单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1281	2024-08-08	A topology-preserving dimensionality reduction method for single-cell RNA-seq data using graph autoencoder 2021-10-08, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-021-99003-7 PMID:34625592	研究论文	本文提出了一种名为单细胞图自编码器（scGAE）的降维方法，用于保留单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的拓扑结构	scGAE方法能够同时保留scRNA-seq数据中的拓扑结构信息和特征信息，并在模拟数据和实际数据中显示出优于现有深度学习方法的性能	NA	开发一种能够保留单细胞RNA测序数据拓扑结构的降维方法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	RNA-seq	图自编码器	RNA测序数据	NA
1282	2024-08-08	Single-cell RNA sequencing reveals cell heterogeneity and transcriptome profile of breast cancer lymph node metastasis 2021-Oct-05, Oncogenesis IF:5.9Q1 DOI:10.1038/s41389-021-00355-6 PMID:34611125	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了乳腺癌淋巴结转移的转录组特征	首次使用单细胞RNA测序技术描绘了乳腺癌淋巴结转移的转录组图谱	NA	揭示乳腺癌淋巴结转移的分子机制	乳腺癌原发肿瘤和腋窝淋巴结的单细胞转录组	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	96,796个单细胞来自15对原发肿瘤和腋窝淋巴结样本
1283	2024-08-08	An atlas of cortical arealization identifies dynamic molecular signatures 2021-10, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03910-8 PMID:34616070	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术分析了人类大脑在神经发生和早期胶质发生高峰期的十个主要结构和六个新皮层区域，揭示了早期皮层区域化的分子特征。	首次通过单细胞RNA测序和单分子荧光原位杂交技术，详细描述了新皮层区域在不同细胞类型中的基因表达差异及其动态变化。	NA	探讨早期大脑区域化和皮层区域化的分子机制。	人类大脑的十个主要结构和六个新皮层区域。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	十个主要大脑结构和六个新皮层区域
1284	2024-08-08	Heterogeneity of Circulating Tumor Cell Neoplastic Subpopulations Outlined by Single-Cell Transcriptomics 2021-Sep-29, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13194885 PMID:34638368	研究论文	本研究通过单细胞转录组学方法分析了转移性乳腺癌患者循环肿瘤细胞（CTCs）的异质性	本研究首次通过单细胞转录组学方法识别了CTCs中的多种免疫细胞群和具有独特基因表达特征的细胞群	研究仅涉及三名转移性乳腺癌患者，样本量较小	揭示循环肿瘤细胞的异质性和转移倾向，以改进治疗策略	转移性乳腺癌患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	三名转移性乳腺癌患者
1285	2024-08-08	Clinical Significance of Circulating Tumor Cell Induced Epithelial-Mesenchymal Transition in Patients with Metastatic Colorectal Cancer by Single-Cell RNA-Sequencing 2021-Sep-28, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers13194862 PMID:34638346	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，探讨循环肿瘤细胞（CTCs）在转移性结直肠癌（mCRC）患者中的表型特征及其临床意义	首次在单细胞水平上使用RNA测序技术对mCRC中的CTCs进行表征，并探讨了EMT相关基因表达的CTCs的预后价值	研究样本量较小，仅涉及27名mCRC患者	验证通过单细胞RNA测序技术检测和分离单个CTCs的能力，并识别其在单个CTC水平上的临床意义	转移性结直肠癌患者的循环肿瘤细胞	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	27名转移性结直肠癌患者
1286	2024-08-08	Complex Organ Construction from Human Pluripotent Stem Cells for Biological Research and Disease Modeling with New Emerging Techniques 2021-Sep-22, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms221910184 PMID:34638524	综述	本文综述了利用人多能干细胞（hPSCs）构建复杂器官及其在疾病模型和药物发现中的应用	介绍了新兴技术如三维类器官、生物工程和器官芯片技术在构建多细胞组织和功能器官中的应用，以及单细胞转录组学、空间转录组学和人工智能在分析复杂组织中的作用	文章未明确提及具体的研究局限	探讨利用hPSCs构建复杂器官及其在生物研究和疾病模型中的应用前景	人多能干细胞（hPSCs）及其衍生的复杂器官	生物工程	NA	三维类器官技术、器官芯片技术、单细胞转录组学、空间转录组学、人工智能	NA	细胞	NA
1287	2024-08-08	Single-cell RNA-seq unravels alterations of the human spermatogonial stem cell compartment in patients with impaired spermatogenesis 2021-09-21, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100395 PMID:34622232	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了在精子发生受损的患者中，人类精原干细胞隔室的改变	发现了精原干细胞隔室中的主要改变，包括最未分化精原细胞数量的增加和转录因子表达的改变	NA	探索正常和受损精子发生中人类生殖细胞功能的调控机制	人类精原干细胞隔室在精子发生受损患者中的改变	数字病理学	男性不育	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	超过30,000个细胞
1288	2024-08-08	Smooth muscle cells in atherosclerosis: clones but not carbon copies 2021, JVS-vascular science DOI:10.1016/j.jvssci.2021.02.002 PMID:34617064	综述	本文综述了血管平滑肌细胞（SMCs）在动脉粥样硬化中的作用及其表型多样性和命运调控机制	通过命运图谱和单细胞转录组学研究，揭示了SMCs在动脉粥样硬化病变中的选择性扩张和投资，以及其表型和功能的深刻多样性变化	仍需探讨SMCs寡克隆扩张的调控机制，单细胞转录组学在确定SMCs功能和贡献中的可靠性，以及SMCs克隆性和表型可塑性对治疗策略的影响	总结近期在SMCs投资和表型多样性及分子机制方面的进展，并讨论相关未解问题	血管平滑肌细胞在动脉粥样硬化中的作用和机制	NA	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	转录组	NA
1289	2024-08-08	Differential expression profile of gluten-specific T cells identified by single-cell RNA-seq 2021, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0258029 PMID:34618841	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了未治疗乳糜泻患者血液中通过四聚体染色法分离的麸质特异性T细胞的表达谱	首次使用单细胞RNA测序研究四聚体染色法分离的T细胞，揭示了麸质特异性T细胞独特的转录组特征	NA	探究麸质特异性T细胞在乳糜泻发病机制中的作用	未治疗乳糜泻患者血液中的麸质特异性CD4+ T细胞	NA	乳糜泻	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
1290	2024-08-08	Integration of scRNA-Seq and Bulk RNA-Seq to Analyse the Heterogeneity of Ovarian Cancer Immune Cells and Establish a Molecular Risk Model 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.711020 PMID:34621670	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序数据，分析了卵巢癌免疫细胞的异质性，并建立了一个分子风险模型。	利用scRNA-seq和批量RNA-seq数据整合分析，首次建立了基于卵巢癌免疫细胞异质性的双基因风险模型。	研究主要基于公共数据库中的数据，未提及临床样本的验证。	旨在通过分析卵巢癌免疫细胞的异质性，建立一个准确的预后风险评估模型。	卵巢癌免疫细胞及其分子特征。	数字病理学	卵巢癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序	NA	基因表达数据	整合了两个scRNA-seq数据集（GSE154600和GES158937），共20个细胞集群。
1291	2024-08-08	Case Report: Multi-Omics Analysis and CAR-T Treatment of a Chronic Myeloid Leukemia Blast Crisis Case 5 Years After the Discontinuation of TKI 2021, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2021.739871 PMID:34621680	病例报告	报道了一例在酪氨酸激酶抑制剂停用5年后突然发生慢性髓性白血病淋巴母细胞危象的病例，并通过多组学分析和CAR-T细胞治疗进行了研究	首次报道了在长期无治疗缓解后突然发生淋巴母细胞危象的慢性髓性白血病病例，并发现除了BCR-ABL1外的其他基因异常可能参与疾病进展	病例报告仅基于单一病例，可能缺乏广泛的代表性	探讨慢性髓性白血病在酪氨酸激酶抑制剂停用后突然发生淋巴母细胞危象的分子特征及治疗策略	慢性髓性白血病病例及其分子特征和治疗反应	NA	慢性髓性白血病	DNA测序、RNA测序、单细胞转录组测序	NA	基因组数据、转录组数据	单一病例
1292	2024-08-08	Fluorescent Multiplex Immunohistochemistry Coupled With Other State-Of-The-Art Techniques to Systematically Characterize the Tumor Immune Microenvironment 2021, Frontiers in molecular biosciences IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fmolb.2021.673042 PMID:34621785	研究论文	本文综述了利用荧光多重免疫组织化学与其他先进技术系统地表征肿瘤免疫微环境的方法	介绍了空间转录组学分析和多重免疫组织化学面板的开发，以识别肿瘤微环境中的特定细胞类型	文章未明确提及具体的技术限制	探讨肿瘤免疫微环境的研究方法及其在临床应用中的潜力	肿瘤免疫微环境中的免疫细胞及其在肿瘤进展和治疗反应中的作用	数字病理学	乳腺癌	荧光多重免疫组织化学, 空间转录组学	NA	组织切片	HER2+ 乳腺癌样本, 管腔B型乳腺癌肿瘤样本
1293	2024-08-08	NMDARs Drive the Expression of Neuropsychiatric Disorder Risk Genes Within GABAergic Interneuron Subtypes in the Juvenile Brain 2021, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2021.712609 PMID:34630033	研究论文	本研究通过单细胞转录组学技术，探讨了NMDA型谷氨酸受体亚基基因在MGE来源的特定类型中间神经元中的转录调控作用及其对神经发育障碍的影响	首次揭示了NMDAR在特定类型中间神经元中的转录调控作用，并关联到神经精神障碍的风险基因表达	对分子机制的调控细节理解尚不充分	探究NMDAR信号在中间神经元亚型中的系统性作用，寻找可能的MGE特异性遗传靶点	MGE来源的PV+、SST+和NGFC型皮层及海马中间神经元	神经科学	神经精神障碍	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	具体样本数量未提及
1294	2024-08-08	Connexin 43-Mediated Gap Junction Communication Regulates Ameloblast Differentiation via ERK1/2 Phosphorylation 2021, Frontiers in physiology IF:3.2Q2 DOI:10.3389/fphys.2021.748574 PMID:34630166	研究论文	本文研究了连接蛋白43（Cx43）通过间隙连接通信调节成釉细胞分化的机制，特别是通过ERK1/2磷酸化途径。	本文首次揭示了Cx43通过间隙连接活动调节TGF-β1介导的ERK信号传导和牙釉质形成的作用，并探讨了Cx43作为钙通道在慢钙内流和ERK1/2磷酸化中的功能。	NA	阐明Cx43在牙釉质形成中的作用及其分子机制。	Cx43在牙齿发育中的表达和功能，以及其在oculodentodigital dysplasia（ODDD）病理性机制中的作用。	NA	口腔疾病	单细胞RNA测序分析，免疫染色	NA	RNA序列，蛋白质表达	包括Cx43突变的小鼠模型和不同细胞密度的细胞培养实验。
1295	2024-08-08	MLG: multilayer graph clustering for multi-condition scRNA-seq data 2021-12-16, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkab823 PMID:34581807	研究论文	本文介绍了一种多层图聚类方法（MLG），用于整合多条件单细胞RNA测序数据的多维降维	MLG方法通过生成多层共享最近邻细胞图，提高了信噪比，并在大规模基准测试实验中表现出优于当前最佳实践的聚类准确性	NA	开发一种新的方法来整合多条件单细胞RNA测序数据的多维降维	多条件单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq	多层图聚类（MLG）	单细胞转录组数据	多种数据集
1296	2024-08-08	Neuropeptide repertoire and 3D anatomy of the ctenophore nervous system 2021-12-06, Current biology : CB IF:8.1Q1 DOI:10.1016/j.cub.2021.09.005 PMID:34587474	研究论文	本文研究了栉水母神经系统的神经肽组和三维结构	首次通过机器学习工具NeuroPID预测了129个新的假定神经肽前体，并验证了其中16个在特定神经结构中的定位，揭示了栉水母神经细胞类型的分子身份	NA	揭示栉水母神经系统的分子机制和结构特征	栉水母Mnemiopsis leidyi的神经肽组和神经系统	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型	转录组数据	NA
1297	2024-08-08	Cancer stem cells in gliomas: evolving concepts and therapeutic implications 2021-12-01, Current opinion in neurology IF:4.1Q2 DOI:10.1097/WCO.0000000000000994 PMID:34581301	综述	本文综述了癌症干细胞（CSCs）在胶质瘤中的作用及其治疗意义	近期研究发现CSCs具有更深层次的复杂性，包括发育起源、可塑性、细胞状态及其与微环境的相互作用	CSCs的治疗靶向尚未完全实现	探讨CSCs的复杂本质及其在恶性脑肿瘤发病机制和治疗抵抗中的作用	癌症干细胞（CSCs）及其在胶质瘤中的作用	NA	脑肿瘤	单细胞测序	NA	基因组数据	使用小鼠和患者来源的模型进行研究
1298	2024-08-08	A Study of Gene Expression, Structure, and Contractility of iPSC-Derived Cardiac Myocytes from a Family with Heart Disease due to LMNA Mutation 2021-Dec, Annals of biomedical engineering IF:3.0Q3 DOI:10.1007/s10439-021-02850-8 PMID:34585335	研究论文	研究了由LMNA基因突变引起的家族性心脏病患者的iPSC衍生的心肌细胞的基因表达、结构和收缩性	结合单细胞RNA测序和组织结构及收缩功能的分析，揭示了LMNA突变引起的心脏病的可能机制	使用iPSC衍生的心肌细胞引入了成熟度和功能的异质性，复杂化了实验结果的解释	探索LMNA突变引起的心脏病的机制	iPSC衍生的心肌细胞的基因表达、结构和收缩性	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	五个iPSC衍生的心肌细胞系，包括三个对照组和两个患者组
1299	2024-08-08	From cell to cell: Identification of actionable targets in bone marrow fibrosis using single-cell technologies 2021-12, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2021.09.006 PMID:34601067	研究论文	本文利用单细胞技术在骨髓纤维化中识别可操作的靶点	利用单细胞RNA测序技术成功识别和表征疾病驱动细胞群，并发现S100A8/A9作为骨髓纤维化的重要介质和强效治疗靶点	NA	识别和验证骨髓纤维化中的可操作靶基因	骨髓纤维化中的细胞群和靶点	数字病理学	骨髓增生性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因数据	涉及患者和鼠模型的骨髓细胞
1300	2024-08-08	The changing landscape of the vulnerable plaque: a call for fine-tuning of preclinical models 2021-12, Vascular pharmacology IF:3.5Q2 DOI:10.1016/j.vph.2021.106924 PMID:34607015	研究论文	本文探讨了易损斑块的病理定义及其对心肌梗死和卒中机制的理解，并介绍了单细胞转录组学和其他组学方法在寻找细胞特异性决定因素中的应用	文章提出了基于单细胞转录组学和其他组学方法的新见解，这些方法有助于细化对易血栓形成病变的描述	文章提出了将细胞特异性见解转化为实际功能和转化发现的挑战	旨在细化临床前模型的描述，以更好地理解易损斑块及其相关机制	研究对象包括易损斑块的细胞组成、细胞可塑性以及与心血管事件相关的临床表现	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组学	NA	基因组数据	涉及从人类动脉粥样硬化组织中提取的原代斑块细胞