单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1401	2024-08-08	Single-cell heterogeneity analysis and CRISPR screens in MIN6 cell line reveal transcriptional regulators of insulin 2021-10, Cell cycle (Georgetown, Tex.) DOI:10.1080/15384101.2021.1969204 PMID:34494921	研究论文	本文通过在MIN6细胞系中结合单细胞RNA测序和CRISPR筛选，研究了胰岛素转录调控因子	本研究首次在MIN6细胞系中发现了与胰岛素转录相关的未特征化长非编码RNA GM26917，并揭示了复杂的内部网络	NA	探索糖尿病相关胰岛素调控因子的转录机制	MIN6细胞系中的胰岛素转录调控因子	数字病理学	糖尿病	单细胞RNA测序 (scRNA-seq), CRISPR筛选	NA	转录组数据	NA
1402	2024-08-08	UICPC: Centrality-based clustering for scRNA-seq data analysis without user input 2021-10, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2021.104820 PMID:34508973	研究论文	本文提出了一种基于中心性的聚类方法UICPC，用于无需用户输入的scRNA-seq数据分析，并通过与9种最先进的聚类方法在11个真实世界scRNA-seq数据集上的比较，展示了其有效性和实用性	UICPC方法无需用户输入，且在NMI、Purity和ARI等方面表现出优异的性能	UICPC方法需要设置阈值，这些阈值在广泛实验后进行基准测试	开发一种无需用户输入的scRNA-seq数据分析聚类方法	scRNA-seq数据集中的细胞分组	生物信息学	NA	scRNA-seq	聚类方法	scRNA-seq数据	11个真实世界的scRNA-seq数据集
1403	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing analysis to characterize cells and gene expression landscapes in atrial septal defect 2021-10, Journal of cellular and molecular medicine IF:4.3Q2 DOI:10.1111/jcmm.16914 PMID:34514716	研究论文	本研究旨在通过单细胞RNA测序技术分析房间隔缺损（ASD）患者的细胞类型和基因表达谱	使用单细胞RNA测序技术在单细胞水平上研究感兴趣的细胞亚群中的差异表达基因（DEG）	NA	研究房间隔缺损（ASD）患者的细胞类型和基因表达谱	房间隔缺损（ASD）患者的细胞和基因表达	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达矩阵	18,411个基因在6487个细胞中
1404	2024-08-08	Current approaches to fate mapping and lineage tracing using image data 2021-09-15, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.198994 PMID:34498046	综述	本文综述了利用图像数据进行命运图谱和谱系追踪的当前方法	结合了光显微镜、标记策略和计算方法分析复杂图像数据的新进展，以及基因组学和单细胞转录组学的强大进步	NA	探讨在活体成像数据中进行谱系追踪的不同策略和应用，并概述可应用于各种细胞追踪挑战的软件方法	胚胎发育中的细胞谱系	计算机视觉	NA	光显微镜、单细胞转录组学	NA	图像	NA
1405	2024-08-08	Single-cell exome sequencing reveals multiple subclones in metastatic colorectal carcinoma 2021-09-10, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-021-00962-3 PMID:34507604	研究论文	本研究通过分析7名结直肠癌（CRC）患者的原发性和转移性肿瘤的批量和单细胞外显子测序数据，揭示了转移性CRC的进化模式	单细胞外显子测序（scWES）数据揭示了批量外显子测序（WES）未能检测到的罕见突变，并定义了两种不同的细胞群体，表明原发性和转移性肿瘤细胞之间存在多样的进化轨迹	NA	研究结直肠癌的转移机制及其进化模式	结直肠癌患者的原发性和转移性肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞外显子测序（scWES）	NA	基因组数据	7名结直肠癌患者，其中4名进行了单细胞测序
1406	2024-08-08	Smoking shifts human small airway epithelium club cells toward a lesser differentiated population 2021-Sep-08, NPJ genomic medicine IF:4.7Q1 DOI:10.1038/s41525-021-00237-1 PMID:34497273	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了健康非吸烟者和吸烟者的小气道上皮细胞（SAE）中的杯状细胞亚群	揭示了吸烟如何影响人类小气道上皮细胞中杯状细胞的分化，并发现了三种不同的杯状细胞亚群	NA	探究吸烟对人类小气道上皮细胞中杯状细胞分化和功能的影响	健康非吸烟者和吸烟者的小气道上皮细胞中的杯状细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康非吸烟者和吸烟者的小气道上皮细胞样本
1407	2024-08-08	scRNA-seq of human vitiligo reveals complex networks of subclinical immune activation and a role for CCR5 in Treg function 2021-Sep-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abd8995 PMID:34516831	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了白癜风患者的受影响和未受影响皮肤以及健康对照的皮肤，以确定每种细胞类型在疾病进展中协调自身免疫的作用	发现了CCR5在调节T细胞功能中的新作用，并揭示了CCL5-CCR5信号通路在效应CD8 T细胞和调节T细胞之间的化学信号环路	NA	探究白癜风的发病机制并发现潜在的治疗干预机会	白癜风患者的皮肤细胞	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	白癜风患者和健康对照的皮肤样本
1408	2024-08-08	Adipocyte heterogeneity revealed by spatial transcriptomics of human adipose tissue: Painting and more 2021-09-07, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2021.08.011 PMID:34496228	研究论文	本文利用空间转录组学技术揭示了人类脂肪组织中脂肪细胞的异质性	首次通过空间转录组学技术展示了人类脂肪组织的结构，并识别出具有特定代谢特征的不同脂肪细胞亚群	NA	探索人类脂肪组织中脂肪细胞的异质性及其代谢特征	人类脂肪组织中的脂肪细胞及其亚群	数字病理学	NA	空间转录组学	NA	转录组数据	NA
1409	2024-08-08	SCN2A contributes to oligodendroglia excitability and development in the mammalian brain 2021-09-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109653 PMID:34496232	研究论文	本研究通过单细胞转录组学与全细胞膜片钳记录相结合的方法，探讨了哺乳动物大脑中表达电压激活钠通道和钾通道的未成熟少突胶质细胞（称为放电少突胶质细胞）的分子特征	首次揭示了SCN2A在放电少突胶质细胞中的特异性表达，并阐明了其在少突胶质细胞放电和发育中的关键作用	NA	研究SCN2A在哺乳动物大脑中少突胶质细胞兴奋性和发育中的作用	少突胶质细胞及其前体细胞的分子特征和发育过程	神经科学	NA	单细胞转录组学，全细胞膜片钳记录	NA	转录组数据，电生理数据	小鼠和橄榄狒狒的脑干和 cerebellum 中的少突胶质细胞
1410	2024-08-08	Tumor-initiating stem cell shapes its microenvironment into an immunosuppressive barrier and pro-tumorigenic niche 2021-09-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.109674 PMID:34496236	研究论文	研究肿瘤起始干细胞（TSCs）与其微环境（TME）之间的相互调控关系，并探讨了化疗放疗（CRT）对肠道腺瘤的影响	发现了TSCs与TME之间的双向交流，并揭示了TSCs如何塑造TME以促进免疫抑制和肿瘤生长	NA	探讨肿瘤起始干细胞与肿瘤微环境之间的相互作用	肿瘤起始干细胞（TSCs）和肿瘤微环境（TME）	数字病理学	肠道腺瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
1411	2024-08-08	APOΕ4 lowers energy expenditure in females and impairs glucose oxidation by increasing flux through aerobic glycolysis 2021-09-06, Molecular neurodegeneration IF:14.9Q1 DOI:10.1186/s13024-021-00483-y PMID:34488832	研究论文	本研究通过结合单细胞RNA测序和稳定同位素解析代谢组学，探讨了APOE4在表达该基因的星形胶质细胞、脑组织、小鼠和人类中的代谢重编程机制。	首次揭示了APOE4在年轻女性中降低能量消耗并损害葡萄糖氧化的机制，表现为增加有氧糖酵解的通量。	研究主要集中在年轻女性和APOE4表达的小鼠模型上，可能需要进一步研究以验证这些发现是否适用于其他年龄和性别的人群。	探讨APOE4对大脑葡萄糖代谢的影响及其潜在机制。	星形胶质细胞、脑组织、小鼠和人类。	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、稳定同位素解析代谢组学（SIRM）	NA	RNA、代谢物	包括表达APOE4的小鼠和人类的年轻及中年参与者。
1412	2024-08-08	Analytic Pearson residuals for normalization of single-cell RNA-seq UMI data 2021-09-06, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02451-7 PMID:34488842	研究论文	本文探讨了两种用于单细胞RNA-seq UMI数据归一化的统计计数模型之间的理论和实证联系，并比较了它们对下游处理的影响	提出了一个简化的分析解决方案，并发现Hafemeister和Satija模型的过度指定导致参数估计噪声较大，而更简约的模型与Townes等人的模型等价	文章中未明确提及具体的局限性	研究不同归一化方法在单细胞RNA-seq数据处理中的效果	单细胞RNA-seq UMI数据的归一化方法	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	广义线性模型（GLM）	UMI数据	未具体提及样本数量
1413	2024-08-08	Learning interpretable cellular and gene signature embeddings from single-cell transcriptomic data 2021-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25534-2 PMID:34489404	研究论文	本文介绍了单细胞嵌入主题模型（scETM），用于从单细胞转录组数据中学习可解释的细胞和基因特征嵌入	scETM利用可转移的神经网络编码器和通过矩阵三因子分解的可解释线性解码器，同时学习编码网络以推断细胞类型混合以及一组高度可解释的基因嵌入、主题嵌入和批次效应线性截距	NA	解决单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据大规模整合分析中的批次效应和现有计算方法的局限性	单细胞转录组数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	神经网络	转录组数据	超过10万个细胞
1414	2024-08-08	Brown adipose tissue monocytes support tissue expansion 2021-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25616-1 PMID:34489438	研究论文	本研究聚焦于单核细胞在棕色脂肪组织（BAT）重塑过程中的特征及其对BAT功能的影响	通过单细胞RNA测序分析揭示了BAT免疫细胞中丰富的单核细胞和巨噬细胞多样性，并发现BAT巨噬细胞池需要单核细胞的不断补充	NA	探究单核细胞在棕色脂肪组织重塑中的作用	棕色脂肪组织中的单核细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
1415	2024-08-08	Single-cell transcriptomic analysis of bloodstream Trypanosoma brucei reconstructs cell cycle progression and developmental quorum sensing 2021-09-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-021-25607-2 PMID:34489460	研究论文	本研究使用单细胞转录组学技术分析了血液中的布氏锥虫，重建了细胞周期进程和发育群体感应	本研究首次使用单细胞转录组学技术（scRNA-seq）分析了布氏锥虫从复制型'纤细'到可传播型'粗短'的渐进发育过程，并详细描述了生物事件的相对顺序、动态基因表达模式及潜在调控因子	NA	研究布氏锥虫的生命周期中从复制型到非复制型的转变过程	布氏锥虫的细胞周期和发育过程	数字病理学	NA	单细胞转录组学（scRNA-seq）	NA	转录组	8,599个寄生虫样本
1416	2024-08-08	Targeting S1PR1 May Result in Enhanced Migration of Cancer Cells in Bladder Carcinoma 2021-Sep-05, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13174474 PMID:34503284	研究论文	本研究通过分析临床数据库、肿瘤纯度和免疫细胞浸润模拟以及膀胱癌的组织学表型数据库，结合单细胞测序技术，探讨了S1PR1在膀胱癌中的分布和功能	首次揭示了S1PR1在膀胱癌中的表达与细胞迁移能力的负相关性，并探讨了FTY-720对膀胱癌细胞转移能力的影响	研究主要基于数据库分析和单细胞测序，未进行体内实验验证	探究S1PR1在膀胱癌中的表达及其对患者预后的影响	膀胱癌组织、正常组织及膀胱癌细胞系	数字病理学	膀胱癌	单细胞测序	NA	基因表达数据	多个临床数据库和单细胞测序数据
1417	2024-08-08	Single-cell Ribo-seq reveals cell cycle-dependent translational pausing 2021-09, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03887-4 PMID:34497418	研究论文	本文介绍了一种单细胞核糖体测序技术，该技术结合机器学习方法，能够在单个细胞水平上实现单密码子分辨率的翻译监测	本文开发了一种新的单细胞核糖体测序技术，显著提高了检测灵敏度，并结合机器学习实现了单密码子分辨率	尽管技术进步，但在非限制条件下检测到的现象仍需进一步验证和解释	研究细胞周期依赖的翻译暂停现象及其对细胞多样性的贡献	单细胞中的翻译过程及其与细胞周期的关系	基因组学	NA	单细胞核糖体测序	机器学习	序列数据	涉及多种细胞类型，包括稀有的初级肠内分泌细胞
1418	2024-08-08	Transcriptional progression during meiotic prophase I reveals sex-specific features and X chromosome dynamics in human fetal female germline 2021-09, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1009773 PMID:34499650	研究论文	本研究通过分析人类胎儿生殖细胞的单细胞转录组数据，揭示了女性减数分裂前期的转录进展及其性别特异性特征和X染色体动态变化	首次比较了人类卵母细胞和精母细胞在减数分裂前期的不同阶段，并揭示了性别间的保守和特异性特征	NA	研究人类女性减数分裂前期的转录进展及其性别特异性特征和X染色体动态变化	人类胎儿生殖细胞的单细胞转录组数据	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	NA
1419	2024-08-08	Temporal multi-omics identifies LRG1 as a vascular niche instructor of metastasis 2021-Sep, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abe6805 PMID:34516824	研究论文	本研究利用内皮细胞的批量和单细胞转录组学以及血清蛋白质组学，追踪了肺转移手术模型中转移性血管微环境的演变	首次揭示了主要肿瘤如何系统性地重新编程身体的血管内皮，以扰乱内环境稳定并为转移性生长预处理血管微环境，并识别出LRG1作为转移的早期指导因子	NA	研究肿瘤细胞与血管壁细胞相互作用的分子本质，并探索其对转移的影响	内皮细胞的基因表达和分泌组，以及LRG1在转移中的作用	数字病理学	肺癌	转录组学，蛋白质组学	NA	基因表达数据，蛋白质数据	NA
1420	2024-08-08	Single-Cell Cloning of Breast Cancer Cells Secreting Specific Subsets of Extracellular Vesicles 2021-Aug-31, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13174397 PMID:34503207	研究论文	本文开发了一种高通量单细胞技术，用于映射外泌体分泌的动态变化，并研究了非转移性乳腺癌细胞分泌特定外泌体亚集的现象	首次展示了外泌体分泌的特异性是一种可遗传的特性，并揭示了CD81CD63EV分泌在肿瘤形成中的抑制作用	NA	研究外泌体分泌在单细胞水平上的异质性及其在疾病中的作用	乳腺癌细胞及其分泌的外泌体	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞	使用了乳腺癌细胞系和人类非转移性乳腺癌肿瘤样本