单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1681 - 1700 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1681 | 2024-08-08 |
CD16+CD163+ monocytes traffic to sites of inflammation during necrotizing enterocolitis in premature infants
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20200344
PMID:34269788
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研究论文 | 本研究利用悬浮和成像质谱流式细胞术结合单细胞RNA测序，揭示了早产儿坏死性小肠结肠炎（NEC）中的严重炎症反应，并鉴定了一种与NEC相关的新型炎症单核细胞/巨噬细胞亚型。 | 首次鉴定出与NEC相关的CD16+CD163+单核细胞/巨噬细胞亚型，并发现其在NEC黏膜中的特异性富集，可能作为NEC的潜在生物标志物和治疗靶点。 | NA | 研究早产儿坏死性小肠结肠炎中的炎症反应机制，并探索潜在的生物标志物和治疗靶点。 | 早产儿坏死性小肠结肠炎患者的黏膜炎症反应和单核细胞/巨噬细胞亚型。 | NA | 早产儿坏死性小肠结肠炎 | 悬浮和成像质谱流式细胞术，单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 多个NEC患者的黏膜样本 |
| 1682 | 2024-08-08 |
IDH Mutation Subgroup Status Associates with Intratumor Heterogeneity and the Tumor Microenvironment in Intrahepatic Cholangiocarcinoma
2021-09, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202101230
PMID:34250753
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研究论文 | 本研究通过外显子测序和批量RNA测序分析了14名肝内胆管癌患者的73个肿瘤区域，揭示了肝内胆管癌的多层面肿瘤内异质性（ITH）及其与IDH突变亚组状态和肿瘤微环境的关系 | 研究发现高ITH肿瘤与IDH突变亚组高度重叠，且IDH突变亚组显示出较低的T细胞浸润和T细胞毒性，表明其肿瘤微环境较冷 | NA | 探讨肝内胆管癌的肿瘤内异质性与IDH突变亚组状态及其对肿瘤微环境的影响 | 肝内胆管癌患者的肿瘤组织 | 数字病理学 | 肝内胆管癌 | 外显子测序, 批量RNA测序, 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 73个肿瘤区域, 17503个细胞, 来自14名患者 |
| 1683 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling of CNS border compartment leukocytes reveals that B cells and their progenitors reside in non-diseased meninges
2021-09, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00880-y
PMID:34253922
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学技术，揭示了中枢神经系统（CNS）边界组织中白细胞的特定位置组成和表达谱，特别是在硬脑膜中发现大量B细胞及其前体细胞。 | 首次详细描述了CNS边界组织中淋巴细胞的组成，特别是在硬脑膜中发现B细胞及其前体细胞，这些细胞在正常状态下具有慢周转和长期组织居留特性。 | NA | 研究CNS边界组织中白细胞的组成和功能，特别是B细胞及其前体细胞的分布和特性。 | 中枢神经系统边界组织中的白细胞，特别是B细胞及其前体细胞。 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 涉及小鼠和大鼠的硬脑膜样本 |
| 1684 | 2024-08-08 |
Patterns of T-Cell Phenotypes in Rheumatic Diseases From Single-Cell Studies of Tissue
2021-Sep, ACR open rheumatology
IF:2.9Q2
DOI:10.1002/acr2.11296
PMID:34255929
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综述 | 本文综述了从单细胞研究中获得的关于风湿性疾病中T细胞表型的关键观察结果 | 单细胞RNA测序分析揭示了T细胞状态的多个维度，并帮助揭示了炎症组织中的新效应子亚群 | 这些分析通常没有显示出典型的T细胞效应子亚群（如Th1、Th2和Th17细胞）的明显集群 | 进一步表征积累在目标组织中的T细胞群体，以更精确地靶向生物疗法并加速开发更具体的生物标志物 | 风湿性疾病中的T细胞 | NA | 风湿性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1685 | 2024-08-08 |
Forebrain Neural Precursor Cells Are Differentially Vulnerable to Zika Virus Infection
2021 Sep-Oct, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0108-21.2021
PMID:34272257
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研究论文 | 本研究使用了一种新型的小鼠模型，通过脑室内感染和细胞类型特异性电穿孔（IUE）来识别ZIKV感染的时间进程和在皮层神经发生期间最初感染或幸免的细胞身份 | 首次揭示了ZIKV在胎儿大脑中感染的时间和细胞细节，特别是发现一类优先表达假定ZIKV进入受体的aRGCs更易受感染 | NA | 探讨ZIKV感染对大脑前体细胞的影响及其机制 | 大脑前体细胞对ZIKV感染的脆弱性 | NA | 先天性Zika综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠胚胎 |
| 1686 | 2024-08-08 |
Intrathecal activation of CD8+ memory T cells in IgG4-related disease of the brain parenchyma
2021-08-09, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.15252/emmm.202113953
PMID:34254741
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研究论文 | 通过单细胞测序分析脑脊液，揭示了IgG4相关疾病中T细胞的免疫病理生理机制 | 首次通过单细胞测序技术揭示了IgG4相关疾病中脑脊液和脑实质病变的T细胞反应，并阐明了CD8 T效应记忆细胞通过MIF-CD74信号和CCL5介导的招募机制驱动自身免疫 | 研究样本仅为单一病例，可能限制了结果的普遍性和广泛应用 | 探索IgG4相关疾病的免疫病理生理机制，并寻找新的治疗靶点 | IgG4相关疾病的脑脊液和脑实质病变中的T细胞反应 | 免疫学 | IgG4相关疾病 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 单一病例 |
| 1687 | 2024-08-08 |
Systems vaccinology of the BNT162b2 mRNA vaccine in humans
2021-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03791-x
PMID:34252919
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研究论文 | 本研究采用系统疫苗学方法，全面分析了56名健康志愿者接种辉瑞-BioNTech mRNA疫苗（BNT162b2）后的先天和适应性免疫反应 | 首次详细描述了mRNA疫苗如何刺激免疫系统产生保护性免疫反应，并展示了加强接种后先天免疫反应的显著增强 | NA | 研究mRNA疫苗如何刺激人体免疫系统产生保护性免疫反应 | 56名健康志愿者接种BNT162b2 mRNA疫苗后的免疫反应 | 疫苗学 | NA | 单细胞转录组学分析 | NA | 免疫细胞和分子数据 | 56名健康志愿者 |
| 1688 | 2024-08-08 |
Innate-like self-reactive B cells infiltrate human renal allografts during transplant rejection
2021-07-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-24615-6
PMID:34272370
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了人肾移植中B细胞在移植排斥中的作用 | 首次揭示了人肾移植中B细胞具有类似先天细胞的转录状态，并能产生针对特定组织或炎症相关抗原的自反应抗体 | NA | 探讨人肾移植中B细胞在移植排斥中的作用机制 | 人肾移植中的B细胞及其在移植排斥中的作用 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1689 | 2024-08-08 |
YTHDF2 alleviates cardiac hypertrophy via regulating Myh7 mRNA decoy
2021-Jul-15, Cell & bioscience
DOI:10.1186/s13578-021-00649-7
PMID:34266473
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研究论文 | 本研究探讨了m6A阅读蛋白YTHDF2在心脏肥大中的潜在作用及其机制 | 首次揭示了YTHDF2通过m6A依赖的方式调节Myh7 mRNA来抑制心脏肥大的新机制 | NA | 研究YTHDF2在心脏肥大中的作用及其分子机制 | YTHDF2蛋白在心脏肥大中的作用 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 免疫荧光染色, 免疫沉淀, 质谱分析, 基因本体论分析, KEGG通路分析 | NA | mRNA, 蛋白质 | 使用横跨主动脉缩窄手术构建的心脏肥大小鼠模型, 以及通过异丙肾上腺素或苯肾上腺素刺激分离的心肌细胞 |
| 1690 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing of freshly isolated bovine milk cells and cultured primary mammary epithelial cells
2021-07-15, Scientific data
IF:5.8Q1
DOI:10.1038/s41597-021-00972-1
PMID:34267220
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了新鲜分离的牛乳细胞和培养的初级乳腺上皮细胞的基因表达谱 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了牛乳细胞和初级乳腺上皮细胞的基因表达多样性 | 研究仅限于单次样本分析，可能需要更多样本以验证结果的普遍性 | 探究牛乳中单核细胞组成及其基因表达谱的多样性 | 新鲜分离的牛乳细胞和培养的初级乳腺上皮细胞 | 数字病理学 | NA | Drop-seq技术 | NA | RNA数据 | 7,119个牛乳细胞和10,549个初级乳腺上皮细胞 |
| 1691 | 2024-08-08 |
Spatiotemporal dynamics of inner ear sensory and non-sensory cells revealed by single-cell transcriptomics
2021-07-13, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109358
PMID:34260939
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析揭示了内耳感觉和非感觉细胞的时空动态变化 | 首次通过计算分析单细胞转录组数据，分类并解析了14种个体感觉和非感觉亚型细胞，并揭示了过渡上皮细胞在新生小鼠椭圆囊扩张过程中的动态增殖和分化过程 | NA | 揭示非感觉上皮细胞如何参与新生小鼠感觉上皮生长的顺序和协调过程 | 内耳感觉和非感觉细胞的类型多样性和细胞添加机制 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组 | NA |
| 1692 | 2024-08-08 |
scPNMF: sparse gene encoding of single cells to facilitate gene selection for targeted gene profiling
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab273
PMID:34252925
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研究论文 | 本文开发了一种名为scPNMF的单细胞投影非负矩阵分解方法，用于从scRNA-seq数据中无监督地选择信息基因 | scPNMF方法通过改进初始化和增加基选择步骤，能够更好地区分细胞类型，并支持新目标基因分析数据与参考数据在低维空间中的对齐 | NA | 开发一种新的方法来从scRNA-seq数据中选择信息基因，以促进目标基因分析 | 单细胞RNA测序数据中的信息基因选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | 非负矩阵分解(PNMF) | 基因表达数据 | 多种scRNA-seq数据集 |
| 1693 | 2024-08-08 |
CALLR: a semi-supervised cell-type annotation method for single-cell RNA sequencing data
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab286
PMID:34252936
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研究论文 | 本文提出了一种名为CALLR的半监督细胞类型注释方法，用于单细胞RNA测序数据 | CALLR方法结合了基于图拉普拉斯矩阵的无监督学习和使用稀疏逻辑回归的监督学习，通过交替更新细胞聚类和注释标签，实现了高注释准确性 | NA | 提出一种新的半监督学习方法，用于提高单细胞RNA测序数据的细胞类型注释准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型注释 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 稀疏逻辑回归 | RNA测序数据 | 10个真实数据集 |
| 1694 | 2024-08-08 |
stPlus: a reference-based method for the accurate enhancement of spatial transcriptomics
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab298
PMID:34252941
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研究论文 | 本文提出了一种基于参考的方法stPlus，利用单细胞RNA测序数据增强空间转录组学 | stPlus通过精心设计的自编码器和加权k近邻方法，提高了基因表达预测的准确性和细胞群识别能力 | NA | 旨在提高空间转录组学中基因表达预测的准确性和细胞群识别能力 | 空间转录组学数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 自编码器 | 基因表达数据 | 适用于不同基因检测灵敏度水平、样本大小和空间测量基因数量的数据集 |
| 1695 | 2024-08-08 |
Bayesian information sharing enhances detection of regulatory associations in rare cell types
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab269
PMID:34252956
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研究论文 | 本文介绍了一种名为ShareNet的贝叶斯框架，通过跨相关细胞类型的信息共享结构，提高细胞类型特异性基因调控网络的准确性 | ShareNet框架通过自适应优化的信息共享结构，增强了罕见细胞类型中基因调控关联的检测能力 | NA | 提高单细胞RNA测序数据中细胞类型特异性基因调控网络的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型特异性基因调控网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 贝叶斯框架 | 基因调控网络 | 涉及三个基准单细胞RNA测序数据集 |
| 1696 | 2024-08-08 |
doubletD: detecting doublets in single-cell DNA sequencing data
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab266
PMID:34252961
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研究论文 | 本文介绍了一种名为doubletD的新方法，用于检测单细胞DNA测序数据中的双细胞现象 | doubletD是首个专门用于检测scDNA-seq数据中双细胞的独立方法，采用简单的最大似然法和封闭形式的解决方案 | NA | 开发一种高效的方法来检测和移除单细胞DNA测序数据中的双细胞现象 | 单细胞DNA测序数据中的双细胞现象 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA测序 (scDNA-seq) | 最大似然法 | DNA测序数据 | 使用模拟数据和真实数据集进行验证 |
| 1697 | 2024-08-08 |
SAILER: scalable and accurate invariant representation learning for single-cell ATAC-seq processing and integration
2021-07-12, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab303
PMID:34252968
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研究论文 | 本文提出了一种名为SAILER的新深度生成模型框架，用于分析单细胞ATAC-seq数据，旨在学习每个细胞的低维非线性潜在表示，该表示定义了其内在染色质状态，不受外部混杂因素影响 | SAILER通过采用传统的编码器-解码器框架并施加额外约束，确保学习的表示不受混杂因素影响，从而在模拟和真实数据集上显示出比其他方法更好的细胞表示 | NA | 开发一种新的计算模型，用于处理和整合单细胞ATAC-seq数据，以解析表观基因组异质性和阐明转录调控机制 | 单细胞ATAC-seq数据 | 机器学习 | NA | 单细胞测序 | 深度生成模型 | 单细胞ATAC-seq数据 | 数百万个细胞 |
| 1698 | 2024-08-08 |
PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13 cell subset drives B cells into tertiary lymphoid structures of nasopharyngeal carcinoma
2021-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2020-002101
PMID:34253636
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研究论文 | 本研究探讨了PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13细胞亚群在鼻咽癌三级淋巴结构中的作用及其机制 | 首次揭示了PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13细胞亚群在鼻咽癌三级淋巴结构中的形成和功能，及其与生存率的关联 | NA | 探索鼻咽癌三级淋巴结构在适应性免疫反应中的作用机制 | PD-1+CXCR5-CD4+ Th-CXCL13细胞亚群及其在鼻咽癌三级淋巴结构中的作用 | 数字病理学 | 鼻咽癌 | 单细胞RNA测序，流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 1699 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals distinct cellular factors for response to immunotherapy targeting CD73 and PD-1 in colorectal cancer
2021-07, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-002503
PMID:34253638
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了针对CD73和PD-1的免疫治疗在结直肠癌中的不同细胞因子响应机制 | 首次探讨了CD73抑制剂AB680与PD-1抑制剂在结直肠癌免疫治疗中的不同作用机制，并展示了其潜在的协同效应 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在临床试验中验证这些发现 | 评估CD73抑制剂AB680作为结直肠癌新型免疫治疗药物的价值 | 结直肠癌中的肿瘤浸润淋巴细胞及其对CD73和PD-1抑制剂的响应 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未处理对照组和AB680及PD-1阻断治疗的小鼠结直肠癌模型各3例 |
| 1700 | 2024-08-08 |
Cellular and Behavioral Characterization of Pcdh19 Mutant Mice: subtle Molecular Changes, Increased Exploratory Behavior and an Impact of Social Environment
2021 Jul-Aug, eNeuro
IF:2.7Q3
DOI:10.1523/ENEURO.0510-20.2021
PMID:34272258
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研究论文 | 本文通过结合RNA杂交、免疫组织化学和单细胞RNA测序数据分析，研究了Pcdh19突变小鼠的细胞和行为特征 | 首次揭示了PCDH19在皮质中间神经元中的表达，并描述了小鼠和人脑皮质中表达PCDH19的神经元亚型 | NA | 探究PCDH19突变引起的分子机制和功能 | Pcdh19突变小鼠的细胞和行为特征 | NA | NA | RNA杂交、免疫组织化学、单细胞RNA测序 | NA | RNA | 小鼠和人类皮质样本 |