单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1	2024-12-08	Gut-licensed IFNγ+ NK cells drive LAMP1+TRAIL+ anti-inflammatory astrocytes 2021-02, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-020-03116-4 PMID:33408417	研究论文	研究通过高通量流式细胞术筛选、单细胞RNA测序和CRISPR-Cas9介导的细胞特异性体内遗传扰动，鉴定出表达LAMP1和TRAIL的星形胶质细胞亚群，并探讨其在中枢神经系统炎症中的作用	首次揭示了LAMP1TRAIL星形胶质细胞通过TRAIL-DR5信号诱导T细胞凋亡来限制中枢神经系统炎症，并发现这种星形胶质细胞亚群由肠道微生物群调节的IFNγ NK细胞维持	研究主要在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探讨星形胶质细胞在中枢神经系统炎症中的抗炎作用及其调控机制	星形胶质细胞、NK细胞、肠道微生物群	神经科学	NA	高通量流式细胞术、单细胞RNA测序、CRISPR-Cas9	NA	RNA	小鼠
2	2024-10-07	TATA and paused promoters active in differentiated tissues have distinct expression characteristics 2021-02, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20209866 PMID:33543829	研究论文	研究了在分化组织中活跃的TATA和暂停启动子的不同表达特征	首次探讨了RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响，并提出了组织特异性基因在不同组织中表达的两种不同策略	研究仅限于果蝇晚期胚胎，可能无法完全推广到其他物种或发育阶段	探讨RNA聚合酶II暂停元素对组织特异性基因表达特征的影响	TATA和暂停启动子在分化组织中的表达特征	基因组学	NA	ChIP-seq, ATAC-seq, 单细胞RNA-seq	NA	基因组数据	果蝇晚期胚胎
3	2024-10-04	Common clonal origin of conventional T cells and induced regulatory T cells in breast cancer patients 2021-02-18, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21297-y PMID:33602930	研究论文	研究分析了乳腺癌患者中常规T细胞和诱导调节T细胞的克隆起源	首次揭示了乳腺癌患者中调节T细胞可能源自抗原经验丰富的常规T细胞通过肿瘤内激活转化为次级诱导调节T细胞	NA	探讨乳腺癌患者中调节T细胞的克隆起源及其形成机制	乳腺癌患者中的常规T细胞和诱导调节T细胞	免疫学	乳腺癌	T细胞受体和单细胞转录组测序	NA	转录组	NA
4	2024-09-19	Inference and analysis of cell-cell communication using CellChat 2021-02-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21246-9 PMID:33597522	研究论文	本文介绍了一种名为CellChat的工具，用于从单细胞RNA测序数据中推断和分析细胞间通信网络	开发了CellChat工具，能够准确表示细胞间信号连接并进行系统级分析，预测细胞的主要信号输入和输出，并通过网络分析和模式识别方法协调细胞和信号的功能	NA	理解和分析细胞间的全局通信	细胞间信号连接和通信网络	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	包括小鼠和人类皮肤数据集
5	2024-08-23	Opposing immune and genetic mechanisms shape oncogenic programs in synovial sarcoma 2021-02, Nature medicine IF:58.7Q1 DOI:10.1038/s41591-020-01212-6 PMID:33495604	研究论文	本研究通过综合运用单细胞RNA测序、空间分析以及遗传和药理学扰动，探讨了滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用	揭示了滑膜肉瘤中由SS18-SSX融合驱动的恶性细胞状态，并发现这种状态可被HDAC和CDK4/CDK6抑制剂联合治疗增强其免疫原性	NA	研究滑膜肉瘤中的癌症-免疫相互作用及其治疗策略	滑膜肉瘤中的恶性细胞和免疫细胞	数字病理学	滑膜肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	16,872个细胞来自12个人类滑膜肉瘤肿瘤
6	2024-08-10	A fish with no sex: gonadal and adrenal functions partition between zebrafish NR5A1 co-orthologs 2021-02-09, Genetics IF:3.3Q2 DOI:10.1093/genetics/iyaa030 PMID:33724412	研究论文	本研究通过敲除斑马鱼中的nr5a1a和nr5a1b基因，探讨NR5A1同源基因在性腺和肾上腺功能中的祖先角色。	首次揭示了斑马鱼中nr5a1a和nr5a1b基因在性腺和肾上腺功能中的分工，以及这种分工对性发育差异的影响。	研究主要集中在斑马鱼模型上，可能需要进一步在其他物种中验证这些发现。	探索NR5A1同源基因在性腺和肾上腺功能中的祖先角色及其对性发育的影响。	斑马鱼的nr5a1a和nr5a1b基因及其在性腺和肾上腺中的功能。	遗传学	NA	单细胞RNA测序，RNA测序	NA	基因表达数据	包括1天和2天龄的斑马鱼胚胎以及成年斑马鱼。
7	2024-08-09	Efficient IL-2R signaling differentially affects the stability, function, and composition of the regulatory T-cell pool 2021-02, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-020-00599-z PMID:33408345	研究论文	研究通过分析一种自发突变小鼠品系，探讨了IL-2R信号在调节Treg细胞稳定性、功能及其组成中的作用	首次揭示了IL-2R信号的部分丧失如何影响Treg细胞池的维持、异质性和抑制功能	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨IL-2R信号在不同条件下对Treg细胞稳态、谱系稳定性和功能的影响	Treg细胞及其在非炎症和炎症环境下的功能	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及Cd25小鼠的Treg细胞
8	2024-08-07	Entropy subspace separation-based clustering for noise reduction (ENCORE) of scRNA-seq data 2021-02-22, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkaa1157 PMID:33305325	研究论文	本文提出了一种基于熵子空间分离的聚类算法ENCORE，用于减少单细胞RNA测序数据中的噪声	ENCORE算法通过集成熵子空间分离策略和共识聚类方法，能够有效区分信息特征与噪声，提高细胞聚类的准确性和可视化分辨率	NA	研究旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性和分辨率，以更好地研究细胞异质性和发现群体标记	单细胞RNA测序数据中的细胞聚类、标记识别和可视化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	共识聚类方法	单细胞RNA测序数据	12个标准数据集
9	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing and lipidomics reveal cell and lipid dynamics of fat infiltration in skeletal muscle 2021-02, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle DOI:10.1002/jcsm.12643 PMID:33244879	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和脂质组学分析，揭示了骨骼肌中脂肪浸润的细胞和脂质动态变化	首次通过单细胞RNA测序和脂质组学技术，详细解析了骨骼肌脂肪浸润过程中的细胞起源和脂质及转录组变化	研究主要集中在短期内的细胞和脂质变化，长期影响及机制尚需进一步研究	探究骨骼肌中脂肪浸润的细胞起源和脂质及转录组变化	骨骼肌中的脂肪浸润现象	数字病理学	肌肉疾病	单细胞RNA测序, 脂质组学	NA	RNA, 脂质	GLY注射后的骨骼肌样本
10	2024-08-05	The Nuclear Receptor ESRRA Protects from Kidney Disease by Coupling Metabolism and Differentiation 2021-02-02, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.011 PMID:33301705	研究论文	本研究探讨了核受体ESRRA如何通过结合代谢与分化保护肾脏免受疾病影响	提出了PT细胞在肾病中的脆弱性以及ESRRA在肾脏代谢与分化中的关键作用	主要基于小鼠模型和患者样本，可能无法完全反映人类肾病的复杂机制	理解肾病中细胞组成和基因表达的差异	受损肾脏组织中的细胞组成和基因表达的特定细胞类型	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型和患者样本
11	2024-08-05	Ubiquitination of MHC Class II by March-I Regulates Dendritic Cell Fitness 2021-02-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2000975 PMID:33318291	研究论文	本研究显示，MHC类II的泛素化通过March-I调节树突状细胞的功能和生存	揭示了MHC类II的泛素化在树突状细胞功能中的重要性，并发现其缺失会影响到T细胞的激活能力	研究主要集中在小鼠模型中，未探讨人类树突状细胞的类似机制	探索MHC类II泛素化对树突状细胞及其激活CD4 T细胞能力的影响	MHC类II泛素化缺失的小鼠树突状细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠树突状细胞
12	2024-08-05	Human airway mast cells proliferate and acquire distinct inflammation-driven phenotypes during type 2 inflammation 2021-02-26, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abb7221 PMID:33637594	研究论文	本研究分析了人类气道肥大细胞在2型炎症过程中的增殖及其特异的以炎症驱动的表型	本研究链接了肥大细胞表面表型与其不同转录组之间的关系，揭示了肥大细胞在CRSwNP中的特异性增殖	对肥大细胞异质性的机制及其扩展的转录程序尚不完全理解	研究肥大细胞在2型过敏性炎症疾病中的作用及其增殖机制	人类气道中的肥大细胞，尤其是在慢性鼻窦炎伴有鼻息肉症中的肥大细胞	数字病理	呼吸道疾病	流式细胞术及单细胞RNA测序	NA	细胞数据	NA
13	2024-08-05	Single-Cell Analysis of Blood-Brain Barrier Response to Pericyte Loss 2021-02-19, Circulation research IF:16.5Q1 DOI:10.1161/CIRCRESAHA.120.317473 PMID:33375813	研究论文	本研究揭示了缺失周细胞对脑内皮细胞转录变化的影响	首次从单细胞层面揭示了缺失周细胞对血脑屏障的复杂影响及其分子机制	研究中使用的是基因诱导的周细胞缺失小鼠模型，可能不完全反映人类病理状态	映射缺失周细胞接触对脑内皮细胞转录变化的影响，并与血脑屏障功能和血管表型的区域异质性进行关联	缺失周细胞接触的脑内皮细胞	数字病理学	脑部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	使用了成年Pdgfbret/ret小鼠进行研究
14	2024-08-05	Investigation of Drosophila fruitless neurons that express Dpr/DIP cell adhesion molecules 2021-02-22, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.63101 PMID:33616528	研究论文	研究表达Dpr/DIP细胞粘附分子的果蝇fruitless神经元的功能和特征	通过对基因组研究的重新分析，发现对性别特异性行为的神经元形态和细胞数量存在性别二态性	未详细介绍实验样本和研究方法的局限性	探讨fruitless神经元在果蝇交配行为中的作用	Drosophila的fruitless神经元	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因组数据	NA
15	2024-08-05	CHARTS: a web application for characterizing and comparing tumor subpopulations in publicly available single-cell RNA-seq data sets 2021-Feb-23, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-021-04021-x PMID:33622236	研究论文	本文介绍了一个名为CHARTS的网络应用程序，可用于描述和比较公开可用的单细胞RNA-seq数据集中的肿瘤亚群	CHARTS提供了一种新的方式，以便于对单细胞肿瘤亚群的基因表达、细胞类型和癌症状态进行深入分析	该研究未详细讨论应用程序的使用限制和数据集的质量控制问题	旨在提供一种工具，以更好地理解肿瘤异质性的机制	公开可用的单细胞RNA-seq肿瘤数据集	数字病理学	癌症	scRNA-seq	NA	基因表达数据	NA
16	2024-08-05	Single-cell transcriptional profiling of human thymic stroma uncovers novel cellular heterogeneity in the thymic medulla 2021-02-17, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-21346-6 PMID:33597545	研究论文	该文章揭示了人类胸腺基质的细胞异质性及其在免疫耐受中的作用	使用单细胞RNA测序技术全面剖析胸腺基质的细胞异质性，并发现新型细胞群体和潜在的关键调节因子	研究局限于单细胞RNA测序数据，未涵盖更广泛的生理和病理状态	旨在理解人类胸腺细胞的多样性及其对免疫系统发展的影响	重点研究人类胸腺基质及其各个发展阶段的细胞群	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
17	2024-08-05	Whole-body senescent cell clearance alleviates age-related brain inflammation and cognitive impairment in mice 2021-02, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.13296 PMID:33470505	研究论文	本研究探讨了清除衰老细胞对小鼠年龄相关脑部炎症和认知障碍的影响	研究证实了衰老细胞清除可以改善老年小鼠的认知功能	研究主要基于小鼠模型，缺乏对人类的直接验证	调查衰老细胞清除是否能缓解衰老过程中的认知功能障碍	研究对象为年轻和老年小鼠的海马细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	INK-ATTAC小鼠模型	RNA数据	包括年轻和老年小鼠的多个样本
18	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals developmental heterogeneity among Plasmodium berghei sporozoites 2021-02-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-82914-w PMID:33619283	研究论文	本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了从按蚊中肠和唾液腺中提取的超过8000个Plasmodium berghei孢子体的转录组	本研究首次使用高吞吐量的单细胞RNA测序工作流程，揭示了Plasmodium berghei孢子体在发育过程中的基因表达差异	NA	研究旨在通过分子水平了解疟疾寄生虫孢子体的发育异质性，为疟疾预防策略提供新见解	研究对象为Plasmodium berghei孢子体	数字病理学	疟疾	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过8000个Plasmodium berghei孢子体
19	2024-08-07	Clustering Single-Cell RNA-Seq Data with Regularized Gaussian Graphical Model 2021-02-22, Genes IF:2.8Q2 DOI:10.3390/genes12020311 PMID:33671799	研究论文	本文提出了一种新的正则化高斯图形聚类（RGGC）方法，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的聚类	RGGC方法基于高阶（偏）相关和子空间学习，对正则化参数λ具有广泛的鲁棒性，无需交叉验证即可简单设置λ=2或λ=log(p)，并且使用Louvain社区检测算法自动确定聚类数量	NA	开发一种简单、稳健且高效的单细胞RNA测序数据聚类方法	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	正则化高斯图形模型	RNA测序数据	NA
20	2024-08-07	Benchmarking Computational Doublet-Detection Methods for Single-Cell RNA Sequencing Data 2021-02-17, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2020.11.008 PMID:33338399	研究论文	本文对九种先进的计算双峰检测方法进行了系统的基准研究，以评估其在单细胞RNA测序数据中的性能	首次对多种计算双峰检测方法进行了全面的基准测试，为研究人员选择合适的方法提供了依据	研究仅限于特定的实验设置和数据集，可能无法完全代表所有可能的应用场景	评估和比较不同计算双峰检测方法在单细胞RNA测序数据中的准确性、对下游分析的影响及计算效率	九种计算双峰检测方法在16个真实数据集和112个合成数据集上的性能	单细胞测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	16个真实数据集和112个合成数据集