单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1461 - 1480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1461 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome and cell-specific network analysis reveal the reparative effect of neurotrophin-4 in preantral follicles grown in vitro
2021-Sep-04, Reproductive biology and endocrinology : RB&E
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s12958-021-00818-w
PMID:34481496
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组和细胞特异性网络分析，揭示了神经生长因子-4（NT-4）在体外培养的窦前卵泡中的修复作用 | 首次通过单细胞RNA测序结合细胞特异性网络分析，揭示了NT-4在窦前卵泡体外生长中的修复机制 | NA | 探讨NT-4在窦前卵泡体外生长中的作用及其机制 | 人类和小鼠的窦前卵泡 | NA | NA | 免疫荧光、Western blot、单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人类和小鼠的卵巢组织 |
| 1462 | 2024-08-08 |
Dual expression of Atoh1 and Ikzf2 promotes transformation of adult cochlear supporting cells into outer hair cells
2021-09-03, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.66547
PMID:34477109
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研究论文 | 本研究通过同时诱导两个关键转录因子Atoh1和Ikzf2，成功在体内将成年小鼠耳蜗支持细胞转化为表达Prestin的外毛细胞样细胞 | 本研究首次成功在体内诱导成年小鼠耳蜗支持细胞转化为表达Prestin的外毛细胞样细胞，这一成果较之前的方法有更高级的细胞分化状态 | NA | 探索在体内通过支持细胞转分化再生表达Prestin的外毛细胞，以恢复听觉功能 | 成年小鼠耳蜗支持细胞和外毛细胞 | NA | 听力障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 729个外毛细胞基因和331个支持细胞基因在转分化细胞中上调或下调 |
| 1463 | 2024-08-08 |
Velo-Predictor: an ensemble learning pipeline for RNA velocity prediction
2021-Sep-03, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04330-1
PMID:34479487
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研究论文 | 本文提出了一种名为Velo-Predictor的集成学习流程，用于从单细胞RNA测序数据中预测RNA速度 | 首次将RNA速度预测问题形式化为一个监督学习分类问题，并将细胞状态空间按方向划分为等大小的段作为类别 | RNA速度的精确估计仍然是一个挑战，转录和剪接调控的潜在动力学机制尚未完全清楚 | 开发一种有效的RNA速度预测方法，以帮助理解细胞动态变化 | 单细胞RNA测序数据中的RNA速度预测 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习 | 基因表达数据 | 两个真实数据集 |
| 1464 | 2024-08-08 |
Publisher Correction: Live cell tagging tracking and isolation for spatial transcriptomics using photoactivatable cell dyes
2021-Sep-03, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25672-7
PMID:34480027
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1465 | 2024-08-08 |
Refined transcriptional blueprint of human preimplantation embryos
2021-09-02, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.011
PMID:34478626
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研究论文 | 本文通过时间序列胚胎分期和单细胞测序技术，细化了人类植入前胚胎的转录图谱 | 本文挑战了人类内细胞团的概念，并通过时间序列胚胎分期和单细胞测序技术细化了转录图谱 | NA | 探讨人类植入前胚胎发育过程中谱系特异性精确时间 | 人类植入前胚胎 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 转录图谱 | NA |
| 1466 | 2024-08-08 |
EpiScanpy: integrated single-cell epigenomic analysis
2021-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25131-3
PMID:34471111
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研究论文 | EpiScanpy是一个用于单细胞表观基因组数据分析的工具包，支持单细胞DNA甲基化和单细胞ATAC-seq数据 | EpiScanpy通过构建多个特征空间并使用细胞间的表观基因组距离构建最近邻图，解决了表观基因组数据的特定挑战 | NA | 开发一个集成工具包，用于分析单细胞表观基因组数据，并将其应用于大规模单细胞数据的分析 | 单细胞DNA甲基化和单细胞ATAC-seq数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞DNA甲基化，单细胞ATAC-seq | NA | 表观基因组数据 | 大规模单细胞数据 |
| 1467 | 2024-08-08 |
Aging, inflammation and DNA damage in the somatic testicular niche with idiopathic germ cell aplasia
2021-09-01, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25544-0
PMID:34471128
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，揭示了特发性生殖细胞发育不全男性睾丸中不同体细胞类型的差异表达基因和通路 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了特发性生殖细胞发育不全的分子机制，包括莱迪细胞的不成熟、慢性组织炎症、纤维化和体细胞的衰老表型 | NA | 探讨特发性生殖细胞发育不全的分子机制 | 特发性生殖细胞发育不全男性的睾丸体细胞 | NA | 生殖系统疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1468 | 2024-08-08 |
Machine Learning Approaches on High Throughput NGS Data to Unveil Mechanisms of Function in Biology and Disease
2021 Sep-Oct, Cancer genomics & proteomics
IF:2.6Q3
DOI:10.21873/cgp.20284
PMID:34479914
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综述 | 本文综述了机器学习（ML）和数据挖掘（DM）的基本原理，以及从最先进的组学实验中提取知识的技术 | 介绍了最新的机器学习应用，考虑了基因组学的最新成就，揭示了生物学基本机制，以促进对疾病的理解和治疗 | NA | 旨在为科学界提供对主要新颖机器学习应用的深入调查 | 机器学习方法在高通量NGS数据中的应用，以及其在生物学和疾病中的功能机制 | 机器学习 | NA | NGS | 深度神经网络 | 序列数据 | NA |
| 1469 | 2024-08-08 |
Interleukin-6 actions in the hypothalamus protects against obesity and is involved in the regulation of neurogenesis
2021-Aug-31, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-021-02242-8
PMID:34465367
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研究论文 | 研究白细胞介素-6（IL6）在下丘脑中的作用，探讨其对肥胖的预防和减轻以及神经发生调控的影响 | 首次探索了IL6在下丘脑中的神经发生作用，并证实了其通过调节神经发生相关基因表达来影响肥胖 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果 | 探讨IL6在下丘脑中的作用及其对肥胖和神经发生的调控机制 | 野生型（WT）和IL6敲除（KO）小鼠的下丘脑神经发生 | NA | 肥胖 | 免疫荧光、实时PCR、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 野生型和IL6敲除小鼠 |
| 1470 | 2024-08-08 |
Conifer: clonal tree inference for tumor heterogeneity with single-cell and bulk sequencing data
2021-Aug-30, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04338-7
PMID:34461827
|
研究论文 | 本文提出了一种名为Conifer的新方法，结合单细胞和批量测序数据来更准确地识别肿瘤克隆及其进化关系 | Conifer方法通过结合批量测序数据的聚合变异等位基因频率和单细胞测序数据的分支事件信息，提高了克隆识别和克隆树推断的准确性 | NA | 开发一种准确且稳健的方法来识别肿瘤异质性的克隆及其进化历史 | 肿瘤克隆及其进化关系 | 数字病理学 | NA | 单细胞测序, 批量测序 | NA | 测序数据 | NA |
| 1471 | 2024-08-08 |
Study of cellular heterogeneity and differential dynamics of autophagy in human embryonic kidney development by single-cell RNA sequencing
2021-Aug-30, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-021-02154-w
PMID:34461918
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了人类胚胎肾脏发育过程中细胞异质性和自噬的差异动力学 | 首次揭示了自噬相关基因在人类胚胎肾脏发育过程中的表达变化，并分析了细胞异质性对自噬调控的影响 | 研究主要集中在胚胎肾脏发育的特定阶段，未来研究可以扩展到更多发育阶段和不同类型的细胞 | 探讨自噬在人类胚胎肾脏发育中的作用及其与细胞异质性的关系 | 人类胚胎肾脏细胞及其自噬相关基因 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 36,151个人类肾脏细胞，来自9-18周孕期的胚胎肾脏 |
| 1472 | 2024-08-08 |
Durable tracking anti-SARS-CoV-2 antibodies in cancer patients recovered from COVID-19
2021-08-30, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-96195-w
PMID:34462453
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研究论文 | 本研究追踪了53名来自武汉的癌症患者在感染SARS-CoV-2后抗SARS-CoV-2抗体的持久性 | 发现化疗和放疗可能有助于延长抗SARS-CoV-2 IgG的持续时间 | NA | 探讨癌症患者在COVID-19康复后抗SARS-CoV-2抗体的持久性 | 53名感染SARS-CoV-2的癌症患者 | NA | 癌症 | 单细胞RNA测序 | NA | NA | 53名癌症患者 |
| 1473 | 2024-08-08 |
Profiling Transcription Initiation in Peripheral Leukocytes Reveals Severity-Associated Cis-Regulatory Elements in Critical COVID-19
2021-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2021.08.24.457187
PMID:34462742
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研究论文 | 本文通过分析外周白细胞中活性顺式调控元件，揭示了与COVID-19严重程度相关的转录调控程序 | 首次全面分析了COVID-19患者外周白细胞中的活性顺式调控元件，识别了与疾病严重程度相关的转录因子基序和调控网络 | NA | 研究转录因子及其调控程序在COVID-19免疫反应中的作用及其与疾病结果的关系 | COVID-19患者的严重程度与外周白细胞中的转录调控元件 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | DNA | NA |
| 1474 | 2024-08-08 |
CXCR6 is required for antitumor efficacy of intratumoral CD8+ T cell
2021-08, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-003100
PMID:34462326
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研究论文 | 研究探讨了CXCR6在肿瘤内CD8+ T细胞中的表达及其在抗肿瘤免疫治疗中的作用 | 首次揭示了CXCR6+CD8+ T细胞在肿瘤免疫治疗中的重要作用，并提出CXCR6可能作为免疫治疗的有效生物标志物 | 研究主要基于小鼠模型，需要进一步的人体试验验证 | 准确识别具有高效抗肿瘤效应的细胞毒性T淋巴细胞亚群 | CXCR6在肿瘤内CD8+ T细胞中的表达及其功能 | 免疫学 | 肿瘤 | 单细胞RNA测序、转录组测序数据和多参数流式细胞技术 | NA | RNA | 使用Cxcr6-/-小鼠和骨髓嵌合体进行实验 |
| 1475 | 2024-08-08 |
SCSit: A high-efficiency preprocessing tool for single-cell sequencing data from SPLiT-seq
2021, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2021.08.021
PMID:34471500
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research paper | 本文介绍了一种名为SCSit的高效预处理工具，用于SPLiT-seq单细胞测序数据的预处理和分类 | SCSit工具能够直接识别组合条形码和细胞类型的UMI，获取更多标记读取，并通过精确的插入和删除对齐显著增强保留的数据 | NA | 开发一种高效的预处理工具，用于SPLiT-seq单细胞测序数据的预处理和分类 | SPLiT-seq单细胞测序数据 | digital pathology | NA | SPLiT-seq | NA | single-cell sequencing data | NA |
| 1476 | 2024-08-08 |
Upregulation of THBS1 is Related to Immunity and Chemotherapy Resistance in Gastric Cancer
2021, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S329208
PMID:34475782
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研究论文 | 本文研究了血栓调节蛋白1（THBS1）在胃癌（GC）中的表达及其与免疫浸润和化疗抵抗的关系 | 首次详细探讨了THBS1表达与胃癌中免疫浸润的关系，并分析了其与药物敏感性的关联 | 研究主要基于数据库分析和免疫组化染色，可能缺乏直接的实验验证 | 探讨THBS1在胃癌中的表达及其对预后和化疗抵抗的影响 | 胃癌患者的THBS1表达及其与免疫浸润和药物敏感性的关系 | 数字病理学 | 胃癌 | Oncomine, TIMER, TGCA, GEO, IHC染色, GSEA, ESTIMATE算法, 单细胞转录组分析, TIMER2数据库, CIBERSORT算法, CellMiner数据库 | NA | 基因表达数据 | 未具体说明样本数量 |
| 1477 | 2024-08-08 |
Expression Characteristics and Clinical Correlations of BRD1 in Colorectal Cancer Samples
2021 Jan-Dec, Technology in cancer research & treatment
IF:2.7Q3
DOI:10.1177/15330338211039678
PMID:34482774
|
研究论文 | 本研究探讨了BRD1基因在结直肠癌中的表达特征及其与临床的相关性 | 首次详细研究了BRD1基因在结直肠癌细胞中的表达及其作为治疗靶点的潜力 | 研究样本量有限，且仅基于单细胞转录组测序数据和免疫组化分析 | 探讨BRD1基因在结直肠癌中的表达及其作为生物标志物的潜力 | BRD1基因在结直肠癌中的表达及其临床相关性 | NA | 结直肠癌 | 免疫组化 | NA | 转录组数据 | 临床标本及GSE17536数据集 |
| 1478 | 2024-08-08 |
A Novel Single Cell RNA-seq Analysis of Non-Myeloid Circulating Cells in Late Sepsis
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.696536
PMID:34484194
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术分析了晚期脓毒症患者非髓系循环细胞的转录组特征 | 首次详细分析了晚期脓毒症患者淋巴系来源的白细胞的转录组，并识别了多种循环免疫细胞亚型的独特转录组模式 | 样本量较小，仅包括四名晚期脓毒症患者和五名健康受试者 | 通过单细胞RNA测序技术深入理解晚期脓毒症的病理机制 | 晚期脓毒症患者的非髓系循环细胞 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 四名晚期脓毒症患者和五名健康受试者的外周血单个核细胞 |
| 1479 | 2024-08-08 |
Transcriptome Profiling Reveals B-Lineage Cells Contribute to the Poor Prognosis and Metastasis of Clear Cell Renal Cell Carcinoma
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.731896
PMID:34485161
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和流式细胞术鉴定了透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的B细胞，并发现这些B细胞与ccRCC的不良预后和转移有关 | 首次识别出ccRCC中促进转移的B细胞亚群，并发现这些亚群与特定基因的上调有关，为治疗ccRCC的远处转移提供了新的潜在治疗靶点 | NA | 探索ccRCC中B细胞的作用及其与疾病预后和转移的关系 | 透明细胞肾细胞癌（ccRCC）中的B细胞 | 数字病理学 | 肾细胞癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1480 | 2024-08-08 |
The Application of Single-Cell RNA Sequencing in Mammalian Meiosis Studies
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.673642
PMID:34485276
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在哺乳动物减数分裂研究中的应用 | scRNA-seq技术能够更有效地检测转录变异，特别是识别具有细微差异的细胞类型和阶段 | scRNA-seq技术存在挑战和局限性，如数据分析的复杂性和成本问题 | 探讨scRNA-seq在减数分裂研究中的优势及其在未来的应用前景 | 哺乳动物的减数分裂过程及其分子机制 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | NA |