单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-05	Transcriptional heterogeneity and tightly regulated changes in gene expression during Plasmodium berghei sporozoite development 2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2023438118 PMID:33653959	研究论文	这篇文章研究了疟原虫孢子虫发育过程中的转录异质性和基因表达变化	首次使用单细胞RNA测序技术揭示孢子虫发育中的基因表达调控及其异质性	尚未深入研究环境因素对孢子虫发育的具体影响	探讨疟原虫孢子虫在蚊子中的发育机制	研究了从中肠包囊到唾液腺发育过程中的16038个孢子虫的基因表达谱	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	16038个孢子虫样本
22	2024-08-07	Modelling human blastocysts by reprogramming fibroblasts into iBlastoids 2021-Mar, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03372-y PMID:33731926	研究论文	本文描述了将成纤维细胞重编程为体外三维人类囊胚模型（称为iBlastoids）的方法	iBlastoids能够模拟囊胚的整体结构，包括内细胞团样结构、外胚层和原始内胚层样细胞、囊胚腔样腔隙以及滋养层样外层细胞，并能产生多能性和滋养层干细胞，模拟植入早期的几个方面	NA	开发一个可扩展且易于操作的系统来模拟人类囊胚生物学，以促进早期人类发育的研究	人类囊胚的生物学特性	细胞生物学	NA	单细胞转录组学	三维模型	细胞	NA
23	2024-08-07	Multiplexed Analysis of Retinal Gene Expression and Chromatin Accessibility using scRNA-Seq and scATAC-Seq 2021-03-12, Journal of visualized experiments : JoVE DOI:10.3791/62239 PMID:33779599	研究论文	本文介绍了使用单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞ATAC-Seq技术在视网膜发育中进行多重分析的方法	本文引入了MULTI-Seq技术，通过使用改良的寡核苷酸-脂质复合物标记单个样本，既扩大了单个实验的范围，又显著降低了成本	NA	研究视网膜基因调控网络在发育和疾病状态下的功能	视网膜的基因表达和染色质可及性	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和单细胞ATAC-Seq	NA	基因表达数据和染色质可及性数据	NA
24	2024-08-07	Multimodal pooled Perturb-CITE-seq screens in patient models define mechanisms of cancer immune evasion 2021-03, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-021-00779-1 PMID:33649592	研究论文	本文开发了Perturb-CITE-seq技术，通过在患者来源的黑色素瘤细胞和自体肿瘤浸润淋巴细胞共培养体系中进行大规模扰动筛选，揭示了癌症免疫逃逸的机制。	首次使用Perturb-CITE-seq技术进行多模态、单细胞水平的扰动筛选，发现了新的免疫逃逸机制，如CD58的丢失。	NA	阐明癌症免疫检查点抑制剂抵抗的潜在机制。	患者来源的黑色素瘤细胞和自体肿瘤浸润淋巴细胞。	数字病理学	黑色素瘤	Perturb-CITE-seq	CRISPR-Cas9	单细胞转录组和蛋白质	约218,000个细胞，750个与癌症细胞内在的ICI抵抗相关的扰动
25	2024-08-07	Whole-organism eQTL mapping at cellular resolution with single-cell sequencing 2021-03-18, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.65857 PMID:33734084	research paper	本文开发了一种新方法，利用单细胞RNA测序在模式线虫中以细胞分辨率映射eQTL，揭示了细胞类型特异性的eQTL热点及其在神经系统中的单细胞特异性效应。	本文开发了一种新颖的方法，利用单细胞RNA测序技术在单次实验中以细胞分辨率映射eQTL，揭示了细胞类型特异性和单细胞特异性的eQTL效应。	NA	研究基因表达的遗传调控如何影响疾病风险和其他复杂性状的变异。	研究细胞类型特异性和单细胞特异性的表达数量性状位点（eQTL）效应。	digital pathology	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	极大量的遗传上不同的个体
26	2024-08-07	Transcriptome-scale spatial gene expression in the human dorsolateral prefrontal cortex 2021-03, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-00787-0 PMID:33558695	研究论文	本研究利用10x Genomics Visium平台，在人类背外侧前额叶皮质的六个层次中定义了基因表达的空间地形图	研究首次在转录组规模上定义了人类背外侧前额叶皮质的空间基因表达地形图，并开发了一个数据驱动的框架来定义空间转录组数据中的无监督聚类	NA	旨在探索人类背外侧前额叶皮质的空间基因表达模式及其与神经精神疾病的关联	人类背外侧前额叶皮质的基因表达	数字病理学	精神疾病	单核RNA测序	NA	转录组数据	NA
27	2024-08-07	Dive into Single, Seek Out Multiple: Probing Cancer Metastases via Single-Cell Sequencing and Imaging Techniques 2021-Mar-03, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13051067 PMID:33802312	研究论文	本文通过单细胞测序和成像技术探究癌症转移机制	利用单细胞测序技术直接比较转移样本在不同阶段的基因组和转录组变化，以及通过单细胞成像技术实时观察肿瘤微环境中恶性与非恶性细胞的异质行为	NA	精确识别、理解和针对推动癌症转移的事件	癌症转移机制	数字病理学	癌症	单细胞测序	NA	基因组数据、转录组数据、图像	NA
28	2024-08-07	Time to Move to the Single-Cell Level: Applications of Single-Cell Multi-Omics to Hematological Malignancies and Waldenström's Macroglobulinemia-A Particularly Heterogeneous Lymphoma 2021-Mar-26, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13071541 PMID:33810569	综述	本文综述了单细胞多组学技术在血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症中的应用	单细胞多组学技术能够克服传统批量测序的局限，深入研究肿瘤的来源、发病机制、克隆结构和演化以及治疗抵抗机制	NA	探讨单细胞多组学技术在血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症中的应用潜力	血液系统恶性肿瘤和瓦尔登斯特伦巨球蛋白血症	数字病理学	血液系统恶性肿瘤	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	NA
29	2024-08-07	Model-based deep embedding for constrained clustering analysis of single cell RNA-seq data 2021-03-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-22008-3 PMID:33767149	research paper	本文提出了一种名为scDCC的聚类方法，该方法将领域知识整合到单细胞RNA-seq数据的聚类步骤中	scDCC方法通过整合领域知识，显著提高了聚类性能，增强了聚类的生物学可解释性	NA	开发一种能够整合领域知识并提高单细胞RNA-seq数据聚类性能的方法	单细胞RNA-seq数据	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	text	数千至数万个细胞
30	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomics Supports a Role of CHD8 in Autism 2021-Mar-23, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms22063261 PMID:33806835	研究论文	本文通过单细胞转录组测序技术探讨了CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用及其分子和细胞机制	利用单细胞RNA测序技术直接量化信息承载的RNA分子，揭示了CHD8基因在自闭症中的作用机制	文章指出，尽管有新的发现，但仍需进一步研究以充分挖掘这些变革性技术的潜力	探讨CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用及其分子和细胞机制	CHD8基因在自闭症谱系障碍中的作用	基因组学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序	NA	RNA分子	涉及小鼠新皮质发育和人类大脑类器官的研究
31	2024-08-07	Spatiotemporal single-cell RNA sequencing of developing chicken hearts identifies interplay between cellular differentiation and morphogenesis 2021-03-19, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21892-z PMID:33741943	研究论文	本研究结合单细胞和空间转录组学技术，通过数据整合算法研究了鸡心脏从早期到晚期四腔阶段的发展过程	本研究首次通过空间映射技术揭示了心脏发育过程中细胞分化与形态发生之间的复杂相互作用	本研究未保留组织形态学和细胞间相互作用的空间信息	研究鸡心脏发育过程中细胞分化与形态发生的相互作用	鸡心脏的细胞系、空间组织及其在发育过程中的相互作用	发育生物学	先天性心脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
32	2024-08-07	Integration and transfer learning of single-cell transcriptomes via cFIT 2021-03-09, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2024383118 PMID:33658382	研究论文	本文介绍了一种名为cFIT的方法，用于整合和转移来自不同实验、技术和物种的单细胞转录组数据	cFIT方法通过非负矩阵分解框架学习模型参数，能够捕捉不同数据集间的共享信息，并允许每个批次中基因表达的独特扭曲和偏移	NA	旨在更好地理解细胞身份和功能，通过整合和转移单细胞转录组数据	单细胞RNA测序数据，特别是来自人类和小鼠发育中大脑的数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	非负矩阵分解 (NMF)	转录组数据	多个scRNA-seq数据集，涉及不同技术和发育阶段
33	2024-08-07	Single cell transcriptomics reveals lineage trajectory of retinal ganglion cells in wild-type and Atoh7-null retinas 2021-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21704-4 PMID:33674582	研究论文	本研究使用单细胞转录组学技术，揭示了野生型和Atoh7缺失型视网膜中视网膜神经节细胞（RGC）的谱系轨迹	发现了在Atoh7缺失的情况下，RGC谱系的意外出现，并揭示了视网膜前体细胞（RPCs）在过渡状态下的谱系特异性基因共表达	NA	进一步研究转录因子Atoh7、Pou4f2和Isl1在视网膜神经节细胞谱系建立中的作用	野生型和Atoh7缺失型视网膜细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	野生型和突变型视网膜细胞
34	2024-08-07	Single-cell differential splicing analysis reveals high heterogeneity of liver tumor-infiltrating T cells 2021-03-05, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-84693-w PMID:33674641	研究论文	本研究开发了一种新的计算工具DESJ-detection，用于在单细胞水平上准确检测细胞组间的差异表达剪接接头（DESJs），并分析了肝细胞癌中的T细胞	首次开发了DESJ-detection工具，用于在单细胞水平上检测差异表达的剪接接头，并发现了新的细胞状态pre-activation	NA	研究肿瘤浸润淋巴细胞（TILs）的异质性与癌症发生和进展的关系	肝细胞癌中的T细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	5063个T细胞
35	2024-08-07	Integrative Single-Cell RNA-Seq and ATAC-Seq Analysis of Human Developmental Hematopoiesis 2021-03-04, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2020.11.015 PMID:33352111	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）分析了人类发育期造血过程	首次综合运用scRNA-seq和scATAC-seq技术，揭示了人类发育期造血过程中的染色质可及性和分化模式的动态变化	NA	探究人类发育期造血过程的调控机制	从胎肝和骨髓中提取的8000多个人类免疫表型血液细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq），单细胞转座酶可及染色质测序（scATAC-seq）	NA	基因表达数据，染色质可及性数据	8000多个人类免疫表型血液细胞
36	2024-08-07	Osteoclasts recycle via osteomorphs during RANKL-stimulated bone resorption 2021-03-04, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.02.002 PMID:33636130	研究论文	本文通过活体成像技术揭示了RANKL刺激下的破骨细胞通过分裂成称为骨形态细胞的子细胞进行细胞再循环的过程	发现了破骨细胞在RANKL刺激下的一种新命运，即分裂成骨形态细胞，这一发现挑战了破骨细胞在吸收完成后会凋亡的传统观点	NA	探讨破骨细胞在RANKL刺激下的细胞命运及其对骨吸收的影响	破骨细胞及其分裂产物骨形态细胞	NA	骨骼疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	NA
37	2024-08-07	Pluripotent stem cell-derived models of neurological diseases reveal early transcriptional heterogeneity 2021-03-04, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02301-6 PMID:33663567	研究论文	研究通过单细胞RNA测序分析阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞，发现疾病状态下神经元的转录异质性增加，并使用诱导多能干细胞模型验证了这一发现。	首次揭示了神经退行性疾病早期阶段的转录调控失衡现象，并提出早期干预可能具有高诊断价值。	研究主要集中在亨廷顿病和自闭症谱系障碍的模型上，可能需要进一步扩展到其他神经退行性疾病。	探究神经退行性疾病早期阶段的转录异质性及其潜在的干预策略。	阿尔茨海默病和亨廷顿病的患者细胞以及诱导多能干细胞衍生的神经前体细胞。	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用亨廷顿病的诱导多能干细胞（72Q; 180Q）及其衍生的神经前体细胞进行实验。
38	2024-08-07	Exploring the stage-specific roles of Tcf-1 in T cell development and malignancy at single-cell resolution 2021-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00527-1 PMID:32868912	研究论文	本研究通过条件性删除Tcf-1基因，探讨了Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的阶段特异性作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了Tcf-1在不同发育阶段对T细胞命运分化的调控机制，并发现了Tcf-1缺乏导致白血病转化的潜在细胞群	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步在人类样本中验证结果	揭示Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的具体机制	Tcf-1在T细胞发育和恶性转化中的作用	数字病理学	白血病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及不同发育阶段的T细胞群
39	2024-08-07	Spage2vec: Unsupervised representation of localized spatial gene expression signatures 2021-03, The FEBS journal DOI:10.1111/febs.15572 PMID:32976679	研究论文	本文介绍了一种无监督且无需分割的方法spage2vec，用于解析复杂组织在亚细胞分辨率下的空间转录组异质性	spage2vec通过将组织样本的空间转录组景观表示为图，并利用机器学习图表示技术创建局部空间基因表达的低维表示，无需细胞分割或先验生物学知识	NA	开发一种新的方法来解析组织中的空间转录组异质性	小鼠大脑数据和数百个单个细胞的空间基因表达数据	机器学习	NA	机器学习图表示技术	NA	基因表达数据	小鼠大脑数据来自三种不同的原位转录组测定法，以及包含数百个单个细胞的空间基因表达数据
40	2024-08-07	Corneal nonmyelinating Schwann cells illuminated by single-cell transcriptomics and visualized by protein biomarkers 2021-03, Journal of neuroscience research IF:2.9Q2 DOI:10.1002/jnr.24757 PMID:33197966	研究论文	本文利用单细胞RNA测序、显微镜和转基因技术，对中央角膜的非髓鞘化施万细胞（nm-cSCs）进行了特征描述	首次通过单细胞RNA测序和其他技术手段，成功识别并验证了nm-cSCs的蛋白质表达，为研究角膜感觉功能提供了新的工具和见解	NA	研究中央角膜的非髓鞘化施万细胞（nm-cSCs）的特征，并探索其在神经修复和角膜感觉功能研究中的应用	中央角膜的非髓鞘化施万细胞（nm-cSCs）	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	来自雄性兔子的中央角膜细胞