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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 41 | 2024-08-07 |
Single cell transcriptomics reveals lineage trajectory of retinal ganglion cells in wild-type and Atoh7-null retinas
2021-03-05, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21704-4
PMID:33674582
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组学技术,揭示了野生型和Atoh7缺失型视网膜中视网膜神经节细胞(RGC)的谱系轨迹 | 发现了在Atoh7缺失的情况下,RGC谱系的意外出现,并揭示了视网膜前体细胞(RPCs)在过渡状态下的谱系特异性基因共表达 | NA | 进一步研究转录因子Atoh7、Pou4f2和Isl1在视网膜神经节细胞谱系建立中的作用 | 野生型和Atoh7缺失型视网膜细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 野生型和突变型视网膜细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 42 | 2024-08-07 |
Single-cell differential splicing analysis reveals high heterogeneity of liver tumor-infiltrating T cells
2021-03-05, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-84693-w
PMID:33674641
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研究论文 | 本研究开发了一种新的计算工具DESJ-detection,用于在单细胞水平上准确检测细胞组间的差异表达剪接接头(DESJs),并分析了肝细胞癌中的T细胞 | 首次开发了DESJ-detection工具,用于在单细胞水平上检测差异表达的剪接接头,并发现了新的细胞状态pre-activation | NA | 研究肿瘤浸润淋巴细胞(TILs)的异质性与癌症发生和进展的关系 | 肝细胞癌中的T细胞 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 5063个T细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 43 | 2024-08-07 |
Osteoclasts recycle via osteomorphs during RANKL-stimulated bone resorption
2021-03-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.02.002
PMID:33636130
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研究论文 | 本文通过活体成像技术揭示了RANKL刺激下的破骨细胞通过分裂成称为骨形态细胞的子细胞进行细胞再循环的过程 | 发现了破骨细胞在RANKL刺激下的一种新命运,即分裂成骨形态细胞,这一发现挑战了破骨细胞在吸收完成后会凋亡的传统观点 | NA | 探讨破骨细胞在RANKL刺激下的细胞命运及其对骨吸收的影响 | 破骨细胞及其分裂产物骨形态细胞 | NA | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 44 | 2024-08-07 |
Pluripotent stem cell-derived models of neurological diseases reveal early transcriptional heterogeneity
2021-03-04, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02301-6
PMID:33663567
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞,发现疾病状态下神经元的转录异质性增加,并使用诱导多能干细胞模型验证了这一发现。 | 首次揭示了神经退行性疾病早期阶段的转录调控失衡现象,并提出早期干预可能具有高诊断价值。 | 研究主要集中在亨廷顿病和自闭症谱系障碍的模型上,可能需要进一步扩展到其他神经退行性疾病。 | 探究神经退行性疾病早期阶段的转录异质性及其潜在的干预策略。 | 阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞以及诱导多能干细胞衍生的神经前体细胞。 | 神经科学 | 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用亨廷顿病的诱导多能干细胞(72Q; 180Q)及其衍生的神经前体细胞进行实验。 | NA | NA | NA | NA |
| 45 | 2024-08-07 |
Exploring the stage-specific roles of Tcf-1 in T cell development and malignancy at single-cell resolution
2021-03, Cellular & molecular immunology
IF:21.8Q1
DOI:10.1038/s41423-020-00527-1
PMID:32868912
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研究论文 | 本研究通过条件性删除Tcf-1基因,探讨了Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的阶段特异性作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了Tcf-1在不同发育阶段对T细胞命运分化的调控机制,并发现了Tcf-1缺乏导致白血病转化的潜在细胞群 | 研究主要集中在小鼠模型上,需要进一步在人类样本中验证结果 | 揭示Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的具体机制 | Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的作用 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及不同发育阶段的T细胞群 | NA | NA | NA | NA |
| 46 | 2024-08-07 |
Spage2vec: Unsupervised representation of localized spatial gene expression signatures
2021-03, The FEBS journal
DOI:10.1111/febs.15572
PMID:32976679
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研究论文 | 本文介绍了一种无监督且无需分割的方法spage2vec,用于解析复杂组织在亚细胞分辨率下的空间转录组异质性 | spage2vec通过将组织样本的空间转录组景观表示为图,并利用机器学习图表示技术创建局部空间基因表达的低维表示,无需细胞分割或先验生物学知识 | NA | 开发一种新的方法来解析组织中的空间转录组异质性 | 小鼠大脑数据和数百个单个细胞的空间基因表达数据 | 机器学习 | NA | 机器学习图表示技术 | NA | 基因表达数据 | 小鼠大脑数据来自三种不同的原位转录组测定法,以及包含数百个单个细胞的空间基因表达数据 | NA | NA | NA | NA |
| 47 | 2024-08-07 |
Corneal nonmyelinating Schwann cells illuminated by single-cell transcriptomics and visualized by protein biomarkers
2021-03, Journal of neuroscience research
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/jnr.24757
PMID:33197966
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序、显微镜和转基因技术,对中央角膜的非髓鞘化施万细胞(nm-cSCs)进行了特征描述 | 首次通过单细胞RNA测序和其他技术手段,成功识别并验证了nm-cSCs的蛋白质表达,为研究角膜感觉功能提供了新的工具和见解 | NA | 研究中央角膜的非髓鞘化施万细胞(nm-cSCs)的特征,并探索其在神经修复和角膜感觉功能研究中的应用 | 中央角膜的非髓鞘化施万细胞(nm-cSCs) | NA | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 来自雄性兔子的中央角膜细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 48 | 2024-08-07 |
Identification of leukemic and pre-leukemic stem cells by clonal tracking from single-cell transcriptomics
2021-03-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21650-1
PMID:33649320
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research paper | 本文通过结合单细胞转录组学和谱系追踪技术,识别和分子表征了急性髓系白血病中的白血病干细胞和前白血病干细胞 | 本文采用单细胞多组学方法,结合核和线粒体体细胞变异进行谱系追踪,能够识别特定的白血病干细胞基因表达程序和由白血病突变引起的分化阻滞 | NA | 深入表征癌症干细胞,以期从源头上根除癌症 | 急性髓系白血病中的白血病干细胞和前白血病干细胞 | digital pathology | 白血病 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 49 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis of mIHC images via antigen mapping
2021-03, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abc5464
PMID:33674303
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研究论文 | 本文开发了一种方法,通过抗原映射技术将单细胞RNA测序数据与多重免疫组织化学(mIHC)图像相结合,以增强组织切片的细胞注释 | 提出了一种名为STvEA的新方法,通过空间解析的转录组学与表位锚定,实现对高度多重细胞计数数据集的转录组引导注释 | NA | 克服在多重免疫组织化学中注释细胞群体的挑战,特别是对于抗体面板未包含特定标记的细胞 | 小鼠脾脏中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 多重免疫组织化学(mIHC),单细胞RNA测序 | NA | 图像,转录组数据 | 使用已发表的小鼠脾脏的细胞计数和mIHC数据 | NA | NA | NA | NA |
| 50 | 2024-08-07 |
BARcode DEmixing through Non-negative Spatial Regression (BarDensr)
2021-03, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1008256
PMID:33684106
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研究论文 | 本文开发了一种新的分析方法BarDensr,用于解决空间转录组学中转录本混合的问题 | BarDensr通过非负空间回归的生成模型和稀疏凸优化方法,有效地估计了混合转录本的密度 | NA | 开发一种新的分析方法,以提高在高度混合转录本情况下的信号恢复能力 | 空间转录组学中的转录本混合问题 | 空间转录组学 | NA | 非负空间回归 | 生成模型 | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 51 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics provides new insights into the role of fibroblasts during peritoneal fibrosis
2021-03, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.321
PMID:33784014
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学技术,探讨了腹膜纤维化过程中成纤维细胞的作用 | 通过单细胞RNA测序技术,提供了细胞水平的转录组分析,揭示了不同纤维化阶段细胞类型特异性的生物学过程 | NA | 探讨透析相关腹膜纤维化中不同细胞群体的贡献 | 正常腹膜组织、短期和长期腹膜透析患者的腹膜组织 | 数字病理学 | 腹膜纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 正常腹膜组织6例,短期腹膜透析患者6例,长期腹膜透析患者4例 | NA | NA | NA | NA |
| 52 | 2024-08-07 |
Inferring microenvironmental regulation of gene expression from single-cell RNA sequencing data using scMLnet with an application to COVID-19
2021-03-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa327
PMID:33341869
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研究论文 | 本研究提出了一种基于单细胞RNA测序数据的多层网络方法(scMLnet),用于推断细胞微环境对基因表达的调控 | scMLnet不仅模拟了细胞间的功能性通信,还模拟了细胞内的基因调控网络,为理解基因表达的微环境调控提供了一种新方法 | NA | 旨在揭示细胞微环境对基因表达的调控机制,特别是在COVID-19中的应用 | 研究对象包括COVID-19患者的单细胞RNA测序数据以及SARS-CoV-2受体ACE2的表达调控 | 生物信息学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | 多层网络模型 | 单细胞RNA测序数据 | 涉及COVID-19患者的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 53 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic analysis reveals key immune cell phenotypes in the lungs of patients with asthma exacerbation
2021-03, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2020.09.032
PMID:33039479
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析,揭示了哮喘急性发作患者肺部关键免疫细胞表型 | 本研究首次在单细胞水平上识别了与哮喘急性发作强烈相关的候选基因,并揭示了多个细胞簇中共享的复杂分子框架 | NA | 旨在识别与哮喘急性发作在细胞水平上强烈相关的候选基因 | 哮喘急性发作患者及健康对照者的支气管肺泡灌洗液中的细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 哮喘急性发作患者和健康对照者 | NA | NA | NA | NA |
| 54 | 2024-08-07 |
Inhibitory CD161 receptor identified in glioma-infiltrating T cells by single-cell analysis
2021-03-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.01.022
PMID:33592174
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了31名IDH野生型胶质母细胞瘤和IDH突变型胶质瘤患者的肿瘤浸润T细胞的基因表达和克隆景观 | 首次揭示了胶质瘤浸润T细胞中CD161作为候选抑制性受体的表达,并证明了其作为免疫治疗靶点的潜力 | NA | 探索胶质瘤中T细胞的基因表达模式及其在癌症免疫治疗中的作用 | 胶质瘤浸润T细胞的基因表达和克隆景观 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 31名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 55 | 2024-08-07 |
Comprehensive single-cell sequencing reveals the stromal dynamics and tumor-specific characteristics in the microenvironment of nasopharyngeal carcinoma
2021-03-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-21795-z
PMID:33750785
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞动态和肿瘤特异性特征 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细描绘了鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞群及其亚群,并揭示了其对患者预后和治疗结果的影响 | 研究仅基于14名患者的样本,可能需要更多样本以增强结果的普遍性 | 深入理解鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞动态,以促进癌症诊断、治疗和预后 | 鼻咽癌肿瘤微环境中的基质细胞及其亚群 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 66,627个细胞来自14名患者 | NA | NA | NA | NA |
| 56 | 2024-08-07 |
Development of double-positive thymocytes at single-cell resolution
2021-03-26, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00861-7
PMID:33771202
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术对小鼠胸腺细胞进行分析,通过无监督聚类定义胸腺细胞亚型,并验证双阳性细胞亚型 | 首次详细研究了双阳性T细胞的发育过程,并发现了不同发育阶段的双阳性胸腺细胞亚型及其特征 | NA | 深入理解胸腺细胞发育的基本免疫学过程 | 小鼠和人类的胸腺细胞 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 57 | 2024-08-07 |
Tristetraprolin expression by keratinocytes protects against skin carcinogenesis
2021-03-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.140669
PMID:33497366
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研究论文 | 本文研究了角质形成细胞中tristetraprolin(TTP)表达对皮肤癌发生的影响 | 首次展示了TTP在皮肤化学致癌过程中的关键调控作用,并揭示了其在调控肿瘤相关炎症和关键致癌途径中的作用 | NA | 探讨TTP在皮肤癌发生中的作用及其机制 | TTP在角质形成细胞中的表达及其对皮肤癌发生的影响 | NA | 皮肤癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 58 | 2024-08-07 |
Transient ACE (Angiotensin-Converting Enzyme) Inhibition Suppresses Future Fibrogenic Capacity and Heterogeneity of Cardiac Fibroblast Subpopulations
2021-03-03, Hypertension (Dallas, Tex. : 1979)
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术,探讨短暂使用血管紧张素转换酶抑制剂对心脏成纤维细胞亚群的影响 | 首次揭示了短暂使用ACE抑制剂能够持久改变心脏成纤维细胞亚群的分布和活性,从而减少纤维化表型 | 研究仅在自发性高血压大鼠模型中进行,结果的普遍性和临床应用需进一步验证 | 探讨短暂使用ACE抑制剂对心脏成纤维细胞亚群的影响及其保护机制 | 自发性高血压大鼠的心脏成纤维细胞 | 心血管疾病 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 每组7只自发性高血压大鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 59 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the induction of novel myeloid and myeloid-associated cell populations in visceral fat with long-term obesity
2021-03, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202001970R
PMID:33566380
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、免疫荧光和流式细胞术,鉴定了小鼠附睾/内脏脂肪组织中的髓系细胞个体群 | 发现了与长期肥胖相关的新的髓系和髓系相关细胞群,并验证了一种具有髓系和间充质特性的新型髓系/巨噬细胞群 | NA | 探究长期肥胖下内脏脂肪中髓系细胞群的变化及其在肥胖相关炎症和纤维化中的作用 | 小鼠内脏脂肪组织中的髓系细胞 | 数字病理学 | 肥胖 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 60 | 2024-08-07 |
High-dimensional analysis of the adenosine pathway in high-grade serous ovarian cancer
2021-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-001965
PMID:33771891
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研究论文 | 本研究通过多参数平台分析了高级别浆液性卵巢癌中胞外ATP水解为腺苷(eADO)途径的影响 | 揭示了eADO信号在高级别浆液性卵巢癌中的临床和免疫学影响,以及CD39的化学保护作用,支持在卵巢癌患者中评估eADO靶向药物 | NA | 研究高级别浆液性卵巢癌中eADO途径的影响 | 高级别浆液性卵巢癌患者 | 癌症研究 | 卵巢癌 | 转录组元分析、组织微阵列、流式细胞术、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、蛋白质表达数据 | 约1200名高级别浆液性卵巢癌患者和约1000例组织微阵列样本 | NA | NA | NA | NA |