单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
41	2024-08-07	Identification of leukemic and pre-leukemic stem cells by clonal tracking from single-cell transcriptomics 2021-03-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21650-1 PMID:33649320	research paper	本文通过结合单细胞转录组学和谱系追踪技术，识别和分子表征了急性髓系白血病中的白血病干细胞和前白血病干细胞	本文采用单细胞多组学方法，结合核和线粒体体细胞变异进行谱系追踪，能够识别特定的白血病干细胞基因表达程序和由白血病突变引起的分化阻滞	NA	深入表征癌症干细胞，以期从源头上根除癌症	急性髓系白血病中的白血病干细胞和前白血病干细胞	digital pathology	白血病	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA
42	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis of mIHC images via antigen mapping 2021-03, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abc5464 PMID:33674303	研究论文	本文开发了一种方法，通过抗原映射技术将单细胞RNA测序数据与多重免疫组织化学（mIHC）图像相结合，以增强组织切片的细胞注释	提出了一种名为STvEA的新方法，通过空间解析的转录组学与表位锚定，实现对高度多重细胞计数数据集的转录组引导注释	NA	克服在多重免疫组织化学中注释细胞群体的挑战，特别是对于抗体面板未包含特定标记的细胞	小鼠脾脏中的细胞类型	数字病理学	NA	多重免疫组织化学（mIHC），单细胞RNA测序	NA	图像，转录组数据	使用已发表的小鼠脾脏的细胞计数和mIHC数据
43	2024-08-07	BARcode DEmixing through Non-negative Spatial Regression (BarDensr) 2021-03, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008256 PMID:33684106	研究论文	本文开发了一种新的分析方法BarDensr，用于解决空间转录组学中转录本混合的问题	BarDensr通过非负空间回归的生成模型和稀疏凸优化方法，有效地估计了混合转录本的密度	NA	开发一种新的分析方法，以提高在高度混合转录本情况下的信号恢复能力	空间转录组学中的转录本混合问题	空间转录组学	NA	非负空间回归	生成模型	图像	NA
44	2024-08-07	Single-cell transcriptomics provides new insights into the role of fibroblasts during peritoneal fibrosis 2021-03, Clinical and translational medicine IF:7.9Q1 DOI:10.1002/ctm2.321 PMID:33784014	研究论文	本研究利用单细胞转录组学技术，探讨了腹膜纤维化过程中成纤维细胞的作用	通过单细胞RNA测序技术，提供了细胞水平的转录组分析，揭示了不同纤维化阶段细胞类型特异性的生物学过程	NA	探讨透析相关腹膜纤维化中不同细胞群体的贡献	正常腹膜组织、短期和长期腹膜透析患者的腹膜组织	数字病理学	腹膜纤维化	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	正常腹膜组织6例，短期腹膜透析患者6例，长期腹膜透析患者4例
45	2024-08-07	Inferring microenvironmental regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing data using scMLnet with an application to COVID-19 2021-03-22, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbaa327 PMID:33341869	研究论文	本研究提出了一种基于单细胞RNA测序数据的多层网络方法（scMLnet），用于推断细胞微环境对基因表达的调控	scMLnet不仅模拟了细胞间的功能性通信，还模拟了细胞内的基因调控网络，为理解基因表达的微环境调控提供了一种新方法	NA	旨在揭示细胞微环境对基因表达的调控机制，特别是在COVID-19中的应用	研究对象包括COVID-19患者的单细胞RNA测序数据以及SARS-CoV-2受体ACE2的表达调控	生物信息学	COVID-19	单细胞RNA测序	多层网络模型	单细胞RNA测序数据	涉及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据
46	2024-08-07	Single-cell transcriptomic analysis reveals key immune cell phenotypes in the lungs of patients with asthma exacerbation 2021-03, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2020.09.032 PMID:33039479	研究论文	本研究通过单细胞转录组分析，揭示了哮喘急性发作患者肺部关键免疫细胞表型	本研究首次在单细胞水平上识别了与哮喘急性发作强烈相关的候选基因，并揭示了多个细胞簇中共享的复杂分子框架	NA	旨在识别与哮喘急性发作在细胞水平上强烈相关的候选基因	哮喘急性发作患者及健康对照者的支气管肺泡灌洗液中的细胞	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	细胞	哮喘急性发作患者和健康对照者
47	2024-08-07	Inhibitory CD161 receptor identified in glioma-infiltrating T cells by single-cell analysis 2021-03-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.01.022 PMID:33592174	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了31名IDH野生型胶质母细胞瘤和IDH突变型胶质瘤患者的肿瘤浸润T细胞的基因表达和克隆景观	首次揭示了胶质瘤浸润T细胞中CD161作为候选抑制性受体的表达，并证明了其作为免疫治疗靶点的潜力	NA	探索胶质瘤中T细胞的基因表达模式及其在癌症免疫治疗中的作用	胶质瘤浸润T细胞的基因表达和克隆景观	数字病理学	胶质瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	31名患者
48	2024-08-07	Comprehensive single-cell sequencing reveals the stromal dynamics and tumor-specific characteristics in the microenvironment of nasopharyngeal carcinoma 2021-03-09, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21795-z PMID:33750785	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞动态和肿瘤特异性特征	首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞群及其亚群，并揭示了其对患者预后和治疗结果的影响	研究仅基于14名患者的样本，可能需要更多样本以增强结果的普遍性	深入理解鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞动态，以促进癌症诊断、治疗和预后	鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞及其亚群	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	66,627个细胞来自14名患者
49	2024-08-07	Development of double-positive thymocytes at single-cell resolution 2021-03-26, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00861-7 PMID:33771202	研究论文	本研究利用单细胞测序技术对小鼠胸腺细胞进行分析，通过无监督聚类定义胸腺细胞亚型，并验证双阳性细胞亚型	首次详细研究了双阳性T细胞的发育过程，并发现了不同发育阶段的双阳性胸腺细胞亚型及其特征	NA	深入理解胸腺细胞发育的基本免疫学过程	小鼠和人类的胸腺细胞	NA	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	NA
50	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals cell type- and artery type-specific vascular remodelling in male spontaneously hypertensive rats 2021-03-21, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvaa164 PMID:32589721	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了自发性高血压大鼠模型中血管重塑的细胞类型和动脉类型特异性变化。	首次在高血压动物模型中提供了抗性和导电动脉的细胞全景图，并系统地描述了在高血压血管重塑过程中无偏倚、动脉类型特异性和细胞类型特异性的失调基因谱。	NA	描述高血压中的系统性血管重塑，特别是动脉类型和细胞类型特异性的变化。	自发性高血压大鼠的肠系膜动脉和大动脉的细胞。	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	超过20,000个细胞
51	2024-08-07	Tristetraprolin expression by keratinocytes protects against skin carcinogenesis 2021-03-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.140669 PMID:33497366	研究论文	本文研究了角质形成细胞中tristetraprolin（TTP）表达对皮肤癌发生的影响	首次展示了TTP在皮肤化学致癌过程中的关键调控作用，并揭示了其在调控肿瘤相关炎症和关键致癌途径中的作用	NA	探讨TTP在皮肤癌发生中的作用及其机制	TTP在角质形成细胞中的表达及其对皮肤癌发生的影响	NA	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
52	2024-08-07	Transient ACE (Angiotensin-Converting Enzyme) Inhibition Suppresses Future Fibrogenic Capacity and Heterogeneity of Cardiac Fibroblast Subpopulations 2021-03-03, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979) DOI:10.1161/HYPERTENSIONAHA.120.16352 PMID:33486989	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨短暂使用血管紧张素转换酶抑制剂对心脏成纤维细胞亚群的影响	首次揭示了短暂使用ACE抑制剂能够持久改变心脏成纤维细胞亚群的分布和活性，从而减少纤维化表型	研究仅在自发性高血压大鼠模型中进行，结果的普遍性和临床应用需进一步验证	探讨短暂使用ACE抑制剂对心脏成纤维细胞亚群的影响及其保护机制	自发性高血压大鼠的心脏成纤维细胞	心血管疾病	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	每组7只自发性高血压大鼠
53	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the induction of novel myeloid and myeloid-associated cell populations in visceral fat with long-term obesity 2021-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202001970R PMID:33566380	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、免疫荧光和流式细胞术，鉴定了小鼠附睾/内脏脂肪组织中的髓系细胞个体群	发现了与长期肥胖相关的新的髓系和髓系相关细胞群，并验证了一种具有髓系和间充质特性的新型髓系/巨噬细胞群	NA	探究长期肥胖下内脏脂肪中髓系细胞群的变化及其在肥胖相关炎症和纤维化中的作用	小鼠内脏脂肪组织中的髓系细胞	数字病理学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
54	2024-08-07	High-dimensional analysis of the adenosine pathway in high-grade serous ovarian cancer 2021-03, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2020-001965 PMID:33771891	研究论文	本研究通过多参数平台分析了高级别浆液性卵巢癌中胞外ATP水解为腺苷（eADO）途径的影响	揭示了eADO信号在高级别浆液性卵巢癌中的临床和免疫学影响，以及CD39的化学保护作用，支持在卵巢癌患者中评估eADO靶向药物	NA	研究高级别浆液性卵巢癌中eADO途径的影响	高级别浆液性卵巢癌患者	癌症研究	卵巢癌	转录组元分析、组织微阵列、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质表达数据	约1200名高级别浆液性卵巢癌患者和约1000例组织微阵列样本
55	2024-08-07	Resolving cellular systems by ultra-sensitive and economical single-cell transcriptome filtering 2021-Mar-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2021.102147 PMID:33665566	研究论文	本文介绍了一种名为Constellation-Seq的分子转录组过滤技术，该技术通过最大化读取利用率并减少数据稀疏性和测序成本，提高了单细胞转录组的敏感性	Constellation-Seq技术提供了两个数量级的敏感性提升，能够可靠地测量基因表达的变化	NA	旨在解决单细胞转录组分析中的敏感性限制问题	单细胞转录组分析中的低丰度转录本识别	单细胞测序	NA	Constellation-Seq	NA	转录组数据	外周血单个核细胞样本
56	2024-08-07	Population-scale single-cell RNA-seq profiling across dopaminergic neuron differentiation 2021-03, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00801-6 PMID:33664506	研究论文	研究使用高效的复用策略将215个人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为中脑神经命运，包括多巴胺能神经元，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）在三个分化时间点对超过100万个细胞进行分析	本研究展示了如何通过结合单细胞RNA测序与长期的iPSC分化，实现对人类性状相关遗传变异的机制研究	NA	研究常见遗传变异在人类主要组织和发育过程中的功能	人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为中脑神经元，特别是多巴胺能神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	215个人类诱导多能干细胞（iPSC）线
57	2024-08-07	Single-Cell Toolkits Opening a New Era for Cell Engineering 2021-Mar-31, Molecules and cells IF:3.7Q2 DOI:10.14348/molcells.2021.0002 PMID:33795531	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）工具包的发展及其在细胞工程中的应用	介绍了单细胞RNA测序技术的发展，使得研究人员能够以单细胞分辨率比较转录组，从而更深入地理解细胞功能	高吞吐量的单细胞'omics'工具的快速发展需要有效的假设验证策略	探讨细胞工程工具包的当前状态及其对单细胞和全基因组数据收集与分析的贡献	单细胞RNA测序工具包及其在细胞工程中的应用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA
58	2024-08-07	Evaluating Capture Sequence Performance for Single-Cell CRISPR Activation Experiments 2021-Mar-19, ACS synthetic biology IF:3.7Q1 DOI:10.1021/acssynbio.0c00499 PMID:33625849	研究论文	本文评估了单细胞CRISPR激活实验中捕获序列性能的影响	引入了特征条形码技术，允许同时捕获mRNA和gRNA	该技术尚处于起步阶段，缺乏优化实验参数的信息	识别CRISPR激活基因扰动研究的最佳gRNA支架	捕获序列、捕获序列位置和gRNA骨架	NA	NA	单细胞RNA测序、CRISPR激活	NA	mRNA、gRNA	NA
59	2024-08-07	Detection of gene cis-regulatory element perturbations in single-cell transcriptomes 2021-Mar, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1008789 PMID:33711017	研究论文	介绍了一种基于poly-adenine CRISPR gRNA的单细胞RNA测序方法（pAC-Seq），用于直接观察scRNA-seq中的gRNAs，并评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果	pAC-Seq能够检测到顺式调控引起的靶基因表达改变，即使在只有约5%的细胞中发生双等位基因丢失	低比例的双等位基因丢失显著增加了检测调控基因组变化后果所需的细胞数量	评估CRISPR/Cas9对基因顺式调控区域改变的表型后果	基因顺式调控区域的改变及其对靶基因表达的影响	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	约5%的细胞发生双等位基因丢失
60	2024-08-08	Single-cell profiling lights different cell trajectories in plants 2021-Mar, aBIOTECH IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s42994-021-00040-7 PMID:36304478	综述	本文主要讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）方法在植物干细胞维持和分化、细胞对环境变化的响应以及scRNA-seq改进策略方面的最新见解	介绍了scRNA-seq在植物干细胞维持和分化中的应用，以及空间转录组学、表观基因组学和单细胞多组学等技术的新视角	NA	探讨scRNA-seq在植物干细胞维持和分化中的应用及其改进策略	植物干细胞的维持和分化	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	NA