单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1701 - 1720 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1701 | 2024-08-08 |
scLink: Inferring Sparse Gene Co-expression Networks from Single-cell Expression Data
2021-06, Genomics, proteomics & bioinformatics
DOI:10.1016/j.gpb.2020.11.006
PMID:34252628
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研究论文 | 提出了一种名为scLink的方法，用于从单细胞基因表达数据中推断稀疏的基因共表达网络 | scLink方法利用统计网络建模来理解基因间的共表达关系，并构建稀疏的基因共表达网络 | NA | 研究基因表达的调控和协调机制，以理解健康和疾病中生物过程的复杂性 | 单细胞基因表达数据中的基因共表达网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 统计网络模型 | 基因表达数据 | NA |
| 1702 | 2024-08-08 |
Epigenetics in the Pathogenesis and Treatment of Cutaneous T-Cell Lymphoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.663961
PMID:34249700
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综述 | 本文综述了表观遗传学在皮肤T细胞淋巴瘤（CTCL）的发病机制和治疗中的最新发现 | 揭示了CTCL恶性T细胞的异质性，并描述了HDACi耐药机制，促进了新HDACi靶点的发现 | CTCL疾病的异质性和发病机制仍不明确 | 探讨表观遗传学在CTCL病理作用和治疗中的具体作用 | 皮肤T细胞淋巴瘤及其表观遗传学机制 | NA | 皮肤T细胞淋巴瘤 | 单细胞测序 | NA | 组织和外周血 | NA |
| 1703 | 2024-08-08 |
Identification of Gene Regulatory Networks from Single-Cell Expression Data
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1534-8_9
PMID:34251624
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研究论文 | 本文描述了一种多步骤计算流程，用于整合单细胞RNA测序数据与DAP-seq和ATAC-seq数据，以预测基因调控网络和关键调控基因 | 利用机器学习方法包括特征选择和稳定性选择来识别候选调控基因，并生成基因调控网络 | NA | 预测植物中的基因调控网络和关键调控基因 | 单细胞RNA测序数据、DAP-seq和ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序、DAP-seq、ATAC-seq | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1704 | 2024-08-08 |
Inference of Gene Regulatory Network from Single-Cell Transcriptomic Data Using pySCENIC
2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-1534-8_10
PMID:34251625
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研究论文 | 本文介绍了基于单细胞转录组数据推断基因调控网络的快速Python实现方法pySCENIC | 提出了pySCENIC这一快速且高效的基因调控网络推断工具，集成了GRNBoost2和GENIE3两种算法 | NA | 旨在利用单细胞RNA测序数据推断细胞特异性的基因调控网络 | 单细胞转录组数据中的基因及其调控因子——转录因子 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 1705 | 2024-08-08 |
Single Cell Gene Transcriptome Analysis of Ovarian Mature Teratomas
2021, Pathology oncology research : POR
DOI:10.3389/pore.2021.604228
PMID:34257564
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术分析了卵巢成熟畸胎瘤的基因转录组 | 首次使用单细胞RNA测序技术研究卵巢成熟畸胎瘤的基因表达谱 | 研究样本数量较少，仅分析了两个卵巢成熟畸胎瘤样本 | 探讨卵巢成熟畸胎瘤组织与正常组织在基因表达上的相似性或差异性 | 卵巢成熟畸胎瘤的基因转录组 | 数字病理学 | 卵巢肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因转录组数据 | 两个卵巢成熟畸胎瘤样本 |
| 1706 | 2024-08-08 |
Complement C7 is Specifically Expressed in Mesangial Cells and is a Potential Diagnostic Biomarker for Diabetic Nephropathy and is Regulated by miR-494-3p and miR-574-5p
2021, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy
DOI:10.2147/DMSO.S311725
PMID:34262312
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研究论文 | 本研究通过综合生物信息学分析和验证，探索糖尿病肾病的关键调控通路和潜在生物标志物 | 首次揭示C7在系膜细胞中特异性表达，是糖尿病肾病的潜在诊断生物标志物，并受miR-494-3p和miR-574-5p调控 | NA | 探索糖尿病肾病的关键调控通路和潜在生物标志物 | 糖尿病肾病的关键调控通路和潜在生物标志物 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 加权基因共表达网络分析（WGCNA），基因本体（GO）注释，基因集富集分析（GSEA），京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析，单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 使用GSE30528和GSE96804数据集的微阵列数据 |
| 1707 | 2024-08-08 |
Visualization and Analysis of Gene Expression in Stanford Type A Aortic Dissection Tissue Section by Spatial Transcriptomics
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.698124
PMID:34262602
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研究论文 | 本文通过空间转录组学技术，对斯坦福A型主动脉夹层组织切片中的基因表达进行了可视化和分析 | 开发了一种针对低细胞和高纤维斯坦福A型主动脉夹层的分子方法，并初步探索和可视化了升主动脉类型的异质性及细胞类型特异性基因表达 | NA | 旨在通过空间转录组学技术深入理解斯坦福A型主动脉夹层的病理发生和异质性 | 斯坦福A型主动脉夹层患者的主动脉样本 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 15名斯坦福A型主动脉夹层患者和1例升主动脉样本 |
| 1708 | 2024-08-08 |
Specific Transcriptomic Signatures and Dual Regulation of Steroidogenesis Between Fetal and Adult Mouse Leydig Cells
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.695546
PMID:34262907
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研究论文 | 本研究通过bulk RNA测序和单细胞RNA测序，比较了胎鼠和成年鼠莱迪细胞的转录组特征，揭示了两者在类固醇生成方面的双重调控机制 | 首次揭示了胎鼠和成年鼠莱迪细胞在类固醇生成方面的双重调控机制，并识别了特定的基因表达模式 | NA | 研究胎鼠和成年鼠莱迪细胞的转录组特征及其在类固醇生成方面的调控机制 | 胎鼠和成年鼠莱迪细胞 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1709 | 2024-08-08 |
Aneuploidy: An Opportunity Within Single-Cell RNA Sequencing Analysis
2021, Biocell : official journal of the Sociedades Latinoamericanas de Microscopia Electronica ... et. al
IF:0.8Q4
PMID:34267416
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）分析中染色体非整倍体（aneuploidy）的生物信息学应用 | 提出在scRNA-seq数据分析中利用生物信息学管道推断染色体非整倍体，特别是在肿瘤学领域 | NA | 提高各领域对所研究疾病理解的能力 | 单细胞RNA测序数据中的染色体非整倍体 | 数字病理学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因计数表 | 数百个基因 |
| 1710 | 2024-08-08 |
Ex vivo mass cytometry analysis reveals a profound myeloid proinflammatory signature in psoriatic arthritis synovial fluid
2021-12, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/annrheumdis-2021-220280
PMID:34226188
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研究论文 | 本研究利用质谱流式细胞术（CyTOF）结合转录组分析，生成匹配的银屑病关节炎（PsA）滑液（SF）和血液白细胞的高维数据集，旨在识别未刺激淋巴细胞和髓系细胞中的细胞因子产生。 | 本研究首次通过多组学分析，生成了PsA滑液和血液的全面细胞图谱，揭示了PsA中潜在的致病性和治疗重要性的关键扩展髓系促炎模块。 | NA | 识别银屑病关节炎滑液中未刺激淋巴细胞和髓系细胞的细胞因子产生 | 银屑病关节炎（PsA）滑液（SF）和血液白细胞 | 数字病理学 | 银屑病关节炎 | 质谱流式细胞术（CyTOF） | NA | 高维数据集 | 新鲜滑液和配对血液样本 |
| 1711 | 2024-08-08 |
Adenine base editing reduces misfolded protein accumulation and toxicity in alpha-1 antitrypsin deficient patient iPSC-hepatocytes
2021-11-03, Molecular therapy : the journal of the American Society of Gene Therapy
IF:12.1Q1
DOI:10.1016/j.ymthe.2021.06.021
PMID:34217893
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研究论文 | 本研究使用腺嘌呤碱基编辑器纠正α-1抗胰蛋白酶缺乏症患者iPSC-肝细胞中的Z突变，减少错误折叠蛋白的积累和毒性 | 首次展示了腺嘌呤碱基编辑在纠正α-1抗胰蛋白酶缺乏症患者细胞中Z突变的可行性和实用性 | NA | 验证腺嘌呤碱基编辑纠正α-1抗胰蛋白酶缺乏症患者细胞中Z突变的可行性和实用性 | α-1抗胰蛋白酶缺乏症患者的诱导多能干细胞（iPSCs）及其衍生的肝细胞（iHeps） | 基因编辑 | 肝脏疾病 | 腺嘌呤碱基编辑（ABE） | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 1712 | 2024-08-08 |
Aberrant lung lipids cause respiratory impairment in a Mecp2-deficient mouse model of Rett syndrome
2021-11-01, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddab182
PMID:34230964
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研究论文 | 本文研究了Rett综合征小鼠模型中Mecp2缺陷导致的肺部脂质异常及其对呼吸功能的影响 | 首次揭示了MECP2在肺部的自主缺失与呼吸症状之间的关系，并发现氟伐他汀降低脂质水平可改善呼吸异常 | NA | 探讨Rett综合征中肺部脂质异常与呼吸功能障碍的关系 | Mecp2缺陷小鼠模型中的肺部脂质和呼吸功能 | NA | Rett综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | Mecp2缺陷小鼠 |
| 1713 | 2024-08-08 |
Stratified Test Accurately Identifies Differentially Expressed Genes Under Batch Effects in Single-Cell Data
2021 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3094650
PMID:34232885
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研究论文 | 本文研究了在单细胞测序数据中，通过分层测试准确识别在批次效应下的差异表达基因 | 使用Van Elteren测试，一种分层的Wilcoxon秩和测试版本，有效缓解了批次效应问题，并改进了常见语言效应大小以补充该测试，进一步提高了其效用 | NA | 旨在解决单细胞测序数据分析中由于批次效应导致的差异表达基因识别问题 | 单细胞测序数据中的差异表达基因 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | Van Elteren测试 | 测序数据 | 涉及模拟数据和真实患者数据 |
| 1714 | 2024-08-08 |
T cells and monocyte-derived myeloid cells mediate immunotherapy-related hepatitis in a mouse model
2021-11, Journal of hepatology
IF:26.8Q1
DOI:10.1016/j.jhep.2021.06.037
PMID:34242700
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研究论文 | 本文通过小鼠模型研究了免疫检查点抑制剂（ICIs）相关肝炎的分子机制，特别是T细胞和单核细胞衍生的髓样细胞在其中的作用。 | 开发了一种新型小鼠模型，有助于深入了解与多种免疫疗法相关的免疫介导的肝毒性机制。 | NA | 阐明免疫检查点抑制剂（ICIs）相关肝炎的分子机制。 | T细胞和单核细胞衍生的髓样细胞在ICIs相关肝炎中的作用。 | NA | 免疫相关肝炎 | 免疫表型分析和分子谱分析 | 小鼠模型 | 单细胞转录组数据 | Pdcd1-/-小鼠 |
| 1715 | 2024-08-08 |
Single-cell nucleic acid profiling in droplets (SNAPD) enables high-throughput analysis of heterogeneous cell populations
2021-10-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab577
PMID:34233007
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研究论文 | 本文介绍了一种名为单细胞液滴核酸分析（SNAPD）的高通量技术，用于分析大量单个哺乳动物细胞中的转录标志物 | SNAPD技术能够每小时分析超过100,000个细胞，可用于量化异质群体中的不同细胞类型，检测低至0.1%频率的稀有细胞，并通过微流控排序富集特定细胞类型 | NA | 开发一种快速、简单、高通量的方法来基于RNA标志物对细胞样本进行计数 | 单个哺乳动物细胞中的转录标志物 | 生物学 | NA | 单细胞液滴核酸分析（SNAPD） | NA | RNA | 数万个单个哺乳动物细胞 |
| 1716 | 2024-08-08 |
Generating and Using Transcriptomically Based Retinal Cell Atlases
2021-09-15, Annual review of vision science
IF:5.0Q1
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research paper | 本文介绍了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术生成和使用基于转录组学的视网膜细胞图谱的实验和计算方法 | 利用scRNA-seq技术生成跨多个脊椎动物物种的视网膜细胞图谱，扩展到整个眼睛和大脑视觉中心的研究 | NA | 探讨视网膜发育、细胞对损伤的反应、与视网膜疾病相关的基因表达模式以及细胞类型的进化 | 视网膜细胞及其在多个脊椎动物物种中的多样性 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 多个脊椎动物物种的视网膜细胞 |
| 1717 | 2024-08-08 |
Retinal organoids on-a-chip: a micro-millifluidic bioreactor for long-term organoid maintenance
2021-09-07, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d1lc00011j
PMID:34236056
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研究论文 | 本研究设计了一种无剪切应力的微型微流控生物反应器，用于近乎无需人工的视网膜类器官维护 | 开发了一种自动化微型微流控设备，显著减少了剪切应力，用于生产与传统静态培养质量相当的视网膜类器官 | NA | 标准化视网膜类器官的生产和维护 | 视网膜类器官 | 生物工程 | 视网膜退化 | 立体光刻（SLA）3D打印 | NA | 细胞 | 在三个不同分化阶段（第41天、88天和128天）成功培养视网膜类器官超过一个月 |
| 1718 | 2024-08-08 |
LDHA is enriched in human islet alpha cells and upregulated in type 2 diabetes
2021-09-03, Biochemical and biophysical research communications
IF:2.5Q3
DOI:10.1016/j.bbrc.2021.06.065
PMID:34217973
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研究论文 | 本文研究了乳酸脱氢酶A型（LDHA）在人胰岛α细胞中的表达及其在2型糖尿病中的上调情况 | 首次揭示了LDHA在人胰岛α细胞中的主要定位及其在2型糖尿病中的上调现象 | 药物抑制LDHA在分离的人胰岛中增强了胰岛素分泌，但在糖尿病条件下未能显著纠正胰岛素或胰高血糖素的分泌失调 | 探讨LDHA在人胰岛细胞中的表达及其在糖尿病条件下的变化 | 人胰岛α细胞和β细胞中的LDHA表达 | NA | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序（sc-RNA seq） | NA | RNA | 涉及慢性高血糖处理的人胰腺胰岛和来自2型糖尿病患者的尸检胰腺样本 |
| 1719 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals Cellular Heterogeneity and Stage Transition under Temperature Stress in Synchronized Plasmodium falciparum Cells
2021-09-03, Microbiology spectrum
IF:3.7Q2
DOI:10.1128/Spectrum.00008-21
PMID:34232098
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research paper | 本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨了在温度胁迫下同步化的恶性疟原虫细胞的细胞异质性和阶段转变 | 研究发现了在温度处理下，恶性疟原虫中一小部分群体的性发育主调控基因上调，并识别出在正常生长条件下上调应激反应途径的异质性应激响应子群 | NA | 探究恶性疟原虫在人体宿主内的细胞异质性 | 恶性疟原虫细胞 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 约12,000个同步化的细胞 |
| 1720 | 2024-08-08 |
Time-Series Single-Cell Sequencing Reveals Tumor Clonal Dynamics
2021-09, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-RW2021-095
PMID:34215631
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研究论文 | 本文通过时间序列单细胞测序揭示肿瘤克隆动态 | NA | NA | 研究肿瘤克隆的适应性景观及其在突变和治疗影响下的变化 | 肿瘤克隆 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序 | NA | 时间序列数据 | NA |