单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1921 - 1940 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1921 | 2024-08-08 |
Developmental and comparative immunology single-cell transcriptome analysis of the B-cell repertoire reveals the usage of immunoglobulins in the gray short-tailed opossum (Monodelphis domestica)
2021-10, Developmental and comparative immunology
IF:2.7Q1
DOI:10.1016/j.dci.2021.104141
PMID:34038789
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了灰短尾负鼠（Monodelphis domestica）的B细胞受体库，揭示了其免疫球蛋白的使用情况 | 首次使用单细胞分析技术研究有袋类动物的免疫球蛋白受体库，证实了先前的假设并发现了一些意外结果 | 研究样本仅来自一只未免疫的动物，可能无法代表整个物种 | 探究有袋类动物的体液免疫系统 | 灰短尾负鼠的B细胞转录组 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 来自一只灰短尾负鼠的脾细胞和外周血单个核细胞 |
| 1922 | 2024-08-08 |
Integrating multiple references for single-cell assignment
2021-08-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab380
PMID:34037791
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研究论文 | 本文介绍了一种名为mtSC的灵活单细胞分配框架，该框架基于多任务深度度量学习，旨在整合多个参考数据源以提高单细胞分配的准确性 | mtSC框架专门设计用于处理多参考数据源中的数据异质性问题，通过多任务深度度量学习提高细胞类型识别的准确性 | NA | 提高单细胞测序数据分析中的单细胞分配效率 | 单细胞测序数据 | 生物信息学 | NA | 多任务深度度量学习 | 深度学习模型 | 单细胞测序数据 | 使用公开可用的综合基准数据集进行评估 |
| 1923 | 2024-08-09 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals a Unique Monocyte Population in Bronchoalveolar Lavage Cells of Mice Challenged With Afghanistan Particulate Matter and Allergen
2021-08-03, Toxicological sciences : an official journal of the Society of Toxicology
IF:3.4Q2
DOI:10.1093/toxsci/kfab065
PMID:34051097
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了暴露于阿富汗颗粒物和过敏原的小鼠支气管肺泡灌洗细胞中独特的单核细胞群体 | 发现了一种仅在同时暴露于阿富汗颗粒物和过敏原的小鼠中诱导的独特单核细胞群体，并验证了其与过敏性哮喘相关基因Alox15的表达 | NA | 定义暴露于阿富汗沙漠颗粒物和屋尘螨的小鼠肺白细胞的转录组反应 | 暴露于阿富汗颗粒物和过敏原的小鼠肺白细胞 | 数字病理学 | 哮喘 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | C57BL/6小鼠，每组15只 |
| 1924 | 2024-08-09 |
Role of pharmacogenomics in T-cell hypersensitivity drug reactions
2021-08-01, Current opinion in allergy and clinical immunology
IF:3.0Q3
DOI:10.1097/ACI.0000000000000754
PMID:34039850
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研究论文 | 本文更新了与T细胞介导的延迟超敏反应相关的药物遗传学风险因素 | 本文介绍了与免疫发病机制和临床实践相关的新HLA关联，如HLA-B∗13:01与复方磺胺甲噁唑诱导的SCAR，以及HLA-A∗32:01与万古霉素诱导的DRESS | HLA作为风险因素对于大多数T细胞介导的反应是必要但不充分的，且研究主要集中在已易于进行研究的人群中，对全球相关且研究不足的人群风险关注不足 | 更新与T细胞介导的延迟超敏反应相关的药物遗传学风险因素 | T细胞介导的延迟超敏反应的药物遗传学风险因素 | 药物遗传学 | NA | 单细胞测序 | NA | 遗传数据 | 大型人群匹配队列 |
| 1925 | 2024-08-09 |
Inferring gene regulatory network from single-cell transcriptomic data by integrating multiple prior networks
2021-Aug, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
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研究论文 | 本文开发了一种名为iMPRN的新计算方法，通过整合多个先验网络来推断基因调控网络 | iMPRN方法采用线性回归、图嵌入和弹性网络优化每个先验网络，并基于B分数评估调控边的置信度，最终整合这些优化后的网络 | NA | 重建基因调控网络以理解特定细胞环境中的基因功能 | 恶性与非恶性头颈部肿瘤细胞的基因调控网络 | 生物信息学 | 头颈部肿瘤 | scRNA-seq | 线性回归、图嵌入、弹性网络 | 转录组数据 | 模拟数据集和真实scRNA-seq数据集 |
| 1926 | 2024-08-09 |
Single-cell profiling of tumor-infiltrating TCF1/TCF7+ T cells reveals a T lymphocyte subset associated with tertiary lymphoid structures/organs and a superior prognosis in oral cancer
2021-08, Oral oncology
IF:4.0Q2
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和免疫组化分析，探讨了TCF1/TCF7+ T细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用及其与三级淋巴结构和预后的关系 | 首次详细报道了TCF1/TCF7+ T细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用及其与预后的关联，并提出了其作为治疗靶点和预后标志物的潜力 | NA | 探讨TCF1/TCF7+ T细胞在口腔鳞状细胞癌中的作用及其与预后的关系 | 口腔鳞状细胞癌中的TCF1/TCF7+ T细胞及其与三级淋巴结构的关系 | 数字病理学 | 口腔癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1927 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing reveals atlas of dairy goat testis cells
2021-Jul-18, Zoological research
IF:4.0Q1
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序技术构建了奶山羊睾丸细胞的高分辨率图谱 | 首次在奶山羊中探索了精原干细胞自我更新的调控机制，并鉴定了多种体细胞和生精细胞亚型 | NA | 探究奶山羊精原干细胞自我更新的调控机制及睾丸体细胞的发育 | 奶山羊的睾丸细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | NA | 基因表达数据 | 来自一只奶山羊的样本 |
| 1928 | 2024-08-08 |
Single-Cell Characterization of the Immune Microenvironment of Melanoma Brain and Leptomeningeal Metastases
2021-07-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-1694
PMID:34035069
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）分析了黑色素瘤脑转移（MBM）和软脑膜黑色素瘤转移（LMM）的免疫微环境 | 首次构建了两种不同部位的黑色素瘤中枢神经系统转移的免疫图谱，并定义了其免疫细胞景观 | NA | 旨在定义黑色素瘤中枢神经系统转移的免疫景观 | 黑色素瘤脑转移（MBM）和软脑膜黑色素瘤转移（LMM）的免疫微环境 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 43例患者样本，包括8例皮肤转移、14例MBM和19例连续LMM样本 |
| 1929 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing in pancreatic cancer
2021-07, Nature reviews. Gastroenterology & hepatology
DOI:10.1038/s41575-021-00471-z
PMID:34040169
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1930 | 2024-08-09 |
Differentiation and activation of fibroblastic reticular cells
2021-07, Immunological reviews
IF:7.5Q1
DOI:10.1111/imr.12981
PMID:34046914
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review | 本文综述了高分辨率转录组分析在纤维网状细胞（FRC）分化和激活过程中的最新发现，特别是在感染和炎症背景下的应用 | 利用单细胞转录组学和专门的小鼠模型，提高了对FRC亚群特征和功能的分辨率 | 生成的数据维度较高，需要仔细分析和验证 | 深化对FRC分化和激活过程的理解，并探讨单细胞转录组数据分析的概念、策略及其在基质细胞生物学中的广泛影响 | 纤维网状细胞（FRC）及其在次级淋巴器官中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1931 | 2024-08-09 |
Low bias multiple displacement amplification with confinement effect based on agarose gel
2021-Jul, Analytical and bioanalytical chemistry
IF:3.8Q1
DOI:10.1007/s00216-021-03415-3
PMID:34050387
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research paper | 本文提出了一种基于低熔点琼脂糖凝胶的改进多重置换扩增（MDA）方法，名为gelMDA，用于提高单细胞基因组扩增的效率和减少扩增偏差。 | gelMDA方法通过使用低熔点琼脂糖凝胶，显著提高了扩增的灵敏度和产物产量，同时降低了变异系数（CV）和提高了重现性。 | NA | 研究旨在改进单细胞全基因组扩增技术，提高扩增效率并减少扩增偏差。 | 单细胞基因组和转录组的扩增与测序。 | digital pathology | NA | RNA-seq | NA | text | 直径为30μm的组织切片区域 |
| 1932 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing identifies molecular targets associated with poor in vitro maturation performance of oocytes collected from ovarian stimulation
2021-06-18, Human reproduction (Oxford, England)
DOI:10.1093/humrep/deab100
PMID:34052851
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了从卵巢刺激中收集的卵母细胞体外成熟（rIVM）性能不佳的分子靶点，并探讨了如何通过恢复GATA-1/CREB1/WNT信号轴来提高其可用性。 | 首次揭示了GATA-1/CREB1/WNT信号轴在rIVM卵母细胞中的抑制状态，并发现通过添加没食子酸可以提高卵母细胞的成熟率。 | 在高质量和低质量rIVM卵母细胞的比较中，样本数量有限；无法预测卵母细胞纺锤体的存在，仅能通过极体排出作为指标。 | 探讨与rIVM卵母细胞性能不佳相关的转录组特征，并寻找恢复其性能的方法。 | 从卵巢刺激中收集的人类卵母细胞和从年轻小鼠中收集的未成熟卵母细胞。 | 数字病理学 | 不孕症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 人类卵母细胞：10个来自7名捐赠者（体内卵母细胞），10个来自10名捐赠者（rIVM卵母细胞）；小鼠卵母细胞：84个（含没食子酸），85个（不含没食子酸） |
| 1933 | 2024-08-08 |
A unique macrophage subpopulation signals directly to progenitor cells to promote regenerative neurogenesis in the zebrafish spinal cord
2021-06-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.04.031
PMID:34033756
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和细胞类型特异性操作，揭示了斑马鱼脊髓中特定损伤激活的巨噬细胞直接向脊髓祖细胞发送信号，促进再生性神经发生的机制 | 首次证明了巨噬细胞可以直接通过非发育信号与脊髓祖细胞通信，促进再生性神经发生 | NA | 探讨中枢神经系统损伤后，巨噬细胞是否通过直接信号机制促进再生性神经发生 | 斑马鱼脊髓中的巨噬细胞和脊髓祖细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1934 | 2024-08-08 |
A spatial vascular transcriptomic, proteomic, and phosphoproteomic atlas unveils an angiocrine Tie-Wnt signaling axis in the liver
2021-06-07, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.05.001
PMID:34038707
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研究论文 | 本文通过结合空间细胞分选与转录组学和定量蛋白质组学/磷蛋白质组学，建立了肝脏内皮细胞的空间解析蛋白质组图谱，深入揭示了区域化的血管信号机制 | 本文首次揭示了肝脏中血管Wnt活性的Tie受体信号作为选择性和特定调节器的机制，以及其在肝脏再生中调控肝细胞功能的血管内分泌信号作用 | NA | 深入理解肝脏内皮细胞信号的空间组织 | 肝脏内皮细胞的蛋白质组和磷蛋白质组 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学（scRNA-seq），定量蛋白质组学，磷蛋白质组学 | NA | 转录组，蛋白质组，磷蛋白质组 | NA |
| 1935 | 2024-08-09 |
Ultra-high-throughput single-cell RNA sequencing and perturbation screening with combinatorial fluidic indexing
2021-06, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01153-z
PMID:34059827
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研究论文 | 本文介绍了一种名为'单细胞组合流体索引'（scifi）的新技术，用于实现成本效益高的单细胞RNA测序和扰动筛选 | scifi-RNA-seq方法通过结合一步法组合预索引和微流控单细胞RNA测序，显著提高了基于液滴的单细胞RNA测序的通量，并简化了多轮组合索引的工作流程 | NA | 开发一种成本效益高且通量大的单细胞RNA测序技术，以满足大规模细胞图谱项目和高通量扰动筛选的需求 | 人类和鼠类细胞系，以及人类T细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种人类和鼠类细胞系，以及人类T细胞 |
| 1936 | 2024-08-09 |
Multiomics characteristics of neurogenesis-related gene are dysregulated in tumor immune microenvironment
2021-May-31, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-021-00202-y
PMID:34059678
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研究论文 | 本研究利用大规模临床队列和单细胞RNA测序技术，探讨了热/冷肿瘤微环境的分子特征 | 提供了通过单细胞RNA测序技术解析肿瘤微环境为热/冷肿瘤微环境的新方法 | NA | 深入了解热/冷肿瘤微环境的分子特征 | 肿瘤微环境中的分子差异 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 大规模临床队列 |
| 1937 | 2024-08-09 |
Single-cell RNA sequencing of cultured human endometrial CD140b+CD146+ perivascular cells highlights the importance of in vivo microenvironment
2021-05-29, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-021-02354-1
PMID:34051872
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了培养的人类子宫内膜CD140b+CD146+周细胞，揭示了体内微环境在维持细胞身份中的重要性。 | 首次提供了培养的人类CD140b+CD146+周细胞的单细胞图谱，并识别出培养特有的相对均一的细胞群体。 | NA | 探讨子宫内膜间质/干细胞的细胞异质性及其与原代细胞的关系。 | 培养的人类子宫内膜CD140b+CD146+周细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自月经期和分泌期子宫内膜的培养细胞 |
| 1938 | 2024-08-09 |
Developmental bifurcation of human T follicular regulatory cells
2021-05-28, Science immunology
IF:17.6Q1
DOI:10.1126/sciimmunol.abd8411
PMID:34049865
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学方法，分析了从人血液、髂淋巴结和扁桃体中分离的T滤泡辅助细胞和调节细胞的成熟过程 | 研究发现T细胞的成熟过程呈现分叉轨迹，一条路径通向血液中的T细胞，另一条通向最成熟的GC T细胞 | 由于缺乏体外模拟体内生物学的实验方法以及难以获取健康人淋巴组织，研究受到一定限制 | 研究人类T滤泡辅助细胞和调节细胞的发育过程 | 人类T滤泡辅助细胞和调节细胞 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 从人血液、髂淋巴结和扁桃体中分离的T细胞和T细胞样本 |
| 1939 | 2024-08-09 |
Comparative Analysis of Public Data Sets to Identify Stemness Markers That Differentiate Liver Cancer Stem Cells
2021-May-27, Studies in health technology and informatics
DOI:10.3233/SHTI210290
PMID:34042693
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研究论文 | 本研究通过分析大量单细胞RNA测序数据，旨在识别区分肝癌干细胞的干细胞标志物 | 利用共享大数据推动转化医学，生成新的假设 | NA | 识别肝癌干细胞中的重要干细胞标志物，解释其对治疗的抵抗性 | 肝癌干细胞及其干细胞标志物 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 10865个单细胞RNA测序样本，涉及42684个编码和非编码基因 |
| 1940 | 2024-08-09 |
Contrastive self-supervised clustering of scRNA-seq data
2021-May-27, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04210-8
PMID:34044773
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研究论文 | 本文提出了一种新的无监督学习方法contrastive-sc，用于单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的细胞聚类 | 该方法采用自监督对比学习框架，最初用于图像处理，现在被改编用于scRNA-seq数据，并在模拟和真实世界数据集上与现有技术进行了广泛比较 | NA | 研究目的是提出一种新的scRNA-seq数据聚类方法 | scRNA-seq数据的细胞聚类 | 机器学习 | NA | 自监督对比学习 | 人工神经网络 | scRNA-seq数据 | 模拟和真实世界数据集 |