入拓扑约束,提高了推断网络的生物物理意义 | NA | 提高基因调控网络推断的准确性和效率 | 基因调控网络的推断 | 生物信息学 | NA | ICA-decomposition | ModularBoost | 转录组数据 | 涉及时间序列表达数据、精选数据和单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 91 | 2024-08-09 |
Cell-type identity of the avian cochlea
2021-03-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.108900
PMID:33761346
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术,对鸟类耳蜗的细胞类型进行了鉴定和描述 | 发现了鸟类耳蜗中一种先前未知的感音毛细胞亚群,称为superior tall hair cells,并鉴定了与之相关的支持细胞的标记物 | NA | 研究鸟类耳蜗的细胞类型,为内耳再生研究提供基础 | 鸟类耳蜗的感音毛细胞和支持细胞 | 神经生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 92 | 2024-08-09 |
Transcriptomic characterization of dying hair cells in the avian cochlea
2021-03-23, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.108902
PMID:33761357
|
研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和轨迹分析,研究了鸟类耳蜗中因氨基糖苷类抗生素处理而死亡的毛细胞的转录组特征 | 首次揭示了鸟类耳蜗中高毛细胞和矮毛细胞在死亡过程中基因表达的差异,特别是钾离子通道相关基因的显著上调 | NA | 研究鸟类耳蜗中毛细胞的死亡和再生机制,为哺乳动物毛细胞保护和再生提供资源 | 鸟类耳蜗中的毛细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 超过15,000个基因在鸟类耳蜗毛细胞中的表达 | NA | NA | NA | NA |
| 93 | 2024-08-09 |
A single-cell atlas of the healthy breast tissues reveals clinically relevant clusters of breast epithelial cells
2021-03-16, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100219
PMID:33763657
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研究论文 | 本文通过快速组织收集/处理协议对健康女性乳腺活检样本进行单细胞RNA测序,识别了23个乳腺上皮细胞簇,并分析了这些细胞簇在乳腺癌中的表达模式 | 开发了一种快速组织收集/处理协议,用于对健康女性乳腺组织进行单细胞RNA测序,并首次在健康乳腺组织中识别出23个上皮细胞簇 | NA | 揭示成人器官的细胞结构,并分析这些细胞簇在乳腺癌中的表达模式 | 健康女性乳腺组织和乳腺癌样本 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组 | 约3,000个乳腺癌样本和超过550个ER+乳腺癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 94 | 2024-08-09 |
Fabrication of 3D Cardiac Microtissue Arrays using Human iPSC-Derived Cardiomyocytes, Cardiac Fibroblasts, and Endothelial Cells
2021-03-14, Journal of visualized experiments : JoVE
DOI:10.3791/61879
PMID:33779590
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用人类诱导多能干细胞(iPSCs)衍生的心肌细胞、心脏成纤维细胞和内皮细胞制造3D心脏微组织阵列的技术 | 该技术采用简便的复制成型技术,允许在标准的多孔细胞培养板中培养心脏微组织数周,且能在3天内自组装形成可观察的心脏微组织收缩 | 该系统在制造过程中需要微制造专业知识,且目前缺乏血管细胞和心脏成纤维细胞 | 旨在研究不同心血管细胞类型之间的复杂相互作用,推动药物发现和疾病模型的验证研究 | 研究对象包括心肌细胞、心脏成纤维细胞和内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 细胞 | 涉及多种细胞类型,具体数量未详述 | NA | NA | NA | NA |
| 95 | 2024-08-09 |
Integrative genomic analysis of early neurogenesis reveals a temporal genetic program for differentiation and specification of preplate and Cajal-Retzius neurons
2021-03, PLoS genetics
IF:4.0Q1
DOI:10.1371/journal.pgen.1009355
PMID:33760820
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研究论文 | 本研究利用Ebf2-EGFP转基因小鼠,揭示了早期神经发生和Cajal-Retzius细胞分化的动态转录组特征 | 发现了早期神经分化过程中涉及的新编码基因和长非编码RNA,并通过体外和体内功能实验进行了验证 | 单细胞测序分析未发现具有不同区域起源的细胞明显聚类 | 揭示早期神经发生和Cajal-Retzius细胞分化的分子机制 | 早期神经发生和Cajal-Retzius细胞的分化过程 | 神经科学 | NA | RNA-seq, ChIP-seq, 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 多个早期神经发生阶段的小鼠样本 | NA | NA | NA | NA |
| 96 | 2024-08-09 |
PPARγ marks splenic precursors of multiple nonlymphoid-tissue Treg compartments
2021-03-30, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2025197118
PMID:33753509
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研究论文 | 本文探讨了表达低水平转录因子PPARγ的脾脏Treg细胞作为多个非淋巴组织Treg细胞前体的发现及其功能 | 发现脾脏中表达低水平PPARγ的Treg细胞群是多个非淋巴组织Treg细胞的前体,这一发现为实验或治疗调控非淋巴组织Treg细胞的产生提供了可能 | NA | 研究脾脏Treg细胞在非淋巴组织中的前体作用及其转录异质性 | 脾脏Treg细胞及其在非淋巴组织中的前体作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 97 | 2024-08-09 |
Single-cell transcriptomics of the Drosophila wing disc reveals instructive epithelium-to-myoblast interactions
2021-03-22, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.61276
PMID:33749594
|
研究论文 | 本文利用单细胞转录组学技术,研究了果蝇翅盘发育过程中的上皮细胞与肌细胞前体之间的相互作用。 | 本文首次生成了翅盘的时序细胞图谱,并识别了介导上皮细胞与成年肌肉前体细胞信号传导的配体-受体对。 | NA | 探讨上皮细胞与肌细胞前体在果蝇翅盘发育中的相互作用。 | 果蝇翅盘的上皮细胞与肌细胞前体。 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 两个发育时间点的翅盘样本 | NA | NA | NA | NA |
| 98 | 2024-08-09 |
Hedgehog-induced PD-L1 on tumor-associated macrophages is critical for suppression of tumor-infiltrating CD8+ T cell function
2021-03-22, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.146707
PMID:33749663
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研究论文 | 本研究使用髓系特异性Pdl1敲除小鼠模型,证明了肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)上PD-L1的表达对抑制肿瘤内CD8+ T细胞功能至关重要 | 首次报道了Sonic hedgehog(Shh)通过信号转导子和转录激活子3依赖的途径上调TAMs中PD-L1的表达,从而抑制肿瘤浸润CD8+ T细胞功能 | NA | 探讨肿瘤微环境中肿瘤相关巨噬细胞上PD-L1表达在抑制抗肿瘤免疫中的精确作用 | 肿瘤相关巨噬细胞(TAMs)和肿瘤内CD8+ T细胞 | 免疫学 | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类肝细胞癌样本 | NA | NA | NA | NA |
| 99 | 2024-08-09 |
The migratory pathways of the cells that form the endocardium, dorsal aortae, and head vasculature in the mouse embryo
2021-03-22, BMC developmental biology
DOI:10.1186/s12861-021-00239-3
PMID:33752600
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研究论文 | 本文研究了小鼠胚胎中形成心内膜、背主动脉和头部血管的细胞的迁移路径 | 利用新开发的成像技术和Tal1及Flk1报告小鼠系,直接观察并可视化了细胞的三维迁移轨迹 | NA | 探究小鼠胚胎中主要胚胎血管形成的细胞来源及其迁移路径 | 小鼠胚胎中的心内膜、背主动脉和头部血管的细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学和成像技术 | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 100 | 2024-08-09 |
WASP: a versatile, web-accessible single cell RNA-Seq processing platform
2021-Mar-18, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-021-07469-6
PMID:33736596
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为WASP的软件平台,用于处理基于Drop-Seq的单细胞RNA测序(scRNA-Seq)数据 | WASP是目前唯一一个免费且结合了ddSEQ和10x数据预处理和后处理的软件包 | NA | 开发一个直观且易于使用的工具来处理和探索scRNA-seq数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 基因表达矩阵 | NA | NA | NA | NA | NA |