单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
21	2024-08-07	NECAB1 and NECAB2 are Prevalent Calcium-Binding Proteins of CB1/CCK-Positive GABAergic Interneurons 2021-02-05, Cerebral cortex (New York, N.Y. : 1991) DOI:10.1093/cercor/bhaa326 PMID:33230531	研究论文	本文探讨了CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中NECAB1和NECAB2钙结合蛋白的表达及其在神经元中的分布和功能。	首次发现CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中NECAB1和NECAB2作为主要的钙结合蛋白，并揭示了它们在亚细胞水平的纳米尺度差异。	NA	研究CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中钙信号传导工具包的分子组成，特别是钙结合蛋白的表达。	CB1/CCK阳性GABA能中间神经元中的NECAB1和NECAB2钙结合蛋白。	神经科学	NA	单细胞RNA测序，荧光原位杂交，免疫染色，膜片钳电生理学，共聚焦和STORM超分辨率显微镜。	NA	RNA序列，图像	NA
22	2024-08-07	Assembly and Exploration of a Single Cell Atlas of the Drosophila Larval Ventral Cord. Identification of Rare Cell Types 2021-Feb, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.37 PMID:33600085	研究论文	本文介绍了一种定制的多阶段分析流程，用于单细胞RNA测序数据的高质量分析，并应用于果蝇幼虫腹索数据集，识别并描述了罕见的细胞类型	本文提出了一种新的多阶段分析流程，整合了不同R包中的模块，以确保灵活且高质量的RNA-seq数据分析	该分析流程需要定制和适应特定目标，且可能不适用于所有类型的数据集	研究细胞多样性在复杂生物系统中的表现	果蝇幼虫腹索中的不同细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	不同数据集的果蝇幼虫腹索样本
23	2024-08-07	A tumor microenvironment-specific gene expression signature predicts chemotherapy resistance in colorectal cancer patients 2021-Feb-12, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-021-00142-x PMID:33580207	研究论文	本研究利用肿瘤微环境（TME）特异性基因表达特征来预测结直肠癌（CRC）患者的化疗耐药性	构建了一个名为SFM的特征，能够区分TME和药物敏感性，并通过K-means聚类在三个独立队列中验证	NA	研究TME特异性基因表达特征在预测结直肠癌化疗耐药性中的作用	结直肠癌患者的肿瘤微环境和化疗耐药性	数字病理学	结直肠癌	RNA测序	K-means聚类	RNA测序数据	总共2269个'bulk' RNA测序数据集和四个单细胞RNA测序数据集
24	2024-08-07	Mutated clones driving leukemic transformation are already detectable at the single-cell level in CD34-positive cells in the chronic phase of primary myelofibrosis 2021-Feb-04, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-021-00144-9 PMID:33542466	研究论文	研究通过单细胞基因组学和转录组学分析，揭示了原发性骨髓纤维化（PMF）向急性髓系白血病（AML）转化过程中的克隆演化和基因突变模式	首次在单细胞水平上检测到驱动白血病转化的突变克隆，并揭示了Ruxolitinib对干扰素信号的抑制作用及其免疫抑制效应	研究仅基于单一患者样本，结果的普遍性和适用性有待进一步验证	探讨骨髓增生性肿瘤疾病进展的基因组复杂性，并评估单细胞分析在预测疾病演变和个性化治疗中的应用	原发性骨髓纤维化患者的CD34阳性细胞	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞基因组学和转录组学	NA	基因组和转录组数据	单一患者样本
25	2024-08-07	Clonal evolution in liver cancer at single-cell and single-variant resolution 2021-02-02, Journal of hematology & oncology IF:29.5Q1 DOI:10.1186/s13045-021-01036-y PMID:33531041	研究论文	本文基于单细胞突变谱重构了人类肝癌的单变异分辨率克隆进化	首次重构了人类肝癌的单细胞和单变异克隆进化，并解析了遗传和表型异质性的关系	NA	研究肝癌的克隆进化及其与遗传和表型异质性的关系	人类肝癌的克隆进化及其遗传和表型异质性	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	单细胞突变谱	NA
26	2024-08-07	Tumour heterogeneity and intercellular networks of nasopharyngeal carcinoma at single cell resolution 2021-02-02, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21043-4 PMID:33531485	研究论文	本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体测序技术，分析了10对鼻咽癌肿瘤-血液样本中的176,447个细胞，揭示了鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间网络	本研究首次在单细胞分辨率下揭示了鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间相互作用，特别是发现了LAMP3树突状细胞、调节性T细胞和耗竭的CD8 T细胞之间的密集相互作用	NA	揭示鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间相互作用，为鼻咽癌的精准治疗提供新的见解	鼻咽癌肿瘤微环境的异质性和细胞间网络	数字病理学	鼻咽癌	单细胞转录组学	NA	转录组数据	176,447个细胞来自10对鼻咽癌肿瘤-血液样本
27	2024-08-07	Single-cell RNA-seq reveals a concomitant delay in differentiation and cell cycle of aged hematopoietic stem cells 2021-02-01, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-021-00955-z PMID:33526011	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了年轻和老年小鼠造血干细胞的转录组，揭示了老化过程中造血干细胞分化和细胞周期的延迟现象	本研究首次在单细胞尺度上重新审视了小鼠造血干细胞在老化过程中的转录可塑性，并揭示了老化导致造血干细胞分化延迟的潜在机制	NA	探讨老化过程中造血干细胞的分化及细胞周期变化	小鼠的造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	15,000个年轻和老年小鼠的转录组
28	2024-08-07	Melanoma Single-Cell Biology in Experimental and Clinical Settings 2021-Feb-01, Journal of clinical medicine IF:3.0Q1 DOI:10.3390/jcm10030506 PMID:33535416	研究论文	本文利用单细胞测序技术深入研究了恶性黑色素瘤的细胞异质性及其对治疗反应和耐药性的影响	揭示了免疫细胞和成纤维细胞在肿瘤微环境中的预后亚型，以及检查点抑制剂治疗耐药性的免疫细胞特征和新的可靶向的细胞内信号通路	NA	深入了解黑色素瘤的生物学特性，特别是肿瘤异质性和转录可塑性的作用	恶性黑色素瘤的单细胞生物学特性，包括免疫细胞和成纤维细胞在肿瘤微环境中的作用	数字病理学	黑色素瘤	单细胞测序技术	NA	单细胞数据	具体样本数量未在摘要中提及
29	2024-08-07	Patient-tailored design for selective co-inhibition of leukemic cell subpopulations 2021-02, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abe4038 PMID:33608276	研究论文	本文提出了一种基于机器学习的方法，通过结合单细胞RNA测序和体外单药测试，为急性髓系白血病（AML）患者定制药物组合，以实现对特定白血病细胞亚群的选择性协同抑制。	本文的创新点在于利用机器学习方法，结合单细胞RNA测序和体外单药测试，为患者定制药物组合，实现对特定白血病细胞亚群的选择性协同抑制。	NA	本文的研究目的是设计个性化组合治疗方案，以利用患者特定的治疗脆弱性，选择性地靶向驱动疾病的细胞亚群。	本文的研究对象是急性髓系白血病（AML）患者及其白血病细胞亚群。	机器学习	白血病	单细胞RNA测序	机器学习模型	单细胞RNA测序数据	两个诊断期和两个难治性急性髓系白血病（AML）患者病例
30	2024-08-07	Single-cell transcriptomics uncovers potential marker genes of ochratoxin A-sensitive renal cells in an acute toxicity rat model 2021-02, Cell biology and toxicology IF:5.3Q1 DOI:10.1007/s10565-020-09531-7 PMID:32468156	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
31	2024-08-07	1p/19q co-deletion status is associated with distinct tumor-associated macrophage infiltration in IDH mutated lower-grade gliomas 2021-Feb, Cellular oncology (Dordrecht) DOI:10.1007/s13402-020-00561-1 PMID:32915415	研究论文	本研究探讨了1p/19q共缺失状态对IDH突变型低级别胶质瘤中肿瘤相关巨噬细胞（TAM）表型及其丰度的影响	首次全面研究了IDH突变型低级别胶质瘤中TAM的表型及其与1p/19q共缺失状态的关系	研究主要基于TCGA数据库和单细胞RNA测序数据，可能存在样本选择偏倚	确定1p/19q共缺失状态是否影响IDH突变型低级别胶质瘤中TAM的表型或其丰度	IDH突变型低级别胶质瘤中的肿瘤相关巨噬细胞	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	230个样本
32	2024-08-07	Small Bowel Resection Increases Paracellular Gut Barrier Permeability via Alterations of Tight Junction Complexes Mediated by Intestinal TLR4 2021-02, The Journal of surgical research IF:1.8Q2 DOI:10.1016/j.jss.2020.08.049 PMID:33002664	研究论文	本文研究了小肠切除术后通过肠道TLR4信号传导改变紧密连接复合物，从而增加肠道屏障通透性的机制	首次探讨了小肠切除术后通过肠道TLR4信号传导改变紧密连接复合物，从而影响肠道屏障通透性的机制	实验仅在特定的小鼠模型中进行，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨小肠切除术后肠道屏障通透性增加的机制，并寻找可能的蛋白质靶点以恢复肠道屏障	小肠切除术后肠道屏障通透性的变化及其机制	NA	短肠综合征	单细胞RNA测序，荧光素异硫氰酸盐-葡聚糖摄取，电子显微镜	NA	蛋白质表达	B6和肠道特异性TLR4敲除(iTLR4 KO)小鼠，50%小肠切除或假手术
33	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of mouse neural stem cell differentiation reveals adverse effects of cadmium on neurogenesis 2021-Feb, Food and chemical toxicology : an international journal published for the British Industrial Biological Research Association IF:3.9Q1 DOI:10.1016/j.fct.2020.111936 PMID:33387572	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了暴露于镉的幼鼠神经干细胞分化过程中的影响	首次通过单细胞RNA测序揭示了镉暴露对神经干细胞分化的具体影响，并探讨了其分子机制	研究仅限于24小时镉暴露和7天分化的时间点，可能需要更长时间的研究来全面理解镉的长期影响	探讨镉暴露对神经干细胞分化过程的影响及其分子机制	幼鼠神经干细胞在镉暴露后的分化过程	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	幼鼠神经干细胞
34	2024-08-07	Opposing Wnt signals regulate cervical squamocolumnar homeostasis and emergence of metaplasia 2021-02, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-020-00619-0 PMID:33462395	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，研究了鳞状和柱状上皮过渡区的上皮亚群及其基质成分，揭示了两种上皮由不同的宫颈驻留干细胞群通过对抗性的Wnt信号调控产生，并探讨了宫颈化生过程中基质重塑的机制	首次揭示了宫颈鳞状和柱状上皮由不同的干细胞群通过对抗性的Wnt信号调控产生，并展示了化生过程中基质重塑的详细机制	NA	探讨宫颈鳞状和柱状上皮过渡区的上皮组织维持机制及化生过程中的基质重塑	宫颈鳞状和柱状上皮过渡区的上皮亚群及其基质成分	数字病理学	宫颈癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
35	2024-08-07	Gut CD4+ T cell phenotypes are a continuum molded by microbes, not by TH archetypes 2021-02, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-020-00836-7 PMID:33462454	研究论文	本研究通过单细胞转录组和染色质分析，探讨了在无菌或有菌小鼠以及感染不同微生物后的小鼠结肠中CD4效应淋巴细胞（T细胞）的实际状态	研究发现T细胞的转录组和染色质结构无法解析出符合经典辅助T细胞（T）亚群的离散簇，而是呈现连续分布，且这种分布与感染的微生物有关，而非传统的细胞因子产生	NA	确定T细胞在活体前线组织中实际采用的状态	CD4效应淋巴细胞（T细胞）在不同微生物环境下的状态	免疫学	NA	单细胞转录组分析，染色质分析	NA	转录组数据	无菌或有菌小鼠以及感染不同微生物后的小鼠的结肠T细胞
36	2024-08-07	GLP-1 receptor signaling increases PCSK1 and β cell features in human α cells 2021-02-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.141851 PMID:33554958	研究论文	研究探讨了GLP-1受体信号如何增加人α细胞中的PCSK1表达及β细胞特征	首次展示了GLP-1受体激动剂liraglutide在人胰岛中通过DART-Seq技术增加α细胞PC1/3 mRNA表达的效果，并发现这一过程与β细胞样基因表达增加相关	研究主要集中在α细胞的特定亚群，可能未涵盖所有α细胞的反应	揭示α细胞PC1/3表达激活的机制，为糖尿病治疗提供新靶点	人胰岛中的α细胞和β细胞	NA	糖尿病	scRNA-seq	NA	RNA	研究涉及人胰岛和小鼠模型
37	2024-08-07	Molecular classification of zebrafish retinal ganglion cells links genes to cell types to behavior 2021-02-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2020.12.003 PMID:33357413	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法，对成年和幼年斑马鱼的视网膜神经节细胞（RGCs）进行了系统分类，并识别了超过30种成熟类型及其发育中间体的标记基因	本研究首次系统地分类了斑马鱼视网膜神经节细胞，并利用这些数据开发了转基因驱动线，实现了对特定RGC类型的实验操作	NA	研究旨在理解视网膜神经节细胞的多样性及其在视觉系统中的功能架构	斑马鱼的视网膜神经节细胞	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	成年和幼年斑马鱼
38	2024-08-07	Lipid-mediated innate lymphoid cell recruitment and activation in aspirin-exacerbated respiratory disease 2021-02, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2020.09.011 PMID:32950684	研究论文	本文综述了脂质介导的2型先天淋巴细胞（ILC2s）招募和激活在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用	利用新一代单细胞测序方法和最近开发的AERD小鼠模型，未来研究将更好地定义脂质介导的ILC2在AERD患者中的迁移	关于脂质介导的ILC2激活在AERD中发生的证据尚不充分	探讨脂质介导的ILC2招募和激活在AERD中的作用	2型先天淋巴细胞（ILC2s）在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用	NA	呼吸疾病	单细胞测序	NA	文本	NA
39	2024-08-07	Harnessing Single-Cell RNA Sequencing to Better Understand How Diseased Cells Behave the Way They Do in Cardiovascular Disease 2021-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314776 PMID:33327741	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管疾病中对病变细胞行为理解的应用	利用单细胞RNA测序技术构建细胞图谱，发现新的细胞类型及其在心血管疾病中的作用	NA	深入理解心血管疾病中病变细胞的行为机制	心血管组织中的特定细胞类型及其在疾病中的变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
40	2024-08-07	The lung microenvironment shapes a dysfunctional response of alveolar macrophages in aging 2021-02-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI140299 PMID:33586677	research paper	研究揭示了肺部微环境如何影响老年肺泡巨噬细胞的功能障碍	首次通过综合分析单细胞RNA测序数据，揭示了人类和小鼠肺泡巨噬细胞转录组中与年龄相关的同质性变化，并发现肺部微环境驱动了肺泡巨噬细胞对增殖的年龄相关抵抗性	NA	探讨年龄相关的肺泡巨噬细胞功能障碍及其背后的机制	肺泡巨噬细胞及其在老年肺炎中的作用	NA	geriatric disease	single-cell RNA-Seq	NA	RNA	涉及人类和小鼠的样本