单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1441 - 1460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1441 | 2024-08-08 |
LR Hunting: A Random Forest Based Cell-Cell Interaction Discovery Method for Single-Cell Gene Expression Data
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.708835
PMID:34497635
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研究论文 | 本文提出了一种基于随机森林的细胞间相互作用发现方法LR Hunting，用于单细胞基因表达数据 | LR Hunting方法首先使用随机森林数据插补技术连接不同细胞类型的数据，并通过多次计算生成聚合的插补最小深度指数，以识别所有LR配对组合中的显著相互作用 | NA | 解析细胞间相互作用和细胞间通讯 | 单细胞RNA测序数据中的配体-受体基因相互作用 | 生物信息学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | 随机森林 | 基因表达数据 | 使用小鼠细胞转录组和表位测序数据集以及三阴性乳腺癌单细胞RNA测序数据集进行验证 |
| 1442 | 2024-08-08 |
Ribosome Proteins Represented by RPL27A Mark the Development and Metastasis of Triple-Negative Breast Cancer in Mouse and Human
2021, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2021.716730
PMID:34497807
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞RNA测序数据，分析了正常小鼠乳腺组织和乳腺癌组织的基因表达模式，发现RPL27A和RPL15基因在三阴性乳腺癌细胞中显著上调，并探讨了其在乳腺癌发展和转移中的作用。 | 首次揭示了RPL27A和RPL15基因在三阴性乳腺癌中的关键作用，并提出了这些基因作为潜在治疗靶点的可能性。 | 研究主要基于小鼠和人类样本的单细胞RNA测序数据，可能需要进一步的临床试验验证这些发现。 | 探索三阴性乳腺癌的新诊断和治疗靶点。 | 三阴性乳腺癌的发展和转移机制。 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 四组正常小鼠乳腺组织和四组小鼠乳腺癌组织，以及人类原发性和转移性三阴性乳腺癌组织 |
| 1443 | 2024-08-08 |
The Role of Hemoglobin Subunit Delta in the Immunopathy of Multiple Sclerosis: Mitochondria Matters
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.709173
PMID:34504491
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研究论文 | 本文通过微阵列分析、单细胞测序分析和体外研究，探讨了线粒体应激在多发性硬化症患者外周血单个核细胞中的作用，特别是血红蛋白δ亚基（HBD）的表达及其在免疫调节治疗中的变化。 | 首次详细研究了HBD在多发性硬化症中的表达及其在免疫调节治疗中的调控作用，揭示了HBD在氧化应激中的细胞保护作用。 | 需要进一步研究以阐明HBD在多发性硬化症患者氧化应激中的分子机制。 | 探讨线粒体应激在多发性硬化症发病机制中的作用，特别是血红蛋白δ亚基（HBD）的表达及其调控。 | 多发性硬化症患者的外周血单个核细胞（PBMCs）。 | NA | 多发性硬化症 | 微阵列分析、单细胞测序分析 | NA | 基因表达数据 | 包括健康捐赠者、未治疗的多发性硬化症患者以及接受不同免疫调节治疗的多发性硬化症患者的外周血单个核细胞。 |
| 1444 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Migration of Osteoclasts in Giant Cell Tumor of Bone
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.715552
PMID:34504794
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术揭示了骨巨细胞瘤中破骨细胞的迁移情况 | 首次通过单细胞转录组分析揭示了骨巨细胞瘤中破骨细胞迁移的相关基因和信号通路 | 研究仅基于一名患者的样本，可能存在样本量不足的问题 | 深入理解骨巨细胞瘤的肿瘤微环境，特别是破骨细胞的迁移机制 | 骨巨细胞瘤中的破骨细胞迁移 | 数字病理学 | 骨肿瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 一名骨巨细胞瘤患者的8,033个细胞 |
| 1445 | 2024-08-08 |
Editorial: Integrative Analysis of Genome-Wide Association Studies and Single-Cell Sequencing Studies
2021, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2021.752057
PMID:34512737
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1446 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling of infiltrating B cells and tertiary lymphoid structures in the TME of gastric adenocarcinomas
2021, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2021.1969767
PMID:34513317
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序、10× Genomics V(D)J分析、多重免疫荧光技术和OSCmap分析，对胃腺癌（gADC）肿瘤微环境（TME）中的免疫细胞进行了综合分析 | 首次在gADC组织中发现大量黏膜相关淋巴组织（MALT）-B细胞，并发现这些细胞具有成熟的淋巴结构（mTLSs），且在mTLSs中的免疫细胞类型和密度均高于正常淋巴结构 | NA | 旨在表征胃腺癌肿瘤微环境中免疫细胞的谱系 | 胃腺癌肿瘤微环境中的免疫细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA测序, 10× Genomics V(D)J分析, 多重免疫荧光技术, OSCmap分析 | NA | 单细胞转录组数据 | 49,765个单细胞，来自4名胃腺癌患者 |
| 1447 | 2024-08-08 |
Integrative Analysis Identified MCT4 as an Independent Prognostic Factor for Bladder Cancer
2021, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2021.704857
PMID:34513685
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研究论文 | 本文通过综合分析确定了MCT4作为膀胱癌独立预后因子的地位 | 首次研究了MCT4表达与膀胱癌患者总体生存率之间的关联，并构建了基于多变量Cox分析的列线图 | 研究样本量相对较小，可能需要更大规模的研究来验证结果 | 研究MCT4表达与膀胱癌患者总体生存率之间的关系 | 膀胱癌患者及MCT4表达 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序, 免疫组织化学染色 | Cox回归模型 | mRNA表达数据, 蛋白质表达数据 | 49,869个膀胱癌细胞和15,827个正常膀胱黏膜细胞，以及89名接受根治性膀胱切除术的膀胱癌患者 |
| 1448 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing reveals the epithelial cell heterogeneity and invasive subpopulation in human bladder cancer
2021-12-15, International journal of cancer
IF:5.7Q1
DOI:10.1002/ijc.33794
PMID:34480339
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研究论文 | 本研究利用基于液滴的单细胞RNA测序技术，分析了来自七名膀胱癌患者的36,619个单细胞的转录组，揭示了膀胱癌中上皮细胞的异质性和侵袭性亚群 | 首次详细分析了膀胱肿瘤细胞的侵袭性和细胞间交流，特别是在T1和T3肿瘤中发现了与癌症干细胞标记物高表达相关的特征 | NA | 深入了解与膀胱癌进展相关的肿瘤细胞异质性 | 膀胱癌中的上皮细胞异质性和侵袭性亚群 | 数字病理学 | 膀胱癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 36,619个单细胞来自七名患者 |
| 1449 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA-seq reveals invasive trajectory and determines cancer stem cell-related prognostic genes in pancreatic cancer
2021-12, Bioengineered
IF:4.2Q2
DOI:10.1080/21655979.2021.1962484
PMID:34474642
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本和对照胰腺组织，揭示了癌症干细胞（CSC）样导管细胞向具有侵袭潜力的导管细胞的转化过程，并筛选出CSC相关基因（CRGs） | 首次利用单细胞RNA测序技术揭示了胰腺癌中导管细胞的侵袭轨迹，并构建了基于CRGs的风险预测模型 | NA | 揭示胰腺癌中癌症干细胞的侵袭轨迹并确定相关的预后基因 | 胰腺导管腺癌（PDAC）肿瘤样本和对照胰腺组织 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO和Cox回归模型 | 基因表达数据 | 使用了来自癌症基因组图谱（Cancer Genome Atlas）和基因表达综合（Gene Expression Omnibus）数据库的数据集 |
| 1450 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis of mouse follicular somatic cells†
2021-11-15, Biology of reproduction
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/biolre/ioab163
PMID:34467391
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了从小鼠次级到排卵阶段卵泡中的体细胞，揭示了细胞分化和信号传导机制 | 发现了6883个高变异基因，并将卵泡体细胞聚类为26个细胞群，包括18个颗粒细胞群和4个内分泌细胞群等 | NA | 系统揭示卵泡体细胞中的细胞分化和信号传导 | 小鼠卵泡体细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 4888个单细胞 |
| 1451 | 2024-08-08 |
Differential transcript usage analysis of bulk and single-cell RNA-seq data with DTUrtle
2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab629
PMID:34469510
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研究论文 | 本文介绍了R包DTUrtle，用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析 | DTUrtle是首个适用于批量和单细胞RNA-seq数据的DTU分析工作流程，也是首个在单细胞背景下进行'经典'DTU分析的软件包 | NA | 开发和验证用于批量和单细胞RNA-seq数据的差异转录本使用分析工具 | 批量和单细胞RNA-seq数据 | 生物信息学 | NA | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 涉及人类和小鼠的批量和单细胞RNA-seq数据 |
| 1452 | 2024-08-08 |
Ductal Ngn3-expressing progenitors contribute to adult β cell neogenesis in the pancreas
2021-11-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2021.08.003
PMID:34478642
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研究论文 | 本研究通过结合谱系追踪、三维成像和单细胞RNA测序技术，证明了胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | 首次通过谱系追踪和单细胞RNA测序技术证实了Ngn3表达的胰管细胞在成年β细胞新生中的作用 | NA | 探讨胰管细胞在成年β细胞新生中的作用及其在糖尿病中的意义 | 胰管细胞和β细胞 | NA | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及Akita糖尿病小鼠和Ngn3谱系追踪的胰岛细胞 |
| 1453 | 2024-08-08 |
Single-cell omics: Overview, analysis, and application in biomedical science
2021-11, Journal of cellular biochemistry
IF:3.0Q3
DOI:10.1002/jcb.30134
PMID:34459502
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research paper | 本文综述了单细胞组学技术及其在生物医学科学中的分析和应用 | 单细胞测序方法提供了对细胞异质性的最高分辨率洞察 | NA | 探讨单细胞技术在生物医学科学中的应用，揭示与疾病发病机制和结果相关的机制 | 单细胞方法（基因组学、转录组学、表观基因组学、蛋白质组学和多组学）及其分析工具 | 生物医学科学 | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 大量细胞 |
| 1454 | 2024-08-08 |
Single Cell and Plasma RNA Sequencing for RNA Liquid Biopsy for Hepatocellular Carcinoma
2021-11-01, Clinical chemistry
IF:7.1Q1
DOI:10.1093/clinchem/hvab116
PMID:34463757
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和血浆RNA测序，探索了用于肝细胞癌检测的新型非侵入性癌症标记物的开发 | 结合单细胞转录组分析和血浆RNA测序，开发新型非侵入性癌症标记物 | NA | 开发新型非侵入性癌症标记物用于肝细胞癌的检测 | 肝细胞癌（HCC）样本的单细胞转录组和患者血浆RNA | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 14名肝细胞癌患者和49名非肝细胞癌参与者的血浆RNA样本 |
| 1455 | 2024-08-08 |
B-Cell Compartmental Features and Molecular Basis for Therapy in Autoimmune Disease
2021-11, Neurology(R) neuroimmunology & neuroinflammation
DOI:10.1212/NXI.0000000000001070
PMID:34465614
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研究论文 | 评估神经脊髓炎光谱障碍（NMOSD）患者不同B细胞亚群在不同组织中的分子特征 | 发现NMOSD患者的B细胞在不同组织中表现出不同的炎症和代谢活性，且对I型干扰素高度反应 | NA | 研究NMOSD患者B细胞的分子特征及其在不同组织中的表现 | NMOSD患者的B细胞亚群 | NA | 神经脊髓炎光谱障碍 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 1456 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomics of suprachiasmatic nuclei reveal a Prokineticin-driven circadian network
2021-10-18, The EMBO journal
DOI:10.15252/embj.2021108614
PMID:34487375
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了视交叉上核的组织型切片，揭示了由Prokineticin驱动的昼夜节律网络 | 研究首次定义了视交叉上核中神经肽信号轴及其特定的网络拓扑结构，并展示了这些结构在昼夜节律中的时间可塑性 | NA | 旨在阐明视交叉上核中不同细胞群体的拓扑结构及其在网络功能中的特定作用 | 视交叉上核中的细胞及其昼夜节律网络 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 20,000个时钟细胞 |
| 1457 | 2024-08-08 |
FRMC: a fast and robust method for the imputation of scRNA-seq data
2021-10-15, RNA biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1080/15476286.2021.1960688
PMID:34459719
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研究论文 | 本文介绍了一种名为FRMC的新型单细胞RNA测序数据插补软件，采用快速准确的奇异值阈值近似方法 | FRMC软件创新性地采用了快速准确的奇异值阈值近似方法，能够精确区分‘真实零值’与丢失事件，并正确插补由技术噪声引起的缺失值 | NA | 开发一种更快速、稳定且准确的插补方法，以解决单细胞RNA测序数据中高缺失值的问题 | 单细胞RNA测序数据中的基因-细胞表达矩阵 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1458 | 2024-08-08 |
ADGRG1 enriches for functional human hematopoietic stem cells following ex vivo expansion-induced mitochondrial oxidative stress
2021-10-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI148329
PMID:34464351
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研究论文 | 本研究探讨了体外扩增诱导的线粒体氧化应激条件下，人类造血干细胞（HSCs）和造血祖细胞（HPCs）的异质性 | 首次证明ADGRG1在体外扩增应激下富集功能性人类HSCs，为HSC扩增激动剂的药物筛选提供了可靠靶点 | NA | 研究体外扩增诱导的线粒体氧化应激对人类HSCs和HPCs功能的影响 | 人类造血干细胞（HSCs）和造血祖细胞（HPCs） | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 脐带血（CB）CD34+ HSCs和HPCs |
| 1459 | 2024-08-08 |
Developmental single-cell transcriptomics in the Lytechinus variegatus sea urchin embryo
2021-10-01, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198614
PMID:34463740
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）结合计算方法，研究了海胆胚胎在发育至幼虫阶段的细胞状态转录变化 | 首次使用Waddington-OT计算方法构建了海胆胚胎的发育轨迹，并发现了早期分裂阶段骨骼形成和原始生殖细胞轨迹的分化 | NA | 研究海胆胚胎发育过程中的细胞状态转录变化 | Lytechinus variegatus海胆胚胎 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | Waddington-OT | 转录组数据 | 18个时间点的样本，覆盖海胆胚胎发育的前24小时 |
| 1460 | 2024-08-08 |
Single-cell profiling reveals distinct immune phenotypes that contribute to ischaemia-reperfusion injury after steatotic liver transplantation
2021-Oct, Cell proliferation
IF:5.9Q2
DOI:10.1111/cpr.13116
PMID:34469018
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析了脂肪肝移植后的缺血再灌注损伤中的免疫细胞表型 | 发现了在脂肪肝移植后，库普弗细胞和树突状细胞的特定亚型与缺血再灌注损伤加剧有关 | NA | 探讨脂肪肝移植后缺血再灌注损伤的机制 | 脂肪肝移植后的免疫细胞表型及其在缺血再灌注损伤中的作用 | 数字病理学 | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 23675个细胞 |