单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1541 - 1560 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1541 | 2024-08-08 |
Author Corrections: Reconstruction of cell spatial organization from single-cell RNA sequencing data based on ligand-receptor mediated self-assembly
2021-Dec, Cell research
IF:28.1Q1
DOI:10.1038/s41422-021-00550-5
PMID:34381185
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1542 | 2024-08-08 |
Spatially Distinct Reprogramming of the Tumor Microenvironment Based On Tumor Invasion in Diffuse-Type Gastric Cancers
2021-12-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-0792
PMID:34385296
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了弥漫型胃癌肿瘤微环境的空间重编程，揭示了肿瘤侵袭性的潜在机制 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了弥漫型胃癌肿瘤微环境中与肿瘤侵袭性相关的细胞成分和分子特征 | 研究样本仅来自五名患者，可能限制了结果的普遍性和广泛应用 | 探究弥漫型胃癌肿瘤微环境中与肿瘤侵袭性相关的细胞和分子特征 | 弥漫型胃癌的肿瘤微环境及其与肿瘤侵袭性的关系 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 组织样本 | 五名弥漫型胃癌患者的新鲜采集的癌组织和配对正常组织 |
| 1543 | 2024-08-08 |
Bioinformatics approach to spatially resolved transcriptomics
2021-11-12, Emerging topics in life sciences
IF:3.4Q1
DOI:10.1042/ETLS20210131
PMID:34369559
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研究论文 | 本文探讨了空间转录组学中的生物信息学方法，特别是针对基于下一代测序技术的分析工具 | 本文介绍了空间转录组学技术在细胞类型分类、特定空间分布基因检测、基于基因表达模式的新组织区域识别以及细胞间相互作用等方面的应用 | 空间转录组数据分析面临特定挑战，如肿瘤组织等感兴趣区域的定义需要手动图像注释，以及需要扩展分析到第三个空间维度 | 研究空间转录组学技术及其在生物学问题解答中的应用 | 空间转录组学技术及其分析工具 | 生物信息学 | NA | 下一代测序 | NA | 空间转录组数据 | NA |
| 1544 | 2024-08-08 |
Supervised application of internal validation measures to benchmark dimensionality reduction methods in scRNA-seq data
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab304
PMID:34374742
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研究论文 | 本文对单细胞RNA测序数据中的降维方法进行了全面的基准测试，使用了超过300,000计算小时评估了33种降维方法和55个数据集的表现 | 本文采用了一种新颖的方法，即重新利用内部验证措施（IVMs）来评估降维后的生物聚类性能，而不依赖于下游分析的结果 | NA | 评估单细胞RNA测序数据中降维方法的性能 | 33种降维方法和55个单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | DBSCAN | 数据集 | 超过25,000个低维嵌入和近200,000,000次DBSCAN迭代 |
| 1545 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics in the Drosophila visual system: Advances and perspectives on cell identity regulation, connectivity, and neuronal diversity evolution
2021-11, Developmental biology
IF:2.5Q2
DOI:10.1016/j.ydbio.2021.08.001
PMID:34375653
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研究论文 | 本文探讨了单细胞转录组学在果蝇视觉系统中的应用，以及如何利用这些数据来研究神经元身份调控、神经元回路发展和神经多样性的进化 | 本文利用大规模单细胞转录组学方法，提供了果蝇视觉系统中大多数神经类型在整个发育过程中的完整基因表达谱 | NA | 研究果蝇视觉系统中神经元多样性的遗传机制及其在神经系统的进化和发育中的作用 | 果蝇视觉系统中的神经元类型、形态、连接性和分化机制 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 涉及果蝇视觉系统中的大多数神经类型 |
| 1546 | 2024-08-08 |
Characterizing Macrophage Diversity in Metastasis-Bearing Lungs Reveals a Lipid-Associated Macrophage Subset
2021-10-15, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-0101
PMID:34389631
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了携带原位乳腺肿瘤的小鼠肺部巨噬细胞的多样性，并识别出一种与脂质相关的巨噬细胞亚群 | 本研究首次在肺转移瘤中鉴定出一种与脂质相关的巨噬细胞亚群，该亚群在肿瘤携带小鼠肺部显著增多，并表现出与脂质代谢、细胞外基质重塑和免疫抑制相关基因的富集 | NA | 研究巨噬细胞在肿瘤转移过程中的复杂性和异质性变化 | 携带原位乳腺肿瘤的小鼠肺部巨噬细胞 | NA | 乳腺肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自携带原位乳腺肿瘤的小鼠肺部的巨噬细胞 |
| 1547 | 2024-08-08 |
A single-cell atlas reveals unanticipated cell type complexity in Drosophila ovaries
2021-10, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.274340.120
PMID:34389661
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，对果蝇卵巢中的干细胞和早期卵泡细胞类型进行了全面的细胞类型特征分析 | 揭示了果蝇卵巢中未预料到的细胞类型复杂性，特别是护送细胞的多样性及其在不同解剖位置的表达模式 | NA | 研究果蝇卵巢中细胞类型的分子功能及其在器官功能中的作用 | 果蝇卵巢中的干细胞和早期卵泡细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 34种卵巢细胞类型和亚型 |
| 1548 | 2024-08-08 |
There and back again: malaria parasite single-cell transcriptomics comes full circle
2021-10, Trends in parasitology
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.pt.2021.07.011
PMID:34391665
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研究论文 | 本文介绍了疟疾细胞图谱（MCA）项目，该项目旨在以单细胞分辨率全面分析疟原虫生命周期中基因表达的强度和异质性，并完成了最具毒性的疟原虫——恶性疟原虫的传播阶段的添加。 | 首次将恶性疟原虫的传播阶段纳入疟疾细胞图谱，增强了该资源的应用性。 | NA | 全面分析疟原虫生命周期中的基因表达。 | 疟原虫生命周期中的基因表达。 | 数字病理学 | 疟疾 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未提及 |
| 1549 | 2024-08-08 |
Reply to Yan and Muller, "Single-Cell RNA Sequencing Supports Preferential Bioactivation of Remdesivir in the Liver"
2021-09-17, Antimicrobial agents and chemotherapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1128/AAC.01394-21
PMID:34370585
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1550 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Supports Preferential Bioactivation of Remdesivir in the Liver
2021-09-17, Antimicrobial agents and chemotherapy
IF:4.1Q1
DOI:10.1128/AAC.01333-21
PMID:34370586
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1551 | 2024-08-08 |
Protocol for executing and benchmarking eight computational doublet-detection methods in single-cell RNA sequencing data analysis
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100699
PMID:34382023
|
研究论文 | 本文开发了一个R包DoubletCollection，用于集成和执行八种双细胞检测方法，并提供统一的接口进行双细胞检测后的下游分析 | DoubletCollection包整合了八种双细胞检测方法的安装和执行，为快速发展的单细胞RNA测序领域提供了灵活性 | NA | 开发和验证用于单细胞RNA测序数据分析的双细胞检测方法 | 单细胞RNA测序数据中的双细胞检测方法 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1552 | 2024-08-08 |
Hedgehog interacting protein-expressing lung fibroblasts suppress lymphocytic inflammation in mice
2021-09-08, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.144575
PMID:34375314
|
研究论文 | 研究探讨了HHIP基因在慢性阻塞性肺疾病（COPD）中的作用，特别是其如何影响肺部炎症 | 首次揭示了HHIP表达的肺成纤维细胞在调节CD8+ T细胞介导的免疫反应中的作用 | 研究仅限于Hhip+/-小鼠模型，可能不完全代表人类COPD的复杂性 | 理解HHIP基因如何影响COPD中的慢性炎症 | Hhip+/-小鼠的肺部细胞 | NA | 慢性阻塞性肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同年龄的Hhip+/-小鼠的整个肺部 |
| 1553 | 2024-08-08 |
Spatial mapping reveals human adipocyte subpopulations with distinct sensitivities to insulin
2021-09-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2021.07.018
PMID:34380013
|
研究论文 | 本文通过结合空间解析转录组学、单细胞RNA测序和图像分析，揭示了人类白色脂肪组织中具有不同胰岛素敏感性的成熟脂肪细胞亚群。 | 首次通过多模态资源揭示了人类白色脂肪组织中存在三种不同胰岛素敏感性的成熟脂肪细胞亚群。 | NA | 研究白色脂肪组织中细胞异质性和结构对功能的影响。 | 人类白色脂肪组织中的成熟脂肪细胞亚群及其胰岛素敏感性。 | NA | NA | 空间解析转录组学、单细胞RNA测序、图像分析 | NA | 转录组数据、图像数据 | 18种细胞类别 |
| 1554 | 2024-08-08 |
TIPS: trajectory inference of pathway significance through pseudotime comparison for functional assessment of single-cell RNAseq data
2021-09-02, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab124
PMID:34370020
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研究论文 | 本文介绍了一种名为TIPS的新方法，用于通过伪时间比较推断通路重要性的轨迹，以评估单细胞RNA测序数据的功能 | TIPS方法利用现有的功能通路和其他基因列表知识库，为生物过程提供进一步的机制洞察 | NA | 开发一种新方法来评估生物通路和转录因子对从单细胞RNA测序数据映射的发育轨迹的贡献 | 单细胞RNA测序数据中的生物通路和转录因子 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1555 | 2024-08-08 |
COTAN: scRNA-seq data analysis based on gene co-expression
2021-Sep, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqab072
PMID:34396096
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研究论文 | 本文介绍了一种名为COTAN的统计和计算方法，用于分析单细胞水平上的基因对共表达，为单细胞基因相互作用分析提供基础 | COTAN通过研究零UMI计数的分布而非关注正计数，提供了一种新的相关性指数和一个近似的-值，用于独立性检验 | NA | 开发一种新的方法来准确推断细胞群体中的转录组轮廓 | 单细胞水平的基因共表达 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 统计模型 | 基因表达数据 | 两个神经发育数据集 |
| 1556 | 2024-08-08 |
Multifactorial Role of Mitochondria in Echinocandin Tolerance Revealed by Transcriptome Analysis of Drug-Tolerant Cells
2021-08-31, mBio
IF:5.1Q1
DOI:10.1128/mBio.01959-21
PMID:34372698
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研究论文 | 本文通过转录组分析揭示了线粒体在伊曲康唑耐药性中的多因素作用，特别是通过单细胞RNA测序研究了耐药细胞的转录特征。 | 首次揭示了线粒体在伊曲康唑耐药性中的多因素作用，并发现了耐药细胞特有的转录特征。 | 研究主要集中在Candida glabrata这一特定病原体上，可能不适用于其他真菌。 | 探究伊曲康唑耐药性的机制，特别是线粒体在其中的作用。 | 耐伊曲康唑的Candida glabrata细胞及其线粒体功能。 | NA | 真菌感染 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 耐伊曲康唑的Candida glabrata细胞子集 |
| 1557 | 2024-08-08 |
A reference-free approach for cell type classification with scRNA-seq
2021-Aug-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102855
PMID:34381979
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研究论文 | 本文提出了一种无需参考基因组和比对的方法scSimClassify，用于基于单细胞RNA测序数据的细胞类型分类 | scSimClassify利用-mer级别的特征和simhash方法识别的压缩-mer组（CKGs），提供了比基因表达特征更好的分类性能 | NA | 克服单细胞RNA测序数据稀疏性问题，提高细胞类型分类的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型分类 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1558 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA analysis identifies pre-migratory neural crest cells expressing markers of differentiated derivatives
2021-08-16, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66078
PMID:34397384
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，研究了斑马鱼躯干中神经嵴细胞在迁移早期的转录变化 | 本文发现了神经嵴细胞在迁移前就已经表达与分化后代相关的基因，特别是黄素细胞系，并识别了Rohon-Beard神经元的新遗传标记 | NA | 研究神经嵴细胞如何分化成多种细胞类型 | 斑马鱼躯干中的神经嵴细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个斑马鱼躯干神经嵴细胞群体和Rohon-Beard神经元 |
| 1559 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics of planktonic and sessile bacterial populations at single-cell resolution
2021-08-13, Science (New York, N.Y.)
DOI:10.1126/science.abi4882
PMID:34385369
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研究论文 | 本文介绍了一种名为par-seqFISH的转录组成像方法，能够在单细胞和分子水平上记录基因表达和空间环境，并应用于机会性病原体的研究 | par-seqFISH方法能够在微尺度集合中以高分辨率记录基因表达和空间环境，为微生物群体的复杂动态研究提供了新的途径 | NA | 捕捉微生物群体在相关时空尺度上的异质表型 | 机会性病原体的浮游和生物膜培养中的微生物群体 | NA | NA | par-seqFISH (parallel sequential fluorescence in situ hybridization) | NA | 基因表达数据 | 约60万个体，跨越数十种条件 |
| 1560 | 2024-08-08 |
Advances in single-cell sequencing: insights from organ transplantation
2021-08-13, Military Medical Research
IF:16.7Q1
DOI:10.1186/s40779-021-00336-1
PMID:34389057
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在器官移植和排斥反应中的应用 | 该方法提供了特定组织中多种细胞群体的完整图谱，并提供了一种动态和暂时的无偏方法来探索移植物功能障碍的进展 | NA | 研究单细胞RNA测序技术在器官移植和排斥反应中的应用 | 免疫系统在器官移植和排斥反应中的作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |