单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1841 - 1860 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1841 | 2024-08-08 |
Construction of a Promising Tumor-Infiltrating CD8+ T Cells Gene Signature to Improve Prediction of the Prognosis and Immune Response of Uveal Melanoma
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.673838
PMID:34124058
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研究论文 | 本文构建了一个与肿瘤浸润性CD8+ T细胞相关的基因特征，用于改善葡萄膜黑色素瘤的预后和免疫反应预测 | 本研究构建了一个新的基因特征，用于预测葡萄膜黑色素瘤的预后和免疫治疗反应，可能作为有前景的治疗靶点 | NA | 理解肿瘤浸润性CD8+ T细胞在葡萄膜黑色素瘤中的作用，以预测预后和免疫治疗反应 | 葡萄膜黑色素瘤患者的肿瘤浸润性CD8+ T细胞及其相关基因 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | 从GSE139829的单细胞RNA测序中筛选出202个CDIRGs，并在多个葡萄膜黑色素瘤的批量RNA测序数据集中验证了包含三个CDIRGs（IFNGR1，ANXA6和TANK）的基因特征 |
| 1842 | 2024-08-08 |
Immunological Significance of Prognostic DNA Methylation Sites in Hepatocellular Carcinoma
2021, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2021.683240
PMID:34124163
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研究论文 | 本研究通过共识聚类和系统生物信息学分析，基于DNA甲基化数据识别出肝细胞癌（HCC）的风险预测标志物，并探索其在肿瘤免疫微环境（TIME）和肿瘤突变负荷（TMB）中的作用 | 首次根据DNA甲基化将HCC样本分为不同集群，并生成了基于CpG的预测性标志物和定量列线图，精确预测预后 | NA | 探索DNA甲基化在肝细胞癌中的预后意义及其在肿瘤免疫微环境和肿瘤突变负荷中的作用 | 肝细胞癌（HCC）样本的DNA甲基化数据及其在预后预测中的应用 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 共识聚类、系统生物信息学分析、基因集富集分析（GSEA）、单细胞RNA测序分析、实时定量聚合酶链反应 | NA | DNA甲基化数据、基因表达数据 | HCC样本被分为七个亚型，具体样本数量未明确提及 |
| 1843 | 2024-08-08 |
Identification of CD8+ T Cell-Related Genes: Correlations with Immune Phenotypes and Outcomes of Liver Cancer
2021, Journal of immunology research
IF:3.5Q2
DOI:10.1155/2021/9960905
PMID:34124275
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研究论文 | 本文通过计算生物学方法确定促进CD8+ T淋巴细胞浸润的共表达基因网络，并分析其与肝癌免疫表型和治疗结果的相关性。 | 本文首次确定了与CD8+ T淋巴细胞高浸润比例正相关的共表达基因，这些基因在抗原呈递过程中发挥作用，为免疫治疗不敏感的患者提供了新的研究方向。 | NA | 研究CD8+ T淋巴细胞相关的共表达基因网络，探讨其与肝癌免疫治疗效果的关系。 | 肝癌患者的基因表达矩阵、临床随访信息数据以及单核苷酸多态性数据。 | 数字病理学 | 肝癌 | WGCNA | NA | 基因表达数据 | 使用TCGA数据库中的肝癌基因矩阵和临床随访信息数据 |
| 1844 | 2024-08-08 |
Single-Cell Trajectory Inference Guided Enhancement of Thyroid Maturation In Vitro Using TGF-Beta Inhibition
2021, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2021.657195
PMID:34135860
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探索了从小鼠胚胎干细胞向甲状腺滤泡细胞转变的分子步骤，并通过抑制TGF-beta通路提高了甲状腺器官体外成熟度 | 首次系统全面地识别了在甲状腺器官生产过程中产生的细胞类型，并通过药物抑制TGF-beta通路提高了甲状腺成熟度 | NA | 提高甲状腺器官体外成熟度的效率，为甲状腺疾病的再生医学治疗提供新途径 | 小鼠胚胎干细胞向甲状腺滤泡细胞的转变过程及甲状腺器官的成熟 | 数字病理学 | 甲状腺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | NA |
| 1845 | 2024-08-08 |
Signatures of B Cell Receptor Repertoire Following Pneumocystis Infection
2021, Frontiers in microbiology
IF:4.0Q2
DOI:10.3389/fmicb.2021.636250
PMID:34135870
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研究论文 | 本文通过整合单细胞RNA测序和单细胞BCR测序技术，研究了未感染和感染后1-4周小鼠肺部免疫细胞中B细胞受体（BCR）谱的变化 | 首次详细描述了感染过程中B细胞反应的动态变化，包括浆细胞和幼稚B细胞子集的特征变化 | NA | 研究感染过程中B细胞受体谱的特征变化 | 小鼠肺部免疫细胞中的B细胞受体谱 | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA测序，单细胞BCR测序 | NA | RNA序列，BCR序列 | 未感染和感染后1-4周的小鼠肺部免疫细胞 |
| 1846 | 2024-08-08 |
Single-Cell Profiling Reveals Transcriptional Signatures and Cell-Cell Crosstalk in Anti-PLA2R Positive Idiopathic Membranous Nephropathy Patients
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.683330
PMID:34135910
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了6名抗PLA2R阳性特发性膜性肾病（IMN）患者和2名健康对照者的肾样本，以揭示单细胞分辨率下的转录组图谱 | 本研究首次在单细胞水平上揭示了IMN患者的转录组特征和细胞间对话，特别是发现了肾小管细胞中与炎症和免疫反应相关的差异表达基因 | 研究样本量较小，仅包括6名IMN患者和2名健康对照者，可能影响结果的普遍性 | 旨在通过单细胞RNA测序技术揭示特发性膜性肾病患者的细胞间相互作用和关键通路，以识别新的治疗靶点 | 抗PLA2R阳性特发性膜性肾病患者的肾样本 | 数字病理学 | 特发性膜性肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名IMN患者和2名健康对照者的肾样本 |
| 1847 | 2024-08-08 |
scDA: Single cell discriminant analysis for single-cell RNA sequencing data
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.05.046
PMID:34141142
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研究论文 | 本文介绍了一种名为scDA的单细胞判别分析方法，用于处理单细胞RNA测序数据，能够同时识别细胞群和判别元基因，并通过构建细胞表示图来注释未标记的细胞 | scDA方法在确定细胞类型方面表现有效，并且在推断新样本标签时优于几种最先进的方法，尤其对丢失事件不敏感，能够从少量数据中学习后标记大量细胞 | NA | 开发一种有效的方法来分析大规模或来自不同批次的单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据中的细胞群和判别元基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及十一个数据集的细胞 |
| 1848 | 2024-08-08 |
A MicroRNA-Based Network Provides Potential Predictive Signatures and Reveals the Crucial Role of PI3K/AKT Signaling for Hepatic Lineage Maturation
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.670059
PMID:34141708
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研究论文 | 本研究探讨了胆管树干细胞（BTSCs）向成熟肝细胞（hAHeps）分化过程中，特定的“转录因子（TF）-miRNA-目标”调控网络的作用 | 揭示了miRNA在正常细胞谱系承诺中的作用，并建立了肝细胞谱系承诺的“TF-miRNA-目标”调控网络 | NA | 研究miRNA在肝细胞谱系成熟过程中的调控作用及其对PI3K/AKT信号通路的影响 | 胆管树干细胞（BTSCs）向成熟肝细胞（hAHeps）的分化过程 | 生物信息学 | NA | RNA-seq, microRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 涉及四种人类肝系细胞系：hBTSCs, hHpSCs, hHBs, 和 hAHeps |
| 1849 | 2024-08-08 |
Corrigendum: Characterizing Adult Cochlear Supporting Cell Transcriptional Diversity Using Single-Cell RNA-Seq: Validation in the Adult Mouse and Translational Implications for the Adult Human Cochlea
2021, Frontiers in molecular neuroscience
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fnmol.2021.699859
PMID:34149357
|
correction | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1850 | 2024-08-08 |
GRMT: Generative Reconstruction of Mutation Tree From Scratch Using Single-Cell Sequencing Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.692964
PMID:34149820
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为GRMT的方法，用于从单细胞测序数据中从头开始生成突变树，以推断肿瘤的突变历史 | GRMT利用-Dollo简约模型，允许每个突变只发生一次且最多丢失一次，通过从零开始生成树结构的方式，逐步增加树的大小，直到包含所有突变，从而有效地恢复突变的时序并适用于大型数据集 | NA | 开发一种高效且准确的方法来重建肿瘤树 | 单细胞测序数据中的肿瘤突变树 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 单细胞测序数据 | NA |
| 1851 | 2024-08-08 |
Expression of SARS-CoV-2 entry genes ACE2 and TMPRSS2 at single cell resolution in the peripartum decidua
2021, American journal of translational research
IF:1.7Q4
PMID:34150021
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了分娩期间蜕膜组织中SARS-CoV-2进入基因ACE2和TMPRSS2的表达情况 | 首次在单细胞分辨率下研究了分娩期间蜕膜组织中ACE2的表达异质性及其对SARS-CoV-2感染敏感性的影响 | NA | 研究分娩期间蜕膜组织中ACE2及相关基因的表达情况，探讨其对垂直传播的影响 | 蜕膜组织中的ACE2和TMPRSS2基因表达 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1852 | 2024-08-08 |
The Epithelial to Mesenchymal Transition Related Gene Calumenin Is an Adverse Prognostic Factor of Bladder Cancer Correlated With Tumor Microenvironment Remodeling, Gene Mutation, and Ferroptosis
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.683951
PMID:34150647
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研究论文 | 本研究通过多组学生物信息学分析，探讨了膀胱癌中与上皮间质转化相关的基因calumenin（CALU）的作用及其分子机制 | 首次揭示了CALU在膀胱癌中的独立风险因子作用，及其与肿瘤微环境重塑、基因突变和铁死亡的关联 | 研究主要基于生物信息学分析和实验室验证，未来需更多临床试验验证CALU在膀胱癌治疗中的实际应用 | 探讨CALU在膀胱癌中的作用及其对患者预后的影响 | 膀胱癌患者样本及CALU基因 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 多组学生物信息学分析、单细胞RNA测序、PCR和免疫组织化学 | NA | 基因表达数据 | 408名TCGA膀胱癌患者 |
| 1853 | 2024-08-08 |
S100A9 Derived From Myeloma Associated Myeloid Cells Promotes TNFSF13B/TNFRSF13B-Dependent Proliferation and Survival of Myeloma Cells
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.691705
PMID:34150664
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研究论文 | 研究探讨了多发性骨髓瘤（MM）中髓系细胞来源的S100A9如何通过TNFSF13B/TNFRSF13B依赖性途径促进骨髓瘤细胞的增殖和生存 | 揭示了髓系细胞通过S100A9促进骨髓瘤细胞增殖和生存的新机制 | NA | 探究髓系细胞在多发性骨髓瘤中的作用机制 | 多发性骨髓瘤患者的骨髓细胞及髓系细胞 | NA | 多发性骨髓瘤 | scRNA-seq, bulk RNA-seq | NA | RNA | 来自多发性骨髓瘤患者的样本 |
| 1854 | 2024-08-08 |
TBX20 Contributes to Balancing the Differentiation of Perivascular Adipose-Derived Stem Cells to Vascular Lineages and Neointimal Hyperplasia
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.662704
PMID:34150759
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研究论文 | 本研究探讨了周围血管脂肪源性干细胞（PVASCs）向平滑肌细胞（SMCs）和内皮细胞（ECs）分化的机制及其在新生内膜增生中的功能 | 发现TBX20在PVASCs中的独特表达，并揭示了TBX20在调控PVASCs向SMCs和ECs分化中的作用 | NA | 研究PVASC分化为SMCs和ECs的机制及其在新生内膜增生中的功能 | 周围血管脂肪源性干细胞（PVASCs） | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序、批量mRNA测序、免疫荧光、定量实时PCR（QPCR）、Western blot | NA | mRNA | NA |
| 1855 | 2024-08-08 |
Exposure to Copper Compromises the Maturational Competency of Porcine Oocytes by Impairing Mitochondrial Function
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.678665
PMID:34150773
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研究论文 | 研究了过量铜对猪卵母细胞成熟和细胞器功能的影响 | 首次探讨了过量铜对母猪生殖性能的影响，并揭示了其对卵母细胞成熟和线粒体功能的损害机制 | NA | 探讨过量铜对猪卵母细胞成熟和细胞器功能的影响 | 猪卵母细胞 | NA | NA | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组 | NA |
| 1856 | 2024-08-08 |
TIPD: A Probability Distribution-Based Method for Trajectory Inference from Single-Cell RNA-Seq Data
2021-Dec, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-021-00445-4
PMID:34109565
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研究论文 | 本文提出了一种基于概率分布的单细胞RNA测序数据轨迹推断方法TIPD | TIPD方法结合信号熵和基因表达谱的聚类结果来描述细胞群体的异质性概率分布，无需外部知识即可确定分化轨迹的方向 | NA | 开发一种新的轨迹推断方法，以更准确地描述细胞分化和发育过程中的生物异质性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞分化轨迹 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 最小生成树（MST） | 基因表达数据 | 四个已发表的单细胞RNA测序数据集 |
| 1857 | 2024-08-08 |
Single-cell immune checkpoint landscape of PBMCs stimulated with Candida albicans
2021-Dec, Emerging microbes & infections
IF:8.4Q1
DOI:10.1080/22221751.2021.1942228
PMID:34120578
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研究论文 | 本研究重新分析了单细胞RNA测序数据，探讨了在白色念珠菌感染后外周血单个核细胞中免疫检查点的表达模式 | 首次详细描述了在真菌感染中不同免疫细胞亚群的免疫检查点活动异质性 | NA | 探索在真菌感染后免疫检查点的表达模式及其在治疗中的潜在应用 | 外周血单个核细胞在白色念珠菌刺激后的免疫检查点表达 | 免疫学 | 真菌感染 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 1858 | 2024-08-08 |
DevOmics: an integrated multi-omics database of human and mouse early embryo
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab208
PMID:34097004
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研究论文 | 介绍了一个名为DevOmics的综合多组学数据库，该数据库整合了人类和小鼠早期胚胎的基因表达、DNA甲基化、组蛋白修饰等多种数据 | DevOmics提供了统一的数据分析流程和用户友好的界面，便于生物学家和临床医生解析人类和小鼠早期胚胎的分子调控机制 | NA | 建立一个整合人类和小鼠早期胚胎调控信息的数据库，以促进辅助生殖技术和植入前遗传测试的研究 | 人类和小鼠早期胚胎的基因表达、DNA甲基化、组蛋白修饰等 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学和表观基因组学 | NA | 基因表达、DNA甲基化、组蛋白修饰、染色质可及性和3D染色质结构 | 涵盖六个发育阶段的人类和小鼠早期胚胎样本 |
| 1859 | 2024-08-08 |
MET Amplification Attenuates Lung Tumor Response to Immunotherapy by Inhibiting STING
2021-11, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-20-1500
PMID:34099454
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研究论文 | 研究探讨了MET基因扩增如何通过抑制STING影响肺癌患者对免疫检查点阻断疗法的反应 | 首次揭示了MET信号通过磷酸化UPF1并调节STING的3'-UTR长度来下调STING表达，从而影响免疫疗法效果的机制 | 研究样本仅限于81名肺癌患者，可能需要更大规模的研究来验证结果 | 探究MET扩增对肺癌免疫疗法反应的影响及其机制 | 肺癌患者及其免疫细胞 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 81名肺癌患者，超过20,000个单个免疫细胞 |
| 1860 | 2024-08-08 |
Interleukin-10 and Transforming Growth Factor-β Cytokines Decrease Immune Activation During Normothermic Ex Vivo Machine Perfusion of the Rat Liver
2021-11, Liver transplantation : official publication of the American Association for the Study of Liver Diseases and the International Liver Transplantation Society
IF:4.7Q1
DOI:10.1002/lt.26206
PMID:34118129
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研究论文 | 研究了在常温离体机器灌注条件下，白细胞介素10（IL10）和转化生长因子β（TGF-β）对大鼠肝脏免疫细胞活化的影响 | 首次证明肝脏常驻免疫细胞在常温离体肝脏灌注期间获得激活表型，并可通过IL10和TGF-β的治疗干预减少这种激活 | 研究未观察到IL10和TGF-β处理对炎症细胞因子产生的变化 | 探讨常温离体肝脏灌注对肝脏常驻免疫细胞活化的影响及抗炎细胞因子改善器官功能和减少免疫激活的能力 | 大鼠肝脏的免疫细胞活化及器官功能 | NA | NA | 单细胞RNA测序、流式细胞术、酶联免疫吸附试验 | NA | 基因表达、细胞表面标记、细胞因子 | 实验组7只大鼠肝脏，对照组4只 |