单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1401 - 1420 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1401 | 2024-08-08 |
β-Agonist exposure preferentially impacts lung macrophage cyclic AMP-related gene expression in asthma and asthma COPD overlap syndrome
2021-11-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00260.2021
PMID:34494468
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研究论文 | 研究探讨了β-激动剂暴露对哮喘和哮喘-COPD重叠综合征中肺泡巨噬细胞cAMP相关基因表达的影响 | 通过单细胞RNA测序和大量RNA测序，验证了β-激动剂暴露后肺泡巨噬细胞中cAMP相关基因表达的抑制，并发现这种抑制在肺泡巨噬细胞中最为显著 | 研究主要集中在肺泡巨噬细胞，未全面探讨其他细胞类型对β-激动剂暴露的反应 | 验证β-激动剂暴露对哮喘和哮喘-COPD重叠综合征中肺泡巨噬细胞cAMP相关基因表达的影响 | 哮喘和哮喘-COPD重叠综合征患者的肺泡巨噬细胞 | 数字病理学 | 哮喘, COPD | 单细胞RNA测序, 大量RNA测序 | NA | RNA | 包括来自严重哮喘研究计划(SARP)患者的肺泡灌洗样本、THP-1细胞培养样本、健康和疾病肺组织样本等 |
| 1402 | 2024-08-08 |
EnTSSR: A Weighted Ensemble Learning Method to Impute Single-Cell RNA Sequencing Data
2021 Nov-Dec, IEEE/ACM transactions on computational biology and bioinformatics
DOI:10.1109/TCBB.2021.3110850
PMID:34495837
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研究论文 | 本文提出了一种名为EnTSSR的新型加权集成学习方法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失值 | 通过多视角双侧稀疏自表示框架，利用不同填补方法的共识相似性，并引入加权集成策略有效整合信息 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据分析的准确性 | 单细胞RNA测序数据中的缺失值填补 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成学习方法 | RNA测序数据 | NA |
| 1403 | 2024-08-08 |
Disease pathology in fibrotic interstitial lung disease: is it all about usual interstitial pneumonia?
2021-10-16, Lancet (London, England)
DOI:10.1016/S0140-6736(21)01961-9
PMID:34499865
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综述 | 本文综述了间质性肺疾病中的纤维化病理及其与进行性纤维化表型的关系 | 探讨了免疫组化和单细胞RNA测序等技术在间质性肺疾病病理分类中的应用 | NA | 探讨间质性肺疾病的病理特征及其与进行性纤维化的关系 | 间质性肺疾病的病理特征和进行性纤维化 | 数字病理学 | 间质性肺疾病 | 免疫组化, 单细胞RNA测序 | NA | 组织样本 | NA |
| 1404 | 2024-08-08 |
Self-Renewing Islet TCF1+ CD8 T Cells Undergo IL-27-Controlled Differentiation to Become TCF1- Terminal Effectors during the Progression of Type 1 Diabetes
2021-10-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100362
PMID:34507949
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了NOD小鼠胰岛中浸润的CD8 T细胞的表型复杂性，并揭示了在1型糖尿病进展过程中，胰岛TCF1+ CD8 T细胞通过IL-27信号调控分化为TCF1-终末效应细胞的机制。 | 首次揭示了胰岛TCF1+ CD8 T细胞具有自我更新能力，并通过IL-27信号调控分化为终末效应细胞，为1型糖尿病的发病机制提供了新的见解。 | NA | 探究1型糖尿病进展过程中胰岛CD8 T细胞的维持机制。 | NOD小鼠胰岛中的CD8 T细胞。 | NA | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 1405 | 2024-08-08 |
Single-genome sequencing reveals within-host evolution of human malaria parasites
2021-10-13, Cell host & microbe
IF:20.6Q1
DOI:10.1016/j.chom.2021.08.009
PMID:34492224
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术，对低寄生虫血症感染的11名患者进行了406个接近完整的单个恶性疟原虫基因组的测序，揭示了疟原虫在宿主体内的进化过程 | 首次使用单细胞测序技术研究低寄生虫血症感染患者的疟原虫基因组，揭示了疟原虫在宿主体内的进化和选择压力 | NA | 探究疟原虫在宿主体内的进化过程及其对基因和通路水平的影响 | 恶性疟原虫和间日疟原虫的单细胞基因组 | 基因组学 | 疟疾 | 单细胞测序 | NA | 基因组数据 | 11名患者中的406个恶性疟原虫基因组和15名患者中的315个间日疟原虫基因组 |
| 1406 | 2024-08-08 |
Single-cell heterogeneity analysis and CRISPR screens in MIN6 cell line reveal transcriptional regulators of insulin
2021-10, Cell cycle (Georgetown, Tex.)
DOI:10.1080/15384101.2021.1969204
PMID:34494921
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研究论文 | 本文通过在MIN6细胞系中结合单细胞RNA测序和CRISPR筛选，研究了胰岛素转录调控因子 | 本研究首次在MIN6细胞系中发现了与胰岛素转录相关的未特征化长非编码RNA GM26917，并揭示了复杂的内部网络 | NA | 探索糖尿病相关胰岛素调控因子的转录机制 | MIN6细胞系中的胰岛素转录调控因子 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), CRISPR筛选 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1407 | 2024-08-08 |
UICPC: Centrality-based clustering for scRNA-seq data analysis without user input
2021-10, Computers in biology and medicine
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.compbiomed.2021.104820
PMID:34508973
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研究论文 | 本文提出了一种基于中心性的聚类方法UICPC，用于无需用户输入的scRNA-seq数据分析，并通过与9种最先进的聚类方法在11个真实世界scRNA-seq数据集上的比较，展示了其有效性和实用性 | UICPC方法无需用户输入，且在NMI、Purity和ARI等方面表现出优异的性能 | UICPC方法需要设置阈值，这些阈值在广泛实验后进行基准测试 | 开发一种无需用户输入的scRNA-seq数据分析聚类方法 | scRNA-seq数据集中的细胞分组 | 生物信息学 | NA | scRNA-seq | 聚类方法 | scRNA-seq数据 | 11个真实世界的scRNA-seq数据集 |
| 1408 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing analysis to characterize cells and gene expression landscapes in atrial septal defect
2021-10, Journal of cellular and molecular medicine
IF:4.3Q2
DOI:10.1111/jcmm.16914
PMID:34514716
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研究论文 | 本研究旨在通过单细胞RNA测序技术分析房间隔缺损（ASD）患者的细胞类型和基因表达谱 | 使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上研究感兴趣的细胞亚群中的差异表达基因（DEG） | NA | 研究房间隔缺损（ASD）患者的细胞类型和基因表达谱 | 房间隔缺损（ASD）患者的细胞和基因表达 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达矩阵 | 18,411个基因在6487个细胞中 |
| 1409 | 2024-08-08 |
Current approaches to fate mapping and lineage tracing using image data
2021-09-15, Development (Cambridge, England)
DOI:10.1242/dev.198994
PMID:34498046
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综述 | 本文综述了利用图像数据进行命运图谱和谱系追踪的当前方法 | 结合了光显微镜、标记策略和计算方法分析复杂图像数据的新进展，以及基因组学和单细胞转录组学的强大进步 | NA | 探讨在活体成像数据中进行谱系追踪的不同策略和应用，并概述可应用于各种细胞追踪挑战的软件方法 | 胚胎发育中的细胞谱系 | 计算机视觉 | NA | 光显微镜、单细胞转录组学 | NA | 图像 | NA |
| 1410 | 2024-08-08 |
Single-cell exome sequencing reveals multiple subclones in metastatic colorectal carcinoma
2021-09-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-021-00962-3
PMID:34507604
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研究论文 | 本研究通过分析7名结直肠癌（CRC）患者的原发性和转移性肿瘤的批量和单细胞外显子测序数据，揭示了转移性CRC的进化模式 | 单细胞外显子测序（scWES）数据揭示了批量外显子测序（WES）未能检测到的罕见突变，并定义了两种不同的细胞群体，表明原发性和转移性肿瘤细胞之间存在多样的进化轨迹 | NA | 研究结直肠癌的转移机制及其进化模式 | 结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤细胞 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞外显子测序（scWES） | NA | 基因组数据 | 7名结直肠癌患者，其中4名进行了单细胞测序 |
| 1411 | 2024-08-08 |
Smoking shifts human small airway epithelium club cells toward a lesser differentiated population
2021-Sep-08, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-021-00237-1
PMID:34497273
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序研究了健康非吸烟者和吸烟者的小气道上皮细胞（SAE）中的杯状细胞亚群 | 揭示了吸烟如何影响人类小气道上皮细胞中杯状细胞的分化，并发现了三种不同的杯状细胞亚群 | NA | 探究吸烟对人类小气道上皮细胞中杯状细胞分化和功能的影响 | 健康非吸烟者和吸烟者的小气道上皮细胞中的杯状细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 健康非吸烟者和吸烟者的小气道上皮细胞样本 |
| 1412 | 2024-08-08 |
scRNA-seq of human vitiligo reveals complex networks of subclinical immune activation and a role for CCR5 in Treg function
2021-Sep-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abd8995
PMID:34516831
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序技术研究了白癜风患者的受影响和未受影响皮肤以及健康对照的皮肤，以确定每种细胞类型在疾病进展中协调自身免疫的作用 | 发现了CCR5在调节T细胞功能中的新作用，并揭示了CCL5-CCR5信号通路在效应CD8 T细胞和调节T细胞之间的化学信号环路 | NA | 探究白癜风的发病机制并发现潜在的治疗干预机会 | 白癜风患者的皮肤细胞 | 数字病理学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 白癜风患者和健康对照的皮肤样本 |
| 1413 | 2024-08-08 |
Adipocyte heterogeneity revealed by spatial transcriptomics of human adipose tissue: Painting and more
2021-09-07, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2021.08.011
PMID:34496228
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研究论文 | 本文利用空间转录组学技术揭示了人类脂肪组织中脂肪细胞的异质性 | 首次通过空间转录组学技术展示了人类脂肪组织的结构，并识别出具有特定代谢特征的不同脂肪细胞亚群 | NA | 探索人类脂肪组织中脂肪细胞的异质性及其代谢特征 | 人类脂肪组织中的脂肪细胞及其亚群 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 1414 | 2024-08-08 |
SCN2A contributes to oligodendroglia excitability and development in the mammalian brain
2021-09-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109653
PMID:34496232
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学与全细胞膜片钳记录相结合的方法，探讨了哺乳动物大脑中表达电压激活钠通道和钾通道的未成熟少突胶质细胞（称为放电少突胶质细胞）的分子特征 | 首次揭示了SCN2A在放电少突胶质细胞中的特异性表达，并阐明了其在少突胶质细胞放电和发育中的关键作用 | NA | 研究SCN2A在哺乳动物大脑中少突胶质细胞兴奋性和发育中的作用 | 少突胶质细胞及其前体细胞的分子特征和发育过程 | 神经科学 | NA | 单细胞转录组学，全细胞膜片钳记录 | NA | 转录组数据，电生理数据 | 小鼠和橄榄狒狒的脑干和 cerebellum 中的少突胶质细胞 |
| 1415 | 2024-08-08 |
Tumor-initiating stem cell shapes its microenvironment into an immunosuppressive barrier and pro-tumorigenic niche
2021-09-07, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2021.109674
PMID:34496236
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研究论文 | 研究肿瘤起始干细胞（TSCs）与其微环境（TME）之间的相互调控关系，并探讨了化疗放疗（CRT）对肠道腺瘤的影响 | 发现了TSCs与TME之间的双向交流，并揭示了TSCs如何塑造TME以促进免疫抑制和肿瘤生长 | NA | 探讨肿瘤起始干细胞与肿瘤微环境之间的相互作用 | 肿瘤起始干细胞（TSCs）和肿瘤微环境（TME） | 数字病理学 | 肠道腺瘤 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 1416 | 2024-08-08 |
APOΕ4 lowers energy expenditure in females and impairs glucose oxidation by increasing flux through aerobic glycolysis
2021-09-06, Molecular neurodegeneration
IF:14.9Q1
DOI:10.1186/s13024-021-00483-y
PMID:34488832
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研究论文 | 本研究通过结合单细胞RNA测序和稳定同位素解析代谢组学，探讨了APOE4在表达该基因的星形胶质细胞、脑组织、小鼠和人类中的代谢重编程机制。 | 首次揭示了APOE4在年轻女性中降低能量消耗并损害葡萄糖氧化的机制，表现为增加有氧糖酵解的通量。 | 研究主要集中在年轻女性和APOE4表达的小鼠模型上，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于其他年龄和性别的人群。 | 探讨APOE4对大脑葡萄糖代谢的影响及其潜在机制。 | 星形胶质细胞、脑组织、小鼠和人类。 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNAseq）、稳定同位素解析代谢组学（SIRM） | NA | RNA、代谢物 | 包括表达APOE4的小鼠和人类的年轻及中年参与者。 |
| 1417 | 2024-08-08 |
Analytic Pearson residuals for normalization of single-cell RNA-seq UMI data
2021-09-06, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02451-7
PMID:34488842
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研究论文 | 本文探讨了两种用于单细胞RNA-seq UMI数据归一化的统计计数模型之间的理论和实证联系，并比较了它们对下游处理的影响 | 提出了一个简化的分析解决方案，并发现Hafemeister和Satija模型的过度指定导致参数估计噪声较大，而更简约的模型与Townes等人的模型等价 | 文章中未明确提及具体的局限性 | 研究不同归一化方法在单细胞RNA-seq数据处理中的效果 | 单细胞RNA-seq UMI数据的归一化方法 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 广义线性模型（GLM） | UMI数据 | 未具体提及样本数量 |
| 1418 | 2024-08-08 |
Learning interpretable cellular and gene signature embeddings from single-cell transcriptomic data
2021-09-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25534-2
PMID:34489404
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研究论文 | 本文介绍了单细胞嵌入主题模型（scETM），用于从单细胞转录组数据中学习可解释的细胞和基因特征嵌入 | scETM利用可转移的神经网络编码器和通过矩阵三因子分解的可解释线性解码器，同时学习编码网络以推断细胞类型混合以及一组高度可解释的基因嵌入、主题嵌入和批次效应线性截距 | NA | 解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据大规模整合分析中的批次效应和现有计算方法的局限性 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 神经网络 | 转录组数据 | 超过10万个细胞 |
| 1419 | 2024-08-08 |
Brown adipose tissue monocytes support tissue expansion
2021-09-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25616-1
PMID:34489438
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研究论文 | 本研究聚焦于单核细胞在棕色脂肪组织（BAT）重塑过程中的特征及其对BAT功能的影响 | 通过单细胞RNA测序分析揭示了BAT免疫细胞中丰富的单核细胞和巨噬细胞多样性，并发现BAT巨噬细胞池需要单核细胞的不断补充 | NA | 探究单核细胞在棕色脂肪组织重塑中的作用 | 棕色脂肪组织中的单核细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 未具体说明样本数量 |
| 1420 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis of bloodstream Trypanosoma brucei reconstructs cell cycle progression and developmental quorum sensing
2021-09-06, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-25607-2
PMID:34489460
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组学技术分析了血液中的布氏锥虫，重建了细胞周期进程和发育群体感应 | 本研究首次使用单细胞转录组学技术（scRNA-seq）分析了布氏锥虫从复制型'纤细'到可传播型'粗短'的渐进发育过程，并详细描述了生物事件的相对顺序、动态基因表达模式及潜在调控因子 | NA | 研究布氏锥虫的生命周期中从复制型到非复制型的转变过程 | 布氏锥虫的细胞周期和发育过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学（scRNA-seq） | NA | 转录组 | 8,599个寄生虫样本 |