单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1581 - 1600 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1581 | 2024-08-08 |
Heterogeneity of immune cells in human atherosclerosis revealed by scRNA-Seq
2021-11-22, Cardiovascular research
IF:10.2Q1
DOI:10.1093/cvr/cvab260
PMID:34343272
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综述 | 本文综述了通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）在人类动脉粥样硬化斑块和外周血单个核细胞（PBMCs）中发现的免疫细胞异质性的最新数据 | 利用scRNA-Seq结合抗体测序揭示了已知和新发现的免疫细胞亚群，并识别了HIV阳性动脉粥样硬化患者PBMCs中显著上调的基因 | NA | 总结通过scRNA-Seq在动脉粥样硬化患者中获得的关于斑块和PBMCs的最新数据 | 动脉粥样硬化中的免疫细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | RNA | 涉及人类动脉粥样硬化斑块和外周血单个核细胞（PBMCs）的样本 |
| 1582 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics analysis of uterine gene expression in enhancer of zeste homolog 2 conditional knockout mice†
2021-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab147
PMID:34344022
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研究论文 | 本文通过空间转录组学方法分析了增强型zeste同源物2条件性敲除小鼠子宫基因表达的变化 | 使用空间转录组学技术精确识别了EZH2条件性敲除小鼠子宫中上皮细胞和基质细胞基因表达的变化 | NA | 探究EZH2条件性敲除对小鼠子宫上皮细胞和基质细胞基因表达的影响 | EZH2条件性敲除小鼠的子宫组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 收集了卵巢切除的成年野生型和EZH2条件性敲除小鼠的子宫样本 |
| 1583 | 2024-08-08 |
Selecting gene features for unsupervised analysis of single-cell gene expression data
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab295
PMID:34351383
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研究论文 | 本文总结并讨论了17种用于单细胞基因表达数据无监督分析的基因特征选择计算方法 | 提供了统一的符号和统计框架，帮助实践者根据假设和适用性选择合适的方法，并协助方法开发者设计新的计算工具 | 缺乏对这些方法假设、统计模型和选择标准的系统比较 | 评估使用高维单细胞基因表达数据进行各种生物学假设的计算和统计方法 | 单细胞基因表达数据的基因特征选择 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1584 | 2024-08-08 |
Assessing heterogeneity in spatial data using the HTA index with applications to spatial transcriptomics and imaging
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab569
PMID:34358288
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研究论文 | 本文介绍了一种名为HeTerogeneity Average index（HTA）的统计方法，用于评估空间转录组学和成像数据中的异质性 | HTA指数专门设计用于处理空间转录组学的多变量特性，并证明了其近似正态分布，适用于高效的统计评估和推断 | NA | 旨在提供一种新的统计工具，以更好地理解和分析肿瘤异质性及其在空间分子生物学中的影响 | 肿瘤异质性在空间转录组学和成像数据中的表现 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | HTA指数 | 空间数据 | 两组癌症空间转录组学数据和脑MRI数据 |
| 1585 | 2024-08-08 |
Lipid accumulation and novel insight into vascular smooth muscle cells in atherosclerosis
2021-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany)
DOI:10.1007/s00109-021-02109-8
PMID:34345929
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综述 | 本文综述了动脉粥样硬化中脂质积累和血管平滑肌细胞（VSMCs）的新见解 | 通过多种先进方法如谱系追踪、单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术和质谱流式细胞术（CyTOF）结合免疫染色，深入理解VSMCs的功能 | NA | 探讨动脉粥样硬化中脂质积累的形成机制及其对VSMCs的调控作用，以揭示疾病的发病机制并探索潜在的治疗靶点 | 动脉粥样硬化中的血管平滑肌细胞（VSMCs）及其脂质积累 | NA | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、质谱流式细胞术（CyTOF） | NA | 细胞 | NA |
| 1586 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic sequencing analyses of cell heterogeneity during osteogenesis of human adipose-derived mesenchymal stem cells
2021-11, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.3442
PMID:34346140
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人脂肪来源间充质干细胞在化学诱导成骨过程中的细胞和分子特征 | 发现了成骨分化过程中高度表达的与细胞应激反应相关的基因集，并描述了从间充质干细胞到成骨细胞的转录波动态变化 | NA | 探究人脂肪来源间充质干细胞在化学诱导成骨过程中的细胞异质性和分子机制 | 人脂肪来源间充质干细胞及其成骨分化过程中的细胞和分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 1587 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals a high-resolution cell atlas of xylem in Populus
2021-Nov, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13159
PMID:34347368
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）对杨树木质部进行高分辨率细胞图谱构建 | 首次通过scRNA-seq技术揭示了杨树木质部细胞类型及其分化轨迹 | NA | 探索杨树木质部细胞的基因动态表达及分化过程 | 杨树木质部的原生质体 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 9,798个细胞 |
| 1588 | 2024-08-08 |
hiPSC Modeling of Lineage-Specific Smooth Muscle Cell Defects Caused by TGFBR1A230T Variant, and Its Therapeutic Implications for Loeys-Dietz Syndrome
2021-10-05, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究通过使用人诱导多能干细胞（hiPSC）模型，探讨了TGFBR1A230T变异导致的特定谱系平滑肌细胞缺陷及其对Loeys-Dietz综合征（LDS）的治疗意义 | 首次揭示了TGFBR1变异导致的特定谱系平滑肌细胞缺陷，并提出了使用激活素A和雷帕霉素联合治疗作为潜在的药物策略 | 研究主要集中在CPC-SMC和神经嵴干细胞-SMC的分子缺陷上，未涉及其他可能受影响的细胞类型 | 探讨TGFBR1A230T变异导致的特定谱系平滑肌细胞缺陷及其对LDS的治疗意义 | TGFBR1A230T变异对平滑肌细胞功能的影响及其治疗策略 | 数字病理学 | 心血管疾病 | CRISPR-Cas9基因编辑 | NA | 单细胞RNA测序 | 来自LDS家族的多个样本 |
| 1589 | 2024-08-08 |
Predicting Molecular Phenotypes from Histopathology Images: A Transcriptome-Wide Expression-Morphology Analysis in Breast Cancer
2021-10-01, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0482
PMID:34341074
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研究论文 | 本研究首次在乳腺癌中进行了转录组范围的表达-形态学（EMO）分析，通过优化和验证个体深度卷积神经网络，从苏木精和伊红染色的全切片图像中预测17,695个基因的mRNA表达。 | 本研究首次利用深度学习技术从常规病理图像中预测转录组范围的mRNA表达和增殖标志物，为癌症精准医疗提供了一种成本效益高且可扩展的方法。 | NA | 探索从病理图像中预测分子表型的方法，以降低癌症精准医疗的成本并提高其可行性。 | 乳腺癌中的17,695个基因的mRNA表达和增殖标志物。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 深度卷积神经网络 | CNN | 图像 | 17,695个基因的mRNA表达，其中9,334个基因的预测表达与RNA测序估计显著相关。 |
| 1590 | 2024-08-08 |
Computational reconstruction of the signalling networks surrounding implanted biomaterials from single-cell transcriptomics
2021-10, Nature biomedical engineering
IF:26.8Q1
DOI:10.1038/s41551-021-00770-5
PMID:34341534
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研究论文 | 本文通过分析从植入聚己内酯或细胞外基质衍生支架的小鼠模型中收集的单细胞RNA测序数据，重建了植入生物材料周围的细胞间信号网络 | 本文首次通过计算方法从单细胞转录组数据中重建了植入生物材料周围的细胞间信号网络，并识别了先前未涉及的细胞亚群 | NA | 旨在通过单细胞RNA测序数据重建植入生物材料周围的细胞间信号网络，以促进对植入生物材料反应的理解和设计 | 研究对象包括植入聚己内酯或细胞外基质衍生支架的小鼠模型中的42,156个细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 42,156个细胞 |
| 1591 | 2024-08-08 |
Combining an Alarmin HMGN1 Peptide with PD-L1 Blockade Results in Robust Antitumor Effects with a Concomitant Increase of Stem-Like/Progenitor Exhausted CD8+ T Cells
2021-10, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0265
PMID:34344641
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研究论文 | 本文研究了结合HMGN1肽和PD-L1阻断剂以促进肿瘤内干细胞样/祖细胞样耗竭CD8+ T细胞扩增的策略 | 首次发现HMGN1肽作为免疫佐剂，与PD-L1阻断剂联合使用可增强肿瘤内Tstem/Tpex细胞数量，从而提高免疫治疗效果 | NA | 探索提高免疫检查点阻断疗法疗效的新方法 | 肿瘤内干细胞样/祖细胞样耗竭CD8+ T细胞 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | B16F10, LLC, Colon26, EO771肿瘤小鼠模型 |
| 1592 | 2024-08-08 |
Systematic screening identifies a TEAD4-S100A13 axis modulating cisplatin sensitivity of oral squamous cell carcinoma cells
2021-Oct, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology
IF:2.7Q2
DOI:10.1111/jop.13224
PMID:34358353
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研究论文 | 本研究旨在筛选与人类乳头瘤病毒（HPV）阴性的口腔鳞状细胞癌（OSCC）预后相关的S100蛋白家族成员及其分子调控机制 | 发现了新的TEAD4-S100A13轴，可能调节OSCC肿瘤细胞对顺铂的敏感性 | NA | 筛选与OSCC预后相关的S100蛋白家族成员及其分子调控机制 | HPV阴性的口腔鳞状细胞癌（OSCC）细胞系CAL-27和SCC-4 | 数字病理学 | 口腔鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序，批量测序 | NA | RNA序列数据 | 涉及21个S100蛋白家族成员基因，以及OSCC患者的生存数据 |
| 1593 | 2024-08-08 |
Integrating readout of somatic mutations in individual cells with single-cell transcriptional profiling
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100673
PMID:34337442
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研究论文 | 本文介绍了一种结合单细胞转录组测序和单细胞扩增子测序的技术，用于在单细胞水平上检测体细胞突变 | 提出了一种新的技术协议，能够同时进行单细胞RNA测序和单细胞扩增子测序，以检测单个细胞中的体细胞突变 | NA | 开发一种新的技术方法，用于在单细胞水平上检测体细胞突变 | CD34+骨髓祖细胞 | 数字病理学 | NA | 10X Chromium技术 | NA | 转录组数据和扩增子数据 | 从人类骨髓抽吸物中分离的CD34+祖细胞 |
| 1594 | 2024-08-08 |
Quantification of Age-Related Decline in Transcriptional Homeostasis
2021-09-17, Journal of molecular biology
IF:4.7Q1
DOI:10.1016/j.jmb.2021.167179
PMID:34339725
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研究论文 | 本文介绍了一种名为Homeostatic Divergence Score (HDS)的计算方法，用于量化单细胞中剪接和未剪接mRNA库之间的平衡，从而评估mRNA稳态的程度 | 提出了一种新的计算方法HDS，用于量化mRNA稳态，并通过单细胞RNA测序数据分析年龄相关的转录稳态破坏 | NA | 开发新的计算方法来通过转录组学视角观察衰老过程 | 年龄相关的转录调控机制和mRNA稳态 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 两个独立的衰老数据集和人类胚胎干细胞的亚群 |
| 1595 | 2024-08-08 |
Selective loss of resident macrophage-derived insulin-like growth factor-1 abolishes adaptive cardiac growth to stress
2021-09-14, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.07.006
PMID:34363749
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研究论文 | 本研究探讨了高血压条件下，心脏驻留巨噬细胞（RMs）及其产生的胰岛素样生长因子-1（Igf1）在适应性心脏生长中的作用 | 首次揭示了心脏驻留巨噬细胞及其产生的Igf1在高血压适应性心脏生长中的绝对必要性 | NA | 研究免疫细胞在高血压适应性心脏保护过程中的作用 | 心脏驻留巨噬细胞及其产生的胰岛素样生长因子-1 | NA | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1596 | 2024-08-08 |
A technology of a different sort: microraft arrays
2021-09-07, Lab on a chip
IF:6.1Q2
DOI:10.1039/d1lc00506e
PMID:34346456
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综述 | 本文综述了微浮板阵列的发展及其在生物实体选择和分离中的应用 | 微浮板阵列技术简单优雅，可用于从数十到数百万个对象的样本，提供了一个灵活的平台，支持单细胞RNA测序、亚细胞器捕获和检测、高通量筛选、CRISPR基因编辑细胞系开发以及类器官操作和选择等多种应用 | NA | 探讨微浮板阵列在生物医学研究中的应用 | 生物实体如细胞器、细胞和类器官的选择与分离 | 生物医学研究 | NA | 微浮板阵列 | NA | 图像 | 数十到数百万个对象 |
| 1597 | 2024-08-08 |
Impaired local intrinsic immunity to SARS-CoV-2 infection in severe COVID-19
2021-09-02, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.07.023
PMID:34352228
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析了健康和COVID-19患者的鼻咽拭子样本，揭示了SARS-CoV-2感染对呼吸道上皮细胞的影响及其与疾病严重程度的关系 | 首次详细描述了SARS-CoV-2感染的宿主细胞类型和基因表达特征，并指出了不同严重程度COVID-19患者免疫反应的差异 | 研究样本量有限，且仅包括鼻咽拭子样本，可能无法全面反映所有受影响的细胞类型和组织 | 探讨SARS-CoV-2感染对呼吸道上皮细胞的影响及其与COVID-19严重程度的关系 | 健康和COVID-19患者的鼻咽拭子样本 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 58名健康和COVID-19参与者 |
| 1598 | 2024-08-08 |
MP44-09 UNDERSTANDING PRUNE BELLY SYNDROME AT SINGLE CELL RESOLUTION
2021-09, The Journal of urology
IF:5.9Q1
DOI:10.1097/JU.0000000000002065.09
PMID:34346772
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了普鲁恩贝尔综合征（PBS）患者的膀胱细胞类型组成和转录活性 | 首次在单细胞分辨率下解析了PBS患者的膀胱细胞异质性和基因表达网络 | NA | 揭示PBS患者膀胱细胞的异质性和基因表达网络 | PBS患者的膀胱细胞 | 数字病理学 | 其他疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 2名PBS患者和6名非PBS对照患者的膀胱细胞 |
| 1599 | 2024-08-08 |
NovoSpaRc: flexible spatial reconstruction of single-cell gene expression with optimal transport
2021-09, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-021-00573-7
PMID:34349282
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研究论文 | 本文介绍了一种名为novoSpaRc的计算框架，用于基于单细胞RNA测序数据进行空间重构，以研究组织结构和空间基因表达模式 | novoSpaRc框架通过概率性地将细胞分配到组织位置，利用结构对应假设，即物理上接近的细胞共享相似的基因表达谱，进行空间重构 | NA | 开发一种新的计算框架，用于单细胞RNA测序数据的空间重构 | 单细胞RNA测序数据的空间重构 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 计算框架 | 基因表达数据 | 10,000个细胞映射到1,000个位置 |
| 1600 | 2024-08-08 |
A preliminary investigation into the immune cell landscape of schistosome-associated liver fibrosis in humans
2021-09, Immunology and cell biology
IF:3.2Q3
DOI:10.1111/imcb.12490
PMID:34355810
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术初步分析了血吸虫相关肝纤维化患者的免疫细胞图谱 | 首次通过单细胞RNA测序技术揭示了血吸虫相关肝纤维化中特定免疫细胞类型及其相关信号通路 | 样本量较小，仅包括三个患者组，可能影响结果的普遍性 | 探索血吸虫相关肝纤维化的免疫细胞组成及其在疾病发展中的作用 | 血吸虫相关肝纤维化患者的免疫细胞 | 数字病理学 | 血吸虫病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 包括一个血吸虫病日本株组（n=1），一个慢性肝衰竭组（n=3）和一个健康对照组（n=2），共20,093个细胞 |