单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1501 - 1520 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1501 | 2024-08-08 |
deepMNN: Deep Learning-Based Single-Cell RNA Sequencing Data Batch Correction Using Mutual Nearest Neighbors
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.708981
PMID:34447413
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研究论文 | 提出了一种基于深度学习的单细胞RNA测序数据批次校正方法deepMNN | deepMNN通过在主成分分析子空间中搜索互最近邻对，并构建批次校正网络来去除批次效应，具有更好的性能和更快的运行速度 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中的批次效应问题 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | CNN | 基因表达数据 | 多个批次的大规模数据集 |
| 1502 | 2024-08-08 |
Roles of the Immune/Methylation/Autophagy Landscape on Single-Cell Genotypes and Stroke Risk in Breast Cancer Microenvironment
2021, Oxidative medicine and cellular longevity
DOI:10.1155/2021/5633514
PMID:34457116
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研究论文 | 本研究旨在通过综合分析免疫/甲基化/自噬景观对乳腺癌预后和单细胞基因型的影响 | 本研究构建了基于BCRRS和BCPRS的风险预测模型，并利用临床数据评估其预测能力，同时通过scRNA-seq分析单细胞基因型，揭示了IMAAGs对乳腺癌肿瘤微环境的潜在调控作用 | NA | 研究免疫/甲基化/自噬景观对乳腺癌预后和单细胞基因型的影响 | 乳腺癌的复发风险评分（BCRRS）和预后风险评分（BCPRS），以及单细胞基因型 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | 神经网络 | 基因数据 | 基于TCGA-BRCA队列的6个预后IMAAGs，以及TNBC样本的单细胞基因型 |
| 1503 | 2024-08-08 |
Multiomic analysis reveals decidual-specific transcriptional programing of MAIT cells
2021-12, American journal of reproductive immunology (New York, N.Y. : 1989)
DOI:10.1111/aji.13495
PMID:34411378
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了妊娠期子宫内膜MAIT细胞的转录程序 | 首次详细描述了妊娠期子宫内膜MAIT细胞的转录程序，并探讨了其在母胎界面组织修复机制中的潜在作用 | 实验仅限于体外激活和基因表达分析，未涉及体内功能验证 | 探究妊娠期子宫内膜MAIT细胞的转录程序及其功能 | 子宫内膜MAIT细胞及其转录因子表达 | 免疫学 | 妊娠相关疾病 | CITE-seq, 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 包括子宫内膜基底层和壁层的单核细胞以及对照的PBMCs |
| 1504 | 2024-08-08 |
DeepDRIM: a deep neural network to reconstruct cell-type-specific gene regulatory network using single-cell RNA-seq data
2021-11-05, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbab325
PMID:34424948
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研究论文 | 本文提出了一种名为DeepDRIM的深度神经网络，利用单细胞RNA测序数据重建细胞类型特异性基因调控网络 | DeepDRIM通过将基因对的联合基因表达分布表示为图像，并利用目标转录因子-基因对及其潜在邻居的图像来重建基因调控网络，有效消除了由传递性基因-基因相互作用引起的假阳性 | NA | 旨在利用单细胞RNA测序数据重建细胞类型特异性基因调控网络 | 单细胞RNA测序数据中的基因调控网络 | 机器学习 | 冠状病毒疾病 | 单细胞RNA测序 | 深度神经网络 | 图像 | 八种细胞系的单细胞RNA测序数据以及来自轻度和重度冠状病毒疾病患者的支气管肺泡灌洗液中的B细胞的单细胞RNA测序基因表达数据 |
| 1505 | 2024-08-08 |
Plant Metabolic Network 15: A resource of genome-wide metabolism databases for 126 plants and algae
2021-Nov, Journal of integrative plant biology
IF:9.3Q1
DOI:10.1111/jipb.13163
PMID:34403192
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research paper | 本文生成了126种藻类和植物的基因组规模代谢途径数据库，并系统评估了数据库的质量，展示了其在植物生物学中的广泛应用 | 首次报道了104种植物和藻类的基因组规模代谢途径数据库，并开发了半自动验证管道显著提高了数据库质量 | NA | 为了理解和工程化植物代谢，需要对跨植物物种的所有代谢信息进行全面准确的注释 | 126种藻类和植物的代谢途径 | NA | NA | NA | NA | 基因组数据 | 126种藻类和植物 |
| 1506 | 2024-08-08 |
Transcriptomics data: pointing the way to subclassification and personalized medicine in systemic lupus erythematosus
2021-11-01, Current opinion in rheumatology
IF:5.2Q1
DOI:10.1097/BOR.0000000000000833
PMID:34410228
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研究论文 | 本文总结了基于基因表达谱将系统性红斑狼疮患者分组的近期研究，并提出了利用转录组数据促进精准医学的未来改进建议 | 采用了生物信息学和机器学习流程来解析狼疮患者的转录组异质性，并识别更同质的亚群 | 尚未达成全球共识的临床可操作组，且数据间的异质性、预测的可重复性以及最有效的分类方法尚未解决 | 探索系统性红斑狼疮患者的亚分类和个性化医疗 | 系统性红斑狼疮患者 | 生物信息学 | 系统性红斑狼疮 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 转录组数据 | 包括成人和儿科系统性红斑狼疮参与者 |
| 1507 | 2024-08-08 |
Co-expression of the SARS-CoV-2 entry molecules ACE2 and TMPRSS2 in human ovaries: Identification of cell types and trends with age
2021-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2021.08.012
PMID:34418496
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研究论文 | 本研究分析了公共数据集中的批量和单细胞RNA测序数据，以展示SARS-CoV-2的两个关键入口受体ACE2和TMPRSS2的mRNA表达和蛋白质分布，并进行了免疫组化研究，探讨了不同年龄段卵巢中ACE2和TMPRSS2的表达情况及其在卵巢中的潜在功能。 | 首次详细分析了不同年龄段人类卵巢中SARS-CoV-2入口分子ACE2和TMPRSS2的表达情况，并探讨了其在卵巢中的潜在功能。 | 需要进一步的基础和临床研究来监测SARS-CoV-2进入卵巢细胞的过程及其对康复女性卵巢功能的长期影响。 | 探讨SARS-CoV-2在人类卵巢中的感染机制及其对卵巢功能的影响。 | 人类卵巢中的SARS-CoV-2入口分子ACE2和TMPRSS2的表达及其在不同年龄段的变化。 | 数字病理学 | NA | RNA测序 | NA | RNA | 不同年龄段的人类卵巢组织 |
| 1508 | 2024-08-08 |
Cell type diversity in scallop adductor muscles revealed by single-cell RNA-Seq
2021-11, Genomics
IF:3.4Q2
DOI:10.1016/j.ygeno.2021.08.015
PMID:34425225
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术揭示了扇贝闭壳肌中多种细胞类型的分子特征 | 首次在扇贝闭壳肌中发现了多种神经元类型，并通过单细胞伪时间轨迹重建了细胞分化事件 | NA | 探究软体动物肌肉中不同细胞类型的分子特征 | 扇贝闭壳肌中的细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA-seq数据 | 20个细胞集群 |
| 1509 | 2024-08-08 |
Construction of Synthetic Nanobody Library in Mammalian Cells by dsDNA-Based Strategies*
2021-10-13, Chembiochem : a European journal of chemical biology
IF:2.6Q3
DOI:10.1002/cbic.202100286
PMID:34411391
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研究论文 | 本文开发了两种新方法，通过基于dsDNA的策略在哺乳动物细胞中构建纳米抗体库 | 本文提出了两种新颖的方法（dsDNA-HR和体外连接法）来构建纳米抗体库，并通过高通量测序验证了其多样性 | NA | 开发在哺乳动物细胞中构建高多样性纳米抗体库的方法 | 纳米抗体库的构建及其在哺乳动物细胞中的表达 | NA | NA | PCR, 同源重组, 限制酶消化, 连接反应, 高通量测序 | NA | DNA | 超过一百万个独特的纳米抗体序列 |
| 1510 | 2024-08-08 |
Mitogen-activated protein kinase activity drives cell trajectories in colorectal cancer
2021-10-07, EMBO molecular medicine
IF:9.0Q1
DOI:10.15252/emmm.202114123
PMID:34409732
|
研究论文 | 本文通过单细胞转录组分析，研究了结直肠癌患者的肿瘤和匹配的非癌组织，定义了结直肠癌细胞的转录状态和控制其发展的信号 | 首次揭示了结直肠癌细胞沿着丝裂原活化蛋白激酶活性梯度组织的发展轨迹，并展示了靶向治疗对细胞发展轨迹的重塑作用 | 研究仅限于12名结直肠癌患者，样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 定义结直肠癌细胞的转录状态和控制其发展的信号 | 结直肠癌细胞及其发展轨迹 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 12名结直肠癌患者的肿瘤和匹配的非癌组织 |
| 1511 | 2024-08-08 |
Spinal Cord Injury Induces Permanent Reprogramming of Microglia into a Disease-Associated State Which Contributes to Functional Recovery
2021-10-06, The Journal of neuroscience : the official journal of the Society for Neuroscience
DOI:10.1523/JNEUROSCI.0860-21.2021
PMID:34417326
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，探讨了雌性小鼠脊髓损伤后免疫细胞的时间动态变化，发现脊髓损伤导致基线小胶质细胞永久性转录重编程，形成一种与疾病相关的小胶质细胞亚型，并增强后肢运动功能的恢复。 | 本研究首次揭示了脊髓损伤后小胶质细胞的来源及其在急性损伤过程中的作用，并通过小胶质细胞耗竭模型证明了疾病相关小胶质细胞在脊髓损伤中的来源和增强恢复的作用。 | NA | 探讨脊髓损伤后小胶质细胞的转录重编程及其在功能恢复中的作用。 | 脊髓损伤后的免疫细胞和小胶质细胞。 | 神经科学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 雌性小鼠 |
| 1512 | 2024-08-08 |
ZFP91 disturbs metabolic fitness and antitumor activity of tumor-infiltrating T cells
2021-10-01, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI144318
PMID:34403361
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研究论文 | 本文揭示了锌指蛋白91（ZFP91）调控机制如何破坏肿瘤浸润T细胞的代谢途径和抗肿瘤活性 | 首次阐明了ZFP91在肿瘤微环境中对T细胞代谢程序和功能的干扰机制 | NA | 探讨ZFP91在肿瘤微环境中对T细胞代谢和功能的影响 | 肿瘤浸润T细胞的代谢途径和抗肿瘤活性 | NA | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 来自结直肠癌患者的组织样本 |
| 1513 | 2024-08-08 |
The Ratio of Exhausted to Resident Infiltrating Lymphocytes Is Prognostic for Colorectal Cancer Patient Outcome
2021-10, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-21-0137
PMID:34413087
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据识别结直肠癌浸润淋巴细胞中的驻留和耗竭特征，并探讨这些特征与患者生存结果的关系 | 首次在结直肠癌浸润淋巴细胞中识别出CD4 T细胞和NK细胞的驻留和耗竭特征，并将其应用于患者生存结果的预测 | 研究仅基于单细胞RNA测序数据和TCGA数据，未涉及临床试验验证 | 探讨结直肠癌浸润淋巴细胞的驻留和耗竭特征与患者生存结果的关系 | 结直肠癌浸润淋巴细胞，包括CD8、CD4和NK细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 两个独立的转录组数据集来自结直肠癌患者 |
| 1514 | 2024-08-08 |
Neuroinflammatory astrocyte subtypes in the mouse brain
2021-10, Nature neuroscience
IF:21.2Q1
DOI:10.1038/s41593-021-00905-6
PMID:34413515
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研究论文 | 本研究探讨了小鼠大脑皮质星形胶质细胞在急性炎症刺激后转录组的变化及其随时间和性别的异质性 | 首次在单细胞分辨率下分析了星形胶质细胞在炎症刺激后的快速转录组变化，并揭示了不同亚型的星形胶质细胞具有特定的转录组特征 | NA | 研究星形胶质细胞在急性炎症刺激后的转录组变化及其异质性 | 小鼠大脑皮质星形胶质细胞 | 神经科学 | NA | 单细胞测序, 空间转录组学, 原位杂交 | NA | 转录组数据 | 约80,000个星形胶质细胞 |
| 1515 | 2024-08-08 |
Hybrid material mimics a hypoxic environment to promote regeneration of peripheral nerves
2021-10, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 研究开发了一种模拟缺氧环境的复合材料，用于促进周围神经的再生 | 该研究挑战了缺氧仅参与周围神经再生的观点，并提供了一种潜在有价值的临床候选材料 | NA | 探索缺氧环境在神经再生中的作用及开发相关功能材料 | 周围神经缺陷及其再生过程中的细胞和组织结构 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | NA |
| 1516 | 2024-08-08 |
Quality control in scRNA-Seq can discriminate pacemaker cells: the mtRNA bias
2021-Oct, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-021-03916-5
PMID:34427691
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研究论文 | 本文探讨了单细胞RNA测序（scRNA-seq）中质量控制参数对心脏组织分析的影响 | 提出在心血管应用中应避免使用固定的5%线粒体转录本阈值，以防止对起搏细胞的错误排除 | 文章主要关注于质量控制参数的影响，未涉及其他可能影响scRNA-seq结果的因素 | 研究scRNA-seq质量控制参数对心脏组织分析的准确性 | 心脏组织中的起搏细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | scRNA-seq | NA | 文本 | 包括体外生成的诱导窦房体（iSABs）和从胚胎小鼠窦房结组织分离的细胞 |
| 1517 | 2024-08-08 |
Collection of cells for single-cell RNA sequencing using high-resolution fluorescence microscopy
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100718
PMID:34401784
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研究论文 | 本文描述了一种使用高分辨率荧光显微镜收集细胞进行单细胞RNA测序的工作流程 | 介绍了VYCAP穿孔系统，该系统克服了FACS在测量亚细胞荧光分布和小样本量方面的局限性 | NA | 开发一种适用于小样本量和亚细胞荧光分布测量的单细胞RNA测序方法 | 人视网膜色素上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 图像 | 小于1000个细胞 |
| 1518 | 2024-08-08 |
A monocyte/dendritic cell molecular signature of SARS-CoV-2-related multisystem inflammatory syndrome in children with severe myocarditis
2021-09-10, Med (New York, N.Y.)
DOI:10.1016/j.medj.2021.08.002
PMID:34414385
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研究论文 | 本研究通过多参数方法分析了56名疑似SARS-CoV-2感染住院儿童的血液细胞，以更好地理解与SARS-CoV-2相关的儿童多系统炎症综合征（MIS-C）及其导致的心肌炎。 | 单细胞转录组学分析揭示了一种独特的单核细胞/树突状细胞基因特征，与持续的核因子κB（NF-κB）活性和肿瘤坏死因子α（TNF-α）信号传导相关，并伴有NF-κB抑制剂基因表达的降低。 | NA | 更好地理解与SARS-CoV-2相关的儿童多系统炎症综合征（MIS-C）及其导致的心肌炎的病理生理机制。 | 56名疑似SARS-CoV-2感染住院儿童的血液细胞。 | NA | 心肌炎 | 单细胞转录组学分析 | NA | 血液细胞 | 56名儿童 |
| 1519 | 2024-08-08 |
Arhgef2 regulates mitotic spindle orientation in hematopoietic stem cells and is essential for productive hematopoiesis
2021-08-24, Blood advances
IF:7.4Q1
DOI:10.1182/bloodadvances.2020002539
PMID:34406376
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研究论文 | 研究探讨了造血干细胞（HSCs）的细胞分裂轴协调及其对干细胞驱动的造血作用的重要性，并发现ARHGEF2在调控HSCs的有丝分裂纺锤体方向中起关键作用。 | 首次揭示了ARHGEF2在调控造血干细胞和祖细胞（HSPCs）的有丝分裂纺锤体方向中的作用，及其对造血功能的重要性。 | 研究主要集中在ARHGEF2的功能缺失对HSPCs的影响，未探讨其在其他细胞类型中的作用。 | 探究造血干细胞的分裂轴协调及其对造血作用的影响。 | 造血干细胞和祖细胞（HSPCs）。 | NA | 骨髓衰竭综合征 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 患者样本 |
| 1520 | 2024-08-08 |
Integrated analysis of glycan and RNA in single cells
2021-Aug-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102882
PMID:34401666
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研究论文 | 本文首次将单细胞测序技术应用于同时分析糖链和RNA，通过scGR-seq方法揭示了细胞异质性和糖链在多细胞系统中的生物学作用 | 首次实现了单细胞水平上糖链和RNA的联合分析 | NA | 探索单细胞水平上糖链和RNA的联合分析方法及其在细胞异质性和生物学功能中的应用 | 人诱导多能干细胞及其分化为神经前体细胞过程中的糖链和RNA | 生物技术 | NA | 单细胞测序 | NA | 糖链和RNA数据 | 人诱导多能干细胞及其分化为神经前体细胞的单细胞样本 |