单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 2885 篇文献，本页显示第 1241 - 1260 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1241 | 2024-08-08 |
Spatially confined sub-tumor microenvironments in pancreatic cancer
2021-10-28, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.09.022
PMID:34644529
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研究论文 | 本文通过大规模整合组织学引导的区域多组学数据与临床数据和患者来源的临床前模型，解析了人类胰腺肿瘤微环境（TME）中的空间限制性亚肿瘤微环境（subTMEs）。 | 本文发现了基于成纤维细胞可塑性的组织学可定义的组织状态，这些状态与肿瘤免疫、亚型、分化和治疗反应有区域性关系。 | NA | 研究肿瘤微环境如何推动恶性进展中的肿瘤内异质性。 | 人类胰腺肿瘤微环境及其亚微环境。 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 多组学 | NA | 组织学数据 | 大规模数据集 |
| 1242 | 2024-08-08 |
Integrated single-cell and bulk RNA sequencing analysis identifies a cancer associated fibroblast-related signature for predicting prognosis and therapeutic responses in colorectal cancer
2021-Oct-20, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-021-02252-9
PMID:34670584
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研究论文 | 本文通过整合单细胞和批量RNA测序数据，构建了一个与癌症相关成纤维细胞（CAF）相关的预后标志物，用于预测结直肠癌（CRC）的预后和治疗反应。 | 本文首次构建了一个基于CAF的九基因预后标志物，并验证了其在不同数据集中的有效性，为抗CAF免疫治疗策略提供了新的基因组学证据。 | NA | 构建一个与癌症相关成纤维细胞（CAF）相关的预后标志物，用于预测结直肠癌（CRC）的预后和治疗反应。 | 结直肠癌（CRC）及其相关的癌症相关成纤维细胞（CAF）。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组测序，批量基因表达数据分析 | Cox回归模型，LASSO分析 | 基因表达数据 | 训练集308例，验证集133例，总TCGA数据集441例，GSE39582数据集470例，GSE17536数据集177例，组织微阵列包含80例结肠癌样本 |
| 1243 | 2024-08-08 |
Inherent hepatocytic heterogeneity determines expression and retention of edited F9 alleles post-AAV/CRISPR infusion
2021-10-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2110887118
PMID:34649996
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研究论文 | 本文研究了使用CRISPR/AAV载体进行体内肝细胞基因编辑以治疗血友病B，并探讨了治疗相关炎症的影响。 | 首次报道了通过单次DNA切割介导的长距离替换恢复携带调节和编码缺陷的突变基因的FIX编码功能，并使用合成增强子/启动子模拟物P2确保FIX水平提升至临床有意义的水平。 | 文章未详细讨论现有治疗方法在复杂突变情况下的局限性。 | 研究使用CRISPR/AAV载体进行体内基因编辑治疗血友病B的可行性和效果。 | 研究对象为携带复杂突变的严重血友病B小鼠模型。 | 基因编辑 | 血友病 | CRISPR/AAV载体，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，单细胞RNA测序数据 | 小鼠模型 |
| 1244 | 2024-08-08 |
Spatial transcriptomics reveals a role for sensory nerves in preserving cranial suture patency through modulation of BMP/TGF-β signaling
2021-10-19, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2103087118
PMID:34663698
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研究论文 | 本文研究了感觉神经通过调节BMP/TGF-β信号传导在维持颅缝开放中的作用 | 首次揭示了感觉神经通过FSTL1等信号分子调节颅骨模式化的机制 | NA | 探讨感觉神经在颅骨模式化和颅缝开放中的作用 | 颅骨发育中的感觉神经和间充质前体细胞 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 使用了野生型小鼠的背根神经节(DRG)和间充质前体细胞进行体外共培养 |
| 1245 | 2024-08-08 |
Single-cell transcriptomic analysis of the tumor ecosystems underlying initiation and progression of papillary thyroid carcinoma
2021-10-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-26343-3
PMID:34663816
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术，分析了11名患者的158,577个细胞，涵盖了甲状腺乳头状癌（PTC）的全面临床过程，揭示了PTC肿瘤生态系统的特征。 | 本文首次识别出一种“癌症前状态”的非恶性甲状腺细胞群体，并发现了三种恶性甲状腺细胞表型，这些发现有助于理解PTC的分子亚型和治疗反应。 | NA | 研究甲状腺乳头状癌（PTC）的肿瘤生态系统，探索其发病和进展机制。 | 甲状腺乳头状癌（PTC）的肿瘤生态系统及其在发病和进展中的作用。 | 数字病理学 | 甲状腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 158,577个细胞，来自11名患者 |
| 1246 | 2024-08-08 |
Combined presentation and immunogenicity analysis reveals a recurrent RAS.Q61K neoantigen in melanoma
2021-10-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI129466
PMID:34651586
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研究论文 | 本文通过数据驱动的识别方法，发现并分析了由HLA-A*01:01和RAS.Q61K组合产生的在黑色素瘤患者中反复出现的强表达和免疫原性新抗原 | 本文揭示了一种在黑色素瘤患者中反复出现的新抗原，并研究了其特异性T细胞受体（TCR），为精准免疫治疗提供了新的可能性 | 本文主要集中在特定HLA类型和突变组合的新抗原研究，可能不适用于所有黑色素瘤患者 | 识别并分析在黑色素瘤患者中反复出现的新抗原及其免疫反应，以推动精准免疫治疗的发展 | 黑色素瘤患者中的新抗原及其特异性T细胞受体 | 免疫学 | 黑色素瘤 | HLA肽组学，TCR测序，功能性检测，单细胞转录组学 | NA | 肽序列，T细胞受体序列，转录组数据 | 10个肿瘤样本，2名无关患者的肿瘤浸润淋巴细胞（TILs） |
| 1247 | 2024-08-08 |
Single-cell RNA sequencing for the identification of early-stage lung cancer biomarkers from circulating blood
2021-Oct-15, NPJ genomic medicine
IF:4.7Q1
DOI:10.1038/s41525-021-00248-y
PMID:34654834
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术分析了早期肺癌患者的循环血液中的生物标志物 | 首次通过单细胞RNA测序技术在早期肺癌患者中发现并验证了CXCL1和CXCL2的表达与肺癌的相关性，以及miR-532-5p和miR-1266-3p的反向相关性 | NA | 鉴定早期肺癌的生物标志物 | 早期肺癌患者的循环血液和原发性肺癌肿瘤 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 34例早期肺癌患者的原发性肺腺癌样本 |
| 1248 | 2024-08-08 |
Epigenetically defined therapeutic targeting in H3.3G34R/V high-grade gliomas
2021-Oct-13, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abf7860
PMID:34644147
|
研究论文 | 本研究通过ChIP测序和ChromHMM计算分析，全面探讨了H3.3G34R/V高级别胶质瘤的表观遗传治疗靶点。 | 发现LIF/STAT3通路是H3.3G34R/V胶质瘤的关键表观遗传驱动和可药物化弱点。 | NA | 确定H3.3G34R/V高级别胶质瘤的治疗依赖性。 | H3.3G34R/V高级别胶质瘤细胞和患者肿瘤。 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | ChIP测序, ChromHMM计算分析, 免疫组化, 单细胞RNA测序 | NA | DNA, RNA, 蛋白质 | 包括KNS42细胞, SJ-HGGx42-c细胞, 以及通过宫内电穿孔技术建立的临床前小鼠模型。 |
| 1249 | 2024-08-08 |
Therapeutic melanoma inhibition by local micelle-mediated cyclic nucleotide repression
2021-10-13, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-021-26269-w
PMID:34645812
|
研究论文 | 本文研究了通过局部微泡介导的环核苷酸抑制来抑制黑色素瘤的治疗方法 | 开发了一种新型聚合物微泡，能够释放腺苷酸环化酶抑制剂，从而恢复抗肿瘤免疫 | NA | 探索通过抑制环腺苷酸来恢复黑色素瘤中的抗肿瘤免疫 | 黑色素瘤及其免疫逃逸机制 | NA | 黑色素瘤 | 单细胞测序 | NA | 细胞 | 涉及B16-F10-OVA肿瘤模型 |
| 1250 | 2024-08-08 |
The network interplay of interferon and Toll-like receptor signaling pathways in the anti-Candida immune response
2021-10-13, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-021-99838-0
PMID:34645905
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研究论文 | 本研究通过综合分析微阵列、批量和单细胞RNA测序数据，揭示了人类对念珠菌属的免疫反应中干扰素和Toll样受体信号通路的网络相互作用 | 研究首次通过整合多种转录组学数据，揭示了念珠菌感染中干扰素和Toll样受体信号通路的网络相互作用，并确认了这些基因在不同免疫细胞中的细胞类型特异性表达模式 | NA | 揭示人类对念珠菌属的免疫反应中干扰素和Toll样受体信号通路的网络相互作用 | 念珠菌属（包括C. albicans, C. auris, C. glabrata, C. parapsilosis, 和C. tropicalis） | NA | 真菌感染 | 微阵列、批量和单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA测序数据 | 涉及多种念珠菌属的感染数据 |
| 1251 | 2024-08-08 |
Recovery of strain-resolved genomes from human microbiome through an integration framework of single-cell genomics and metagenomics
2021-10-12, Microbiome
IF:13.8Q1
DOI:10.1186/s40168-021-01152-4
PMID:34641955
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研究论文 | 本文介绍了一种结合单细胞基因组学和宏基因组学的框架，称为单细胞宏基因组学（sc-metagenomics），用于从微生物群落中重建具有菌株水平分辨率的基因组 | 提出的SMAGLinker框架通过使用微流控技术生成的单细胞扩增基因组（SAGs）作为分箱指南，并与宏基因组装基因组（MAGs）整合，从而恢复改进的草图基因组 | NA | 开发一种新的方法从微生物群落中获取高质量的参考基因组，以更好地理解未培养微生物的系统发育和功能 | 人类微生物群落中的微生物基因组 | 宏基因组学 | NA | 单细胞基因组学，宏基因组学 | NA | 基因组数据 | 103个肠道微生物基因组和45个皮肤微生物基因组 |
| 1252 | 2024-08-08 |
Single-cell sequencing reveals antitumor characteristics of intratumoral immune cells in old mice
2021-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-002809
PMID:34642245
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA和耦合T细胞受体（TCR）测序分析，揭示了老年小鼠肿瘤内浸润免疫细胞的抗肿瘤特性 | 发现老年小鼠肿瘤中效应免疫细胞比例显著较高，这些细胞有助于抵抗肿瘤进展 | NA | 深入理解老年个体如何防御肿瘤侵袭 | 年轻和老年小鼠的肿瘤浸润免疫细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序，TCR测序 | NA | 转录组数据 | 年轻和老年小鼠的免疫细胞样本 |
| 1253 | 2024-08-08 |
MET overexpression contributes to STAT4-PD-L1 signaling activation associated with tumor-associated, macrophages-mediated immunosuppression in primary glioblastomas
2021-10, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2021-002451
PMID:34667077
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研究论文 | 本文研究了MET过表达在原发性胶质母细胞瘤中通过STAT4-PD-L1信号通路激活与肿瘤相关巨噬细胞介导的免疫抑制的关系 | 首次详细探讨了MET基因在原发性胶质母细胞瘤中逃避免疫监视检查点的能力，并揭示了MET-STAT4-PD-L1轴与肿瘤相关巨噬细胞在胶质母细胞瘤中的作用 | NA | 探讨MET表达与胶质瘤微环境的关系，并通过生存分析理解MET在临床实践中的潜在意义 | 原发性胶质瘤样本中的MET表达及其与PD-L1和STAT通路的关系 | 数字病理学 | 脑瘤 | 多组学数据分析 | NA | RNA表达数据 | 1243个原发性胶质瘤样本 |
| 1254 | 2024-08-08 |
[An optimized protocol of meniscus cell extraction for single-cell RNA sequencing]
2021-Aug-31, Nan fang yi ke da xue xue bao = Journal of Southern Medical University
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研究论文 | 本文优化了半月板细胞提取协议，以提高细胞悬液制备效率并保持高细胞活力，用于单细胞RNA测序。 | 提出了一个优化的半月板细胞提取协议，相比常规方法能获得更多细胞且细胞活力更高。 | NA | 优化半月板细胞提取协议，以提高单细胞RNA测序的效率和细胞活力。 | 半月板细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 超过1×10^5个细胞 |
| 1255 | 2024-08-08 |
Single-Cell RNA Sequencing Approaches for Tracing T Cell Development
2021-07-15, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950)
DOI:10.4049/jimmunol.2100408
PMID:34644259
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在追踪T细胞发育中的应用 | 单细胞RNA测序技术提供了前所未有的分辨率，以分析细胞身份及其基因表达程序 | NA | 探讨单细胞RNA测序技术如何提供对T细胞发育的深入见解 | T细胞发育过程中的细胞身份和基因表达程序 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1256 | 2024-08-08 |
[Research progress in the identification and lineage differentiation of skeletal stem cell]
2021-Jan-09, Zhonghua kou qiang yi xue za zhi = Zhonghua kouqiang yixue zazhi = Chinese journal of stomatology
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综述 | 本文综述了骨骼干细胞（SSC）的鉴定、时空分布和功能特性的研究进展 | 讨论了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在骨骼干细胞鉴定和功能研究中的应用 | NA | 阐明骨骼干细胞的特性，为干细胞治疗提供新的见解 | 骨骼干细胞的鉴定、时空分布和功能特性 | 干细胞研究 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | NA |
| 1257 | 2024-08-08 |
Full-Length Transcriptome: A Reliable Alternative for Single-Cell RNA-Seq Analysis in the Spleen of Teleost Without Reference Genome
2021, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2021.737332
PMID:34646272
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研究论文 | 本文提出了一种使用全长转录组作为参考的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析方法，并在没有已知基因组的硬骨鱼样本中进行了评估 | 本文提出的方法不依赖于参考基因组，适用于没有参考基因组的鱼类研究，为scRNA-seq数据分析提供了一种可靠的替代方案 | NA | 旨在开发和评估一种新的scRNA-seq数据分析方法，以在没有参考基因组的硬骨鱼中识别和表征免疫细胞亚群 | 硬骨鱼的脾脏中的免疫细胞亚群 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 1258 | 2024-08-08 |
SCMAG: A Semisupervised Single-Cell Clustering Method Based on Matrix Aggregation Graph Convolutional Neural Network
2021, Computational and mathematical methods in medicine
DOI:10.1155/2021/6842752
PMID:34646337
|
研究论文 | 本文提出了一种基于矩阵聚合图卷积神经网络的半监督单细胞聚类方法SCMAG | SCMAG充分利用了单细胞数据的先验信息，提高了聚类算法的准确性 | NA | 旨在提高单细胞数据聚类分析的准确性 | 单细胞数据 | 机器学习 | NA | 图卷积神经网络 | 图卷积神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 不同单细胞数据集 |
| 1259 | 2024-08-08 |
Tryptophan metabolism is inversely regulated in the tumor and blood of patients with glioblastoma
2021, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.60679
PMID:34646367
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研究论文 | 本文研究了胶质母细胞瘤患者肿瘤和血液中色氨酸代谢的反向调控，并开发了新的技术来支持针对色氨酸分解酶或芳香烃受体激活的治疗 | 开发了结合LC-MS/MS与化学同位素标记的方法，用于同时定量比较色氨酸及其代谢物，并应用MALDI MSI和scRNA-seq技术分析色氨酸代谢和芳香烃受体活性 | NA | 更好地理解色氨酸代谢，支持针对色氨酸分解酶或芳香烃受体的治疗 | 胶质母细胞瘤患者的色氨酸代谢 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | LC-MS/MS, MALDI MSI, scRNA-seq | 人工神经网络 | 血液样本, 肿瘤组织 | 43名复发性胶质母细胞瘤患者和43名年龄性别匹配的健康对照 |
| 1260 | 2024-08-08 |
Tumor microenvironment-based screening repurposes drugs targeting cancer stem cells and cancer-associated fibroblasts
2021, Theranostics
IF:12.4Q1
DOI:10.7150/thno.62676
PMID:34646392
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研究论文 | 本研究旨在建立基于肿瘤微环境（TME）的筛选方法，以识别能够特异性靶向癌症干细胞（CSCs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）的药物 | 开发了一种基于肿瘤微环境的高通量药物筛选平台，并利用单细胞RNA测序技术评估药物在CSCs和CAFs中的作用机制 | NA | 建立基于肿瘤微环境的药物筛选平台，以加速药物开发和治疗应用 | 肺癌患者来源的癌细胞和CAFs，以及CSCs和CAFs | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 1,524种化合物 |