单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1281	2024-08-08	Differential expression profile of gluten-specific T cells identified by single-cell RNA-seq 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0258029 PMID:34618841	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了未治疗乳糜泻患者血液中通过四聚体染色法分离的麸质特异性T细胞的表达谱	首次使用单细胞RNA测序研究四聚体染色法分离的T细胞，揭示了麸质特异性T细胞独特的转录组特征	NA	探究麸质特异性T细胞在乳糜泻发病机制中的作用	未治疗乳糜泻患者血液中的麸质特异性CD4+ T细胞	NA	乳糜泻	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1282	2024-08-08	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq to Analyse the Heterogeneity of Ovarian Cancer Immune Cells and Establish a Molecular Risk Model 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.711020 PMID:34621670	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，分析了卵巢癌免疫细胞的异质性，并建立了一个分子风险模型。	利用scRNA-seq和批量RNA-seq数据整合分析，首次建立了基于卵巢癌免疫细胞异质性的双基因风险模型。	研究主要基于公共数据库中的数据，未提及临床样本的验证。	旨在通过分析卵巢癌免疫细胞的异质性，建立一个准确的预后风险评估模型。	卵巢癌免疫细胞及其分子特征。	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	基因表达数据	整合了两个scRNA-seq数据集（GSE154600和GES158937），共20个细胞集群。
1283	2024-08-08	Case Report: Multi-Omics Analysis and CAR-T Treatment of a Chronic Myeloid Leukemia Blast Crisis Case 5 Years After the Discontinuation of TKI 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.739871 PMID:34621680	病例报告	报道了一例在酪氨酸激酶抑制剂停用5年后突然发生慢性髓性白血病淋巴母细胞危象的病例，并通过多组学分析和CAR-T细胞治疗进行了研究	首次报道了在长期无治疗缓解后突然发生淋巴母细胞危象的慢性髓性白血病病例，并发现除了BCR-ABL1外的其他基因异常可能参与疾病进展	病例报告仅基于单一病例，可能缺乏广泛的代表性	探讨慢性髓性白血病在酪氨酸激酶抑制剂停用后突然发生淋巴母细胞危象的分子特征及治疗策略	慢性髓性白血病病例及其分子特征和治疗反应	NA	慢性髓性白血病	DNA测序、RNA测序、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据	单一病例
1284	2024-08-08	Fluorescent Multiplex Immunohistochemistry Coupled With Other State-Of-The-Art Techniques to Systematically Characterize the Tumor Immune Microenvironment 2021, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2021.673042 PMID:34621785	研究论文	本文综述了利用荧光多重免疫组织化学与其他先进技术系统地表征肿瘤免疫微环境的方法	介绍了空间转录组学分析和多重免疫组织化学面板的开发，以识别肿瘤微环境中的特定细胞类型	文章未明确提及具体的技术限制	探讨肿瘤免疫微环境的研究方法及其在临床应用中的潜力	肿瘤免疫微环境中的免疫细胞及其在肿瘤进展和治疗反应中的作用	数字病理学	乳腺癌	荧光多重免疫组织化学, 空间转录组学	NA	组织切片	HER2+ 乳腺癌样本, 管腔B型乳腺癌肿瘤样本
1285	2024-08-08	NMDARs Drive the Expression of Neuropsychiatric Disorder Risk Genes Within GABAergic Interneuron Subtypes in the Juvenile Brain 2021, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2021.712609 PMID:34630033	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了NMDA型谷氨酸受体亚基基因在MGE来源的特定类型中间神经元中的转录调控作用及其对神经发育障碍的影响	首次揭示了NMDAR在特定类型中间神经元中的转录调控作用，并关联到神经精神障碍的风险基因表达	对分子机制的调控细节理解尚不充分	探究NMDAR信号在中间神经元亚型中的系统性作用，寻找可能的MGE特异性遗传靶点	MGE来源的PV+、SST+和NGFC型皮层及海马中间神经元	神经科学	神经精神障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
1286	2024-08-08	Connexin 43-Mediated Gap Junction Communication Regulates Ameloblast Differentiation via ERK1/2 Phosphorylation 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.748574 PMID:34630166	研究论文	本文研究了连接蛋白43（Cx43）通过间隙连接通信调节成釉细胞分化的机制，特别是通过ERK1/2磷酸化途径。	本文首次揭示了Cx43通过间隙连接活动调节TGF-β1介导的ERK信号传导和牙釉质形成的作用，并探讨了Cx43作为钙通道在慢钙内流和ERK1/2磷酸化中的功能。	NA	阐明Cx43在牙釉质形成中的作用及其分子机制。	Cx43在牙齿发育中的表达和功能，以及其在oculodentodigital dysplasia（ODDD）病理性机制中的作用。	NA	口腔疾病	单细胞RNA测序分析，免疫染色	NA	RNA序列，蛋白质表达	包括Cx43突变的小鼠模型和不同细胞密度的细胞培养实验。
1287	2024-08-08	MLG: multilayer graph clustering for multi-condition scRNA-seq data 2021-12-16, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab823 PMID:34581807	研究论文	本文介绍了一种多层图聚类方法（MLG），用于整合多条件单细胞RNA测序数据的多维降维	MLG方法通过生成多层共享最近邻细胞图，提高了信噪比，并在大规模基准测试实验中表现出优于当前最佳实践的聚类准确性	NA	开发一种新的方法来整合多条件单细胞RNA测序数据的多维降维	多条件单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	多层图聚类（MLG）	单细胞转录组数据	多种数据集
1288	2024-08-08	Neuropeptide repertoire and 3D anatomy of the ctenophore nervous system 2021-12-06, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2021.09.005 PMID:34587474	研究论文	本文研究了栉水母神经系统的神经肽组和三维结构	首次通过机器学习工具NeuroPID预测了129个新的假定神经肽前体，并验证了其中16个在特定神经结构中的定位，揭示了栉水母神经细胞类型的分子身份	NA	揭示栉水母神经系统的分子机制和结构特征	栉水母Mnemiopsis leidyi的神经肽组和神经系统	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	转录组数据	NA
1289	2024-08-08	Cancer stem cells in gliomas: evolving concepts and therapeutic implications 2021-12-01, Current opinion in neurology IF:4.1Q2 DOI:10.1097/WCO.0000000000000994 PMID:34581301	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）在胶质瘤中的作用及其治疗意义	近期研究发现CSCs具有更深层次的复杂性，包括发育起源、可塑性、细胞状态及其与微环境的相互作用	CSCs的治疗靶向尚未完全实现	探讨CSCs的复杂本质及其在恶性脑肿瘤发病机制和治疗抵抗中的作用	癌症干细胞（CSCs）及其在胶质瘤中的作用	NA	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	使用小鼠和患者来源的模型进行研究
1290	2024-08-08	A Study of Gene Expression, Structure, and Contractility of iPSC-Derived Cardiac Myocytes from a Family with Heart Disease due to LMNA Mutation 2021-Dec, Annals of biomedical engineering IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s10439-021-02850-8 PMID:34585335	研究论文	研究了由LMNA基因突变引起的家族性心脏病患者的iPSC衍生的心肌细胞的基因表达、结构和收缩性	结合单细胞RNA测序和组织结构及收缩功能的分析，揭示了LMNA突变引起的心脏病的可能机制	使用iPSC衍生的心肌细胞引入了成熟度和功能的异质性，复杂化了实验结果的解释	探索LMNA突变引起的心脏病的机制	iPSC衍生的心肌细胞的基因表达、结构和收缩性	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	五个iPSC衍生的心肌细胞系，包括三个对照组和两个患者组
1291	2024-08-08	From cell to cell: Identification of actionable targets in bone marrow fibrosis using single-cell technologies 2021-12, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2021.09.006 PMID:34601067	研究论文	本文利用单细胞技术在骨髓纤维化中识别可操作的靶点	利用单细胞RNA测序技术成功识别和表征疾病驱动细胞群，并发现S100A8/A9作为骨髓纤维化的重要介质和强效治疗靶点	NA	识别和验证骨髓纤维化中的可操作靶基因	骨髓纤维化中的细胞群和靶点	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因数据	涉及患者和鼠模型的骨髓细胞
1292	2024-08-08	The changing landscape of the vulnerable plaque: a call for fine-tuning of preclinical models 2021-12, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2021.106924 PMID:34607015	研究论文	本文探讨了易损斑块的病理定义及其对心肌梗死和卒中机制的理解，并介绍了单细胞转录组学和其他组学方法在寻找细胞特异性决定因素中的应用	文章提出了基于单细胞转录组学和其他组学方法的新见解，这些方法有助于细化对易血栓形成病变的描述	文章提出了将细胞特异性见解转化为实际功能和转化发现的挑战	旨在细化临床前模型的描述，以更好地理解易损斑块及其相关机制	研究对象包括易损斑块的细胞组成、细胞可塑性以及与心血管事件相关的临床表现	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因组数据	涉及从人类动脉粥样硬化组织中提取的原代斑块细胞
1293	2024-08-08	CDC26 is a key factor in human oocyte aging 2021-11-18, Human reproduction (Oxford, England) DOI:10.1093/humrep/deab217 PMID:34590680	研究论文	本研究探讨了CDC26在人类卵母细胞老化中的关键作用，发现CDC26的缺乏会扰乱卵母细胞成熟过程，导致卵母细胞老化，但这些缺陷可以通过CDC26蛋白的过度表达部分挽救	首次揭示了CDC26在人类卵母细胞老化中的关键作用，并证明了CDC26蛋白的过度表达可以部分挽救老化卵母细胞的缺陷	研究需要进一步探讨其他信号通路是否通过CDC26调节卵母细胞成熟，以及哪些基因是CDC26的直接分子靶点	探讨CDC26在人类卵母细胞老化中的作用	人类卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序技术，q-PCR，免疫细胞化学分析，转染技术	NA	RNA	年轻和老年女性的卵母细胞，KM雌性小鼠的卵母细胞，老年女性的卵母细胞
1294	2024-08-08	NK and CD8+ T cell phenotypes predict onset and control of CMV viremia after kidney transplant 2021-11-08, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.153175 PMID:34609965	研究论文	本研究分析了31名肾移植受者在CMV病毒血症前后的NK和CD8+ T细胞表型变化	首次详细描述了肾移植受者在CMV病毒血症前后NK和CD8+ T细胞的表型变化及其与病毒控制的关系	样本量相对较小，且仅限于肾移植受者	深入了解免疫功能受损导致CMV再激活的机制，指导抗病毒治疗并评估CMV对实体器官移植结果的影响	肾移植受者的NK和CD8+ T细胞表型及其与CMV病毒血症的关系	免疫学	器官移植	RNA-Seq, 单细胞RNA-Seq, Luminex	NA	细胞, 蛋白质	31名肾移植受者
1295	2024-08-08	Sciviewer enables interactive visual interrogation of single-cell RNA-Seq data from the Python programming environment 2021-11-05, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab689 PMID:34601589	研究论文	本文介绍了一种名为Sciviewer的工具，该工具允许在Python编程环境中进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）数据的交互式可视化分析	Sciviewer实现了一种新方法，用于识别嵌入中沿用户指定方向局部变化的基因，并支持在Python环境中快速灵活地迭代交互式和编程式scRNA-Seq探索模式	现有的交互式工具在实际应用中受限，因为它们不支持数据和结果在编程环境中的快速移动，打断了迭代过程	开发一种工具，以克服现有工具在scRNA-Seq数据分析中的局限性，提高分析效率	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	数据嵌入（如UMAP或tSNE）	NA
1296	2024-08-08	Electromagnetized gold nanoparticles improve neurogenesis and cognition in the aged brain 2021-11, Biomaterials IF:12.8Q1 DOI:10.1016/j.biomaterials.2021.121157 PMID:34601195	研究论文	研究显示电磁化金纳米颗粒（AuNPs）能促进老年小鼠海马体中的神经发生，从而改善认知功能和记忆巩固	首次证明电磁化金纳米颗粒能显著增加神经干细胞和神经前体细胞的数量，并通过激活Kat2a促进组蛋白H3K9乙酰化，有效增加老年小鼠海马体的神经发生	NA	探索电磁化金纳米颗粒作为治疗与年龄相关脑疾病的新疗法	老年小鼠和Hutchinson-Gilford早衰症小鼠	NA	老年疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	老年小鼠和Hutchinson-Gilford早衰症小鼠
1297	2024-08-08	The landscape of tumor cell states and ecosystems in diffuse large B cell lymphoma 2021-10-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2021.08.011 PMID:34597589	研究论文	本研究利用机器学习框架EcoTyper，通过整合转录组反卷积和单细胞RNA测序技术，对弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）中的肿瘤细胞状态和生态系统进行了系统性解析	首次大规模解析DLBCL中的肿瘤细胞状态及其临床相关性，并揭示了肿瘤微环境中的细胞状态交互作用	NA	解析弥漫大B细胞淋巴瘤的肿瘤微环境，并识别治疗靶点	弥漫大B细胞淋巴瘤中的肿瘤细胞状态和生态系统	机器学习	淋巴瘤	转录组反卷积和单细胞RNA测序	机器学习框架EcoTyper	转录组数据	NA
1298	2024-08-08	Resolving the intertwining of inflammation and fibrosis in human heart failure at single-cell level 2021-10-03, Basic research in cardiology IF:7.5Q1 DOI:10.1007/s00395-021-00897-1 PMID:34601654	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和单T细胞受体测序，研究了人类扩张型心肌病和缺血性心肌病心脏中的炎症和纤维化机制	首次在单细胞水平上解析了炎症和纤维化在心力衰竭中的交织机制，并鉴定了一个新的转录因子AEBP1作为ACTA2肌成纤维细胞中的关键心脏纤维化调节因子	NA	旨在详细解码白细胞和非心肌细胞的基因表达扰动和细胞间相互作用，以理解心力衰竭中特定细胞类型的病理	人类扩张型心肌病和缺血性心肌病心脏中的细胞和分子变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	200,615个细胞
1299	2024-08-08	A single-cell interactome of human tooth germ from growing third molar elucidates signaling networks regulating dental development 2021-Oct-02, Cell & bioscience DOI:10.1186/s13578-021-00691-5 PMID:34600587	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了正在生长的第三磨牙中的人类牙胚细胞互作网络，揭示了调控牙发育的关键信号通路	首次构建了人类牙胚细胞间的完整信号网络，为未来的牙再生工程和口腔病理学理解奠定了基础	NA	揭示调控牙发育的细胞间信号网络	人类牙胚细胞及其信号分子	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	正在生长的第三磨牙中的牙胚细胞
1300	2024-08-08	Cancer cell states and emergent properties of the dynamic tumor system 2021-10, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.275308.121 PMID:34599005	研究论文	本文定义了癌症细胞状态，并探讨了这些状态在肿瘤系统中的起源、动态变化及其对整个肿瘤系统的影响	通过单细胞转录组学技术识别了不同癌症类型中的特定癌症细胞状态，并探讨了这些状态的功能相关性和对肿瘤系统的优势	尚未完全揭示癌症细胞状态的起源和动态变化的机制	揭示癌症细胞状态在肿瘤发生中的作用及其对肿瘤适应性的贡献，并寻找可用于治疗的弱点	癌症细胞状态及其在肿瘤系统中的功能和优势	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	NA