单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1641 - 1660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1641 | 2024-08-08 |
Exploiting Single-Cell Tools in Gene and Cell Therapy
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.702636
PMID:34322133
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综述 | 本文综述了单细胞分子工具的最新进展及其在基因和细胞治疗中的应用 | 介绍了单细胞多组学与单细胞功能输出和/或物理位置的整合，以及CRISPR技术在细胞调控中的新应用 | NA | 探讨单细胞分子筛选和单细胞多组学在临床应用中的发展，以及其在细胞和基因治疗中的潜在应用 | 单细胞分子工具、单细胞多组学、空间转录组学和蛋白质组学 | 基因和细胞治疗 | NA | 单细胞测序、CRISPR技术、空间转录组学和蛋白质组学 | NA | 基因组、转录组、表观基因组和蛋白质组数据 | NA |
| 1642 | 2024-08-08 |
Single-Cell Sequencing to Identify Six Heat Shock Protein (HSP) Genes-Mediated Progression Subtypes of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2021, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S318271
PMID:34326662
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序数据，通过Cytoscape软件识别了与透明细胞肾细胞癌（ccRCC）进展相关的六个热休克蛋白（HSP）基因，并基于这些基因的表达对TCGA患者进行了亚型分类。 | 首次基于六个HSP基因揭示了ccRCC的两个分子亚型，并发现了这两个亚型在临床预后、免疫浸润和药物敏感性方面的显著差异。 | NA | 揭示透明细胞肾细胞癌基于热休克蛋白基因的分子亚型及其临床和免疫学特征。 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）及其分子亚型。 | 数字病理学 | 肾癌 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 使用了来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据仓库的ccRCC单细胞测序数据集，以及The Cancer Genome Atlas（TCGA）的患者数据。 |
| 1643 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics reveals heterogeneous progression and EGFR activation in pancreatic adenosquamous carcinoma
2021, International journal of biological sciences
IF:8.2Q1
DOI:10.7150/ijbs.58886
PMID:34326696
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了胰腺腺鳞癌的异质性进展和EGFR激活 | 首次揭示了胰腺腺鳞癌中细胞亚群的异质性，并定义了癌症相关信号通路和细胞间相互作用 | NA | 探究胰腺腺鳞癌的异质性及其分子机制 | 胰腺腺鳞癌的细胞亚群及其分子特征 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 9,887个单细胞 |
| 1644 | 2024-08-08 |
Single Cell Transcriptomics of Ependymal Cells Across Age, Region and Species Reveals Cilia-Related and Metal Ion Regulatory Roles as Major Conserved Ependymal Cell Functions
2021, Frontiers in cellular neuroscience
IF:4.2Q2
DOI:10.3389/fncel.2021.703951
PMID:34335193
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了不同年龄、区域和物种中室管膜细胞的基因特征及其保守功能 | 发现室管膜细胞在金属离子稳态中的未被充分研究的角色，并揭示了其在神经系统不同区域和年龄段的基因表达差异 | NA | 揭示室管膜细胞在不同条件下的基因表达特征及其保守功能 | 室管膜细胞 | 数字病理学 | 发育障碍, 癌症, 神经退行性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 来自公开数据库的多个样本 |
| 1645 | 2024-08-08 |
Creation of a Single Cell RNASeq Meta-Atlas to Define Human Liver Immune Homeostasis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.679521
PMID:34335581
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研究论文 | 本研究旨在通过整合多个单细胞RNA测序数据集，创建一个人类肝脏免疫稳态的元图谱，以定义健康人肝脏中免疫细胞亚群的主要表型 | 本研究提出了一种新颖的方法，通过元分析单细胞RNA测序数据，广泛定义人类肝脏免疫稳态的特征 | 当不同研究组使用不同的数据模型、标准和处理方法生成单细胞RNA数据时，从聚合数据中得出有意义的结论可能具有挑战性 | 建立一种方法，通过分析不同研究间的异质性并使用元图谱定义免疫细胞亚群的主要表型，来整合人类肝脏的单细胞RNA测序数据集 | 人类肝脏的单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA seq） | NA | 转录组数据 | 17名患者的肝脏样本，约32,000个细胞 |
| 1646 | 2024-08-08 |
FlowGrid enables fast clustering of very large single-cell RNA-seq data
2021-12-22, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab521
PMID:34289014
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研究论文 | 本文介绍了一个名为FlowGrid的开源Python包，用于对大规模单细胞RNA测序数据进行快速聚类 | FlowGrid采用了一种快速基于密度的聚类算法，并引入了新的自动参数调整过程，能够在保持高聚类准确性的同时显著减少运行时间 | NA | 开发可扩展的聚类算法以分析大规模单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 基于密度的聚类算法 | 基因表达数据 | 数百万个细胞 |
| 1647 | 2024-08-08 |
Codependency and mutual exclusivity for gene community detection from sparse single-cell transcriptome data
2021-10-11, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab601
PMID:34291282
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研究论文 | 本文提出了一种基于共表达特性的基因网络社区检测方法，并开发了一种新的指标——独表达指数（EEI），用于从稀疏的单细胞转录组数据中识别互斥基因对 | 提出了独表达指数（EEI）这一新指标，用于量化和排序稀疏单细胞转录组数据中的互斥基因对表达水平，并保持对低测序深度的鲁棒性 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序数据中的共表达网络重建，识别功能相关的基因集群，并提高捕获细胞异质性的敏感性 | 单细胞RNA测序数据中的基因网络和互斥基因对 | 数字病理学 | 脑瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及胶质母细胞瘤的单细胞RNA测序数据 |
| 1648 | 2024-08-08 |
Neuroblastoma Formation Requires Unconventional CD4 T Cells and Arginase-1-Dependent Myeloid Cells
2021-10-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0691
PMID:34301764
|
研究论文 | 研究通过遗传学、空间转录组学和免疫操作结合非侵入性纵向成像技术，揭示了神经母细胞瘤形成中非典型CD4 T细胞和依赖精氨酸酶-1的骨髓细胞的作用 | 开发了一种新的神经母细胞瘤模型，能够实时追踪肿瘤形成和扩展，并识别了CD4 T细胞和巨噬细胞在肿瘤发生中的关键功能 | NA | 理解免疫细胞与肿瘤之间的协作机制 | 神经母细胞瘤中的CD4 T细胞和骨髓细胞 | 免疫学 | 神经母细胞瘤 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1649 | 2024-08-08 |
Microglia in Alzheimer's disease at single-cell level. Are there common patterns in humans and mice?
2021-09-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20202717
PMID:34292312
|
review | 本文综述了阿尔茨海默病（AD）中微胶质细胞在单细胞水平上的反应模式，并探讨了人类和小鼠之间的共性与差异 | 提出了所有报道的微胶质细胞群可能是单一模式或多种模式的组合，取决于聚类策略和疾病模型 | NA | 探讨微胶质细胞在AD发病机制中的作用，并比较人类和小鼠的转录组特征 | 微胶质细胞在AD中的反应模式 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），单核RNA测序（snRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |
| 1650 | 2024-08-08 |
Hepatitis B virus compartmentalization and single-cell differentiation in hepatocellular carcinoma
2021-09, Life science alliance
IF:3.3Q1
DOI:10.26508/lsa.202101036
PMID:34290079
|
研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了慢性乙型肝炎病毒（HBV）感染导致的肝细胞癌（HCC）中病毒与宿主细胞的相互作用及其分子机制 | 揭示了HBV与HCC细胞分化之间的显著相关性，并发现了先前未知的病毒致癌途径 | NA | 研究HBV感染与肝细胞癌发展之间的分子机制 | HBV感染的肝细胞癌患者来源的癌细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 患者来源的HCC样本 |
| 1651 | 2024-08-08 |
RNA-binding protein ELAVL2 plays post-transcriptional roles in the regulation of spermatogonia proliferation and apoptosis
2021-Sep, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13098
PMID:34296486
|
研究论文 | 本文研究了RNA结合蛋白ELAVL2在调控精原细胞增殖和凋亡中的后转录作用 | 本文首次揭示了ELAVL2在精原干细胞中的功能和机制，通过单细胞测序数据识别出ELAVL2并验证了其在人类和小鼠中的表达 | NA | 研究ELAVL2在精原干细胞维持和分化中的作用及其机制 | RNA结合蛋白ELAVL2及其在精原细胞增殖和凋亡中的作用 | NA | NA | 单细胞测序, RNA免疫沉淀, 质谱 | NA | RNA | 人类和小鼠的精原干细胞 |
| 1652 | 2024-08-08 |
Studying the History of Tumor Evolution from Single-Cell Sequencing Data by Exploring the Space of Binary Matrices
2021-09, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2020.0595
PMID:34297621
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综述 | 本文综述了利用单细胞测序数据通过探索二元矩阵空间来重建肿瘤进化历史的计算方法 | 提出了一种新的树搜索策略，即在二元矩阵空间中进行搜索，直接从最大似然矩阵中获得最大似然树 | 缺乏对现有方法的理论背景和两种树搜索策略之间相关性的详细讨论 | 回顾基于二元矩阵空间搜索的肿瘤进化树推断方法的理论背景，并讨论这些方法在实际数据上的应用 | 单细胞DNA测序数据集 | 生物信息学 | 肿瘤 | 单细胞测序 | NA | 序列数据 | NA |
| 1653 | 2024-08-08 |
The Pandora's box of novel technologies that may revolutionize lung cancer
2021-09, Lung cancer (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1016/j.lungcan.2021.06.022
PMID:34304051
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综述 | 本文综述了空间分析技术在非小细胞肺癌（NSCLC）组织样本分析中的最新进展，旨在为NSCLC提供新的治疗选择。 | 结合空间转录组学与高级成像技术，为深入理解NSCLC组织生物学提供可能。 | NA | 探索空间分析技术在NSCLC治疗中的应用。 | 非小细胞肺癌（NSCLC）组织样本。 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | NA |
| 1654 | 2024-08-08 |
Single-Cell Analysis Reveals the Heterogeneity of Monocyte-Derived and Peripheral Type-2 Conventional Dendritic Cells
2021-08-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100094
PMID:34282004
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了人源单核细胞衍生的树突状细胞（moDCs）和血液树突状细胞的异质性 | 首次揭示了moDCs和外周cDC2s的七个亚型及其潜在的分化轨迹，并阐明了moDCs和cDC2s之间的转录组差异 | NA | 探究人源单核细胞衍生的树突状细胞和外周树突状细胞的异质性及其相互关系 | 人源单核细胞衍生的树突状细胞（moDCs）和血液树突状细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1655 | 2024-08-08 |
Expression characteristics of interferon-stimulated genes and possible regulatory mechanisms in lupus patients using transcriptomics analyses
2021-Aug, EBioMedicine
IF:9.7Q1
DOI:10.1016/j.ebiom.2021.103477
PMID:34284174
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转录组学分析，探讨了系统性红斑狼疮（SLE）患者中干扰素刺激基因（ISGs）的表达特征及其潜在的调控机制。 | 首次使用AUCell方法描述SLE患者中粒细胞的ISG活性，并探讨了Avacopan作为粒细胞抑制剂在治疗SLE中的潜在应用。 | NA | 研究SLE患者中ISGs的表达特征及其调控机制。 | SLE患者的PBMC细胞和肾脏组织。 | 数字病理学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 35,842个PBMC细胞，5名SLE患者和3名健康对照，以及来自GEO数据库的狼疮性肾炎患者肾脏转录组数据。 |
| 1656 | 2024-08-08 |
Transcriptional programs of neoantigen-specific TIL in anti-PD-1-treated lung cancers
2021-08, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-021-03752-4
PMID:34290408
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学和T细胞受体测序，分析了新辅助抗PD-1治疗非小细胞肺癌中突变相关新抗原特异性肿瘤浸润淋巴细胞（TIL）的转录程序 | 首次识别并分析了突变相关新抗原特异性TIL的转录程序，揭示了这些细胞在肿瘤微环境中的独特特征 | 研究主要集中在非小细胞肺癌，可能不适用于其他类型的肺癌或其他癌症类型 | 探讨抗PD-1治疗中突变相关新抗原特异性TIL的转录程序及其在克服PD-1阻断抗性中的作用 | 非小细胞肺癌中的突变相关新抗原特异性TIL | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 1657 | 2024-08-08 |
Single-cell atlas reveals meningeal leukocyte heterogeneity in the developing mouse brain
2021-08-01, Genes & development
IF:7.5Q1
DOI:10.1101/gad.348190.120
PMID:34301765
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，首次生成了新生小鼠脑膜白细胞在正常条件和围产期脑损伤后的全面转录图谱 | 发现了新生儿与成年边界相关巨噬细胞的差异，并识别出可能参与白质发育的新型脑膜微胶质样细胞群体 | NA | 揭示脑膜在脑发育和病理中的重要性 | 新生小鼠脑膜白细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1658 | 2024-08-08 |
Single-cell alternative polyadenylation analysis delineates GABAergic neuron types
2021-07-23, BMC biology
IF:4.4Q1
DOI:10.1186/s12915-021-01076-3
PMID:34301239
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为SAPAS的新型计算框架，用于利用3'-tag-based scRNA-seq数据在单细胞水平上识别新的多聚腺苷酸位点并量化APA | 首次在单细胞水平上系统研究APA，并开发了SAPAS框架 | NA | 研究APA在单细胞水平上的作用及其对细胞异质性的影响 | GABA能中间神经元的单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算框架 | RNA-seq数据 | GABA能中间神经元的单细胞RNA测序数据 |
| 1659 | 2024-08-08 |
Plaque-associated human microglia accumulate lipid droplets in a chimeric model of Alzheimer's disease
2021-07-23, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-021-00473-0
PMID:34301296
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研究论文 | 研究报告了在阿尔茨海默病（AD）的嵌合模型中，人类斑块相关的小胶质细胞积累脂滴的情况，并探讨了TREM2 R47H突变对此的影响。 | 首次揭示了在AD患者中，人类斑块相关的小胶质细胞（DAMs）中脂滴的积累情况，并探讨了TREM2 R47H突变对此的影响。 | 研究仅在嵌合阿尔茨海默病小鼠模型中进行，尚未在人类患者中直接验证。 | 探讨TREM2 R47H突变对人类小胶质细胞功能的影响，特别是在脂滴积累和斑块反应性方面。 | 人类野生型和同源TREM2-R47H诱导多能干细胞（iPSC）衍生的小胶质细胞前体。 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序和组织学分析 | 嵌合模型 | 单细胞RNA测序数据和组织学图像 | 从嵌合AD小鼠中分离的人类野生型TREM2和同源TREM2-R47H DAM异种移植小胶质细胞（xMGs） |
| 1660 | 2024-08-08 |
EGR1 dysregulation defines an inflammatory and leukemic program in cell trajectory of human-aged hematopoietic stem cells (HSC)
2021-07-22, Stem cell research & therapy
IF:7.1Q1
DOI:10.1186/s13287-021-02498-0
PMID:34294125
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研究论文 | 本文通过生物信息学分析650个单细胞转录组，揭示了人类衰老造血干细胞（HSC）中EGR1上调及其与炎症和白血病相关转录程序的关系。 | 首次揭示了EGR1在衰老HSC中的上调及其与炎症和白血病相关转录程序的关系。 | 研究仅基于单细胞转录组数据，未涉及实验验证。 | 揭示衰老过程中造血干细胞分子机制的精确机制。 | 人类衰老的造血干细胞（HSC）。 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 650个单细胞 |