单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1441 - 1460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1441 | 2024-08-08 |
Differential transcript usage analysis of bulk and single-cell RNA-seq data with DTUrtle
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab629
PMID:34469510
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研究论文 | 本文介绍了R包DTUrtle，用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析 | DTUrtle是首个适用于批量和单细胞RNA-seq数据的DTU分析工作流程，也是首个在单细胞背景下进行'经典'DTU分析的软件包 | NA | 开发和验证用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析工具 | 批量和单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及人类和小鼠的批量和单细胞RNA-seq数据 |
| 1442 | 2024-08-08 |
Ductal Ngn3-expressing progenitors contribute to adult β cell neogenesis in the pancreas
2021-11-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.003
PMID:34478642
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研究论文 | 本研究通过结合谱系追踪、三维成像和单细胞RNA测序技术，证明了胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术证实了Ngn3表达的胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | NA | 探讨胰管细胞在成年β细胞新生中的作用及其在糖尿病中的意义 | 胰管细胞和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及Akita糖尿病小鼠和Ngn3谱系追踪的胰岛细胞 |
| 1443 | 2024-08-08 |
Single-cell omics: Overview, analysis, and application in biomedical science
2021-11, Journal of cellular biochemistry
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/jcb.30134
PMID:34459502
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research paper | 本文综述了单细胞组学技术及其在生物医学科学中的分析和应用 | 单细胞测序方法提供了对细胞异质性的最高分辨率洞察 | NA | 探讨单细胞技术在生物医学科学中的应用，揭示与疾病发病机制和结果相关的机制 | 单细胞方法（基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和多组学）及其分析工具 | 生物医学科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 大量细胞 |
| 1444 | 2024-08-08 |
Single Cell and Plasma RNA Sequencing for RNA Liquid Biopsy for Hepatocellular Carcinoma
2021-11-01, Clinical chemistry
IF:7.1Q1
DOI:10.1093/clinchem/hvab116
PMID:34463757
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和血浆RNA测序，探索了用于肝细胞癌检测的新型非侵入性癌症标记物的开发 | 结合单细胞转录组分析和血浆RNA测序，开发新型非侵入性癌症标记物 | NA | 开发新型非侵入性癌症标记物用于肝细胞癌的检测 | 肝细胞癌（HCC）样本的单细胞转录组和患者血浆RNA | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 14名肝细胞癌患者和49名非肝细胞癌参与者的血浆RNA样本 |
| 1445 | 2024-08-08 |
B-Cell Compartmental Features and Molecular Basis for Therapy in Autoimmune Disease
2021-11, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000001070
PMID:34465614
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研究论文 | 评估神经脊髓炎光谱障碍（NMOSD）患者不同B细胞亚群在不同组织中的分子特征 | 发现NMOSD患者的B细胞在不同组织中表现出不同的炎症和代谢活性，且对I型干扰素高度反应 | NA | 研究NMOSD患者B细胞的分子特征及其在不同组织中的表现 | NMOSD患者的B细胞亚群 | NA | 神经脊髓炎光谱障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 1446 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics of suprachiasmatic nuclei reveal a Prokineticin-driven circadian network
2021-10-18, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108614
PMID:34487375
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了视交叉上核的组织型切片，揭示了由Prokineticin驱动的昼夜节律网络 | 研究首次定义了视交叉上核中神经肽信号轴及其特定的网络拓扑结构，并展示了这些结构在昼夜节律中的时间可塑性 | NA | 旨在阐明视交叉上核中不同细胞群体的拓扑结构及其在网络功能中的特定作用 | 视交叉上核中的细胞及其昼夜节律网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 20,000个时钟细胞 |
| 1447 | 2024-08-08 |
FRMC: a fast and robust method for the imputation of scRNA-seq data
2021-10-15, RNA biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/15476286.2021.1960688
PMID:34459719
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FRMC的新型单细胞RNA测序数据插补软件，采用快速准确的奇异值阈值近似方法 | FRMC软件创新性地采用了快速准确的奇异值阈值近似方法，能够精确区分‘真实零值’与丢失事件，并正确插补由技术噪声引起的缺失值 | NA | 开发一种更快速、稳定且准确的插补方法，以解决单细胞RNA测序数据中高缺失值的问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因-细胞表达矩阵 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1448 | 2024-08-08 |
ADGRG1 enriches for functional human hematopoietic stem cells following ex vivo expansion-induced mitochondrial oxidative stress
2021-10-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI148329
PMID:34464351
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研究论文 | 本研究探讨了体外扩增诱导的线粒体氧化应激条件下，人类造血干细胞（HSCs）和造血祖细胞（HPCs）的异质性 | 首次证明ADGRG1在体外扩增应激下富集功能性人类HSCs，为HSC扩增激动剂的药物筛选提供了可靠靶点 | NA | 研究体外扩增诱导的线粒体氧化应激对人类HSCs和HPCs功能的影响 | 人类造血干细胞（HSCs）和造血祖细胞（HPCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 脐带血（CB）CD34+ HSCs和HPCs |
| 1449 | 2024-08-08 |
Developmental single-cell transcriptomics in the Lytechinus variegatus sea urchin embryo
2021-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198614
PMID:34463740
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合计算方法，研究了海胆胚胎在发育至幼虫阶段的细胞状态转录变化 | 首次使用Waddington-OT计算方法构建了海胆胚胎的发育轨迹，并发现了早期分裂阶段骨骼形成和原始生殖细胞轨迹的分化 | NA | 研究海胆胚胎发育过程中的细胞状态转录变化 | Lytechinus variegatus海胆胚胎 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | Waddington-OT | 转录组数据 | 18个时间点的样本，覆盖海胆胚胎发育的前24小时 |
| 1450 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling reveals distinct immune phenotypes that contribute to ischaemia-reperfusion injury after steatotic liver transplantation
2021-Oct, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13116
PMID:34469018
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了脂肪肝移植后的缺血再灌注损伤中的免疫细胞表型 | 发现了在脂肪肝移植后，库普弗细胞和树突状细胞的特定亚型与缺血再灌注损伤加剧有关 | NA | 探讨脂肪肝移植后缺血再灌注损伤的机制 | 脂肪肝移植后的免疫细胞表型及其在缺血再灌注损伤中的作用 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 23675个细胞 |
| 1451 | 2024-08-08 |
Intra- and intertumoral heterogeneity of liver metastases in a patient with uveal melanoma revealed by single-cell RNA sequencing
2021-10, Cold Spring Harbor molecular case studies
IF:1.8Q3
DOI:10.1101/mcs.a006111
PMID:34470851
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了来自一位转移性葡萄膜黑色素瘤患者的肝脏转移瘤的细胞内和细胞间异质性 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了葡萄膜黑色素瘤肝脏转移瘤的异质性，并发现了染色体3的获得性变化及其对基因表达途径的影响 | 研究仅基于单个病例，结果的普遍性和可重复性有待进一步验证 | 深入理解肿瘤异质性，为癌症患者的临床管理提供依据 | 转移性葡萄膜黑色素瘤患者的肝脏转移瘤 | 数字病理学 | 葡萄膜黑色素瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 两个肝脏转移瘤样本 |
| 1452 | 2024-08-08 |
Meta-analysis of single-cell RNA-seq data reveals phenotypic switching of immune cells in severe COVID-19 patients
2021-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2021.104792
PMID:34478921
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meta-analysis | 本研究通过对公开的单细胞RNA测序数据进行meta分析，揭示了COVID-19重症患者中免疫细胞表型转换的现象 | 首次通过meta分析整合不同来源和技术的单细胞RNA测序数据，揭示了COVID-19重症患者中免疫细胞的表型转换和免疫反应失调 | 研究受限于可用样本数量少以及不同研究中使用的技术和组织类型的差异 | 更好地理解COVID-19中的细胞景观和疾病严重程度 | COVID-19患者的周围血液和肺样本 | digital pathology | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-seq数据 | 包括不同严重程度的COVID-19患者 |
| 1453 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals functionally distinct biomaterial degradation-related macrophage populations
2021-10, Biomaterials
IF:12.8Q1
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了植入生物材料周围不同细胞类型的转录组特征，揭示了与生物材料降解相关的特定巨噬细胞亚群 | 本研究首次在单细胞水平上解析了生物材料降解的细胞和分子基础，并提供了开发功能性组织工程支架的概念框架 | NA | 揭示植入生物材料降解相关的巨噬细胞亚群及其功能 | 生物材料降解相关的巨噬细胞亚群 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | 多种细胞类型 |
| 1454 | 2024-08-08 |
scLINE: A multi-network integration framework based on network embedding for representation of single-cell RNA-seq data
2021-10, Journal of biomedical informatics
IF:4.0Q2
DOI:10.1016/j.jbi.2021.103899
PMID:34481921
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研究论文 | 本文提出了一种名为scLINE的新方法，用于学习单细胞RNA测序数据的低维表示，该方法基于网络嵌入模型，综合考虑多个基因-基因相互作用网络 | scLINE方法通过联合考虑多个基因-基因相互作用网络，有效地整合了先验生物学知识，提高了信号提取的准确性 | NA | 开发一种新的方法来处理和分析单细胞RNA测序数据中的高稀疏性和变异性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 网络嵌入模型 | 基因表达数据 | 八个单细胞数据集 |
| 1455 | 2024-08-08 |
Prrx1b restricts fibrosis and promotes Nrg1-dependent cardiomyocyte proliferation during zebrafish heart regeneration
2021-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198937
PMID:34486669
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研究论文 | 本文研究了斑马鱼心脏再生过程中Prrx1b转录因子的作用，发现Prrx1b限制纤维化并促进Nrg1依赖的心肌细胞增殖，从而实现无瘢痕再生。 | 首次揭示了Prrx1b在斑马鱼心脏无瘢痕再生中的关键作用，通过限制TGFβ配体表达和胶原蛋白产生，促进心肌细胞增殖。 | NA | 探究斑马鱼心脏再生过程中纤维化和无瘢痕再生的机制。 | 斑马鱼心脏再生过程中的Prrx1b转录因子及其对纤维化和心肌细胞增殖的影响。 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1456 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome identifies FCGR3B upregulated subtype of alveolar macrophages in patients with critical COVID-19
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.103030
PMID:34458692
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研究论文 | 本研究利用大规模单细胞转录组学分析了来自危重COVID-19患者的多种组织样本，并与健康对照组进行比较，鉴定出一种由单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞亚型，其相关基因在危重病例的支气管肺泡灌洗液中显著上调 | 本研究首次鉴定出一种特定的单核细胞衍生的肺泡巨噬细胞亚型，可能作为COVID-19的新型生物标志物和潜在治疗靶点 | NA | 揭示疾病机制中的宿主细胞异质性 | 危重COVID-19患者的肺泡巨噬细胞亚型 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 多个来自危重COVID-19患者的组织样本及健康对照组样本 |
| 1457 | 2024-08-08 |
Semicoordinated allelic-bursting shape dynamic random monoallelic expression in pregastrulation embryos
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102954
PMID:34458702
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研究论文 | 本研究探讨了预原肠胚阶段胚胎中动态随机单等位基因表达（aRME）的普遍性和起源 | 首次展示了等位基因爆发并非完全独立，而是以半协调的方式发生，这种半协调的等位基因爆发特别是低爆发频率的基因，导致频繁的异步等位基因爆发，从而促进动态aRME | NA | 研究动态aRME在预原肠胚阶段的普遍性和起源，并探讨其在早期发育中的相关性 | 预原肠胚阶段胚胎中的动态随机单等位基因表达 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 不同谱系的预原肠胚阶段胚胎细胞 |
| 1458 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptome analysis of diffuse large B cells in cerebrospinal fluid of central nervous system lymphoma
2021-Sep-24, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2021.102972
PMID:34471864
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研究论文 | 研究通过Smart-seq2单细胞RNA测序技术分析了六名中枢神经系统大B细胞淋巴瘤患者的脑脊液中大B细胞的转录组，以探索这些细胞的表型状态 | 研究发现了脑脊液中大B细胞的内在异质性，主要表现在细胞周期状态、癌睾丸抗原表达和基于单细胞生发中心B细胞特征的分类，以及16个上调基因可能与中枢神经系统大B细胞淋巴瘤向软脑膜的归巢效应有关 | NA | 探索中枢神经系统淋巴瘤软脑膜侵犯的诊断和治疗潜力 | 脑脊液中的弥漫性大B细胞 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | Smart-seq2单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过一千个脑脊液中大B细胞样本，来自六名患者 |
| 1459 | 2024-08-08 |
Annotating cell types in human single-cell RNA-seq data with CellO
2021-09-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.100705
PMID:34458864
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研究论文 | 本文介绍了一种基于机器学习的工具CellO，用于使用细胞本体论对人类单细胞RNA测序数据中的细胞类型进行注释 | CellO利用细胞本体论这一丰富的已知细胞类型层次结构进行细胞类型注释 | NA | 提供一种使用CellO Python包注释人类细胞的方法 | 人类单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | 机器学习模型 | RNA测序数据 | 肺组织数据集 |
| 1460 | 2024-08-08 |
Diversity of developing peripheral glia revealed by single-cell RNA sequencing
2021-09-13, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2021.08.005
PMID:34469751
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了体感背根神经节和听觉螺旋神经节的发育和成熟胶质细胞的多样性 | 发现了胶质前体细胞在体感和听觉系统中的转录组差异，并确定了胶质细胞的特征基因集 | NA | 揭示外周胶质细胞的分子特性和多样性 | 体感背根神经节和听觉螺旋神经节的胶质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个体感背根神经节和听觉螺旋神经节的胶质细胞样本 |