单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1721 - 1740 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1721 | 2024-08-08 |
ScRNA-seq revealed the kinetic of nasopharyngeal immune responses in asymptomatic COVID-19 carriers
2021-Jul-27, Cell discovery
IF:13.0Q1
DOI:10.1038/s41421-021-00294-x
PMID:34315869
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1722 | 2024-08-08 |
Dimensionality reduction by UMAP reinforces sample heterogeneity analysis in bulk transcriptomic data
2021-07-27, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109442
PMID:34320340
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研究论文 | 本文比较了四种主要降维方法（PCA、MDS、t-SNE和UMAP）在分析71个大型bulk转录组数据集中的应用，发现UMAP在区分批次效应、识别预定义生物组和揭示二维空间中的深入聚类方面优于其他方法 | 首次将UMAP应用于bulk转录组数据分析，并展示了其在增强样本异质性分析方面的优势 | NA | 比较不同降维方法在bulk转录组数据分析中的效果 | bulk转录组数据集 | 生物信息学 | NA | 转录组分析 | UMAP | 转录组数据 | 71个大型bulk转录组数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 1723 | 2024-08-08 |
[Gene expression profiles of myopic mouse scleral fibroblasts: a bioinformatics analysis based on single-cell RNA sequencing]
2021-Jul-20, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了近视后小鼠巩膜成纤维细胞基因表达谱的变化及其功能机制 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析近视小鼠巩膜成纤维细胞的基因表达变化，并深入探讨了炎症、缺氧、蛋白质调控及内质网应激相关基因表达和通路调控的复杂机制 | NA | 研究近视后小鼠巩膜成纤维细胞基因表达谱的变化，并探索其功能障碍的机制 | 小鼠巩膜成纤维细胞 | 数字病理学 | 近视 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 6只C57BL/6J小鼠分为对照组和近视模型组，每组6只 | NA | NA | NA | NA |
| 1724 | 2024-08-08 |
Characterizing dedifferentiation of thyroid cancer by integrated analysis
2021-Jul, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abf3657
PMID:34321197
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，对甲状腺癌的异质性和分化过程进行了深入分析 | 首次在单细胞分辨率下描绘了甲状腺癌的分化过程及其抑制性免疫微环境，并揭示了CREB3L1在甲状腺癌分化相关通路中的潜在驱动作用 | NA | 深入理解甲状腺癌的去分化过程及其对患者预后的影响 | 甲状腺癌的异质性、分化过程及其分子机制 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 46,205个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1725 | 2024-08-08 |
A single-cell type transcriptomics map of human tissues
2021-07, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.abh2169
PMID:34321199
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研究论文 | 本文结合单细胞转录组学分析和空间抗体为基础的蛋白质组学，创建了人类组织的高分辨率单细胞类型图谱 | 本文创新性地推出了一个开放访问图谱，允许研究人员探索192个单细胞类型簇中人类蛋白质编码基因的表达 | NA | 旨在绘制人类体内细胞、组织和器官的基因表达图谱 | 人类组织的单细胞类型转录组 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学分析 | NA | 转录组数据 | 192个单细胞类型簇 | NA | NA | NA | NA |
| 1726 | 2024-08-08 |
Direct identification of neoantigen-specific TCRs from tumor specimens by high-throughput single-cell sequencing
2021-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-002595
PMID:34321276
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研究论文 | 本文通过高通量单细胞测序技术，直接从肿瘤样本中识别新抗原特异性T细胞受体（TCR） | 开发了一种新的流程，利用高通量单细胞测序技术从肿瘤样本中分离新抗原特异性TCR序列 | NA | 研究T细胞介导的免疫治疗反应，并开发基于T细胞的肿瘤特异性突变治疗方法 | 新抗原特异性T细胞受体（TCR） | 数字病理学 | 黑色素瘤，结直肠癌 | 高通量单细胞测序 | NA | TCR序列 | 从三个黑色素瘤和三个结直肠癌肿瘤样本中分离出28个新抗原特异性TCR | NA | NA | NA | NA |
| 1727 | 2024-08-08 |
Combining single-cell sequencing to identify key immune genes and construct the prognostic evaluation model for colon cancer patients
2021-07, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.465
PMID:34323426
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1728 | 2024-08-08 |
A Single-Cell Atlas of Lymphocyte Adaptive Immune Repertoires and Transcriptomes Reveals Age-Related Differences in Convalescent COVID-19 Patients
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.701085
PMID:34322127
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研究论文 | 本文利用单细胞测序技术分析了康复期COVID-19患者不同年龄组的淋巴细胞适应性免疫库和转录组 | 首次详细描述了不同年龄康复期COVID-19患者T细胞和B细胞的免疫受体库和转录组的组成差异 | NA | 研究康复期COVID-19患者适应性免疫反应的年龄相关差异 | 康复期COVID-19患者的T细胞和B细胞免疫库及转录组 | NA | COVID-19 | 单细胞测序 | NA | 单细胞数据 | 多个康复期COVID-19患者样本，包括年轻组（平均年龄31岁）和老年组（平均年龄66.8岁） | NA | NA | NA | NA |
| 1729 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing to Identify Six Heat Shock Protein (HSP) Genes-Mediated Progression Subtypes of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2021, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S318271
PMID:34326662
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序数据，通过Cytoscape软件识别了与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）进展相关的六个热休克蛋白（HSP）基因，并基于这些基因的表达对TCGA患者进行了亚型分类。 | 首次基于六个HSP基因揭示了ccRCC的两个分子亚型，并发现了这两个亚型在临床预后、免疫浸润和药物敏感性方面的显著差异。 | NA | 揭示透明细胞肾细胞癌基于热休克蛋白基因的分子亚型及其临床和免疫学特征。 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其分子亚型。 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据仓库的ccRCC单细胞测序数据集，以及The Cancer Genome Atlas（TCGA）的患者数据。 | NA | NA | NA | NA |
| 1730 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveals heterogeneous progression and EGFR activation in pancreatic adenosquamous carcinoma
2021, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.58886
PMID:34326696
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胰腺腺鳞癌的异质性进展和EGFR激活 | 首次揭示了胰腺腺鳞癌中细胞亚群的异质性，并定义了癌症相关信号通路和细胞间相互作用 | NA | 探究胰腺腺鳞癌的异质性及其分子机制 | 胰腺腺鳞癌的细胞亚群及其分子特征 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9,887个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1731 | 2024-08-08 |
Single Cell Transcriptomics of Ependymal Cells Across Age, Region and Species Reveals Cilia-Related and Metal Ion Regulatory Roles as Major Conserved Ependymal Cell Functions
2021, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2021.703951
PMID:34335193
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了不同年龄、区域和物种中室管膜细胞的基因特征及其保守功能 | 发现室管膜细胞在金属离子稳态中的未被充分研究的角色，并揭示了其在神经系统不同区域和年龄段的基因表达差异 | NA | 揭示室管膜细胞在不同条件下的基因表达特征及其保守功能 | 室管膜细胞 | 数字病理学 | 发育障碍, 癌症, 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自公开数据库的多个样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1732 | 2024-08-08 |
Creation of a Single Cell RNASeq Meta-Atlas to Define Human Liver Immune Homeostasis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.679521
PMID:34335581
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研究论文 | 本研究旨在通过整合多个单细胞RNA测序数据集，创建一个人类肝脏免疫稳态的元图谱，以定义健康人肝脏中免疫细胞亚群的主要表型 | 本研究提出了一种新颖的方法，通过元分析单细胞RNA测序数据，广泛定义人类肝脏免疫稳态的特征 | 当不同研究组使用不同的数据模型、标准和处理方法生成单细胞RNA数据时，从聚合数据中得出有意义的结论可能具有挑战性 | 建立一种方法，通过分析不同研究间的异质性并使用元图谱定义免疫细胞亚群的主要表型，来整合人类肝脏的单细胞RNA测序数据集 | 人类肝脏的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA seq） | NA | 转录组数据 | 17名患者的肝脏样本，约32,000个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1733 | 2024-08-08 |
FlowGrid enables fast clustering of very large single-cell RNA-seq data
2021-12-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab521
PMID:34289014
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研究论文 | 本文介绍了一个名为FlowGrid的开源Python包，用于对大规模单细胞RNA测序数据进行快速聚类 | FlowGrid采用了一种快速基于密度的聚类算法，并引入了新的自动参数调整过程，能够在保持高聚类准确性的同时显著减少运行时间 | NA | 开发可扩展的聚类算法以分析大规模单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于密度的聚类算法 | 基因表达数据 | 数百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1734 | 2024-08-08 |
Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data
2021-10-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab601
PMID:34291282
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研究论文 | 本文提出了一种基于共表达特性的基因网络社区检测方法，并开发了一种新的指标——独表达指数（EEI），用于从稀疏的单细胞转录组数据中识别互斥基因对 | 提出了独表达指数（EEI）这一新指标，用于量化和排序稀疏单细胞转录组数据中的互斥基因对表达水平，并保持对低测序深度的鲁棒性 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序数据中的共表达网络重建，识别功能相关的基因集群，并提高捕获细胞异质性的敏感性 | 单细胞RNA测序数据中的基因网络和互斥基因对 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA |
| 1735 | 2024-08-08 |
Neuroblastoma Formation Requires Unconventional CD4 T Cells and Arginase-1-Dependent Myeloid Cells
2021-10-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0691
PMID:34301764
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研究论文 | 研究通过遗传学、空间转录组学和免疫操作结合非侵入性纵向成像技术，揭示了神经母细胞瘤形成中非典型CD4 T细胞和依赖精氨酸酶-1的骨髓细胞的作用 | 开发了一种新的神经母细胞瘤模型，能够实时追踪肿瘤形成和扩展，并识别了CD4 T细胞和巨噬细胞在肿瘤发生中的关键功能 | NA | 理解免疫细胞与肿瘤之间的协作机制 | 神经母细胞瘤中的CD4 T细胞和骨髓细胞 | 免疫学 | 神经母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1736 | 2024-08-08 |
Microglia in Alzheimer's disease at single-cell level. Are there common patterns in humans and mice?
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20202717
PMID:34292312
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review | 本文综述了阿尔茨海默病（AD）中微胶质细胞在单细胞水平上的反应模式，并探讨了人类和小鼠之间的共性与差异 | 提出了所有报道的微胶质细胞群可能是单一模式或多种模式的组合，取决于聚类策略和疾病模型 | NA | 探讨微胶质细胞在AD发病机制中的作用，并比较人类和小鼠的转录组特征 | 微胶质细胞在AD中的反应模式 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1737 | 2024-08-08 |
RNA-binding protein ELAVL2 plays post-transcriptional roles in the regulation of spermatogonia proliferation and apoptosis
2021-Sep, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13098
PMID:34296486
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研究论文 | 本文研究了RNA结合蛋白ELAVL2在调控精原细胞增殖和凋亡中的后转录作用 | 本文首次揭示了ELAVL2在精原干细胞中的功能和机制，通过单细胞测序数据识别出ELAVL2并验证了其在人类和小鼠中的表达 | NA | 研究ELAVL2在精原干细胞维持和分化中的作用及其机制 | RNA结合蛋白ELAVL2及其在精原细胞增殖和凋亡中的作用 | NA | NA | 单细胞测序, RNA免疫沉淀, 质谱 | NA | RNA | 人类和小鼠的精原干细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 1738 | 2024-08-08 |
Studying the History of Tumor Evolution from Single-Cell Sequencing Data by Exploring the Space of Binary Matrices
2021-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2020.0595
PMID:34297621
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综述 | 本文综述了利用单细胞测序数据通过探索二元矩阵空间来重建肿瘤进化历史的计算方法 | 提出了一种新的树搜索策略，即在二元矩阵空间中进行搜索，直接从最大似然矩阵中获得最大似然树 | 缺乏对现有方法的理论背景和两种树搜索策略之间相关性的详细讨论 | 回顾基于二元矩阵空间搜索的肿瘤进化树推断方法的理论背景，并讨论这些方法在实际数据上的应用 | 单细胞DNA测序数据集 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1739 | 2024-08-08 |
The Pandora's box of novel technologies that may revolutionize lung cancer
2021-09, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2021.06.022
PMID:34304051
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综述 | 本文综述了空间分析技术在非小细胞肺癌（NSCLC）组织样本分析中的最新进展，旨在为NSCLC提供新的治疗选择。 | 结合空间转录组学与高级成像技术，为深入理解NSCLC组织生物学提供可能。 | NA | 探索空间分析技术在NSCLC治疗中的应用。 | 非小细胞肺癌（NSCLC）组织样本。 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1740 | 2024-08-08 |
Single-Cell Analysis Reveals the Heterogeneity of Monocyte-Derived and Peripheral Type-2 Conventional Dendritic Cells
2021-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100094
PMID:34282004
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人源单核细胞衍生的树突状细胞（moDCs）和血液树突状细胞的异质性 | 首次揭示了moDCs和外周cDC2s的七个亚型及其潜在的分化轨迹，并阐明了moDCs和cDC2s之间的转录组差异 | NA | 探究人源单核细胞衍生的树突状细胞和外周树突状细胞的异质性及其相互关系 | 人源单核细胞衍生的树突状细胞（moDCs）和血液树突状细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA | NA | NA | NA | NA |