单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1801 - 1820 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1801 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA-seq Identification of the Cellular Molecular Characteristics of Sporadic Bilateral Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.659251
PMID:34168986
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了散发性双侧透明细胞肾细胞癌的细胞分子特征 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了双侧透明细胞肾细胞癌在单细胞转录组水平的转录组特征 | NA | 研究散发性双侧肾细胞癌的细胞分子特征，为临床治疗提供指导 | 散发性双侧透明细胞肾细胞癌 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 从左、右肿瘤组织分别捕获了3,575和3,568个高质量的单细胞转录组数据 |
| 1802 | 2024-08-08 |
High PYGL Expression Predicts Poor Prognosis in Human Gliomas
2021, Frontiers in neurology
IF:2.7Q3
DOI:10.3389/fneur.2021.652931
PMID:34177761
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研究论文 | 本研究通过生物信息学分析基因转录组和单细胞测序数据，探讨了高PYGL表达在胶质瘤患者中的预测价值 | 首次通过单细胞测序数据分析了PYGL在不同细胞群中的高表达，并揭示了其潜在的预测机制 | NA | 研究高PYGL表达在胶质瘤患者中的预测价值及其潜在机制 | 胶质瘤患者的PYGL表达水平及其对预后的影响 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因转录组数据和单细胞RNA测序数据 | 595名胶质瘤患者和7,930个GBM细胞 |
| 1803 | 2024-08-08 |
Computational analysis of alternative polyadenylation from standard RNA-seq and single-cell RNA-seq data
2021, Methods in enzymology
DOI:10.1016/bs.mie.2021.03.015
PMID:34183123
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研究论文 | 本文总结了分析标准RNA-seq和单细胞RNA-seq数据中可变多聚腺苷酸化（APA）的计算方法，并详细描述了两种先进的生物信息学算法DaPars和scDaPars | 介绍了DaPars和scDaPars两种先进的生物信息学算法，用于分析APA | NA | 总结和描述分析APA的计算方法 | 标准RNA-seq和单细胞RNA-seq数据中的APA | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |
| 1804 | 2024-08-08 |
Bayesian modeling of spatial molecular profiling data via Gaussian process
2021-11-18, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab455
PMID:34146105
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研究论文 | 本文提出了一种新的贝叶斯分层模型，用于分析空间转录组数据，通过高斯过程建模零膨胀和过度分散的计数数据 | 模型采用零膨胀负二项模型，提高了模型的稳定性和鲁棒性，并利用贝叶斯推理框架在参数估计中借力 | NA | 开发有效的计算方法来识别具有空间模式的基因 | 空间分子 profiling 数据 | 生物信息学 | NA | 空间分子 profiling 技术 | 贝叶斯分层模型 | 转录组数据 | NA |
| 1805 | 2024-08-08 |
REBET: a method to determine the number of cell clusters based on batch effect removal
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab204
PMID:34131702
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研究论文 | 本文提出了一种基于批次效应去除确定细胞聚类数量的新方法REBET | REBET方法通过去除批次效应来准确确定细胞聚类的数量，并在模拟和真实数据集上表现出优于现有方法的性能 | NA | 开发一种新的方法来准确确定单细胞RNA测序数据中的细胞聚类数量 | 单细胞RNA测序数据中的细胞聚类数量 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 32个模拟数据集和14个已发表的单细胞RNA测序数据集 |
| 1806 | 2024-08-08 |
Tumor cells in light-chain amyloidosis and myeloma show distinct transcriptional rewiring of normal plasma cell development
2021-10-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020009754
PMID:34133718
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研究论文 | 本研究通过批量和单细胞RNA测序，定义了正常浆细胞发育的转录图谱，并比较了AL、MM和MGUS中肿瘤浆细胞的转录程序 | 首次研究了AL和MM患者中肿瘤浆细胞的分化阶段，并提供了理解正常浆细胞发育和AL及其他单克隆免疫球蛋白病的转录重组的新资源 | NA | 旨在定义正常浆细胞发育的转录图谱，并比较AL、MM和MGUS中肿瘤浆细胞的转录程序 | AL、MM和MGUS中的肿瘤浆细胞 | 数字病理学 | 多发性骨髓瘤 | RNA测序 | NA | RNA | 涉及AL、MM和MGUS患者的肿瘤浆细胞 |
| 1807 | 2024-08-08 |
Transcriptomic landscape of circulating mononuclear phagocytes in Langerhans cell histiocytosis at the single-cell level
2021-10-07, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2020009064
PMID:34132762
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）患者循环单核吞噬细胞的转录组图谱 | 首次在单细胞水平上揭示了LCH患者循环单核吞噬细胞系统中RAS-MAPK-ERK信号通路相关基因和转录因子的表达变化 | 研究样本仅限于217名儿科LCH患者，可能限制了结果的普遍性 | 深入理解LCH的分子生物学机制，为临床诊断和治疗提供新见解 | LCH患者的循环单核吞噬细胞 | 数字病理学 | 朗格汉斯细胞组织细胞增生症 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 217名儿科LCH患者 |
| 1808 | 2024-08-08 |
The Prognostic Potential of Human Prostate Cancer-Associated Macrophage Subtypes as Revealed by Single-Cell Transcriptomics
2021-10, Molecular cancer research : MCR
IF:4.1Q2
DOI:10.1158/1541-7786.MCR-20-0740
PMID:34131070
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研究论文 | 通过单细胞转录组分析，研究了人前列腺癌组织中巨噬细胞的亚型及其与疾病进展的关系 | 首次在人前列腺癌组织中识别出三种不同的巨噬细胞亚型，并发现这些亚型与患者的无复发和无转移生存期高度相关 | 研究仅限于前列腺癌组织中的巨噬细胞，未涉及其他细胞类型或整个肿瘤微环境 | 探讨前列腺癌组织中巨噬细胞亚型与疾病进展的关系，并开发用于患者预后评估的基因分类器 | 人前列腺癌组织中的巨噬细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 基因表达数据 | 来自前列腺切除术样本的巨噬细胞 |
| 1809 | 2024-08-08 |
Integrating single-cell and spatial transcriptomics to elucidate intercellular tissue dynamics
2021-10, Nature reviews. Genetics
DOI:10.1038/s41576-021-00370-8
PMID:34145435
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综述 | 本文综述了将单细胞RNA测序（scRNA-seq）与空间转录组学技术相结合的研究进展，旨在阐明组织内细胞间的动态关系 | 介绍了新兴的计算方法和现有技术的有效结合方式 | 目前尚无方法能像scRNA-seq那样全面地覆盖转录组 | 探讨如何整合单细胞和空间数据以更好地理解细胞间的相互作用 | 单细胞RNA测序和空间转录组学技术 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、高复用RNA成像、空间条码技术 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1810 | 2024-08-08 |
Interferon-Gamma-Producing CD8+ Tissue Resident Memory T Cells Are a Targetable Hallmark of Immune Checkpoint Inhibitor-Colitis
2021-10, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2021.06.025
PMID:34147519
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研究论文 | 本文研究了免疫检查点抑制剂相关结肠炎的发病机制，并发现CD8+组织驻留记忆T细胞是该疾病的关键驱动因素 | 首次证明CD8+组织驻留记忆T细胞在免疫检查点抑制剂相关结肠炎中的病理作用，并提出其作为新的治疗靶点 | NA | 识别免疫检查点抑制剂相关结肠炎的关键细胞驱动因素及其与特发性溃疡性结肠炎的相似性，并确定潜在的新治疗靶点 | 免疫检查点抑制剂相关结肠炎患者、接受免疫检查点抑制剂治疗但未发展为结肠炎的患者、特发性溃疡性结肠炎患者及健康对照 | 免疫学 | 结肠炎 | 多参数和光谱流式细胞术、光谱免疫荧光显微镜、靶向基因组、批量和单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 包括免疫检查点抑制剂相关结肠炎患者、未发展为结肠炎的患者、特发性溃疡性结肠炎患者及健康对照的多个样本 |
| 1811 | 2024-08-08 |
Cell type hierarchy reconstruction via reconciliation of multi-resolution cluster tree
2021-09-20, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab481
PMID:34125905
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Multi-resolution Reconciled Tree (MRtree)的树构建算法，用于从不同分辨率的平面聚类结果中生成细胞类型层次结构 | MRtree算法能够结合大多数scRNA-seq聚类算法，继承平面聚类的鲁棒性和多功能性，同时保持细胞的层次结构 | NA | 克服单一分辨率聚类结果难以比较和描述细胞集群演化的问题 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型层次结构 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 多个scRNA-seq数据集，包括胎儿脑细胞 |
| 1812 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics and proteomics technologies for deconvoluting the tumor microenvironment
2021-Sep, Biotechnology journal
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/biot.202100041
PMID:34125481
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综述 | 本文综述了用于解析肿瘤微环境的空间转录组学和蛋白质组学技术 | 介绍了多种新兴的空间分辨高复用分子分析技术，如10X Visium、GeoMx DSP等，这些技术能够在保持空间信息的同时进行高复用蛋白质和RNA分析 | NA | 探讨如何利用新兴的空间技术深入理解肿瘤微环境 | 肿瘤微环境及其在肿瘤发生、转移和药物抗性中的作用 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学和蛋白质组学技术 | NA | 蛋白质和RNA数据 | NA |
| 1813 | 2024-08-08 |
Negative electroretinograms: genetic and acquired causes, diagnostic approaches and physiological insights
2021-09, Eye (London, England)
DOI:10.1038/s41433-021-01604-z
PMID:34127841
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综述 | 本文综述了负向视网膜电图（ERG）的遗传和获得性原因、诊断方法及生理学见解 | NA | NA | 探讨负向视网膜电图的生理基础、流行病学、成因及临床处理 | 负向视网膜电图及其在遗传和获得性疾病中的表现 | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1814 | 2024-08-08 |
Cross-species integration of single-cell RNA-seq resolved alveolar-epithelial transitional states in idiopathic pulmonary fibrosis
2021-09-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00594.2020
PMID:34132117
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研究论文 | 本文通过跨物种的单细胞RNA测序分析，揭示了特发性肺纤维化中肺泡上皮过渡状态的关键细胞状态。 | 本文通过比较和跨物种的单细胞转录组学分析，进一步描绘了从AT2到AT1以及AT2到/细胞状态的分化轨迹，并观察到人类IPF中的AT1细胞保留了小鼠过渡细胞状态的转录特征。 | NA | 研究特发性肺纤维化中肺泡上皮细胞的分化过程及其在疾病中的作用。 | 肺泡上皮细胞的分化状态及其在特发性肺纤维化中的作用。 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 七项人类和小鼠IPF模型的单细胞RNA测序研究数据 |
| 1815 | 2024-08-08 |
What a difference ADA2 makes: Insights into the pathophysiology of ADA2 deficiency from single-cell RNA sequencing of monocytes
2021-09, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1002/JLB.5CE0421-186R
PMID:34137068
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了ADA2缺乏症患者中单核细胞的病理生理机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术揭示ADA2缺乏症患者中非经典单核细胞的增加及其炎症反应特征 | NA | 探讨ADA2缺乏症的病理生理机制 | ADA2缺乏症患者中的单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未提及 |
| 1816 | 2024-08-08 |
Cardiac fibrosis: Pathobiology and therapeutic targets
2021-09, Cellular signalling
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.cellsig.2021.110066
PMID:34146658
|
综述 | 本文综述了心脏纤维化的病理生物学机制及其潜在的治疗靶点 | 通过谱系追踪研究和单细胞RNA测序研究提供了关于心脏成纤维细胞起源和异质性的新见解 | 目前没有直接针对细胞外基质的批准疗法 | 探讨心脏纤维化的病理生物学机制及寻找新的治疗靶点以减缓或逆转纤维化重塑 | 心脏纤维化及其治疗靶点 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 1817 | 2024-08-08 |
Integrin β7 Inhibits Colorectal Cancer Pathogenesis via Maintaining Antitumor Immunity
2021-08, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-20-0879
PMID:34131019
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研究论文 | 本文研究了整合素β7（ITGB7）在结直肠癌发病机制中的作用，发现ITGB7通过维持抗肿瘤免疫抑制结直肠癌的发生和发展 | 首次详细探讨了ITGB7在结直肠癌发病机制中的作用及其通过维持抗肿瘤免疫的机制 | NA | 探讨ITGB7在结直肠癌发病机制中的作用及其对患者生存和免疫治疗反应的影响 | ITGB7在结直肠癌中的表达及其对肿瘤微环境中免疫细胞浸润的影响 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA表达数据 | 使用公共平台的大量RNA表达数据和公共单细胞RNA测序数据 |
| 1818 | 2024-08-08 |
Progressive Cellular Senescence Mediates Renal Dysfunction in Ischemic Nephropathy
2021-08, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.2020091373
PMID:34135081
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研究论文 | 本文研究了细胞衰老在缺血性肾病中导致肾功能障碍的作用 | 首次揭示了细胞衰老与慢性缺血性肾损伤之间的关联，并提出了使用溶衰老药物策略来延缓这种损伤的可能性 | 研究主要集中在小鼠模型上，需要在人类中进一步验证 | 探讨细胞衰老在缺血性肾病中的作用及其对肾功能的影响 | 通过转基因INK-ATTAC和野生型C57BL/6小鼠模型研究肾功能和组织损伤 | NA | 肾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了转基因INK-ATTAC和野生型C57BL/6小鼠以及人类狭窄肾的样本 |
| 1819 | 2024-08-08 |
Microglial heterogeneity in chronic pain
2021-08, Brain, behavior, and immunity
DOI:10.1016/j.bbi.2021.06.005
PMID:34139287
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综述 | 本文综述了中枢神经系统及性别如何影响健康中微胶质细胞功能的现有临床前证据，并强调了转录组学分析在疾病相关微胶质细胞状态表征中的最新进展。 | 提出了未来研究可能揭示与慢性疼痛条件相关的独特微胶质细胞转录组特征的可能性，并建议使用scRNA-seq、空间转录组学等新技术来更全面地表征慢性疼痛中微胶质细胞的功能、转录组和结构。 | NA | 探讨神经免疫相互作用在慢性疼痛中的作用，并提出使用新技术来深化对微胶质细胞功能的理解。 | 微胶质细胞在慢性疼痛中的功能和转录组特征。 | NA | 慢性疼痛 | scRNA-seq, 空间转录组学, CYTOF, 透射电子显微镜 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1820 | 2024-08-08 |
Therapies to prevent post-infarction remodelling: From repair to regeneration
2021-08, Biomaterials
IF:12.8Q1
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综述 | 本文综述了心肌梗死后重塑的预防疗法，从修复到再生 | 最近单细胞测序分析提供了关于特定细胞群体在受影响区域最终纤维沉积中的作用的见解 | 目前还没有任何细胞或非细胞为基础的治疗方法导致当前与经皮冠状动脉介入治疗或冠状动脉旁路移植术结合使用的药物或设备 | 评估缺血、炎症、纤维化、血管生成、细胞应激以及基本的细胞和分子成分作为治疗靶点，并探讨当前领域内的趋势和未探索的可行转化研究方法 | 心肌梗死后的心肌组织重塑过程 | NA | 心血管疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |